本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal Transcriptomic Profiling Reveals the Dynamic Immunological Landscape of Alveolar Echinococcosis
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405914
PMID:39985260
|
研究论文 | 本研究通过整合多种转录组技术揭示了多房棘球蚴感染过程中的时空免疫景观动态变化 | 首次构建了多房棘球蚴感染灶的高分辨率空间图谱,揭示了中性粒细胞、Spp1巨噬细胞和成纤维细胞在疾病进展中的功能作用 | 研究仅使用小鼠肝脏样本,未涉及人类临床样本验证 | 揭示宿主对多房棘球蚴的免疫应答机制 | 多房棘球蚴感染的小鼠肝脏组织 | 空间转录组学 | 多房棘球蚴病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 感染后多个时间点(最长15个月)的小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 562 | 2025-10-06 |
PLXDC1+ Tumor-Associated Pancreatic Stellate Cells Promote Desmoplastic and Immunosuppressive Niche in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415756
PMID:40091495
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了胰腺星状细胞在胰腺导管腺癌中的异质性及其在形成促纤维增生和免疫抑制微环境中的关键作用 | 首次系统鉴定胰腺星状细胞亚群并发现PLXDC1+肿瘤相关胰腺星状细胞在免疫抑制微环境形成中的核心作用 | 研究样本量有限,需要进一步验证PLXDC1+胰腺星状细胞作为治疗靶点的临床价值 | 探究胰腺星状细胞在胰腺导管腺癌进展和治疗抵抗中的详细功能 | 胰腺星状细胞和胰腺导管腺癌组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA测序, ATAC-seq, 单细胞转录组, 空间转录组, 原位测序 | NA | 基因组, 转录组, 表观基因组数据 | 来自癌旁正常组织和PDAC组织的分选胰腺星状细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组, ATAC-seq | NA | NA |
| 563 | 2025-10-06 |
DNA methylation changes during acute COVID-19 are associated with long-term transcriptional dysregulation in patients' airway epithelial cells
2025-May, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00215-5
PMID:40119174
|
研究论文 | 本研究通过分析COVID-19患者鼻细胞的DNA甲基化和单细胞转录组,揭示了急性期DNA甲基化变化与长期转录调控异常之间的关联 | 首次将急性COVID-19期间的DNA甲基化变化与长达12个月的长期转录失调联系起来,并发现纤毛功能基因的持续抑制现象 | 样本量相对较小(急性期n=19,随访样本更少),且仅关注上呼吸道上皮细胞 | 探究SARS-CoV-2感染后持续健康影响的分子机制 | COVID-19患者和对照组的鼻上皮细胞 | 表观遗传学 | COVID-19 | DNA甲基化测序,单细胞RNA测序 | NA | DNA甲基化数据,单细胞转录组数据 | 急性期:COVID-19患者19例(单细胞RNA-seq 14例),对照组14例(单细胞RNA-seq 10例);随访:感染后3个月7例,12个月5例;验证队列:感染后6个月15例 | NA | 单细胞RNA-seq,DNA甲基化测序 | NA | NA |
| 564 | 2025-10-06 |
Single-cell transcription reveals hepatocyte-to-cholangiocyte reprogramming and biliary gene profile in biliary atresia
2025-May-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000710
PMID:40366121
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示胆道闭锁中肝细胞向胆管细胞的重编程过程及胆道基因特征 | 首次在胆道闭锁中发现肝细胞向胆管细胞的重编程现象,并识别出特异性胆道标志物和转录因子 | 样本量较小(4例BA患者和3例正常对照) | 解析胆道闭锁中胆管反应的细胞来源和功能 | 胆道闭锁患者的肝组织上皮细胞 | 单细胞测序 | 胆道闭锁 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 4例胆道闭锁患者和3例正常对照肝组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 565 | 2025-05-17 |
Deficiency of NPR-C triggers high salt-induced thoracic aortic dissection by impairing mitochondrial homeostasis
2025-May-16, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf085
PMID:40377018
|
研究论文 | 本研究探讨了NPR-C在胸主动脉夹层(TAD)发病中的作用及其分子机制 | 揭示了NPR-C通过调节线粒体稳态在TAD中的保护作用,并提出了NPR-C激活和亚精胺(SPD)补充作为新的TAD预防和治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究NPR-C在TAD发病中的作用及潜在治疗策略 | 人类TAD患者和小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 胸主动脉夹层 | RNA测序、单细胞测序 | 基因敲除小鼠模型 | 转录组数据、单细胞测序数据 | 人类TAD患者样本和BAPN处理的小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 566 | 2025-10-06 |
Acute kidney injury triggers hypoxemia by lung intravascular neutrophil retention that reduces capillary blood flow
2025-May-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI186705
PMID:40048367
|
研究论文 | 本研究揭示了急性肾损伤通过肺血管内中性粒细胞滞留导致低氧血症的机制 | 发现AKI诱导的远程肺部炎症中中性粒细胞在肺泡毛细血管内滞留而不外渗,通过减少肺毛细血管血流导致低氧血症 | 研究主要基于小鼠模型,临床验证需要进一步研究 | 探究急性肾损伤引发低氧血症的细胞机制 | 小鼠和人类的中性粒细胞、单核细胞和肺泡巨噬细胞 | 病理生理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 567 | 2025-05-17 |
CD49d promotes T-cell senescence in chronic lymphocytic leukaemia
2025-May-15, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.20135
PMID:40375447
|
research paper | 该研究探讨了CD49d在慢性淋巴细胞白血病(CLL)中对T细胞衰老的影响 | 揭示了CD49d在CLL患者T细胞衰老中的新作用,并提出了针对CD49d依赖性衰老途径可能逆转T细胞功能障碍的治疗策略 | 研究未涉及CD49d如何具体调控T细胞衰老的分子机制 | 探究CD49d对CLL患者T细胞生物学的影响 | CLL患者和健康捐赠者的CD4+和CD8+ T细胞 | 免疫学 | 慢性淋巴细胞白血病 | 流式细胞术和单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 细胞数据和基因表达数据 | 未明确提及样本数量,但包括CLL患者和健康捐赠者的T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 568 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal analysis of lung immune dynamics in lethal Coccidioides posadasii infection
2025-May-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.02562-24
PMID:39611685
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学分析致死性球孢子菌感染中肺部免疫反应的时空动态 | 首次在致死性球孢子菌感染模型中结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,系统揭示了单核来源表达巨噬细胞在组织重塑和纤维化中的关键作用 | 研究聚焦于致死性感染模型,可能无法完全代表所有临床感染情况 | 深入理解致死性球孢子菌感染中的肺部免疫反应机制 | 球孢子菌感染小鼠模型的肺部免疫细胞 | 数字病理学 | 肺部感染性疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 569 | 2025-10-06 |
Tumor-colonizing Pseudoalteromonas elyakovii metabolically reprograms the tumor microenvironment and promotes breast ductal carcinoma
2025-May-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03873-24
PMID:40192290
|
研究论文 | 本研究探讨了肿瘤内微生物群与乳腺癌发展的关系,重点关注Pseudoalteromonas elyakovii在肿瘤微环境代谢重编程中的作用 | 首次发现Pseudoalteromonas elyakovii能够代谢重编程肿瘤微环境并促进乳腺导管癌进展 | 样本量相对有限(102例),且研究聚焦于特定类型的乳腺癌 | 探究肿瘤内微生物群在乳腺癌发生发展中的作用机制 | 乳腺导管癌患者肿瘤样本及肿瘤内微生物 | 肿瘤微生物组学 | 乳腺癌 | 双免疫荧光染色、SweAMI探针杂交、scRNA-seq、qRT-PCR | NA | 微生物组数据、基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 102例样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 570 | 2025-05-17 |
Comprehensive single-cell transcriptomic reveals different destinies of melanocytes and dynamic changes of immune microenvironment in a psychological stress-induced leukoderma and leukotrichia mouse model
2025-May-14, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01236-z
PMID:40361040
|
research paper | 通过单细胞转录组学分析心理压力诱导的白癜风和白毛小鼠模型中黑色素细胞的不同命运及免疫微环境的动态变化 | 发现了两种具有不同命运的黑色素细胞簇以及CXCL16-CXCR6轴激活的促炎微环境,为压力诱导的白癜风发病机制提供了新见解 | 研究仅基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究心理压力诱导的白癜风和白毛的发病机制 | C57BL/6 J小鼠模型中的黑色素细胞和免疫微环境 | digital pathology | vitiligo | single-cell RNA sequencing, immunohistochemistry | chronic unpredictable mild stimulation (CUMS) mouse model | RNA-seq data, immunohistochemistry data | C57BL/6 J小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 571 | 2025-05-17 |
Dual oxic-anoxic co-culture enables direct study of anaerobe-host interactions at the airway epithelial interface
2025-May-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01338-24
PMID:40366160
|
research paper | 该研究介绍了一种双氧-缺氧共培养(DOAC)方法,用于研究厌氧菌与宿主细胞在气道上皮界面的相互作用 | 开发了一种新的双氧-缺氧共培养(DOAC)平台,能够在维持宿主细胞氧供的同时,研究厌氧菌与上皮细胞的相互作用 | 共培养时间限制在约48小时,可能无法完全模拟长期相互作用 | 研究厌氧菌与宿主细胞在气道疾病病理生理学中的相互作用机制 | 厌氧菌和气道上皮细胞 | 微生物学与细胞生物学 | 气道疾病 | 双氧-缺氧共培养(DOAC)、bulk RNAseq、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 572 | 2025-05-17 |
Potential mechanisms of epigenetic regulation in diabetic retinopathy from the perspectives of multi-omics
2025-May-14, Diabetology & metabolic syndrome
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s13098-025-01723-7
PMID:40369608
|
research paper | 本研究通过多组学数据探索了糖尿病视网膜病变(DR)的表观遗传调控机制 | 构建了DR相关的全面表观遗传调控网络,并鉴定了关键调控基因 | 研究依赖于公共数据库数据,未进行实验验证 | 探索糖尿病视网膜病变的表观遗传调控机制 | 糖尿病视网膜病变(DR)相关的表观遗传修饰 | 生物信息学 | 糖尿病视网膜病变 | DNA甲基化分析、mRNA和miRNA表达分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因组学数据、转录组学数据 | 包括10,716个差异甲基化基因、1,181个差异表达mRNA和615个差异表达miRNA | NA | NA | NA | NA |
| 573 | 2025-05-17 |
Microglia transcriptional states and their functional significance: Context drives diversity
2025-May-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.009
PMID:40328255
|
综述 | 探讨小胶质细胞在不同环境下的转录状态多样性及其功能意义 | 综述了单细胞测序技术揭示的小胶质细胞转录状态多样性,并评估非稳态条件如何诱导特定环境下的转录特征 | 未提及具体实验数据或样本量,主要基于现有研究的总结 | 理解小胶质细胞转录状态与功能的关系,并推动针对小胶质细胞的治疗策略 | 小胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 574 | 2025-05-17 |
Combining spatial transcriptomics with tissue morphology
2025-May-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58989-8
PMID:40360467
|
review | 本文介绍了一种将空间转录组学与组织形态学相结合的框架,重点讨论了将形态学特征转化为或整合到空间转录组学中的方法 | 提出了一个分类框架,用于结合空间转录组学和组织形态学,包括转化和整合两种方法 | NA | 探索空间转录组学与组织形态学相结合的方法及其应用 | 空间转录组学数据和组织形态学特征 | digital pathology | NA | spatial transcriptomics, imaging AI | NA | gene expression data, morphological features | NA | NA | NA | NA | NA |
| 575 | 2025-05-17 |
TAT-CRE inhalation enables tumor induction corresponding to adenoviral Cre-recombinase in a lung cancer mouse model
2025-May-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08146-0
PMID:40360735
|
research paper | 该研究比较了TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导小鼠肺癌模型中的效果,发现TAT-CRE是一种安全且有效的替代方法 | 提出TAT-CRE作为一种生物安全级别S1的替代方法,用于诱导肺癌,并可能应用于其他癌症模型 | 研究中发现的TAT-CRE诱导的肺肿瘤在微血管和巨噬细胞方面存在差异,可能影响某些研究结果 | 比较TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导肺癌模型中的效果,寻找更安全的基因工程方法 | 小鼠肺癌模型 | 癌症研究 | 肺癌 | 计算机断层扫描、单细胞RNA测序、免疫组织化学和流式细胞术 | NA | 图像、RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 576 | 2025-05-17 |
Arginine methylation modulates tumor fate and prognosis in clear cell renal cell carcinoma
2025-May-13, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02505-3
PMID:40360844
|
research paper | 该研究探讨了精氨酸甲基化相关基因在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的预后价值,并开发了一个基于精氨酸甲基化的预后模型 | 首次系统地评估了精氨酸甲基化相关基因在ccRCC中的预后意义,并构建了一个具有临床指导价值的预后特征模型 | 需要进一步的临床验证来确认模型的预测准确性,并且未涉及实验验证 | 评估精氨酸甲基化相关基因在ccRCC中的预后价值并开发预后模型 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者 | digital pathology | 肾癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 转录组数据 | 来自TCGA、E-MTAB-1980和ICGC数据库的公共数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 577 | 2025-05-17 |
Profiling triple-negative breast cancer-specific super-enhancers identifies high-risk mesenchymal development subtype and BETi-Targetable vulnerabilities
2025-May-13, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02342-6
PMID:40361105
|
研究论文 | 该研究通过分析三阴性乳腺癌(TNBC)中的超级增强子(SEs)异质性,识别出一个高风险间充质发育亚型,并发现其对BET抑制剂(BETi)具有更高的敏感性 | 发现了由SE-VAX2核心转录调控回路驱动的高风险间充质发育亚型,并验证了其对BETi的敏感性 | 临床样本和实验模型的多样性可能影响结果的广泛适用性 | 研究TNBC中SEs的异质性及其对BETi疗效的影响,以推进BETi的精准治疗策略 | 三阴性乳腺癌(TNBC)细胞系和临床样本 | 肿瘤生物学 | 三阴性乳腺癌 | H3K27ac ChIP-Seq, bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, stRNA-Seq, CERES评分 | NA | 测序数据 | TNBC细胞系和临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 578 | 2025-05-17 |
The immunological age prediction of monocytes indicates that gestational diabetes mellitus accelerates the aging of monocytes in offspring
2025-May-13, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-025-00513-z
PMID:40361109
|
research paper | 该研究通过单细胞测序技术探索了妊娠期糖尿病(GDM)对子代单核细胞衰老的影响 | 首次在单细胞水平上揭示了GDM加速子代单核细胞衰老的转录组特征,并建立了预测单核细胞免疫年龄的随机森林模型 | 样本量相对有限,且部分数据来自公开数据库 | 探究GDM对子代免疫细胞衰老的影响 | 56名健康个体(0-100岁)的单核细胞,包括GDM母亲子代的单核细胞 | 生物医学 | 妊娠期糖尿病 | 单细胞测序,随机森林模型 | 随机森林 | 单细胞转录组数据 | 56个样本(6个自测样本+50个GEO公开数据) | NA | NA | NA | NA |
| 579 | 2025-05-17 |
Recent advances in multimodal approaches for investigating placental development and related diseases
2025-May-09, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2025.05.004
PMID:40374418
|
综述 | 本文总结了多模态方法在研究胎盘发育及相关疾病中的最新进展 | 整合了先进成像、单细胞和空间组学以及人工智能(AI)的多模态方法,提供了对胎盘发育和疾病的全面分析 | 数据标准化、AI模型的可解释性以及伦理问题 | 推进对胎盘相关疾病的科学理解和临床管理 | 胎盘发育及相关疾病 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 超声、MRI、单细胞转录组学、空间分析、AI预测模型 | AI | 图像、分子数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 580 | 2025-05-17 |
Transcriptomic Plasticity of Human Alveolar Macrophages Revealed by Single-Cell RNA Sequencing Following Drug Exposure: Implications for Therapeutic Development
2025-May-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26094439
PMID:40362676
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究药物暴露后人类肺泡巨噬细胞的转录组可塑性,为治疗开发提供新见解 | 揭示了肺泡巨噬细胞转录程序的可塑性,并证实药物可以重编程这些细胞的表型 | 研究仅基于体外实验,未在体内模型中验证 | 探讨肺泡巨噬细胞的转录可塑性及其在肺纤维化治疗中的潜在应用 | 人类肺泡巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 肺纤维化 | scRNA-seq, qPCR | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |