单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2025-05-22	Revealing VCAN as a Potential Common Diagnostic Biomarker of Renal Tubules and Glomerulus in Diabetic Kidney Disease Based on Machine Learning, Single-Cell Transcriptome Analysis and Mendelian Randomization 2025-May, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0233 PMID:39849979	research paper	该研究通过机器学习、单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法，揭示了VCAN作为糖尿病肾病肾小管和肾小球共同诊断生物标志物的潜力	首次将VCAN鉴定为糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断标志物，并验证其与免疫基因上调和免疫细胞浸润的关联	未明确说明样本量大小及具体机器学习模型类型	寻找糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断生物标志物	糖尿病肾病患者的肾小球壁上皮细胞和近曲小管细胞	machine learning	diabetic kidney disease	single-cell transcriptome analysis, Mendelian randomization	NA	gene expression data	NA
522	2025-05-21	Exploring Sex Differences in Type 2 Diabetes via a Male-Dominant Beta-Cell Cluster from Single-Cell Pancreatic Sequencing of Public Datasets 2025-May-19, Endocrinology and metabolism (Seoul, Korea) DOI:10.3803/EnM.2025.2297 PMID:40389209	研究论文	通过单细胞胰腺测序公共数据集，探索2型糖尿病中的性别差异，发现了一个男性主导的β细胞簇	识别了一个男性主导的β细胞簇，该簇具有独特的基因表达模式、信号通路和细胞间相互作用	研究依赖于公共数据集，可能存在批次效应或其他混杂因素	探索2型糖尿病中的性别差异及其分子机制	2型糖尿病患者的β细胞	生物信息学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	来自四个公共数据集的样本
523	2025-05-21	Integrating single-cell with transcriptome-proteome Mendelian randomization reveals colorectal cancer targets 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02636-7 PMID:40381082	研究论文	通过整合单细胞数据、转录组数据、蛋白质组数据和GWAS数据进行MR分析，识别出结直肠癌的潜在靶点	首次结合单细胞转录组学、转录组学、蛋白质组学和MR方法，解析结直肠癌发病机制中的细胞类型特异性驱动基因	仅基于公开数据库数据，未进行实验验证	识别结直肠癌发病机制中的关键基因	结直肠癌相关基因	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序、GWAS、eQTL/pQTL分析、孟德尔随机化(MR)	SMR分析	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	4909个差异表达基因(DEGs)
524	2025-05-21	Effects of ER-phagy regulatory genes on the microenvironment of hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02649-2 PMID:40381129	研究论文	本研究通过综合分析方法探讨了ER自噬调控基因对肝细胞癌微环境的影响	结合单细胞测序数据、孟德尔随机化和生物信息学分析，首次阐明了ER自噬基因与HCC微环境中免疫细胞含量的因果关系	未明确说明样本量大小，且研究结果需要进一步实验验证	阐明ER自噬调控基因在肝细胞癌微环境中的作用并构建预后模型	肝细胞癌微环境中的T细胞、树突状细胞、巨噬细胞和单核细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞测序、孟德尔随机化、生物信息学分析	预后预测模型	测序数据	NA
525	2025-05-21	Machine learning and single-cell analysis uncover distinctive characteristics of CD300LG within the TNBC immune microenvironment: experimental validation 2025-May-17, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01690-3 PMID:40382513	研究论文	通过机器学习和单细胞分析揭示CD300LG在三阴性乳腺癌免疫微环境中的独特特征，并进行实验验证	首次将机器学习与单细胞测序技术结合，系统性地识别并验证CD300LG作为TNBC的新型预后生物标志物及其在免疫微环境中的调控作用	研究主要基于转录组和单细胞数据，缺乏体内功能实验验证CD300LG的具体分子机制	探究CD300LG在三阴性乳腺癌肿瘤微环境中的功能及其作为治疗靶点的潜力	三阴性乳腺癌患者的转录组数据、单细胞测序数据及免疫微环境特征	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、CIBERSORT/ssGSEA/TIDE/TCGA算法	四种未指明具体类型的机器学习算法	转录组数据、单细胞测序数据、免疫组化图像	未明确说明样本数量的TNBC患者数据集（含独立验证集）
526	2025-05-21	Mendelian randomization analysis reveals potential association between allergic rhinitis and nasopharyngeal carcinoma 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02658-1 PMID:40382519	研究论文	通过孟德尔随机化分析等方法，研究了过敏性鼻炎与鼻咽癌之间的潜在关联，并详细分析了鼻咽癌的免疫微环境和分子机制	首次通过孟德尔随机化分析揭示过敏性鼻炎与鼻咽癌的潜在关联，并利用单细胞测序等技术鉴定了独特的B细胞亚群及其时空分布特征	研究结果需要进一步实验验证，且样本量和人群多样性可能有限	探索鼻咽癌的免疫微环境特征及其与并发症的关联	鼻咽癌患者及其免疫微环境	医学研究	鼻咽癌	孟德尔随机化分析、单细胞测序、基因表达谱分析、时空分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	未明确说明样本量
527	2025-05-21	BAX-mediated ammonia-driven cell death: a novel prognostic and therapeutic target in clear cell renal cell carcinoma 2025-May-17, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00764-3 PMID:40382614	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，构建了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的氨相关特征（AS），并探讨了其在预后评估和治疗靶点中的潜在应用	首次揭示了BAX介导的氨驱动细胞死亡在ccRCC中的作用，并构建了氨相关预后模型，为克服免疫抑制和改善临床预后提供了新的治疗策略	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的体内实验和临床验证来确认其临床应用的可行性	探讨氨相关细胞死亡在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者样本和细胞系	癌症研究	肾细胞癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞增殖、克隆形成、迁移和侵袭实验	氨相关特征（AS）预后模型	基因表达数据、单细胞测序数据	多个独立队列，包括TCGA、PMID 35,440,542队列、E-MTAB-1980和GSE29609
528	2025-05-21	Navigating single-cell RNA-sequencing: protocols, tools, databases, and applications 2025-May-17, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00044-5 PMID:40382658	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的协议、工具、数据库及其应用，探讨了数据分析、解释和多组学数据整合的挑战	强调了增强单细胞水平分辨率和准确性的创新技术，并探讨了scRNA-seq在药物发现、肿瘤微环境等领域的应用	讨论了scRNA-seq在数据分析和多组学数据整合方面的复杂性挑战	优化scRNA-seq方法并理解单细胞世界及其动态	单细胞RNA测序技术及其应用	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
529	2025-05-21	A single-cell transcriptomic atlas of immune cells in Wilson disease identifies copper-specific immune regulation 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112450 PMID:40384935	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了威尔逊病（WD）患者免疫细胞的转录组图谱，揭示了铜特异性免疫调控的机制	首次在单细胞水平上描绘了WD患者的免疫景观，并发现了铜代谢异常对免疫细胞功能和造血发育的影响，为铜凋亡在癌症治疗中的应用提供了新见解	研究仅基于外周血单个核细胞（PBMCs），未涉及其他组织或器官的免疫细胞	探究铜代谢异常对免疫调控和造血发育的影响，以及铜凋亡与免疫调控的关系	威尔逊病患者的免疫细胞	单细胞转录组学	威尔逊病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	未明确提及样本数量，研究对象为WD患者和健康对照（HDs）的外周血单个核细胞
530	2025-05-21	Overcoming myeloid-driven resistance to CAR T therapy by targeting SPP1 2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646202 PMID:40236117	research paper	该研究探讨了SPP1+巨噬细胞在CAR T细胞治疗抵抗中的作用，并提出通过靶向SPP1来克服这种抵抗	首次揭示了SPP1+巨噬细胞在CAR T细胞治疗抵抗中的关键作用，并展示了抗SPP1抗体在克服抵抗中的潜力	研究主要基于胶质瘤患者和小鼠模型，结果在其他实体瘤中的普适性需要进一步验证	探索CAR T细胞治疗实体瘤抵抗的机制并寻找克服方法	胶质瘤患者和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠模型	RNA测序数据	41名胶质瘤患者和小鼠模型
531	2025-05-21	Subcellular level spatial transcriptomics with PHOTON 2025-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59801-3 PMID:40368943	研究论文	介绍了一种名为PHOTON的方法，结合高分辨率成像和高通量测序，实现亚细胞水平空间转录组分析	PHOTON方法首次实现了在亚细胞分辨率下进行空间转录组分析，能够精确捕获目标细胞类型的转录组以及亚细胞区室内的RNA内容	NA	通过转录组学视角理解亚细胞分子动态	RNA的亚细胞定位及其功能	空间转录组学	NA	高分辨率成像, 高通量测序	NA	图像, 转录组数据	NA
532	2025-05-21	Smooth muscle cells and fibroblasts in the ascending aorta exhibit minor differences between embryonic origins in angiotensin II-driven transcriptional alterations 2025-May-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99862-4 PMID:40360730	研究论文	研究探讨了升主动脉中平滑肌细胞和成纤维细胞在血管紧张素II驱动下的转录变化，比较了不同胚胎起源细胞的差异	发现了新的成纤维细胞亚群，其中SHF来源的成纤维细胞在细胞外基质相关基因表达上与nSHF来源的存在差异	研究仅关注了AngII诱导的胸主动脉病变前期阶段，未涉及疾病进展的后期变化	探究不同胚胎起源细胞对AngII的谱系特异性反应	升主动脉中的平滑肌细胞(SMCs)和成纤维细胞	心血管疾病研究	胸主动脉病变	单细胞RNA测序	Mef2c-Cre R26RmT/mG小鼠模型	转录组数据	AngII输注3天前后的升主动脉细胞
533	2025-05-21	Integrating Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis to Investigate the Role of Ferroptosis in Ischemic Stroke and the Molecular Mechanisms of Immune Checkpoints 2025-May, World neurosurgery IF:1.9Q2 DOI:10.1016/j.wneu.2025.123908 PMID:40118372	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨了铁死亡在缺血性卒中中的作用及免疫检查点的分子机制	首次结合单细胞测序和机器学习算法识别了与缺血性卒中相关的关键铁死亡基因，并验证了其诊断价值	研究仅基于公开数据集GSE247474，未进行独立队列验证	探索铁死亡在缺血性卒中中的分子机制并寻找早期诊断标志物	缺血性卒中患者的星形胶质细胞和T细胞亚群	生物信息学	缺血性卒中	单细胞转录组测序	Lasso回归和支持向量机	基因表达数据	来自GSE247474数据集的样本（具体数量未说明）
534	2025-05-21	Glial changes and gene expression in Alzheimer's disease from snRNA-Seq and spatial transcriptomics 2025-May, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251330320 PMID:40267277	研究论文	该研究通过整合单核RNA测序数据和空间转录组学数据，量化了阿尔茨海默病(AD)中前额叶皮层和颞叶回中的细胞变化	首次整合SEA-AD的单核测序数据与空间转录组学来量化AD中的细胞变化，并揭示了胶质细胞在AD进展中的关键作用	研究仅关注前额叶皮层和颞叶回区域，可能无法完全代表AD在所有脑区的病理变化	理解阿尔茨海默病进展中的细胞动态变化	前额叶皮层和颞叶回中的神经元、胶质细胞和免疫细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单核RNA测序(snRNA-Seq)和空间转录组学	NA	基因表达数据	来自SEA-AD数据库的样本(具体数量未明确说明)
535	2025-05-21	The cell-intrinsic circadian clock is dispensable for lateral posterior clock neuron regulation of Drosophila rest-activity rhythms 2025-May, Neurobiology of sleep and circadian rhythms DOI:10.1016/j.nbscr.2025.100124 PMID:40386580	研究论文	研究果蝇休息-活动节律中侧后时钟神经元（LPNs）的分子钟功能和神经元活动的作用	使用遗传工具进行高度选择性的细胞特异性操作，发现LPNs在缺乏细胞内在分子钟的情况下仍能传递昼夜节律信息	研究仅针对果蝇的LPNs，结果可能不适用于其他物种或神经元类型	探究侧后时钟神经元在调节休息-活动节律中的作用	果蝇的侧后时钟神经元（LPNs）	神经科学	NA	基因沉默、CRISPR	NA	行为数据	果蝇的约240个大脑时钟神经元
536	2025-05-20	Integration of Bulk RNA and Single-Cell Analyses Reveal Distinct Expression Patterns of Anoikis-Related Genes and the Immunosuppressive Role of NQO1+ Macrophages in Hepatocellular Carcinoma 2025-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202501310R PMID:40386974	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞RNA测序分析，探讨了anoikis相关基因（ARGs）在肝细胞癌（HCC）中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响	建立了一个包含11个ARGs的anoikis相关基因风险评分模型（ARGRS），并通过单细胞RNA测序评估了ARGs在HCC中的异质性，同时揭示了NQO1+巨噬细胞的免疫抑制作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨ARGs在HCC中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响	肝细胞癌（HCC）患者和NQO1+巨噬细胞	数字病理学	肝细胞癌	批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	RNA测序数据	NA
537	2025-05-20	Cutaneous granulomas: mechanisms, cellular interactions and therapeutic insights 2025-May-19, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf096 PMID:40080709	综述	本文综述了皮肤肉芽肿的形成机制、细胞相互作用及其治疗前景	强调了TREM2+巨噬细胞在肉芽肿形成和维持中的关键作用，以及单细胞RNA测序技术在揭示肉芽肿细胞异质性和分子途径中的应用	肉芽肿形成的精确过程及其功能意义仍不明确	探讨肉芽肿的形成机制及其在疾病中的作用，为开发新的治疗策略提供依据	皮肤肉芽肿及其相关疾病（如结节病、环状肉芽肿、结核和麻风病）	分子生物学与免疫学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	分子与细胞数据	NA
538	2025-05-20	Integration of mass cytometry and single-cell RNA-sequencing of cells in bronchoalveolar lavage 2025-May-19, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.1080/07366205.2025.2505347 PMID:40384395	research paper	该研究通过整合质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，对支气管肺泡灌洗液中的细胞进行了表征	首次在同一健康参与者的支气管肺泡灌洗液样本中同时应用sc-RNA-seq和CyTOF技术，比较了两种平台在细胞亚群水平上的相关性	研究仅针对健康参与者的样本，未涉及疾病状态下的验证	评估单细胞RNA测序与蛋白质检测方法在细胞表征中的互补性	健康参与者支气管肺泡灌洗液中的细胞	单细胞组学	NA	sc-RNA-seq, CyTOF	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	健康参与者的支气管肺泡灌洗液样本
539	2025-05-20	HLA class I-downregulated senescent epidermal basal cells orchestrate skin pathology in cutaneous lupus erythematosus 2025-May-19, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43244 PMID:40386939	research paper	研究衰老表皮基底细胞在皮肤红斑狼疮（CLE）发病机制中的作用	发现衰老表皮基底细胞通过调控HLA-I表达和IFN信号，促进CD8阳性T细胞对正常表皮基底细胞的毒性作用	研究样本量有限，尤其是对照组样本较少	探究衰老表皮基底细胞在CLE发病机制中的作用	皮肤红斑狼疮（CLE）患者和系统性红斑狼疮（SLE）小鼠模型	免疫学	红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因表达分析、药物清除实验	小鼠模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	CLE患者68例，对照4例；单细胞RNA测序数据CLE患者7例，对照14例；SLE患者17例
540	2025-05-20	Visualization of the Spiral Ganglion Neuron in Vivo Using a Novel 177Lu Nuclear Molecule Label 2025-May-19, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504464 PMID:40387257	研究论文	本研究开发了一种新型的177Lu核分子标记物，用于在体内可视化螺旋神经节神经元（SGNs），为评估耳蜗神经完整性提供了新方法	首次使用放射性核素标记的抗VGLUT1抗体药物在动物水平实现耳蜗SGNs的体内成像	研究仅在动物模型中进行，尚未应用于人体	开发一种能够直接评估耳蜗神经完整性的方法，以改善人工耳蜗植入术前的评估	螺旋神经节神经元（SGNs）	分子影像学	听力损失	核素成像	NA	影像数据	小鼠和猪模型