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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-10-06 |
Regulation of RNA polymerase II transcription through re-initiation and bursting
2025-May-15, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.011
PMID:40378829
|
综述 | 总结真核细胞中RNA聚合酶II爆发式转录的调控机制,重点关注RNAPII再起始过程 | 整合活细胞成像和单细胞转录组学的最新发现,确立RNAPII再起始和爆发式转录作为基因调控的普遍现象 | 主要关注分子机制层面,对疾病相关应用讨论有限 | 阐明RNA聚合酶II转录调控机制,特别是爆发式转录的调控策略 | RNA聚合酶II、转录因子、增强子-启动子相互作用 | 分子生物学 | NA | 活细胞成像、单细胞转录组学 | NA | 成像数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 502 | 2025-10-06 |
Single-cell elderly blood-CSF atlas implicates peripherally influenced immune dysregulation in normal pressure hydrocephalus
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2412159122
PMID:40324076
|
研究论文 | 构建了特发性正常压力脑积水患者外周血和脑脊液的单细胞转录组图谱,揭示免疫失调机制 | 首次创建了iNPH患者外周血与脑脊液的单细胞转录组联合图谱,发现与认知功能相关的单细胞炎症改变 | 样本仅来自iNPH患者,缺乏健康对照组或其他神经系统疾病对照 | 探究特发性正常压力脑积水的免疫失调机制 | 特发性正常压力脑积水患者的外周血和脑脊液细胞 | 单细胞组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 140,207个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 503 | 2025-10-06 |
Targeting mesenchymal monocyte-derived macrophages to enhance the sensitivity of glioblastoma to temozolomide by inhibiting TNF/CELSR2/p65/Kla-HDAC1/EPAS1 axis
2025-May-13, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.05.032
PMID:40373963
|
研究论文 | 本研究通过识别新型巨噬细胞亚型MES-MDM并阐明其通过TNF/CELSR2/p65/Kla-HDAC1/EPAS1轴促进胶质母细胞瘤替莫唑胺耐药机制 | 首次发现高表达TREM1的MES-MDM巨噬细胞亚型,揭示其通过组蛋白乳酸化修饰促进肿瘤细胞亚型转换和TMZ耐药的新机制 | 机制研究主要基于细胞和动物模型,临床转化仍需进一步验证 | 探索胶质母细胞瘤中单核细胞源性巨噬细胞促进替莫唑胺耐药的分子机制 | 胶质母细胞瘤细胞、患者来源类器官、颅内原位移植瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 504 | 2025-10-06 |
Spatial proteomic landscape of primary and relapsed hepatocellular carcinoma reveals immune escape characteristics in early relapse
2025-May-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000979
PMID:38900411
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研究论文 | 本研究通过空间蛋白质组学分析揭示肝细胞癌原发与复发肿瘤的免疫逃逸特征 | 首次利用成像质谱流式技术系统描绘肝细胞癌原发与复发肿瘤的空间蛋白质组景观,发现PDL1+CD103+树突状细胞新亚群与早期复发相关 | 样本量相对有限,需要更大规模队列验证研究结果 | 探索肝细胞癌术后复发的空间分子机制 | 46例肝细胞癌患者的92个手术标本(原发和复发肿瘤) | 数字病理 | 肝细胞癌 | 成像质谱流式技术,单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质表达数据,空间定位数据,单细胞RNA测序数据 | 46例患者的92个标本,共358,729个单细胞 | NA | 成像质谱流式,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 505 | 2025-10-06 |
Revealing VCAN as a Potential Common Diagnostic Biomarker of Renal Tubules and Glomerulus in Diabetic Kidney Disease Based on Machine Learning, Single-Cell Transcriptome Analysis and Mendelian Randomization
2025-May, Diabetes & metabolism journal
IF:6.8Q1
DOI:10.4093/dmj.2024.0233
PMID:39849979
|
研究论文 | 通过机器学习、单细胞转录组和孟德尔随机化方法识别VCAN作为糖尿病肾病的潜在共同诊断生物标志物 | 首次结合机器学习、单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法,揭示VCAN在肾小球和肾小管病变中的共同诊断价值 | 未明确说明样本规模和具体验证方法 | 寻找糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断生物标志物 | 糖尿病肾病患者的肾小球壁层上皮细胞和近曲小管细胞 | 机器学习 | 糖尿病肾病 | 单细胞转录组测序, 孟德尔随机化分析 | 机器学习 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 506 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell with transcriptome-proteome Mendelian randomization reveals colorectal cancer targets
2025-May-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02636-7
PMID:40381082
|
研究论文 | 通过整合单细胞数据、转录组数据、蛋白质组数据和孟德尔随机化分析,识别结直肠癌的潜在治疗靶点 | 首次将单细胞转录组学与转录组-蛋白质组孟德尔随机化相结合,解析结直肠癌发病机制中的细胞类型特异性驱动基因 | 依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 识别结直肠癌发病机制中的关键因果基因 | 结直肠癌相关基因和细胞类型 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, GWAS, eQTL分析, pQTL分析, 孟德尔随机化 | 孟德尔随机化模型, SMR分析 | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 507 | 2025-10-06 |
Effects of ER-phagy regulatory genes on the microenvironment of hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis
2025-May-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02649-2
PMID:40381129
|
研究论文 | 通过综合分析内质网自噬调控基因对肝细胞癌微环境的影响 | 首次结合单细胞测序数据、孟德尔随机化和生物信息学分析,系统研究ER-phagy基因在肝癌微环境中的作用 | 研究为初步探索,需要进一步实验验证ER-phagy基因的具体作用机制 | 阐明内质网自噬调控基因在肝细胞癌微环境中的作用及其临床意义 | 肝细胞癌患者样本及相关的免疫细胞(T细胞、树突状细胞、巨噬细胞和单核细胞) | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序, 孟德尔随机化, 生物信息学分析 | 预后预测模型 | 单细胞测序数据, 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 508 | 2025-10-06 |
Mendelian randomization analysis reveals potential association between allergic rhinitis and nasopharyngeal carcinoma
2025-May-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02658-1
PMID:40382519
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化分析探索过敏性鼻炎与鼻咽癌之间的潜在关联,并利用单细胞测序解析鼻咽癌肿瘤微环境的免疫特征 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞测序技术系统揭示鼻咽癌与过敏性鼻炎的潜在关联,并识别出三个独特的B细胞亚群及其时空动态变化 | 未明确说明样本来源和具体样本量,研究结果需要进一步实验验证 | 探索鼻咽癌的免疫微环境特征及其与并发症的关联机制 | 鼻咽癌肿瘤微环境中的免疫细胞和基因表达 | 生物信息学 | 鼻咽癌 | 孟德尔随机化分析, 单细胞测序, 基因表达谱分析, 时空分析 | NA | 基因组数据, 单细胞测序数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 509 | 2025-10-06 |
BAX-mediated ammonia-driven cell death: a novel prognostic and therapeutic target in clear cell renal cell carcinoma
2025-May-17, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00764-3
PMID:40382614
|
研究论文 | 本研究构建了透明细胞肾细胞癌的氨相关特征模型,发现BAX介导的氨驱动细胞死亡通路可作为预后标志物和治疗靶点 | 首次在ccRCC中系统研究氨相关细胞死亡机制,鉴定BAX为关键基因并揭示其与免疫抑制细胞的相互作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,需要更多体内实验验证 | 探索氨相关细胞死亡在透明细胞肾细胞癌中的预后和治疗价值 | 透明细胞肾细胞癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序,细胞增殖实验,克隆形成实验,迁移和侵袭实验 | 预后模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 多个独立队列包括TCGA、PMID 35,440,542队列、E-MTAB-1980和GSE29609 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 510 | 2025-10-06 |
Navigating single-cell RNA-sequencing: protocols, tools, databases, and applications
2025-May-17, Genomics & informatics
DOI:10.1186/s44342-025-00044-5
PMID:40382658
|
综述 | 本文全面探讨了单细胞RNA测序技术的协议、工具、数据库和应用领域 | 系统性地总结了单细胞RNA测序数据分析的挑战与优化方法,强调了增强单细胞水平分辨率和准确性的创新技术 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据和研究 | 探讨单细胞RNA测序技术的发展现状、挑战和应用前景 | 单细胞RNA测序技术及其在生物医学研究中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 511 | 2025-10-06 |
A single-cell transcriptomic atlas of immune cells in Wilson disease identifies copper-specific immune regulation
2025-May-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112450
PMID:40384935
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序构建威尔逊病免疫细胞图谱,揭示铜特异性免疫调控机制 | 首次在威尔逊病中建立单细胞水平的免疫细胞图谱,发现铜浓度异常对HLA分子表达和抗原处理通路的影响 | 样本量有限,主要关注外周血单个核细胞,未涉及其他组织类型 | 研究铜代谢异常对免疫调控和造血发育的影响机制 | 威尔逊病患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 威尔逊病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 威尔逊病患者和健康供者的PBMCs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 512 | 2025-10-06 |
Overcoming myeloid-driven resistance to CAR T therapy by targeting SPP1
2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.01.646202
PMID:40236117
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现SPP1+巨噬细胞在胶质瘤CAR T细胞治疗耐药性中的关键作用,并证实抗SPP1抗体可逆转免疫抑制微环境 | 首次通过单细胞RNA测序揭示SPP1+巨噬细胞在CAR T治疗耐药中的核心机制,并证明靶向SPP1可有效克服耐药性 | 研究主要聚焦胶质瘤模型,在其他实体瘤中的普适性需要进一步验证 | 探索实体瘤对CAR T细胞治疗产生耐药性的机制并开发克服策略 | 胶质瘤患者样本和干扰素信号缺陷的同源小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 41例胶质瘤患者样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 513 | 2025-10-06 |
Subcellular level spatial transcriptomics with PHOTON
2025-May-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59801-3
PMID:40368943
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PHOTON的高分辨率空间转录组学方法,能够在亚细胞水平分析RNA的空间分布 | 开发了结合高分辨率成像与高通量测序的PHOTON方法,首次实现亚细胞分辨率的空间转录组分析 | NA | 开发能够分析RNA亚细胞空间分布的新技术方法 | 卵巢颗粒细胞、核仁、线粒体、应激颗粒等亚细胞结构 | 空间转录组学 | NA | 高分辨率成像、高通量测序 | NA | 空间转录组数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | PHOTON | 结合高分辨率成像与高通量测序的空间转录组平台,具有亚细胞分辨率 |
| 514 | 2025-10-06 |
Smooth muscle cells and fibroblasts in the ascending aorta exhibit minor differences between embryonic origins in angiotensin II-driven transcriptional alterations
2025-May-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-99862-4
PMID:40360730
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析血管紧张素II诱导下升主动脉中不同胚胎来源平滑肌细胞和成纤维细胞的转录组差异 | 首次在血管紧张素II诱导的主动脉病变前期,系统比较了第二心区和非第二心区来源细胞的转录组响应差异,并发现了一个新的成纤维细胞亚群 | 研究仅关注病变前期阶段,未涉及疾病进展后期;样本量相对有限;差异表现较为轻微 | 探究不同胚胎来源细胞在血管紧张素II诱导的胸主动脉病变中的特异性响应 | 小鼠升主动脉中的平滑肌细胞和成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 胸主动脉病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | Mef2c-Cre R26RmT/mG转基因小鼠,基线组和血管紧张素II输注3天组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 515 | 2025-10-06 |
Glial changes and gene expression in Alzheimer's disease from snRNA-Seq and spatial transcriptomics
2025-May, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877251330320
PMID:40267277
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研究论文 | 本研究整合单核RNA测序和空间转录组学数据,分析阿尔茨海默病中胶质细胞的变化和基因表达特征 | 首次将SEA-AD单核测序数据与空间转录组学整合,系统量化AD易感脑区的细胞变化 | 研究样本来源有限,仅关注前额叶皮层和颞回区域 | 阐明阿尔茨海默病进展中细胞水平的变化机制 | 阿尔茨海默病患者前额叶皮层和颞回脑组织 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 516 | 2025-10-06 |
The cell-intrinsic circadian clock is dispensable for lateral posterior clock neuron regulation of Drosophila rest-activity rhythms
2025-May, Neurobiology of sleep and circadian rhythms
DOI:10.1016/j.nbscr.2025.100124
PMID:40386580
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研究论文 | 本研究通过基因工具探究了果蝇侧后时钟神经元在调节休息-活动节律中的作用 | 发现侧后时钟神经元可作为驱动振荡器,在缺乏细胞内在分子时钟的情况下仍能传递昼夜节律信息 | 研究仅限于果蝇模型,未在其他生物体中验证 | 探究分子时钟功能和神经元活动在侧后时钟神经元调节休息-活动节律中的作用 | 果蝇侧后时钟神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞测序, CRISPR基因编辑, 基因沉默 | NA | 基因表达数据, 行为数据 | 约240个大脑时钟神经元分为约20个亚群 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 517 | 2025-05-20 |
Integration of Bulk RNA and Single-Cell Analyses Reveal Distinct Expression Patterns of Anoikis-Related Genes and the Immunosuppressive Role of NQO1+ Macrophages in Hepatocellular Carcinoma
2025-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202501310R
PMID:40386974
|
研究论文 | 本研究通过整合批量RNA和单细胞RNA测序分析,探讨了anoikis相关基因(ARGs)在肝细胞癌(HCC)中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响 | 建立了一个包含11个ARGs的anoikis相关基因风险评分模型(ARGRS),并通过单细胞RNA测序评估了ARGs在HCC中的异质性,同时揭示了NQO1+巨噬细胞的免疫抑制作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内实验验证 | 探讨ARGs在HCC中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响 | 肝细胞癌(HCC)患者和NQO1+巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 批量RNA测序和单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 518 | 2025-10-06 |
Cutaneous granulomas: mechanisms, cellular interactions and therapeutic insights
2025-May-19, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf096
PMID:40080709
|
综述 | 本文系统综述皮肤肉芽肿的形成机制、细胞相互作用及治疗前景 | 重点关注TREM2+巨噬细胞在肉芽肿形成中的作用及单细胞RNA测序技术揭示的细胞异质性 | 肉芽肿形成的精确过程及其功能意义仍不明确 | 探讨肉芽肿的本质及其在皮肤疾病中的形成机制 | 皮肤肉芽肿及相关疾病(结节病、环状肉芽肿、结核、麻风等) | NA | 皮肤肉芽肿性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 519 | 2025-05-20 |
Scar-associated macrophages and biliary epithelial cells interaction exacerbates hepatic fibrosis in biliary atresia
2025-May-18, Pediatric research
IF:3.1Q1
DOI:10.1038/s41390-025-04100-2
PMID:40383871
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间定位数据,揭示了胆道闭锁(BA)肝脏中疤痕相关巨噬细胞(SAMs)和胆道上皮细胞(BECs)的相互作用如何加剧肝纤维化 | 首次发现SAMs通过调节BECs的上皮-间质转化(EMT)促进肝纤维化进展,并识别出BA诊断的生物标志物 | 样本量较小(仅8例组织样本),且缺乏长期随访数据验证治疗效果 | 探究BA肝脏微环境变化及其在肝纤维化中的作用机制 | 胆道闭锁患者的肝脏组织 | 单细胞转录组学 | 胆道闭锁 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 8例肝脏组织(2例正常组织,2例胆总管囊肿组织,4例BA组织) | NA | NA | NA | NA |
| 520 | 2025-10-06 |
New insights into tumor microenvironment and HPV integrations in cervical cancer pathogenesis revealed by single-cell transcriptome data
2025-May-17, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaf027
PMID:40151001
|
研究论文 | 通过单细胞转录组数据分析宫颈癌肿瘤微环境和HPV整合事件 | 开发了从单细胞RNA测序数据识别HPV整合事件的方法,发现了新的HPV重复整合基因 | 样本量相对有限,仅分析了特定疾病阶段的患者 | 研究宫颈癌发病机制中细胞异质性与HPV整合的关联 | 正常患者和三个疾病阶段(HSIL、MIC、CSCC)的宫颈组织 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 正常患者和三个疾病阶段患者的宫颈组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |