本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2025-10-06 |
A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma
2025-May, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01432-0
PMID:39690246
|
研究论文 | 本研究通过蛋白质组学和单细胞RNA测序分析发现GMPS通过调控PD-L1的糖基化修饰促进肝细胞癌免疫逃逸 | 首次揭示GMPS作为连接Sec61通道复合物和STT3A的附加模块,增强PD-L1与STT3A结合,调控其糖基化修饰的新机制 | 研究主要基于肝细胞癌组织,未涉及其他癌症类型验证 | 探索肝细胞癌中肿瘤快速生长和转移的调控机制 | 晚期肝细胞癌组织 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 蛋白质组学分析, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 482 | 2025-10-06 |
Optimized inner ear organoids for efficient hair cell generation and ototoxicity response modeling
2025-May, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2803-1
PMID:39862345
|
研究论文 | 开发了一种优化的小分子诱导内耳类器官系统,用于高效生成毛细胞并模拟耳毒性反应 | 首创一步法自组织内耳类器官系统,无需多步扩增和强制分化程序 | 未提及具体样本量或实验规模限制 | 建立高效的内耳毛细胞生成模型并研究耳毒性保护机制 | 哺乳动物内耳毛细胞和支持细胞 | 器官芯片技术 | 听力损失 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 483 | 2025-10-06 |
Quasi-spatial single-cell transcriptome based on physical tissue properties defines early aging associated niche in liver
2025-May, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00857-7
PMID:40325195
|
研究论文 | 开发基于组织物理特性的单细胞转录组方法研究肝脏早期衰老相关微环境 | 提出基于组织酶消化抗性的纤维化微环境富集测序方法,实现准空间单细胞分析 | 方法依赖于组织物理特性,可能不适用于所有组织类型;研究仅使用雄性小鼠 | 研究衰老组织中衰老细胞的特征及其对组织微环境的影响 | 年轻和年老雄性小鼠的肝脏组织 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序,单核ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据,表观基因组数据 | 年轻和年老雄性小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | 纤维化微环境富集测序 |
| 484 | 2025-10-06 |
Inactivation of GSK3β by Ser389 phosphorylation prevents thymocyte necroptosis and impacts Tcr repertoire diversity
2025-May, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01441-z
PMID:39779909
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了GSK3β通过Ser389位点磷酸化失活调控胸腺细胞在V(D)J重组期间存活的新机制 | 发现GSK3β通过Ser389磷酸化失活可防止胸腺细胞坏死性凋亡,并鉴定出除G1检查点外的G2/M细胞周期检查点 | 研究仅针对小鼠DN3和DN4胸腺细胞,尚未在人类细胞或其他发育阶段验证 | 探究胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因V(D)J重组期间的细胞周期检查点和存活机制 | 小鼠DN3和DN4胸腺细胞 | 单细胞生物学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 单个分选的小鼠DN3和DN4胸腺细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 485 | 2025-10-06 |
Comprehensive Multi-Omics Analysis of Copper Metabolism Related Molecular Subtypes and Prognostic Risk Stratification in Colon Adenocarcinoma
2025-May, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70591
PMID:40391581
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析鉴定结肠腺癌中铜代谢相关分子亚型并建立预后风险分层模型 | 首次系统构建结肠腺癌铜代谢相关基因风险模型,结合单细胞测序揭示其在肿瘤微环境中的分布特征,并通过实验验证COX19基因功能 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证仅针对单个基因COX19 | 探索铜代谢在结肠腺癌进展中的作用并开发预后预测模型 | 结肠腺癌患者组织样本和细胞系 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞测序, western blot, PCR, siRNA, 集落形成实验, Transwell实验 | 风险预测模型 | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞数据 | TCGA和GEO数据库中的结肠腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 486 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal single-cell analysis elucidates the cellular and molecular dynamics of human cornea aging
2025-May-19, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01475-z
PMID:40390022
|
研究论文 | 通过单细胞时空分析揭示人类角膜衰老过程中的细胞和分子动态变化 | 首次构建人类角膜时空单细胞图谱,发现角膜上皮细胞的'时空向心迁移模式'新范式 | 样本量有限(8个供体),年龄跨度较大(33-88岁) | 阐明人类角膜衰老过程中的细胞和分子机制 | 人类角膜组织 | 单细胞组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 免疫荧光染色, Western blotting | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 8个供体的角膜组织(年龄33-88岁) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | scStereo-seq | 单细胞空间增强分辨率组学测序 |
| 487 | 2025-05-22 |
Corrigendum to "Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics"
2025-May-19, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2025.100088
PMID:40393347
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 488 | 2025-10-06 |
Identification of progression related LncRNAs in colorectal cancer aggressiveness
2025-May-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02096-7
PMID:40383716
|
研究论文 | 通过整合TCGA转录组数据和单细胞RNA测序数据,识别结直肠癌进展相关的关键lncRNAs | 开发了整合多维度进展相关特征的评分系统,识别了198个关键lncRNAs,包括已知和新候选lncRNAs | NA | 研究结直肠癌进展相关的lncRNAs及其分子机制 | 结直肠癌组织和lncRNAs | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 差异表达分析, 生存分析 | NA | 基因表达数据 | TCGA数据库和单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 489 | 2025-10-06 |
Identification and verification of a polyamine metabolism-related gene signature for predicting prognosis and immune infiltration in osteosarcoma
2025-May-18, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-025-05716-0
PMID:40383808
|
研究论文 | 本研究识别并验证了与骨肉瘤预后和免疫浸润相关的多胺代谢基因特征 | 首次在骨肉瘤中系统研究多胺代谢相关基因的预后价值,并构建了包含8个基因的预后风险模型 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发骨肉瘤预后预测模型并探索其与免疫浸润的关系 | 骨肉瘤患者和多胺代谢相关基因 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 蛋白质印迹, 免疫组织化学 | LASSO回归, Cox回归, 列线图模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 490 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic characterization of microscopic colitis
2025-May-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59648-8
PMID:40383833
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析结肠黏膜组织,构建微观结肠炎的细胞和分子模型 | 首次使用单细胞转录组技术系统表征微观结肠炎的免疫细胞特征,揭示了CD8组织驻留记忆T细胞向高细胞毒性和炎症表型的转变 | 样本来源仅限于结肠黏膜组织,未涉及其他肠道区域或更大样本量的验证 | 阐明微观结肠炎的发病机制和免疫细胞特征 | 微观结肠炎患者的结肠黏膜组织 | 单细胞组学 | 微观结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 491 | 2025-10-06 |
ZC3H12D gene expression exhibits dual effects on the development and progression of lung adenocarcinoma
2025-May-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02163-z
PMID:40383849
|
研究论文 | 本研究探讨ZC3H12D基因在肺腺癌发展和肿瘤微环境调控中的双重作用 | 首次揭示ZC3H12D在免疫细胞和肿瘤细胞中具有空间双重功能,挑战传统生物标志物范式 | 研究样本量有限(511例肿瘤vs 59例正常组织),功能验证主要在体外细胞系中进行 | 探究ZC3H12D在肺腺癌进展和肿瘤微环境调控中的多方面作用 | 肺腺癌患者组织样本和PC9细胞系 | 计算生物学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA-seq, 转录组学, 蛋白质组学, 免疫组织化学 | 计算生物学方法 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA-seq数据 | 511例肿瘤和59例正常组织(转录组), 74例肿瘤和69例正常组织(蛋白质组), 15例肿瘤和11例正常组织(单细胞RNA-seq), 51对匹配样本(免疫组化) | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 492 | 2025-10-06 |
Alcohol consumption and esophageal cancer risk: unveiling DLEU2 as a key immune modulator through Mendelian randomization and transcriptomic analysis
2025-May-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02660-7
PMID:40383861
|
研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和转录组分析揭示了酒精摄入与食管癌风险的因果关系,并发现DLEU2是关键的免疫调节因子 | 首次通过孟德尔随机化证实酒精摄入与食管癌的因果关系,并发现DLEU2作为lncRNA在肿瘤免疫微环境中的关键调控作用 | 未明确说明样本数量和研究人群的具体特征 | 探索酒精摄入与食管癌发生发展的遗传和分子机制 | 食管癌患者样本及相关基因表达数据 | 生物信息学 | 食管癌 | 孟德尔随机化分析, 转录组分析, 单细胞RNA测序, 泛癌分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 493 | 2025-10-06 |
Metabolism-associated marker gene-based predictive model for prognosis, targeted therapy, and immune landscape in ovarian cancer: an integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing with spatial transcriptomics
2025-May-17, BMC women's health
DOI:10.1186/s12905-025-03750-y
PMID:40382612
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、bulk RNA测序和空间转录组学数据,构建了基于代谢相关标志基因的卵巢癌预后预测模型 | 首次整合单细胞、bulk RNA测序和空间转录组学分析,构建基于四种代谢途径的预后模型,并发现TREM1作为关键预后标志物 | 研究样本量有限,需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发卵巢癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点 | 卵巢癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,空间转录omics,免疫组化,RT-qPCR,CCK-8,Transwell实验,体内肿瘤异种移植 | 预后预测模型 | 基因表达数据,空间转录组数据,突变数据 | TCGA-OV样本和单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 494 | 2025-10-06 |
Regulation of RNA polymerase II transcription through re-initiation and bursting
2025-May-15, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.011
PMID:40378829
|
综述 | 总结真核细胞中RNA聚合酶II爆发式转录的调控机制,重点关注RNAPII再起始过程 | 整合活细胞成像和单细胞转录组学的最新发现,确立RNAPII再起始和爆发式转录作为基因调控的普遍现象 | 主要关注分子机制层面,对疾病相关应用讨论有限 | 阐明RNA聚合酶II转录调控机制,特别是爆发式转录的调控策略 | RNA聚合酶II、转录因子、增强子-启动子相互作用 | 分子生物学 | NA | 活细胞成像、单细胞转录组学 | NA | 成像数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 495 | 2025-10-06 |
Single-cell elderly blood-CSF atlas implicates peripherally influenced immune dysregulation in normal pressure hydrocephalus
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2412159122
PMID:40324076
|
研究论文 | 构建了特发性正常压力脑积水患者外周血和脑脊液的单细胞转录组图谱,揭示免疫失调机制 | 首次创建了iNPH患者外周血与脑脊液的单细胞转录组联合图谱,发现与认知功能相关的单细胞炎症改变 | 样本仅来自iNPH患者,缺乏健康对照组或其他神经系统疾病对照 | 探究特发性正常压力脑积水的免疫失调机制 | 特发性正常压力脑积水患者的外周血和脑脊液细胞 | 单细胞组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 140,207个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 496 | 2025-10-06 |
Spatial proteomic landscape of primary and relapsed hepatocellular carcinoma reveals immune escape characteristics in early relapse
2025-May-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000979
PMID:38900411
|
研究论文 | 本研究通过空间蛋白质组学分析揭示肝细胞癌原发与复发肿瘤的免疫逃逸特征 | 首次利用成像质谱流式技术系统描绘肝细胞癌原发与复发肿瘤的空间蛋白质组景观,发现PDL1+CD103+树突状细胞新亚群与早期复发相关 | 样本量相对有限,需要更大规模队列验证研究结果 | 探索肝细胞癌术后复发的空间分子机制 | 46例肝细胞癌患者的92个手术标本(原发和复发肿瘤) | 数字病理 | 肝细胞癌 | 成像质谱流式技术,单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质表达数据,空间定位数据,单细胞RNA测序数据 | 46例患者的92个标本,共358,729个单细胞 | NA | 成像质谱流式,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 497 | 2025-10-06 |
Revealing VCAN as a Potential Common Diagnostic Biomarker of Renal Tubules and Glomerulus in Diabetic Kidney Disease Based on Machine Learning, Single-Cell Transcriptome Analysis and Mendelian Randomization
2025-May, Diabetes & metabolism journal
IF:6.8Q1
DOI:10.4093/dmj.2024.0233
PMID:39849979
|
研究论文 | 通过机器学习、单细胞转录组和孟德尔随机化方法识别VCAN作为糖尿病肾病的潜在共同诊断生物标志物 | 首次结合机器学习、单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法,揭示VCAN在肾小球和肾小管病变中的共同诊断价值 | 未明确说明样本规模和具体验证方法 | 寻找糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断生物标志物 | 糖尿病肾病患者的肾小球壁层上皮细胞和近曲小管细胞 | 机器学习 | 糖尿病肾病 | 单细胞转录组测序, 孟德尔随机化分析 | 机器学习 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 498 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell with transcriptome-proteome Mendelian randomization reveals colorectal cancer targets
2025-May-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02636-7
PMID:40381082
|
研究论文 | 通过整合单细胞数据、转录组数据、蛋白质组数据和孟德尔随机化分析,识别结直肠癌的潜在治疗靶点 | 首次将单细胞转录组学与转录组-蛋白质组孟德尔随机化相结合,解析结直肠癌发病机制中的细胞类型特异性驱动基因 | 依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 识别结直肠癌发病机制中的关键因果基因 | 结直肠癌相关基因和细胞类型 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, GWAS, eQTL分析, pQTL分析, 孟德尔随机化 | 孟德尔随机化模型, SMR分析 | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 499 | 2025-10-06 |
Effects of ER-phagy regulatory genes on the microenvironment of hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis
2025-May-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02649-2
PMID:40381129
|
研究论文 | 通过综合分析内质网自噬调控基因对肝细胞癌微环境的影响 | 首次结合单细胞测序数据、孟德尔随机化和生物信息学分析,系统研究ER-phagy基因在肝癌微环境中的作用 | 研究为初步探索,需要进一步实验验证ER-phagy基因的具体作用机制 | 阐明内质网自噬调控基因在肝细胞癌微环境中的作用及其临床意义 | 肝细胞癌患者样本及相关的免疫细胞(T细胞、树突状细胞、巨噬细胞和单核细胞) | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序, 孟德尔随机化, 生物信息学分析 | 预后预测模型 | 单细胞测序数据, 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 500 | 2025-10-06 |
Mendelian randomization analysis reveals potential association between allergic rhinitis and nasopharyngeal carcinoma
2025-May-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02658-1
PMID:40382519
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化分析探索过敏性鼻炎与鼻咽癌之间的潜在关联,并利用单细胞测序解析鼻咽癌肿瘤微环境的免疫特征 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞测序技术系统揭示鼻咽癌与过敏性鼻炎的潜在关联,并识别出三个独特的B细胞亚群及其时空动态变化 | 未明确说明样本来源和具体样本量,研究结果需要进一步实验验证 | 探索鼻咽癌的免疫微环境特征及其与并发症的关联机制 | 鼻咽癌肿瘤微环境中的免疫细胞和基因表达 | 生物信息学 | 鼻咽癌 | 孟德尔随机化分析, 单细胞测序, 基因表达谱分析, 时空分析 | NA | 基因组数据, 单细胞测序数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |