单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-05-23	Integrating single-cell and bulk RNA profiles to uncover glutamine metabolism's role in prognosis and immune dynamics in multiple myeloma 2025-May-19, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14239-0 PMID:40389878	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤预后和免疫动态中的作用	首次系统性地鉴定了谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤中的预后和免疫调控作用，并验证了其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤中的预后价值和治疗意义	多发性骨髓瘤患者样本和谷氨酰胺代谢相关基因	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞测序，批量转录组测序，加权共表达网络分析，Cox比例风险模型	NA	RNA测序数据	多个公共多组学队列数据集
482	2025-05-23	The gene regulatory mechanisms shaping the heterogeneity of venom production in the Cape coral snake 2025-May-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03602-w PMID:40390047	research paper	该研究通过生成高质量的开普珊瑚蛇基因组草图，并结合毒腺单细胞RNA-seq数据和空间毒腺毒素分布分析，揭示了毒素调控的变异性和毒腺中异质性毒素产生的分子机制	揭示了不同毒素家族由不同的细胞群体产生，且毒素表达通过调控模块进一步精细调节，以及调控元件的进化与其相关毒素基因的进化密切相关	研究未明确探讨这些非适应性特征状态如何具体促进进化创新和新颖性	研究蛇毒腺中异质性毒素产生的分子机制及其进化意义	开普珊瑚蛇（Aspidelaps lubricus）及其毒腺	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq, 空间毒腺毒素分布分析	NA	基因组数据, RNA-seq数据, 空间分布数据	NA
483	2025-05-23	A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma 2025-May, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01432-0 PMID:39690246	研究论文	本文探讨了GMPS通过调控PD-L1的糖基化修饰促进肝细胞癌免疫逃逸的机制	首次揭示了GMPS通过STT3A依赖的PD-L1糖基化修饰驱动肿瘤免疫逃逸的新机制，并验证了GMPS抑制剂angustmycin A的治疗潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果仍需进一步验证	探究肝细胞癌免疫逃逸的分子机制并寻找潜在治疗靶点	肝细胞癌组织和CD8+T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	蛋白质组学分析、scRNA-Seq	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	晚期肝细胞癌组织样本（具体数量未说明）
484	2025-05-23	Optimized inner ear organoids for efficient hair cell generation and ototoxicity response modeling 2025-May, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2803-1 PMID:39862345	研究论文	本文介绍了一种新型的一步自组织内耳类器官系统，用于高效生成毛细胞并模拟耳毒性反应	开发了一种优化的小分子一步自组织内耳类器官系统，绕过多步扩增和强制分化协议的需求	未提及样本量大小或实验重复次数	开发高效的内耳毛细胞生成模型用于药物发现和毛细胞保护机制研究	哺乳动物耳蜗毛细胞	生物医学工程	听力损失	单细胞RNA测序	内耳类器官系统	基因表达数据	NA
485	2025-05-23	Quasi-spatial single-cell transcriptome based on physical tissue properties defines early aging associated niche in liver 2025-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00857-7 PMID:40325195	research paper	该研究开发了一种名为FiNi-seq的方法，通过利用组织的物理特性富集与衰老相关的纤维化微环境，并进行单细胞RNA测序和单核ATAC测序分析，以探索衰老初期微环境	开发了FiNi-seq方法，利用组织对酶消化的抵抗性选择性富集纤维化微环境，实现了准空间分析，并发现了具有衰老表型的Wif1和Smoc1产生的间充质细胞群	由于衰老细胞稀少和当前组学工具的技术偏差，衰老细胞群在一般分析流程中常被忽略	探索衰老初期微环境中的细胞特性和多样性及其对组织微环境的影响	年轻和年老雄性小鼠的肝脏	digital pathology	geriatric disease	single-cell RNA sequencing, single-nuclei ATAC sequencing (ATAC-seq), fibrotic niche enrichment sequencing (FiNi-seq)	NA	RNA-seq, ATAC-seq	年轻和年老雄性小鼠的肝脏样本
486	2025-05-23	Inactivation of GSK3β by Ser389 phosphorylation prevents thymocyte necroptosis and impacts Tcr repertoire diversity 2025-May, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01441-z PMID:39779909	研究论文	本研究通过高分辨率单细胞RNA测序分析，揭示了DN3和DN4胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因重组过程中的G2M细胞周期检查点，并发现GSK3β通过Ser389磷酸化失活对胸腺细胞存活及TCRα/β库多样性的影响	发现了GSK3β通过Ser389磷酸化失活对胸腺细胞在V(D)J重组过程中存活的关键作用，以及这一过程对TCRα/β库多样性的影响	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类细胞中验证	探究胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因重组过程中的细胞周期检查点和存活机制	小鼠DN3和DN4胸腺细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	个体分选的小鼠DN3和DN4胸腺细胞
487	2025-05-23	Comprehensive Multi-Omics Analysis of Copper Metabolism Related Molecular Subtypes and Prognostic Risk Stratification in Colon Adenocarcinoma 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70591 PMID:40391581	研究论文	通过多组学分析铜代谢相关分子亚型，构建结肠腺癌预后风险分层模型	首次结合铜代谢相关基因（CMRG）构建结肠腺癌预后风险模型，并通过单细胞测序揭示CMRG在肿瘤微环境中的空间和细胞分布	研究主要基于TCGA和GEO数据库，需要进一步临床样本验证	探究铜代谢在结肠腺癌进展中的作用并寻找潜在治疗靶点	结肠腺癌（COAD）	生物信息学	结肠癌	多组学分析、单细胞测序、western blot、PCR、siRNA、集落形成实验、Transwell实验	CMRG-based风险模型	基因组数据、转录组数据	TCGA和GEO数据库样本
488	2025-05-22	Single cell transcription revealing key transcription factors in embryonic kidney development 2025-May-20, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05307-x PMID:40392427	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示胚胎肾脏发育过程中的关键转录因子	利用单细胞RNA测序技术揭示了肾祖细胞中的不同亚群及其转录景观，并识别了关键转录因子	需要进一步研究以验证这些发现及其治疗潜力	探索肾脏发育的分子机制	肾祖细胞及其分化为肾小管上皮细胞和足细胞的过程	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
489	2025-05-22	Spatiotemporal single-cell analysis elucidates the cellular and molecular dynamics of human cornea aging 2025-May-19, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01475-z PMID:40390022	研究论文	通过单细胞时空分析揭示人类角膜衰老的细胞和分子动态	首次构建了人类角膜的全面时空图谱，揭示了角膜衰老过程中的细胞迁移新模式和区域特异性分子特征	样本量相对较小（8个供体），年龄跨度为33-88岁	阐明人类角膜衰老过程中的细胞和分子动态	人类角膜组织	单细胞组学	眼科疾病	scRNA-seq, scStereo-seq, 免疫荧光染色, Western blotting	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	8个供体的角膜组织（年龄33-88岁）
490	2025-05-22	Spatial transcriptomics reveal PI3K-AKT and metabolic alterations in aggressive, treatment-resistant lactotroph pituitary neuroendocrine tumors 2025-May-19, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02025-9 PMID:40390063	研究论文	本研究通过空间转录组学揭示了侵袭性、治疗抵抗性泌乳素垂体神经内分泌肿瘤中PI3K-AKT和代谢通路的改变	首次在DA抵抗性泌乳素PitNET中应用空间转录组学技术，揭示了肿瘤内异质性和PI3K/AKT通路及脂质代谢的改变	样本量较小（13例患者），且未观察到从部分响应到完全无响应肿瘤的明确分子模式	揭示泌乳素垂体神经内分泌肿瘤的分子异质性，并鉴定侵袭性和药物治疗抵抗的生物标志物	DA抵抗性泌乳素垂体神经内分泌肿瘤（PitNET）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	Visium空间转录组学（ST）、全转录组测序（WTS）、全外显子组测序（WES）	NA	空间转录组数据、基因组数据	13例DA抵抗性泌乳素PitNET患者（其中4例进行ST+WTS+WES，5例进行WTS+WES，2例进行ST+WES，2例仅进行ST）
491	2025-05-22	Neutrophils predominate as IL1B-expressing cells in Schnitzler syndrome: Insights from the SCan study to evaluate the efficacy and safety of canakinumab in Japanese patients 2025-May-19, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2025.04.003 PMID:40393905	research paper	本研究探讨了Schnitzler综合征（SchS）中IL1B表达细胞的主要来源及canakinumab治疗的疗效和安全性	首次在SchS患者中通过单细胞RNA测序和空间转录组分析确定IL1B表达细胞主要为中性粒细胞，并揭示了canakinumab通过调节外周血中性粒细胞动态改善临床症状的机制	研究样本量较小（仅5名日本患者），且仅对其中2例进行了单细胞RNA测序和空间转录组分析	评估canakinumab在SchS患者中的疗效和安全性，并探索IL1B表达细胞的来源	5名日本Schnitzler综合征患者	临床医学	自身炎症性疾病	单细胞RNA测序、空间转录组分析	NA	血浆细胞因子/趋化因子水平、外周血和皮肤病变组织的转录组数据	5名患者（其中2名进行了单细胞RNA测序和空间转录组分析）
492	2025-05-22	Identification of progression related LncRNAs in colorectal cancer aggressiveness 2025-May-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02096-7 PMID:40383716	研究论文	本研究通过整合TCGA和单细胞RNA测序数据，识别了与结直肠癌进展相关的关键长链非编码RNA（lncRNA）	开发了一个评分系统，结合多种进展相关特征、差异表达和生存分析，系统性优先排序lncRNA，并识别了198个关键lncRNA，包括已知和新候选者	未提及具体样本量，且实验验证仅限于部分lncRNA	探索结直肠癌进展的分子机制，并识别潜在的预后生物标志物和治疗靶点	结直肠癌（CRC）患者及其相关lncRNA	生物信息学	结直肠癌	转录组数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
493	2025-05-22	Identification and verification of a polyamine metabolism-related gene signature for predicting prognosis and immune infiltration in osteosarcoma 2025-May-18, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-025-05716-0 PMID:40383808	research paper	本研究旨在识别与骨肉瘤预后相关的多胺代谢相关基因，并开发预后模型，为骨肉瘤患者的靶向治疗提供新见解	首次识别并验证了与骨肉瘤预后相关的多胺代谢相关基因特征，并构建了预测模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索多胺代谢相关基因在骨肉瘤预后中的作用，并开发预测模型	骨肉瘤患者及其相关基因表达数据	生物信息学	骨肉瘤	差异表达分析、加权基因共表达网络分析、单变量Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序、逆转录定量PCR、Western blotting、免疫组化	风险模型、列线图模型	基因表达数据、临床样本数据	96个候选基因，8个预后基因在临床样本中验证
494	2025-05-22	Single-cell transcriptomic characterization of microscopic colitis 2025-May-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59648-8 PMID:40383833	研究论文	使用单细胞RNA测序分析结肠黏膜组织，构建显微镜下结肠炎的细胞和分子模型	揭示了显微镜下结肠炎中CD8 T细胞的显著扩张及其高度细胞毒性和炎症表型的转变，以及CD4 T调节细胞的扩张	研究仅限于结肠黏膜组织，未涉及其他可能相关的组织或细胞类型	探究显微镜下结肠炎的细胞和分子机制	结肠黏膜组织	单细胞转录组学	显微镜下结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
495	2025-05-22	ZC3H12D gene expression exhibits dual effects on the development and progression of lung adenocarcinoma 2025-May-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02163-z PMID:40383849	研究论文	本研究探讨了ZC3H12D基因在肺腺癌进展和肿瘤微环境调节中的多面作用	揭示了ZC3H12D在免疫细胞和恶性细胞中的空间双重作用，挑战了传统生物标志物的范式	研究主要基于体外实验和计算生物学分析，需要进一步的体内实验验证	探索ZC3H12D在肺腺癌中的生物学功能和临床意义	肺腺癌组织和细胞	精准肿瘤学	肺腺癌	多组学分析、单细胞RNA-seq、免疫组化、计算生物学方法	NA	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA-seq数据	511个肿瘤样本和59个正常样本（转录组），74个肿瘤样本和69个正常样本（蛋白质组），15个肿瘤样本和11个正常样本（单细胞RNA-seq），51对匹配样本（免疫组化）
496	2025-05-22	Alcohol consumption and esophageal cancer risk: unveiling DLEU2 as a key immune modulator through Mendelian randomization and transcriptomic analysis 2025-May-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02660-7 PMID:40383861	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和转录组分析揭示了酒精消费与食管癌风险之间的遗传和分子机制，并发现DLEU2作为关键的免疫调节因子	首次通过孟德尔随机化分析确认酒精消费与食管癌之间的因果关系，并发现DLEU2作为长链非编码RNA在肿瘤免疫微环境和癌症进展中的关键作用	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索酒精消费导致食管癌的遗传和分子机制	食管癌患者样本和相关的基因表达数据	癌症基因组学	食管癌	孟德尔随机化分析、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个患者来源的样本（具体数量未说明）
497	2025-05-22	Metabolism-associated marker gene-based predictive model for prognosis, targeted therapy, and immune landscape in ovarian cancer: an integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing with spatial transcriptomics 2025-May-17, BMC women's health DOI:10.1186/s12905-025-03750-y PMID:40382612	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和空间转录组学数据，构建了一个基于代谢相关标记基因的预后模型，用于卵巢癌的预后预测、靶向治疗和免疫景观分析	首次结合四种代谢途径（糖酵解代谢、脂质代谢、胆碱代谢和鞘脂代谢）构建卵巢癌预后模型，并预测了潜在治疗药物	研究主要基于生物信息学分析，部分实验验证仍需进一步扩大样本量	开发有效的卵巢癌预后生物标志物并探索新的治疗靶点	卵巢癌患者样本和癌细胞系	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq, bulk RNAseq, 空间转录组学, RT-qPCR, CCK-8, Transwell实验	代谢相关基因预后模型	RNA测序数据, 空间转录组数据, 实验数据	TCGA-OV样本及实验验证样本（数量未明确说明）
498	2025-05-22	Regulation of RNA polymerase II transcription through re-initiation and bursting 2025-May-15, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.011 PMID:40378829	review	本文总结了真核细胞中RNA聚合酶II（RNAPII）爆发性转录的调控策略，重点关注RNAPII的重新启动机制	提出了RNAPII重新启动和爆发性转录作为基因调控的常见现象，并探讨了其分子机制和争议	未提及具体实验数据或样本量，主要基于已有研究的总结	探讨RNAPII转录调控的分子机制及其在健康和疾病中的意义	RNA聚合酶II（RNAPII）及其转录调控机制	分子生物学	NA	活细胞成像、单细胞转录组学	NA	NA	NA
499	2025-05-22	Single-cell elderly blood-CSF atlas implicates peripherally influenced immune dysregulation in normal pressure hydrocephalus 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412159122 PMID:40324076	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了特发性正常压力脑积水（iNPH）患者外周血和脑室脑脊液的细胞图谱，揭示了与认知功能下降相关的免疫失调现象	首次构建了iNPH患者的单细胞转录组图谱，发现外周血和脑脊液单核细胞的促炎性改变与认知功能下降相关，并识别了可能代表脑室周围神经胶质细胞脱落的脑脊液细胞群	样本量相对有限（140,207个单细胞转录组），且仅针对iNPH患者进行研究	探究特发性正常压力脑积水患者外周血和脑脊液的免疫特征及其与认知功能的关系	特发性正常压力脑积水（iNPH）患者的外周血和脑室脑脊液样本	数字病理学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	140,207个单细胞转录组
500	2025-05-22	Hdac1 as an early determinant of intermediate-exhausted CD8+ T cell fate in chronic viral infection 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502256122 PMID:40333757	research paper	该研究揭示了组蛋白去乙酰化酶1（Hdac1）在慢性病毒感染中作为中间耗竭CD8+ T细胞命运早期决定因子的作用	首次发现Hdac1对T-int细胞亚群分化的特异性调控作用，并阐明其通过表观遗传机制同时促进T-int细胞命运和抑制耗竭程序过度激活的双重功能	研究主要基于小鼠慢性病毒感染模型，在人类疾病中的普适性需要进一步验证	探究慢性病毒感染中CD8+ T细胞不同耗竭亚群分化的表观遗传调控机制	抗原特异性CD8+ T细胞亚群（Tcf1干细胞样细胞、T-int中间耗竭细胞和终末耗竭细胞）	免疫学	慢性病毒感染	单细胞转录组测序、染色质可及性分析	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA（未明确说明具体样本数量）