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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-sequencing reveals early mitochondrial dysfunction unique to motor neurons shared across FUS- and TARDBP-ALS
2025-May-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59679-1
PMID:40389397
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示FUS和TARDBP基因突变导致的ALS中运动神经元特有的早期线粒体功能障碍 | 首次在单细胞水平证明FUS和TARDBP突变ALS共享运动神经元特异性线粒体功能障碍,且与蛋白质错误定位无关 | 研究基于诱导多能干细胞衍生的神经元模型,可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究FUS和TARDBP基因突变导致ALS的选择性运动神经元退化的共同机制 | 等基因诱导多能干细胞衍生的运动神经元和中间神经元 | 单细胞基因组学 | 肌萎缩侧索硬化症(ALS) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 四种基因型(FUS P525L, FUS R495X, TARDBP M337V, FUS敲除)的神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 482 | 2025-10-06 |
A CRISPR/Cas9-based enhancement of high-throughput single-cell transcriptomics
2025-May-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59880-2
PMID:40389438
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研究论文 | 开发了一种基于CRISPR/Cas9的单细胞转录组测序增强方法scCLEAN,通过重新分配测序reads提高低丰度转录本的检测能力 | 利用CRISPR/Cas9的可编程性靶向去除少量转录组,同时重新分配约一半的测序reads,将测序重点转向低丰度转录本 | 在某些生物环境中应用可能不适宜,具体适用场景需要进一步明确 | 解决单细胞RNA测序中高丰度转录本掩盖低丰度转录本检测的问题 | 异质性免疫细胞和同质性血管平滑肌细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9,第三代测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种人类组织和细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞MAS-Seq | NA | NA |
| 483 | 2025-10-06 |
Focusing on DC cells to optimize the prediction of prognosis and innovative treatment strategies for colon cancer
2025-May-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-01792-8
PMID:40389562
|
研究论文 | 本研究通过识别树突状细胞相关基因构建风险评分系统,用于预测结肠癌预后和免疫治疗反应 | 首次开发基于树突状细胞相关基因的预后指数(DCRI),并发现PPP2CB作为结肠癌保护性因子 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性临床试验验证 | 优化结肠癌预后预测和创新治疗策略 | 结肠腺癌(COAD)患者 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO-Cox分析 | 风险评分模型 | 转录组数据, 临床数据 | TCGA和GEO数据库的结肠癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 484 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic landscape reveals complex cellular heterogeneity and dysregulated signaling pathways in nasopharyngeal carcinoma
2025-May-19, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02506-2
PMID:40389670
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学系统分析鼻咽癌肿瘤微环境中不同细胞类型的转录特征及其在肿瘤发展中的作用 | 首次在单细胞分辨率层面全面揭示鼻咽癌肿瘤微环境的细胞异质性和信号通路失调 | NA | 系统分析鼻咽癌不同细胞类型的转录特征及其在肿瘤发展中的作用 | 鼻咽癌组织和正常组织样本 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 485 | 2025-10-06 |
Novel marker genes and small molecule drugs for radiotherapy resistance in cervical cancer identified based on single-cell multi-omics analysis
2025-May-19, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02532-0
PMID:40389794
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研究论文 | 通过单细胞多组学和机器学习方法识别宫颈癌放疗抵抗的分子标志物和潜在治疗药物 | 整合单细胞多组学数据构建稳健的预后模型,识别与放疗抵抗相关的关键细胞类型和分子标记 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证和前瞻性研究确认 | 探索宫颈癌放疗抵抗的分子机制并开发预后预测模型 | 宫颈癌患者 | 机器学习 | 宫颈癌 | 单细胞测序, 转录组测序, 甲基化测序 | Cox回归 | 基因表达数据, 甲基化数据, 单细胞数据 | 43,475个细胞 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 486 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell and bulk RNA profiles to uncover glutamine metabolism's role in prognosis and immune dynamics in multiple myeloma
2025-May-19, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14239-0
PMID:40389878
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,揭示了谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤预后和免疫动态中的作用 | 首次系统性地整合单细胞和bulk RNA测序数据,识别谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤中的预后价值和治疗意义 | 基于公共多组学队列数据,需要进一步实验验证 | 识别谷氨酰胺代谢相关基因驱动的肿瘤特征,并建立其作为预后生物标志物和治疗靶点的临床效用 | 多发性骨髓瘤患者样本 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序, bulk RNA测序, 转录组分析, shRNA敲低 | 加权共表达网络分析, Cox比例风险模型 | RNA测序数据 | 多个独立多发性骨髓瘤队列 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 487 | 2025-10-06 |
The gene regulatory mechanisms shaping the heterogeneity of venom production in the Cape coral snake
2025-May-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03602-w
PMID:40390047
|
研究论文 | 本研究通过基因组测序和单细胞RNA-seq分析揭示了开普珊瑚蛇毒腺中毒素产生的异质性调控机制 | 结合高质量基因组草案和毒腺单细胞RNA-seq数据,首次揭示了毒素表达的精细调控模块和细胞群体内的进一步特化 | 研究仅针对单一物种,结论在其他蛇类中的普适性需要进一步验证 | 探索蛇毒产生的异质性及其调控机制 | 开普珊瑚蛇(Aspidelaps lubricus)及其毒腺组织 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 基因组测序, 原位杂交 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据, 空间分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 488 | 2025-10-06 |
A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma
2025-May, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01432-0
PMID:39690246
|
研究论文 | 本研究通过蛋白质组学和单细胞RNA测序分析发现GMPS通过调控PD-L1的糖基化修饰促进肝细胞癌免疫逃逸 | 首次揭示GMPS作为连接Sec61通道复合物和STT3A的附加模块,增强PD-L1与STT3A结合,调控其糖基化修饰的新机制 | 研究主要基于肝细胞癌组织,未涉及其他癌症类型验证 | 探索肝细胞癌中肿瘤快速生长和转移的调控机制 | 晚期肝细胞癌组织 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 蛋白质组学分析, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 489 | 2025-10-06 |
Optimized inner ear organoids for efficient hair cell generation and ototoxicity response modeling
2025-May, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2803-1
PMID:39862345
|
研究论文 | 开发了一种优化的小分子诱导内耳类器官系统,用于高效生成毛细胞并模拟耳毒性反应 | 首创一步法自组织内耳类器官系统,无需多步扩增和强制分化程序 | 未提及具体样本量或实验规模限制 | 建立高效的内耳毛细胞生成模型并研究耳毒性保护机制 | 哺乳动物内耳毛细胞和支持细胞 | 器官芯片技术 | 听力损失 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 490 | 2025-10-06 |
Quasi-spatial single-cell transcriptome based on physical tissue properties defines early aging associated niche in liver
2025-May, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00857-7
PMID:40325195
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研究论文 | 开发基于组织物理特性的单细胞转录组方法研究肝脏早期衰老相关微环境 | 提出基于组织酶消化抗性的纤维化微环境富集测序方法,实现准空间单细胞分析 | 方法依赖于组织物理特性,可能不适用于所有组织类型;研究仅使用雄性小鼠 | 研究衰老组织中衰老细胞的特征及其对组织微环境的影响 | 年轻和年老雄性小鼠的肝脏组织 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序,单核ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据,表观基因组数据 | 年轻和年老雄性小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | 纤维化微环境富集测序 |
| 491 | 2025-10-06 |
Inactivation of GSK3β by Ser389 phosphorylation prevents thymocyte necroptosis and impacts Tcr repertoire diversity
2025-May, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01441-z
PMID:39779909
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了GSK3β通过Ser389位点磷酸化失活调控胸腺细胞在V(D)J重组期间存活的新机制 | 发现GSK3β通过Ser389磷酸化失活可防止胸腺细胞坏死性凋亡,并鉴定出除G1检查点外的G2/M细胞周期检查点 | 研究仅针对小鼠DN3和DN4胸腺细胞,尚未在人类细胞或其他发育阶段验证 | 探究胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因V(D)J重组期间的细胞周期检查点和存活机制 | 小鼠DN3和DN4胸腺细胞 | 单细胞生物学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 单个分选的小鼠DN3和DN4胸腺细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 492 | 2025-10-06 |
Comprehensive Multi-Omics Analysis of Copper Metabolism Related Molecular Subtypes and Prognostic Risk Stratification in Colon Adenocarcinoma
2025-May, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70591
PMID:40391581
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研究论文 | 本研究通过多组学分析鉴定结肠腺癌中铜代谢相关分子亚型并建立预后风险分层模型 | 首次系统构建结肠腺癌铜代谢相关基因风险模型,结合单细胞测序揭示其在肿瘤微环境中的分布特征,并通过实验验证COX19基因功能 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证仅针对单个基因COX19 | 探索铜代谢在结肠腺癌进展中的作用并开发预后预测模型 | 结肠腺癌患者组织样本和细胞系 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞测序, western blot, PCR, siRNA, 集落形成实验, Transwell实验 | 风险预测模型 | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞数据 | TCGA和GEO数据库中的结肠腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 493 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal single-cell analysis elucidates the cellular and molecular dynamics of human cornea aging
2025-May-19, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01475-z
PMID:40390022
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研究论文 | 通过单细胞时空分析揭示人类角膜衰老过程中的细胞和分子动态变化 | 首次构建人类角膜时空单细胞图谱,发现角膜上皮细胞的'时空向心迁移模式'新范式 | 样本量有限(8个供体),年龄跨度较大(33-88岁) | 阐明人类角膜衰老过程中的细胞和分子机制 | 人类角膜组织 | 单细胞组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 免疫荧光染色, Western blotting | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 8个供体的角膜组织(年龄33-88岁) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | scStereo-seq | 单细胞空间增强分辨率组学测序 |
| 494 | 2025-05-22 |
Corrigendum to "Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics"
2025-May-19, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2025.100088
PMID:40393347
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 495 | 2025-10-06 |
Identification of progression related LncRNAs in colorectal cancer aggressiveness
2025-May-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02096-7
PMID:40383716
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研究论文 | 通过整合TCGA转录组数据和单细胞RNA测序数据,识别结直肠癌进展相关的关键lncRNAs | 开发了整合多维度进展相关特征的评分系统,识别了198个关键lncRNAs,包括已知和新候选lncRNAs | NA | 研究结直肠癌进展相关的lncRNAs及其分子机制 | 结直肠癌组织和lncRNAs | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 差异表达分析, 生存分析 | NA | 基因表达数据 | TCGA数据库和单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 496 | 2025-10-06 |
Identification and verification of a polyamine metabolism-related gene signature for predicting prognosis and immune infiltration in osteosarcoma
2025-May-18, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-025-05716-0
PMID:40383808
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研究论文 | 本研究识别并验证了与骨肉瘤预后和免疫浸润相关的多胺代谢基因特征 | 首次在骨肉瘤中系统研究多胺代谢相关基因的预后价值,并构建了包含8个基因的预后风险模型 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发骨肉瘤预后预测模型并探索其与免疫浸润的关系 | 骨肉瘤患者和多胺代谢相关基因 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 蛋白质印迹, 免疫组织化学 | LASSO回归, Cox回归, 列线图模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 497 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic characterization of microscopic colitis
2025-May-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59648-8
PMID:40383833
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析结肠黏膜组织,构建微观结肠炎的细胞和分子模型 | 首次使用单细胞转录组技术系统表征微观结肠炎的免疫细胞特征,揭示了CD8组织驻留记忆T细胞向高细胞毒性和炎症表型的转变 | 样本来源仅限于结肠黏膜组织,未涉及其他肠道区域或更大样本量的验证 | 阐明微观结肠炎的发病机制和免疫细胞特征 | 微观结肠炎患者的结肠黏膜组织 | 单细胞组学 | 微观结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 498 | 2025-10-06 |
ZC3H12D gene expression exhibits dual effects on the development and progression of lung adenocarcinoma
2025-May-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02163-z
PMID:40383849
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研究论文 | 本研究探讨ZC3H12D基因在肺腺癌发展和肿瘤微环境调控中的双重作用 | 首次揭示ZC3H12D在免疫细胞和肿瘤细胞中具有空间双重功能,挑战传统生物标志物范式 | 研究样本量有限(511例肿瘤vs 59例正常组织),功能验证主要在体外细胞系中进行 | 探究ZC3H12D在肺腺癌进展和肿瘤微环境调控中的多方面作用 | 肺腺癌患者组织样本和PC9细胞系 | 计算生物学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA-seq, 转录组学, 蛋白质组学, 免疫组织化学 | 计算生物学方法 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA-seq数据 | 511例肿瘤和59例正常组织(转录组), 74例肿瘤和69例正常组织(蛋白质组), 15例肿瘤和11例正常组织(单细胞RNA-seq), 51对匹配样本(免疫组化) | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 499 | 2025-10-06 |
Alcohol consumption and esophageal cancer risk: unveiling DLEU2 as a key immune modulator through Mendelian randomization and transcriptomic analysis
2025-May-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02660-7
PMID:40383861
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和转录组分析揭示了酒精摄入与食管癌风险的因果关系,并发现DLEU2是关键的免疫调节因子 | 首次通过孟德尔随机化证实酒精摄入与食管癌的因果关系,并发现DLEU2作为lncRNA在肿瘤免疫微环境中的关键调控作用 | 未明确说明样本数量和研究人群的具体特征 | 探索酒精摄入与食管癌发生发展的遗传和分子机制 | 食管癌患者样本及相关基因表达数据 | 生物信息学 | 食管癌 | 孟德尔随机化分析, 转录组分析, 单细胞RNA测序, 泛癌分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 500 | 2025-10-06 |
Metabolism-associated marker gene-based predictive model for prognosis, targeted therapy, and immune landscape in ovarian cancer: an integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing with spatial transcriptomics
2025-May-17, BMC women's health
DOI:10.1186/s12905-025-03750-y
PMID:40382612
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、bulk RNA测序和空间转录组学数据,构建了基于代谢相关标志基因的卵巢癌预后预测模型 | 首次整合单细胞、bulk RNA测序和空间转录组学分析,构建基于四种代谢途径的预后模型,并发现TREM1作为关键预后标志物 | 研究样本量有限,需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发卵巢癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点 | 卵巢癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,空间转录omics,免疫组化,RT-qPCR,CCK-8,Transwell实验,体内肿瘤异种移植 | 预后预测模型 | 基因表达数据,空间转录组数据,突变数据 | TCGA-OV样本和单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA测序 | NA | NA |