单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-05-24	Fate mapping in mouse demonstrates early secretory differentiation directly from Lgr5+ intestinal stem cells 2025-05-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.023 PMID:39793582	research paper	该研究通过结合定量命运映射、数学建模和单细胞RNA测序，揭示了小鼠肠道上皮细胞更新的细胞水平机制	研究首次展示了Lgr5+肠道干细胞直接分化为早期分泌细胞的过程，并验证了数学模型的预测	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类肠道组织中验证	探究肠道上皮细胞更新的细胞水平机制及干细胞行为如何确保组织维持	小鼠肠道上皮细胞	细胞生物学	NA	定量命运映射, 数学建模, 单细胞RNA测序	数学建模	基因表达数据	三种互补的小鼠模型
462	2025-05-24	Single-cell RNA-seq identifies protracted mouse germline X chromosome reactivation dynamics directed by a PRC2-dependent mechanism 2025-05-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.028 PMID:39798575	研究论文	通过单细胞RNA测序和染色质分析，研究了小鼠原始生殖细胞中X染色体再激活的动态过程及其机制	首次在单细胞水平上精确评估了X染色体再激活的动力学，并揭示了PRC2依赖的机制在促进女性减数分裂中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究女性原始生殖细胞中X染色体再激活的分子机制及其与生殖细胞性别二态性的关系	小鼠胚胎中的原始生殖细胞和性腺生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序、染色质分析	NA	RNA-seq数据、染色质数据	从小鼠胚胎的迁移期原始生殖细胞到性腺生殖细胞
463	2025-05-24	Stemness in flux: Dissecting intestinal crypt organization with multimodal approaches 2025-05-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.003 PMID:40328226	research paper	通过整合谱系追踪、单细胞RNA测序和数学模型，揭示了隐窝基底干细胞在分泌和吸收谱系决定中的核心作用	结合多种方法揭示隐窝基底Lgr5细胞在维持肠道上皮稳态中的核心作用	NA	研究隐窝组织中干细胞在谱系决定中的作用	肠道隐窝基底干细胞	developmental biology	NA	lineage tracing, single-cell RNA sequencing, mathematical modeling	NA	RNA-seq data	NA
464	2025-05-24	Microglial mechanisms drive amyloid-β clearance in immunized patients with Alzheimer's disease 2025-May, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03574-1 PMID:40050704	研究论文	本文利用空间转录组学探究了阿尔茨海默病（AD）患者中淀粉样蛋白-β（Aβ）免疫治疗后的清除机制	揭示了不同免疫方法下小胶质细胞状态的差异及其与Aβ清除的关系，并发现了TREM2和APOE的上调与抗体反应及Aβ清除的正相关性	研究样本量有限，且仅针对特定免疫治疗方法（如lecanemab）	探究Aβ免疫治疗后AD患者脑中Aβ清除的分子机制	AD患者（免疫治疗与非免疫治疗）及神经健康对照者	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	免疫治疗AD患者、非免疫治疗AD患者及健康对照者
465	2025-05-24	KLRG1 identifies regulatory T cells with mitochondrial alterations that accumulate with aging 2025-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00855-9 PMID:40307497	研究论文	本文基于单细胞RNA测序数据，提出了一种流式细胞术面板，用于识别小鼠中与年龄相关的T细胞亚群，并评估了这些亚群的线粒体和衰老标志	发现了一种表达KLRG1的调节性T细胞亚群，该亚群随衰老在人类和小鼠中积累，并表现出线粒体改变等衰老特征	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证可能有限	探究与年龄相关的T细胞亚群在衰老过程中的作用	CD4 T细胞亚群，特别是表达KLRG1的调节性T细胞	免疫学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	小鼠和人类样本（具体数量未提及）
466	2025-05-24	Single-Cell RNA and Transcriptome Sequencing to Analyze the Role of Lactate Metabolism in Traumatic Brain Injury Astrocytes 2025-May, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70428 PMID:40395067	research paper	通过单细胞RNA和转录组测序分析乳酸代谢在创伤性脑损伤（TBI）星形胶质细胞中的作用	首次在单细胞水平上探索TBI后乳酸代谢在脑细胞中的角色，并鉴定出与TBI相关的乳酸代谢关键基因Ndufb9和Cox8a	研究仅使用小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索创伤性脑损伤后乳酸代谢在脑细胞中的作用	10周龄雄性C57BL/6J小鼠的额叶皮层组织	digital pathology	traumatic brain injury	scRNA-seq, transcriptome sequencing	NA	single-cell RNA sequencing data	C57BL/6J小鼠（具体数量未明确说明）
467	2025-05-23	Dual cytokine-engineered macrophages rejuvenate the tumor microenvironment and enhance anti-PD-1 therapy in renal cell carcinoma 2025-05-27, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114725 PMID:40294469	研究论文	研究开发了一种双细胞因子工程化的巨噬细胞，用于重编程肾细胞癌的肿瘤微环境并增强抗PD-1疗法的效果	开发了同时递送IL-12和CXCL-9的双细胞因子工程化巨噬细胞，能够重塑肿瘤微环境并显著增强抗PD-1疗法的效果	NA	克服肾细胞癌对抗PD-1疗法的耐药性	肾细胞癌的肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
468	2025-05-23	Bisecting GlcNAc expression by bone marrow stromal cells modulates TGF-β1-driven macrophage polarization in myeloid leukemias 2025-May-22, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.287091 PMID:40400458	研究论文	研究骨髓基质细胞中双分N-乙酰葡萄糖胺（GlcNAc）表达如何通过TGF-β1调控髓系白血病中的巨噬细胞极化	揭示了骨髓基质细胞中特定糖链（减少的双分GlcNAc）通过TGFβ1分泌促进M2极化巨噬细胞亚型的机制，并发现这一过程提高了PD-L1表达，从而损害CD8+ T细胞功能	NA	探讨骨髓基质细胞中糖链修饰对髓系白血病肿瘤微环境中巨噬细胞极化的影响	骨髓基质细胞、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	髓系白血病（AML和MDS）	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	NA
469	2025-05-23	A conserved epilepsy-associated gene co-expression module identifies increased metabolic rate as a shared pathomechanism 2025-May-22, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.052307 PMID:40401642	研究论文	通过果蝇全脑单细胞RNA测序，研究癫痫相关基因共表达网络，揭示代谢率增加作为癫痫的共同病理机制	利用果蝇单细胞表达数据和行为验证人类基因共表达网络，首次将代谢率增加与癫痫易感性联系起来	研究结果主要基于果蝇模型，需要在人类样本中进一步验证	揭示癫痫的分子机制，特别是代谢与癫痫易感性的关系	果蝇和人类癫痫相关基因	神经科学	癫痫	单细胞RNA测序	果蝇基因敲低模型	RNA测序数据	26个基因的果蝇全脑单细胞RNA测序数据
470	2025-05-23	Single-cell sequencing on PBMCs from HA & HB patients with inhibitors reveals different immune responses to FVIII & FIX 2025-May-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2025015799 PMID:40402102	研究论文	通过单细胞测序技术研究血友病A和血友病B患者对FVIII和FIX的不同免疫反应	首次在单细胞水平上比较了HA和HB患者对FVIII和FIX的免疫反应差异，揭示了淋巴细胞亚群组成和功能状态的差异	样本量较小（5例HA和5例HB患者），可能影响结果的普遍性	探索HA和HB患者对FVIII和FIX的不同免疫反应机制	血友病A和血友病B患者的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞测序	血友病	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	5例HA患者和5例HB患者的PBMCs，共75,051个细胞
471	2025-05-23	Myeloid Cells in Abdominal Aortic Aneurysm 2025-May-22, Current atherosclerosis reports IF:5.7Q1 DOI:10.1007/s11883-025-01302-1 PMID:40402405	review	综述了髓系细胞在腹主动脉瘤(AAA)发病机制中的关键作用及其治疗潜力	单细胞RNA测序揭示了AAA中髓系细胞的多样性，并阐明了不同髓系细胞亚群在疾病中的作用机制	临床转化面临微环境串扰和潜在脱靶效应的挑战	探讨髓系细胞在腹主动脉瘤发病机制中的作用及治疗靶向潜力	腹主动脉瘤中的髓系细胞	血管生物学	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
472	2025-05-23	Gain-of-function PPM1D mutations attenuate ischemic stroke 2025-May-21, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01523-6 PMID:40399534	研究论文	研究发现PPM1D基因的功能获得性突变可以减轻缺血性脑损伤，并验证了其药物稳定剂T2755作为缺血性中风的有前景疗法	首次发现PPM1D基因的功能获得性突变与缺血性中风患者的临床表型改善相关，并揭示了PPM1D通过PPARα途径保护内皮细胞功能的机制	研究中仅发现8例携带PPM1D突变的患者，样本量较小	探索缺血性中风的遗传基础及潜在治疗靶点	10,241名缺血性中风患者和Ppm1d缺陷小鼠	遗传学	缺血性中风	全基因组测序、空间转录组学、蛋白质组学分析	Ppm1d缺陷小鼠模型	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	10,241名缺血性中风患者（其中8例携带PPM1D突变）和Ppm1d缺陷小鼠
473	2025-05-23	Synergistic effects of PA (S184N) and PB2 (E627K) mutations on the increased pathogenicity of H3N2 canine influenza virus infections in mice and dogs 2025-May-20, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01984-24 PMID:40183583	研究论文	本研究通过在小鼠体内连续传代H3N2犬流感病毒，建立了致死性感染模型，并揭示了PA(S184N)和PB2(E627K)突变协同增强病毒对狗和小鼠的致病性	首次揭示了PA(S184N)和PB2(E627K)突变在H3N2犬流感病毒中对哺乳动物适应性的协同作用，并通过单细胞RNA测序阐明了其逃避宿主抗病毒反应的机制	研究主要集中在小鼠和狗模型，对人类潜在风险的研究仍需进一步验证	阐明H3N2犬流感病毒适应哺乳动物的分子机制	H3N2犬流感病毒及其在小鼠和狗中的感染模型	病毒学	流感	单细胞RNA测序、病毒连续传代	动物感染模型	基因序列数据、病毒滴度数据	小鼠和狗的肺组织样本
474	2025-05-23	Mucinous breast cancer organoids: an in vitro research model 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02586-0 PMID:40388071	research paper	该研究建立了源自患者的黏液性乳腺癌类器官模型，用于临床药物筛选和科学研究	首次报道了黏液性乳腺癌类器官模型，并验证了其在早期传代中与原组织相似的特性	研究仅基于一名患者的样本，样本量有限	开发一种可靠的体外模型以解决纯黏液性乳腺癌的异质性问题	纯黏液性乳腺癌患者的手术肿瘤样本	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA-Seq, histological staining, drug testing	organoid model	RNA sequencing data, histological images	1名64岁中国女性患者的肿瘤样本
475	2025-05-23	Brain tumors induce immunoregulatory dendritic cells in draining lymph nodes that can be targeted by OX40 agonist treatment 2025-May-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011548 PMID:40389372	research paper	该研究探讨了脑肿瘤引流淋巴结中免疫调节性树突状细胞的作用及其通过OX40激动剂治疗的潜在靶向性	揭示了脑肿瘤引流淋巴结中树突状细胞（DC-c）独特的免疫调节功能，并发现OX40信号通路在调节这些细胞功能中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	研究脑肿瘤免疫微环境中树突状细胞的免疫调节功能及其治疗潜力	小鼠模型中的胶质瘤和淋巴瘤	免疫学	脑肿瘤	高分辨率流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠模型	细胞和分子数据	NA
476	2025-05-23	Single-cell RNA-sequencing reveals early mitochondrial dysfunction unique to motor neurons shared across FUS- and TARDBP-ALS 2025-May-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59679-1 PMID:40389397	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了FUS和TARDBP基因突变导致的肌萎缩侧索硬化症（ALS）中运动神经元特异性线粒体功能障碍的共享机制	揭示了FUS和TARDBP突变导致的ALS中运动神经元特异性线粒体功能障碍的共享机制，并发现这些机制与蛋白质错误定位无关	研究基于诱导多能干细胞衍生的神经元模型，可能与体内真实情况存在差异	探究FUS和TARDBP基因突变导致ALS的选择性运动神经元退化的共同病理机制	携带FUS P525L、FUS R495X、TARDBP M337V突变或FUS敲除的诱导多能干细胞衍生的神经元	分子生物学	肌萎缩侧索硬化症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多种基因编辑的诱导多能干细胞系
477	2025-05-23	A CRISPR/Cas9-based enhancement of high-throughput single-cell transcriptomics 2025-May-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59880-2 PMID:40389438	研究论文	介绍了一种名为scCLEAN的分子方法，利用CRISPR/Cas9技术优化单细胞RNA测序（scRNAseq），以提高对低丰度转录本的检测能力	首次将CRISPR/Cas9技术应用于单细胞RNA测序文库的全局重组，显著提高了对低丰度转录本的检测能力	在某些生物背景下应用可能不理想，具体适用范围需要进一步验证	解决单细胞RNA测序中高丰度转录本掩盖低丰度转录本检测的问题	异质性免疫细胞和同质性血管平滑肌细胞	基因组学	NA	CRISPR/Cas9, scRNAseq, 单细胞MAS-Seq	NA	RNA测序数据	多种人类组织和细胞类型
478	2025-05-23	Focusing on DC cells to optimize the prediction of prognosis and innovative treatment strategies for colon cancer 2025-May-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01792-8 PMID:40389562	研究论文	本研究通过识别树突状细胞相关基因（DCRGs），构建风险评分系统（DCRI），并评估其在结肠癌预后和治疗中的意义	开发了一种新的DCRI评分系统，能够准确预测结肠癌的预后和免疫治疗反应，并发现PPP2CB作为潜在的治疗靶点	DCRGs在结肠癌中的预后意义尚未充分探索，研究可能受限于样本量和数据来源	优化结肠癌的预后预测和创新治疗策略	结肠腺癌（COAD）患者	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、差异表达分析、单变量Cox回归、LASSO-Cox分析	风险评分系统（DCRI）	转录组数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的结肠癌组织样本
479	2025-05-23	Single-cell transcriptomic landscape reveals complex cellular heterogeneity and dysregulated signaling pathways in nasopharyngeal carcinoma 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02506-2 PMID:40389670	研究论文	通过单细胞转录组学分析鼻咽癌肿瘤微环境的复杂细胞异质性和失调信号通路	首次系统性地分析了鼻咽癌中不同细胞类型的转录特征及其在肿瘤发展中的作用	未提及样本量的具体限制或技术上的局限性	揭示鼻咽癌肿瘤微环境的细胞组成和信号通路失调	鼻咽癌组织和正常组织样本	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未提及具体样本数量
480	2025-05-23	Novel marker genes and small molecule drugs for radiotherapy resistance in cervical cancer identified based on single-cell multi-omics analysis 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02532-0 PMID:40389794	研究论文	通过单细胞多组学分析和机器学习方法，识别宫颈癌放疗抗性的新标记基因和小分子药物	结合多组学数据和机器学习构建稳健的预后模型，识别与放疗抗性相关的分子标记和潜在治疗药物	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探究宫颈癌放疗抗性的分子和细胞机制	宫颈癌患者	数字病理学	宫颈癌	单细胞测序、转录组测序、甲基化分析	Cox回归	测序数据	43,475个细胞和13种细胞类型