单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-05-26	Single-cell sequencing and transcriptomic data reveal that P65 activation significantly promotes microglia-mediated neuroinflammation after ischemic stroke 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00524-2 PMID:40404711	研究论文	该研究通过单细胞测序和转录组数据分析，揭示了P65激活在缺血性中风后小胶质细胞介导的神经炎症中的关键作用	识别了与脑缺血再灌注损伤后炎症反应相关的两个小胶质细胞亚型Cx3cr1+和Cdk1+，并证实P65是其关键调控因子	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，人类样本验证不足	探究脑缺血再灌注损伤后小胶质细胞介导的神经炎症机制	小胶质细胞亚型及其在脑缺血再灌注损伤中的作用	神经科学	缺血性中风	单细胞测序、转录组分析、qPCR、Western blotting、免疫荧光染色	MCAO小鼠模型、OGD/R处理的BV2细胞模型	单细胞转录组数据、基因表达数据	五个数据集(GSE227651等)、MCAO小鼠模型、OGD/R处理的BV2细胞
422	2025-05-26	Elucidating the tumor microenvironment interactions in breast, cervical, and ovarian cancer through single-cell RNA sequencing 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03017-4 PMID:40404741	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌肿瘤微环境中的关键细胞类型及其相互作用	识别了四种癌症相关成纤维细胞（CAF）亚型，并揭示了它们与肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在肿瘤进展中的关键作用及信号通路	研究依赖于GEO数据库中的样本，可能受到数据来源的限制	解析妇科肿瘤（乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌）微环境中的细胞类型及其相互作用	乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌的肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌	单细胞RNA测序	SingleR, CellChat	RNA测序数据	来自GEO数据库的妇科肿瘤样本
423	2025-05-26	Single cell analysis of diverse immune cell in pneumococcal meningitis 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02258-7 PMID:40404806	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺炎球菌性脑膜炎(PM)患者和健康个体的外周血单核细胞，揭示了PM中免疫细胞亚群的组成变化和功能特征	首次在单细胞分辨率下全面描绘了PM的免疫反应转录组景观，发现了中性粒细胞过度激活和适应性免疫反应相对抑制的新机制	样本量有限，且仅分析了外周血免疫细胞而未涉及中枢神经系统局部免疫反应	阐明肺炎球菌性脑膜炎的免疫病理机制	肺炎球菌性脑膜炎患者和健康个体的外周血单核细胞	单细胞转录组学	脑膜炎/肺炎球菌感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	PM患者和健康个体的外周血单核细胞(具体数量未明确说明)
424	2025-05-26	Integrating Mendelian randomization and multi-transcriptomic analyses to unveil the genetic association risk of regulatory T cell-mediated free cholesterol and gastric cancer 2025-May-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02739-1 PMID:40405007	research paper	该研究通过整合孟德尔随机化和多转录组分析，揭示了调节性T细胞介导的游离胆固醇与胃癌的遗传关联风险	首次结合孟德尔随机化和多转录组分析方法，探讨游离胆固醇通过调节性T细胞影响胃癌的因果机制	研究结果主要基于遗传数据，需要进一步的实验验证	阐明游离胆固醇与胃癌之间的因果关系及其免疫调节机制	游离胆固醇、调节性T细胞和胃癌	生物医学研究	胃癌	孟德尔随机化(MR)、GWAS、单细胞测序	NA	遗传数据、转录组数据	233种代谢物、731种免疫细胞的GWAS数据，以及TCGA数据库和单细胞测序数据
425	2025-05-26	Identification of shared mechanisms between Alzheimer's disease and atherosclerosis by integrated bioinformatics analysis 2025-May-22, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02642-z PMID:40405226	研究论文	通过整合生物信息学分析，识别阿尔茨海默病与动脉粥样硬化之间的共同机制	首次通过加权基因共表达网络分析、基于机器学习的Lasso Cox回归分析和随机森林分析，识别出WIPF3作为两种疾病中最受影响的基因，并揭示了炎症在两种疾病共现中的关键作用	研究依赖于公开的测序数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索阿尔茨海默病与动脉粥样硬化的共同发病机制	阿尔茨海默病患者脑组织和动脉粥样硬化斑块的测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 动脉粥样硬化	加权基因共表达网络分析, Lasso Cox回归分析, 随机森林分析, 单细胞RNA测序	机器学习	测序数据	NA
426	2025-05-26	Identification of m5C RNA modification-related gene signature for predicting prognosis and immune microenvironment-related characteristics of heart failure 2025-May-22, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00454-z PMID:40405297	研究论文	本研究通过识别m5C RNA修饰相关基因特征，预测心力衰竭的预后和免疫微环境相关特征	首次系统地研究了m5C RNA修饰在心力衰竭中的作用及其与免疫微环境的关系，并开发了基于4个m5C RNA修饰生物标志物的诊断模型	研究主要基于公开数据集GSE141910和GSE183852，样本量相对有限，且实验验证仅在HF大鼠模型中进行	探索m5C RNA修饰在心力衰竭中的作用及其与免疫微环境的关系	心力衰竭患者样本和心肌梗死后HF大鼠模型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, WB, WGCNA, PPI网络分析	随机森林(RF), LASSO逻辑回归, SVM-RFE	基因表达数据	训练队列：200例HF患者和166例NFDs；验证队列：HF大鼠模型
427	2025-05-26	Heterologous prime-boost with an mRNA vaccine and an oncolytic virus enhances tumor regression through overcoming intratumoral immune suppression 2025-May-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115745 PMID:40411783	research paper	研究探讨了mRNA疫苗与溶瘤病毒异源初免-加强策略在HPV相关癌症治疗中的效果	首次提出并验证了mRNA疫苗与溶瘤病毒联合使用的异源初免-加强策略，显著增强了肿瘤消退效果	研究仅在小鼠同种移植肿瘤模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索克服肿瘤内免疫抑制的新型联合免疫治疗策略	HPV相关癌症	肿瘤免疫治疗	HPV相关癌症	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠同种移植肿瘤模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	未明确说明具体样本量（小鼠模型）
428	2025-05-26	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101260 PMID:40215972	research paper	该研究利用单细胞测序技术分析CAR信号传导，揭示影响体内持久性的关键因素	首次系统性地研究了不同ICD结构如何通过分子水平调控T细胞功能，并发现了一种与持久性相关的独特信号特征	发现的信号特征仅适用于液体肿瘤，不适用于实体瘤	解码CAR信号传导设计原则，优化下一代ICD结构	工程化表达嵌合抗原受体(CARs)的T细胞	免疫治疗	肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	临床相关ICD结构库
429	2025-05-26	Unveiling the hidden dance: SPP1 + macrophages identified in ulcerative colitis reveal crosstalk with CHI3L1 + fibroblasts 2025-May-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06565-5 PMID:40399882	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了溃疡性结肠炎中SPP1+巨噬细胞与CHI3L1+成纤维细胞的相互作用及其在疾病进展中的作用	首次识别出SPP1+巨噬细胞和CHI3L1+成纤维细胞作为溃疡性结肠炎发病机制中的关键参与者，并揭示了它们在炎症部位的富集与疾病严重程度的相关性	研究样本量有限，且主要依赖于公共数据库数据进行验证	探索巨噬细胞和成纤维细胞在溃疡性结肠炎发病机制中的具体作用及其相互作用	溃疡性结肠炎患者的外周血和结肠活检样本中的巨噬细胞和成纤维细胞	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、多重免疫组化(mIHC)	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组化数据	UC患者的外周血和结肠活检样本（具体数量未明确说明）
430	2025-05-26	Long noncoding RNAs in familial hypercholesterolemia: biomarkers, therapeutics, and AI in precision medicine 2025-May-21, Lipids in health and disease IF:3.9Q2 DOI:10.1186/s12944-025-02605-7 PMID:40399983	review	探讨长链非编码RNA（lncRNA）在家族性高胆固醇血症（FH）中的机制作用及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	揭示了lncRNA在胆固醇代谢中的关键作用，并探讨了AI驱动的lncRNA发现和单细胞转录组学在FH诊断和治疗中的创新应用	生物标志物验证、RNA递送效率及监管批准等挑战仍需解决	研究lncRNA在FH发病机制中的作用及其在精准医学中的应用	家族性高胆固醇血症（FH）患者及其相关lncRNA	精准医学	心血管疾病	AI驱动的lncRNA发现、单细胞转录组学、反义寡核苷酸、siRNA、CRISPR基因编辑	NA	转录组数据	NA
431	2025-05-26	Single-Cell Transcriptomics Uncovers Core Signature for Regulating Mitochondrial Homeostasis During Testicular Ageing 2025-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13797 PMID:39731228	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了睾丸衰老过程中线粒体稳态调控的核心特征	首次在果蝇模型中利用单细胞RNA测序技术系统揭示了睾丸衰老过程中生殖细胞亚群的线粒体功能变化及其调控机制	研究仅基于果蝇模型，需要在哺乳动物中进行验证	探究睾丸衰老过程中线粒体功能变化的分子机制	年轻和年老果蝇的睾丸组织	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	年轻和年老果蝇睾丸样本（具体数量未说明）
432	2025-05-11	Unraveling Tissue Complexity Through Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2025-May, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500710 PMID:40342283	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
433	2025-05-26	Optineurin Cooperates With NRF2 to Regulate Tooth Root Morphogenesis by Controlling Mitochondrial Dynamics and Apoptosis 2025-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13799 PMID:39762159	研究论文	本研究探讨了Optineurin (OPTN)与NRF2在牙齿根部形态发生中的协同作用，通过调控线粒体动力学和凋亡影响牙齿发育	首次揭示了OPTN通过促进线粒体分裂与NRF2协同调控牙齿根部发育的机制	研究主要基于小鼠模型，人类牙齿样本数据较少	阐明OPTN在牙齿根部发育中的作用机制	小鼠胚胎及出生后牙齿、人类胚胎及成人牙齿、根尖乳头干细胞(SCAPs)	发育生物学	牙齿发育异常	单细胞测序、RNA-seq分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	E16.5、P1、P7小鼠牙齿及人类牙齿样本
434	2025-05-25	Association of DNA damage response signals and oxidative stress status with nivolumab efficacy in patients with Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-May-23, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03032-2 PMID:40410274	research paper	研究DNA损伤反应信号和氧化应激状态与头颈鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的关联	首次在头颈鳞状细胞癌患者中，通过外周血单核细胞检测DNA损伤反应信号和氧化应激状态，探索其与免疫检查点抑制剂疗效的相关性	样本量较小（50例患者），需要进一步验证	探索DNA损伤反应信号和氧化应激状态作为预测头颈鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的生物标志物	头颈鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	空间转录组学	NA	RNA测序数据	26名健康对照和50名复发/转移性头颈鳞状细胞癌患者
435	2025-05-25	Combining spatial transcriptomics and ECM imaging in 3D for mapping cellular interactions in the tumor microenvironment 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101261 PMID:40220761	research paper	该研究结合空间转录组学和ECM成像技术，在3D环境下绘制肿瘤微环境中的细胞相互作用	首次将3D空间转录组学与ECM成像技术整合，系统量化了细胞邻域中的分子状态、细胞间相互作用及ECM重塑	研究仅基于一例临床肺癌样本，样本量有限	探索肿瘤微环境中细胞间及细胞与ECM的相互作用，以指导微环境靶向治疗	临床肺癌样本中的恶性与非恶性细胞及ECM	digital pathology	lung cancer	空间转录组学（ST）、ECM成像	NA	3D组织切片数据	一例临床肺癌样本
436	2025-05-25	Scalable image-based visualization and alignment of spatial transcriptomics datasets 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101264 PMID:40267922	research paper	介绍了一个名为STIM的基于图像的计算框架，用于可视化和对齐高通量空间测序数据集	STIM基于ImgLib2和BigDataViewer图像数据框架，能够将现有计算机视觉技术应用于具有不规则测量间距和任意空间分辨率的测序数据领域	未明确提及具体限制	开发一个可扩展的基于图像的框架，用于可视化和对齐空间转录组学数据集	小鼠脑组织的13个连续切片和人类转移淋巴结的19个切片的空间测序数据	digital pathology	NA	空间转录组学技术	NA	image	13个小鼠脑组织切片和19个人类转移淋巴结切片
437	2025-05-25	Identification of cell specific biomarkers for intellectual disability via single cell RNA sequencing and transcriptomic bioinformatics approaches 2025-May-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85162-4 PMID:40399537	研究论文	通过单细胞RNA测序和转录组生物信息学方法，识别与智力障碍相关的T细胞特异性生物标志物	利用单细胞RNA测序和转录组数据比较分析，发现与T细胞相关的潜在生物标志物，并识别了多个关键转录因子和microRNAs	未提及具体样本量，且研究结果需要进一步验证	寻找与智力障碍诊断和评估相关的T细胞生物标志物	智力障碍患者的T细胞（CD4和CD8）	生物信息学	智力障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组数据分析	NA	RNA测序数据	NA
438	2025-05-25	Inflammatory metabolite 7α,25-OHC promotes TIMP1 expression in COVID-19 monocytes through synergy effect of SMARCC1/JUND/H3K27ac 2025-May-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05721-w PMID:40399563	研究论文	本研究揭示了炎症代谢物7α,25-OHC通过SMARCC1/JUND/H3K27ac的协同效应促进COVID-19单核细胞中TIMP1表达的机制	首次发现7α,25-OHC通过增强SMARCC1-JUND相互作用调控TIMP1表达，揭示了COVID-19炎症反应的新机制	研究主要基于体外实验和测序数据分析，缺乏体内实验验证	探究COVID-19患者单核细胞中炎症反应的分子机制	COVID-19患者的单核细胞	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、ChIP-qPCR、免疫共沉淀	NA	单细胞测序数据	COVID-19患者的单核细胞样本（具体数量未提及）
439	2025-05-25	RNAcare: integrating clinical data with transcriptomic evidence using rheumatoid arthritis as a case study 2025-May-21, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02162-z PMID:40399884	研究论文	介绍了一个名为RNAcare的计算平台，旨在整合临床数据和转录组学数据，以类风湿性关节炎为例进行研究	RNAcare平台提供了一个交互式且可重复的解决方案，专门设计用于在临床背景下分析患者样本的转录组学数据，并整合临床特征	平台可能仍需要一定的技术背景才能充分利用其功能，且目前仅以类风湿性关节炎为例进行了验证	开发一个能够整合临床数据和转录组学数据的计算平台，以帮助研究人员分析基因表达与临床特征之间的关系	类风湿性关节炎患者的转录组学数据和临床数据	生物信息学	类风湿性关节炎	RNA-Seq	机器学习	转录组学数据和临床数据	NA
440	2025-05-25	Targeting CD74 in microglia to modulate experimental cerebral ischemia and reperfusion injury: insights from Single-Cell and bulk transcriptomics 2025-May-21, Molecular brain IF:3.3Q2 DOI:10.1186/s13041-025-01197-8 PMID:40400029	研究论文	本研究探讨了CD74在小胶质细胞中的作用，以调节实验性脑缺血和再灌注损伤	首次发现CD74在小胶质细胞中的上调与神经炎症相关，并通过靶向敲低CD74减轻了脑损伤和神经功能缺陷	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索CD74在缺血性中风中的作用及其作为治疗靶点的潜力	小胶质细胞和CD74基因	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序和批量RNA测序	CX3CR1Cre/ERT2小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型