单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 799 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2025-10-06 |
Distinct Transcriptomic Profiles of Cultured Anterior and Posterior Populations of Human Infant Scleral Fibroblasts: Including Dopamine Receptors
2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.5.29
PMID:40402520
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了婴儿巩膜成纤维细胞前部和后部亚群具有不同的转录组特征，包括多巴胺受体的差异表达 | 首次对婴儿巩膜成纤维细胞进行全面的转录组分析，揭示了其异质性，并发现多巴胺受体在巩膜重塑中的调控作用 | 研究样本年龄范围有限（3个月至2岁），且为体外培养细胞，可能无法完全反映体内情况 | 阐明巩膜成纤维细胞的异质性及其在多巴胺信号调控巩膜重塑中的作用机制 | 婴儿巩膜成纤维细胞（前部、赤道部和后部区域） | 单细胞转录组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 来自婴儿巩膜前部、赤道部和后部区域的培养成纤维细胞（3个月至2岁年龄） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics平台 | NA |
| 382 | 2025-10-06 |
UCS: A Unified Approach to Cell Segmentation for Subcellular Spatial Transcriptomics
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202400975
PMID:39763408
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研究论文 | 提出一种统一细胞分割方法UCS，专门用于处理来自不同平台的亚细胞空间转录组学数据 | 首次提出统一方法处理多平台SST数据，通过整合细胞核分割和转录数据实现高精度细胞分割 | 未提及方法在特定组织类型或数据质量较差情况下的性能表现 | 开发适用于多平台亚细胞空间转录组学数据的细胞分割方法 | 亚细胞空间转录组学数据中的细胞分割 | 空间转录组学 | NA | 深度学习 | NA | 图像, 转录组数据 | NA | 10x Genomics, NanoString, Vizgen, BGI | 空间转录组学 | 10X Xenium, NanoString CosMx, MERSCOPE, Stereo-seq | 亚细胞空间转录组学平台 |
| 383 | 2025-10-06 |
Feedback regulation of VISTA and Treg by TNF-α controls T cell responses in drug allergy
2025-May, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16393
PMID:39526799
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和功能分析揭示了TNF-α通过调控VISTA和Treg细胞在药物过敏中控制T细胞应答的反馈机制 | 首次发现TNF-α通过抑制VISTA表达破坏药物特异性T细胞耐受性，并阐明了不同阶段T细胞应答的反馈调控机制 | 研究样本量有限，免疫病理机制仍存在复杂性 | 阐明严重皮肤不良反应(SCARs)的免疫发病机制并优化治疗方案 | 严重皮肤不良反应(SCARs)患者 | 免疫学 | 药物过敏 | 单细胞测序, 体外功能分析, 临床分析 | NA | 单细胞测序数据, 临床数据 | SCARs患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 384 | 2025-10-06 |
Multi-view clustering for single-cell RNA-seq data based on graph fusion
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf193
PMID:40413869
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研究论文 | 提出基于图融合的多视图聚类算法scMCGF，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类分析 | 首次将多视图学习与图融合方法结合用于单细胞RNA测序数据聚类，通过整合线性/非线性特征和通路水平信息提升聚类性能 | 未明确说明计算复杂度和对大规模数据的适用性 | 开发更准确和鲁棒的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多视图聚类、图融合算法 | 基因表达数据 | 13个真实数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 385 | 2025-10-06 |
Scleraxis-expressing progenitor cells are critical for the maturation of the annulus fibrosus and demonstrate therapeutic potential
2025-May, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2025.04.009
PMID:40421145
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定出纤维环中表达Scleraxis的祖细胞群，并证明其对纤维环成熟和修复具有关键作用 | 首次通过单细胞转录组学鉴定出纤维环特异性祖细胞群，并证明Scleraxis可作为该祖细胞的特异性标记物 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用仍需进一步验证 | 探究纤维环祖细胞的身份特征及其在纤维环成熟和损伤修复中的作用 | 小鼠椎间盘组织中的纤维环祖细胞 | 单细胞生物学 | 椎间盘退行性疾病 | 单细胞RNA测序，遗传谱系追踪，干细胞实验，细胞移植 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠椎间盘组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 386 | 2025-10-06 |
Endothelial Changes at Different Stages After Ischemic Stroke Contribute to the Regulation of Immune Cell Infiltration
2025-May, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70456
PMID:40421577
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了缺血性中风后不同阶段内皮细胞的功能变化如何调节免疫细胞浸润模式 | 首次在单细胞水平系统揭示缺血性中风后不同阶段静脉内皮细胞的功能异质性及其对免疫细胞浸润的时序性调控机制 | 研究仅使用小鼠MCAO模型，需要人类样本验证；样本量相对有限 | 探究缺血性中风后不同阶段内皮细胞功能变化对免疫细胞浸润的调控机制 | 小鼠外周免疫细胞和内皮细胞 | 单细胞生物学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据，图像数据 | 假手术组和MCAO小鼠在术后3天和14天的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 387 | 2025-10-06 |
Exploring the impact of the liver-intestine-brain axis on brain function in non-alcoholic fatty liver disease
2025-May, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2024.101077
PMID:40433559
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研究论文 | 本研究探讨非酒精性脂肪肝病通过肝-肠-脑轴影响脑功能的分子机制及潜在治疗策略 | 首次揭示脱氧胆酸通过抑制Hpgd基因激活JAK2/STAT3通路导致小胶质细胞炎症激活的分子机制 | NA | 阐明NAFLD通过肝-肠-脑轴导致脑功能障碍的分子机制 | NAFLD患者、NAFLD小鼠模型、小胶质细胞 | 生物医学 | 非酒精性脂肪肝病 | 16S rRNA测序,非靶向代谢组学(LC-MS),单细胞RNA测序 | NA | 微生物组数据,代谢组数据,单细胞转录组数据 | NAFLD患者和健康个体的粪便样本,NAFLD小鼠模型 | NA | 16S rRNA测序,代谢组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 388 | 2025-10-06 |
Elevating single-particle encapsulation in droplet microfluidics by utilizing surface acoustic wave and flow control
2025-May-28, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d4lc00787e
PMID:40302630
|
研究论文 | 提出了一种集成表面声波和鞘流控制的液滴微流控系统，显著提高了单颗粒封装效率 | 结合表面声波和鞘流控制实现颗粒线性排列，突破传统方法的泊松分布限制 | 未明确说明系统在更复杂生物样本中的应用限制 | 提高液滴微流控中单颗粒封装效率 | 聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞 | 微流控技术 | NA | 表面声波(SAW)、鞘流控制、液滴微流控 | NA | 实验数据 | 多种浓度溶液的聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞 | NA | 液滴微流控、单细胞分析 | NA | 集成表面声波和鞘流控制的液滴微流控系统 |
| 389 | 2025-10-06 |
Image guided construction of a common coordinate framework for spatial transcriptome data
2025-May-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-01862-x
PMID:40413226
|
研究论文 | 提出深度学习算法STaCker，通过图像配准统一空间转录组切片的坐标框架 | 开发了首个通过整合组织图像和基因表达构建复合图像表示的空间转录组坐标统一算法，仅使用合成数据进行训练 | 未提及算法在极端组织变形情况下的性能表现 | 解决空间转录组切片间缺乏统一坐标框架的问题，实现数据比较和整合 | 空间转录组数据切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 深度学习 | 图像、基因表达数据 | 多个基准测试数据集和真实空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 390 | 2025-10-06 |
Construction of a deep learning model and identification of the pivotal characteristics of FGF7- and MGST1- positive fibroblasts in heart failure post-myocardial infarction
2025-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143171
PMID:40258553
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析构建深度学习模型，揭示了FGF7+和MGST1+成纤维细胞在心肌梗死后心力衰竭中的关键特征 | 首次发现FGF7MGST1成纤维细胞在心肌梗死后心力衰竭中下调，并通过多组学分析揭示其细胞通讯特征和因果关联 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据，需要在人类样本中进一步验证 | 探究成纤维细胞异质性在心肌梗死后心力衰竭中的作用机制 | 心脏组织中的成纤维细胞，特别是FGF7+和MGST1+成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，qRT-PCR，孟德尔随机化分析 | 深度学习模型，机器学习算法 | 单细胞转录组数据，基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量，包含小鼠心脏组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 391 | 2025-10-06 |
Neurotrophin-3/chitosan inhibits cuproptosis-related genes to enable functional recovery after spinal cord injury
2025-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143403
PMID:40268016
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研究论文 | 本研究探讨了铜死亡相关基因在脊髓损伤中的调控机制，并评估了神经营养因子-3/壳聚糖在促进功能恢复方面的治疗潜力 | 首次整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq分析脊髓损伤后铜死亡相关基因的调控网络，发现神经营养因子-3/壳聚糖可抑制铜死亡相关基因表达 | 需要在更大样本队列中验证研究结果，并进一步探索NT3-壳聚糖调控铜死亡相关基因的详细机制 | 研究脊髓损伤中铜死亡相关基因的调控机制及潜在治疗方法 | 小鼠脊髓组织 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接分析 | 机器学习 | 基因表达数据 | 小鼠脊髓组织在不同时间点的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 392 | 2025-10-06 |
GRACE: Unveiling Gene Regulatory Networks With Causal Mechanistic Graph Neural Networks in Single-Cell RNA-Sequencing Data
2025-05, IEEE transactions on neural networks and learning systems
IF:10.2Q1
DOI:10.1109/TNNLS.2024.3412753
PMID:38896510
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研究论文 | 提出一种基于图神经网络和结构因果模型的GRACE框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行因果推理 | 将结构因果模型与图神经网络结合，首次在单细胞RNA测序数据中实现基因因果关系的显式建模和推理 | 未明确说明模型的计算复杂度或对大规模数据集的扩展性 | 从单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络并揭示基因间的因果关系 | 基因调控网络和基因因果关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 自编码器, 结构因果模型 | 基因表达数据 | 7个基准数据集和人类外周血单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 393 | 2025-10-06 |
Targeting Ferroptosis Alleviates Pulmonary Arterial Hypertension, Insights from Transcriptomic and Experimental Analyses
2025-May-28, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202500001
PMID:40432432
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研究论文 | 本研究通过转录组学和实验分析探讨铁死亡在肺动脉高压发病机制中的作用 | 首次揭示铁死亡是肺动脉高压内皮细胞损伤的关键机制，并发现HIF1α信号在铁死亡诱导中的重要作用 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证 | 研究铁死亡在肺动脉高压发展中的作用及其分子机制 | 肺动脉高压患者和小鼠模型 | 生物医学 | 肺动脉高压 | 转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,组织学数据 | PAH患者和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 394 | 2025-05-29 |
Author Correction: Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC
2025-May-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02747-9
PMID:40425739
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 395 | 2025-10-06 |
[New technologies serve as accelerators for breakthroughs in modern acupuncture research]
2025-May-25, Zhen ci yan jiu = Acupuncture research
DOI:10.13702/j.1000-0607.20250380
PMID:40390610
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综述 | 系统回顾现代针灸研究发展历程，探讨不同时期技术对针灸研究的推动作用 | 强调新兴技术（单细胞测序、空间转录组学、神经影像、人工智能等）在未来针灸研究中的重要作用 | NA | 探讨技术发展对现代针灸研究的推动作用 | 针灸研究发展历程与技术应用 | NA | NA | 电生理技术、生化技术、单细胞测序、空间转录组学、神经影像、人工智能 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 396 | 2025-10-06 |
A regulatory variant rs9379874 in T1D risk region 6p22.2 affects BTN3A1 expression regulating T cell function
2025-May, Acta diabetologica
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s00592-024-02389-9
PMID:39417845
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研究论文 | 本研究通过功能基因组学方法鉴定了6p22.2区域中影响BTN3A1表达的功能性变异rs9379874及其在1型糖尿病发病机制中的作用 | 首次在6p22.2风险区域鉴定出功能性变异rs9379874，揭示其通过结合FOXA1调控BTN3A1表达影响T细胞功能的机制 | rs4320356变异与胰岛功能或自身免疫无显著关联，研究未完全阐明所有临床特征的遗传基础 | 揭示6p22.2风险区域与1型糖尿病亚群及相关临床特征的关联，鉴定该区域的致病变异和靶基因 | 2608例1型糖尿病患者和4814例健康对照，来自中国东部、中部和南部地区 | 功能基因组学 | 1型糖尿病 | GWAS, 生物信息学分析, 双荧光素酶报告基因检测, eQTL分析, 单细胞RNA测序分析 | NA | 基因分型数据, 表达数据, 表观遗传数据 | 7422个样本（2608例患者+4814例对照） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 397 | 2025-05-28 |
Author Correction: Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation
2025-May-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08195-5
PMID:40419725
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 398 | 2025-10-06 |
An inducible mouse model of osteogenesis imperfecta type V reveals aberrant osteogenesis caused by Ifitm5 c.-14C>T mutation
2025-May-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf022
PMID:39908237
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研究论文 | 本研究通过构建可诱导的Ifitm5 c.-14C>T突变小鼠模型，揭示了V型成骨不全症的致病机制 | 首次开发了可诱导的Ifitm5 c.-14C>T突变小鼠模型，克服了以往模型胚胎致死的问题，并整合单细胞转录组分析 | 研究主要聚焦于小鼠模型，人类临床转化的适用性仍需进一步验证 | 探究V型成骨不全症中MALEP-IFITM5蛋白的致病机制 | Ifitm5 c.-14C>T突变小鼠模型 | 遗传学 | 成骨不全症 | 单细胞RNA测序，Cre-loxP诱导系统 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据，组织学数据 | 多种Cre品系的Ifitm5突变小鼠（Prx1-Cre、Col1a1-Cre、Ocn-Cre） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 399 | 2025-10-06 |
Unraveling the significance of cuproptosis in hepatocellular carcinoma heterogeneity and tumor microenvironment through integrated single-cell sequencing and machine learning approaches
2025-May-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02696-9
PMID:40411678
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研究论文 | 通过整合单细胞测序和机器学习方法揭示铜死亡在肝细胞癌异质性和肿瘤微环境中的重要性 | 首次系统性地将铜死亡与HCC细胞亚群异质性联系起来，并构建了基于铜死亡相关基因的风险评分模型和预后列线图 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证 | 探索铜死亡在肝细胞癌异质性和肿瘤微环境中的作用机制 | 肝细胞癌患者单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 生物信息学, 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习 | LASSO回归, Cox回归, WGCNA, 风险评分模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自GEO、TCGA和ICGC数据库的多个队列样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 400 | 2025-10-06 |
Prognostic model identification of ribosome biogenesis-related genes in pancreatic cancer based on multiple machine learning analyses
2025-May-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02733-7
PMID:40411705
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研究论文 | 本研究通过多机器学习分析识别胰腺癌中核糖体生物合成相关基因的预后模型 | 首次系统筛选胰腺癌中核糖体生物合成相关预后基因并构建九基因风险模型，结合单细胞RNA测序验证关键基因表达模式 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证机制 | 探索核糖体生物合成在胰腺癌中的分子机制并开发预后预测模型 | 胰腺癌患者基因表达数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，机器学习算法 | Cox回归，机器学习算法 | 基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的胰腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | GSE155698数据集 |