单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-05-29	A regulatory variant rs9379874 in T1D risk region 6p22.2 affects BTN3A1 expression regulating T cell function 2025-May, Acta diabetologica IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s00592-024-02389-9 PMID:39417845	research paper	本研究揭示了6p22.2区域与中国汉族人群1型糖尿病(T1D)风险的关系，并确定了该区域内的因果变异及靶基因	发现了功能性变异rs9379874通过调节BTN3A1表达影响T细胞功能，为T1D的基因组风险图谱提供了新见解	未发现rs4320356变异与胰岛功能或自身免疫显著相关	揭示6p22.2风险区域与T1D亚群及相关临床特征的关联，并确定该区域的因果变异和靶基因	中国汉族人群中的T1D患者和健康对照	基因组学	1型糖尿病	GWAS、双荧光素酶报告基因检测、eQTL分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、临床数据	2608例T1D患者和4814例健康对照
382	2025-05-28	Exploiting the endothelial-immune axis to improve radiotherapy efficacy 2025-May-26, The British journal of radiology DOI:10.1093/bjr/tqaf114 PMID:40419861	review	本文探讨了内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响	提出通过靶向内皮细胞来调节免疫反应，以提高放疗的治疗增益	需要更多体内实验数据来验证内皮细胞在放疗中的具体作用机制	研究内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响	内皮细胞、免疫细胞、肿瘤组织和正常组织	肿瘤学	肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	动物模型和人类患者样本
383	2025-05-28	An inducible mouse model of osteogenesis imperfecta type V reveals aberrant osteogenesis caused by Ifitm5 c.-14C>T mutation 2025-May-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf022 PMID:39908237	research paper	该研究开发了一种可诱导的小鼠模型，用于探索由IFITM5基因c.-14C>T突变引起的V型成骨不全症的致病机制	开发了一种可诱导的小鼠模型，克服了以往模型胚胎致死的问题，并利用单细胞RNA测序技术揭示了SOX9异常表达和骨生成、软骨生成及脂肪生成平衡失调的致病机制	研究主要基于小鼠模型，结果向人类疾病的转化需要进一步验证	探究V型成骨不全症的分子机制	携带Ifitm5 c.-14C>T突变的小鼠模型	遗传疾病研究	成骨不全症	单细胞RNA测序	可诱导小鼠模型(Ifitm5flox c.-14C>T)	基因表达数据	多种Cre重组酶诱导的突变小鼠模型(Prx1-Cre, Col1a1-Cre, Ocn-Cre)
384	2025-05-28	Unraveling the significance of cuproptosis in hepatocellular carcinoma heterogeneity and tumor microenvironment through integrated single-cell sequencing and machine learning approaches 2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02696-9 PMID:40411678	研究论文	通过整合单细胞测序和机器学习方法，揭示铜死亡在肝细胞癌异质性和肿瘤微环境中的重要性	首次将铜死亡与肝细胞癌的异质性和肿瘤微环境联系起来，并构建了基于铜死亡相关基因的风险评分模型和预后列线图	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏实验验证	提高肝细胞癌的预后预测和个性化治疗策略	肝细胞癌（HCC）细胞亚群	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，机器学习	LASSO回归，多变量Cox回归	RNA测序数据	来自GEO、TCGA和ICGC数据库的数据
385	2025-05-28	Prognostic model identification of ribosome biogenesis-related genes in pancreatic cancer based on multiple machine learning analyses 2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02733-7 PMID:40411705	研究论文	本研究通过多机器学习分析识别了胰腺癌中与核糖体生物合成相关的基因，构建了一个预后风险模型	首次结合机器学习算法和单细胞RNA测序分析，筛选出9个关键生物标志物，揭示了核糖体生物合成在胰腺癌进展和治疗抵抗中的关键作用	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证	探索胰腺癌中核糖体生物合成的分子机制，寻找新的生物标志物和治疗靶点	胰腺癌患者和相关的基因表达数据	机器学习	胰腺癌	单细胞RNA测序，机器学习算法	Cox回归和多种机器学习算法	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的胰腺癌样本，以及GSE155698单细胞RNA测序数据集
386	2025-05-28	Regulatory network analysis of Dclk1 gene expression reveals a tuft cell-ILC2 axis that inhibits pancreatic tumor progression 2025-May-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115734 PMID:40408246	研究论文	本研究通过Dclk1报告小鼠模型和单细胞RNA测序技术，揭示了Dclk1基因表达的调控网络及其在胰腺肿瘤进展中的作用	发现了Dclk1表达的两种细胞群在胰腺肿瘤进展中的对立作用，并揭示了一种保护性的tuft细胞-ILC2轴机制	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺肿瘤中的相关性需要进一步验证	阐明Dclk1基因表达的调控网络及其在胰腺肿瘤进展中的作用机制	Dclk1表达的细胞群及其在胰腺肿瘤微环境中的功能	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Dclk1报告小鼠模型	基因表达数据	NA
387	2025-05-28	Embryonic mast cells arise from the Cpa3-expressing precursors but not granulocyte-monocyte progenitors 2025-May-22, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2891-1 PMID:40419842	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和新的遗传命运图谱模型，揭示了胚胎期皮肤肥大细胞的起源和发育路径	发现了表达Cpa3的前体细胞群在卵黄囊、胎儿肝脏和外周组织中的顺序出现，并证实它们是皮肤肥大细胞的来源，而非粒细胞-单核细胞前体	研究主要聚焦于胚胎期的发育过程，对成年期肥大细胞的维持和功能未做深入探讨	阐明胚胎期肥大细胞的起源和发育路径	胚胎期肥大细胞及其前体细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞RNA测序、遗传命运图谱模型	NA	基因表达数据	小鼠胚胎期组织（卵黄囊、胎儿肝脏等）及人类早期卵黄囊和胎儿肝脏样本
388	2025-05-28	Controlling Human Stem Cell-Derived Islet Composition Using Magnetic Sorting 2025-May-21, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.29030 PMID:40400171	研究论文	本研究开发了一种磁性激活细胞分选方法，用于富集干细胞来源的胰岛中的CD49a标记细胞，以改善其治疗1型糖尿病的潜力	利用磁性激活细胞分选技术控制干细胞来源胰岛的细胞组成，显著提高了β细胞比例和功能	研究仅针对CD49a标记进行富集，未探索其他可能的细胞表面标记	改善干细胞来源胰岛的细胞组成和功能，以增强其治疗1型糖尿病的效果	人类多能干细胞来源的胰岛细胞	干细胞治疗	1型糖尿病	磁性激活细胞分选、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、免疫染色图像	未明确说明具体数量，使用了人类多能干细胞来源的胰岛细胞
389	2025-05-28	AI-Driven Multiscale Study on the Mechanism of Polygonati Rhizoma in Regulating Immune Function in STAD 2025-May-20, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.5c00981 PMID:40415801	研究论文	本研究利用AI驱动的网络药理学、生物信息学和单细胞RNA测序技术，揭示了黄精在调节胃腺癌(STAD)肿瘤免疫微环境中的多靶点机制	首次结合AI技术、网络药理学和单细胞RNA测序，系统揭示黄精在STAD中的免疫调节和抗肿瘤机制	研究主要基于计算预测和体外实验，需要进一步的体内实验和临床研究验证	探索黄精在胃腺癌中的免疫调节机制	黄精的活性成分及其在胃腺癌中的作用靶点	生物信息学	胃腺癌	AI驱动的网络药理学、生物信息学分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	5,569个免疫相关基因(来自GeneCards)，18个重叠差异表达基因
390	2025-05-28	Single-Cell RNA Sequencing in Incontinentia Pigmenti With Neonatal Encephalopathy Reveals Broad Immune Activation Moderated by Steroids 2025-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200358 PMID:40020213	研究论文	通过单细胞RNA测序研究色素失禁症伴新生儿脑病患者的免疫激活状态及类固醇治疗的影响	首次在单细胞水平上揭示了色素失禁症患者的广泛免疫激活状态及类固醇治疗的调节作用	样本量较小（n=1），研究结果可能需要更大样本验证	探究色素失禁症伴新生儿脑病患者的细胞特异性基因表达及类固醇治疗的影响	色素失禁症伴新生儿脑病患者	单细胞测序	色素失禁症	scRNAseq	NA	RNA测序数据	1例患者（治疗前后）和1例健康对照
391	2025-05-28	Spatially resolved transcriptomic profiling for glomerular and tubulointerstitial gene expression in C3 glomerulopathy 2025-May, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfaf139 PMID:40416397	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探究了C3肾小球病的肾小球和肾小管间质基因表达特征	首次在C3肾小球病中应用空间转录组学技术进行亚结构特异性基因表达分析	样本量较小（3例C3G病例），且仅使用体外实验进行验证	揭示C3肾小球病的转录组特征及其病理机制	C3肾小球病患者的肾脏活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学（GeoMx Digital Spatial Profiler）	NA	转录组数据	3例C3G病例、7例对照样本和41例其他肾小球肾炎样本
392	2025-05-27	Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung 2025-May-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012 PMID:40118721	research paper	该研究通过高通量空间转录组学技术，构建了小鼠肺部发育的时空转录组图谱，涵盖了从E12.5到P0的关键发育事件	首次报道了发育中肺部的全面时空转录组图谱，整合了单细胞RNA测序数据，识别了10个对功能性肺组织至关重要的空间域	研究仅限于小鼠模型，未直接验证人类肺部发育的相关性	理解哺乳动物肺部的功能发育过程及其分子机制	发育中的小鼠肺部	空间转录组学	NA	高通量空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从小鼠E12.5到P0的肺部发育阶段
393	2025-05-27	An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution 2025-May-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043 PMID:40157887	research paper	该研究构建了一个包含1,348,268个T细胞的人类T细胞参考数据库，并开发了一个名为STCAT的自动注释工具，用于从单细胞RNA测序数据中自动注释T细胞亚型和状态	构建了最大的人类T细胞参考数据库，开发了STCAT自动注释工具，其准确率比现有工具高28%，并创建了TCellAtlas数据库供用户浏览和分析数据	NA	为T细胞亚型和状态提供一个参考列表和自动注释工具，以促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究	人类T细胞	生物信息学	lung cancer, COVID-19, ovarian cancer	scRNA-seq	hierarchical models	单细胞RNA测序数据	1,348,268个T细胞，来自35种条件和16种组织
394	2025-05-27	Integrative Analysis of Bulk Multiomics and Single-Cell Transcriptomics Elucidates Age-Related Molecular Landscape Alterations in Cervical Cancer 2025-May-26, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-025-17464-w PMID:40415156	研究论文	通过整合分析批量多组学和单细胞转录组学数据，揭示了宫颈癌中与年龄相关的分子景观变化	首次对不同年龄段的宫颈癌患者进行全面的分子特征比较，包括转录组、免疫微环境、基因组和表观遗传特征，并结合单细胞RNA测序数据验证	样本量相对有限，尤其是单细胞RNA测序数据仅来自11个样本	探究不同年龄段宫颈癌患者的分子特征差异，为年龄特异性治疗策略提供依据	307名宫颈癌患者的临床和多组学数据，以及11个宫颈癌样本的单细胞RNA测序数据	数字病理学	宫颈癌	批量多组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、基因组数据、表观遗传数据、单细胞RNA测序数据	307名患者(TCGA数据库) + 11个单细胞样本(GEO数据库)
395	2025-05-27	Spatial Transcriptomic Analysis Reveals HDAC Inhibition Modulates Microglial Dynamics to Protect Against Ischemic Stroke in Mice 2025-May-26, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70035 PMID:40415727	研究论文	通过空间转录组分析揭示HDAC抑制通过调节小胶质细胞动态以保护小鼠免受缺血性中风的影响	首次利用空间转录组学和3D形态重建技术研究HDAC抑制剂对小胶质细胞转录组和形态表型的影响，揭示了其促进缺血半影区修复性神经保护表型的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究HDAC抑制剂如何通过表观遗传调控小胶质细胞活性来改善缺血性中风	缺血性中风小鼠模型中的小胶质细胞	神经科学	缺血性中风	空间转录组学, 3D形态重建	啮齿动物中风模型	转录组数据, 形态数据	未明确说明数量的小鼠样本
396	2025-05-27	Mapping the peripheral immune landscape of Parkinson's disease patients with single-cell sequencing 2025-May-26, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awaf066 PMID:40417848	研究论文	通过单细胞测序技术绘制帕金森病患者外周免疫细胞图谱，揭示疾病相关免疫特征	首次全面描绘帕金森病患者外周免疫细胞的转录组变化，发现特定免疫细胞亚型的激活状态变化及共享T细胞克隆	样本量相对较小(14例患者)，未涵盖所有帕金森病亚型	探索帕金森病外周免疫特征，寻找潜在生物标志物	帕金森病患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和T细胞受体测序(TCR-seq)	NA	单细胞转录组数据	24例样本(10例健康对照和14例帕金森病患者)，共78,876个细胞
397	2025-05-27	SEC61G promotes colorectal cancer progression by regulating cytosolic Ca2+ concentration 2025-May-25, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-025-02259-3 PMID:40413702	研究论文	本文研究了SEC61G通过调节胞质钙离子浓度促进结直肠癌进展的机制	揭示了SEC61G通过调节胞质钙离子浓度激活EGFR信号通路的新机制，并验证了其在结直肠癌中的预后和治疗潜力	未明确SEC61G与其他钙离子调节蛋白的相互作用机制	探究SEC61G在结直肠癌进展中的作用机制	结直肠癌细胞和组织	癌症生物学	结直肠癌	生物信息学分析、RT-qPCR、免疫组化、scRNA-seq、ST-seq	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	TCGA数据集中的结直肠癌样本、体外和体内实验数据
398	2025-05-27	Repetitive Transcranial Magnetic Stimulation Induces Cognitive Recovery in Alzheimer's Disease via GABAergic Neuron Activation of the Cx3cl1-Cx3cr1 Axis 2025-May-25, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70061 PMID:40415257	研究论文	本研究探讨了重复经颅磁刺激（rTMS）通过激活GABA能神经元和调节Cx3cl1-Cx3cr1信号轴在阿尔茨海默病（AD）认知恢复中的作用	揭示了rTMS通过激活GABA能神经元和增强Cx3cl1-Cx3cr1信号促进Aβ清除和认知恢复的新机制，为非侵入性AD治疗提供了新的分子靶点	研究基于5xFAD小鼠模型，结果在人类AD患者中的适用性需要进一步验证	探究rTMS对AD认知功能恢复的分子机制	5xFAD转基因小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq分析、rTMS	5xFAD小鼠模型	基因表达数据、行为数据	未明确说明样本量（使用5xFAD小鼠模型）
399	2025-05-27	Integrative multi-omics reveal NSUN2 facilitates glycolysis and histone lactylation-driven immune evasion in renal carcinoma 2025-May-24, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00336-4 PMID:40413354	研究论文	本研究通过整合多组学数据揭示了NSUN2在肾癌中通过促进糖酵解和组蛋白乳酸化驱动的免疫逃逸机制	首次发现NSUN2通过m5C依赖的方式调控糖酵解和组蛋白乳酸化，进而影响PD-L1介导的免疫逃逸	研究主要基于体外和动物实验，临床转化仍需进一步验证	探索肾透明细胞癌中线粒体代谢基因的预后和治疗潜力	肾透明细胞癌(ccRCC)患者样本和细胞系	癌症研究	肾癌	批量RNA测序、单细胞测序、机器学习算法	机器学习模型(10种算法构建的117个预测模型)	RNA测序数据	多个ccRCC临床队列数据集
400	2025-05-27	Single-cell RNA sequencing and traditional RNA sequencing reveals the role of cancer-associated fibroblasts in head and neck squamous cell carcinomas cohort 2025-May-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02507-1 PMID:40407978	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和传统RNA测序技术，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的作用	构建了一个基于CAFs的预后预测模型和诺模图，强调了CAFs在肿瘤微环境中的重要性及其作为治疗和预后生物标志物的潜力	研究基于TCGA HNSC队列，可能需要更多独立队列验证	探究CAFs在HNSC中的潜在作用及其预后价值	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、差异表达分析、Cox回归、LASSO回归、通路富集分析	LASSO回归、多变量Cox回归	RNA测序数据	TCGA HNSC队列