单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-05-30	Construction of a deep learning model and identification of the pivotal characteristics of FGF7- and MGST1- positive fibroblasts in heart failure post-myocardial infarction 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143171 PMID:40258553	research paper	该研究构建了一个深度学习模型，并鉴定了心肌梗死后心力衰竭（post-MI HF）中FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞的关键特征	发现了FGF7MGST1成纤维细胞在post-MI HF中的下调，并通过机器学习算法鉴定了17个特征基因，构建了预测心力衰竭的深度学习模型	成纤维细胞在正常心脏组织和心力衰竭组织中的异质性仍需进一步研究	探究心肌梗死后心力衰竭中成纤维细胞的功能失调及其关键特征	FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq, qRT-PCR, mendelian randomization analysis	deep learning model	single-cell RNA sequencing data, gene expression data	NA
382	2025-05-30	Neurotrophin-3/chitosan inhibits cuproptosis-related genes to enable functional recovery after spinal cord injury 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143403 PMID:40268016	research paper	本研究探讨了铜死亡相关基因(CRGs)在脊髓损伤(SCI)中的调控机制，并探索了负载神经营养因子-3(NT3)的壳聚糖在促进功能恢复中的治疗潜力	首次发现四个关键CRGs (Atp7a, Cp, Loxl2, 和 Pde3b)和三个关键转录因子(C/EBPα, Stat6, 和 Runx1)在SCI后上调，促进铜死亡和神经炎症，并证明NT3负载壳聚糖能显著抑制CRG表达并增强功能恢复	需要在更大的队列中验证这些发现，并探索NT3负载壳聚糖调节CRG表达的详细机制	研究SCI中CRGs的调控机制及NT3负载壳聚糖的治疗潜力	小鼠脊髓组织	神经科学	脊髓损伤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接分析	动物模型, 机器学习	RNA-seq数据	NA
383	2025-05-29	Targeting Ferroptosis Alleviates Pulmonary Arterial Hypertension, Insights from Transcriptomic and Experimental Analyses 2025-May-28, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202500001 PMID:40432432	研究论文	本研究探讨了铁死亡在肺动脉高压（PAH）发展中的作用及其分子机制，并通过转录组和实验分析验证了靶向铁死亡对PAH的治疗潜力	首次揭示了铁死亡在PAH内皮细胞损伤和血管重塑中的关键作用，并发现HIF1α信号在铁死亡诱导中的重要性	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究铁死亡在PAH发病机制中的作用并开发潜在治疗策略	肺动脉高压（PAH）患者和小鼠模型	分子病理学	肺动脉高压	转录组测序、单细胞RNA测序	PAH小鼠模型（缺氧+SU5416诱导）	基因表达数据、组织学数据	未明确说明患者样本量，使用小鼠模型进行实验
384	2025-05-29	Single-cell targeted transcriptomics reveals subset-specific immune signatures differentiating asymptomatic and cardiac patients with chronic Chagas disease 2025-May-28, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf269 PMID:40434116	研究论文	通过单细胞靶向转录组学揭示了慢性查加斯病无症状患者和心脏病患者亚群特异性免疫特征	首次应用免疫基因靶向单细胞RNA测序技术，揭示了慢性查加斯病不同临床形式患者的免疫细胞亚群特异性基因表达模式	研究仅基于外周血单个核细胞(PBMCs)，未涉及其他组织或更广泛的样本	揭示慢性查加斯病不同临床形式(无症状和心脏病)患者的免疫特征差异	慢性查加斯病患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	单细胞转录组学	查加斯病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自无症状(IND)和心脏病(CCC)患者的外周血单个核细胞样本
385	2025-05-29	Circadian Gene BMAL1 Regulation of Cellular Senescence in Thyroid Aging 2025-May-28, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70119 PMID:40434135	研究论文	研究昼夜节律基因BMAL1在甲状腺衰老过程中对细胞衰老的调控作用	揭示了BMAL1基因下调通过抑制NFKBIA表达加速甲状腺细胞衰老和损害激素合成的新机制	NA	探究甲状腺衰老的分子和功能特征及其与甲状腺激素合成的关系	人类甲状腺组织和小鼠模型	分子生物学	甲状腺疾病	scRNA-seq, 转录组测序	甲状腺特异性Bmal1敲除小鼠模型	基因表达数据	年轻、中年和老年组的人类甲状腺组织
386	2025-05-29	[New technologies serve as accelerators for breakthroughs in modern acupuncture research] 2025-May-25, Zhen ci yan jiu = Acupuncture research DOI:10.13702/j.1000-0607.20250380 PMID:40390610	综述	本文系统回顾了现代针灸研究的历史，强调了早期电生理和生化技术对针灸客观效应的验证，以及自20世纪50年代以来研究对针灸镇痛机制、经络现象、穴位-内脏器官关联和穴位功效模式的阐明	强调了当代技术从系统、有机方法到细胞、分子和遗传方法在推动现代针灸研究中的作用，并展望了单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能和医工交叉等新兴技术在针灸研究中的潜在应用	未具体说明当前研究的局限性	探讨现代针灸研究的发展历程及未来技术应用方向	针灸-艾灸的客观效应、镇痛机制、经络现象、穴位-内脏器官关联和穴位功效模式	医学工程交叉	NA	电生理、生化技术、单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能	NA	NA	NA
387	2025-05-29	Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles 2025-May-08, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791 PMID:40348058	研究论文	本研究探讨了CTNNB1外显子3突变在子宫内膜样子宫内膜癌(EECs)中β-连环蛋白(β-catenin)蛋白不同定位对下游基因表达的影响	首次揭示了β-连环蛋白在细胞核内或膜/细胞质中的不同定位会导致EECs中产生不同的转录谱，并发现了一个新的治疗靶点TROP2	研究仅关注CTNNB1外显子3突变的EECs，未涉及其他突变类型或其他类型子宫内膜癌	探究β-连环蛋白不同亚细胞定位对EECs转录谱的影响	携带CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样子宫内膜癌(EECs)	肿瘤分子生物学	子宫内膜癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但研究了肿瘤内具有核和非核β-连环蛋白定位的不同区域
388	2025-05-29	A regulatory variant rs9379874 in T1D risk region 6p22.2 affects BTN3A1 expression regulating T cell function 2025-May, Acta diabetologica IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s00592-024-02389-9 PMID:39417845	research paper	本研究揭示了6p22.2区域与中国汉族人群1型糖尿病(T1D)风险的关系，并确定了该区域内的因果变异及靶基因	发现了功能性变异rs9379874通过调节BTN3A1表达影响T细胞功能，为T1D的基因组风险图谱提供了新见解	未发现rs4320356变异与胰岛功能或自身免疫显著相关	揭示6p22.2风险区域与T1D亚群及相关临床特征的关联，并确定该区域的因果变异和靶基因	中国汉族人群中的T1D患者和健康对照	基因组学	1型糖尿病	GWAS、双荧光素酶报告基因检测、eQTL分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、临床数据	2608例T1D患者和4814例健康对照
389	2025-05-28	Exploiting the endothelial-immune axis to improve radiotherapy efficacy 2025-May-26, The British journal of radiology DOI:10.1093/bjr/tqaf114 PMID:40419861	review	本文探讨了内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响	提出通过靶向内皮细胞来调节免疫反应，以提高放疗的治疗增益	需要更多体内实验数据来验证内皮细胞在放疗中的具体作用机制	研究内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响	内皮细胞、免疫细胞、肿瘤组织和正常组织	肿瘤学	肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	动物模型和人类患者样本
390	2025-05-28	An inducible mouse model of osteogenesis imperfecta type V reveals aberrant osteogenesis caused by Ifitm5 c.-14C>T mutation 2025-May-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf022 PMID:39908237	research paper	该研究开发了一种可诱导的小鼠模型，用于探索由IFITM5基因c.-14C>T突变引起的V型成骨不全症的致病机制	开发了一种可诱导的小鼠模型，克服了以往模型胚胎致死的问题，并利用单细胞RNA测序技术揭示了SOX9异常表达和骨生成、软骨生成及脂肪生成平衡失调的致病机制	研究主要基于小鼠模型，结果向人类疾病的转化需要进一步验证	探究V型成骨不全症的分子机制	携带Ifitm5 c.-14C>T突变的小鼠模型	遗传疾病研究	成骨不全症	单细胞RNA测序	可诱导小鼠模型(Ifitm5flox c.-14C>T)	基因表达数据	多种Cre重组酶诱导的突变小鼠模型(Prx1-Cre, Col1a1-Cre, Ocn-Cre)
391	2025-05-28	Unraveling the significance of cuproptosis in hepatocellular carcinoma heterogeneity and tumor microenvironment through integrated single-cell sequencing and machine learning approaches 2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02696-9 PMID:40411678	研究论文	通过整合单细胞测序和机器学习方法，揭示铜死亡在肝细胞癌异质性和肿瘤微环境中的重要性	首次将铜死亡与肝细胞癌的异质性和肿瘤微环境联系起来，并构建了基于铜死亡相关基因的风险评分模型和预后列线图	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏实验验证	提高肝细胞癌的预后预测和个性化治疗策略	肝细胞癌（HCC）细胞亚群	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，机器学习	LASSO回归，多变量Cox回归	RNA测序数据	来自GEO、TCGA和ICGC数据库的数据
392	2025-05-28	Prognostic model identification of ribosome biogenesis-related genes in pancreatic cancer based on multiple machine learning analyses 2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02733-7 PMID:40411705	研究论文	本研究通过多机器学习分析识别了胰腺癌中与核糖体生物合成相关的基因，构建了一个预后风险模型	首次结合机器学习算法和单细胞RNA测序分析，筛选出9个关键生物标志物，揭示了核糖体生物合成在胰腺癌进展和治疗抵抗中的关键作用	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证	探索胰腺癌中核糖体生物合成的分子机制，寻找新的生物标志物和治疗靶点	胰腺癌患者和相关的基因表达数据	机器学习	胰腺癌	单细胞RNA测序，机器学习算法	Cox回归和多种机器学习算法	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的胰腺癌样本，以及GSE155698单细胞RNA测序数据集
393	2025-05-28	Controlling Human Stem Cell-Derived Islet Composition Using Magnetic Sorting 2025-May-21, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.29030 PMID:40400171	研究论文	本研究开发了一种磁性激活细胞分选方法，用于富集干细胞来源的胰岛中的CD49a标记细胞，以改善其治疗1型糖尿病的潜力	利用磁性激活细胞分选技术控制干细胞来源胰岛的细胞组成，显著提高了β细胞比例和功能	研究仅针对CD49a标记进行富集，未探索其他可能的细胞表面标记	改善干细胞来源胰岛的细胞组成和功能，以增强其治疗1型糖尿病的效果	人类多能干细胞来源的胰岛细胞	干细胞治疗	1型糖尿病	磁性激活细胞分选、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、免疫染色图像	未明确说明具体数量，使用了人类多能干细胞来源的胰岛细胞
394	2025-05-28	AI-Driven Multiscale Study on the Mechanism of Polygonati Rhizoma in Regulating Immune Function in STAD 2025-May-20, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.5c00981 PMID:40415801	研究论文	本研究利用AI驱动的网络药理学、生物信息学和单细胞RNA测序技术，揭示了黄精在调节胃腺癌(STAD)肿瘤免疫微环境中的多靶点机制	首次结合AI技术、网络药理学和单细胞RNA测序，系统揭示黄精在STAD中的免疫调节和抗肿瘤机制	研究主要基于计算预测和体外实验，需要进一步的体内实验和临床研究验证	探索黄精在胃腺癌中的免疫调节机制	黄精的活性成分及其在胃腺癌中的作用靶点	生物信息学	胃腺癌	AI驱动的网络药理学、生物信息学分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	5,569个免疫相关基因(来自GeneCards)，18个重叠差异表达基因
395	2025-05-28	Single-Cell RNA Sequencing in Incontinentia Pigmenti With Neonatal Encephalopathy Reveals Broad Immune Activation Moderated by Steroids 2025-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200358 PMID:40020213	研究论文	通过单细胞RNA测序研究色素失禁症伴新生儿脑病患者的免疫激活状态及类固醇治疗的影响	首次在单细胞水平上揭示了色素失禁症患者的广泛免疫激活状态及类固醇治疗的调节作用	样本量较小（n=1），研究结果可能需要更大样本验证	探究色素失禁症伴新生儿脑病患者的细胞特异性基因表达及类固醇治疗的影响	色素失禁症伴新生儿脑病患者	单细胞测序	色素失禁症	scRNAseq	NA	RNA测序数据	1例患者（治疗前后）和1例健康对照
396	2025-05-28	Spatially resolved transcriptomic profiling for glomerular and tubulointerstitial gene expression in C3 glomerulopathy 2025-May, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfaf139 PMID:40416397	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探究了C3肾小球病的肾小球和肾小管间质基因表达特征	首次在C3肾小球病中应用空间转录组学技术进行亚结构特异性基因表达分析	样本量较小（3例C3G病例），且仅使用体外实验进行验证	揭示C3肾小球病的转录组特征及其病理机制	C3肾小球病患者的肾脏活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学（GeoMx Digital Spatial Profiler）	NA	转录组数据	3例C3G病例、7例对照样本和41例其他肾小球肾炎样本
397	2025-05-27	Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung 2025-May-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012 PMID:40118721	research paper	该研究通过高通量空间转录组学技术，构建了小鼠肺部发育的时空转录组图谱，涵盖了从E12.5到P0的关键发育事件	首次报道了发育中肺部的全面时空转录组图谱，整合了单细胞RNA测序数据，识别了10个对功能性肺组织至关重要的空间域	研究仅限于小鼠模型，未直接验证人类肺部发育的相关性	理解哺乳动物肺部的功能发育过程及其分子机制	发育中的小鼠肺部	空间转录组学	NA	高通量空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从小鼠E12.5到P0的肺部发育阶段
398	2025-05-27	An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution 2025-May-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043 PMID:40157887	research paper	该研究构建了一个包含1,348,268个T细胞的人类T细胞参考数据库，并开发了一个名为STCAT的自动注释工具，用于从单细胞RNA测序数据中自动注释T细胞亚型和状态	构建了最大的人类T细胞参考数据库，开发了STCAT自动注释工具，其准确率比现有工具高28%，并创建了TCellAtlas数据库供用户浏览和分析数据	NA	为T细胞亚型和状态提供一个参考列表和自动注释工具，以促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究	人类T细胞	生物信息学	lung cancer, COVID-19, ovarian cancer	scRNA-seq	hierarchical models	单细胞RNA测序数据	1,348,268个T细胞，来自35种条件和16种组织
399	2025-05-27	Repetitive Transcranial Magnetic Stimulation Induces Cognitive Recovery in Alzheimer's Disease via GABAergic Neuron Activation of the Cx3cl1-Cx3cr1 Axis 2025-May-25, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70061 PMID:40415257	研究论文	本研究探讨了重复经颅磁刺激（rTMS）通过激活GABA能神经元和调节Cx3cl1-Cx3cr1信号轴在阿尔茨海默病（AD）认知恢复中的作用	揭示了rTMS通过激活GABA能神经元和增强Cx3cl1-Cx3cr1信号促进Aβ清除和认知恢复的新机制，为非侵入性AD治疗提供了新的分子靶点	研究基于5xFAD小鼠模型，结果在人类AD患者中的适用性需要进一步验证	探究rTMS对AD认知功能恢复的分子机制	5xFAD转基因小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq分析、rTMS	5xFAD小鼠模型	基因表达数据、行为数据	未明确说明样本量（使用5xFAD小鼠模型）
400	2025-05-27	Single-cell RNA sequencing and traditional RNA sequencing reveals the role of cancer-associated fibroblasts in head and neck squamous cell carcinomas cohort 2025-May-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02507-1 PMID:40407978	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和传统RNA测序技术，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的作用	构建了一个基于CAFs的预后预测模型和诺模图，强调了CAFs在肿瘤微环境中的重要性及其作为治疗和预后生物标志物的潜力	研究基于TCGA HNSC队列，可能需要更多独立队列验证	探究CAFs在HNSC中的潜在作用及其预后价值	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、差异表达分析、Cox回归、LASSO回归、通路富集分析	LASSO回归、多变量Cox回归	RNA测序数据	TCGA HNSC队列