单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-08-30	Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095 PMID:40315846	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析儿童高级别胶质瘤的免疫微环境，揭示治疗压力下的细胞状态变化	首次在儿童高级别胶质瘤中系统比较不同年龄组和治疗方案下的免疫微环境差异，并发现与成人不同的髓系细胞亚群比例	NA	解析儿童高级别胶质瘤的免疫景观并探索免疫治疗靶点	儿童弥漫性高级别胶质瘤或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞	肿瘤免疫学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
22	2025-08-29	Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653262 PMID:40661452	研究论文	本文通过纵向单细胞RNA测序研究慢性粒细胞白血病进展，揭示微观转录状态如何聚合形成宏观疾病表型	结合状态转换理论，首次系统阐明单细胞水平连续转录微状态如何汇聚成临床相关的宏观白血病表型	NA	解析单细胞与批量转录组数据中的疾病特异性信息，阐明离散疾病状态从噪声数据中涌现的机制	慢性粒细胞白血病（CML）的进展过程	单细胞组学	白血病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	状态转换理论	单细胞转录组数据	NA
23	2025-08-10	MFAP4 Deficiency Attenuates Liver Fibrosis by Regulating Hepatic Stellate Cell Fate Through Inhibition of the FAK/PI3K/NFκB Signaling Pathway 2025-May-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101548 PMID:40449846	研究论文	本研究探讨了MFAP4在肝纤维化中的作用机制，发现其通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞的活化和凋亡抵抗	首次揭示了MFAP4通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞活化和凋亡抵抗的具体机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	阐明MFAP4在肝纤维化发生发展中的分子机制	肝星状细胞(HSCs)和肝纤维化小鼠模型	肝脏疾病研究	肝纤维化	单细胞RNA测序、双免疫荧光、流式细胞术、Transwell共培养系统、Western blot、定量PCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	野生型和Mfpa4敲除小鼠，LX-2细胞系
24	2025-08-10	miR-190 is a Key Regulator in Establishing Cell Polarity and Specification in the Drosophila Nervous System 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656688 PMID:40501908	研究论文	本文发现miR-190在果蝇神经系统细胞极性和分化中起关键调控作用	首次揭示miR-190通过调控Par复合体和基底决定因子的定位来建立神经母细胞极性	研究仅限于果蝇胚胎神经母细胞，未在哺乳动物系统中验证	探究神经母细胞不对称分裂的分子调控机制	果蝇胚胎神经母细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、转录组分析、qPCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	NA
25	2025-08-09	Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2025-May-20, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070248 PMID:40071347	研究论文	该研究探讨了髓系脂肪酸代谢如何激活邻近的造血干细胞，从而促进射血分数保留的心力衰竭（HFpEF）的发展	发现了心脏代谢性HFpEF患者外周血造血干细胞增多的现象，并揭示了髓系脂肪酸代谢通过调控Vcam1表达促进系统性炎症和心脏舒张功能障碍的新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证仍需进一步扩展	阐明HFpEF的发病机制，特别是炎症和代谢异常在其中的作用	HFpEF患者样本、动物模型（高脂饮食和高血压小鼠）和体外培养的巨噬细胞	心血管疾病研究	心力衰竭	流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、碳标记	高脂饮食和高血压诱导的HFpEF小鼠模型	临床样本数据、实验数据	患者样本和动物模型（具体数量未明确说明）
26	2025-08-08	Comprehensive single-cell profiling of T and B cell subsets in mice reveals impacts on memory immune responses in FMDV infection 2025-05, Virology IF:2.8Q3 DOI:10.1016/j.virol.2025.110496 PMID:40090183	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了FMDV感染对小鼠记忆免疫反应的影响	首次全面分析了FMDV感染对T和B细胞亚群的影响，并揭示了Fos相关基因的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探究FMDV感染对记忆免疫反应的影响机制	小鼠脾脏中的T和B细胞亚群	免疫学	口蹄疫	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠脾脏细胞
27	2025-08-07	Mechanism and Efficacy of Etanercept in Treating Autoimmune-like Manifestations of Coronavirus Disease 2019 in elderly individuals 2025-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152898 PMID:40168796	研究论文	本研究评估了TNF抑制剂依那西普在老年COVID-19患者中的治疗效果及其机制	首次通过单细胞测序和分子对接技术，揭示了依那西普在老年COVID-19患者中缓解自身免疫样表现的机制及其对SARS-CoV-2 Omicron变体刺突蛋白的强亲和力	样本量较小（7名接受依那西普治疗的患者和2名未感染个体），且为观察性研究，缺乏随机对照试验	评估依那西普在老年COVID-19患者中的治疗效果及其作用机制	老年COVID-19患者	医学研究	COVID-19	单细胞测序、分子对接	NA	临床指标数据、单细胞测序数据	7名接受依那西普治疗的老年COVID-19患者和2名未感染个体
28	2025-08-07	Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing 2025-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907 PMID:40300424	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了缺血性心肌病(ICM)中巨噬细胞自噬相关的新型诊断生物标志物	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，系统探索了ICM中巨噬细胞自噬相关生物标志物及其作用通路	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于大鼠模型，尚未进行临床样本验证	探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的诊断生物标志物及其作用机制	缺血性心肌病患者组织样本和大鼠模型	生物信息学	心血管疾病	批量RNA测序(bulk RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR	WGCNA, PPI网络分析	基因表达数据	两个GEO数据集(GSE46224和GSE116250)及ICM大鼠模型
29	2025-08-07	Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells 2025-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904 PMID:40305898	研究论文	通过单细胞RNA和TCR库分析识别病毒特异性T细胞的标记物	发现了一组上调基因作为增殖抗原特异性T细胞的标记物，有助于早期分离病毒抗原反应性T细胞	研究样本来自健康供体，未在患者群体中验证	识别抗原特异性T细胞的生物标志物，以改进过继性细胞疗法	健康供体的外周血单个核细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序、TCR库分析	NA	单细胞RNA测序数据、TCR序列数据	健康供体的外周血单个核细胞
30	2025-08-07	Interpretable Machine Learning reveals the Role of PANoptosis in the Diagnosis and Subtyping of NAFLD 2025-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152909 PMID:40311345	研究论文	本研究通过可解释机器学习揭示了PANoptosis在非酒精性脂肪肝病(NAFLD)诊断和分型中的作用	首次整合多组数据集和可解释机器学习方法，揭示PANoptosis在NAFLD中的关键作用，并构建了高精度的诊断模型	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量可能存在限制	探索PANoptosis在NAFLD诊断、分型和免疫微环境重塑中的作用	非酒精性脂肪肝病(NAFLD)患者	机器学习	非酒精性脂肪肝病	可解释机器学习、单细胞测序、分子对接	SHAP分析、列线图	基因表达数据	多个数据集(具体数量未明确说明)
31	2025-08-06	Prg4+ fibro-adipogenic progenitors in muscle are crucial for bone fracture repair 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.654160 PMID:40462922	研究论文	本文通过建立小鼠报告模型，研究了肌肉细胞对骨折修复的贡献，揭示了Prg4标记的纤维脂肪祖细胞（FAP）亚群在骨折修复中的关键作用	发现了Prg4+ FAPs在骨折修复中的新机制，即这些细胞能够从肌肉迁移至骨折部位并分化为软骨细胞、成骨细胞和骨细胞	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证；在膜内骨损伤模型中，Prg4+ FAPs的贡献显著少于骨折模型	探究肌肉细胞在骨折修复中的具体作用机制	小鼠模型中的Prg4+纤维脂肪祖细胞（FAPs）	骨科学	骨折	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠报告模型	基因表达数据	小鼠模型
32	2025-08-03	MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT 2025-May-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60295-2 PMID:40450001	研究论文	介绍了一种名为MACanalyzeR的单细胞RNA测序工具，用于全面分析单核细胞/巨噬细胞的代谢特征，并揭示了PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织热生成扩展中的作用	开发了MACanalyzeR工具，首次识别出PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞亚群在棕色脂肪组织热生成中的关键作用	研究仅基于肥胖雄性小鼠模型，未涉及人类或其他性别样本	探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能调节中的作用机制	肥胖雄性小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠)的棕色脂肪组织	免疫代谢	肥胖	scRNAseq	NA	单细胞RNA测序数据	肥胖雄性小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠)
33	2025-07-29	Reconstructing Dynamic Gene Regulatory Networks Using f-Divergence from Time-Series scRNA-Seq Data 2025-May-30, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47060408 PMID:40699807	研究论文	提出了一种基于f-散度的动态基因调控网络推断方法(f-DyGRN)，用于从时间序列单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据中重建动态基因调控网络	首次将f-散度应用于量化单个单细胞中基因表达的时间变化，并结合Granger因果关系模型和正则化技术来重建基因调控网络	未明确说明方法在更大规模或更复杂数据集上的适用性	从时间序列scRNA-seq数据中推断动态基因调控网络	THP-1人类髓系单核细胞白血病细胞的scRNA-seq数据	生物信息学	白血病	scRNA-seq	f-DyGRN（基于f-散度的动态基因调控网络模型）	单细胞RNA测序数据	模拟数据和THP-1细胞的真实scRNA-seq数据（具体样本量未明确说明）
34	2025-07-29	Immune cell type divergence in a basal chordate 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.20.655184 PMID:40661343	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，对一种原始脊索动物的血细胞状态进行了定义，揭示了其免疫细胞类型的多样性	首次在原始脊索动物中定义了血细胞状态的分化层次，扩展了脊索动物免疫细胞的已知种类	无脊椎动物免疫细胞分子特征的研究仍然有限，且与脊椎动物免疫细胞的同源性尚不明确	研究原始脊索动物免疫细胞类型的进化与功能	原始脊索动物的血细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、杂交、活体报告基因	NA	RNA序列数据	NA
35	2025-07-29	NPAS4 Depletion in POMC Neurons Protects From Obesity and Alters the Feeding-regulated Transcriptome in Male Mice 2025-May-19, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf083 PMID:40296822	研究论文	本研究探讨了NPAS4在POMC神经元中的作用及其对肥胖和摄食行为的调控机制	首次研究了NPAS4在调节摄食行为中的作用，并揭示了其在ARC中的具体作用位点	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性或其他动物模型	探究NPAS4在POMC神经元中对摄食行为和肥胖的调控作用	雄性小鼠的POMC神经元	神经科学	肥胖	单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据	雄性小鼠（具体数量未提及）
36	2025-07-26	GUIDING CLUSTERING AND ANNOTATION IN SINGLE-CELL RNA SEQUENCING USING THE AVERAGE OVERLAP METRIC 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652497 PMID:40654835	研究论文	本文提出了一种使用平均重叠度量来比较单细胞RNA测序中差异表达基因排名的方法，以改进细胞聚类和注释	提出平均重叠度量来比较差异表达基因排名，提高了单细胞聚类和注释的准确性和生物学意义	方法在高度相似的T细胞群体中进行了验证，但在其他细胞类型中的适用性尚未验证	改进单细胞RNA测序中的细胞聚类和注释方法	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	高度相似的T细胞群体数据集和未分类的小鼠胸腺细胞数据
37	2025-07-26	A human and mouse subpopulation of senescent β-cells induces pathologic dysfunction through targetable paracrine signaling 2025-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.07.648438 PMID:40654723	研究论文	本文研究了人类和小鼠衰老β细胞亚群通过可靶向的旁分泌信号诱导病理功能障碍的机制	通过单细胞RNA测序等技术鉴定了衰老β细胞亚群，并发现其通过特定SASP因子诱导次级衰老和β细胞功能障碍，JAK抑制剂可逆转这一效应	研究主要基于小鼠模型和有限的人类胰岛样本，需要在更大人群中验证	阐明衰老β细胞亚群在糖尿病进展中的作用机制并探索潜在治疗靶点	人类和小鼠的胰腺β细胞	细胞生物学	糖尿病	scRNA-seq, 流式细胞术, 空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	高脂饮食小鼠模型和来自有无2型糖尿病供体的人类胰岛
38	2025-07-26	EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf004 PMID:40073167	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶EZH2在记忆B细胞（MBC）形成和功能中的作用	揭示了EZH2在记忆B细胞分化和功能中的关键作用，特别是在流感感染模型中	EZH2敲除不完全，可能影响结果的解释	研究EZH2在记忆B细胞编程和回忆反应中的作用	小鼠（Mus musculus）的记忆B细胞	免疫学	流感感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	EZH2敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了EZH2敲除小鼠和野生型小鼠
39	2025-07-25	High-resolution comparative single-cell transcriptomics of doublesex-expressing neurons reveals evolutionary conservation and diversity of sexual circuits in Drosophila 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652433 PMID:40654601	研究论文	通过高分辨率单细胞转录组学比较研究不同果蝇物种中表达doublesex基因的神经元，揭示性行为神经回路在进化中的保守性和多样性	首次系统性比较多个果蝇物种中表达性别决定基因的神经元细胞类型，揭示了细胞类型在进化中的高度独立性以及神经调节信号通路的物种差异	研究仅关注表达doublesex基因的神经元，可能忽略了其他参与性行为调控的神经元群体	探究神经回路在进化过程中细胞和分子组成的变化如何导致行为多样性	多种果蝇物种中表达doublesex基因的神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个果蝇物种的雄性个体（具体数量未明确说明），并包括一个雌性果蝇数据集
40	2025-07-24	Preterm birth increases susceptibility to hyperglycemia induced glomerular alterations in male mice 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00103-5 PMID:40442182	research paper	该研究探讨了早产对高血糖诱导的肾小球改变的影响	首次研究了早产对糖尿病肾病进展的影响，并揭示了早产如何增加高血糖诱导的肾损伤的易感性	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性小鼠或人类数据	确定早产对高血糖暴露后肾脏健康的影响	早产和足月出生的CD-1小鼠	NA	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、组织学、分子和成像技术	NA	分子和成像数据	早产和足月出生的CD-1小鼠