单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 800 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-05-03 |
Chemokine (C-C Motif) Ligand 2 Expressing Adventitial Fibroblast Expansion During Loeys-Dietz Syndrome Aortic Aneurysm Formation
2025-May, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322069
PMID:40109260
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示Loeys-Dietz综合征主动脉瘤形成中外膜成纤维细胞中趋化因子（C-C基序）配体2的表达与扩增 | 首次发现LDS主动脉瘤中转录组变化主要发生在外膜成纤维细胞而非血管平滑肌细胞，并表明LDS与马凡综合征在细胞和分子机制上存在显著差异 | NA | 研究LDS主动脉瘤发病机制中细胞状态转变的作用，特别是外膜成纤维细胞的病理角色 | 小鼠LDS模型（Tgfbr2G357W/+）和人类LDS手术标本的主动脉根/升主动脉组织 | 数字病理学 | Loeys-Dietz综合征 | 单细胞RNA测序，RNA原位杂交，免疫荧光，免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠LDS模型在8周和24周龄时取样，人类LDS手术标本（n=5 LDS）和供体对照（n=2），共超过30000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2026-05-03 |
Human skeletal development and regeneration are shaped by functional diversity of stem cells across skeletal sites
2025-May-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.02.013
PMID:40118065
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研究论文 | 通过整合来自十个人体骨骼部位的骨骼干细胞分离、功能实验和单细胞RNA测序分析，揭示了骨骼干细胞在发育和再生中的功能多样性 | 首次系统描绘了来自10个不同骨骼位点的人类骨骼干细胞亚型组成及其克隆动态，并发现年龄相关的骨形成障碍源于干细胞的病理成纤维化转变 | 未明确提及研究局限性 | 探索人类骨骼干细胞在不同骨骼位点的功能多样性及其在骨骼发育和再生中的作用 | 来自十个人体骨骼部位的人类骨骼干细胞 | 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序 | 布尔算法模型 | 单细胞测序数据 | 10个人体骨骼部位的样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 23 | 2026-05-03 |
Pooled tagging and hydrophobic targeting of endogenous proteins for unbiased mapping of unfolded protein responses
2025-May-01, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.002
PMID:40273915
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研究论文 | 开发了一种对内源蛋白进行池式标记和疏水靶向的方法，用于无偏映射未折叠蛋白响应 | 首次实现高通量可视化与扰动结合的内源蛋白池式标记系统，揭示不同细胞区室对蛋白错误折叠的互斥而非协作响应 | 未明确说明局限性，但可能依赖HaloTag标记效率及细胞系特异性 | 系统解析蛋白质组组织、调节和功能，特别是蛋白质质量控制响应机制 | 内源蛋白（HaloTag标记的蛋白质）及未折叠蛋白响应相关基因 | 机器学习和组学分析结合 | NA | 池式成像、原位条形码测序、单细胞RNA测序、配体诱导蛋白错误折叠 | NA | 图像、转录组测序数据 | 复杂细胞池（具体数量未在摘要中给出） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2026-05-03 |
Inactivation of GSK3β by Ser389 phosphorylation prevents thymocyte necroptosis and impacts Tcr repertoire diversity
2025-May, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01441-z
PMID:39779909
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研究论文 | 通过高分辨率单细胞RNA测序分析发现GSK3β的Ser389磷酸化失活阻止胸腺细胞坏死，影响T细胞受体库多样性 | 首次揭示GSK3β通过坏死而非凋亡促进胸腺细胞死亡，以及其失活对TCR库多样性的调控作用 | 未提供 | 阐明胸腺细胞在V(D)J重组过程中细胞周期检查点和生存通路的机制 | 小鼠DN3和DN4胸腺细胞 | 数字病理学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 单个分选的小鼠DN3和DN4胸腺细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 高分辨率单细胞RNA测序 |
| 25 | 2026-05-03 |
A Robust Kernel-Based Workflow for Niche Trajectory Analysis
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401199
PMID:40411819
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研究论文 | 提出一种基于核的稳健工作流，用于生态位轨迹分析，无需细胞类型注释即可建模组织微环境的空间连续变化 | 通过将生态位结构组成建模为基因表达空间中的连续函数，避免了传统方法对细胞类型注释的需求，并结合细胞类型去卷积分析扩展至任意空间分辨率的数据集 | 未明确说明，但可能包括对高分辨率空间转录组数据的依赖以及连续函数建模的计算复杂性 | 开发一种无需细胞类型注释的稳健生态位轨迹分析方法，以提升空间转录组数据分析的准确性和鲁棒性 | 空间转录组数据集中的组织微环境生态位结构 | 机器学习 | 损伤或疾病相关组织微环境变化 | 空间转录组学 | 基于核的连续函数模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 26 | 2026-05-03 |
scDILT: A Model-Based and Constrained Deep Learning Framework for Single-Cell Data Integration, Label Transferring, and Clustering
2025 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3553068
PMID:40811359
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研究论文 | 提出一种名为scDILT的新工具，利用条件自编码器和深度嵌入聚类来整合单细胞RNA测序数据，同时保留参考数据集的细胞类型模式 | 提出scDILT框架，通过同质约束保持参考数据集中的细胞类型/聚类模式，同时利用异质约束将新数据集中的细胞映射到已注释的细胞簇，实现数据整合、标签转移和聚类的一体化 | 未明确说明局限性 | 开发一种能够同时实现单细胞数据整合、标签转移和聚类的工具，确保整合新数据时不会改变旧/参考数据集中的细胞簇定义 | 单细胞RNA测序数据，包括模拟和真实数据集，以及多组学单细胞数据集 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 条件自编码器、深度嵌入聚类 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-05-02 |
scRNA-seq and scATAC-seq reveal that Sertoli cell mediates spermatogenesis disorders through stage-specific communications in non-obstructive azoospermia
2025-05-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97958
PMID:40371706
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序揭示支持细胞通过阶段特异性通讯介导非阻塞性无精子症的生殖障碍 | 首次在非阻塞性无精子症中鉴定出三种新型支持细胞亚型表型（SC4/未成熟、SC7/成熟、SC8/进一步成熟），并发现生殖细胞亚型与支持细胞亚型之间的阶段特异性匹配交互模式，由Notch1/2/3信号通路调控 | NA | 探究非阻塞性无精子症中生殖障碍的细胞类型特异性异常机制 | 阻塞性无精子症和非阻塞性无精子症患者的睾丸组织 | 机器学习 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 28 | 2026-05-01 |
POPARI: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652741
PMID:40462963
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研究论文 | 提出了一种名为Popari的概率图模型，用于多样本空间转录组数据的因子分解，捕获样本间的空间组织变化 | 引入差异先验以正则化空间一致性，并采用空间下采样实现多分辨率层次分析 | 需要进一步验证在不同平台和组织类型中的泛化能力 | 开发适用于多样本空间转录组数据的分析方法以探索条件特异性空间组织变化 | 小鼠大脑（STARmap PLUS）、胸腺（Slide-TCR-seq）和卵巢癌（CosMx）组织样本 | 机器学习 | 卵巢癌 | 空间转录组学，概率图模型 | 概率图模型 | 空间基因表达数据 | 多样本数据集（具体数量未提及） | NA | 空间转录组学 | STARmap PLUS，Slide-TCR-seq，CosMx | NA |
| 29 | 2026-05-01 |
General and individualized changes in T cell immunity during aging
2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkae033
PMID:40073079
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综述 | 探讨衰老过程中T细胞免疫的普遍性和个体化变化，包括幼稚T细胞减少、记忆T细胞积累和TCR库缩减 | 结合单细胞测序技术揭示T细胞亚群、转录组和TCR库在衰老中的个体化差异，强调生活暴露对免疫衰老的影响 | 未提供具体实验数据或量化分析，主要基于已有文献综述，缺乏原创实验验证 | 理解T细胞免疫在衰老过程中的普遍性和个体化变化机制 | 人类T细胞亚群、转录组和TCR库在衰老过程中的变化 | 机器学习 | 老年病 | 单细胞测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2026-04-30 |
SlideCNA: spatial copy number alteration detection from Slide-seq-like spatial transcriptomics data
2025-May-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03573-y
PMID:40317049
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研究论文 | SlideCNA是一种从Slide-seq类空间转录组数据中检测空间拷贝数变异（CNA）的计算工具 | 利用表达感知的空间分箱方法克服数据稀疏性，从近单细胞分辨率的空间转录组数据中提取拷贝数变异信号，实现空间亚克隆检测 | 未提及具体局限性 | 开发从稀疏空间转录组数据中检测拷贝数变异的方法，以揭示实体瘤的遗传空间异质性 | 模拟数据和真实Slide-seq数据（转移性乳腺癌样本） | 机器学习, 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学, RNA-seq | 分箱算法 | 空间基因表达数据 | 模拟数据和真实乳腺癌数据 | 未指定平台公司 | 空间转录组学（Slide-seq类） | Slide-seq | 近单细胞分辨率的空间转录组数据 |
| 31 | 2026-04-30 |
Single-Cell Profiling of Mononuclear Cells Identifies Transcriptomics Signatures Differentiating Prostate Cancer From Benign Prostatic Hyperplasia
2025-05, Genes, chromosomes & cancer
DOI:10.1002/gcc.70051
PMID:40346907
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析外周血单核细胞，揭示前列腺癌与良性前列腺增生的转录组学差异 | 首次利用单细胞转录组学方法系统比较前列腺癌与良性前列腺增生患者外周血单核细胞的免疫细胞亚群及基因表达差异，发现CD14+单核细胞、NK细胞和γδT细胞在前列腺癌中显著升高，并鉴定出多个潜在生物标志物 | 样本量较小，仅包含4例前列腺癌和3例良性前列腺增生患者，且未进行功能验证 | 探究前列腺癌与良性前列腺增生在外周血单核细胞水平的分子差异，寻找区分两种疾病的潜在生物标志物 | 4例前列腺癌患者和3例良性前列腺增生患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 7例外周血样本（4例前列腺癌，3例良性前列腺增生） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 32 | 2026-04-29 |
Alternatively activated monocyte-derived myeloid cells promote extracellular pathogen persistence within pulmonary fungal granulomas
2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655817
PMID:40568097
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研究论文 | 利用空间转录组学和流式细胞术研究隐球菌肉芽肿的免疫动态和细胞结构，揭示替代激活的单核细胞来源髓系细胞促进肺真菌肉芽肿中细胞外病原体持续存在的机制 | 挑战了替代激活髓系细胞是真菌内在复制生态位的传统观点，发现真菌主要存在于细胞外环境，并首次提出Th2-髓系回路形成局部免疫抑制环境驱动真菌持续存在的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和特定真菌病原体（隐球菌），可能不完全代表人类潜伏感染的真实情况 | 阐明潜伏真菌感染中无法产生杀菌免疫的潜在机制，寻找宿主导向治疗新靶点 | 肺部真菌肉芽肿中的免疫细胞（特别是单核细胞来源髓系细胞和CD4 T辅助2细胞） | 数字病理学 | 肺真菌感染 | 空间转录组学、流式细胞术、命运图谱、小鼠遗传工具 | NA | 空间转录组数据、流式细胞术数据 | 涉及小鼠模型样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台 |
| 33 | 2026-04-29 |
A single cell atlas of the mouse seminal vesicle
2025-05-08, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkaf045
PMID:40036847
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研究论文 | 首次构建小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，定义其分泌细胞和免疫细胞群体 | 首次对小鼠精囊进行单细胞RNA-seq分析，揭示了该组织的主要细胞类型及其转录组特征 | 未明确说明局限性 | 理解精囊的细胞组成和功能，为精囊在生殖和后代发育中的作用提供资源 | 小鼠精囊组织 | 数字病理学 | 不适用 | 单细胞RNA-seq | 不适用 | 基因表达数据 | 23只不同年龄的小鼠，暴露于多种饮食挑战 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 34 | 2026-04-29 |
Single-Cell Transcriptome Reveals the Cellular Response to PEG-Induced Stress in Wheat Leaves
2025-May-07, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c12749
PMID:40287963
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示小麦叶片在PEG诱导干旱胁迫下的细胞应答机制 | 首次在单细胞水平系统分析干旱不敏感与敏感小麦幼苗在PEG诱导胁迫下的细胞异质性反应，并识别出多个细胞类型特异基因及主调控转录因子 | 仅依赖于PEG模拟干旱条件，未在自然干旱环境中验证；此外，研究局限于小麦叶片组织，未涵盖根部等其他关键器官 | 研究小麦叶片在干旱胁迫下的细胞层面应答机制 | 干旱不敏感和敏感的小麦幼苗叶片 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两种小麦品系（干旱不敏感和敏感）的幼苗，具体数量未说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2026-04-28 |
Insight into perfluorooctanoic acid-induced impairment of mouse embryo implantation via single-cell RNA-seq
2025-05-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137375
PMID:39892134
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示全氟辛酸诱导小鼠胚胎着床障碍的机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统揭示低剂量PFOA暴露通过破坏子宫内膜上皮细胞功能及ANGPTL信号通路导致胚胎着床失败的具体分子机制 | 该研究仅在小鼠模型中开展，缺乏人类临床样本验证；未深入探讨其他细胞类型（如免疫细胞）在PFOA暴露下的作用 | 探究全氟辛酸暴露对子宫内膜容受性的影响及其分子机制 | 小鼠子宫内膜组织及胚胎着床过程 | 数字病理学 | 生殖相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本量，但涉及多组小鼠模型的子宫内膜组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序平台 |
| 36 | 2026-04-27 |
Histological signatures map anti-fibrotic factors in mouse and human lungs
2025-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08727-3
PMID:40108456
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研究论文 | 通过组织学特征图谱揭示小鼠和人类肺部的抗纤维化因素 | 首次整合高维组织学纤维特征与多组学数据，构建时空分辨的基质转化轨迹，并识别出促纤维化与抗纤维化的成纤维细胞亚型及其相关因子 | 未在更大的样本集或不同纤维化模型中验证，且外泌实验的体内效果可能具有局限性 | 揭示肺纤维化进程中促纤维化与抗纤维化的生物学特征，并探索其对人类纤维化的功能性价值 | 博来霉素损伤的小鼠肺部及特发性肺纤维化患者肺部组织 | 数字病理学， 计算机视觉 | 肺纤维化 | 单细胞测序， Visium空间转录组学 | NA | 组织图像， 单细胞转录组数据， 空间转录组数据 | 小鼠肺部样本（博来霉素损伤后多个时间点）， 人类特发性肺纤维化患者肺部样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序， 空间转录组学 | 10x Chromium， 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序，10x Visium空间转录组分析 |
| 37 | 2026-04-23 |
Enhanced interpretation of immune cell phenotype and function through a rhesus macaque single-cell atlas
2025-May-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100849
PMID:40233746
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研究论文 | 本文介绍了首个以免疫为重点的猕猴单细胞多组织图谱RIRA，通过对比转录组谱与免疫谱系，揭示了无监督聚类在解释免疫细胞表型和功能时的局限性 | 首次构建猕猴免疫单细胞多组织图谱，并利用表面蛋白和标记基因作为基准，系统评估转录组谱与免疫谱系的对齐情况，识别了具有高判别价值的基因程序 | 无监督聚类在T细胞和NK细胞等功能性亚群中可能导致系统性混合，因为这些亚群缺乏明确的标记基因且共享强烈的表达程序（如细胞毒性） | 提高通过单细胞RNA测序数据解释免疫细胞表型和功能的准确性 | 猕猴的免疫细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2026-04-23 |
Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung
2025-May-01, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024027884
PMID:40014797
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研究论文 | 本研究揭示了成人肺中存在功能性造血祖细胞，这些细胞具有增殖和移植潜力，并可能支持人类造血功能 | 首次在成人肺中鉴定出功能性造血祖细胞，其频率与骨髓相似，并具有独特的基因特征和空间定位 | 研究主要基于小鼠移植实验和基因表达分析，人类体内功能验证有限 | 探索成人肺中造血祖细胞的存在、功能和潜在作用 | 成人肺组织中的CD34+造血祖细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间定位数据 | 人类肺组织样本和血液样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 39 | 2026-04-21 |
Unraveling the Heterogeneity of CD8+ T-Cell Subsets in Liver Cirrhosis: Implications for Disease Progression
2025-05-15, Gut and liver
IF:3.4Q2
DOI:10.5009/gnl230345
PMID:38623058
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研究论文 | 本研究通过转录组和单细胞测序分析，揭示了肝硬化中CD8+ T细胞的异质性，特别是CXCL13+ Tex细胞在疾病进展中的作用 | 首次在肝硬化中系统鉴定出八个CD8+ T细胞亚型，并明确了CXCL13+ Tex细胞作为终末耗竭亚型与疾病严重程度及肝癌预后不良的相关性 | 研究主要基于测序数据分析，缺乏体内功能验证实验来直接证明CXCL13+ Tex细胞的因果作用 | 阐明肝硬化中CD8+ T细胞的异质性及其在疾病进展中的分子机制 | 肝硬化患者的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肝硬化 | 转录组测序, 单细胞测序 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 谱系追踪, 差异分析 | RNA-seq数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2026-04-20 |
Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease
2025-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08852-z
PMID:40205047
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研究论文 | 本研究探讨了免疫检查点分子TIM-3在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病中的作用 | 首次揭示了TIM-3通过增强TGFβ信号通路维持小胶质细胞稳态，并证明靶向小胶质细胞TIM-3可改善阿尔茨海默病模型小鼠的认知障碍和淀粉样蛋白病理 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证 | 阐明TIM-3在小胶质细胞中的具体功能及其在阿尔茨海默病病理过程中的作用 | 小鼠模型中的小胶质细胞，特别是5×FAD转基因阿尔茨海默病模型小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型样本 | NA | 单核RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | NA |