单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 800 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 21 | 2026-03-04 |
GUIDING CLUSTERING AND ANNOTATION IN SINGLE-CELL RNA SEQUENCING USING THE AVERAGE OVERLAP METRIC
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652497
PMID:40654835
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研究论文 | 本文提出使用平均重叠度量来指导单细胞RNA测序中的聚类和注释，以提高细胞类型识别的准确性和生物学意义 | 引入平均重叠度量来比较差异表达基因的排名列表，从而更精确地评估单细胞聚类结果，特别是在高度相似的细胞群体中 | 方法主要基于转录组相似性，可能未考虑其他生物学因素，且在未知细胞身份的数据集中验证有限 | 开发一种新方法来改进单细胞RNA测序数据中细胞聚类的比较和注释，以更准确地识别细胞类型和亚群 | 单细胞RNA测序数据，包括已知T细胞群体和未分选小鼠胸腺细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类算法 | 转录组数据 | 包括已知T细胞群体和未分选小鼠胸腺细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2026-03-02 |
Preterm birth increases susceptibility to hyperglycemia induced glomerular alterations in male mice
2025-May-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-00103-5
PMID:40442182
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研究论文 | 本研究探讨了早产如何增加雄性小鼠在高血糖条件下发生肾小球和肾小管损伤的易感性 | 首次研究了早产对糖尿病肾病进展的影响，并利用单细胞RNA测序揭示了早产糖尿病小鼠内皮细胞与足细胞相互作用的特异性改变 | 研究仅使用雄性小鼠，未探讨性别差异；样本量未明确说明；研究结果基于动物模型，需在人类中进一步验证 | 确定早产对暴露于高血糖后肾脏健康的影响 | CD-1品系的早产（19天受孕后）和足月产（20天受孕后）雄性小鼠 | NA | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序，组织学分析，分子技术，成像技术 | NA | 基因表达数据，组织图像，生理指标数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2026-03-02 |
Emerging Techniques in Spatial Multiomics: Fundamental Principles and Applications to Dermatology
2025-May, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.09.006
PMID:39503694
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综述 | 本文综述了新兴的空间多组学技术的基本原理及其在皮肤病学研究中的应用 | 介绍了空间多组学技术如何同时捕获DNA、基因组可及性、组蛋白修饰和蛋白质，并在单细胞分辨率下保留空间背景，为皮肤病研究提供新视角 | NA | 概述空间多组学技术的原理、优势、局限性及其在皮肤病学中的研究潜力 | 皮肤组织切片 | 数字病理学 | 皮肤病 | 空间多组学技术 | NA | 基因组、蛋白质组、表观基因组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间多组学 | NA | NA |
| 24 | 2026-03-02 |
Citrullination of NF-κB p65 by PAD2 as a Novel Therapeutic Target for Modulating Macrophage Polarization in Acute Lung Injury
2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413253
PMID:40087815
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研究论文 | 本文发现PAD2通过瓜氨酸化NF-κB p65的R171位点调控巨噬细胞极化，并开发了一种基于金纳米颗粒的靶向治疗策略，用于治疗铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤 | 首次鉴定出NF-κB p65的R171瓜氨酸化位点及其在巨噬细胞极化中的作用，并创新性地设计了靶向M1巨噬细胞的纳米药物治疗策略 | 研究主要聚焦于PA诱导的ALI模型，其他病原体或损伤类型中的适用性未验证，纳米药物的长期安全性和临床转化潜力需进一步评估 | 探究PAD2介导的瓜氨酸化在巨噬细胞极化中的作用机制，并开发针对急性肺损伤的靶向治疗策略 | 巨噬细胞极化过程、NF-κB p65蛋白、铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤小鼠模型 | 生物医学研究 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序、基于质谱的蛋白质组学、纳米药物递送 | NA | RNA测序数据、蛋白质组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2026-02-25 |
sciLaMA: A Single-Cell Representation Learning Framework to Leverage Prior Knowledge from Large Language Models
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.28.635153
PMID:40501921
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研究论文 | 提出了一种名为sciLaMA的新型单细胞表示学习框架，通过整合多模态大语言模型的静态基因嵌入与单细胞RNA测序数据，以提升下游任务性能 | 首创性地将多模态大语言模型的基因嵌入与单细胞RNA测序数据通过配对变分自编码器架构相结合，生成上下文感知的细胞和基因表示 | 未在摘要中明确说明 | 解决单细胞RNA测序数据分析中整合外部生物知识、计算效率和可解释性的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器，大语言模型 | 基因表达表格数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2026-02-25 |
Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis
2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652535
PMID:40654739
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PDI-TCR的新方法，用于从人类血液中识别抗原特异性T细胞受体，并应用于结核病研究 | 开发了PDI-TCR方法，通过比较非重叠肽池的响应，能够区分真正的抗原特异性TCR克隆型与非特异性旁观者激活相关的TCR | NA | 识别和监测抗原特异性T细胞，以研究结核病中CD4 T细胞的动态和表型 | 结核病患者、结核分枝杆菌致敏的健康个体（IGRA+）的血液样本 | 免疫学 | 结核病 | 肽池扩增、批量TCR测序、单细胞RNA测序 | NA | 序列数据、RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2026-02-24 |
Decoding muscle-resident Schwann cell dynamics during neuromuscular junction remodeling
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.06.561193
PMID:38370853
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的作用，并发现了调控该过程的关键分子通路 | 发现了神经肌肉接头重塑过程中一种新型的终末雪旺细胞亚型，并确定了SPP1信号通路作为调控雪旺细胞增殖和肌肉再神经支配的关键调节因子 | 研究主要基于小鼠模型，其在人类疾病中的直接适用性尚需进一步验证 | 阐明肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的细胞动力学和分子机制 | 肌肉驻留雪旺细胞及其在稳定神经支配、部分去神经支配和完全去神经支配再神经支配模型中的亚型 | 单细胞组学 | 神经肌肉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-02-17 |
Enhanced Production of Lipid Mediators in Plasma and Activation of DNA Damage Pathways in PBMCs Are Correlated With the Severity of Ancestral SARS-CoV-2 Infection
2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202403195R
PMID:40322970
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研究论文 | 本研究通过分析PBMCs和血浆样本，揭示了特定脂质介质及其合成基因的上调与SARS-CoV-2感染严重程度的相关性 | 首次将血浆脂质代谢物谱、PBMCs的转录组学数据与鼻咽部单细胞基因表达数据相结合，系统性地关联了脂质炎症介质、DNA损伤通路激活与COVID-19疾病严重程度 | 样本量较小（PBMCs分析仅20例），且为观察性研究，无法确定因果关系 | 探究遗传因素和脂质代谢物在严重SARS-CoV-2感染中的作用机制 | 感染与未感染SARS-CoV-2的患者外周血单核细胞（PBMCs）、血浆及鼻咽拭子样本 | 生物信息学 | COVID-19 | bulk RNA-seq, 脂肪酸组学分析, 单细胞RNA-seq数据分析 | NA | 转录组数据, 代谢组数据 | PBMCs/血浆：10例感染患者 + 10例未感染患者；鼻咽拭子：58例健康与COVID-19参与者 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2026-02-15 |
Transcriptomic Signature-Guided Depletion of Intermediate Alveolar Epithelial Cells Ameliorates Pulmonary Fibrosis in Mice
2025-May-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6623390/v1
PMID:40470235
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了肺纤维化中的中间肺泡上皮细胞，并开发了一种RNA感知依赖的蛋白质翻译技术，选择性靶向并清除这些细胞，从而减轻小鼠模型中的肺纤维化 | 引入了新型RNA感知依赖的蛋白质翻译技术，用于选择性靶向和功能研究中间肺泡上皮细胞，并首次利用Sprr1a作为特异性标记来区分这些细胞 | 研究主要基于小鼠模型，人类应用需进一步验证；技术特异性可能受限于标记基因的表达动态 | 探究中间肺泡上皮细胞在肺纤维化中的具体贡献，并开发靶向治疗策略 | 小鼠模型中的Krt8+ ADI细胞和人类KRT5-/KRT17+异常基底样细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, RNA感知依赖的蛋白质翻译技术 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2026-02-07 |
DNA methylation changes during acute COVID-19 are associated with long-term transcriptional dysregulation in patients' airway epithelial cells
2025-May, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00215-5
PMID:40119174
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研究论文 | 本研究通过分析COVID-19患者急性期鼻细胞的DNA甲基化组和单细胞RNA测序数据，揭示了与长期转录失调相关的表观遗传变化 | 首次将急性COVID-19期间的DNA甲基化变化与患者气道上皮细胞长达12个月的长期转录失调联系起来，并发现纤毛功能基因的持续抑制与症状相关 | 样本量相对较小（急性期n=19，随访样本更少），且为观察性研究，无法确定甲基化变化与长期症状之间的因果关系 | 探究SARS-CoV-2感染后持续健康影响的分子机制，特别是表观遗传调控在长期转录失调中的作用 | COVID-19患者和对照组的鼻细胞（气道上皮细胞） | 表观遗传学 | COVID-19 | 酶促DNA甲基化组测序，单细胞RNA测序 | NA | DNA甲基化数据，单细胞转录组数据 | 急性期：COVID-19患者19人（其中14人进行scRNA-seq），对照组14人（其中10人进行scRNA-seq）；随访：感染后3个月7人，12个月5人；独立验证队列：感染后6个月15人 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2026-02-05 |
An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression
2025-05-23, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633
PMID:40408430
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研究论文 | 本研究通过工程化改造疱疹病毒蛋白TIP，使其能够招募LCK激酶直接激活T细胞中的STAT5蛋白，从而在无细胞因子的情况下维持CD8+ T细胞的存活和功能，并增强其在实体瘤中的抗肿瘤效果 | 首次利用工程化的病毒蛋白TIP作为平台，强制招募LCK激酶至STAT蛋白，实现了细胞因子非依赖性的靶向STAT激活，并重编程了T细胞内的信号通路 | 研究主要基于体外和动物模型，其临床转化效果和长期安全性尚未在人体中得到验证 | 旨在克服T细胞疗法中因JAK-STAT信号失调导致的功能受损问题，增强T细胞在实体瘤中的持久性和功能性 | 工程化病毒蛋白TIP、LCK激酶、STAT5蛋白、CD8+ T细胞、实体瘤模型 | 免疫工程、合成生物学 | 实体瘤 | 单细胞转录组学、蛋白质工程、体内肿瘤模型 | NA | 基因表达数据、功能实验数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 32 | 2026-01-21 |
Altered Hepatic Metabolism in Down Syndrome
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656393
PMID:40502193
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了唐氏综合征患者中肝脏代谢的改变，特别是胆汁酸水平升高和肝功能异常蛋白标志物 | 首次在唐氏综合征中系统报道了广泛的代谢变化，并利用小鼠模型和单细胞转录组学验证了胆汁酸代谢紊乱与肝脏病理的关联 | 研究样本量相对有限，且主要基于血浆分析，未深入探讨其他组织或长期临床影响 | 探究唐氏综合征中肝脏代谢的改变及其潜在机制 | 唐氏综合征患者和小鼠模型 | 代谢组学 | 唐氏综合征 | 多组学分析、bulk RNA-seq、单细胞转录组学 | Dp16小鼠模型 | 血浆、RNA序列数据 | 超过400人 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 33 | 2026-01-21 |
Interpretable Trajectory Inference with Single Cell Linear Adaptive Negative-binomial Expression (scLANE) Testing
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.19.572477
PMID:38187622
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研究论文 | 本文提出了一种名为scLANE的可解释轨迹推断方法，用于单细胞RNA-seq数据中的基因表达动态分析 | scLANE测试基于可解释的广义线性模型，通过经验选择的基样条处理非线性，并扩展至估计方程和混合模型，以支持复杂实验设计下的可靠轨迹测试 | NA | 开发一种可解释的轨迹推断方法，以识别与生物轨迹进展显著相关的基因表达变化 | 单细胞RNA-seq数据中的基因表达动态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 广义线性模型（GLM）、基样条、估计方程、混合模型 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-01-18 |
Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction
2025-May-20, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文通过比较患者样本和动物模型，揭示了骨髓脂肪酸代谢如何激活邻近造血干细胞，从而促进射血分数保留的心力衰竭（HFpEF）的机制 | 首次发现骨髓脂肪酸代谢通过重塑Vcam1启动子激活造血干细胞，促进HFpEF的系统性炎症和心脏舒张功能障碍 | 研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本验证有限，且HFpEF的复杂病理机制可能涉及其他未被探索的因素 | 探究HFpEF中骨髓脂肪酸代谢对造血干细胞激活的因果机制 | HFpEF患者样本、小鼠模型、骨髓细胞和造血干细胞 | 心血管疾病 | 心力衰竭 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、碳标记 | NA | 基因表达数据、代谢数据、细胞表型数据 | 患者样本和小鼠模型，具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2026-01-14 |
Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies
2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654974
PMID:40475448
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研究论文 | 本文通过标准化PBMCs样本，全面比较了多种商业单细胞RNA测序技术的性能，包括细胞回收率、测序效率、灵敏度、细胞注释和差异基因表达等指标 | 首次对七种全转录组mRNA测序试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒进行标准化比较，强调实验约束对细胞亚型分辨能力的影响 | 研究仅使用PBMCs样本，可能无法完全代表其他组织或细胞类型的性能差异 | 评估商业单细胞RNA测序技术的实际应用性能和选择标准 | 来自不同供者的标准化外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个供者的PBMCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2026-01-14 |
DRUG AND SINGLE-CELL GENE EXPRESSION INTEGRATION IDENTIFIES SENSITIVE AND RESISTANT GLIOBLASTOMA CELL POPULATIONS
2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.654044
PMID:40462892
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研究论文 | 本研究开发了一个名为ISOSCELES的新框架，通过整合单细胞基因表达数据和药物反应签名，量化胶质母细胞瘤细胞对药物的敏感性和耐药性景观 | ISOSCELES框架首次整合单细胞RNA测序数据和L1000表达签名，以预测不同细胞状态对药物的差异反应，并识别出OLIG2抑制剂与Depatux-M的新型组合疗法 | 研究未明确说明样本量大小或验证实验的详细范围，可能限制结果的普适性 | 开发一个预测胶质母细胞瘤不同细胞状态对药物敏感性和耐药性的平台，以促进治疗开发 | 新诊断和复发性胶质母细胞瘤肿瘤的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | ISOSCELES框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2026-01-14 |
A computational framework for mapping isoform landscape and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651907
PMID:40654841
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SPLISOSM的计算框架，用于从空间转录组学数据中检测异构体分辨率的模式 | SPLISOSM利用多元测试来考虑位点和异构体水平的依赖性，在稀疏数据上表现出稳健且理论依据充分的性能 | NA | 研究转录多样性（包括剪接和替代3'端使用）的空间协调机制 | 小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 神经精神疾病，胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 多元统计模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 38 | 2026-01-11 |
Overexpression of Meis factors in late-stage retinal progenitors yields complex effects on temporal patterning and neurogenesis
2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.01.651492
PMID:40654906
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研究论文 | 本研究通过在小鼠晚期视网膜祖细胞中过表达Meis1和Meis2转录因子，探究其对细胞时间身份和神经发生的影响 | 首次在晚期视网膜祖细胞中系统研究Meis1和Meis2过表达对时间模式调控和神经发生能力的影响，揭示了二者在晚期发育阶段具有非重叠的调控功能 | 过表达Meis因子未能完全重编程晚期祖细胞的时间身份，且研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类细胞或体内长期功能验证 | 探究转录因子Meis1和Meis2在晚期视网膜祖细胞中对时间身份决定和神经发生的调控作用 | 出生后小鼠的视网膜祖细胞 | 发育生物学 | NA | 电穿孔转染、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，使用小鼠视网膜祖细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2026-01-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct senotypes and a quiescence-senescence continuum at the transcriptome level following chemotherapy
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653730
PMID:40463227
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研究论文 | 本研究结合延时成像与单细胞RNA测序，揭示了化疗后细胞在转录组水平上存在不同的衰老类型以及静息-衰老连续体 | 首次通过单细胞RNA测序结合延时成像，将异质性细胞周期表型与转录组景观联系起来，并识别出多种衰老类型及两种不同的细胞周期阻滞途径 | 研究仅使用依托泊苷处理，未涵盖其他化疗药物；样本来源和数量未明确说明 | 区分化疗后细胞的静息与衰老状态，并探究其转录组特征 | 化疗处理后的细胞 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，延时成像 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2026-01-09 |
ABCC3 Is a Differential Marker of CYP11B2-Negative Zona Glomerulosa Cells in Human Adrenal Cortex
2025-May-07, Endocrine pathology
IF:11.3Q1
DOI:10.1007/s12022-025-09862-3
PMID:40332623
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研究论文 | 本研究揭示了ABCC3作为人类肾上腺皮质中CYP11B2阴性球状带细胞的新型标志物，可用于区分正常肾上腺分区与醛固酮增多症相关的病变 | 首次发现ABCC3与醛固酮合酶CYP11B2在肾上腺球状带细胞中呈反向表达模式，并证明ABCC3可作为特异性区分CYP11B2阴性球状带细胞的标志物 | 研究主要基于组织样本和体外细胞实验，尚未在更大规模的临床队列中验证ABCC3标志物的诊断效能 | 探究ABCC3在人类肾上腺皮质中的表达模式及其在原发性醛固酮增多症中的病理学意义 | 人类肾上腺皮质组织、醛固酮生成腺瘤、皮质醇生成腺瘤、无功能腺瘤、醛固酮生成微结节及培养的人肾上腺皮质细胞 | 病理学 | 原发性醛固酮增多症 | 空间转录组学、免疫荧光共定位、细胞培养、基因表达分析 | NA | 组织样本、细胞样本、基因表达数据 | 多种肾上腺腺瘤样本及相邻肾上腺皮质组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |