单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-05-30	Comprehensive Characterization of Bihormonal Cells and Endocrine Cell Lineages in Mammalian Pancreatic Islets 2025-May-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416326 PMID:40439685	研究论文	该研究全面表征了哺乳动物胰腺胰岛中的双激素细胞和内分泌细胞谱系，并探讨了它们在β细胞恢复中的潜在作用	使用基因工程小鼠模型和先进的成像流式细胞术，发现双激素细胞极其罕见，并通过单细胞RNA测序和双重组酶谱系追踪技术揭示了这些细胞的特性	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类胰岛生物学的复杂性	阐明双激素细胞在胰腺胰岛中的作用及其在β细胞恢复中的潜力	哺乳动物胰腺胰岛中的双激素细胞和内分泌细胞谱系	细胞生物学	糖尿病	基因工程、成像流式细胞术、单细胞RNA测序、双重组酶谱系追踪	NA	基因表达数据、细胞图像数据	基因工程小鼠模型和人类胰岛样本
362	2025-05-30	Elevating single-particle encapsulation in droplet microfluidics by utilizing surface acoustic wave and flow control 2025-May-28, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00787e PMID:40302630	研究论文	提出了一种结合表面声波(SAW)和鞘流控制的微滴微流控系统，以提高单颗粒封装效率	通过整合SAW和鞘流控制，实现了颗粒的线性排列和顺序封装，显著提高了封装效率	未提及系统在更复杂生物样本或实际临床环境中的表现	提高微滴微流控系统中的单颗粒封装效率	聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞	微流控技术	NA	表面声波(SAW)和鞘流控制	NA	NA	使用了不同浓度的聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞溶液
363	2025-05-30	Exploring the Epidemiology and Molecular Mechanisms of Riboflavin Against Chronic Kidney Disease Based on Data Mining, Single-Cell RNA Sequencing and Molecular Docking 2025-May-28, Journal of the American Nutrition Association IF:6.8Q1 DOI:10.1080/27697061.2025.2509900 PMID:40435123	研究论文	本研究通过数据挖掘、单细胞RNA测序和分子对接技术，探讨了核黄素与慢性肾脏病（CKD）的流行病学关联及其分子机制	首次结合流行病学分析和分子机制研究，揭示了核黄素通过调节炎症因子和信号通路（如MAPK信号通路）降低CKD风险的潜在机制	研究主要基于公开数据库和计算分析，缺乏实验验证	探索核黄素在预防慢性肾脏病中的临床潜力及其作用机制	核黄素与慢性肾脏病的关联及分子机制	生物信息学	慢性肾脏病	数据挖掘、单细胞RNA测序、分子对接	Logistic回归模型、限制性立方样条	流行病学数据、基因表达数据	基于美国国家健康与营养调查（NHANES）数据，CKD加权患病率为14.8%
364	2025-05-30	Remodelling hypoxic TNBC microenvironment restores antitumor efficacy of Vγ9Vδ2 T cell therapy 2025-May-28, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03045-x PMID:40437021	研究论文	研究通过重塑三阴性乳腺癌（TNBC）的缺氧微环境，恢复Vγ9Vδ2 T细胞治疗的抗肿瘤效果	揭示了γδ T细胞在TNBC微环境中的功能异质性，提出通过抑制HIF-1信号通路增强Vγ9Vδ2 T细胞治疗效果的策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	探索增强Vγ9Vδ2 T细胞治疗TNBC效果的策略	三阴性乳腺癌（TNBC）微环境中的γδ T细胞	肿瘤免疫治疗	三阴性乳腺癌	流式细胞术、原子力显微镜、共聚焦激光扫描显微镜、小鼠模型	小鼠模型	scRNA-seq数据、流式细胞数据、显微镜图像	TCGA数据、公开scRNA-seq数据集、小鼠模型实验数据
365	2025-05-30	Image guided construction of a common coordinate framework for spatial transcriptome data 2025-May-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01862-x PMID:40413226	research paper	本文提出了一种名为STaCker的深度学习算法，通过图像配准过程统一转录组切片的坐标，以解决空间转录组数据缺乏共同坐标框架的问题	STaCker通过整合组织图像和基因表达数据生成复合图像表示，并利用合成数据进行训练，克服了训练数据稀缺的问题，显著提高了切片间的空间一致性	NA	构建空间转录组数据的共同坐标框架，以促进数据比较和整合	空间转录组数据	digital pathology	NA	空间转录组技术	深度学习算法	图像和基因表达数据	多种基准数据集和真实空间转录组数据集
366	2025-05-30	Dynamic heterogeneity towards drug resistance in AML cells is primarily driven by epigenomic mechanism unveiled by multi-omics analysis 2025-May-21, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.038 PMID:40409464	研究论文	通过多组学分析揭示急性髓系白血病（AML）细胞耐药性的动态异质性主要由表观基因组机制驱动	开发了一种新型多重scRNA-seq策略NAMUL-seq，提高了单细胞转录组研究的效率和可扩展性，并揭示了AML细胞耐药性主要由表观基因组机制而非基因突变驱动	研究仅使用了AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60），未涉及原代细胞或体内模型	阐明AML细胞耐药性的细胞和分子机制	AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60）	多组学分析	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质可及性分析（scATAC-seq）、DNA甲基化分析、全外显子测序（WES）	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、外显子数据	三种AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60）
367	2025-05-30	Deciphering the regulatory networks of human male germline development from embryo to adulthood 2025-May-21, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167918 PMID:40409516	research paper	该研究通过整合92,488个人类睾丸细胞，构建了从六周胚胎到老年男性的全面男性生殖细胞图谱，揭示了男性生殖细胞发育的调控网络	揭示了WNT6-FZD3/LRP6-JUN/MYC信号轴在未分化精原细胞前体调控网络重构中的作用，并发现JUN和MYC可能是抑制精原细胞分化的核心转录因子	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏功能验证实验	解析人类男性生殖细胞从胚胎到成年的发育调控网络	人类睾丸细胞（从六周胚胎到老年男性）	生殖生物学	男性不育症（特发性非梗阻性无精症）	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	92,488个人类睾丸细胞
368	2025-05-30	Construction of a deep learning model and identification of the pivotal characteristics of FGF7- and MGST1- positive fibroblasts in heart failure post-myocardial infarction 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143171 PMID:40258553	research paper	该研究构建了一个深度学习模型，并鉴定了心肌梗死后心力衰竭（post-MI HF）中FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞的关键特征	发现了FGF7MGST1成纤维细胞在post-MI HF中的下调，并通过机器学习算法鉴定了17个特征基因，构建了预测心力衰竭的深度学习模型	成纤维细胞在正常心脏组织和心力衰竭组织中的异质性仍需进一步研究	探究心肌梗死后心力衰竭中成纤维细胞的功能失调及其关键特征	FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq, qRT-PCR, mendelian randomization analysis	deep learning model	single-cell RNA sequencing data, gene expression data	NA
369	2025-05-30	Neurotrophin-3/chitosan inhibits cuproptosis-related genes to enable functional recovery after spinal cord injury 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143403 PMID:40268016	research paper	本研究探讨了铜死亡相关基因(CRGs)在脊髓损伤(SCI)中的调控机制，并探索了负载神经营养因子-3(NT3)的壳聚糖在促进功能恢复中的治疗潜力	首次发现四个关键CRGs (Atp7a, Cp, Loxl2, 和 Pde3b)和三个关键转录因子(C/EBPα, Stat6, 和 Runx1)在SCI后上调，促进铜死亡和神经炎症，并证明NT3负载壳聚糖能显著抑制CRG表达并增强功能恢复	需要在更大的队列中验证这些发现，并探索NT3负载壳聚糖调节CRG表达的详细机制	研究SCI中CRGs的调控机制及NT3负载壳聚糖的治疗潜力	小鼠脊髓组织	神经科学	脊髓损伤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接分析	动物模型, 机器学习	RNA-seq数据	NA
370	2025-05-29	Targeting Ferroptosis Alleviates Pulmonary Arterial Hypertension, Insights from Transcriptomic and Experimental Analyses 2025-May-28, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202500001 PMID:40432432	研究论文	本研究探讨了铁死亡在肺动脉高压（PAH）发展中的作用及其分子机制，并通过转录组和实验分析验证了靶向铁死亡对PAH的治疗潜力	首次揭示了铁死亡在PAH内皮细胞损伤和血管重塑中的关键作用，并发现HIF1α信号在铁死亡诱导中的重要性	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究铁死亡在PAH发病机制中的作用并开发潜在治疗策略	肺动脉高压（PAH）患者和小鼠模型	分子病理学	肺动脉高压	转录组测序、单细胞RNA测序	PAH小鼠模型（缺氧+SU5416诱导）	基因表达数据、组织学数据	未明确说明患者样本量，使用小鼠模型进行实验
371	2025-05-29	Blood Biomarker-Based Predictive Indicator for Liver Metastasis in Alpha-Fetoprotein-Producing Gastric Cancer and Multi-Omics Tumor Microenvironment Insights 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503499 PMID:40433893	研究论文	本研究开发了一种基于血液生物标志物的预测指标（ANLiM评分），用于预测甲胎蛋白产生性胃癌（AFPGC）患者的肝转移风险，并通过多组学分析揭示了肝转移AFPGC的免疫抑制性肿瘤微环境特征	结合AFP和中性粒细胞-淋巴细胞比率（NLR）开发了新型预测指标ANLiM评分，并通过单细胞RNA测序等技术首次揭示了AFPGC肝转移的免疫微环境特征	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，样本量相对有限（317例）	开发AFPGC肝转移预测工具并探索其肿瘤微环境特征	甲胎蛋白产生性胃癌（AFPGC）患者	肿瘤学	胃癌	全外显子组测序、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光	多变量逻辑回归模型、列线图	临床数据、基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	317例AFPGC患者
372	2025-05-29	Single-Cell Analysis Reveals that Vitamin C Inhibits Bone Metastasis of Renal Cancer via Cell Cycle Arrest and Microenvironment Remodeling 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501011 PMID:40433925	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了维生素C通过细胞周期阻滞和微环境重塑抑制肾癌骨转移的机制	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了维生素C在骨转移微环境中的抗肿瘤作用，并提出了维生素C与CXCR2拮抗剂联合治疗的新策略	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索维生素C抑制肾癌骨转移的分子机制及其治疗潜力	肾癌细胞及其骨转移微环境	肿瘤学	肾癌	单细胞RNA测序	小鼠骨转移模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用纤维蛋白凝胶诱导的3D肿瘤球体来源的肾癌细胞
373	2025-05-29	PROS1-MERTK Axis Drives Tumor Microenvironment Crosstalk and Progression in Papillary Thyroid Microcarcinoma 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413474 PMID:40433916	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了PROS1-MERTK轴在甲状腺微小乳头状癌（PTMC）进展中的关键作用	首次揭示了PROS1-MERTK信号通路通过旁分泌和自分泌机制加速PTMC进展，并鉴定出NFYB和FOXP2作为PROS1转录的激活剂	样本量较小（19个手术组织标本），且仅针对PTMC进行研究	探索甲状腺微小乳头状癌（PTMC）进展的分子机制和生物标志物	15名患者的19个手术组织标本，包括癌旁组织、非进展性PTMC、进展性PTMC和进展性PTC	肿瘤生物学	甲状腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据	19个手术组织标本（来自15名患者）
374	2025-05-29	Single-cell targeted transcriptomics reveals subset-specific immune signatures differentiating asymptomatic and cardiac patients with chronic Chagas disease 2025-May-28, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf269 PMID:40434116	研究论文	通过单细胞靶向转录组学揭示了慢性查加斯病无症状患者和心脏病患者亚群特异性免疫特征	首次应用免疫基因靶向单细胞RNA测序技术，揭示了慢性查加斯病不同临床形式患者的免疫细胞亚群特异性基因表达模式	研究仅基于外周血单个核细胞(PBMCs)，未涉及其他组织或更广泛的样本	揭示慢性查加斯病不同临床形式(无症状和心脏病)患者的免疫特征差异	慢性查加斯病患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	单细胞转录组学	查加斯病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自无症状(IND)和心脏病(CCC)患者的外周血单个核细胞样本
375	2025-05-29	Circadian Gene BMAL1 Regulation of Cellular Senescence in Thyroid Aging 2025-May-28, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70119 PMID:40434135	研究论文	研究昼夜节律基因BMAL1在甲状腺衰老过程中对细胞衰老的调控作用	揭示了BMAL1基因下调通过抑制NFKBIA表达加速甲状腺细胞衰老和损害激素合成的新机制	NA	探究甲状腺衰老的分子和功能特征及其与甲状腺激素合成的关系	人类甲状腺组织和小鼠模型	分子生物学	甲状腺疾病	scRNA-seq, 转录组测序	甲状腺特异性Bmal1敲除小鼠模型	基因表达数据	年轻、中年和老年组的人类甲状腺组织
376	2025-05-29	Polyamine acetylation mediates crosstalk between cancer cells and myeloid cells to promote mesenchymal/plurimetabolic states in glioblastoma 2025-May-27, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf128 PMID:40424600	研究论文	本研究探讨了多胺乙酰化在胶质母细胞瘤(GBM)中介导癌细胞与髓系细胞间的代谢串扰，促进间充质/多代谢状态的作用	首次揭示了SAT1及其产物N1-乙酰精胺在连接肿瘤细胞与肿瘤相关巨噬细胞/髓系细胞(TAMs)代谢活动中的新作用	研究主要基于体外实验和动物模型，人类临床样本验证仍需进一步研究	探究多胺代谢重编程如何影响GBM亚型分类的恶性细胞内在和微环境依赖的生物学过程	人类和小鼠GBM肿瘤及细胞系	肿瘤代谢	胶质母细胞瘤	液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、转录组数据	人类和小鼠GBM肿瘤及细胞系(具体数量未明确说明)
377	2025-05-29	Epithelial cell dynamics: Key drivers of type 2 inflammation in eosinophilic chronic rhinosinusitis 2025-May-26, Auris, nasus, larynx DOI:10.1016/j.anl.2025.05.009 PMID:40424830	research paper	本文探讨了鼻窦黏膜上皮细胞在嗜酸性慢性鼻窦炎（ECRS）中作为2型炎症关键驱动因素的作用	强调了上皮细胞在ECRS发病机制中的关键作用，而非传统认为的免疫细胞，并探讨了针对IL-4/IL-13和IL-5信号通路的新型生物制剂的潜力	ECRS的发病机制在患者群体中存在异质性，这使得开发通用疗法变得复杂	探索上皮细胞亚群在维持组织修复和慢性炎症平衡中的作用，以开发针对性干预措施	嗜酸性慢性鼻窦炎（ECRS）患者的上皮细胞和免疫细胞	免疫学	慢性鼻窦炎	单细胞转录组学和空间转录组学技术	NA	NA	NA
378	2025-05-29	[New technologies serve as accelerators for breakthroughs in modern acupuncture research] 2025-May-25, Zhen ci yan jiu = Acupuncture research DOI:10.13702/j.1000-0607.20250380 PMID:40390610	综述	本文系统回顾了现代针灸研究的历史，强调了早期电生理和生化技术对针灸客观效应的验证，以及自20世纪50年代以来研究对针灸镇痛机制、经络现象、穴位-内脏器官关联和穴位功效模式的阐明	强调了当代技术从系统、有机方法到细胞、分子和遗传方法在推动现代针灸研究中的作用，并展望了单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能和医工交叉等新兴技术在针灸研究中的潜在应用	未具体说明当前研究的局限性	探讨现代针灸研究的发展历程及未来技术应用方向	针灸-艾灸的客观效应、镇痛机制、经络现象、穴位-内脏器官关联和穴位功效模式	医学工程交叉	NA	电生理、生化技术、单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能	NA	NA	NA
379	2025-05-29	Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles 2025-May-08, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791 PMID:40348058	研究论文	本研究探讨了CTNNB1外显子3突变在子宫内膜样子宫内膜癌(EECs)中β-连环蛋白(β-catenin)蛋白不同定位对下游基因表达的影响	首次揭示了β-连环蛋白在细胞核内或膜/细胞质中的不同定位会导致EECs中产生不同的转录谱，并发现了一个新的治疗靶点TROP2	研究仅关注CTNNB1外显子3突变的EECs，未涉及其他突变类型或其他类型子宫内膜癌	探究β-连环蛋白不同亚细胞定位对EECs转录谱的影响	携带CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样子宫内膜癌(EECs)	肿瘤分子生物学	子宫内膜癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但研究了肿瘤内具有核和非核β-连环蛋白定位的不同区域
380	2025-05-29	A regulatory variant rs9379874 in T1D risk region 6p22.2 affects BTN3A1 expression regulating T cell function 2025-May, Acta diabetologica IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s00592-024-02389-9 PMID:39417845	research paper	本研究揭示了6p22.2区域与中国汉族人群1型糖尿病(T1D)风险的关系，并确定了该区域内的因果变异及靶基因	发现了功能性变异rs9379874通过调节BTN3A1表达影响T细胞功能，为T1D的基因组风险图谱提供了新见解	未发现rs4320356变异与胰岛功能或自身免疫显著相关	揭示6p22.2风险区域与T1D亚群及相关临床特征的关联，并确定该区域的因果变异和靶基因	中国汉族人群中的T1D患者和健康对照	基因组学	1型糖尿病	GWAS、双荧光素酶报告基因检测、eQTL分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、临床数据	2608例T1D患者和4814例健康对照