单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-05-31	Single-cell sequencing exposes mast cell-derived CD52's anti-tumor action in breast cancer through the IL-6/JAK/STAT3 axis 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142879 PMID:40194575	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了肥大细胞来源的CD52通过IL-6/JAK/STAT3轴在乳腺癌中的抗肿瘤作用	发现肥大细胞相关基因（特别是CD52）在三阴性乳腺癌预后中的关键作用，并证实CD52通过IL-6/JAK/STAT3信号通路发挥抗肿瘤效应	未明确说明样本量大小及实验设计的详细限制	探索三阴性乳腺癌（TNBC）患者对免疫疗法反应不佳的预后因素及潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）患者及乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
362	2025-05-31	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02148-8 PMID:40195561	research paper	本文介绍了一种名为CHOIR的新方法，用于从单细胞数据中检测细胞类型和状态，并通过统计推断测试优化聚类结果	CHOIR通过随机森林分类器和置换测试在层次聚类树上应用统计方法，显著提高了细胞类型和状态检测的准确性	虽然CHOIR在多种单细胞数据类型上表现良好，但未明确提及在特定复杂细胞群体中的适用性限制	解决单细胞数据聚类中的过聚类和欠聚类问题，提高细胞类型和状态识别的准确性	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、空间转录组和多组学数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、ATAC-seq、空间转录组、多组学分析	随机森林	单细胞数据	230个模拟数据集和5个真实数据集
363	2025-05-31	Deep scSTAR: leveraging deep learning for the extraction and enhancement of phenotype-associated features from single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics data 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf160 PMID:40315434	研究论文	介绍了一种基于深度学习的工具Deep scSTAR（DscSTAR），用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中提取和增强表型相关特征	开发了DscSTAR工具，能够识别与疾病表型相关的细胞特征，如HSP+ FKBP4+ T细胞，并揭示其在免疫功能障碍和免疫检查点阻断抵抗中的作用	未明确提及具体局限性	提高从单细胞RNA测序和空间转录组数据中提取表型相关特征的能力，以增进对疾病机制和治疗抵抗的理解	单细胞RNA测序和空间转录组数据	生物信息学	非小细胞肺癌、肾细胞癌、肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	深度学习	基因表达数据	NA
364	2025-05-31	An overview of computational methods in single-cell transcriptomic cell type annotation 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf207 PMID:40347979	综述	本文系统回顾了基于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释计算方法	全面比较和分类了多种细胞类型注释方法，并探讨了深度学习技术在解决数据不平衡和识别新细胞类型中的潜力	未提及具体方法的性能比较或实验验证结果	总结和比较单细胞转录组数据中的细胞类型注释方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	NA
365	2025-05-31	Decoupled GNNs based on multi-view contrastive learning for scRNA-seq data clustering 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf198 PMID:40366859	研究论文	提出了一种基于多视图对比学习的解耦图神经网络方法（scDeGNN），用于单细胞RNA测序数据的聚类	通过解耦图神经网络和多视图对比学习，解决了传统方法在处理高维复杂数据时计算复杂度高的问题	未提及具体的数据规模限制或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	解耦图神经网络（GNN）、多层感知机（MLP）	基因表达数据	九个来自不同生物体和组织的真实scRNA-seq数据集
366	2025-05-31	Transcriptomic signatures of host immune responses in aphthous ulcers, the earliest lesions of Crohn's disease, suggest that bacterial uptake, rather than global dysbiosis, is the initiating factor 2025-05, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.70031 PMID:40386941	研究论文	该研究通过转录组分析揭示了克罗恩病最早病变——阿弗他溃疡中的宿主免疫反应特征，提出细菌摄取而非整体菌群失调是疾病起始因素	首次在克罗恩病最早病变阶段发现特定免疫反应特征，挑战了传统菌群失调致病理论	样本来源局限于特定病变部位，未涵盖疾病全病程	探究克罗恩病最早病变阶段的发病机制	克罗恩病患者的阿弗他溃疡组织、派尔集合淋巴结及正常黏膜	转录组学	克罗恩病	total RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	患者与对照组的黏膜组织样本（具体数量未明确说明）
367	2025-05-31	SOX4 as a Key Oncogene Driving Tumor Invasion in Retinoblastoma 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.24 PMID:40402518	研究论文	本研究探讨了SOX4在视网膜母细胞瘤（RB）中促进侵袭的作用及其潜在的致癌通路	揭示了SOX4在RB侵袭中的关键作用，并发现其通过调控Wnt/β-catenin和cyclin D1信号通路促进肿瘤侵袭	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探索SOX4在RB侵袭中的作用及其分子机制	视网膜母细胞瘤（RB）组织和细胞系（Y79, WERI-RB1）	肿瘤生物学	视网膜母细胞瘤	RNA-seq, scRNA-seq, siRNA介导的基因敲除	NA	RNA测序数据	人类视网膜、眼内RB和眼外RB样本，以及RB细胞系
368	2025-05-31	Distinct Transcriptomic Profiles of Cultured Anterior and Posterior Populations of Human Infant Scleral Fibroblasts: Including Dopamine Receptors 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.29 PMID:40402520	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了婴儿巩膜成纤维细胞的异质性，特别是前后区域在转录组学上的差异，并探讨了多巴胺受体在巩膜重塑中的调控作用	首次对婴儿巩膜成纤维细胞进行了全面的转录组分析，揭示了前后区域在转录组上的差异以及多巴胺受体在巩膜重塑中的调控机制	研究仅针对婴儿巩膜成纤维细胞，结果可能不适用于其他年龄段	探究巩膜成纤维细胞的异质性及其在多巴胺信号调控下的巩膜重塑机制	婴儿巩膜成纤维细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 10x Genomics平台	NA	RNA测序数据	来自3个月至2岁婴儿巩膜前部、赤道部和后部区域的成纤维细胞
369	2025-05-31	UCS: A Unified Approach to Cell Segmentation for Subcellular Spatial Transcriptomics 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400975 PMID:39763408	研究论文	提出了一种针对亚细胞空间转录组学（SST）数据的统一细胞分割方法（UCS）	UCS方法通过整合核染色和转录数据，利用深度学习技术，为不同平台的SST数据提供高精度的细胞分割	未提及具体的数据集大小或验证范围	提高亚细胞空间转录组学数据中细胞分割的准确性	亚细胞空间转录组学数据	数字病理学	NA	亚细胞空间转录组学（SST）	深度学习	图像和转录数据	NA
370	2025-05-31	Feedback regulation of VISTA and Treg by TNF-α controls T cell responses in drug allergy 2025-May, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16393 PMID:39526799	研究论文	研究TNF-α通过调控VISTA和Treg细胞在药物过敏中控制T细胞反应的反馈机制	揭示了TNF-α在不同阶段的药物特异性T细胞反应中对VISTA和Treg细胞的反馈调控机制，并提出了使用Treg激动剂而非TNF-α拮抗剂治疗进行性SCARs的新策略	免疫发病机制的多样性和复杂性可能影响治疗方案的普适性	阐明SCARs的精确病理过程并优化治疗方案	SCARs患者	免疫学	药物过敏	单细胞测序、体外功能分析和临床分析	NA	临床数据和实验数据	SCARs患者样本
371	2025-05-31	Multi-view clustering for single-cell RNA-seq data based on graph fusion 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf193 PMID:40413869	研究论文	提出了一种基于图融合的多视图聚类算法scMCGF，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类	利用多视图数据（包括线性与非线性特征、细胞通路评分矩阵等）进行图融合，提高了聚类的准确性和鲁棒性	未明确提及具体局限性，但可能受限于多视图数据的生成与融合计算复杂度	解决单细胞RNA测序数据高维性和频繁丢失事件带来的聚类挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多视图聚类算法（scMCGF）	基因表达数据	13个真实数据集
372	2025-05-31	Scleraxis-expressing progenitor cells are critical for the maturation of the annulus fibrosus and demonstrate therapeutic potential 2025-May, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.04.009 PMID:40421145	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等方法，揭示了表达Scleraxis（Scx）的祖细胞在纤维环（AF）成熟和修复中的关键作用及其治疗潜力	首次发现Scx能特异性标记外层AF的祖细胞群，并证实其在AF成熟和损伤修复中的关键作用，为AF修复提供了新的细胞治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索纤维环（AF）祖细胞的特性及其在AF成熟和修复中的作用	小鼠椎间盘中的Scx表达祖细胞	细胞生物学	脊柱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传谱系追踪、体外干细胞实验、消融模型和细胞移植	NA	RNA测序数据	小鼠椎间盘细胞
373	2025-05-31	Endothelial Changes at Different Stages After Ischemic Stroke Contribute to the Regulation of Immune Cell Infiltration 2025-May, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70456 PMID:40421577	research paper	研究探讨了缺血性中风后不同阶段内皮细胞的变化如何调节免疫细胞浸润	揭示了内皮细胞在中风后不同阶段的功能差异及其对免疫细胞浸润的调节机制	研究仅基于小鼠模型，未在人类中进行验证	探究缺血性中风后内皮细胞功能变化与免疫细胞浸润的关系	小鼠的中风模型中的内皮细胞和免疫细胞	脑血管疾病研究	缺血性中风	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫荧光图像	Sham和MCAO小鼠在术后3天和14天的样本
374	2025-05-31	Exploring the impact of the liver-intestine-brain axis on brain function in non-alcoholic fatty liver disease 2025-May, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2024.101077 PMID:40433559	研究论文	本研究探讨了非酒精性脂肪肝病(NAFLD)通过肝-肠-脑轴对脑功能的影响及其潜在治疗干预	揭示了NAFLD中微生物群变化、代谢物改变及关键调控分子对脑功能的影响，并发现DCA通过激活JAK2/STAT3通路导致小胶质细胞炎症激活等新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明NAFLD通过肝-肠-脑轴影响脑功能的分子机制并探索潜在治疗靶点	NAFLD患者和小鼠模型	医学研究	非酒精性脂肪肝病	16S rRNA测序、LC-MS非靶向代谢组学、scRNA-seq	小鼠模型	微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	NAFLD患者和健康人的粪便样本、NAFLD小鼠模型
375	2025-05-30	Improving predictive accuracy in multiple myeloma using a plasma cell profile derived from single-cell RNA sequencing 2025-May-29, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2025.287586 PMID:40438979	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤患者的肿瘤细胞异质性，发现一种特别具有侵袭性的细胞亚群，并基于此开发了一个7基因标志物的风险分层模型	首次在单细胞分辨率下识别出与多发性骨髓瘤患者不良预后相关的侵袭性细胞亚群，并开发了一个新的7基因标志物风险分层模型	研究样本量较小（12名新诊断患者），需要在更大样本中验证	提高多发性骨髓瘤的风险分层准确性	多发性骨髓瘤患者（特别是超高危患者）的肿瘤细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），数字PCR	Cox风险比例模型	RNA测序数据	12名新诊断多发性骨髓瘤患者，并在5个独立数据集中验证
376	2025-05-30	Lichenoid graft-versus-host disease shows a high interferon score, with IFNAR1 inhibition preventing skin inflammation 2025-May-29, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.20760 PMID:40439472	研究论文	本研究旨在解析苔藓样移植物抗宿主病(lGVHD)的免疫学机制，并评估在小鼠模型中阻断I型干扰素(IFN-I)通路对局部炎症的影响	揭示了lGVHD皮肤中强烈的I型和II型干扰素特征，以及T细胞和巨噬细胞中Th2/Th17和激活标志物的增加表达，提出IFNAR1可能是治疗苔藓样慢性GVHD的有希望的治疗靶点	样本量较小，人类lGVHD皮肤样本仅3例，健康对照4例，且小鼠模型的结果需要在更大规模的临床研究中验证	解析苔藓样GVHD的免疫学机制并探索其治疗靶点	人类lGVHD皮肤样本和小鼠ccGVHD模型	免疫学	移植物抗宿主病	单细胞基因表达分析(scRNA-Seq)、批量RNA-Seq、定量PCR、生物信息学分析	小鼠ccGVHD模型	基因表达数据	人类lGVHD皮肤样本3例，健康对照4例；另一队列lGVHD样本8例；lGVHD病变13例，健康对照10例
377	2025-05-30	Elevating single-particle encapsulation in droplet microfluidics by utilizing surface acoustic wave and flow control 2025-May-28, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00787e PMID:40302630	研究论文	提出了一种结合表面声波(SAW)和鞘流控制的微滴微流控系统，以提高单颗粒封装效率	通过整合SAW和鞘流控制，实现了颗粒的线性排列和顺序封装，显著提高了封装效率	未提及系统在更复杂生物样本或实际临床环境中的表现	提高微滴微流控系统中的单颗粒封装效率	聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞	微流控技术	NA	表面声波(SAW)和鞘流控制	NA	NA	使用了不同浓度的聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞溶液
378	2025-05-30	Exploring the Epidemiology and Molecular Mechanisms of Riboflavin Against Chronic Kidney Disease Based on Data Mining, Single-Cell RNA Sequencing and Molecular Docking 2025-May-28, Journal of the American Nutrition Association IF:6.8Q1 DOI:10.1080/27697061.2025.2509900 PMID:40435123	研究论文	本研究通过数据挖掘、单细胞RNA测序和分子对接技术，探讨了核黄素与慢性肾脏病（CKD）的流行病学关联及其分子机制	首次结合流行病学分析和分子机制研究，揭示了核黄素通过调节炎症因子和信号通路（如MAPK信号通路）降低CKD风险的潜在机制	研究主要基于公开数据库和计算分析，缺乏实验验证	探索核黄素在预防慢性肾脏病中的临床潜力及其作用机制	核黄素与慢性肾脏病的关联及分子机制	生物信息学	慢性肾脏病	数据挖掘、单细胞RNA测序、分子对接	Logistic回归模型、限制性立方样条	流行病学数据、基因表达数据	基于美国国家健康与营养调查（NHANES）数据，CKD加权患病率为14.8%
379	2025-05-30	Image guided construction of a common coordinate framework for spatial transcriptome data 2025-May-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01862-x PMID:40413226	research paper	本文提出了一种名为STaCker的深度学习算法，通过图像配准过程统一转录组切片的坐标，以解决空间转录组数据缺乏共同坐标框架的问题	STaCker通过整合组织图像和基因表达数据生成复合图像表示，并利用合成数据进行训练，克服了训练数据稀缺的问题，显著提高了切片间的空间一致性	NA	构建空间转录组数据的共同坐标框架，以促进数据比较和整合	空间转录组数据	digital pathology	NA	空间转录组技术	深度学习算法	图像和基因表达数据	多种基准数据集和真实空间转录组数据集
380	2025-05-30	Dynamic heterogeneity towards drug resistance in AML cells is primarily driven by epigenomic mechanism unveiled by multi-omics analysis 2025-May-21, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.038 PMID:40409464	研究论文	通过多组学分析揭示急性髓系白血病（AML）细胞耐药性的动态异质性主要由表观基因组机制驱动	开发了一种新型多重scRNA-seq策略NAMUL-seq，提高了单细胞转录组研究的效率和可扩展性，并揭示了AML细胞耐药性主要由表观基因组机制而非基因突变驱动	研究仅使用了AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60），未涉及原代细胞或体内模型	阐明AML细胞耐药性的细胞和分子机制	AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60）	多组学分析	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质可及性分析（scATAC-seq）、DNA甲基化分析、全外显子测序（WES）	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、外显子数据	三种AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60）