单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 798 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2025-10-06 |
Computational modeling of single-cell dynamics data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf305
PMID:40586321
|
综述 | 本文综述了单细胞动态数据的计算建模方法，重点讨论了数据分析挑战和算法进展 | 系统梳理了单细胞动态数据分析的四大关键任务，并展望了生物技术与人工智能算法融合的前景 | 作为综述文章，未涉及具体实验验证和原始数据分析 | 探讨单细胞动态数据的计算分析方法及其在生命机制研究中的应用 | 单细胞动态测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞动态测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 282 | 2025-10-06 |
An order-preserving batch-effect correction method based on a monotonic deep learning framework
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf247
PMID:40586320
|
研究论文 | 提出了一种基于单调深度学习框架的保序批次效应校正方法 | 在批次效应校正方法中首次引入保序特性，通过单调深度学习网络保持基因表达数据的原始顺序关系 | 未提及方法的具体计算复杂度或在大规模数据集上的性能表现 | 开发具有保序特性的单细胞RNA测序数据批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 单调深度学习网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 283 | 2025-10-06 |
iGTP: learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf296
PMID:40551620
|
研究论文 | 提出了一种可解释的生成式转录程序框架iGTP，用于单细胞转录组数据的细胞嵌入表示和生物学机制推断 | 设计了结合转录程序空间和蛋白质-蛋白质相互作用的可解释生成模型框架，能够同时从TP和PPI层面提供生物学见解 | NA | 开发可解释的深度学习框架用于单细胞转录组数据的生物学机制分析 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 变分自编码器, 图神经网络, 潜在扩散模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 284 | 2025-10-06 |
Fusion of spatiotemporal and network models to prioritize multiscale effects in single-cell perturbations
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf277
PMID:40545244
|
研究论文 | 提出Perturb-STNet框架，通过融合时空和网络模型来识别单细胞扰动中的多尺度效应 | 开发了首个基于网络的时空模型框架，能够对单细胞扰动数据中的空间和时间差异表达调控因子进行排序 | 方法在复杂多细胞/多组织系统中的验证仍需进一步扩展 | 识别驱动发育和疾病过程的时空差异表达调控因子 | 单细胞扰动数据中的调控因子、细胞和邻域相互作用 | 计算生物学 | 肺癌、黑色素瘤、结肠炎 | 单细胞成像、空间转录组学 | 网络时空模型 | 单细胞时空数据 | 合成数据、肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型、结肠炎数据 | NA | CODEX单细胞成像、MERFISH空间转录组学 | NA | CODEX单细胞成像时间序列数据、MERFISH空间转录组学时间序列数据 |
| 285 | 2025-07-02 |
Correction to: ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf337
PMID:40580031
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 286 | 2025-10-06 |
ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf253
PMID:40471991
|
研究论文 | 提出一种基于图结构的细胞类型注释方法ScInfeR，能够高效注释单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据中的细胞类型和亚型 | 结合scRNA-seq参考数据和标记基因集，采用分层框架和图神经网络消息传递机制，支持加权正负标记基因，并开发了包含329种细胞类型参考数据的交互式数据库 | NA | 开发高效的细胞类型注释方法，解决单细胞和空间组学数据分析中的细胞类型识别难题 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学数据集中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序，空间转录组学 | 图神经网络 | 基因表达数据，染色质可及性数据，空间坐标信息 | 在100多个细胞类型预测任务中评估，包含28种组织类型的人类和植物数据 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 287 | 2025-10-06 |
Viral tropism in plants, reproductive tissues, and seeds
2025-May-23, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-025-04353-9
PMID:40404962
|
综述 | 本文系统阐述了植物病毒趋向性的分子与细胞决定因素及其在生殖组织与种子中的感染机制 | 整合超分辨率显微镜和单细胞组学技术揭示病毒-宿主互作新机制，提出植物病毒在靶向递送领域的应用潜力 | 未涉及具体作物品种的实证研究数据 | 解析植物病毒趋向性的分子机制及其生物技术应用 | 植物病毒在特定细胞类型、组织和宿主中的感染特性 | 植物病理学 | 植物病毒病 | 超分辨率显微镜, 单细胞转录组学, 蛋白质组学 | NA | 文献综述 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 288 | 2025-10-06 |
Huanglian Jiedu Decoction Treats Ischemic Stroke by Regulating Pyroptosis: Insights from Multi-Omics and Drug-Target Relationship Analysis
2025-May-23, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18060775
PMID:40573172
|
研究论文 | 本研究通过多组学和药物-靶点关系分析探讨黄连解毒汤通过调节细胞焦亡治疗缺血性中风的机制 | 首次结合单细胞RNA测序和网络药理学系统揭示黄连解毒汤通过NLRP3炎症小体通路调节细胞焦亡的分子机制 | 研究仅使用雄性小鼠模型，缺乏雌性动物验证；样本量相对有限 | 探究黄连解毒汤治疗缺血性中风的作用机制 | 8周龄雄性小鼠 | 多组学分析 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序, 网络药理学, 分子对接, 表面等离子共振, 液相色谱-质谱联用, 分子动力学 | NA | 多组学数据, 生理学数据, 组织病理学数据 | 小鼠分为6组（假手术组、模型组、阳性药物组、黄连解毒汤低中高剂量组） | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 289 | 2025-10-06 |
Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation
2025-May, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02163-9
PMID:40240879
|
研究论文 | 本研究揭示了桥粒基因突变通过改变肿瘤微环境促进黑色素瘤增殖的新机制 | 首次发现桥粒基因在人类癌症中的高频突变，并证明这些突变通过影响角质形成细胞间接促进黑色素瘤增殖 | 研究主要基于原发性和转移性黑色素瘤活检样本，需要进一步验证其他癌症类型 | 探究桥粒基因突变在黑色素瘤发生发展中的作用机制 | 人类黑色素瘤样本和角质形成细胞 | 肿瘤生物学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学、蛋白质免疫荧光、基因敲低、共培养实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质定位数据、细胞增殖数据 | 人类原发性和转移性黑色素瘤活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 290 | 2025-10-06 |
Advances and challenges in cell-cell communication inference: a comprehensive review of tools, resources, and future directions
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf280
PMID:40536815
|
综述 | 本文全面回顾了基于单细胞和空间转录组数据的细胞间通讯推断工具、资源及未来发展方向 | 系统整合了100多种生物信息学工具和近50种资源，创建了集中式网络平台CCC-Catalog | 未开发新的计算方法，主要侧重于现有工具和资源的系统性评述 | 评估细胞间通讯推断领域的现状、挑战和未来方向 | 细胞间通讯推断工具、配体-受体数据库和相关资源 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 291 | 2025-10-06 |
Evaluating discrepancies in dimensionality reduction for time-series single-cell RNA-sequencing data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf287
PMID:40576031
|
研究论文 | 评估时间序列单细胞RNA测序数据降维中不同技术产生的差异 | 提出基于变分自编码器生成合成时间序列scRNA-seq数据的方法来评估降维技术差异 | 研究中使用的合成数据可能无法完全代表真实生物系统的复杂性 | 评估不同降维技术在时间序列单细胞RNA测序数据分析中的一致性和可靠性 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器, PCA, t-SNE, UMAP, scVI | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 292 | 2025-10-06 |
Secreted Phosphoprotein 1 in Lung Diseases
2025-May-30, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo15060365
PMID:40559389
|
综述 | 本文综述了分泌磷蛋白1(SPP1)在多种肺部疾病中的作用机制和临床意义 | 系统总结了SPP1在间质性肺病等多种肺部疾病中的最新研究进展，特别关注了单细胞RNA测序技术带来的新发现 | 作为综述文章，主要基于现有文献分析，缺乏原始实验数据验证 | 探讨SPP1在肺部疾病发生发展中的作用机制和潜在治疗靶点价值 | 分泌磷蛋白1(SPP1)及其在肺部疾病中的表达和功能 | 病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文献数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 293 | 2025-10-06 |
Exploring the Role of Bifenthrin in Recurrent Implantation Failure and Pregnancy Loss Through Network Toxicology and Molecular Docking
2025-May-29, Toxics
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxics13060454
PMID:40559927
|
研究论文 | 通过网络毒理学和分子对接研究联苯菊酯在复发性种植失败和复发性流产中的潜在作用机制 | 首次将网络毒理学与分子对接方法结合，系统研究联苯菊酯与生殖障碍疾病的关联，并构建基于枢纽基因的诊断模型 | 缺乏体内和体外实验证据验证，需要进一步研究阐明具体机制 | 探索联苯菊酯与复发性种植失败和复发性流产的潜在关联 | 联苯菊酯及其潜在靶点基因，复发性种植失败和复发性流产患者样本 | 生物信息学 | 生殖系统疾病 | 网络毒理学，分子对接，RNA-seq分析，功能富集分析 | 诊断模型 | 基因表达数据，蛋白质结构数据 | 来自GEO数据库的bulk RNA-seq数据集和单细胞RNA-seq数据 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 294 | 2025-10-06 |
A retinoic acid:YAP1 signaling axis controls atrial lineage commitment
2025-May-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115687
PMID:40343798
|
研究论文 | 本研究揭示了视黄酸与YAP1信号轴协同调控心脏祖细胞向心房谱系分化的机制 | 首次发现Hippo效应因子YAP1与视黄酸信号协同整合于心房转录因子增强子网络，调控心房谱系特化 | 研究主要基于体外hESC模型和小鼠胚胎，人类体内验证尚需进一步研究 | 探究视黄酸信号调控心房谱系特化的下游效应机制 | 人类胚胎干细胞来源的心脏祖细胞、小鼠胚胎、模式化心脏类器官 | 发育生物学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, snATAC-seq, 功能基因组学 | NA | 单细胞转录组数据、单细胞染色质可及性数据 | 未处理与RA处理的人类胚胎干细胞来源CPCs | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 295 | 2025-10-06 |
Integrative Spatial Proteomics and Single-Cell RNA Sequencing Unveil Molecular Complexity in Rheumatoid Arthritis for Novel Therapeutic Targeting
2025-May-22, Proteomes
IF:4.0Q2
DOI:10.3390/proteomes13020017
PMID:40559990
|
研究论文 | 通过整合空间蛋白质组学和单细胞RNA测序技术揭示类风湿关节炎滑膜分子复杂性 | 首次结合激光捕获显微切割蛋白质组学和单细胞RNA测序分析类风湿关节炎滑膜组织空间异质性 | 未明确说明样本规模和验证方法 | 解析类风湿关节炎滑膜组织分子机制并发现治疗靶点 | 类风湿关节炎患者滑膜组织及其健康对照 | 空间多组学 | 类风湿关节炎 | 激光捕获显微切割, 质谱蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | 激光捕获显微切割结合质谱蛋白质组学 |
| 296 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveal PI3K-AKT and metabolic alterations in aggressive, treatment-resistant lactotroph pituitary neuroendocrine tumors
2025-05-19, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02025-9
PMID:40390063
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示侵袭性、治疗抵抗性催乳素垂体神经内分泌肿瘤中PI3K-AKT通路和代谢改变 | 首次在DA抵抗性催乳素PitNET中应用空间转录组学技术揭示肿瘤内异质性，发现PI3K/AKT通路和脂质代谢改变 | 样本量较小（13例患者），未观察到从部分响应到完全无响应肿瘤的明确分化模式 | 解析催乳素垂体神经内分泌肿瘤的分子异质性，识别侵袭性和药物治疗抵抗的生物标志物 | 多巴胺激动剂抵抗性催乳素垂体神经内分泌肿瘤患者 | 空间转录组学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | 空间转录组学, 全转录组测序, 全外显子组测序 | NA | 空间转录组数据, 测序数据 | 13例DA抵抗性催乳素PitNET患者 | 10x Genomics | 空间转录组学, bulk RNA-seq, WES | Visium | Visium Spatial Transcriptomics |
| 297 | 2025-10-06 |
Multi-Omics and Experimental Validation Identify GPX7 and Glutathione-Associated Oxidative Stress as Potential Biomarkers in Ischemic Stroke
2025-May-30, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox14060665
PMID:40563300
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和实验验证，鉴定GPX7和谷胱甘肽相关氧化应激作为缺血性脑卒中的潜在生物标志物 | 首次系统整合GEO数据库和Genecards数据库，结合机器学习算法和单细胞RNA测序技术，通过体内实验验证GPX7在缺血性脑卒中中的关键作用 | 研究主要基于动物模型，临床转化价值需进一步验证 | 系统分析氧化应激相关基因在缺血性脑卒中中的功能和意义 | 缺血性脑卒中相关基因表达数据、Wistar大鼠大脑中动脉闭塞模型 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA测序、分子对接分析、多组学分析 | 机器学习算法、无监督一致性聚类 | 基因表达数据 | GEO数据库数据集、Wistar大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 298 | 2025-10-06 |
Advances in Genitourinary Tumor Genomics and Immunotherapy
2025-May-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16060667
PMID:40565559
|
综述 | 本文全面概述了泌尿生殖系统肿瘤免疫监测与免疫调节技术的最新进展 | 整合免疫监测技术、免疫调节方法和人工智能，提出跨学科融合推动癌症免疫治疗发展的新范式 | 作为综述文章，未提供原始实验数据验证所述技术的实际效果 | 探讨免疫监测与免疫调节技术在癌症免疫治疗中的应用与发展前景 | 泌尿生殖系统肿瘤的免疫治疗方法与技术平台 | 生物医学工程 | 泌尿生殖系统肿瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、多重细胞因子分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 299 | 2025-10-06 |
Beyond Transposons: TIGD1 as a Pan-Cancer Biomarker and Immune Modulator
2025-May-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16060674
PMID:40565566
|
研究论文 | 本研究对TIGD1基因进行了泛癌分析，评估其作为癌症生物标志物和免疫调节因子的潜力 | 首次对TIGD1进行系统性泛癌分析，揭示其与肿瘤免疫微环境和治疗耐药性的关联 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要实验验证 | 评估TIGD1在多种癌症中的表达模式、诊断价值、预后意义及与免疫治疗反应的关系 | TCGA和GTEx数据库中的转录组和临床数据 | 生物信息学 | 多种癌症 | 转录组分析，单细胞测序，基因集富集分析 | 生物信息学分析 | 转录组数据，临床数据 | TCGA和GTEx数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 300 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics Unveils the Mechanistic Role of FOSL1 in Cutaneous Wound Healing
2025-May-29, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13061330
PMID:40564048
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了转录因子FOSL1在皮肤伤口愈合中的调控机制 | 首次系统揭示FOSL1通过调控MAPK和EGFR信号通路在皮肤伤口愈合中的关键作用 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限 | 探究FOSL1在皮肤伤口愈合中的作用机制及其治疗潜力 | 皮肤组织样本和动物模型 | 生物信息学 | 皮肤创伤 | 单细胞转录组测序, Western blot, 机器学习算法 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |