单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-06-03	Single-cell RNA sequencing reveals the role of GTF2F2 in ovarian cancer oncogenesis and progression 2025-May-29, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01686-3 PMID:40442848	研究论文	通过单细胞RNA测序研究卵巢癌恶性上皮细胞的异质性，并探讨GTF2F2在卵巢癌发生和进展中的作用	识别了三种主要的恶性上皮细胞亚群，构建了基于UBE2C+上皮亚群的风险评分模型，并验证了GTF2F2在卵巢癌进展中的关键作用	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未涉及其他组学数据验证	探究卵巢癌恶性上皮细胞的异质性及其对治疗和预后的影响	卵巢癌恶性上皮细胞	数字病理	卵巢癌	单细胞RNA测序	LASSO和多变量Cox回归模型	RNA测序数据	卵巢癌细胞系(ES-2)
282	2025-06-03	Single-cell and spatial transcriptomics reveal the pathogenesis of chronic granulomatous disease in a natural model 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115612 PMID:40272982	研究论文	通过单细胞和空间转录组学揭示慢性肉芽肿病在自然模型中的发病机制	建立了通过环境控制自然发生的慢性肉芽肿病模型，并揭示了肉芽肿形成的机制及潜在的治疗干预措施	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	研究慢性肉芽肿病的发病机制及治疗干预	Ncf2小鼠模型	数字病理学	慢性肉芽肿病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	Ncf2小鼠模型
283	2025-06-03	Universal fibroblasts across tissues can differentiate into niche cells for hematopoietic stem cells 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115620 PMID:40315055	研究论文	本文证明了存在于所有组织中的通用成纤维细胞可以分化为造血干细胞（HSC）的特定微环境细胞	首次提供了直接证据，证明通用成纤维细胞可以在远距离位置分化为特定微环境细胞	NA	探索通用成纤维细胞是否具有分化为特定组织成纤维细胞的潜力	造血干细胞及其微环境细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自肺、结肠和肌肉的CD248通用成纤维细胞
284	2025-06-03	Fitness and transcriptional plasticity of human breast cancer single-cell-derived clones 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115699 PMID:40359107	研究论文	本研究通过结合表达型慢病毒细胞条形码和单细胞RNA测序技术，探究了人类乳腺癌单细胞衍生克隆的适应性和转录可塑性	首次将克隆生长与单细胞转录组直接关联，揭示了罕见传播克隆的高度保守模型特异性分化程序及其在原始异种移植中转录组景观的可重复再生能力	研究仅基于5个模型的167,375个单细胞RNA谱，样本量相对有限	探究乳腺癌克隆适应性和可塑性的分子机制	人类乳腺癌单细胞衍生克隆	癌症生物学	乳腺癌	表达型慢病毒细胞条形码技术、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	26个患者来源的乳腺癌异种移植模型中的110个异种移植体，超过20,000个单细胞衍生克隆
285	2025-06-03	Time-resolved single-cell atlas identifies the spatiotemporal transcription dynamics in vernalization response in Brassica rapa 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115725 PMID:40378040	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了Brassica rapa植物在春化过程中的单细胞水平基因表达动态	首次在单细胞水平揭示了春化反应的时空转录动态，发现了叶片细胞和维管组织在低温下的不同基因表达模式	仅研究了Brassica rapa一个物种，结果可能不具有普遍性	探究植物春化过程中单细胞水平的基因表达动态	Brassica rapa植物	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，但涉及多个单细胞测序样本
286	2025-06-03	The impact of breast radiotherapy on the tumor genome and immune ecosystem 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115703 PMID:40378044	research paper	研究乳腺癌放疗对肿瘤基因组和免疫微环境的影响	首次使用单细胞DNA测序(scDNA-seq)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术，在放疗前后对乳腺癌患者的肿瘤样本进行分析，揭示了放疗对免疫细胞和肿瘤细胞亚克隆的选择性影响	样本量较小(20例患者)，且仅针对雌激素受体阳性(ER+)乳腺癌患者	探索放疗如何调节乳腺癌肿瘤微环境	20例雌激素受体阳性(ER+)乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	scDNA-seq, scRNA-seq	NA	single-cell sequencing data	20例ER+乳腺癌患者(8例进行scDNA-seq，11例进行scRNA-seq)
287	2025-06-03	AI-Assisted Hypothesis Generation to Address Challenges in Cardiotoxicity Research: Simulation Study Using ChatGPT With GPT-4o 2025-May-15, Journal of medical Internet research IF:5.8Q1 DOI:10.2196/66161 PMID:40373295	research paper	本研究探讨了ChatGPT与GPT-4o在生成创新性研究假设以解决心脏毒性研究中五大挑战的能力	利用ChatGPT与GPT-4o生成创新性研究假设，并通过专家评估其新颖性和可行性	实验设计常被认为过于雄心勃勃，需要更多实际考虑	探索人工智能在心脏毒性研究中生成创新假设的潜力	心脏毒性研究的五大挑战：机制复杂性、患者变异性、检测灵敏度不足、可靠生物标志物缺乏和动物模型局限性	machine learning	cardiovascular disease	single-cell RNA sequencing, multi-omics approaches, machine learning	GPT-4o	text	96个生成的假设，其中13个被评为高度新颖，62个为中等新颖
288	2025-06-02	Targeting BATF2-RGS2 axis reduces T-cell exhaustion and restores anti-tumor immunity 2025-May-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02351-5 PMID:40442751	研究论文	本研究探讨了RGS2在肺癌免疫调节中的作用，并揭示了BATF2-RGS2轴在调节T细胞耗竭和肿瘤免疫逃逸中的关键机制	首次揭示了BATF2通过转录调控RGS2促进T细胞耗竭的分子机制，并证明靶向该轴可增强免疫治疗效果	研究样本量较小（仅6例LC患者），且主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究RGS2在肺癌免疫调节中的作用及BATF2-RGS2轴的调控机制	肺癌患者CD8+ T细胞、小鼠3LL细胞、鼠类肿瘤类器官模型	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞转录组分析、荧光素酶报告基因检测	基因敲除小鼠模型	转录组数据、体内外功能实验数据	6例LC患者样本+多组小鼠实验
289	2025-06-02	Co-targeting of epigenetic regulators and BCL-XL improves efficacy of immune checkpoint blockade therapy in multiple solid tumors 2025-May-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02352-4 PMID:40442785	research paper	该研究探讨了表观遗传调节剂与BCL-XL抑制剂联合免疫检查点阻断疗法在多种实体瘤中的治疗效果	发现表观遗传药物与BCL-XL抑制剂联合使用在实体瘤中产生显著的协同效应，与血液恶性肿瘤不同，实体瘤对BCL-XL抑制具有独特依赖性	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索表观遗传调节剂与BCL-XL抑制剂联合免疫检查点阻断疗法在实体瘤中的治疗效果	实体瘤细胞系（包括肺癌、结直肠癌、乳腺癌、黑色素瘤和胶质母细胞瘤）及小鼠模型	肿瘤学	多种实体瘤（肺癌、结直肠癌、乳腺癌、黑色素瘤、胶质母细胞瘤）	流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠同种移植和原位模型	体外实验数据、动物模型数据	大量实体瘤细胞系（来源患者和小鼠模型）及多种小鼠肿瘤模型
290	2025-06-02	Mendelian randomization reveals limited causal effects of genetic variants on cervical cancer risk: insights from immune cell populations 2025-May-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02819-2 PMID:40439950	research paper	该研究利用孟德尔随机化方法探讨了免疫细胞相关遗传变异与宫颈癌风险之间的潜在因果关系	首次综合应用多种孟德尔随机化方法评估免疫细胞亚群遗传变异对宫颈癌风险的因果效应	仅能检测遗传变异的中等及以上效应，无法捕捉微小效应	探究免疫细胞相关遗传因素在宫颈癌发病机制中的作用	与T细胞和B细胞亚群相关的遗传变异	遗传流行病学	宫颈癌	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序	逆方差加权、MR-Egger、简单中位数、加权中位数	遗传数据、基因表达数据	NA
291	2025-06-02	Identification of novel therapeutic targets in hepatitis-B virus-associated membranous nephropathy using scRNA-seq and machine learning 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03625-0 PMID:40442195	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习技术，揭示了miR-223-3p和CRIM1在乙型肝炎病毒相关膜性肾病（HBV-MN）中的关键作用	首次结合scRNA-seq和机器学习技术，识别了HBV-MN中与疾病进展相关的特定足细胞亚群，并验证了miR-223-3p对CRIM1表达的调控机制	研究样本可能来自高HBV流行区，结果在其他人群中的普适性有待验证	阐明HBV-MN的分子机制并寻找潜在治疗靶点	乙型肝炎病毒相关膜性肾病（HBV-MN）的分子机制	数字病理学	乙型肝炎相关肾病	scRNA-seq, 双荧光素酶报告基因检测, 机器学习	机器学习模型（未指定具体类型）	单细胞RNA测序数据	NA
292	2025-06-02	Disulfide bond-related gene signature development for bladder cancer prognosis prediction and immune microenvironment characterization 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03974-w PMID:40442298	研究论文	开发了一种基于二硫键相关基因特征的膀胱癌预后预测模型，并表征了其与免疫微环境的关系	首次将二硫键相关基因特征与膀胱癌预后和免疫微环境特征联系起来，并开发了DRPS预测模型	需要进一步实验验证模型在临床实践中的适用性	开发膀胱癌预后预测模型并研究其与免疫治疗反应的关系	膀胱癌患者	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qRT-PCR	StepCox[backward]算法优化的DRPS模型	基因表达数据	TCGA和GEO队列数据
293	2025-06-02	Elucidating the Prognostic and Therapeutic Implications of Insulin Resistance Genes in Breast Cancer: A Machine Learning-Powered Analysis 2025-May-13, Biology DOI:10.3390/biology14050539 PMID:40427728	research paper	本研究利用机器学习算法和统计方法，基于胰岛素抵抗相关基因（IRGs）构建了一个稳健的乳腺癌预后模型，并在四个独立验证队列中验证了其预后价值	提出了一个由七个核心IRGs组成的胰岛素抵抗特征（IR signature），该特征在预测乳腺癌患者总体生存率方面表现出高效力，并揭示了IR风险评分（IRRS）与临床结果的显著关联	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制，且未在更广泛的人群中进行外部验证	阐明胰岛素抵抗基因在乳腺癌中的预后和治疗意义，并开发一个实用的评分系统用于临床结果预测	乳腺癌患者及其胰岛素抵抗相关基因	machine learning	breast cancer	单细胞RNA测序，机器学习特征选择和降维	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据	四个独立验证队列，包括METABRIC和三个GSE数据集
294	2025-06-02	Molecular and Biophysical Perspectives on Dormancy Breaking: Lessons from Yeast Spore 2025-May-11, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15050701 PMID:40427594	综述	本文综述了当前关于细胞休眠分子机制的知识，特别关注两种主要酵母模型，并探讨了休眠与增殖状态转换的分子和生物物理原理	利用单细胞RNA测序、蛋白质组分析和活细胞成像等多方面方法揭示了基因表达、蛋白质组组成和生存力的动态变化，以及对细胞质生物物理特性的新见解	主要集中于酵母模型，可能无法完全代表其他生物的休眠机制	阐明细胞休眠和休眠打破的分子和生物物理原理	酵母细胞，特别是两种主要酵母模型	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析, 活细胞成像	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据, 成像数据	NA
295	2025-06-02	General and individualized changes in T cell immunity during aging 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkae033 PMID:40073079	research paper	该研究探讨了T细胞免疫在衰老过程中的普遍性和个体化变化	利用单细胞测序技术揭示了T细胞亚群、转录组和TCR库的新变化	未具体说明样本量和研究对象的详细特征	研究衰老过程中T细胞免疫系统的变化	T细胞亚群、转录组和TCR库	免疫学	衰老相关疾病	单细胞测序	NA	测序数据	NA
296	2025-06-02	Evaluation of out-of-distribution detection methods for data shifts in single-cell transcriptomics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf239 PMID:40439669	research paper	评估单细胞转录组学中数据偏移的分布外检测方法	将计算机视觉中的分布外检测方法应用于单细胞转录组学，以提高细胞类型注释的准确性和可信度	研究中未提及具体的数据集规模限制或方法在特定条件下的性能下降	提高单细胞转录组数据中新型细胞类型识别和数据偏移检测的准确性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	RNA-seq	LogitNorm, MC dropout, Deep Ensembles, Energy-based OOD, Deep NN, Posterior networks	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
297	2025-06-02	scaLR: a low-resource deep neural network-based platform for single cell analysis and biomarker discovery 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf243 PMID:40439670	research paper	介绍了一个名为scaLR的低资源深度神经网络平台，用于单细胞分析和生物标志物发现	开发了一个能够在低计算资源下高效处理大规模单细胞RNA测序数据的平台scaLR，并提出了新颖的特征提取算法	未明确提及具体性能上限或适用范围限制	解决单细胞RNA测序数据分析中的计算资源需求大和细胞类型注释困难的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	DNN	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量
298	2025-06-01	Unravelling heart failure cellular signalling heterogeneity with spatial transcriptomics 2025-May-30, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf311 PMID:40444774	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
299	2025-06-01	An Arabidopsis single-nucleus atlas decodes leaf senescence and nutrient allocation 2025-May-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.024 PMID:40220755	research paper	该研究通过单核RNA测序技术构建了拟南芥的单核转录组图谱，揭示了叶片衰老和养分分配的细胞类型特异性协调机制	首次构建了拟南芥跨20个组织的百万级单核转录组图谱，开发了单细胞分辨率叶片衰老量化指标，系统性解析了碳氮分配模式	研究主要基于拟南芥模型，结论在其它植物中的普适性有待验证	解析植物叶片衰老和养分分配的细胞类型特异性调控机制	拟南芥20个组织的1,000,000+细胞核	植物分子生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, 加权基因共表达网络分析	NA	单细胞转录组数据	超过100万个细胞核，覆盖20个组织多个发育阶段
300	2025-06-01	Unraveling the mechanisms of irAEs in endometrial cancer immunotherapy: insights from FAERS and scRNA-seq data 2025-May-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02723-3 PMID:40436981	研究论文	本研究整合FAERS数据库和单细胞转录组数据，探讨子宫内膜癌免疫治疗中PD-1抑制剂相关不良事件的潜在机制	首次整合FAERS数据库与单细胞转录组数据，揭示PD-1抑制剂可能通过CXCR4和CXCR6通路的代偿性激活导致免疫相关不良事件	需要进一步的临床研究和机制研究验证这些发现	优化子宫内膜癌免疫治疗策略并减轻不良事件	子宫内膜癌患者及免疫检查点抑制剂相关不良事件	数字病理学	子宫内膜癌	scRNA-seq, FAERS数据库分析	Weibull建模	单细胞转录组数据, 药物不良事件报告数据	FAERS数据库中2,202例免疫检查点抑制剂相关报告及单细胞分析数据