单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-06-04	Temporally resolved single-cell RNA sequencing reveals protective and pathological responses during herpes simplex virus CNS infection 2025-May-31, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03471-x PMID:40450318	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了单纯疱疹病毒中枢神经系统感染期间的保护性和病理性反应	识别了一类具有抗病毒和促炎特性的病毒激活小胶质细胞亚群，并揭示了单核细胞在病毒感染脑部病理过程中的关键驱动作用	研究仅在小鼠模型中进行，人类样本的验证尚未进行	探究HSV-1感染中枢神经系统时的免疫反应机制	HSV-1感染的小鼠脑干组织	单细胞转录组学	单纯疱疹病毒感染	单细胞RNA测序, GeoMx空间转录组学	NA	转录组数据	HSV-1感染的小鼠脑干组织样本
262	2025-06-04	Human endothelial cells promote a human neural stem cell type B phenotype via Notch signaling 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60194-6 PMID:40447618	research paper	研究发现人类内皮细胞通过Notch信号通路促进人类神经干细胞B型表型	首次揭示了人类内皮细胞通过Notch信号通路促进神经干细胞B型表型的机制，并鉴定了S100A6和LeX作为人类B型细胞的标记物	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证这些发现	探究人类内皮细胞与神经干细胞之间的相互作用机制	人类内皮细胞(hECs)和神经干细胞(hNSPCs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	基因表达数据	人类神经干细胞和内皮细胞样本
263	2025-06-04	Immunogenicity and cellular response of a herpes zoster virus gEgI fusion protein adjuvanted with CpG-emulsion in mice 2025-May-30, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03423-w PMID:40448056	研究论文	研究评估了一种新型疱疹病毒gEgI融合蛋白疫苗在小鼠中的免疫原性和细胞反应	开发了gEgI融合蛋白疫苗，并使用新型复合佐剂XUA09C，显示出比现有疫苗Shingrix更强的T细胞反应和免疫激活	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证效果	开发更安全、更易获取的带状疱疹疫苗	成年小鼠、VZV预免疫小鼠和老年小鼠	疫苗开发	带状疱疹	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	多组小鼠（具体数量未提及）
264	2025-06-04	Multiplex imaging reveals novel patterns of MRTFA/B activation in the breast cancer microenvironment 2025-May-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06559-3 PMID:40448123	research paper	该研究通过多重成像技术揭示了MRTFA/B在乳腺癌微环境中的新激活模式	首次在人类肿瘤中发现MRTFA/B在癌细胞中同时激活，并在不同组织学亚型和肿瘤微环境细胞中表现出不同的表达模式，特别是在非裔美国患者的转移性肿瘤中MRTFA表达升高	研究主要基于组织微阵列和公共数据库分析，可能受到样本来源和数据质量的限制	评估MRTFA/B转录因子对乳腺癌及其肿瘤微环境细胞的致瘤和转移影响	乳腺癌组织微阵列中的肿瘤细胞和肿瘤微环境细胞（内皮细胞和抗原呈递细胞）	digital pathology	breast cancer	multiplexed immunofluorescence, bioinformatics analysis, single-cell RNA sequencing	NA	image, RNA-seq data	两个乳腺癌组织微阵列（CHTN_BrCaProg3和TMA BCWG UIC-001-TMA），包含来自芝加哥西区和南区患者的原发肿瘤和淋巴结转移样本
265	2025-06-04	Ocular immune privilege in action: The living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells 2025-May-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115780 PMID:40450686	research paper	该研究探讨了眼部免疫特权如何通过独特的调节和无能基因签名影响葡萄膜炎原性T细胞	使用单细胞转录组学和功能验证揭示了Tregs和无能细胞的独特表型，以及它们从共同增殖前体平行而非顺序分化的轨迹	研究主要基于体内免疫特权模型，可能不完全反映人类眼部免疫反应的全部复杂性	揭示眼部免疫特权的分子机制，为自身免疫效应细胞的沉默或癌症、疫苗接种或慢性感染中T细胞无反应性的逆转提供策略	视网膜特异性T细胞，特别是Foxp3调节性T细胞（Tregs）和无能T细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
266	2025-06-04	Single-cell analyses identify monocyte gene expression profiles that influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2025-May-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59833-9 PMID:40442100	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的影响	首次发现CD14+单核细胞活性和IL1B表达与HIV-1病毒库大小的负相关关系，并揭示了IL1B通过激活NF-κB影响病毒库的机制	样本量较小（14名男性），且研究对象仅限于急性感染期开始ART治疗的男性	研究宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的影响	急性感染期开始ART治疗的男性HIV-1感染者	生物医学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序（scRNA-seq），完整前病毒DNA检测（IPDA®）	NA	RNA测序数据	14名男性（初始队列）和38名男性（验证队列）
267	2025-06-04	In vivo CRISPRi screen reveals lncRNA portfolio crucial for cutaneous squamous cell carcinoma tumor growth 2025-May-27, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.038 PMID:40441291	研究论文	本研究通过CRISPRi筛选揭示了在皮肤鳞状细胞癌（cSCC）肿瘤生长中起关键作用的长链非编码RNA（lncRNA）组合	首次通过伪批量分析单细胞测序数据确定了在角质形成细胞亚群中特异性表达的lncRNA组合，并通过CRISPR干扰筛选和异种移植模型验证了这些lncRNA对cSCC生长的影响	研究主要基于体外和异种移植模型，未涉及人体临床试验	揭示lncRNA在皮肤鳞状细胞癌肿瘤生长中的作用	皮肤鳞状细胞癌（cSCC）	癌症研究	皮肤癌	单细胞测序、CRISPR干扰筛选	异种移植模型	测序数据	来自正常和cSCC人类皮肤组织的单细胞测序数据
268	2025-06-04	INBRX-106: a hexavalent OX40 agonist that drives superior antitumor responses via optimized receptor clustering 2025-May-21, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011524 PMID:40404202	research paper	本文介绍了一种新型六价OX40激动剂INBRX-106，通过优化受体聚集增强抗肿瘤T细胞反应	开发了六价OX40激动剂INBRX-106，相比传统二价激动剂能更有效地诱导受体聚集和多聚体结合，从而增强信号传导和T细胞激活	虽然在小鼠模型和临床I/II期试验中显示出良好效果，但还需要更大规模的临床试验验证其安全性和有效性	开发更有效的OX40靶向免疫疗法，克服传统二价激动剂的局限性	OX40受体和T细胞	免疫疗法	癌症	NF-kß报告基因检测、共聚焦显微镜、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	实验数据、临床样本数据	小鼠肿瘤模型、体外人类样本、临床I/II期试验(NCT04198766)的患者样本
269	2025-06-04	PERK+ Macrophages Drive Immunotherapy Resistance in Lymph Node Metastases of Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3135 PMID:40036693	研究论文	本研究评估了口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者淋巴结转移的病理反应率，并探索了改善治疗效果的潜在靶点	首次系统评估了OSCC患者淋巴结转移的病理反应率，并发现PERK+巨噬细胞在免疫治疗抵抗中的作用	研究样本来自单一临床试验，需要更大规模的研究验证结果	评估OSCC患者淋巴结转移对免疫治疗的病理反应并探索改善治疗效果的靶点	口腔鳞状细胞癌患者及其淋巴结转移灶	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	NA	临床数据、转录组数据、免疫组化数据	参与II期临床试验的OSCC患者（NCT04649476）
270	2025-06-04	Systematic evaluation of single-cell RNA-seq analyses performance based on long-read sequencing platforms 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.020 PMID:38782298	research paper	本文系统评估了基于长读长测序平台的单细胞RNA-seq分析性能	首次系统评估了ONT和PacBio在单细胞分析中的表现，并比较了它们在新型异构体识别和等位基因特异性表达方面的可靠性	研究仅基于特定数量的单细胞cDNA文库，可能无法完全代表所有情况	评估长读长测序技术在单细胞转录组研究中的性能	单细胞cDNA文库	基因组学	NA	scRNA-seq, ONT, PacBio, NGS	NA	RNA测序数据	不同数量的单细胞cDNA文库
271	2025-06-04	Sympathetic hyperinnervation drives abdominal aortic aneurysm development by promoting vascular smooth muscle cell phenotypic switching 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.028 PMID:38821358	research paper	本研究探讨了交感神经过度支配在腹主动脉瘤（AAA）发展中的作用及其机制	揭示了交感神经过度支配通过释放细胞外ATP（eATP）激活eATP-P2rx4-p38信号通路促进VSMC表型转换的新机制，并发现破骨样细胞分泌的Sema4D诱导交感神经扩散和过度支配	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究交感神经过度支配在AAA发展中的作用及潜在机制	小鼠AAA模型和AAA患者样本	心血管疾病	腹主动脉瘤	Western blotting、免疫化学染色、单细胞RNA测序	Sema4D敲除小鼠模型	分子生物学数据、组织学数据	小鼠模型和有限的人类样本
272	2025-06-04	Comprehensive single-cell analysis deciphered the immunoregulatory mechanism of TPPU in alleviating sepsis-related acute liver injury 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.018 PMID:39956402	研究论文	本研究通过全面的单细胞分析揭示了TPPU在缓解脓毒症相关急性肝损伤中的免疫调节机制	首次利用单细胞分辨率技术全面解析TPPU对脓毒症相关急性肝损伤中免疫细胞的调节作用，特别是对M2样巨噬细胞和中性粒细胞的重编程	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究sEH抑制剂TPPU对脓毒症相关急性肝损伤的免疫调节作用	脓毒症相关急性肝损伤小鼠模型中的免疫细胞	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术、bulk RNA测序、蛋白质组学分析	小鼠盲肠结扎穿孔模型	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明样本数量的小鼠模型
273	2025-06-03	Anoikis in hepatocellular carcinoma: genetic alterations and immune microenvironment insights from single-cell and computational analysis 2025-May-31, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02770-2 PMID:40447878	研究论文	本研究通过单细胞测序和计算分析探讨了肝细胞癌中失巢凋亡的遗传变异和免疫微环境特征，并构建了一个基于机器学习的预后模型	利用单细胞测序技术揭示肝细胞癌中失巢凋亡相关基因的细胞异质性，并开发了一个基于101种机器学习算法的预后模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	分析肝细胞癌的细胞异质性并构建失巢凋亡相关的预后模型	肝细胞癌患者和Hep-3B细胞系	数字病理学	肝癌	单细胞测序、qPCR、shRNA介导的基因敲除	机器学习算法（101种）	单细胞测序数据、临床样本数据	来自GEO、TCGA和ICGC数据库的数据集及临床样本
274	2025-06-03	GSTM1 suppresses cardiac fibrosis post-myocardial infarction through inhibiting lipid peroxidation and ferroptosis 2025-May-31, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-025-00610-6 PMID:40448227	research paper	该研究探讨了GSTM1在心肌梗死后心脏纤维化中的作用及其机制，发现GSTM1通过抑制脂质过氧化和铁死亡来减轻纤维化	首次揭示了GSTM1通过调节脂质代谢和铁死亡相关通路抑制纤维化的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探究GSTM1在心肌梗死后心脏纤维化中的作用及其机制	心肌梗死后的小鼠心脏成纤维细胞和人类扩张型心肌病患者的心脏组织	心血管疾病	心血管疾病	蛋白质组学/scRNA-seq、Western blotting、免疫荧光、实时定量PCR、AAV9介导的基因过表达	小鼠冠状动脉结扎模型	蛋白质组学数据、单细胞RNA测序数据、分子生物学实验数据	小鼠模型和人类扩张型心肌病患者的心脏组织
275	2025-06-03	Single-cell and spatial transcriptome analyses reveal tumor heterogeneity and immune remodeling involved in pituitary neuroendocrine tumor progression 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60028-5 PMID:40442104	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析垂体神经内分泌肿瘤的异质性和免疫微环境重塑	整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了垂体神经内分泌肿瘤的肿瘤异质性和免疫微环境的重塑机制，特别是SPP1+肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤侵袭中的作用	样本量相对有限（57个组织样本），且研究结果需要进一步的实验验证	探究垂体神经内分泌肿瘤的异质性和免疫微环境重塑机制	垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	57个组织样本，超过177,000个细胞和35,000个spots
276	2025-06-03	Identification of predictors for bacterial meningitis diagnosis based on transcriptomics and genetic analysis 2025-May-30, AMB Express IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s13568-025-01893-7 PMID:40445403	研究论文	本研究通过转录组学和遗传分析识别细菌性脑膜炎（BM）的诊断预测因子	识别了RNF144B和FYN作为BM的风险和保护基因，并探索了它们在疾病不同阶段的表达趋势及其与特定免疫细胞的关联	未提及样本量及具体实验设计的局限性	改善细菌性脑膜炎的诊断和治疗	细菌性脑膜炎患者的免疫相关基因和免疫细胞	转录组学	细菌性脑膜炎	单细胞RNA测序、基因集富集分析、伪时间分析、孟德尔随机化、差异基因表达分析、共表达网络分析	NA	转录组数据	NA
277	2025-06-03	Development of an immune scoring system based on exosome-related gene expression for prognosis and treatment response prediction in breast cancer 2025-May-30, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02702-0 PMID:40445462	研究论文	基于外泌体相关基因表达开发免疫评分系统，用于乳腺癌预后和治疗反应预测	首次利用外泌体相关基因表达构建免疫评分系统，并验证其在预测乳腺癌患者预后和治疗反应中的有效性	研究样本量未明确说明，且需要进一步临床验证	开发基于外泌体相关基因表达的免疫评分系统，用于乳腺癌预后和治疗反应预测	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, qPCR, 免疫印迹	机器学习模型	基因表达数据	多个数据集（具体数量未说明）
278	2025-06-01	Single-cell sequencing atlas construction for tracheobronchial adenoid cystic carcinoma 2025-May-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06622-z PMID:40448199	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
279	2025-06-03	TCF7 enhances pulmonary hypertension by boosting stressed natural killer cells and their interaction with pulmonary arterial smooth muscle cells 2025-May-29, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03276-9 PMID:40442690	研究论文	本文研究了TCF7在肺动脉高压（PH）中的作用机制，特别是其对自然杀伤（NK）细胞应激状态及其与肺动脉平滑肌细胞（hPASMCs）相互作用的调控	揭示了TCF7通过上调应激NK细胞及其分泌的SPP1促进hPASMCs增殖和迁移的新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本的验证仍需进一步研究	阐明TCF7在肺动脉高压免疫病理中的作用机制	自然杀伤细胞（NK细胞）和肺动脉平滑肌细胞（hPASMCs）	免疫病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、腺相关病毒（AAV6）气管内递送	Tcf7条件性敲除小鼠、TCF7过表达大鼠模型	RNA测序数据、蛋白质水平数据	人类PAH患者和MCT诱导的PH大鼠模型的肺组织样本、NK92细胞系和原代hPASMCs
280	2025-06-03	Atherosclerosis enhances the efficacy of liposome-encapsulated bromocriptine in reducing the incidence of prolactinemia in pituitary tumors 2025-May-29, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03465-0 PMID:40442804	研究论文	本研究探讨了动脉粥样硬化如何增强脂质体包裹的溴隐亭在减少垂体肿瘤患者高泌乳素血症发生率中的疗效	首次报道了利用动脉粥样硬化小鼠模型中血脑屏障的改变来增强纳米颗粒介导的溴隐亭递送至下丘脑的策略，用于治疗高泌乳素血症的泌乳素瘤	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行广泛验证	探索动脉粥样硬化对溴隐亭治疗泌乳素瘤效果的影响	泌乳素瘤患者和动脉粥样硬化小鼠模型	数字病理学	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA