单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-06-03	Evaluation of PANoptosis activation in irreversible pulpitis: An in vitro study based on human tissue samples 2025-May-26, Archives of oral biology IF:2.2Q2 DOI:10.1016/j.archoralbio.2025.106305 PMID:40451096	research paper	研究通过分析RNA-seq数据集和实验验证，探讨了PANoptosome在牙髓炎中的激活情况	首次在牙髓炎中研究了PANoptosis的激活，并分析了不同细胞类型中相关基因的表达	未检测到caspase-8和PYCARD在牙髓炎中的相互作用，且仅检测到凋亡和焦亡的激活	研究牙髓炎中PANoptosis的激活机制	健康和发炎的牙髓组织	生物医学研究	牙髓炎	RNA-seq, qRT-PCR, 免疫印迹, 共免疫沉淀, scRNA-seq	NA	RNA-seq数据, scRNA-seq数据	未明确提及样本数量，但使用了公共数据库GEO中的数据集
262	2025-06-03	Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels 2025-May-15, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322100 PMID:40371469	research paper	本研究探讨了TRPV4通道在收集淋巴管收缩功能调控中的作用及其在淋巴系统疾病中的病理生理学意义	揭示了TRPV4表达髓系细胞与淋巴肌肉细胞或淋巴内皮细胞之间相互作用的新机制，以及TRPV4通道在炎症相关淋巴功能障碍中的潜在重要角色	研究主要基于小鼠模型，临床样本仅限于乳腺癌相关淋巴水肿患者，可能限制了结果的普遍性	探究TRPV4通道在淋巴管收缩功能调控中的作用及其与淋巴系统疾病的关联	小鼠收集淋巴管及周围组织，乳腺癌相关淋巴水肿患者的活检样本	分子生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序，Cre-loxP系统，共聚焦显微镜，功能性实验	Trpv4fx/fx小鼠模型	基因表达数据，图像数据，功能实验数据	小鼠收集淋巴管及周围组织的单细胞RNA测序数据集，乳腺癌相关淋巴水肿患者的活检样本
263	2025-06-03	AI-Assisted Hypothesis Generation to Address Challenges in Cardiotoxicity Research: Simulation Study Using ChatGPT With GPT-4o 2025-May-15, Journal of medical Internet research IF:5.8Q1 DOI:10.2196/66161 PMID:40373295	research paper	本研究探讨了ChatGPT与GPT-4o在生成创新性研究假设以解决心脏毒性研究中五大挑战的能力	利用ChatGPT与GPT-4o生成创新性研究假设，并通过专家评估其新颖性和可行性	实验设计常被认为过于雄心勃勃，需要更多实际考虑	探索人工智能在心脏毒性研究中生成创新假设的潜力	心脏毒性研究的五大挑战：机制复杂性、患者变异性、检测灵敏度不足、可靠生物标志物缺乏和动物模型局限性	machine learning	cardiovascular disease	single-cell RNA sequencing, multi-omics approaches, machine learning	GPT-4o	text	96个生成的假设，其中13个被评为高度新颖，62个为中等新颖
264	2025-06-02	Targeting BATF2-RGS2 axis reduces T-cell exhaustion and restores anti-tumor immunity 2025-May-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02351-5 PMID:40442751	研究论文	本研究探讨了RGS2在肺癌免疫调节中的作用，并揭示了BATF2-RGS2轴在调节T细胞耗竭和肿瘤免疫逃逸中的关键机制	首次揭示了BATF2通过转录调控RGS2促进T细胞耗竭的分子机制，并证明靶向该轴可增强免疫治疗效果	研究样本量较小（仅6例LC患者），且主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究RGS2在肺癌免疫调节中的作用及BATF2-RGS2轴的调控机制	肺癌患者CD8+ T细胞、小鼠3LL细胞、鼠类肿瘤类器官模型	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞转录组分析、荧光素酶报告基因检测	基因敲除小鼠模型	转录组数据、体内外功能实验数据	6例LC患者样本+多组小鼠实验
265	2025-06-02	Co-targeting of epigenetic regulators and BCL-XL improves efficacy of immune checkpoint blockade therapy in multiple solid tumors 2025-May-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02352-4 PMID:40442785	research paper	该研究探讨了表观遗传调节剂与BCL-XL抑制剂联合免疫检查点阻断疗法在多种实体瘤中的治疗效果	发现表观遗传药物与BCL-XL抑制剂联合使用在实体瘤中产生显著的协同效应，与血液恶性肿瘤不同，实体瘤对BCL-XL抑制具有独特依赖性	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索表观遗传调节剂与BCL-XL抑制剂联合免疫检查点阻断疗法在实体瘤中的治疗效果	实体瘤细胞系（包括肺癌、结直肠癌、乳腺癌、黑色素瘤和胶质母细胞瘤）及小鼠模型	肿瘤学	多种实体瘤（肺癌、结直肠癌、乳腺癌、黑色素瘤、胶质母细胞瘤）	流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠同种移植和原位模型	体外实验数据、动物模型数据	大量实体瘤细胞系（来源患者和小鼠模型）及多种小鼠肿瘤模型
266	2025-06-02	Mendelian randomization reveals limited causal effects of genetic variants on cervical cancer risk: insights from immune cell populations 2025-May-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02819-2 PMID:40439950	research paper	该研究利用孟德尔随机化方法探讨了免疫细胞相关遗传变异与宫颈癌风险之间的潜在因果关系	首次综合应用多种孟德尔随机化方法评估免疫细胞亚群遗传变异对宫颈癌风险的因果效应	仅能检测遗传变异的中等及以上效应，无法捕捉微小效应	探究免疫细胞相关遗传因素在宫颈癌发病机制中的作用	与T细胞和B细胞亚群相关的遗传变异	遗传流行病学	宫颈癌	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序	逆方差加权、MR-Egger、简单中位数、加权中位数	遗传数据、基因表达数据	NA
267	2025-06-02	Identification of novel therapeutic targets in hepatitis-B virus-associated membranous nephropathy using scRNA-seq and machine learning 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03625-0 PMID:40442195	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习技术，揭示了miR-223-3p和CRIM1在乙型肝炎病毒相关膜性肾病（HBV-MN）中的关键作用	首次结合scRNA-seq和机器学习技术，识别了HBV-MN中与疾病进展相关的特定足细胞亚群，并验证了miR-223-3p对CRIM1表达的调控机制	研究样本可能来自高HBV流行区，结果在其他人群中的普适性有待验证	阐明HBV-MN的分子机制并寻找潜在治疗靶点	乙型肝炎病毒相关膜性肾病（HBV-MN）的分子机制	数字病理学	乙型肝炎相关肾病	scRNA-seq, 双荧光素酶报告基因检测, 机器学习	机器学习模型（未指定具体类型）	单细胞RNA测序数据	NA
268	2025-06-02	Disulfide bond-related gene signature development for bladder cancer prognosis prediction and immune microenvironment characterization 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03974-w PMID:40442298	研究论文	开发了一种基于二硫键相关基因特征的膀胱癌预后预测模型，并表征了其与免疫微环境的关系	首次将二硫键相关基因特征与膀胱癌预后和免疫微环境特征联系起来，并开发了DRPS预测模型	需要进一步实验验证模型在临床实践中的适用性	开发膀胱癌预后预测模型并研究其与免疫治疗反应的关系	膀胱癌患者	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qRT-PCR	StepCox[backward]算法优化的DRPS模型	基因表达数据	TCGA和GEO队列数据
269	2025-06-02	Elucidating the Prognostic and Therapeutic Implications of Insulin Resistance Genes in Breast Cancer: A Machine Learning-Powered Analysis 2025-May-13, Biology DOI:10.3390/biology14050539 PMID:40427728	research paper	本研究利用机器学习算法和统计方法，基于胰岛素抵抗相关基因（IRGs）构建了一个稳健的乳腺癌预后模型，并在四个独立验证队列中验证了其预后价值	提出了一个由七个核心IRGs组成的胰岛素抵抗特征（IR signature），该特征在预测乳腺癌患者总体生存率方面表现出高效力，并揭示了IR风险评分（IRRS）与临床结果的显著关联	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制，且未在更广泛的人群中进行外部验证	阐明胰岛素抵抗基因在乳腺癌中的预后和治疗意义，并开发一个实用的评分系统用于临床结果预测	乳腺癌患者及其胰岛素抵抗相关基因	machine learning	breast cancer	单细胞RNA测序，机器学习特征选择和降维	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据	四个独立验证队列，包括METABRIC和三个GSE数据集
270	2025-06-02	Molecular and Biophysical Perspectives on Dormancy Breaking: Lessons from Yeast Spore 2025-May-11, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15050701 PMID:40427594	综述	本文综述了当前关于细胞休眠分子机制的知识，特别关注两种主要酵母模型，并探讨了休眠与增殖状态转换的分子和生物物理原理	利用单细胞RNA测序、蛋白质组分析和活细胞成像等多方面方法揭示了基因表达、蛋白质组组成和生存力的动态变化，以及对细胞质生物物理特性的新见解	主要集中于酵母模型，可能无法完全代表其他生物的休眠机制	阐明细胞休眠和休眠打破的分子和生物物理原理	酵母细胞，特别是两种主要酵母模型	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析, 活细胞成像	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据, 成像数据	NA
271	2025-06-02	General and individualized changes in T cell immunity during aging 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkae033 PMID:40073079	research paper	该研究探讨了T细胞免疫在衰老过程中的普遍性和个体化变化	利用单细胞测序技术揭示了T细胞亚群、转录组和TCR库的新变化	未具体说明样本量和研究对象的详细特征	研究衰老过程中T细胞免疫系统的变化	T细胞亚群、转录组和TCR库	免疫学	衰老相关疾病	单细胞测序	NA	测序数据	NA
272	2025-06-02	EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf004 PMID:40073167	research paper	该研究探讨了组蛋白甲基转移酶EZH2在记忆B细胞（MBC）形成和功能中的作用	揭示了EZH2在MBC分化和功能中的关键表观遗传调控作用，特别是在流感感染模型中	EZH2敲除不完全，可能影响结果解释	研究EZH2在记忆B细胞编程和回忆反应中的作用	小鼠记忆B细胞	免疫学	流感感染	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠模型
273	2025-06-02	Evaluation of out-of-distribution detection methods for data shifts in single-cell transcriptomics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf239 PMID:40439669	research paper	评估单细胞转录组学中数据偏移的分布外检测方法	将计算机视觉中的分布外检测方法应用于单细胞转录组学，以提高细胞类型注释的准确性和可信度	研究中未提及具体的数据集规模限制或方法在特定条件下的性能下降	提高单细胞转录组数据中新型细胞类型识别和数据偏移检测的准确性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	RNA-seq	LogitNorm, MC dropout, Deep Ensembles, Energy-based OOD, Deep NN, Posterior networks	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
274	2025-06-02	scaLR: a low-resource deep neural network-based platform for single cell analysis and biomarker discovery 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf243 PMID:40439670	research paper	介绍了一个名为scaLR的低资源深度神经网络平台，用于单细胞分析和生物标志物发现	开发了一个能够在低计算资源下高效处理大规模单细胞RNA测序数据的平台scaLR，并提出了新颖的特征提取算法	未明确提及具体性能上限或适用范围限制	解决单细胞RNA测序数据分析中的计算资源需求大和细胞类型注释困难的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	DNN	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量
275	2025-06-01	Unravelling heart failure cellular signalling heterogeneity with spatial transcriptomics 2025-May-30, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf311 PMID:40444774	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
276	2025-06-01	An Arabidopsis single-nucleus atlas decodes leaf senescence and nutrient allocation 2025-May-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.024 PMID:40220755	research paper	该研究通过单核RNA测序技术构建了拟南芥的单核转录组图谱，揭示了叶片衰老和养分分配的细胞类型特异性协调机制	首次构建了拟南芥跨20个组织的百万级单核转录组图谱，开发了单细胞分辨率叶片衰老量化指标，系统性解析了碳氮分配模式	研究主要基于拟南芥模型，结论在其它植物中的普适性有待验证	解析植物叶片衰老和养分分配的细胞类型特异性调控机制	拟南芥20个组织的1,000,000+细胞核	植物分子生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, 加权基因共表达网络分析	NA	单细胞转录组数据	超过100万个细胞核，覆盖20个组织多个发育阶段
277	2025-06-01	Unraveling the mechanisms of irAEs in endometrial cancer immunotherapy: insights from FAERS and scRNA-seq data 2025-May-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02723-3 PMID:40436981	研究论文	本研究整合FAERS数据库和单细胞转录组数据，探讨子宫内膜癌免疫治疗中PD-1抑制剂相关不良事件的潜在机制	首次整合FAERS数据库与单细胞转录组数据，揭示PD-1抑制剂可能通过CXCR4和CXCR6通路的代偿性激活导致免疫相关不良事件	需要进一步的临床研究和机制研究验证这些发现	优化子宫内膜癌免疫治疗策略并减轻不良事件	子宫内膜癌患者及免疫检查点抑制剂相关不良事件	数字病理学	子宫内膜癌	scRNA-seq, FAERS数据库分析	Weibull建模	单细胞转录组数据, 药物不良事件报告数据	FAERS数据库中2,202例免疫检查点抑制剂相关报告及单细胞分析数据
278	2025-06-01	Deciphering the cellular and molecular landscape of cervical cancer progression through single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-28, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00948-z PMID:40437003	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面描述了宫颈癌发展过程中肿瘤微环境的细胞和分子特征	首次整合scRNA-seq和stRNA-seq技术，揭示了SPP1+巨噬细胞在宫颈癌进展中的关键作用及其通过SPP1-CD44信号轴与免疫细胞的相互作用	样本量可能有限，且未涉及治疗干预后的动态变化	解析宫颈癌从HPV感染到恶性肿瘤进展过程中的细胞和分子机制	正常宫颈组织、HPV感染的正常宫颈组织、高级别鳞状上皮内病变(HSIL)和浸润性宫颈癌样本	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, stRNA-seq	NA	转录组数据	包含正常、HPV感染、HSIL和浸润性癌的多阶段样本(具体数量未明确说明)
279	2025-06-01	Natural killer cells adopt an activated and decidual-like phenotype after autologous hematopoietic stem cell transplantation in children with cancer 2025-May-28, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00911-w PMID:40437214	研究论文	研究儿童癌症患者自体造血干细胞移植后自然杀伤细胞的活化和蜕膜样表型变化	首次描述了儿童患者自体造血干细胞移植后自然杀伤细胞出现的短暂蜕膜样表型及其与细胞因子和临床结果的关系	样本量较小（13名儿童患者），且使用了成人健康供体的数据进行对比	了解自体造血干细胞移植后免疫系统重建过程中自然杀伤细胞的动态功能	儿童癌症患者（3-11岁）和成人健康供体（25-62岁）的自然杀伤细胞	免疫学	癌症	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、RNA测序数据、血浆细胞因子数据	13名儿童患者（男8，女5）和8名成人健康供体（男5，女3）
280	2025-06-01	ITIH4 attenuates acute lung injury by Fe-containing particulate matter in mice via Hippo pathway in type II alveolar epithelial cells 2025-May-28, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03256-z PMID:40437524	research paper	本研究探讨了重组ITIH4（rITIH4）对暴露于含铁颗粒物（PM）的小鼠急性肺损伤的保护作用及其通过Hippo通路的机制	首次揭示了ITIH4通过调节AECII中的Hippo通路减轻含铁颗粒物引起的急性肺损伤	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究ITIH4对含铁颗粒物引起的急性肺损伤的保护作用及机制	C57BL/6JNarl和B6.Sftpc-CreERT2;Ai14(RCL-tdT)-D小鼠	呼吸病学	急性肺损伤	单细胞RNA测序、电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）	小鼠急性肺损伤模型	基因表达数据、蛋白质水平数据、细胞计数数据	未明确说明具体数量的小鼠样本