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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-10-06 |
scRNA-seq reveals an immune microenvironment and JUN-mediated NK cell exhaustion in relapsed T-ALL
2025-May-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102098
PMID:40306275
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示复发T-ALL的免疫微环境特征及JUN介导的NK细胞耗竭机制 | 首次在复发T-ALL中发现JUN是NK细胞耗竭的关键因子,并证实JUN抑制剂可同时杀伤白血病细胞和改善NK细胞功能 | 研究样本量有限,需进一步验证临床疗效 | 解析T-ALL复发机制并探索免疫治疗新策略 | T细胞急性淋巴细胞白血病患者骨髓免疫微环境 | 单细胞组学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | CDX/PDX小鼠模型、NOTCH1突变小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | T-ALL患者骨髓样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 242 | 2025-10-06 |
Low T cell diversity associates with poor outcome in bladder cancer: A comprehensive longitudinal analysis of the T cell receptor repertoire
2025-May-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102101
PMID:40315845
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研究论文 | 本研究通过纵向分析膀胱癌患者的T细胞受体库,发现低T细胞多样性与不良预后相关 | 首次在膀胱癌中系统分析TCR多样性的临床意义,并发现高扩增克隆与细胞毒性T细胞的关联 | 样本量有限,需要更大规模研究验证 | 探讨T细胞受体库多样性在膀胱癌中的临床意义 | 膀胱癌患者 | 免疫学 | 膀胱癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 243 | 2025-10-06 |
Targeting mitochondrial complex I of CD177+ neutrophils alleviates lung ischemia-reperfusion injury
2025-May-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102140
PMID:40398393
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学识别CD177+中性粒细胞在肺缺血再灌注损伤中的关键作用,并探索线粒体复合物I抑制剂的治疗潜力 | 首次发现CD177+中性粒细胞亚群通过线粒体复合物I驱动肺损伤,并验证其作为原发性移植物功能障碍早期生物标志物的价值 | 研究主要基于动物模型,人类临床验证仍需进一步扩大样本量 | 探究中性粒细胞亚群在肺缺血再灌注损伤中的作用机制及治疗靶点 | 小鼠肺缺血再灌注损伤模型、大鼠左肺移植模型、人类肺移植受者 | 数字病理学 | 肺缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 244 | 2025-10-06 |
Simvastatin inhibits proliferation and migration, promotes oxidative stress and ferroptosis in colon cancer
2025-May-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i5.104522
PMID:40487942
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研究论文 | 本研究探讨辛伐他汀通过调控SERPINE1和cGMP/PKG信号通路抑制结肠癌细胞增殖迁移并促进氧化应激和铁死亡的机制 | 首次揭示辛伐他汀通过下调SERPINE1激活cGMP/PKG通路诱导铁死亡的新机制 | 仅进行体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证 | 研究辛伐他汀对结肠癌细胞功能的影响及其作用机制 | NCM460、HCT-116和SW620结肠癌细胞系 | 癌症研究 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序、实时PCR、Western blot、流式细胞术、Transwell实验 | 细胞系模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据 | 三种结肠癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 245 | 2025-10-06 |
Exploring the potential function of high expression of ANAPC1 in regulating ubiquitination in hepatocellular carcinoma
2025-May-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i5.103594
PMID:40487972
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研究论文 | 本研究探讨ANAPC1在肝细胞癌中通过泛素化途径调控细胞周期和代谢水平的潜在功能 | 首次整合多种数据源全面研究ANAPC1在肝细胞癌中的表达及其通过泛素化途径的调控机制 | 研究主要基于细胞系和测序数据,缺乏体内实验验证 | 阐明ANAPC1在肝细胞癌中的表达及其与泛素化相关的潜在调控机制 | 肝细胞癌组织样本和JHH2等肝癌细胞系 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | RNA测序、微阵列、免疫组化、单细胞RNA测序、CRISPR基因敲除 | NA | RNA测序数据、微阵列数据、免疫组化图像、单细胞RNA测序数据 | 多种肝细胞癌组织和细胞系样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 246 | 2025-10-06 |
Expression of Immune-Related Genes and Possible Regulatory Mechanisms in Chronic Antibody-Mediated Rejection after Kidney Transplantation
2025-May, Archivos espanoles de urologia
IF:0.6Q4
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析慢性抗体介导排斥反应患者外周血单核细胞中免疫相关基因的表达模式和调控机制 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,系统分析cABMR患者外周血单核细胞与肾脏组织中免疫相关基因的共同表达特征及关键转录因子 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源有限 | 阐明肾脏移植后慢性抗体介导排斥反应中免疫相关基因的表达模式和潜在调控机制 | 慢性抗体介导排斥反应患者的外周血单核细胞和肾脏组织 | 生物信息学 | 肾脏移植排斥反应 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 生物信息学分析 | AUCell软件包, STRING数据库分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 247 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveals an anti-tumor neutrophil subgroup in microwave thermochemotherapy-treated lip cancer
2025-05-13, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-025-00366-8
PMID:40360503
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示微波热化疗治疗唇癌中抗肿瘤中性粒细胞亚群的作用机制 | 首次发现微波热化疗通过增强血液灌注诱导抗肿瘤中性粒细胞(N1-TANs)浸润,并鉴定MX2作为N1-TANs标志物,开发了基于H&E图像的深度学习预测模型 | 研究样本量有限,机制验证主要基于转录组数据,需要进一步实验验证 | 探究微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌的免疫调节机制 | 唇鳞状细胞癌患者肿瘤组织中的免疫细胞和肿瘤微环境 | 数字病理 | 唇癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 深度学习 | 深度学习模型 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, H&E染色图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 248 | 2025-10-06 |
Longitudinal scRNA-seq of retinal organoids derived from Stargardt disease patient with ABCA4 mutation
2025-May-27, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05079-5
PMID:40425564
|
研究论文 | 本研究利用携带ABCA4基因突变的Stargardt病患者来源iPSC生成视网膜类器官,并进行纵向单细胞RNA测序分析 | 首次在携带中国STGD患者最常见ABCA4突变的视网膜类器官模型中开展纵向单细胞转录组研究 | 研究仅针对特定ABCA4突变类型,且类器官模型可能无法完全模拟体内视网膜微环境 | 研究ABCA4基因突变相关的Stargardt病发病机制 | 患者来源iPSC生成的视网膜类器官 | 单细胞组学 | Stargardt病(遗传性视网膜变性) | 单细胞RNA测序 | 视网膜类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 5个主要发育阶段(40、90、150、200和260天)的视网膜类器官样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 249 | 2025-10-06 |
Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.653860
PMID:40463072
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研究论文 | 本研究揭示了选择性GSK3α抑制剂BRD0705能促进多种干细胞状态的自我更新能力 | 发现选择性GSK3α抑制可独立于β-catenin信号通路促进干细胞自我更新,并建立了支持多种多能干细胞状态共培养的新体系 | 研究主要基于小鼠干细胞模型,在人类干细胞中的适用性需要进一步验证 | 探索选择性GSK3α抑制在调控不同干细胞状态自我更新中的作用 | 小鼠胚胎干细胞(ESCs)、上胚层干细胞(EpiSCs)和神经干细胞(NSCs) | 干细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学、表观基因组分析、功能实验 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | 多种小鼠干细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 250 | 2025-10-06 |
Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy
2025-May-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842
PMID:40187353
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研究论文 | 通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床反应的关联 | 首次在六种癌症类型中系统分析T细胞克隆动态,发现基于扩增CD8克隆的响应特征能区分治疗应答者与非应答者 | 样本来源和癌症类型有限,需要更大规模验证 | 研究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关系 | 767,606个T细胞,来自460个样本,涵盖6种癌症类型 | 单细胞生物学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序 | 基因轨迹分析 | 单细胞转录组数据,T细胞受体序列数据 | 460个样本,767,606个T细胞 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
| 251 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct senotypes and a quiescence-senescence continuum at the transcriptome level following chemotherapy
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653730
PMID:40463227
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和时间推移成像技术揭示化疗后细胞存在不同的衰老类型和静息-衰老连续体 | 首次将细胞周期动态与单细胞转录组数据结合,识别出多种衰老类型并发现静息与衰老在转录组水平构成连续体 | 仅使用依托泊苷处理,未验证其他化疗药物;研究样本规模有限 | 区分化疗后细胞的静息状态和衰老状态,探索细胞周期退出机制 | 化疗处理后的细胞 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,时间推移成像,伪时间轨迹分析 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据,细胞成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 252 | 2025-10-06 |
Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells
2025-05-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473
PMID:40185089
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研究论文 | 本研究通过建立成纤维细胞重编程为造血祖细胞的诱导系统,揭示了重编程过程中的基因调控网络动态竞争机制 | 首次发现重编程中间阶段存在相互竞争的命运决定,并通过抑制神经元命运相关信号通路提高了重编程效率 | 研究仅关注了SCL和LMO2两个转录因子诱导的重编程过程,可能未涵盖其他潜在重编程途径 | 探究成纤维细胞重编程为造血祖细胞的分子机制并提高重编程效率 | 成纤维细胞及其重编程过程中产生的造血祖细胞 | 基因调控与细胞重编程 | 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序,转录组分析,表观基因组分析 | 基因调控网络分析 | 基因表达数据,表观遗传数据 | 不同重编程阶段的细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 253 | 2025-10-06 |
An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice
2025-May, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707
PMID:40245497
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研究论文 | 本研究揭示了HCK通过调控非常规T细胞轴驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的慢性阻塞性肺疾病病理机制 | 首次发现HCK作为顶端调控因子通过Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关恒定T细胞驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞轴介导的COPD病理过程 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明HCK在慢性阻塞性肺疾病发病机制中的具体作用通路 | 基因靶向小鼠(Hck功能获得性突变)、骨髓嵌合体、特异性敲除小鼠 | 病理机制研究 | 慢性阻塞性肺疾病 | 组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序 | 基因工程小鼠模型 | 组织图像、细胞表型、基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 254 | 2025-10-06 |
The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination
2025-May, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70347
PMID:40462502
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研究论文 | 本研究揭示去泛素化酶OTUD3通过稳定PLK1表达抑制铁死亡,在脑缺血再灌注损伤中发挥神经保护作用 | 首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1(靶向K48连接的泛素化)调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡的神经保护机制 | NA | 探究OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用机制 | 小鼠神经元、原代皮层神经元、脑缺血再灌注模型小鼠 | 神经科学 | 脑卒中 | 共免疫沉淀-质谱分析、单细胞测序、氧糖剥夺模型、泛素化实验 | NA | 分子生物学数据、行为学数据、细胞活力数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 255 | 2025-10-06 |
Case report: single-cell transcriptome sequencing reveals the clonal origin of mature plasmacytoid dendritic cell proliferation in early T-cell precursor lymphoblastic leukemia
2025-May, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06301-5
PMID:40085211
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病例报告 | 通过单细胞转录组测序揭示早期T细胞前体淋巴细胞白血病中成熟浆细胞样树突状细胞增殖的克隆起源 | 首次在淋巴系统恶性肿瘤中发现MPDCP,并通过单细胞RNA测序技术揭示T-ALL原始细胞与pDCs之间的转录连续性 | 仅为单个病例报告,需要进一步研究确认发现并探索临床意义 | 探讨MPDCP在淋巴系统恶性肿瘤中的存在及其与淋巴细胞分化的潜在联系 | 一名69岁男性早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病伴MPDCP患者 | 单细胞测序分析 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 256 | 2025-10-06 |
Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes
2025-May, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06321-1
PMID:40186663
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研究论文 | 基于乳酸代谢相关基因构建弥漫性大B细胞淋巴瘤分子分型和风险预后模型 | 首次基于乳酸代谢相关基因构建DLBCL预后模型,发现高风险患者具有不良临床特征、侵袭性免疫微环境和治疗反应差的特点 | 使用公共数据集进行分析,需要进一步实验验证 | 探索乳酸代谢相关基因与DLBCL预后及免疫微环境的关联 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者和细胞系 | 生物信息学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,Cox回归,LASSO回归 | 风险预后模型,列线图 | 基因表达数据,临床数据 | 来自GSE10846和GSE87371数据集的样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 257 | 2025-10-06 |
M-band wavelet-based multi-view clustering of cells
2025-May, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013060
PMID:40408513
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研究论文 | 提出基于M-band小波的单细胞RNA测序多视图聚类方法WMC | 首次将M-band小波分析与UMAP结合应用于scRNA-seq数据,能够发现稀有细胞类型并进行多视图聚类 | NA | 开发新的单细胞RNA测序数据分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 小波分析, UMAP, 多视图聚类 | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 258 | 2025-10-06 |
DRUG AND SINGLE-CELL GENE EXPRESSION INTEGRATION IDENTIFIES SENSITIVE AND RESISTANT GLIOBLASTOMA CELL POPULATIONS
2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.654044
PMID:40462892
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研究论文 | 开发了一种整合单细胞基因表达和药物数据库的新框架ISOSCELES,用于识别胶质母细胞瘤中对治疗敏感和耐药的不同细胞群体 | 提出了首个整合单细胞RNA测序数据和L1000药物数据库的计算框架ISOSCELES,能够量化细胞药物敏感性和耐药性景观 | NA | 识别胶质母细胞瘤中对靶向治疗敏感和耐药的不同细胞群体,并发现新的协同药物组合 | 胶质母细胞瘤肿瘤细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | ISOSCELES计算框架 | 基因表达数据 | 新诊断和复发性胶质母细胞瘤肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 259 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review
2025-05, United European gastroenterology journal
IF:5.8Q1
DOI:10.1002/ueg2.12720
PMID:39656426
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综述 | 系统评估预测炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物疗效的多组学生物标志物 | 重点关注整合多组学数据集的模型影响,并评估对多种治疗干预反应具有特异性影响的生物标志物 | 基于PubMed文献的系统综述,可能存在发表偏倚和文献覆盖不全的限制 | 推进精准医学领域,通过生物标志物预测炎症性肠病治疗疗效 | 成人炎症性肠病患者 | 生物医学 | 炎症性肠病 | 多组学方法包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学、代谢组学 | 多组学整合模型 | 多组学数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 260 | 2025-10-06 |
Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies
2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654974
PMID:40475448
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研究论文 | 对商业单细胞RNA测序技术进行实用性和性能评估的全面比较研究 | 首次对七种全转录组mRNA检测试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒进行标准化综合比较 | 研究主要基于PBMCs样本,可能不适用于其他细胞类型或组织 | 评估商业单细胞转录组测序平台的性能和实用性 | 来自不同供者的标准化PBMCs样本 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个供者的标准化PBMCs样本 | 多种商业平台公司 | 单细胞RNA-seq, TCR分析 | 七种全转录组mRNA检测试剂盒, 两种TCR分析试剂盒 | 商业单细胞转录组测序平台 |