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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
241 2025-10-06
Dissecting PTPN7-driven aggressiveness in IDH-wildtype astrocytomas: multi-omics, clinical validation, and spatial transcriptomics for prognostic insights
2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过多组学分析探讨PTPN7在IDH野生型星形细胞瘤中的预后意义和免疫调节功能 首次系统研究PTPN7在胶质瘤中的空间分布特征及其与免疫微环境的相互作用 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证PTPN7的功能机制 评估PTPN7作为胶质瘤预后生物标志物和治疗靶点的潜力 IDH野生型星形细胞瘤患者样本 数字病理学 胶质瘤 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化, 基因集富集分析 Cox生存分析, CIBERSORT 基因表达数据, 空间转录组数据, 临床数据 TCGA、CGGA数据库样本,70例免疫组化验证病例 10x Genomics 空间转录组学, 单细胞RNA测序 10x Visium 10x Genomics Visium空间转录组平台
242 2025-10-06
Functional heterogeneity and clinical implications of CD4+ T cell subtypes in high-grade serous ovarian carcinoma
2025-May-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析高级别浆液性卵巢癌中CD4+ T细胞亚型的功能异质性及其临床意义 首次系统揭示了HGSOC中CD4+ T细胞亚型在附件组织和腹水中的空间分布差异,并鉴定出与不良预后相关的Treg3亚型 样本量相对有限(42例患者),且仅分析了附件组织和腹水两种组织类型 表征HGSOC中CD4+ T细胞亚型的功能异质性和组织特异性分布,并识别治疗生物标志物 42例高级别浆液性卵巢癌患者的附件组织和腹水样本 单细胞生物学 卵巢癌 单细胞RNA测序 无监督聚类,Cox比例风险模型 单细胞转录组数据 42例HGSOC患者 NA 单细胞RNA测序 NA NA
243 2025-10-06
Study on Liver Sinusoidal Endothelial Cell Fenestrations Based on Cellular Omics-Structure Integration Technology and Its Application in Metabolic Diseases
2025-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了细胞组学-结构整合技术平台,实现单细胞水平基因表达谱与超分辨率细胞结构信息的同步获取 首创细胞组学-结构整合技术平台,突破传统技术无法同时获取单细胞基因表达和超分辨率结构的限制 未明确说明技术平台的具体应用范围和样本处理限制 研究肝窦内皮细胞窗孔形成机制及其在代谢疾病中的应用 原代肝窦内皮细胞、非酒精性脂肪性肝炎和糖尿病小鼠模型 数字病理 代谢疾病 单细胞转录组学、超分辨率荧光显微镜、电子显微镜、深度学习 深度学习 图像、基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 COSI技术平台 包含单细胞转录组学与超分辨率荧光显微镜整合模块、电子显微镜与超分辨率荧光显微镜整合模块、综合分析模块
244 2025-10-06
Single-cell RNA sequencing reveals SLC31A1-mediated M2 polarization of macrophages promotes malignant progression in triple-negative breast cancer
2025-May-14, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3
研究论文 通过单细胞RNA测序发现SLC31A1介导的巨噬细胞M2极化促进三阴性乳腺癌恶性进展 首次通过单细胞RNA测序鉴定SLC31A1在三阴性乳腺癌髓系细胞中的过表达及其在巨噬细胞M2极化中的关键作用 NA 研究三阴性乳腺癌免疫微环境中巨噬细胞极化的调控机制及其对肿瘤恶性进展的影响 三阴性乳腺癌样本中的巨噬细胞和癌细胞 单细胞测序分析 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序, qPCR, 流式细胞术, Transwell实验, 划痕实验, 铜离子检测, 过氧化氢检测 NA 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 细胞功能实验数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
245 2025-10-06
In situ profiling of plasma cell clonality with image-based single-cell transcriptomics
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发了一种基于图像的单细胞转录组学方法BCR-MERFISH,用于在原位分析浆细胞克隆性 首次结合V基因使用和转录组分析来区分浆细胞克隆,能够在组织原位同时分析细胞类型和免疫受体多样性 目前仅在细胞培养和小鼠模型中验证,尚未在人类样本中应用 开发能够分析适应性免疫系统中细胞克隆多样性的单细胞技术 浆细胞及其B细胞受体克隆多样性 数字病理学 NA 单细胞转录组学,荧光原位杂交 NA 图像,转录组数据 细胞培养物和小鼠组织样本 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA BCR-MERFISH(B细胞受体多重误差鲁棒荧光原位杂交)
246 2025-10-06
Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants
2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
案例研究 通过空间转录组技术分析肾移植患者抗体介导排斥反应中肾小球中心的分子特征变化 首次使用数字空间分析技术定位肾移植排斥反应中肾小球特异性转录本,揭示天然免疫细胞在肾小球中的空间分布 仅基于单个患者的4次活检样本,样本量有限 研究急性抗体介导排斥反应中肾小球中心的分子机制 肾移植患者的活检组织 空间转录组学 肾脏疾病 数字空间分析 NA 空间转录组数据 来自单个患者的4次肾活检样本(治疗前、治疗中和治疗后) NA 空间转录组学 NA 数字空间分析技术
247 2025-10-06
GAEDGRN: reconstruction of gene regulatory networks based on gravity-inspired graph autoencoders
2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出基于重力启发图自编码器的新型基因调控网络重建框架GAEDGRN 通过重力启发图自编码器捕捉基因调控网络中的有向拓扑结构,并设计基因重要性评分方法 未明确说明方法在更广泛细胞类型或复杂疾病中的适用性 从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络 基因调控网络和基因间的潜在因果关系 机器学习 NA 单细胞RNA测序 图自编码器, 图神经网络 基因表达数据 三种GRN类型的七种细胞类型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
248 2025-10-06
Proliferation of Early and Mature Osteoblasts Is Required for Bone Fracture Healing in Mice
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过基因工程小鼠模型探索成骨细胞增殖在小鼠骨折愈合过程中的作用机制 首次证实成熟成骨细胞在骨折后仍具有增殖能力,并系统阐明了不同分化阶段成骨细胞增殖对骨痂形成的贡献 研究仅限于小鼠模型,人类骨折愈合机制可能存在差异 探究成骨细胞增殖在骨折愈合过程中的具体作用机制 基因工程小鼠模型(Col1-TK、Osx-CreERT2、Ocn-Cre、Dmp1-CreERT2与ROSA-TK杂交品系) 骨生物学 骨折 单细胞RNA测序,基因工程小鼠模型,放射学评估 NA 基因表达数据,影像学数据 多个基因工程小鼠品系,具体数量未明确说明 NA single-cell RNA-seq NA NA
249 2025-10-06
Quantitative molecular cartography of emergency myelopoiesis reveals conserved modules of hematopoietic activation
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序开发了造血细胞注释方法和分化模型,揭示了应急髓系生成的多层次调控机制 开发了通用的细胞注释方法HemaScribe和造血分化定量模型HemaScape,发现了跨不同炎症挑战的髓系祖细胞应急响应模块 NA 阐明不同应急髓系生成诱导剂调控造血干细胞和祖细胞的分子机制 造血干细胞和祖细胞(HSPC) 单细胞基因组学 急性髓系白血病 单细胞RNA测序 定量分化模型 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
250 2025-10-06
SCIG: Machine learning uncovers cell identity genes in single cells by genetic sequence codes
2025-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 开发了一种名为SCIG的机器学习方法,通过遗传序列特征识别单细胞中的细胞身份基因 首次发现细胞身份基因具有独特的遗传序列特征,并开发了不依赖细胞间比较的识别方法 NA 识别单细胞中的细胞身份基因,以理解细胞分化、发育和疾病相关的细胞身份失调 人类内皮细胞图谱中的单细胞 机器学习 NA 单细胞RNA测序 机器学习 基因表达数据、遗传序列数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
251 2025-10-06
CellTypeAgent: Trustworthy cell type annotation with Large Language Models
2025-May-13, ArXiv
PMID:40463689
研究论文 开发了一种结合大语言模型与数据库验证的可信细胞类型注释工具CellTypeAgent 首次将大语言模型与数据库验证相结合用于细胞类型注释,有效减轻幻觉问题 NA 提高单细胞RNA测序分析中细胞类型注释的准确性和可靠性 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 大语言模型 文本 9个真实数据集,包含36个组织的303种细胞类型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
252 2025-10-06
BPIFB1 is a prognostic biomarker and mediated collagen synthesis in idiopathic pulmonary fibrosis
2025-May-30, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 本研究探讨BPIFB1在特发性肺纤维化中的表达特征及其与肺功能和胶原合成的关联 首次发现BPIFB1在IPF中高表达于分化纤毛细胞和MUC5B阳性细胞,并揭示其与肺功能负相关及参与胶原合成的分子机制 血液BPIFB1表达在对照组和IPF组间无显著差异,具体分子通路机制仍需进一步实验验证 阐明BPIFB1在特发性肺纤维化中的预后价值和分子功能 特发性肺纤维化患者样本和基因表达数据 生物信息学 特发性肺纤维化 单细胞RNA测序,转录组分析,功能富集分析 Cox回归,Kaplan-Meier分析 基因表达数据,临床样本数据 来自Gene Expression Omnibus数据库的IPF样本数据 NA 单细胞RNA测序,转录组测序 NA NA
253 2025-10-06
scRNA-seq reveals an immune microenvironment and JUN-mediated NK cell exhaustion in relapsed T-ALL
2025-May-20, Cell reports. Medicine
研究论文 通过单细胞转录组分析揭示复发T-ALL的免疫微环境特征及JUN介导的NK细胞耗竭机制 首次在复发T-ALL中发现JUN是NK细胞耗竭的关键因子,并证实JUN抑制剂可同时杀伤白血病细胞和改善NK细胞功能 研究样本量有限,需进一步验证临床疗效 解析T-ALL复发机制并探索免疫治疗新策略 T细胞急性淋巴细胞白血病患者骨髓免疫微环境 单细胞组学 白血病 单细胞RNA测序 CDX/PDX小鼠模型、NOTCH1突变小鼠模型 单细胞转录组数据 T-ALL患者骨髓样本(具体数量未明确) NA 单细胞RNA-seq NA NA
254 2025-10-06
Low T cell diversity associates with poor outcome in bladder cancer: A comprehensive longitudinal analysis of the T cell receptor repertoire
2025-May-20, Cell reports. Medicine
研究论文 本研究通过纵向分析膀胱癌患者的T细胞受体库,发现低T细胞多样性与不良预后相关 首次在膀胱癌中系统分析TCR多样性的临床意义,并发现高扩增克隆与细胞毒性T细胞的关联 样本量有限,需要更大规模研究验证 探讨T细胞受体库多样性在膀胱癌中的临床意义 膀胱癌患者 免疫学 膀胱癌 单细胞测序 NA 基因组测序数据 NA NA 单细胞测序 NA NA
255 2025-10-06
Targeting mitochondrial complex I of CD177+ neutrophils alleviates lung ischemia-reperfusion injury
2025-May-20, Cell reports. Medicine
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学识别CD177+中性粒细胞在肺缺血再灌注损伤中的关键作用,并探索线粒体复合物I抑制剂的治疗潜力 首次发现CD177+中性粒细胞亚群通过线粒体复合物I驱动肺损伤,并验证其作为原发性移植物功能障碍早期生物标志物的价值 研究主要基于动物模型,人类临床验证仍需进一步扩大样本量 探究中性粒细胞亚群在肺缺血再灌注损伤中的作用机制及治疗靶点 小鼠肺缺血再灌注损伤模型、大鼠左肺移植模型、人类肺移植受者 数字病理学 肺缺血再灌注损伤 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 基因表达数据 未明确具体样本数量 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
256 2025-10-06
Simvastatin inhibits proliferation and migration, promotes oxidative stress and ferroptosis in colon cancer
2025-May-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3
研究论文 本研究探讨辛伐他汀通过调控SERPINE1和cGMP/PKG信号通路抑制结肠癌细胞增殖迁移并促进氧化应激和铁死亡的机制 首次揭示辛伐他汀通过下调SERPINE1激活cGMP/PKG通路诱导铁死亡的新机制 仅进行体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证 研究辛伐他汀对结肠癌细胞功能的影响及其作用机制 NCM460、HCT-116和SW620结肠癌细胞系 癌症研究 结肠癌 单细胞RNA测序、实时PCR、Western blot、流式细胞术、Transwell实验 细胞系模型 基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据 三种结肠癌细胞系 NA 单细胞RNA测序 NA NA
257 2025-10-06
Exploring the potential function of high expression of ANAPC1 in regulating ubiquitination in hepatocellular carcinoma
2025-May-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3
研究论文 本研究探讨ANAPC1在肝细胞癌中通过泛素化途径调控细胞周期和代谢水平的潜在功能 首次整合多种数据源全面研究ANAPC1在肝细胞癌中的表达及其通过泛素化途径的调控机制 研究主要基于细胞系和测序数据,缺乏体内实验验证 阐明ANAPC1在肝细胞癌中的表达及其与泛素化相关的潜在调控机制 肝细胞癌组织样本和JHH2等肝癌细胞系 癌症生物学 肝细胞癌 RNA测序、微阵列、免疫组化、单细胞RNA测序、CRISPR基因敲除 NA RNA测序数据、微阵列数据、免疫组化图像、单细胞RNA测序数据 多种肝细胞癌组织和细胞系样本 NA 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 NA NA
258 2025-10-06
Expression of Immune-Related Genes and Possible Regulatory Mechanisms in Chronic Antibody-Mediated Rejection after Kidney Transplantation
2025-May, Archivos espanoles de urologia IF:0.6Q4
研究论文 通过单细胞RNA测序分析慢性抗体介导排斥反应患者外周血单核细胞中免疫相关基因的表达模式和调控机制 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,系统分析cABMR患者外周血单核细胞与肾脏组织中免疫相关基因的共同表达特征及关键转录因子 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源有限 阐明肾脏移植后慢性抗体介导排斥反应中免疫相关基因的表达模式和潜在调控机制 慢性抗体介导排斥反应患者的外周血单核细胞和肾脏组织 生物信息学 肾脏移植排斥反应 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 生物信息学分析 AUCell软件包, STRING数据库分析 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
259 2025-10-06
Single-cell and spatial transcriptomics reveals an anti-tumor neutrophil subgroup in microwave thermochemotherapy-treated lip cancer
2025-05-13, International journal of oral science IF:10.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示微波热化疗治疗唇癌中抗肿瘤中性粒细胞亚群的作用机制 首次发现微波热化疗通过增强血液灌注诱导抗肿瘤中性粒细胞(N1-TANs)浸润,并鉴定MX2作为N1-TANs标志物,开发了基于H&E图像的深度学习预测模型 研究样本量有限,机制验证主要基于转录组数据,需要进一步实验验证 探究微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌的免疫调节机制 唇鳞状细胞癌患者肿瘤组织中的免疫细胞和肿瘤微环境 数字病理 唇癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 深度学习 深度学习模型 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, H&E染色图像 未明确说明具体样本数量 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
260 2025-10-06
Longitudinal scRNA-seq of retinal organoids derived from Stargardt disease patient with ABCA4 mutation
2025-May-27, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本研究利用携带ABCA4基因突变的Stargardt病患者来源iPSC生成视网膜类器官,并进行纵向单细胞RNA测序分析 首次在携带中国STGD患者最常见ABCA4突变的视网膜类器官模型中开展纵向单细胞转录组研究 研究仅针对特定ABCA4突变类型,且类器官模型可能无法完全模拟体内视网膜微环境 研究ABCA4基因突变相关的Stargardt病发病机制 患者来源iPSC生成的视网膜类器官 单细胞组学 Stargardt病(遗传性视网膜变性) 单细胞RNA测序 视网膜类器官模型 单细胞转录组数据 5个主要发育阶段(40、90、150、200和260天)的视网膜类器官样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
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