单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 867 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-06-10 |
Atlas-scale metabolic activities inferred from single-cell and spatial transcriptomics
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.653038
PMID:40463045
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research paper | 提出了一种名为scCellFie的计算框架，用于从人和小鼠的转录组数据中推断单细胞和空间分辨率的代谢活动 | 开发了scCellFie框架，能够从转录组数据中推断代谢活动，填补了直接测量单细胞和空间分辨率代谢活动的技术空白 | 依赖于转录组数据推断代谢活动，可能无法完全反映实际的代谢状态 | 开发一种计算工具，用于从转录组数据中推断代谢活动，以研究细胞功能和通讯 | 人和小鼠的细胞 | computational biology | endometriosis, endometrial carcinoma | single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics | scCellFie | transcriptomic data | 约3000万个细胞图谱 |
| 222 | 2025-06-10 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct senotypes and a quiescence-senescence continuum at the transcriptome level following chemotherapy
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653730
PMID:40463227
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research paper | 通过单细胞RNA测序揭示了化疗后转录组水平上不同的衰老类型和静止-衰老连续体 | 结合时间推移成像和单细胞RNA测序技术，区分了静止和衰老状态，并发现了两种不同的衰老途径 | 研究仅基于etoposide处理后的细胞，可能不适用于其他化疗药物 | 区分化疗后细胞的静止和衰老状态，并研究其转录组特征 | 化疗处理后的细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 时间推移成像 | 伪时间轨迹分析 | 转录组数据, 图像数据 | NA |
| 223 | 2025-06-10 |
Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells
2025-05-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473
PMID:40185089
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research paper | 研究通过诱导系统将成纤维细胞重编程为造血祖细胞，并揭示了重编程过程中的基因调控网络 | 开发了通过表达SCL和LMO2转录因子诱导成纤维细胞重编程为造血祖细胞的系统，并识别了影响重编程效率的关键转录因子和信号通路 | 重编程过程的随机性限制了其效率，且研究仅针对特定转录因子和信号通路 | 提高体细胞直接重编程为造血细胞的效率 | 成纤维细胞和造血祖细胞 | 基因调控与细胞重编程 | NA | 转录组和表观基因组分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 224 | 2025-06-10 |
An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice
2025-May, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707
PMID:40245497
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research paper | 该研究揭示了HCK作为非传统T细胞轴顶端调节因子在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并探讨了其通过IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理机制 | 发现了HCK作为COPD候选基因的新机制，即通过调节非传统T细胞轴（Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关不变T细胞）驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理过程 | 研究主要基于基因靶向小鼠模型，人类COPD患者中的直接证据尚待进一步验证 | 探究HCK在COPD发病机制中的具体作用及其调控通路 | 基因靶向小鼠（HckF/F突变体）及其骨髓嵌合体 | 呼吸病学 | 慢性阻塞性肺疾病（COPD） | 基因靶向技术、骨髓嵌合体构建、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序 | 基因修饰小鼠模型 | 组织病理学数据、流式细胞数据、单细胞测序数据 | 未明确说明具体样本量，使用基因靶向小鼠模型进行研究 |
| 225 | 2025-06-10 |
The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination
2025-May, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70347
PMID:40462502
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研究论文 | 研究OTUD3通过去泛素化PLK1在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用 | 首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡，在脑缺血/再灌注损伤中发挥神经保护作用 | NA | 探讨OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制 | 小鼠神经元及脑组织 | 神经科学 | 脑缺血 | 共免疫沉淀-质谱分析、单细胞测序、体外实验 | 氧糖剥夺模型(OGD/R) | 实验数据 | 小鼠神经元及脑组织 |
| 226 | 2025-06-09 |
Case report: single-cell transcriptome sequencing reveals the clonal origin of mature plasmacytoid dendritic cell proliferation in early T-cell precursor lymphoblastic leukemia
2025-May, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06301-5
PMID:40085211
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病例报告 | 通过单细胞转录组测序揭示早期T细胞前体淋巴细胞白血病中成熟浆细胞样树突状细胞增殖的克隆起源 | 首次报告了与淋巴恶性肿瘤相关的MPDCP病例，并利用单细胞RNA测序技术揭示了T-ALL原始细胞与pDCs之间的转录连续性 | 需要进一步研究以确认这些发现并探索其临床意义 | 探讨MPDCP在淋巴恶性肿瘤中的存在及其与淋巴细胞分化和发育的潜在联系 | 一名69岁男性患者，诊断为早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病伴MPDCP | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 1例患者 |
| 227 | 2025-06-09 |
Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes
2025-May, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06321-1
PMID:40186663
|
research paper | 本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇，并构建了一个风险预后模型 | 开发了一个包含五个LMRGs的风险预后模型，揭示了高风险患者的不良预后与免疫微环境及治疗反应的关系，并通过单细胞RNA测序发现B细胞中高LMRG风险评分可能通过MIF-CD74/CXCR4通路促进免疫抑制 | 研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制 | 探索LMRGs与DLBCL预后及免疫微环境的关系，构建风险预后模型 | 弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者 | digital pathology | lymphoma | Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序 | 风险预后模型 | 基因表达数据 | 来自GSE10846和GSE87371数据集的样本 |
| 228 | 2025-06-09 |
M-band wavelet-based multi-view clustering of cells
2025-May, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013060
PMID:40408513
|
研究论文 | 本文提出了一种基于M-band小波的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据多视图聚类方法(WMC)，用于细胞类型、身份和功能状态的多视图聚类 | 该方法首次将M-band小波分析与UMAP相结合应用于scRNA-seq数据，能够以高分辨率发现稀有细胞类型 | 未提及方法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性 | 开发新的scRNA-seq数据分析方法以提高细胞类型鉴别的分辨率 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 小波分析, UMAP | 基因表达数据 | 一组单细胞测序数据集(未说明具体数量) |
| 229 | 2025-06-08 |
DRUG AND SINGLE-CELL GENE EXPRESSION INTEGRATION IDENTIFIES SENSITIVE AND RESISTANT GLIOBLASTOMA CELL POPULATIONS
2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.654044
PMID:40462892
|
研究论文 | 开发了一种名为ISOSCELES的新框架，用于量化细胞药物敏感性和耐药性景观，并识别出针对胶质母细胞瘤(GBM)细胞状态的有效治疗组合 | 提出了ISOSCELES框架，整合单细胞基因表达和L1000表达特征，预测不同GBM细胞状态对治疗的敏感性和耐药性 | NA | 识别胶质母细胞瘤(GBM)中敏感和耐药的细胞群体，以开发更有效的治疗方法 | 胶质母细胞瘤(GBM)肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | ISOSCELES | 基因表达数据 | 新诊断和复发的GBM肿瘤样本 |
| 230 | 2025-06-08 |
Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review
2025-05, United European gastroenterology journal
IF:5.8Q1
DOI:10.1002/ueg2.12720
PMID:39656426
|
系统综述 | 本文系统综述了用于预测成人炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物治疗效果的多组学生物标志物 | 综合分析了多种组学方法（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学和代谢组学）在预测治疗效果中的应用，特别强调了多组学数据集整合模型的影响 | 研究基于PubMed文献，可能存在发表偏倚，且未涉及所有潜在生物标志物 | 推进精准医学领域，通过生物标志物预测炎症性肠病患者对不同治疗方案的响应 | 成人炎症性肠病患者 | 精准医学 | 炎症性肠病 | 多组学方法（基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学、代谢组学） | 多组学整合模型 | 多组学数据 | NA |
| 231 | 2025-06-07 |
Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies
2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654974
PMID:40475448
|
研究论文 | 本文对商业单细胞RNA测序技术的实用性和性能进行了全面评估 | 对七种最新可用的单细胞转录组测序试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒进行了标准化比较，提供了性能与实用因素的平衡依据 | 研究仅基于PBMCs样本，可能不适用于其他细胞类型或组织 | 评估和比较不同商业单细胞RNA测序技术的性能和实用性 | 多种供体的标准化PBMCs样本 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个不同供体的标准化PBMCs样本 |
| 232 | 2025-06-07 |
Patient-Derived Three-Dimensional Lung Tumor Models to Evaluate Response to Immunotherapy
2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654890
PMID:40475675
|
research paper | 开发了一种新型患者来源的三维肺肿瘤模型（3D-LTM），用于评估免疫检查点抑制剂（ICI）的快速反应 | 该模型保持了人类细胞外基质、细胞间相互作用和组织结构的特征，能够重现非小细胞肺癌（NSCLC）患者对免疫治疗的异质性反应 | 未明确提及具体局限性 | 评估免疫治疗反应并开发预测NSCLC患者早期反应的生物标志物 | 非小细胞肺癌（NSCLC）患者 | digital pathology | lung cancer | spatial transcriptomics | 3D-LTM | gene expression data | 未明确提及具体样本数量 |
| 233 | 2025-06-07 |
Mapping satellite glial cell heterogeneity reveals distinct spatial organization and signifies functional diversity in the dorsal root ganglion
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654813
PMID:40475507
|
research paper | 该研究首次全面描述了小鼠背根神经节（DRG）中卫星胶质细胞（SGCs）的异质性，并通过单细胞RNA测序、免疫组化和先进成像技术识别、验证并空间定位了不同的SGC亚群 | 首次在小鼠DRG中识别并空间定位了四种不同的SGC亚群，揭示了它们在感觉处理中的潜在功能多样性 | 研究主要基于小鼠模型，人类DRG的发现仅为初步观察，需要进一步验证 | 探索背根神经节中卫星胶质细胞的异质性及其功能意义 | 小鼠和人类背根神经节中的卫星胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫组化、杂交和先进成像技术 | NA | 基因表达数据和图像数据 | NA |
| 234 | 2025-06-07 |
Oncogenic drivers shape the tumor microenvironment in human gliomas
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654515
PMID:40475555
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研究论文 | 本文通过多组学和空间转录组学分析，研究了人类胶质瘤中致癌驱动因素对肿瘤微环境的影响 | 揭示了致癌基因扩增方式（线性染色体增益与ecDNA）如何塑造不同的肿瘤结构和转录动态，以及IDH突变型胶质瘤与胶质母细胞瘤在微环境中的差异 | 样本量相对较小（93个胶质瘤样本），且仅针对特定类型的胶质瘤进行了分析 | 探讨基因组改变如何影响胶质瘤微环境 | 人类胶质瘤（IDH突变型胶质瘤和IDH野生型胶质母细胞瘤） | 数字病理学 | 胶质瘤 | 全基因组测序、染色质构象捕获（Hi-C）、RNA-seq、单细胞空间转录组学（Xenium） | NA | 基因组数据、转录组数据、空间转录组数据 | 93个胶质瘤样本（来自69名患者，包括46个IDH突变型胶质瘤和47个IDH野生型胶质母细胞瘤） |
| 235 | 2025-06-06 |
Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq analyses with machine learning to predict platinum response and prognosis in ovarian cancer
2025-May-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-99930-9
PMID:40450069
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，结合机器学习方法，预测卵巢癌患者对铂类药物的反应和预后 | 首次结合单细胞转录组数据和机器学习模型，构建了预测铂类药物反应的基因签名（GPPS），并在独立队列中验证了其预测性能 | 样本量相对有限，需要在更大规模的临床队列中进行验证 | 开发预测卵巢癌患者铂类药物反应和预后的生物标志物 | 卵巢癌患者 | 数字病理学 | 卵巢癌 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | 随机森林 | 基因表达数据 | 测试队列和独立验证队列GSE63885 |
| 236 | 2025-06-06 |
Shared roles of immune and stromal cells in the pathogenesis of human bronchiolitis obliterans syndrome
2025-May-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176596
PMID:40232854
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了支气管闭塞综合征（BOS）患者肺组织中的细胞类型、基因和通路，揭示了免疫和基质细胞在疾病发病机制中的共同作用 | 首次发现CD8+组织驻留记忆T细胞（TRM）在两种BOS亚型中的扩增，并识别了与巨噬细胞趋化和增殖相关的基因通路在非免疫细胞群体中的表达 | 样本量较小（4例CLAD-BOS患者，3例cGVHD-BOS患者和3例对照） | 阐明支气管闭塞综合征的发病机制 | 支气管闭塞综合征患者的肺组织 | 生物医学 | 肺疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 10例（4例CLAD-BOS，3例cGVHD-BOS，3例对照） |
| 237 | 2025-06-06 |
Csf1r⁻ macrophages govern the second wave of neutrophils for bone repair
2025-May-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6695752/v1
PMID:40470192
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研究论文 | 本文发现了一类独特的骨导向巨噬细胞（OdMacs），它们在骨损伤后促进骨再生微环境的形成 | 首次鉴定出具有特定表达谱的OdMacs，并揭示了它们通过招募表达激活素A的前中性粒细胞促进骨再生的机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探究巨噬细胞在骨再生中的作用机制 | 骨导向巨噬细胞（OdMacs）、前中性粒细胞（preNeu）和骨髓基质细胞（BMSCs） | 再生医学 | 骨损伤 | RNA-seq、scRNA-seq、FACS分析 | 小鼠基因敲除模型（Axin2-Cre; tdTomato, Inhba, Wls条件性敲除小鼠） | 转录组数据、流式细胞数据 | 未明确说明样本数量，但使用了多种基因工程小鼠模型 |
| 238 | 2025-06-06 |
Transcriptomic Signature-Guided Depletion of Intermediate Alveolar Epithelial Cells Ameliorates Pulmonary Fibrosis in Mice
2025-May-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6623390/v1
PMID:40470235
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研究论文 | 通过转录组特征引导的中间肺泡上皮细胞耗竭改善小鼠肺纤维化 | 开发了一种新型RNA感知依赖的蛋白质翻译技术，用于选择性靶向和功能研究Krt8+ ADI细胞，并发现Sprr1a mRNA作为这些细胞的标记物 | 研究主要基于小鼠模型，人类细胞的应用和效果尚需进一步验证 | 探究中间肺泡上皮细胞在肺纤维化中的具体作用及其潜在治疗靶点 | 小鼠和人类的KRT5-/KRT17+异常基底样细胞及Krt8+ ADI细胞 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA感知依赖的蛋白质翻译技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 239 | 2025-06-04 |
Correction to: "GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish"
2025-May-19, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqaf098
PMID:40457745
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 240 | 2025-06-06 |
Development of a machine learning-based predictive risk model combining fatty acid metabolism and ferroptosis for immunotherapy response and prognosis in prostate cancer
2025-May-13, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02484-5
PMID:40355680
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research paper | 本研究整合了多种RNA测序技术，构建了一个基于铁死亡和脂肪酸代谢基因的前列腺癌预后模型，用于预测免疫治疗反应和预后 | 结合铁死亡和脂肪酸代谢基因，利用机器学习算法构建高精度预后模型，并通过空间转录组学和单细胞RNA测序验证模型的有效性 | 模型仅在TCGA-PRAD和DFKZ队列中进行了验证，需要更多独立队列验证其普适性 | 开发前列腺癌的预后模型和个性化治疗策略 | 前列腺癌患者 | machine learning | prostate cancer | bulk RNA sequencing, scRNA-seq, spatial transcriptomics | Lasso + Random Survival Forest (RSF) | RNA sequencing data | TCGA-PRAD数据集和DFKZ队列 |