单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-06-07	Oncogenic drivers shape the tumor microenvironment in human gliomas 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654515 PMID:40475555	研究论文	本文通过多组学和空间转录组学分析，研究了人类胶质瘤中致癌驱动因素对肿瘤微环境的影响	揭示了致癌基因扩增方式（线性染色体增益与ecDNA）如何塑造不同的肿瘤结构和转录动态，以及IDH突变型胶质瘤与胶质母细胞瘤在微环境中的差异	样本量相对较小（93个胶质瘤样本），且仅针对特定类型的胶质瘤进行了分析	探讨基因组改变如何影响胶质瘤微环境	人类胶质瘤（IDH突变型胶质瘤和IDH野生型胶质母细胞瘤）	数字病理学	胶质瘤	全基因组测序、染色质构象捕获（Hi-C）、RNA-seq、单细胞空间转录组学（Xenium）	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	93个胶质瘤样本（来自69名患者，包括46个IDH突变型胶质瘤和47个IDH野生型胶质母细胞瘤）
202	2025-06-07	Tacrolimus prolongs corneal allograft survival and prevents dendritic cell infiltration in a myeloid-derived suppressor cell-dependent manner 2025-May-19, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2025.05.018 PMID:40398562	研究论文	研究他克莫司（FK506）通过诱导髓源性抑制细胞（MDSC）抑制早期树突状细胞（DC）激活，从而延长角膜移植物存活的细胞机制	揭示了FK506通过MDSC依赖性方式抑制DC激活和免疫细胞浸润，从而延长角膜移植物存活的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究FK506在角膜移植术后免疫抑制和移植物存活延长的细胞机制	小鼠角膜穿透性角膜移植模型	免疫学	角膜移植排斥	单细胞RNA测序分析、免疫荧光染色	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明小鼠数量
203	2025-06-06	Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq analyses with machine learning to predict platinum response and prognosis in ovarian cancer 2025-May-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99930-9 PMID:40450069	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，结合机器学习方法，预测卵巢癌患者对铂类药物的反应和预后	首次结合单细胞转录组数据和机器学习模型，构建了预测铂类药物反应的基因签名（GPPS），并在独立队列中验证了其预测性能	样本量相对有限，需要在更大规模的临床队列中进行验证	开发预测卵巢癌患者铂类药物反应和预后的生物标志物	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq	随机森林	基因表达数据	测试队列和独立验证队列GSE63885
204	2025-06-06	Shared roles of immune and stromal cells in the pathogenesis of human bronchiolitis obliterans syndrome 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176596 PMID:40232854	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了支气管闭塞综合征（BOS）患者肺组织中的细胞类型、基因和通路，揭示了免疫和基质细胞在疾病发病机制中的共同作用	首次发现CD8+组织驻留记忆T细胞（TRM）在两种BOS亚型中的扩增，并识别了与巨噬细胞趋化和增殖相关的基因通路在非免疫细胞群体中的表达	样本量较小（4例CLAD-BOS患者，3例cGVHD-BOS患者和3例对照）	阐明支气管闭塞综合征的发病机制	支气管闭塞综合征患者的肺组织	生物医学	肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	10例（4例CLAD-BOS，3例cGVHD-BOS，3例对照）
205	2025-06-06	Csf1r⁻ macrophages govern the second wave of neutrophils for bone repair 2025-May-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6695752/v1 PMID:40470192	研究论文	本文发现了一类独特的骨导向巨噬细胞（OdMacs），它们在骨损伤后促进骨再生微环境的形成	首次鉴定出具有特定表达谱的OdMacs，并揭示了它们通过招募表达激活素A的前中性粒细胞促进骨再生的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究巨噬细胞在骨再生中的作用机制	骨导向巨噬细胞（OdMacs）、前中性粒细胞（preNeu）和骨髓基质细胞（BMSCs）	再生医学	骨损伤	RNA-seq、scRNA-seq、FACS分析	小鼠基因敲除模型（Axin2-Cre; tdTomato, Inhba, Wls条件性敲除小鼠）	转录组数据、流式细胞数据	未明确说明样本数量，但使用了多种基因工程小鼠模型
206	2025-06-06	Transcriptomic Signature-Guided Depletion of Intermediate Alveolar Epithelial Cells Ameliorates Pulmonary Fibrosis in Mice 2025-May-21, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6623390/v1 PMID:40470235	研究论文	通过转录组特征引导的中间肺泡上皮细胞耗竭改善小鼠肺纤维化	开发了一种新型RNA感知依赖的蛋白质翻译技术，用于选择性靶向和功能研究Krt8+ ADI细胞，并发现Sprr1a mRNA作为这些细胞的标记物	研究主要基于小鼠模型，人类细胞的应用和效果尚需进一步验证	探究中间肺泡上皮细胞在肺纤维化中的具体作用及其潜在治疗靶点	小鼠和人类的KRT5-/KRT17+异常基底样细胞及Krt8+ ADI细胞	分子生物学	肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA感知依赖的蛋白质翻译技术	NA	转录组数据	NA
207	2025-06-06	NPAS4 Depletion in POMC Neurons Protects From Obesity and Alters the Feeding-regulated Transcriptome in Male Mice 2025-May-19, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf083 PMID:40296822	研究论文	本文研究了神经元PAS结构域蛋白4（Npas4）在POMC神经元中的作用及其对摄食行为的调控机制	首次研究了Npas4在调控摄食行为中的作用，并揭示了其在POMC神经元中的具体作用机制	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性小鼠或其他动物模型	探究Npas4在POMC神经元中对摄食行为的调控作用	雄性小鼠的POMC神经元	神经科学	肥胖症	单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据	雄性小鼠（具体数量未提及）
208	2025-06-04	Correction to: "GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish" 2025-May-19, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf098 PMID:40457745	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
209	2025-06-06	Development of a machine learning-based predictive risk model combining fatty acid metabolism and ferroptosis for immunotherapy response and prognosis in prostate cancer 2025-May-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02484-5 PMID:40355680	research paper	本研究整合了多种RNA测序技术，构建了一个基于铁死亡和脂肪酸代谢基因的前列腺癌预后模型，用于预测免疫治疗反应和预后	结合铁死亡和脂肪酸代谢基因，利用机器学习算法构建高精度预后模型，并通过空间转录组学和单细胞RNA测序验证模型的有效性	模型仅在TCGA-PRAD和DFKZ队列中进行了验证，需要更多独立队列验证其普适性	开发前列腺癌的预后模型和个性化治疗策略	前列腺癌患者	machine learning	prostate cancer	bulk RNA sequencing, scRNA-seq, spatial transcriptomics	Lasso + Random Survival Forest (RSF)	RNA sequencing data	TCGA-PRAD数据集和DFKZ队列
210	2025-06-06	IFN-γ and donor leukocyte infusions for relapsed myeloblastic malignancies after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.190655 PMID:40131369	research paper	该研究探讨了IFN-γ联合供体白细胞输注(DLI)在异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤中的安全性和初步疗效	首次在临床试验中评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤，并采用单细胞RNA测序技术分析IFN-γ对恶性髓系细胞的体内作用	样本量较小(n=7)，需要更大规模的研究来验证疗效	评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发髓系恶性肿瘤的安全性和初步疗效	异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病或骨髓增生异常综合征患者	血液肿瘤学	急性髓系白血病,骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	临床数据,基因表达数据	7名患者
211	2025-06-06	Microglia-driven inflammation induces progressive tauopathies and synucleinopathies 2025-May, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01450-z PMID:40307569	研究论文	研究探讨了小胶质细胞驱动的炎症如何引发和传播神经退行性疾病中的蛋白质病变	首次证明小胶质细胞驱动的炎症可独立触发神经退行性疾病的多种病理特征，并揭示炎症诱导的局部神经病理可扩散至更广泛脑区	研究仅在小鼠模型中进行，人类相关性的验证尚需进一步研究	探究小胶质细胞驱动的炎症在神经退行性疾病中的作用机制	小胶质细胞、tau蛋白和α-突触核蛋白	神经科学	阿尔茨海默病、帕金森病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
212	2025-06-06	Progressive accumulation of circulating CD27-CD28- effector/memory CD8+ T cells in patients with lung cancer blunts responses to immune checkpoint inhibitor therapy 2025-May, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01448-7 PMID:40307573	research paper	该研究揭示了肺癌患者外周血CD8+ T细胞亚群的改变及其对免疫检查点抑制剂治疗反应的影响	首次系统性地描述了肺癌如何通过诱导CD8+ T细胞稳态失调来对抗潜在的肿瘤反应性T细胞	研究样本量相对有限（224例患者），且机制研究有待深入	探究肺癌对全身CD8+ T细胞区室的影响及其临床意义	肺癌患者的外周血CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	224例肺癌患者（来自四个独立队列）
213	2025-06-06	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes epithelial-mesenchymal transition in diffuse-type gastric cancer via cAMP response element-binding protein pathway, showing poor prognosis 2025-May, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01447-8 PMID:40369121	研究论文	本研究通过构建大规模信号网络和实验验证，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌的fibulin-5通过CREB通路促进弥漫型胃癌（DGC）的上皮-间质转化（EMT），并与患者不良预后相关	首次发现CAFs分泌的fibulin-5通过CREB通路促进DGC的EMT，并证实其作为预后标志物的潜力	研究主要基于体外实验和回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性临床研究验证	探索弥漫型胃癌（DGC）的特异性生物标志物及其分子机制	弥漫型胃癌（DGC）患者样本、癌症相关成纤维细胞（CAFs）和癌细胞系	肿瘤生物学	胃癌	RNA测序、免疫组织化学染色、单细胞RNA测序、原代培养、类器官培养和共培养系统	数学模型	RNA测序数据、组织微阵列数据、单细胞RNA测序数据和临床数据	三个基因组数据库（TCGA、GSE62254和GSE26253）的数据、组织微阵列块、患者血液样本
214	2025-06-06	Clofarabine Enhances the Transduction Efficiency of Recombinant AAV2 in the Retina 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.42 PMID:40434346	研究论文	研究氯法拉滨如何提高重组AAV2在视网膜中的转导效率及其机制	发现氯法拉滨能通过同步细胞周期和重编程转录景观，显著提高rAAV2在视网膜中的转导效率	研究仅限于小鼠模型和ARPE-19细胞，尚未在人类中进行验证	探索核糖核苷酸还原酶抑制剂增强rAAV2在视网膜中转导效率的机制	小鼠视网膜和ARPE-19细胞	基因治疗	眼科疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	小鼠和ARPE-19细胞
215	2025-06-06	Recent Advances in Stem Cells of Corneal Epithelia 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.45 PMID:40440164	综述	本文综述了角膜上皮干细胞（CESCs）的最新研究进展，包括其位置、群体维持机制和异质性	通过角膜上皮谱系追踪、活体成像和单细胞RNA测序等新技术，揭示了CESCs的意外特性	讨论了当前研究的局限性，并指出CESCs领域亟待解决的关键问题	深入理解CESCs的特性以推动角膜疾病的再生医学治疗	角膜上皮干细胞（CESCs）	再生医学	角膜疾病	谱系追踪、活体成像、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
216	2025-06-05	MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT 2025-May-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60295-2 PMID:40450001	研究论文	介绍了一种名为MACanalyzeR的单细胞RNA测序工具，用于全面分析单核细胞/巨噬细胞的代谢特征，并揭示了PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织热生成扩展中的作用	开发了MACanalyzeR工具，首次识别出PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞亚群在棕色脂肪组织热生成中的关键作用	研究仅基于肥胖雄性小鼠模型，未涉及人类或其他性别样本	探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能调控中的作用机制	肥胖雄性小鼠(db/db和高脂饮食喂养小鼠)的棕色脂肪组织	免疫代谢	肥胖	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	肥胖雄性小鼠模型(db/db和HFD-fed小鼠)
217	2025-06-05	Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60457-2 PMID:40442146	研究论文	该研究探讨了针对β-catenin的精准靶向治疗在肝细胞癌（HCC）中的肿瘤重编程和免疫调节作用	研究使用了一种新型的siRNA（LNP-CTNNB1）靶向CTNNB1，并在多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型中显示出显著的肿瘤反应，同时揭示了β-catenin抑制对免疫调节转录因子和免疫信号通路的激活作用	研究主要基于动物模型和有限的临床数据，尚未在广泛人群中验证其效果	探索β-catenin靶向治疗在肝细胞癌中的疗效及其与免疫检查点抑制剂（ICI）的联合应用潜力	β-catenin突变的肝细胞癌（HCC）模型和患者样本	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	siRNA技术、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、临床数据	多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型及IMbrave150 III期试验患者队列
218	2025-06-05	Bronchopulmonary dysplasia with pulmonary hypertension associates with semaphorin signaling loss and functionally decreased FOXF1 expression 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60371-7 PMID:40442177	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了早产儿肺部损伤导致的支气管肺发育不良（BPD）及伴随的肺动脉高压（PH）的细胞和分子机制	研究发现BPD+PH患者中存在独特的异常毛细血管细胞状态，并揭示了semaphorin信号通路在正常肺发育中的关键作用	研究样本可能有限，且机制研究主要在动物模型中进行验证	识别人类BPD的潜在细胞和分子驱动因素	早产儿肺部组织（BPD和BPD+PH患者）与足月婴儿的对比	分子生物学	支气管肺发育不良（BPD）和肺动脉高压（PH）	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	早产儿和足月婴儿的肺部组织样本（具体数量未提及）
219	2025-06-05	[Progress in investigating astrocyte heterogeneity after spinal cord injury based on single-cell sequencing technology] 2025-May-25, Zhongguo gu shang = China journal of orthopaedics and traumatology DOI:10.12200/j.issn.1003-0034.20240352 PMID:40461119	综述	本文综述了单细胞测序技术在脊髓损伤后星形胶质细胞异质性研究中的进展	利用单细胞测序技术揭示了脊髓损伤后星形胶质细胞的异质性及其与神经再生修复的关联	目前所有发现仍需更多基础研究和充分的临床试验验证	探索单细胞测序技术在脊髓损伤后星形胶质细胞研究中的应用	脊髓损伤后的星形胶质细胞	生物信息学	脊髓损伤	单细胞测序技术	NA	转录组数据	NA
220	2025-06-05	ICOS+CD4+ T cells define a high susceptibility to anti-PD-1 therapy-induced lung pathogenesis 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186483 PMID:40198121	研究论文	研究探讨了抗PD-1治疗引起的肺毒性机制，特别是在老年小鼠模型中ICOS+CD4+ T细胞的作用	揭示了ICOS+CD4+ T细胞在老年环境中对抗PD-1治疗引起的肺毒性中的关键作用，并提出了ICOS-ICOSL相互作用的干预策略	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探索抗PD-(L)1治疗引起的免疫相关不良事件（irAEs）的细胞机制	老年小鼠模型和癌症患者的CD4+ T细胞	免疫治疗	肺癌	单细胞转录组学，过继性T细胞转移	小鼠模型	基因表达数据，临床数据	老年和年轻小鼠模型，部分癌症患者样本