单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-06-14	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，对一名患者的4次肾活检样本进行空间转录组学分析，探究急性抗体介导排斥反应（AMR）中肾小球的分子特征	首次在AMR中定位了天然免疫细胞（如NK细胞和巨噬细胞）的分子特征，并揭示了HLA II类抗原在肾小球中的上调表达	样本量较小（仅1名患者的4次活检），且治疗后足细胞转录本未恢复的机制尚不明确	探究急性抗体介导排斥反应中肾小球的分子变化特征	肾移植患者的活检样本（特别是肾小球）	数字病理学	肾脏疾病	Digital Spatial Profiling（数字空间分析）	NA	空间转录组数据	1名患者的4次肾活检样本
202	2025-06-14	GAEDGRN: reconstruction of gene regulatory networks based on gravity-inspired graph autoencoders 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf232 PMID:40415678	研究论文	提出了一种基于重力启发图自编码器的新型框架GAEDGRN，用于从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络	GAEDGRN通过重力启发图自编码器(GIGAE)捕捉基因调控网络中的复杂有向网络拓扑结构，并设计了基因重要性评分计算方法	未明确提及具体局限性	从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络以深入了解疾病发病机制	基因调控网络(GRNs)	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图自编码器(GIGAE)	基因表达数据	三种GRN类型的七种细胞类型
203	2025-06-13	Proliferation of Early and Mature Osteoblasts Is Required for Bone Fracture Healing in Mice 2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656371 PMID:40501538	research paper	该研究探讨了成骨细胞增殖在小鼠骨折愈合中的作用	研究发现成熟成骨细胞在骨折后仍能增殖，并参与矿化骨痂的形成	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	了解细胞增殖在骨折愈合中的具体作用机制	小鼠骨折模型中的成骨细胞	骨生物学	骨折	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	多组转基因小鼠
204	2025-06-13	Quantitative molecular cartography of emergency myelopoiesis reveals conserved modules of hematopoietic activation 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656712 PMID:40501607	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，开发了一种通用的细胞注释方法和造血分化定量模型，揭示了不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的分子机制	开发了HemaScribe细胞注释方法和HemaScape造血分化定量模型，发现了多种在不同造血干细胞层级上增强骨髓生成的策略，并识别了一个跨多种炎症挑战的髓系前体细胞模块	NA	阐明不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的共享或独特分子机制	造血干细胞和前体细胞(HSPCs)	生物医学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	HemaScribe, HemaScape	基因表达数据	NA
205	2025-06-13	Single-Cell RNA Sequencing + TCR Sequencing Reveal the Proportion and Characteristics of Dual TCR T Cells in Tertiary Lymphoid Structures in Pemphigus 2025-May-24, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.05.008 PMID:40419016	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和TCR测序分析，揭示了天疱疮三级淋巴结构中双TCR T细胞的比例和特征	首次发现天疱疮三级淋巴结构中含有较高比例的双TCR T细胞，并鉴定出克隆扩增的双TCR CXCL13+CD4+ T细胞的独特富集	研究局限于天疱疮病理皮肤组织，未涉及其他自身免疫性疾病	探索天疱疮三级淋巴结构中淋巴细胞的起源、特征及其在发病机制中的作用	天疱疮患者、慢性特发性红皮病患者和健康对照者的皮肤组织	digital pathology	pemphigus	single-cell RNA-sequencing, TCR-sequencing	NA	RNA-seq data	天疱疮、慢性特发性红皮病和健康对照者的皮肤组织样本
206	2025-06-13	Single-cell profiling demonstrates the combined effect of wheeze phenotype and infant viral infection on airway epithelial development 2025-May-23, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr9995 PMID:40408478	research paper	研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了喘息表型和婴儿期病毒感染对2至3岁儿童鼻气道上皮细胞发育的联合影响	首次结合喘息表型和婴儿期RSV感染，通过单细胞RNA测序揭示气道上皮细胞的发育异常和免疫反应变化	研究样本仅限于2至3岁儿童，且仅关注鼻气道上皮细胞，可能无法完全代表下呼吸道情况	阐明哮喘患者气道上皮发育异常的机制	2至3岁儿童的鼻气道上皮细胞	digital pathology	asthma	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	来自预先设计的嵌套出生队列的四组互斥儿童（喘息/非喘息且婴儿期RSV感染/未感染）
207	2025-06-13	SCIG: Machine learning uncovers cell identity genes in single cells by genetic sequence codes 2025-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf431 PMID:40433981	research paper	介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因	SCIG方法通过独特的遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	未明确提及具体局限性	识别细胞身份基因以理解细胞分化、发育和疾病相关的细胞身份失调	单细胞中的细胞身份基因	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	NA	genetic sequence, gene expression	human endothelial cell atlas
208	2025-06-13	CellTypeAgent: Trustworthy cell type annotation with Large Language Models 2025-May-13, ArXiv PMID:40463689	research paper	介绍了一种名为CellTypeAgent的可信大语言模型代理，用于单细胞RNA测序分析中的细胞类型注释	结合大语言模型和相关数据库验证，提高了注释准确性并减少了幻觉现象	NA	提高单细胞RNA测序分析中细胞类型注释的效率和可靠性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	LLM（大语言模型）	RNA测序数据	9个真实数据集，涉及36个组织的303种细胞类型
209	2025-06-13	Randomized phase 2 trial of pembrolizumab alone or in combination with low dose chemotherapy for patients with non-small cell lung cancer and poor performance status 2025-May, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108513 PMID:40203764	研究论文	比较pembrolizumab单独使用或与低剂量化疗联合治疗非小细胞肺癌且体能状态较差患者的随机2期临床试验	首次在体能状态较差的非小细胞肺癌患者中比较pembrolizumab单独使用与联合低剂量化疗的疗效	样本量较小（43例患者），且仅20例患者可评估反应	评估pembrolizumab单独或联合低剂量化疗在体能状态较差的非小细胞肺癌患者中的疗效和安全性	非小细胞肺癌且体能状态较差（ECOG PS 2）的患者	临床肿瘤学	非小细胞肺癌	流式细胞术、单细胞测序	NA	临床数据、血液样本	43例患者（20例可评估反应）
210	2025-06-12	BPIFB1 is a prognostic biomarker and mediated collagen synthesis in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-May-30, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042671 PMID:40441200	research paper	该研究探讨了BPIFB1在特发性肺纤维化(IPF)中的表达及其与肺功能和预后的关系	首次发现BPIFB1在IPF中高表达，并证实其与肺功能下降和不良预后相关，揭示了BPIFB1可能通过调节肺成纤维细胞分化和胶原蛋白合成参与IPF发病机制	血液中BPIFB1表达水平在对照组和IPF患者中无显著差异，限制了其作为血液生物标志物的应用	探究BPIFB1在特发性肺纤维化中的分子作用及其临床意义	特发性肺纤维化患者和对照组的基因表达数据	digital pathology	lung cancer	单细胞RNA测序、转录组分析、生物信息学分析	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用了Gene Expression Omnibus数据库中的数据和临床样本
211	2025-06-12	scRNA-seq reveals an immune microenvironment and JUN-mediated NK cell exhaustion in relapsed T-ALL 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102098 PMID:40306275	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了复发T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）中的免疫微环境及JUN介导的NK细胞耗竭	首次通过单细胞转录组分析详细描述了T-ALL患者的骨髓免疫微环境，并发现JUN在NK细胞耗竭和T-ALL增殖中的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，临床样本数量有限，需进一步验证	探究T-ALL复发的免疫微环境机制及潜在治疗靶点	T-ALL患者的骨髓免疫微环境及NK细胞	数字病理学	白血病	scRNA-seq	CDX, PDX, NOTCH1突变小鼠模型	单细胞转录组数据	T-ALL患者样本及多种模型（未明确具体数量）
212	2025-06-12	Low T cell diversity associates with poor outcome in bladder cancer: A comprehensive longitudinal analysis of the T cell receptor repertoire 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102101 PMID:40315845	研究论文	本研究探讨了膀胱癌患者T细胞受体（TCR）多样性的临床意义及其与预后的关系	首次全面纵向分析了膀胱癌患者TCR多样性，揭示了低TCR多样性与不良预后的关联，并发现TCR多样性可作为潜在的生物标志物	研究样本量未明确说明，且仅针对膀胱癌患者，结果可能不适用于其他癌症类型	评估TCR多样性在膀胱癌患者中的临床意义及其作为预后生物标志物的潜力	膀胱癌患者的T细胞受体（TCR）多样性	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞测序	NA	测序数据	NA
213	2025-06-12	Targeting mitochondrial complex I of CD177+ neutrophils alleviates lung ischemia-reperfusion injury 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102140 PMID:40398393	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学研究了肺缺血再灌注损伤模型中的中性粒细胞亚型，发现CD177+中性粒细胞是导致肺损伤的关键亚群，并可作为预测严重原发性移植物功能障碍的早期生物标志物	首次识别CD177+中性粒细胞作为肺缺血再灌注损伤中的关键炎症驱动亚群，并证明靶向线粒体复合物I可减轻其活化和肺损伤	研究主要基于小鼠和大鼠模型，人类临床应用的转化效果需要进一步验证	探究中性粒细胞亚群在肺缺血再灌注损伤中的作用机制并寻找治疗靶点	CD177+中性粒细胞在肺缺血再灌注损伤中的作用	NA	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	小鼠IRI模型和大鼠左肺移植模型
214	2025-06-12	Simvastatin inhibits proliferation and migration, promotes oxidative stress and ferroptosis in colon cancer 2025-May-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i5.104522 PMID:40487942	研究论文	本研究探讨了辛伐他汀对结肠癌细胞功能的影响及其潜在机制	发现辛伐他汀通过下调SERPINE1和激活cGMP/PKG通路抑制结肠癌细胞增殖和迁移，并提出了一种新的治疗策略	研究仅基于体外实验，未进行体内验证	研究辛伐他汀对结肠癌细胞功能的影响及其潜在机制	结肠癌细胞系NCM460、HCT-116和SW620	癌症研究	结肠癌	细胞计数试剂盒-8、集落形成实验、Transwell实验、流式细胞术、实时聚合酶链反应、Western blotting	NA	细胞实验数据	三种结肠癌细胞系
215	2025-06-12	Exploring the potential function of high expression of ANAPC1 in regulating ubiquitination in hepatocellular carcinoma 2025-May-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i5.103594 PMID:40487972	research paper	本研究探讨了ANAPC1在肝细胞癌（HCC）中通过泛素化相关通路调控细胞周期和代谢水平的潜在功能	首次全面研究了ANAPC1在HCC中的表达及其通过泛素化相关机制调控疾病进展的作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	阐明ANAPC1在HCC中的表达及其与泛素化相关的潜在调控机制	肝细胞癌（HCC）	肿瘤生物学	肝细胞癌	RNA测序、微阵列、免疫组化（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR分析	NA	RNA测序数据、微阵列数据、免疫组化组织样本、单细胞RNA测序数据	包括批量RNA样本、IHC组织样本和恶性肝细胞样本，具体数量未明确说明
216	2025-06-12	Expression of Immune-Related Genes and Possible Regulatory Mechanisms in Chronic Antibody-Mediated Rejection after Kidney Transplantation 2025-May, Archivos espanoles de urologia IF:0.6Q4 DOI:10.56434/j.arch.esp.urol.20257804.66 PMID:40495508	研究论文	本研究通过分析慢性抗体介导排斥反应（cABMR）患者的外周血单核细胞（PBMCs）的单细胞RNA测序数据，探讨了免疫相关基因（IRGs）的表达模式及其潜在调控机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了cABMR患者PBMCs中免疫相关基因的表达模式，并鉴定了与这些基因表达相关的关键转录因子（STAT1、IRF1和FOS）	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证，且样本来源仅限于PBMCs和肾脏组织	阐明cABMR患者中免疫相关基因的表达模式及其调控机制	慢性抗体介导排斥反应（cABMR）患者的外周血单核细胞（PBMCs）和肾脏组织	生物信息学	肾脏移植排斥反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
217	2025-06-11	Single-cell and spatial transcriptomics reveals an anti-tumor neutrophil subgroup in microwave thermochemotherapy-treated lip cancer 2025-05-13, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00366-8 PMID:40360503	研究论文	通过单细胞转录组学和空间转录组学揭示了微波热化疗治疗唇癌中具有抗肿瘤活性的中性粒细胞亚群	发现微波热化疗（MTC）能促进具有抗肿瘤活性的MNDA TANs（N1表型）浸润，并揭示了这些TANs通过IL1B-IL1R激活T&NK细胞和成纤维细胞的机制	需要进一步验证MX2作为N1-TANs标记物在临床中的实用性	探究微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌的分子机制	唇鳞状细胞癌（LSCC）患者样本	数字病理学	唇癌	scRNA-seq, ST, 深度学习	深度学习	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, H&E染色图像	NA
218	2025-06-10	Longitudinal scRNA-seq of retinal organoids derived from Stargardt disease patient with ABCA4 mutation 2025-May-27, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05079-5 PMID:40425564	研究论文	本研究通过从携带ABCA4基因突变的Stargardt病患者诱导多能干细胞(iPSCs)生成视网膜类器官，并进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)，以研究Stargardt病的发病机制	使用患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，并进行纵向scRNA-seq分析，为研究Stargardt病提供了新的模型和数据集	研究仅针对中国STGD患者中最常见的ABCA4变异，可能无法涵盖所有突变类型	研究Stargardt病(ABCA4基因突变相关)的发病机制和视网膜发育过程	从患者iPSCs生成的视网膜类器官	遗传病研究	Stargardt病(遗传性视网膜变性)	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 诱导多能干细胞(iPSCs)技术	视网膜类器官模型	单细胞转录组数据	多个发育阶段(40, 90, 150, 200和260天)的视网膜类器官样本
219	2025-06-10	Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.653860 PMID:40463072	研究论文	本文研究了选择性抑制GSK3α如何通过BRD0705促进不同类型干细胞（包括小鼠胚胎干细胞、外胚层干细胞和神经干细胞）的长期自我更新	发现选择性抑制GSK3α（而非泛GSK3α/β抑制）能独立于β-catenin信号通路促进干细胞的自我更新，并开发了一种BRD0705/IWR1混合培养系统，可稳定共培养多种多能干细胞状态	研究主要基于小鼠干细胞模型，尚未在人类干细胞中验证	探索GSK3α选择性抑制对干细胞自我更新的调控机制	小鼠胚胎干细胞（ESCs）、外胚层干细胞（EpiSCs）和神经干细胞（NSCs）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组学、表观基因组分析、功能实验	NA	转录组数据、表观基因组数据	多种小鼠干细胞系
220	2025-06-10	Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842 PMID:40187353	research paper	通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	发现了基于扩增的CD8克隆的响应特征，能够区分响应者与非响应者，并揭示了克隆转录状态与患者响应之间的差异	研究仅涉及6种癌症类型，样本量虽大但可能不足以覆盖所有癌症类型的T细胞克隆动态	探究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	767,606个T细胞，来自460个样本，涵盖6种癌症类型	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing, T cell receptor sequencing	NA	RNA-seq data	767,606个T细胞，460个样本，6种癌症类型