单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-06-10	Identification of maize genes that condition early systemic infection of sugarcane mosaic virus through single-cell transcriptomics 2025-May-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101297 PMID:40045576	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究甘蔗花叶病毒（SCMV）早期系统性感染玉米时，病毒积累与细胞内基因表达变化的共变模式	首次在单细胞水平上揭示了SCMV早期系统性感染玉米时的基因表达变化与病毒积累的关系，并鉴定了多个潜在的抗病毒或促病毒因子	研究仅关注早期系统性感染阶段（症状出现前），未涉及感染后期或症状表现阶段	探究植物病原体早期系统性感染过程中，病毒积累与宿主基因表达变化的关联	玉米叶片细胞与甘蔗花叶病毒（SCMV）	植物病理学	植物病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	SCMV感染的玉米叶片细胞（具体数量未提及）
182	2025-06-10	An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707 PMID:40245497	research paper	该研究揭示了HCK作为非传统T细胞轴顶端调节因子在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并探讨了其通过IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理机制	发现了HCK作为COPD候选基因的新机制，即通过调节非传统T细胞轴（Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关不变T细胞）驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理过程	研究主要基于基因靶向小鼠模型，人类COPD患者中的直接证据尚待进一步验证	探究HCK在COPD发病机制中的具体作用及其调控通路	基因靶向小鼠（HckF/F突变体）及其骨髓嵌合体	呼吸病学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	基因靶向技术、骨髓嵌合体构建、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序	基因修饰小鼠模型	组织病理学数据、流式细胞数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本量，使用基因靶向小鼠模型进行研究
183	2025-06-10	The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70347 PMID:40462502	研究论文	研究OTUD3通过去泛素化PLK1在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用	首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡，在脑缺血/再灌注损伤中发挥神经保护作用	NA	探讨OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制	小鼠神经元及脑组织	神经科学	脑缺血	共免疫沉淀-质谱分析、单细胞测序、体外实验	氧糖剥夺模型(OGD/R)	实验数据	小鼠神经元及脑组织
184	2025-06-09	Case report: single-cell transcriptome sequencing reveals the clonal origin of mature plasmacytoid dendritic cell proliferation in early T-cell precursor lymphoblastic leukemia 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06301-5 PMID:40085211	病例报告	通过单细胞转录组测序揭示早期T细胞前体淋巴细胞白血病中成熟浆细胞样树突状细胞增殖的克隆起源	首次报告了与淋巴恶性肿瘤相关的MPDCP病例，并利用单细胞RNA测序技术揭示了T-ALL原始细胞与pDCs之间的转录连续性	需要进一步研究以确认这些发现并探索其临床意义	探讨MPDCP在淋巴恶性肿瘤中的存在及其与淋巴细胞分化和发育的潜在联系	一名69岁男性患者，诊断为早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病伴MPDCP	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1例患者
185	2025-06-09	Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06321-1 PMID:40186663	research paper	本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇，并构建了一个风险预后模型	开发了一个包含五个LMRGs的风险预后模型，揭示了高风险患者的不良预后与免疫微环境及治疗反应的关系，并通过单细胞RNA测序发现B细胞中高LMRG风险评分可能通过MIF-CD74/CXCR4通路促进免疫抑制	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索LMRGs与DLBCL预后及免疫微环境的关系，构建风险预后模型	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	digital pathology	lymphoma	Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序	风险预后模型	基因表达数据	来自GSE10846和GSE87371数据集的样本
186	2025-06-09	Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907 PMID:40300424	研究论文	本研究通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了缺血性心肌病(ICM)中巨噬细胞自噬相关的新型诊断生物标志物	首次整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析ICM中巨噬细胞自噬相关生物标志物，鉴定出6个具有诊断意义的hub基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于大鼠模型	探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的生物标志物及其相关通路	缺血性心肌病患者和大鼠模型的基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR	WGCNA, PPI网络分析	基因表达数据	两个公共数据集(GSE46224和GSE116250)和大鼠模型
187	2025-06-09	Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904 PMID:40305898	研究论文	该研究通过单细胞RNA和TCR库分析，识别了病毒特异性T细胞的标记物	发现了7个上调基因作为增殖抗原特异性T细胞的标记物，并验证了其在早期分离病毒抗原反应性T细胞中的准确性	研究样本来自健康供体，未在患者群体中验证标记物的适用性	识别用于抗原特异性T细胞鉴定的生物标记物，以改进过继性细胞疗法	健康供体的外周血单个核细胞和CD3/CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序、TCR库分析	NA	RNA测序数据、TCR序列数据	健康供体的外周血单个核细胞
188	2025-06-09	Interpretable Machine Learning reveals the Role of PANoptosis in the Diagnosis and Subtyping of NAFLD 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152909 PMID:40311345	研究论文	本研究通过整合多组数据集和可解释的机器学习方法，揭示了PANoptosis在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）诊断、分型和免疫微环境重塑中的关键作用	首次将PANoptosis（一种由细胞焦亡、凋亡和坏死性凋亡协同作用的过程）与NAFLD的诊断和分型联系起来，并构建了高准确度的诊断模型（AUC=0.976）	研究依赖于现有数据集，可能未涵盖所有NAFLD亚型的多样性	探索PANoptosis在NAFLD中的诊断价值和治疗潜力	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者	机器学习	非酒精性脂肪肝病	可解释机器学习、单细胞测序、分子对接	诊断模型	基因表达数据、单细胞数据	多个数据集整合（具体样本数未明确说明）
189	2025-06-09	M-band wavelet-based multi-view clustering of cells 2025-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013060 PMID:40408513	研究论文	本文提出了一种基于M-band小波的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据多视图聚类方法(WMC)，用于细胞类型、身份和功能状态的多视图聚类	该方法首次将M-band小波分析与UMAP相结合应用于scRNA-seq数据，能够以高分辨率发现稀有细胞类型	未提及方法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性	开发新的scRNA-seq数据分析方法以提高细胞类型鉴别的分辨率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	小波分析, UMAP	基因表达数据	一组单细胞测序数据集(未说明具体数量)
190	2025-06-08	Single-cell RNA-seq reveals the immune profile changes in patients with diarrhoeal-irritable bowel syndrome 2025-May-31, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167945 PMID:40456298	research paper	通过单细胞RNA测序揭示了腹泻型肠易激综合征患者的免疫特征变化	识别了T淋巴细胞中的新标记物，揭示了HIF-1α、NF-kappa B和IL-17信号通路的失调，并发现FOS信号通路作为潜在治疗靶点	样本量较小，仅包括4名患者和4名健康对照	研究T淋巴细胞在腹泻型肠易激综合征中的作用机制	腹泻型肠易激综合征患者和健康对照的血液样本，以及IBS-D大鼠模型的血清和结肠组织样本	生物信息学	肠易激综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ELISA, 三参数荧光分析	NA	RNA测序数据, 血清和组织样本数据	4名IBS-D患者和4名健康对照的血液样本，以及IBS-D大鼠模型的血清和结肠组织样本
191	2025-06-08	DRUG AND SINGLE-CELL GENE EXPRESSION INTEGRATION IDENTIFIES SENSITIVE AND RESISTANT GLIOBLASTOMA CELL POPULATIONS 2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.15.654044 PMID:40462892	研究论文	开发了一种名为ISOSCELES的新框架，用于量化细胞药物敏感性和耐药性景观，并识别出针对胶质母细胞瘤(GBM)细胞状态的有效治疗组合	提出了ISOSCELES框架，整合单细胞基因表达和L1000表达特征，预测不同GBM细胞状态对治疗的敏感性和耐药性	NA	识别胶质母细胞瘤(GBM)中敏感和耐药的细胞群体，以开发更有效的治疗方法	胶质母细胞瘤(GBM)肿瘤细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	ISOSCELES	基因表达数据	新诊断和复发的GBM肿瘤样本
192	2025-06-08	Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review 2025-05, United European gastroenterology journal IF:5.8Q1 DOI:10.1002/ueg2.12720 PMID:39656426	系统综述	本文系统综述了用于预测成人炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物治疗效果的多组学生物标志物	综合分析了多种组学方法（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学和代谢组学）在预测治疗效果中的应用，特别强调了多组学数据集整合模型的影响	研究基于PubMed文献，可能存在发表偏倚，且未涉及所有潜在生物标志物	推进精准医学领域，通过生物标志物预测炎症性肠病患者对不同治疗方案的响应	成人炎症性肠病患者	精准医学	炎症性肠病	多组学方法（基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学、代谢组学）	多组学整合模型	多组学数据	NA
193	2025-06-07	Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies 2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654974 PMID:40475448	研究论文	本文对商业单细胞RNA测序技术的实用性和性能进行了全面评估	对七种最新可用的单细胞转录组测序试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒进行了标准化比较，提供了性能与实用因素的平衡依据	研究仅基于PBMCs样本，可能不适用于其他细胞类型或组织	评估和比较不同商业单细胞RNA测序技术的性能和实用性	多种供体的标准化PBMCs样本	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个不同供体的标准化PBMCs样本
194	2025-06-07	Patient-Derived Three-Dimensional Lung Tumor Models to Evaluate Response to Immunotherapy 2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654890 PMID:40475675	research paper	开发了一种新型患者来源的三维肺肿瘤模型（3D-LTM），用于评估免疫检查点抑制剂（ICI）的快速反应	该模型保持了人类细胞外基质、细胞间相互作用和组织结构的特征，能够重现非小细胞肺癌（NSCLC）患者对免疫治疗的异质性反应	未明确提及具体局限性	评估免疫治疗反应并开发预测NSCLC患者早期反应的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics	3D-LTM	gene expression data	未明确提及具体样本数量
195	2025-06-07	Mapping satellite glial cell heterogeneity reveals distinct spatial organization and signifies functional diversity in the dorsal root ganglion 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654813 PMID:40475507	research paper	该研究首次全面描述了小鼠背根神经节（DRG）中卫星胶质细胞（SGCs）的异质性，并通过单细胞RNA测序、免疫组化和先进成像技术识别、验证并空间定位了不同的SGC亚群	首次在小鼠DRG中识别并空间定位了四种不同的SGC亚群，揭示了它们在感觉处理中的潜在功能多样性	研究主要基于小鼠模型，人类DRG的发现仅为初步观察，需要进一步验证	探索背根神经节中卫星胶质细胞的异质性及其功能意义	小鼠和人类背根神经节中的卫星胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序、免疫组化、杂交和先进成像技术	NA	基因表达数据和图像数据	NA
196	2025-06-07	Oncogenic drivers shape the tumor microenvironment in human gliomas 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654515 PMID:40475555	研究论文	本文通过多组学和空间转录组学分析，研究了人类胶质瘤中致癌驱动因素对肿瘤微环境的影响	揭示了致癌基因扩增方式（线性染色体增益与ecDNA）如何塑造不同的肿瘤结构和转录动态，以及IDH突变型胶质瘤与胶质母细胞瘤在微环境中的差异	样本量相对较小（93个胶质瘤样本），且仅针对特定类型的胶质瘤进行了分析	探讨基因组改变如何影响胶质瘤微环境	人类胶质瘤（IDH突变型胶质瘤和IDH野生型胶质母细胞瘤）	数字病理学	胶质瘤	全基因组测序、染色质构象捕获（Hi-C）、RNA-seq、单细胞空间转录组学（Xenium）	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	93个胶质瘤样本（来自69名患者，包括46个IDH突变型胶质瘤和47个IDH野生型胶质母细胞瘤）
197	2025-06-07	Tacrolimus prolongs corneal allograft survival and prevents dendritic cell infiltration in a myeloid-derived suppressor cell-dependent manner 2025-May-19, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2025.05.018 PMID:40398562	研究论文	研究他克莫司（FK506）通过诱导髓源性抑制细胞（MDSC）抑制早期树突状细胞（DC）激活，从而延长角膜移植物存活的细胞机制	揭示了FK506通过MDSC依赖性方式抑制DC激活和免疫细胞浸润，从而延长角膜移植物存活的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究FK506在角膜移植术后免疫抑制和移植物存活延长的细胞机制	小鼠角膜穿透性角膜移植模型	免疫学	角膜移植排斥	单细胞RNA测序分析、免疫荧光染色	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明小鼠数量
198	2025-06-06	Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq analyses with machine learning to predict platinum response and prognosis in ovarian cancer 2025-May-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99930-9 PMID:40450069	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，结合机器学习方法，预测卵巢癌患者对铂类药物的反应和预后	首次结合单细胞转录组数据和机器学习模型，构建了预测铂类药物反应的基因签名（GPPS），并在独立队列中验证了其预测性能	样本量相对有限，需要在更大规模的临床队列中进行验证	开发预测卵巢癌患者铂类药物反应和预后的生物标志物	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq	随机森林	基因表达数据	测试队列和独立验证队列GSE63885
199	2025-06-06	Shared roles of immune and stromal cells in the pathogenesis of human bronchiolitis obliterans syndrome 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176596 PMID:40232854	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了支气管闭塞综合征（BOS）患者肺组织中的细胞类型、基因和通路，揭示了免疫和基质细胞在疾病发病机制中的共同作用	首次发现CD8+组织驻留记忆T细胞（TRM）在两种BOS亚型中的扩增，并识别了与巨噬细胞趋化和增殖相关的基因通路在非免疫细胞群体中的表达	样本量较小（4例CLAD-BOS患者，3例cGVHD-BOS患者和3例对照）	阐明支气管闭塞综合征的发病机制	支气管闭塞综合征患者的肺组织	生物医学	肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	10例（4例CLAD-BOS，3例cGVHD-BOS，3例对照）
200	2025-06-06	Csf1r⁻ macrophages govern the second wave of neutrophils for bone repair 2025-May-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6695752/v1 PMID:40470192	研究论文	本文发现了一类独特的骨导向巨噬细胞（OdMacs），它们在骨损伤后促进骨再生微环境的形成	首次鉴定出具有特定表达谱的OdMacs，并揭示了它们通过招募表达激活素A的前中性粒细胞促进骨再生的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究巨噬细胞在骨再生中的作用机制	骨导向巨噬细胞（OdMacs）、前中性粒细胞（preNeu）和骨髓基质细胞（BMSCs）	再生医学	骨损伤	RNA-seq、scRNA-seq、FACS分析	小鼠基因敲除模型（Axin2-Cre; tdTomato, Inhba, Wls条件性敲除小鼠）	转录组数据、流式细胞数据	未明确说明样本数量，但使用了多种基因工程小鼠模型