单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 926 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-07-15 |
Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis
2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652535
PMID:40654739
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PDI-TCR的新方法，用于识别抗原特异性T细胞受体（TCR），并应用于结核病（TB）患者和健康个体的研究 | 开发了PDI-TCR方法，结合细胞扩增、TCR测序和统计分析，能够区分抗原特异性TCR与非特异性旁观者激活的TCR | 未提及具体样本量限制或技术局限性 | 识别和监测抗原特异性T细胞，研究结核病中CD4 T细胞的动态和表型 | 结核病患者和结核分枝杆菌（Mtb）致敏的健康个体的T细胞 | 免疫学 | 结核病 | PDI-TCR检测、单细胞RNA测序 | NA | TCR序列数据、单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 2 | 2025-07-15 |
High-resolution comparative single-cell transcriptomics of doublesex -expressing neurons reveals evolutionary conservation and diversity of sexual circuits in Drosophila
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652433
PMID:40654601
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学比较分析了表达doublesex基因的神经元在不同果蝇物种中的进化保守性和多样性 | 首次系统比较了不同果蝇物种中表达性别决定基因的神经元细胞类型的转录组特征，揭示了性电路在进化过程中的保守性和多样性 | 研究仅关注了doublesex表达神经元，可能忽略了其他参与性行为的神经元类型 | 理解神经回路在进化过程中细胞和分子组成的变化如何导致行为进化 | 四种具有不同性行为的果蝇物种中表达doublesex基因的神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 四种果蝇物种的雄性个体，以及其中一种物种的雌性个体 |
| 3 | 2025-07-15 |
Guiding clustering and annotation in single-cell RNA sequencing using the average overlap metric
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652497
PMID:40654835
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研究论文 | 本文提出了一种使用平均重叠度量来比较单细胞RNA测序中差异表达基因排名的方法，以指导细胞聚类和注释 | 提出平均重叠度量来比较差异表达基因的排名，从而更精确地识别细胞身份 | 方法在高度相似的T细胞群体中进行了验证，但在其他细胞类型中的适用性尚未广泛测试 | 改进单细胞RNA测序中的细胞聚类和注释方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括已知的T细胞群体数据集和未分类的小鼠胸腺细胞数据 |
| 4 | 2025-07-15 |
Characterization of hyperoxia-induced senescent lung macrophages in neonatal mice
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.652066
PMID:40654880
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研究论文 | 本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据集，表征了新生小鼠在超氧条件下诱导的衰老肺巨噬细胞的基因表达谱 | 首次详细描述了超氧诱导的衰老肺巨噬细胞的异质性、组织区室和代谢失调特征 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究支气管肺发育不良(BPD)发病机制中衰老肺巨噬细胞的特征 | 新生小鼠的肺巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 来自GSE207866数据集的单细胞RNA测序数据（具体样本数量未明确说明） |
| 5 | 2025-07-15 |
Integrated single cell spatial multi-omics landscape of WHO grades 2-4 diffuse gliomas identifies locoregional metabolomic regulators of glioma growth
2025-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651361
PMID:40654923
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞空间多组学数据，揭示了WHO 2-4级弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢调控因子及其与肿瘤生长的关系 | 首次整合空间转录组学、成像质谱细胞术和质谱成像技术，揭示了胶质瘤边缘与核心区域的代谢差异及其与细胞状态的关系 | 样本量相对有限，且仅针对特定WHO分级的胶质瘤进行研究 | 探索弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢依赖性及其与肿瘤恶性行为的关系 | WHO 2-4级弥漫性浸润性胶质瘤患者肿瘤组织的核心和边缘区域 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 空间转录组学(stRNAseq)、成像质谱细胞术(IMC)、质谱成像(MSI) | NA | 空间转录组数据、代谢组数据、蛋白质组数据 | WHO 2-4级弥漫性胶质瘤患者(包括IDH突变型少突胶质细胞瘤和IDH野生型星形细胞瘤) |
| 6 | 2025-07-15 |
A computational framework for mapping isoform landscape and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651907
PMID:40654841
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research paper | 提出一个名为SPLISOSM的计算框架，用于从空间转录组数据中检测异构体分辨率模式 | SPLISOSM利用多元测试考虑点和异构体水平的依赖性，在稀疏数据上表现出稳健且理论基础的性能 | 未明确提及具体限制 | 研究转录多样性的空间协调及其调控机制 | 小鼠大脑和人类前额叶皮层及胶质母细胞瘤 | computational biology | neuropsychiatric disorders, glioblastoma | spatial transcriptomics | multivariate statistical modeling | spatial transcriptomics data | 小鼠大脑和人类前额叶皮层及胶质母细胞瘤样本 |
| 7 | 2025-07-15 |
EnrichSci: Transcript-guided Targeted Cell Enrichment for Scalable Single-Cell RNA Sequencing
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651937
PMID:40654882
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研究论文 | 开发了EnrichSci平台，用于通过转录引导的靶向细胞富集进行可扩展的单细胞RNA测序 | 结合杂交链式反应RNA FISH与组合索引技术，实现无微流体的靶向细胞类型单核转录组分析 | 未提及具体的技术限制或应用范围的局限性 | 解码复杂组织中多种细胞类型的动态调控景观 | 衰老小鼠脑中的少突胶质细胞 | 单细胞RNA测序 | 衰老相关疾病 | 杂交链式反应RNA FISH与组合索引 | NA | 单核转录组数据 | 未提及具体样本数量 |
| 8 | 2025-07-15 |
Decoding sexual dimorphism of the sex-shared nervous system at single-neuron resolution
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.27.630541
PMID:40654890
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，探索了成年雄性和雌雄同体个体中共享神经元的转录组，揭示了神经系统在单神经元水平上的广泛分子二态性 | 首次在单神经元分辨率下揭示了性别共享神经系统的分子二态性，特别是在触觉受体等先前未被识别的神经元类型中，以及神经肽和信号相关基因的性别偏向表达 | 研究主要关注转录组层面的差异，未深入探讨这些分子差异如何具体影响行为表型 | 理解遗传性别如何塑造神经系统在单神经元水平的分子结构，以及这些差异如何导致性别特异性行为 | 成年雄性和雌雄同体个体的性别共享神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年雄性和雌雄同体个体的神经元 |
| 9 | 2025-07-15 |
INLAomics for Scalable and Interpretable Spatial Multiomic Data Integration
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651831
PMID:40654897
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研究论文 | 开发了一种名为INLAomics的多变量层次贝叶斯框架，用于整合空间转录组学和基于抗体的蛋白质组学数据 | INLAomics通过利用组织学特征和从空间转录组数据推断的潜在空间因素，克服了现有方法忽视空间背景、可解释性差和可扩展性挑战的问题 | 未明确提及具体局限性 | 解决空间多组学数据整合中的可扩展性和可解释性问题 | 空间转录组学和抗体蛋白质组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学、抗体蛋白质组学 | 多变量层次贝叶斯框架 | 空间多组学数据 | 多样本数据集（未明确数量） |
| 10 | 2025-07-15 |
Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.04.652093
PMID:40654944
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研究论文 | 本研究通过时空分析揭示了热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响 | 结合单细胞核基因组学和空间转录组学平台，首次在区域和细胞类型特异性分辨率上阐明热量限制的抗衰老机制 | 研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证 | 探究热量限制延缓大脑衰老的分子和细胞机制 | 小鼠大脑 | 基因组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞核基因组学、空间转录组学 | NA | 基因组数据、空间转录组数据 | 36个小鼠大脑的超过500,000个细胞，以及12个老年小鼠脑切片 |
| 11 | 2025-07-15 |
A human and mouse subpopulation of senescent β-cells induces pathologic dysfunction through targetable paracrine signaling
2025-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.07.648438
PMID:40654723
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research paper | 该研究揭示了人和小鼠衰老β细胞亚群通过可靶向的旁分泌信号诱导病理功能障碍的机制 | 通过单细胞RNA测序等技术鉴定了表达特定基因的衰老β细胞亚群，并揭示了其独特的转录和功能特征 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类胰岛样本，需要在更广泛的人群中验证 | 探究衰老β细胞的表型和功能异质性，以开发有效的糖尿病治疗策略 | 人和小鼠的胰腺β细胞 | 细胞生物学 | 糖尿病 | scRNA-seq, 流式细胞术, 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 高脂饮食喂养的小鼠和来自有无2型糖尿病供体的人类胰岛 |
| 12 | 2025-07-15 |
CRISPRi perturbation screens and eQTLs provide complementary and distinct insights into GWAS target genes
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.05.651929
PMID:40654604
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研究论文 | 本文通过系统比较CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别与血细胞性状相关的基因调控方面的结果，揭示了这两种方法的互补性和独特性 | 首次系统比较了CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别非编码变异影响基因方面的效果，揭示了它们在基因调控研究中的互补性 | 研究主要关注血细胞性状相关的基因组区域，结果可能不适用于其他性状或疾病 | 比较CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别非编码变异影响基因方面的效果 | 与血细胞性状相关的数百个基因组区域 | 基因组学 | NA | CRISPRi扰动筛选，单细胞转录组测序，eQTL分析 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 数百个与血细胞性状相关的基因组区域 |
| 13 | 2025-07-15 |
Antiviral CD4 + T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651528
PMID:40654992
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研究论文 | 研究探讨了老年人对流感疫苗的B细胞、CD4 T细胞和髓系细胞反应的差异 | 揭示了老年人中髓系细胞转录编程改变导致抗病毒T细胞反应减弱的机制 | 研究主要基于体外和离体实验，未涉及体内免疫反应的全貌 | 评估老年人对流感疫苗的免疫反应，特别是B细胞、CD4 T细胞和髓系细胞的反应 | 老年人和年轻人的免疫细胞反应 | 免疫学 | 流感 | 单细胞转录组学 | NA | 人类样本数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及老年人和年轻人的比较 |
| 14 | 2025-07-15 |
Cross-species analysis of experimental PH at single cell resolution reveals prominent contributions Ednrb + EC and Dhcr24 + macrophage populations
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651587
PMID:40655025
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研究论文 | 本研究通过单细胞分辨率分析实验性肺动脉高压（PH）的跨物种关系，揭示了Ednrb+内皮细胞和Dhcr24+巨噬细胞亚群的重要贡献 | 发现了一种新型Dhcr24高表达巨噬细胞亚群，以及Ednrb+和Nox2+内皮细胞亚群，这些亚群在多种PH模型中一致增加，并可能通过特定信号通路参与人类疾病 | 研究主要基于动物模型和有限的人类数据，可能需要进一步验证这些发现在更广泛的人类PH患者中的普遍性 | 阐明实验性PH动物模型与人类疾病在单细胞水平上的关系 | 小鼠、大鼠的PH模型以及人类特发性肺动脉高压（IPAH）患者 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多种PH模型动物（缺氧或Sugen/缺氧处理的小鼠、野百合碱处理的大鼠）及对照组的肺组织样本，整合了人类肺细胞图谱（HLCA）和IPAH单细胞数据集 |
| 15 | 2025-07-15 |
scRegulate: Single-Cell Regulatory-Embedded Variational Inference of Transcription Factor Activity from Gene Expression
2025-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.17.649372
PMID:40654959
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research paper | 开发了一个名为scRegulate的生成深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性 | 结合了基因调控网络先验知识和变分推断，能够捕获新颖、动态和上下文特定的调控相互作用 | 依赖于基因调控网络的先验知识，可能无法完全捕捉未知的调控关系 | 从单细胞RNA测序数据中准确推断转录因子活性和基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据和基因调控网络 | computational biology | NA | scRNA-seq | variational inference | gene expression data | 多个公共实验和合成数据集，包括PBMC scRNA-seq数据 |
| 16 | 2025-07-15 |
Quantification of single cell-type-specific alternative transcript initiation
2025-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.29.651292
PMID:40654755
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研究论文 | 开发了一种新的生物信息学方法TSRdetectors，用于检测不同组织、细胞类型或疾病中基因转录起始区域（TSR）使用的显著变化 | TSRdetectors是一种专门设计用于检测基因TSR在不同条件下使用变化的新方法，能够处理单细胞RNA测序和批量RNA测序数据 | 未明确提及具体限制，但可能依赖于测序数据的质量和覆盖度 | 探索基因转录起始区域（TSR）在不同组织和细胞类型中的选择性激活机制 | 人类健康与糖尿病肾脏、小鼠B细胞分化、人类胚胎干细胞多能性转变 | 生物信息学 | 糖尿病 | scRNA-seq, bulk-RNA-seq, Smart-seq2 | NA | RNA测序数据 | 10X snRNA-seq数据集、Smart-seq2数据集、批量RNA-seq数据 |
| 17 | 2025-07-15 |
Neural signaling contributes to heart formation and growth in the invertebrate chordate, Ciona robusta
2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.28.651085
PMID:40654768
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研究论文 | 本文研究了神经肽tachykinin和经典Wnt信号在脊索动物模型中对心肌祖细胞增殖的调控作用 | 揭示了神经肽tachykinin与Wnt信号协同调控心肌祖细胞增殖的新机制，并发现心脏神经样细胞对远端心肌祖细胞的支配作用 | 研究仅基于Ciona robusta模型，在高等脊椎动物中的普适性有待验证 | 探究神经信号在心脏发育和稳态维持中的作用机制 | Ciona robusta的心肌祖细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, CRISPR-Cas9基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | 成年Ciona robusta心脏组织 |
| 18 | 2025-07-15 |
Overexpression of Meis factors in late-stage retinal progenitors yields complex effects on temporal patterning and neurogenesis
2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.01.651492
PMID:40654906
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research paper | 研究Meis1和Meis2转录因子在小鼠视网膜祖细胞晚期阶段对时间模式和神经发生的影响 | 揭示了Meis1和Meis2在晚期视网膜祖细胞中的不同作用，尽管它们不足以完全重编程这些细胞 | 未能完全重编程晚期祖细胞，且对早期出生细胞类型的诱导效果有限 | 探究Meis1和Meis2在晚期视网膜祖细胞中的作用及其对时间模式和神经发生的影响 | 小鼠视网膜祖细胞 | 发育生物学 | NA | 电穿孔和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 19 | 2025-07-15 |
Data standards for single-cell RNA-sequencing of paediatric cancer
2025-May, Clinical & translational immunology
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/cti2.70033
PMID:40416408
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研究论文 | 本文系统评估了公开可用的儿科癌症单细胞RNA测序数据集，提出了改进数据存储实践的建议框架 | 首次系统评估儿科癌症scRNA-seq数据的公开可用性，并提出标准化数据存储实践的建议框架 | 研究仅关注儿科癌症领域，未涉及其他疾病类型的scRNA-seq数据 | 提高公共存储库中scRNA-seq数据集的有效利用，加速儿科癌症研究 | 公开可用的儿科癌症scRNA-seq数据集 | 生物信息学 | 儿科癌症 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 488个临床样本，超过130万个细胞 |
| 20 | 2025-07-15 |
Single-cell transcriptomics reveals targeted modulation of inflammatory repertoire by SOCE blockers
2025-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.28.651042
PMID:40654653
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示了SOCE阻断剂对炎症反应的靶向调节作用 | 首次使用多路单细胞RNA测序技术研究SOCE阻断剂对不同免疫细胞类型的作用机制 | 研究仅针对体外刺激的正常人外周血单个核细胞，未涉及体内模型或患者样本 | 探究SOCE阻断剂对免疫细胞功能的差异化影响 | 正常人外周血单个核细胞(PBMCs) | 免疫学 | 免疫介导性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 正常人外周血单个核细胞样本 |