单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-18	WFDC3 identified as a prognostic and immune biomarker in pancreatic cancer 2025-May-08, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2025.12444 PMID:40350979	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了WFDC3在胰腺癌中的促癌作用及其作为预后和免疫生物标志物的潜力	首次系统评估WFDC家族在胰腺癌中的作用，并明确WFDC3通过诱导上皮-间质转化和抑制T细胞毒性促进肿瘤转移和免疫逃逸	NA	探究WFDC家族特别是WFDC3在胰腺癌发生发展中的具体作用和机制	胰腺癌（PAAD）组织和细胞	生物信息学	胰腺癌	RNA测序（bulk和single-cell）、功能富集分析、免疫浸润评估、CCK-8、EdU、transwell、免疫荧光、流式细胞术、LDH释放测定、Western blot、qRT-PCR、LASSO回归	LASSO回归模型	RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的多个数据集
2	2025-09-15	Single-cell dynamics of breakthrough toxicities after anakinra prophylaxis for axicabtagene ciloleucel in lymphoma 2025-May-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015161 PMID:39928957	研究论文	本研究探讨了使用anakinra预防CAR-T细胞疗法相关毒性的效果，并通过单细胞RNA测序分析了突破性毒性的分子机制	首次结合单细胞RNA测序分析anakinra预防下突破性毒性的免疫信号机制，并发现IFN-γ通路的关键作用	每日一次anakinra预防对大多数患者不足以避免需要住院治疗的毒性	评估anakinra预防CAR-T疗法毒性的效果并探索相关分子机制	接受axicabtagene ciloleucel治疗的大细胞淋巴瘤患者	肿瘤免疫治疗	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	临床试验患者群体（具体数量未明确说明）
3	2025-09-15	Characterization of hyperoxia-induced senescent lung macrophages in neonatal mice 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.652066 PMID:40654880	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析新生小鼠高氧诱导的衰老肺巨噬细胞特征	首次系统表征高氧诱导的衰老肺巨噬细胞异质性，揭示其代谢重编程（向糖酵解和磷酸戊糖途径转换）及功能特征	基于小鼠模型数据，未直接验证人类样本中的相关性；样本时间点有限（仅pnd7）	探究高氧暴露下新生小鼠肺衰老巨噬细胞的分子特征和功能属性	新生小鼠肺组织细胞（特别是巨噬细胞）	生物医学研究	支气管肺发育不良	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据	小鼠单细胞RNA测序数据集（GSE207866），包含高氧组（SD7, O2D7）和空气对照组（AirD7）
4	2025-09-15	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.04.652093 PMID:40654944	研究论文	通过时空分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响机制	整合单细胞核基因组学和空间转录组学技术，首次在区域特异性和细胞类型特异性分辨率下解析热量限制的抗衰老分子机制	研究仅基于小鼠模型，人类大脑的响应机制可能存在差异	阐明热量限制延缓大脑衰老的精确分子和细胞机制	小鼠大脑组织	基因组学	神经退行性疾病	单细胞核基因组学、空间转录组学	NA	基因组数据、空间转录组数据	36个小鼠大脑的超过50万个细胞，以及12个老年小鼠脑切片
5	2025-09-15	Antiviral CD4 + T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults 2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.30.651528 PMID:40654992	研究论文	本研究探讨老年人对流感疫苗的免疫反应减弱现象，重点关注CD4+ T细胞和髓系细胞反应	通过单细胞转录组学揭示老年人髓系细胞干扰素转录特征减弱，首次明确髓系细胞编程改变导致抗病毒T细胞反应降低	研究主要基于体外和离体实验，可能需要更多体内验证	评估老年人对流感疫苗的B细胞、CD4+ T细胞和髓系细胞免疫反应差异	老年人和年轻成年人的免疫细胞	免疫学	老年性疾病	单细胞转录组学，体外和离体检测	NA	人类样本数据，转录组数据	涉及老年人和年轻成年人的多个人类样本
6	2025-09-15	Pan-cancer landscape of basement membrane: multi-omics research and single-cell sequencing validation 2025 May-Jun, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2025.2539645 PMID:40799172	研究论文	通过多组学分析和单细胞测序验证，研究基底膜在泛癌中的调控基因表达、突变特征及其与肿瘤免疫的关系	首次在泛癌层面系统分析基底膜调控基因的异质性，并揭示其与免疫检查点表达和免疫功能障碍的关联	研究主要依赖TCGA数据库的批量转录组数据，需进一步实验验证功能性机制	探究基底膜在癌症进展和转移中的作用，及其与肿瘤免疫微环境的相互作用	33种癌症类型的基因表达数据和肿瘤样本	生物信息学	泛癌研究	单细胞转录组测序、免疫组化、单样本基因集富集分析(ssGSEA)、拷贝数变异分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、拷贝数变异数据	来自TCGA数据库的33种癌症类型的大规模样本集合
7	2025-09-14	A novel frameshift mutation in Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 1 (PIK3R1) causes immunodeficiency and Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655625 PMID:40568112	研究论文	本文报道了一种PIK3R1基因的新型移码突变导致免疫缺陷和肌萎缩侧索硬化（ALS）的机制研究	首次发现PIK3R1 c.1710dup突变通过单倍剂量不足引起AKT激活、神经元电功能紊乱和凋亡增加	NA	探究PIK3R1基因突变在神经系统疾病中的致病机制	携带PIK3R1 c.1710dup突变的免疫缺陷合并ALS患者	分子病理学	肌萎缩侧索硬化	iPSC技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、脑类器官培养	NA	基因测序数据、RNA表达数据、细胞功能数据	1例患者及其诱导多能干细胞衍生模型
8	2025-09-14	Alternatively activated monocyte-derived myeloid cells promote extracellular pathogen persistence within pulmonary fungal granulomas 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655817 PMID:40568097	研究论文	本研究通过空间转录组学和流式细胞术揭示了CD4 T辅助2细胞通过替代性激活单核来源髓系细胞抑制肺部真菌清除的机制	发现替代性激活髓系细胞并非真菌的固有复制场所，且真菌主要存在于细胞外环境，提出了T辅助2细胞-髓系回路驱动细胞外真菌持续存在的新机制	NA	探究潜伏性真菌感染中无法产生灭菌免疫的机制	隐球菌肉芽肿的免疫动态和细胞结构	免疫学	肺部真菌感染	空间转录组学, 流式细胞术, 命运图谱, 小鼠遗传工具	NA	空间转录组数据, 流式细胞数据	NA
9	2025-09-14	Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112498 PMID:40475851	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的发育轨迹和重编程机制，及其对免疫治疗响应的影响	发现巨噬细胞从免疫刺激（M1样）向免疫抑制（M2样）状态转变的动态轨迹，并证明特定基因失活可阻断该过程，增强免疫治疗效果	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需进一步验证临床适用性	探究肿瘤微环境中巨噬细胞的发育轨迹及其在免疫治疗中的作用机制	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序），假时间分析	NA	RNA测序数据	小鼠癌症模型和人类癌症患者样本（具体数量未明确说明）
10	2025-09-13	Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005 PMID:39945785	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了正常造血系统的参考层次结构，并开发了HematoMap工具用于解析白血病异质性和谱系异常	开发了基于余弦距离算法的似然评分系统，能够将白血病细胞精确映射到正常造血层次，并创建了用户友好的R包工具	研究主要基于25名健康供体的数据，样本规模相对有限，且仅针对AML和BCP-ALL两种白血病类型	精确绘制白血病细胞到已知造血层次的映射，以理解疾病起源和发展机制	急性髓系白血病(AML)和B细胞前体急性淋巴细胞白血病(BCP-ALL)患者样本	生物信息学	白血病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, LASSO回归模型	余弦距离算法, LASSO评分模型	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	25名健康供体的100,000+个骨髓单核细胞
11	2025-09-13	Orchestration of Skin Pathology in Cutaneous Lupus Erythematosus by HLA Class I Down-Regulated Senescent Epidermal Basal Cells 2025-May-19, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43244 PMID:40386939	研究论文	本研究探讨衰老表皮基底细胞在皮肤红斑狼疮发病机制中的作用，揭示其通过HLA I类分子下调逃避免疫监视并促进CD8+ T细胞介导的毒性	发现衰老表皮基底细胞通过EGFR信号下调HLA I类分子表达，形成免疫逃逸和微环境异质性，驱动CD8+ T细胞针对正常细胞的攻击	样本量较小（人类样本n=68病例+4对照，单细胞数据n=7病例+14对照），小鼠模型与人类疾病存在差异	阐明皮肤红斑狼疮（CLE）的病理机制并探索治疗策略	人类CLE患者皮肤样本、系统性红斑狼疮（SLE）小鼠模型、体外培养细胞	皮肤病学与免疫学	皮肤红斑狼疮/系统性红斑狼疮	基因芯片、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外实验、药物干预（非瑟酮）	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据、实验观测数据	人类样本：68例CLE+4对照（芯片），7例CLE+14对照（scRNA-seq），17例SLE（AMP数据库）；小鼠模型未明确数量
12	2025-09-13	scDILT: A Model-Based and Constrained Deep Learning Framework for Single-Cell Data Integration, Label Transferring, and Clustering 2025 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3553068 PMID:40811359	研究论文	提出一种基于条件自编码器和深度嵌入聚类的工具scDILT，用于单细胞数据整合、标签转移和聚类分析	首次结合条件自编码器与深度嵌入聚类，通过同质和异质约束同时实现批次效应消除和参考数据集聚类结构保持	NA	开发能够同时实现单细胞数据整合、标签转移和聚类的计算工具	单细胞RNA测序数据和多组学单细胞数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 多组学测序	条件自编码器, 深度嵌入聚类	基因表达数据	模拟数据集和真实数据集（具体数量未说明）
13	2025-09-12	An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression 2025-05-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633 PMID:40408430	研究论文	研究通过工程化病毒蛋白激活STAT5以增强T细胞功能并防止抑制	利用改造的疱疹病毒TIP蛋白非经典方式招募LCK激酶直接激活STAT蛋白，实现细胞因子非依赖的T细胞功能维持	NA	增强T细胞疗法在实体瘤中的持久性和功能性	T细胞（特别是CD8+ T细胞）	生物医学工程	肿瘤	单细胞转录组学、蛋白质工程	NA	基因表达数据、功能实验数据	NA
14	2025-09-11	Enhanced Production of Lipid Mediators in Plasma and Activation of DNA Damage Pathways in PBMCs Are Correlated With the Severity of Ancestral SARS-CoV-2 Infection 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403195R PMID:40322970	研究论文	本研究通过分析PBMCs和血浆样本，揭示了特定脂质介质和DNA损伤通路激活与SARS-CoV-2感染严重程度的相关性	首次将脂质代谢物（如AA、EPA）与WHO疾病严重程度评分及DNA损伤通路关联，并跨细胞类型和病毒变异验证类花生酸合成基因的上调	样本量较小（仅10例感染和10例未感染患者），且主要聚焦祖先毒株，未全面覆盖所有变异株	探索遗传因素和脂质代谢物在重症SARS-CoV-2感染中的作用机制	人类PBMCs、血浆及鼻咽拭子样本（感染与未感染个体）	生物医学	COVID-19	bulk RNA-seq、脂肪酸组分析、scRNA-seq数据分析	NA	转录组数据、脂质代谢数据	20例（10感染+10未感染）PBMCs/血浆样本；58例鼻咽拭子样本（含健康与感染者）
15	2025-09-06	A Multimodal Spatial and Epigenomic Atlas of Human Adult Lung Topography 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655666 PMID:40475598	研究论文	构建了一个整合多模态单核人类肺图谱，涵盖健康成人肺部的空间和表观基因组特征	首次通过整合snRNA-seq和SNARE-seq2技术，在单核水平同时分析染色质可及性和基因表达，并利用空间转录组学技术MERFISH精确定位细胞亚型	研究仅基于11名健康成年人样本，样本多样性可能有限	开发高分辨率的人类肺部空间参考图谱，以研究肺部疾病的发病机制	人类成人肺部组织，特别是远端气道、肺泡和间质区域	数字病理学	肺部疾病	snRNA-seq, SNARE-seq2, MERFISH, 多重免疫荧光	NA	基因组数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据	49个肺组织块，746,047个细胞核，来自11名健康成年人
16	2025-09-05	Microglia-driven inflammation induces progressive tauopathies and synucleinopathies 2025-May, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01450-z PMID:40307569	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和细胞移植实验，证明小胶质细胞驱动的炎症足以独立引发神经退行性疾病中的tau蛋白病变和突触核蛋白病变	首次证实小胶质细胞驱动的炎症可独立启动并传播多种蛋白病变，揭示神经炎症在神经退行性疾病中的起始作用	研究基于小鼠模型，人类疾病中的直接适用性仍需验证	探究小胶质细胞驱动的炎症是否能够引发和传播神经退行性疾病中的蛋白病变	小鼠模型及小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、细胞移植	NA	基因表达数据、行为数据	未明确说明数量的小鼠模型
17	2025-09-03	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	介绍HemaScope，一个专用于分析造血细胞单细胞和空间转录组数据的生物信息学工具包	首个针对造血细胞设计的集成scRNA-seq和ST分析的专业工具包，提供多种用户友好部署形式	NA	开发能够处理单细胞和空间信息的组织良好且用户友好的分析工具	造血细胞	生物信息学	血液疾病	scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	涉及人类骨髓、小鼠急性髓系白血病细胞、血管免疫母细胞T细胞淋巴瘤和原发性中枢神经系统淋巴瘤样本
18	2025-09-03	Immune signatures of megakaryocytes in persistent inflammation-immunosuppression and catabolism syndrome 2025-May-30, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025087 PMID:40443348	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析持续性炎症-免疫抑制和分解代谢综合征（PICS）患者中巨核细胞的免疫特征及其作用机制	首次发现巨核细胞在PICS中存在五个功能亚群（MK1-MK5），并揭示其通过CCL5表达和细胞间互作调节免疫稳态的新功能	样本量较小（仅11例人类样本），且动物模型与人类疾病存在潜在差异	探究巨核细胞在PICS中的免疫学作用及其分子机制	人类外周血单核细胞样本（PICS患者、脓毒症患者和健康对照）及PICS模型小鼠	免疫学	脓毒症后并发症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基因本体分析，配体-受体互作分析	NA	RNA测序数据	11例人类样本（6例PICS、5例脓毒症、5例健康对照）及小鼠模型
19	2025-09-03	EryDB: A Transcriptomic Profile Database for Erythropoiesis and Erythroid-related Diseases 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae029 PMID:39436241	研究论文	介绍EryDB，一个专注于红细胞生成和红细胞相关疾病转录组数据的开放数据库	构建首个全面整合并精心策划的红细胞生成特异性数据库，支持多物种、多组织类型和多疾病的数据浏览与分析	NA	促进红细胞生成及红细胞相关疾病的基因表达数据挖掘和大规模研究	红细胞生成过程及红细胞相关疾病	生物信息学	红细胞相关疾病	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	3803个样本和1,187,119个单细胞，来自107项公共研究，涵盖3个物种、9种组织类型和5种疾病
20	2025-08-31	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-May-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	研究论文	通过单细胞空间多组学分析揭示癌症相关成纤维细胞（CAFs）的保守空间亚型及其在肿瘤微环境中的细胞邻域结构	首次在10种癌症类型中鉴定出四种跨癌种保守的CAF空间亚型，并阐明其空间组织模式与微环境特征关联	NA	解析CAFs在肿瘤微环境中的空间异质性及其对免疫调节和临床预后的影响	超过1400万个细胞（来自10种癌症类型）	空间转录组学	癌症	空间转录组学、空间蛋白质组学、单细胞多组学整合分析	NA	空间多组学数据	10种癌症类型，7个空间组学平台，超1400万个细胞