单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 813 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-17 |
Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap
2025-05-30, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005
PMID:39945785
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据构建了正常造血过程的综合参考层次结构，并开发了HematoMap工具，用于解析白血病异质性和谱系异常 | 利用单细胞RNA测序数据和余弦距离算法，构建了正常造血参考层次，并开发了LASSO评分模型和R包HematoMap，以快速识别和可视化白血病谱系异常 | NA | 解析白血病异质性和谱系异常，以理解白血病发生机制并增强风险分层和个性化治疗 | 急性髓系白血病和B细胞前体急性淋巴细胞白血病样本 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | LASSO | RNA测序数据 | 超过100,000个来自25名健康供者的骨髓单核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-12-17 |
EryDB: A Transcriptomic Profile Database for Erythropoiesis and Erythroid-related Diseases
2025-05-30, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae029
PMID:39436241
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研究论文 | 本文介绍了EryDB，一个专为红细胞生成和红细胞相关疾病设计的开放获取转录组数据库，整合了多种物种和疾病的数据 | EryDB是首个全面整合红细胞生成和红细胞相关疾病转录组数据的数据库，支持单细胞和批量RNA测序数据的计算分析 | 数据库目前仅包含三个物种的数据，可能未覆盖所有相关疾病或组织类型 | 构建一个综合数据库以促进红细胞生成和红细胞相关疾病的基因表达数据挖掘和大规模研究 | 红细胞生成过程、红细胞相关疾病以及来自人类、小鼠和斑马鱼的转录组数据 | 生物信息学 | 红细胞相关疾病 | RNA测序（包括单细胞和批量RNA测序） | NA | 转录组数据 | 3803个样本和1,187,119个单细胞，来自107项公共研究 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-12-17 |
Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655632
PMID:40501660
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研究论文 | 本研究通过多模态单细胞测序和刺激实验，定义了来自不同组织（肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结）的人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性特征 | 首次系统性地定义了人类黏膜和淋巴器官中巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性转录和蛋白特征，并揭示了这些特征在极化刺激下仍能保持 | 研究样本来自器官捐献者，可能无法完全反映所有生理或病理状态；研究聚焦于特定器官，未涵盖所有组织类型 | 阐明人类巨噬细胞在不同组织（尤其是黏膜和淋巴器官）中的身份如何与其居住部位耦合，并在激活和极化过程中维持 | 从器官捐献者分离的肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结组织中的巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞组学 | NA | 多模态单细胞测序，刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白数据 | 来自个体器官捐献者的多个组织样本（肺、小肠、脾、骨髓、淋巴结） | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-12-17 |
CIEC: Cross-tissue Immune Cell Type Enrichment and Expression Map Visualization for Cancer
2025-05-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae067
PMID:39363510
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CIEC的基于网络的应用程序，用于跨组织免疫细胞类型或状态的富集分析和可视化，以探索癌症患者的免疫细胞特征 | 首次开发了一个集成数据库和富集分析的网络应用程序，用于估计跨组织免疫细胞类型或状态，并提供了多组织免疫细胞特征的全面分析界面 | 样本量相对有限（323名患者），且仅覆盖了特定癌症类型和组织的480个样本，可能无法代表所有癌症或免疫细胞状态 | 通过整合单细胞转录组测序数据，构建跨组织免疫细胞类型/状态图谱，以深入理解肿瘤免疫系统并指导癌症免疫生物标志物开发和免疫治疗策略 | 癌症患者的免疫细胞，包括来自原发性肿瘤、邻近正常组织、淋巴结、转移组织和外周血的样本 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞转录组测序 | KOBAS算法 | 单细胞RNA-seq数据 | 323名癌症患者的480个样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-12-17 |
GUIDING CLUSTERING AND ANNOTATION IN SINGLE-CELL RNA SEQUENCING USING THE AVERAGE OVERLAP METRIC
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652497
PMID:40654835
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研究论文 | 本文提出了一种基于平均重叠度量的方法，用于指导单细胞RNA测序中的聚类和注释，以改进细胞类型的定义和生物解释 | 引入平均重叠度量来比较差异表达基因的排名列表，从而定义单细胞簇之间的距离，提高了在高度同质群体中检测微小亚群的能力 | 方法在未知细胞身份的未排序数据中应用时，可能仍面临聚类分辨率的挑战，且主要针对T细胞群体进行了验证 | 开发一种稳健的方法来比较和注释单细胞RNA测序中推断的细胞簇，以准确识别细胞类型和亚群 | T细胞群体，包括高度相似但不同的T细胞亚群和未排序小鼠胸腺细胞中的T细胞发育阶段 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-12-17 |
EnrichSci: Transcript-guided Targeted Cell Enrichment for Scalable Single-Cell RNA Sequencing
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651937
PMID:40654882
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研究论文 | 本文介绍了一种名为EnrichSci的可扩展平台，用于通过转录引导的靶向细胞富集进行单细胞RNA测序，以分析复杂组织中稀有细胞类型的分子动态 | 开发了EnrichSci平台，结合杂交链式反应RNA FISH和组合索引技术，实现无微流体的靶向细胞类型单核转录组分析，具有全基因体覆盖和高可扩展性 | NA | 解决大规模单细胞图谱中稀有细胞类型代表性不足的问题，以进行详细的分子和动态分析 | 衰老小鼠大脑中的少突胶质细胞及其亚型 | 单细胞测序 | 衰老相关疾病 | 杂交链式反应RNA FISH，组合索引，单核RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | EnrichSci | EnrichSci平台，结合杂交链式反应RNA FISH与组合索引，用于靶向细胞类型的单核转录组分析 |
| 7 | 2025-12-16 |
Brain tumors induce immunoregulatory dendritic cells in draining lymph nodes that can be targeted by OX40 agonist treatment
2025-May-19, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011548
PMID:40389372
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研究论文 | 本研究探讨了脑肿瘤如何诱导引流淋巴结中的免疫调节性树突状细胞，并发现OX40激动剂治疗可靶向这些细胞 | 揭示了脑肿瘤引流淋巴结中树突状细胞的独特免疫调节功能，并首次将OX40信号通路与CCR7+OX40+树突状细胞的直接作用及对T细胞的间接影响联系起来 | 研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；未详细探讨其他免疫细胞或信号通路在脑肿瘤免疫微环境中的潜在作用 | 研究脑肿瘤免疫微环境中树突状细胞的免疫调节功能及其对治疗反应的影响 | 小鼠胶质瘤和淋巴瘤模型中的树突状细胞及T细胞 | 免疫学 | 脑肿瘤 | 高分辨率流式细胞术、单细胞RNA测序、体外和体内功能表征 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-12-15 |
O-GlcNAcylation stabilized WTAP promotes GBM malignant progression in an N6-methyladenosine-dependent manner
2025-May-15, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noae268
PMID:39671515
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研究论文 | 本文探讨了O-GlcNAcylation稳定的WTAP通过N6-甲基腺苷依赖方式促进胶质母细胞瘤恶性进展的机制 | 揭示了WTAP通过O-GlcNAcylation和去泛素化增强稳定性，调控LOXL2的m6A修饰，进而影响胶质母细胞瘤干细胞间充质转化和免疫微环境形成的新机制 | NA | 研究m6A在胶质母细胞瘤免疫抑制微环境形成中的作用机制 | 间充质胶质母细胞瘤干细胞和髓源性巨噬细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq、质谱分析、RNA免疫沉淀、共免疫沉淀 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-12-15 |
scRegulate: Single-Cell Regulatory-Embedded Variational Inference of Transcription Factor Activity from Gene Expression
2025-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.17.649372
PMID:40654959
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scRegulate的生成式深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性 | scRegulate通过变分推理整合基因调控网络先验知识，提供了一种可扩展且生物学可解释的解决方案，能够捕获新颖、动态和上下文特定的调控相互作用 | NA | 开发一种从单细胞RNA测序数据中准确推断转录因子活性的计算方法 | 转录因子活性和基因调控网络 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成式深度学习框架，变分推理 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共实验和合成数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-12-11 |
Spatiotemporal Single-Cell Analysis Reveals T Cell Clonal Dynamics and Phenotypic Plasticity in Human Graft-versus-Host Disease
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.24.655962
PMID:40501545
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研究论文 | 本研究通过时空单细胞分析揭示了人类移植物抗宿主病中T细胞克隆动态和表型可塑性 | 开发了新型计算工具DecompTCR用于纵向TCR分析，并结合多组学技术揭示了GVHD中T细胞克隆扩增与疾病严重性的关联 | 样本量相对较小（27例患者），且主要关注肠道组织，可能未全面覆盖其他器官的免疫反应 | 解析异基因造血细胞移植后急性移植物抗宿主病的T细胞介导病理机制 | 27例异基因造血细胞移植受者的血液和肠道组织样本 | 数字病理学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA/TCR测序、空间转录组学、混合淋巴细胞反应克隆指纹识别、TCR克隆分型 | NA | 单细胞RNA-seq数据、TCR序列数据、空间转录组数据 | 27例异基因造血细胞移植受者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2025-12-10 |
Overexpression of Meis factors in late-stage retinal progenitors yields complex effects on temporal patterning and neurogenesis
2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.01.651492
PMID:40654906
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研究论文 | 本研究探讨了Meis1和Meis2转录因子在小鼠出生后晚期视网膜祖细胞中过表达对时间模式化和神经发生的影响 | 首次在晚期视网膜祖细胞中系统研究Meis1和Meis2过表达对时间身份和神经发生能力的影响，揭示了这两个因子在调控神经发生进程中的不同作用 | 过表达Meis因子未能完全重编程晚期祖细胞，且未诱导早期出生细胞类型，表明存在其他关键调控因子 | 探究Meis转录因子在晚期视网膜祖细胞中对时间模式和神经发生的调控作用 | 出生后小鼠的视网膜祖细胞 | 发育生物学 | NA | 电穿孔转染、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-12-06 |
Machine learning and single-cell analysis uncover distinctive characteristics of CD300LG within the TNBC immune microenvironment: experimental validation
2025-May-17, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01690-3
PMID:40382513
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研究论文 | 本研究通过机器学习与单细胞分析，揭示了CD300LG在三阴性乳腺癌免疫微环境中的独特作用，并进行了实验验证 | 首次结合四种机器学习算法与单细胞测序数据，系统鉴定CD300LG作为TNBC独特的预后生物标志物，并阐明其与免疫浸润、细胞周期及肿瘤侵袭的关联 | 未明确说明样本的具体来源与数量细节，机器学习模型的泛化能力需进一步验证 | 探究CD300LG在三阴性乳腺癌肿瘤微环境中的关键功能及其作为治疗靶点的潜力 | 三阴性乳腺癌患者的转录组数据、单细胞测序数据及肿瘤组织样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，免疫荧光染色，转录组分析 | 多种机器学习算法（包括CIBERSORT, ssGSEA, TIDE, TCGA算法） | 转录组数据，单细胞测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-12-04 |
Immune cell type divergence in a basal chordate
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.20.655184
PMID:40661343
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序等技术，定义了基础脊索动物血细胞状态的身份，揭示了其分化层次和免疫细胞类型的多样性 | 首次在基础脊索动物中应用单细胞RNA测序结合杂交和活体报告基因技术，系统性地定义了血细胞状态，并扩展了脊索动物免疫细胞的已知谱系 | 研究主要基于单一物种，且无脊椎动物免疫细胞的分子特征描述有限，与脊椎动物免疫细胞类型的同源性仍不明确 | 探究基础脊索动物免疫细胞类型的进化与分化，以理解细胞类型在进化中的适应性变化 | 基础脊索动物的循环血细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 杂交, 活体报告基因 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-12-04 |
Neural signaling contributes to heart formation and growth in the invertebrate chordate, Ciona robusta
2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.28.651085
PMID:40654768
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研究论文 | 本研究揭示了神经肽速激肽与经典Wnt信号通路共同调控海鞘心肌祖细胞增殖的机制 | 首次在海鞘模型中阐明神经信号（速激肽）与Wnt信号协同调控心脏发育，并发现神经元细胞直接支配心肌祖细胞 | 研究主要基于无脊椎脊索动物模型，结论在脊椎动物中的普适性需进一步验证 | 探究神经信号在心脏发育与生长调控中的作用机制 | 海鞘（Ciona robusta）成体心脏组织 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9基因敲除、药理学抑制 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-11-22 |
White and Brown Adipose Tissue Share a Common Fibro-Adipogenic Progenitor Population
2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656577
PMID:40501707
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现白色和棕色脂肪组织共享共同的纤维-脂肪生成祖细胞群 | 首次在棕色脂肪组织中鉴定出纤维-脂肪生成祖细胞样细胞，扩展了脂肪祖细胞群的认识 | 使用体外培养的原代前脂肪细胞，可能无法完全反映体内情况 | 研究脂肪组织异质性及其祖细胞身份 | 培养的原代白色和棕色前脂肪细胞 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析、调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2025-11-19 |
Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis
2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652535
PMID:40654739
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为PDI-TCR的新方法，用于识别抗原特异性T细胞受体，并应用于结核病患者分析CD4 T细胞的动态变化和表型特征 | 开发了PDI-TCR检测方法，能够通过比较非重叠肽池反应来区分真正的抗原特异性TCR克隆型与非特异性旁观者激活相关的TCR | NA | 开发识别抗原特异性TCR的方法并研究结核病中T细胞的动态变化 | 结核病患者和结核分枝杆菌致敏健康个体的CD4 T细胞 | 免疫学 | 结核病 | 肽驱动TCR识别、单细胞RNA测序、TCR测序 | NA | 序列数据、基因表达数据 | 结核病患者和IGRA+健康个体 | NA | 单细胞RNA测序、bulk TCR测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-11-18 |
Single-Cell RNA Sequencing of Ewing Sarcoma Tumors Demonstrates Transcriptional Heterogeneity and Clonal Evolution
2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2040
PMID:40029262
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化 | 首次在尤文肉瘤中应用单细胞RNA测序揭示肿瘤转录异质性、克隆进化及免疫抑制微环境，并发现TSPAN8作为潜在治疗靶点 | 样本量较小（7名未治疗患者），循环肿瘤细胞验证使用独立队列 | 探究尤文肉瘤肿瘤异质性及其对治疗的意义 | 尤文肉瘤患者肿瘤组织、肿瘤微环境和循环肿瘤细胞 | 单细胞测序分析 | 尤文肉瘤 | 单细胞RNA测序，免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 7名未治疗尤文肉瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-11-10 |
Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421421122
PMID:40339128
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠舌上皮细胞类型的昼夜节律变化，发现生物钟调控的细胞周期进程驱动味觉细胞群体的时间依赖性变化 | 首次发现味觉细胞群体存在昼夜节律性变化，并证明这种变化由生物钟调控的细胞周期进程驱动，且影响味觉敏感性的时间依赖性变化 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他物种中验证 | 探究生物钟如何通过调控细胞更新影响味觉敏感性的时间依赖性变化 | 小鼠舌上皮细胞，特别是II型味觉细胞和味蕾干细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，味蕾类器官培养，基因敲低，味觉测试 | NA | 单细胞RNA测序数据，行为学数据 | 小鼠舌上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2025-11-09 |
Hdac1 as an early determinant of intermediate-exhausted CD8+ T cell fate in chronic viral infection
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2502256122
PMID:40333757
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白去乙酰化酶1在慢性病毒感染中作为中间耗竭CD8+ T细胞命运早期决定因子的关键作用 | 首次发现Hdac1特异性调控抗原特异性中间耗竭T细胞的形成，并揭示其通过染色质可及性调控耗竭程序基因的双重功能 | T细胞亚群分化的表观遗传决定因素仍未完全阐明 | 探索慢性病毒感染中CD8+ T细胞耗竭亚群分化的表观遗传调控机制 | 慢性病毒感染模型中的CD8+ T细胞亚群 | 免疫学 | 慢性病毒感染 | 单细胞转录组测序,染色质可及性分析 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-11-09 |
Interferon-induced activation of dendritic cells and monocytes by yellow fever vaccination correlates with early antibody responses
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2422236122
PMID:40333758
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研究论文 | 本研究通过黄热病疫苗接种模型，揭示了树突状细胞和单核细胞早期干扰素激活状态与抗体反应的相关性 | 首次在单细胞水平系统描绘黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞的早期先天免疫应答动态，并发现SIGLEC1/CD169作为敏感的生物标志物 | 研究仅关注早期免疫反应（28天内），未评估长期免疫记忆；样本时间点有限 | 阐明黄热病疫苗接种后早期先天免疫事件与保护性 immunity 生成的关系 | 人类血液树突状细胞和单核细胞亚群 | 免疫学 | 传染病 | 转录组分析, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 大型疫苗接种者队列 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | NA |