单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-04-14	SIRPα + CD209 + cell: a specialized antigen-presenting cell that contributes to anti-SIRPα/RT therapy in colorectal cancer 2025-Apr-10, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04025-z PMID:40208335	研究论文	本研究探讨了SIRPα + CD209 + 细胞在结直肠癌中的免疫调节作用及其与放疗的潜在协同效应	发现SIRPα + CD209 + 细胞是一种特殊的抗原呈递细胞，其在肿瘤微环境中的变化与放疗和免疫治疗的联合效果相关	研究主要基于单细胞测序和体外实验，需要进一步的临床验证	探索结直肠癌中抗原呈递细胞的作用及其与放疗的协同效应	结直肠癌患者和SIRPα + CD209 + 细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	未明确说明样本数量，但涉及患者肿瘤组织和外周血
162	2025-04-14	Identification and validation of pyroptosis patterns in AML via comprehensive bioinformatics analysis 2025-Apr-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02298-5 PMID:40208371	research paper	通过综合生物信息学分析识别和验证AML中的细胞焦亡模式	首次在AML中识别出两种细胞焦亡模式，并揭示了其与免疫微环境、其他细胞死亡途径以及基因组改变的潜在联系	样本量相对较小，且主要依赖于公共数据库的数据	研究细胞焦亡在急性髓系白血病（AML）中的临床相关性及其潜在机制	新诊断的AML患者和健康对照	生物信息学	急性髓系白血病	生物信息学分析、单细胞RNA测序	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	TCGA数据集151例AML患者，GTEx数据集386例健康对照，GSE10358数据集91例独立验证样本，GSE116256单细胞RNA测序数据15例样本
163	2025-04-14	Machine learning-based prognostic modeling integrating PANoptosis in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Apr-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02310-y PMID:40208478	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和机器学习算法，构建了一个基于PANoptosis的头颈部鳞状细胞癌预后模型	首次在单细胞水平分析PANoptosis相关基因，并利用101种机器学习算法组合构建预后模型，发现GSTO1作为关键基因	需要进一步的实验验证，且模型在临床应用前需进行更大规模的验证	开发头颈部鳞状细胞癌的预后预测模型	头颈部鳞状细胞癌患者	机器学习	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，PCR	StepCox[backward] + RSF	转录组数据	TCGA-HNSCC训练集，GSE41613和GSE65858验证集，外加临床样本验证
164	2025-04-14	Identification of a deubiquitinating gene-related signature in ovarian cancer using integrated transcriptomic analysis and machine learning framework 2025-Apr-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02267-y PMID:40208475	研究论文	通过整合转录组分析和机器学习框架，识别卵巢癌中去泛素化基因相关特征	首次在卵巢癌中系统分析去泛素化(DUB)基因的表达模式，并开发了一个具有预后价值的DUB相关风险特征(DRS)模型	研究主要基于公共数据库的转录组数据，缺乏实验验证	探索DUB基因在卵巢癌中的作用及其预后价值	卵巢癌肿瘤微环境中的不同细胞亚型	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序，批量转录组分析	机器学习框架	转录组数据	来自GEO和TCGA数据库的多组数据集
165	2025-04-14	Role of METTL16 in PPARγ methylation and osteogenic differentiation 2025-Apr-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07527-x PMID:40210616	研究论文	本研究探讨了METTL16通过调控PPARγ的m6A甲基化对骨髓间充质干细胞（BMSCs）成骨分化的影响及其在骨质疏松症中的作用	首次揭示了METTL16通过促进PPARγ转录的m6A修饰来调控BMSCs的铁死亡和成骨分化	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明METTL16-PPARγ轴在骨质疏松症发病机制中的作用	骨髓间充质干细胞（BMSCs）和小鼠模型	分子生物学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和Bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
166	2025-04-14	Modeling the dynamics of EMT reveals genes associated with pan-cancer intermediate states and plasticity 2025-Apr-10, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00512-2 PMID:40210876	研究论文	通过数学建模和单细胞RNA测序数据研究上皮-间质转化（EMT）的动态过程，识别与高转移性中间状态相关的标志基因	整合数学建模和推断方法识别与EMT动态相关的基因，发现SFN和NRG1作为中间状态的关键调控因子	研究依赖于数学模型和scRNA-seq数据，可能未涵盖所有EMT相关基因或机制	识别与EMT中间状态相关的标志基因，为肿瘤转移提供生物标志物和治疗靶点	多种肿瘤类型和刺激下的EMT动态过程	计算生物学	泛癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	贝叶斯参数推断的EMT数学模型	scRNA-seq数据	多种肿瘤类型和刺激下的样本
167	2025-04-14	SIGMAR1 screened by a GPCR-related classifier regulates endoplasmic reticulum stress in bladder cancer 2025-Apr-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06393-7 PMID:40211230	research paper	本研究通过构建GPCR-TME分类器，识别了SIGMAR1作为调控膀胱癌内质网应激的关键因子，并验证了其在肿瘤生长和免疫细胞浸润中的作用	构建了GPCR-TME分类器并发现SIGMAR1在膀胱癌中的新作用机制，特别是其调控内质网应激的功能	研究主要依赖于公共数据库的数据，实验验证仅限于细胞系和小鼠模型，未涉及人类临床试验	探究GPCRs在膀胱癌中的作用，特别是SIGMAR1调控内质网应激的机制	膀胱癌细胞系、组织样本及裸鼠移植瘤模型	digital pathology	bladder cancer	scRNA-seq, western blotting, GSEA, WGCNA, TIP, CIBERSORT	GPCR-TME classifier	RNA-seq数据、临床病理数据、免疫细胞浸润数据	公共数据库中的批量测序和单细胞RNA测序数据，膀胱癌细胞系和组织样本，裸鼠移植瘤模型
168	2025-04-14	A novel mitochondrial quality regulation gene signature for anticipating prognosis, TME, and therapeutic response in LUAD by multi-omics analysis and experimental verification 2025-Apr-10, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03764-4 PMID:40211263	研究论文	通过多组学分析和实验验证，建立了一个新的线粒体质量调控基因特征，用于预测肺腺癌（LUAD）的预后、肿瘤微环境（TME）和治疗反应	首次利用线粒体质量相关基因（MQRGs）构建了一个简洁的风险模型，用于预测LUAD患者的总体生存率，并揭示了这些基因与α-亚麻酸代谢途径的关联	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制，实验验证的样本范围有限	探索线粒体质量相关基因在肺腺癌中的作用，并开发新的预后预测模型	肺腺癌（LUAD）患者及其相关基因表达数据	数字病理	肺癌	转录组分析、RT-qPCR、免疫组化、单细胞测序	LASSO算法、多元COX回归	转录组数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者数据
169	2025-04-14	The glycolytic characteristics of hepatocellular carcinoma and its interaction with the microenvironment: a comprehensive omics study 2025-Apr-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06421-6 PMID:40211257	研究论文	本研究通过多组学分析，识别了肝细胞癌（HCC）中与糖酵解相关的预后标志物及其与微环境的相互作用	整合了转录组、代谢组、16S rRNA测序及单细胞测序数据，发现了糖酵解相关基因在HCC不同免疫细胞亚群中的表达差异	样本来源和数量可能限制了结果的普适性，且部分发现需进一步实验验证	识别HCC中与糖酵解相关的预后标志物和免疫异常	肝细胞癌（HCC）患者的癌组织和癌旁组织	数字病理学	肝细胞癌	转录组测序、代谢组分析、16S rRNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组、质谱流式细胞术（CyTOF）	StepCox[both] + 随机生存森林模型	转录组数据、代谢组数据、微生物组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、质谱流式细胞术数据	来自HCC患者和对照组的癌组织及癌旁组织样本，整合了TCGA、GSE14520、GSE76427和GSE202642数据集
170	2025-04-14	The CD163 + tissue-infiltrating macrophages regulate ferroptosis in thyroid-associated ophthalmopathy orbital fibroblasts via the TGF-β/Smad2/3 signaling pathway 2025-Apr-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06443-0 PMID:40211281	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组分析，揭示了CD163+组织浸润巨噬细胞在甲状腺相关眼病（TAO）进展中调节眼眶成纤维细胞铁死亡的作用，并确定了针对巨噬细胞铁死亡信号的治疗候选药物	首次揭示了CD163+巨噬细胞通过TGF-β/Smad2/3信号通路调节TAO眼眶成纤维细胞铁死亡的新机制，并预测了潜在的治疗药物	样本量相对较小（4例TAO患者和2例健康对照），且体外实验模型可能无法完全模拟体内复杂环境	探究甲状腺相关眼病（TAO）中铁死亡调控的分子机制及潜在治疗靶点	TAO患者的眼眶脂肪组织和成纤维细胞，以及CD163+巨噬细胞	生物医学研究	甲状腺相关眼病	RNA-seq、单细胞测序、RT-qPCR、RWR算法	体外共培养模型、TGF-β1诱导的成纤维细胞模型	基因表达数据、单细胞测序数据	4例TAO患者和2例健康对照的组织样本，6例人类组织样本的单细胞测序数据
171	2025-04-14	Shared and distinct peripheral blood immune cell landscape in MCTD, SLE, and pSS 2025-Apr-10, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01374-1 PMID:40211396	研究论文	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，首次解析了混合性结缔组织病（MCTD）患者外周血免疫细胞的转录组变化，并与系统性红斑狼疮（SLE）和原发性干燥综合征（pSS）进行了比较	首次对MCTD患者外周血单核细胞进行单细胞RNA测序和批量RNA测序，揭示了MCTD、SLE和pSS之间的共享和独特特征	样本量可能有限，且仅关注了外周血免疫细胞，未涉及其他组织或细胞类型	解析MCTD的免疫细胞转录组特征，并比较其与SLE和pSS的异同	混合性结缔组织病（MCTD）、系统性红斑狼疮（SLE）和原发性干燥综合征（pSS）患者的外周血单核细胞（PBMCs）	免疫学	自身免疫性疾病	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	MCTD患者的PBMCs样本，以及来自GEO数据库的SLE（GSE135779）和pSS（GSE157278）数据集
172	2025-04-14	An Arabidopsis single-nucleus atlas decodes leaf senescence and nutrient allocation 2025-Apr-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.024 PMID:40220755	research paper	该研究通过单核RNA测序技术构建了拟南芥的单核转录组图谱，揭示了叶片衰老和养分分配的细胞类型特异性协调机制	首次在单细胞分辨率下量化叶片细胞衰老状态，并鉴定出调控叶片衰老的枢纽基因网络	研究结果主要基于模式植物拟南芥，在其他物种中的普适性有待验证	解析植物叶片衰老和养分分配的细胞类型特异性调控机制	拟南芥20个组织的100多万个细胞核	植物分子生物学	NA	单核RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA)	NA	转录组数据	超过100万个细胞核，来自20个不同组织
173	2025-04-14	Tumor-Derived CD109 Orchestrates Reprogramming of Tumor-Associated Macrophages to Dampen Immune Response 2025-Apr-10, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.03.035 PMID:40220905	研究论文	本研究探讨了肝内胆管癌(iCCA)中肿瘤来源的可溶性CD109(sCD109)在肿瘤免疫微环境(TIME)重塑中的免疫抑制作用及其机制	首次揭示sCD109作为'分泌型免疫检查点'通过双重机制调控CD73+肿瘤相关巨噬细胞的富集	研究主要在临床前模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	开发抑制肿瘤生长和提高免疫治疗效果的新靶点	肝内胆管癌(iCCA)及其肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	蛋白质组学分析、单细胞转录组学、CyTOF、RNA测序、质谱分析	NA	多组学数据	NA
174	2025-04-14	Differences in transcriptome characteristics and drug repositioning of Alzheimer's disease according to sex 2025-Apr-10, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106909 PMID:40220916	research paper	该研究通过RNA测序和转录组分析，探讨了阿尔茨海默病（AD）患者外周血和前额叶皮层组织中与性别相关的转录组差异，并进行了药物重新定位	首次系统地研究了AD患者外周血和前额叶皮层组织中与性别相关的转录组差异，并预测了潜在的性别特异性治疗药物	样本量较小（共54名患者），且部分数据来自公开数据库，可能影响结果的普遍性	探究AD患者中性别相关的转录组差异及其对治疗的潜在影响	阿尔茨海默病患者（包括男性和女性）、轻度认知障碍患者（MCI）和健康对照者	转录组学	阿尔茨海默病	RNA-seq, snRNA-seq, 转录组分析	NA	RNA测序数据	54名患者（包括AD、MCI和健康对照者）的外周血样本，以及来自GEO数据库的前额叶皮层组织snRNA-seq数据
175	2025-04-14	Lamb1-mediated Wnt/β-catenin signaling pathway drives endothelial angiogenesis for fracture healing 2025-Apr-10, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149481 PMID:40221061	研究论文	研究Lamb1通过Wnt/β-catenin信号通路促进内皮细胞血管生成以加速骨折愈合的机制	揭示了Lamb1通过激活Wnt信号通路上调VEGFA表达，从而催化内皮细胞生长和迁移，促进骨折修复的新机制	研究主要基于体外实验和公共数据集分析，缺乏体内实验验证	探索内皮细胞（ECs）是否能增强骨折愈合，并阐明其分子机制	内皮细胞（ECs）及其亚群ECs_Lamb1+细胞	分子生物学	骨折	scRNA-seq、qRT-PCR、细胞免疫荧光染色、transwell实验	NA	单细胞RNA测序数据	公共数据集分析，具体样本量未明确说明
176	2025-04-14	Prior chemotherapy deteriorates T-cell quality for CAR T-cell therapy in B-cell non-Hodgkin's lymphoma 2025-Apr-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010709 PMID:40210237	研究论文	本研究探讨了化疗对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者T细胞功能的影响，及其对CAR T细胞疗法效果的潜在负面影响	首次系统评估了化疗对T细胞功能的影响，并提出了在化疗前采集T细胞可能提高CAR T细胞疗法效果的新策略	研究样本量有限，且仅针对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者	评估化疗对T细胞功能的影响及其对CAR T细胞疗法效果的潜在影响	B细胞非霍奇金淋巴瘤患者的T细胞	肿瘤免疫治疗	B细胞非霍奇金淋巴瘤	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全基因组DNA甲基化阵列、体外功能测试	NA	细胞样本、基因表达数据、表观遗传数据	两个B细胞非霍奇金淋巴瘤患者队列(治疗前和治疗后)
177	2025-04-14	Combining spatial transcriptomics and ECM imaging in 3D for mapping cellular interactions in the tumor microenvironment 2025-Apr-09, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101261 PMID:40220761	research paper	该研究通过结合空间转录组学和ECM成像技术，在3D环境下绘制肿瘤微环境中的细胞相互作用	首次将3D空间转录组学与ECM成像技术整合，系统量化了细胞分子状态、细胞间相互作用及ECM重塑	研究仅基于一例临床肺癌样本，样本量有限	探索肿瘤微环境中细胞间相互作用及ECM重塑机制	临床肺癌样本中的恶性与非恶性细胞及ECM	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, ECM imaging	NA	3D tissue sections	1例临床肺癌样本
178	2025-04-14	Hyperglycemia as driver of glioblastoma progression: Insights from Mendelian randomization and single-cell transcriptomics 2025-Apr-08, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149636 PMID:40210146	研究论文	本研究探讨了高血糖与胶质母细胞瘤（GBM）进展之间的因果关系及其潜在机制	结合孟德尔随机化分析和单细胞转录组学，揭示了高血糖通过改变肿瘤微环境和激活GBM相关通路促进GBM进展的新机制	研究主要基于遗传关联和小鼠模型，需要进一步的人类临床研究验证	探究高血糖与GBM进展之间的因果关系及其分子机制	GBM患者和小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、基因集富集分析（GSEA）	GBM小鼠模型	基因组数据、转录组数据	UK Biobank和FinnGen数据库的GWAS数据、GBM小鼠模型
179	2025-04-14	Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model 2025-Apr-08, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026 PMID:40220759	研究论文	提出了一种基于超图变分自编码器（HyperG-VAE）的贝叶斯深度生成模型，用于建模单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据并推断基因调控网络（GRNs）	利用超图表示和结构方程模型处理细胞异质性，通过超图自注意力机制识别基因模块，协同优化编码器以提高GRN推断、单细胞聚类和数据可视化的性能	未提及具体的数据规模限制或模型在不同数据集上的泛化能力	开发一种高效的单细胞RNA测序数据分析和基因调控网络构建方法	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	机器学习	NA	scRNA-seq	HyperG-VAE（超图变分自编码器）	单细胞RNA测序数据	NA
180	2025-04-14	An erythroid-biased FOShi hematopoietic multipotent progenitor subpopulation contributes to adaptation to chronic hypoxia 2025-Apr-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.010 PMID:40220764	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了模拟长期高海拔缺氧的高海拔红细胞增多症（HAPC）小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞，发现了一种独特的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP	发现了一种新的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP，该亚群在缺氧条件下扩增，并具有独特的干扰素信号响应性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究缺氧适应和适应不良的细胞和分子机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞	分子生物学	高海拔红细胞增多症（HAPC）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA-seq数据	HAPC小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞及红细胞