本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2025-10-06 |
FPCAM: A Weighted Dictionary-Driven Model for Single-Cell Annotation in Pulmonary Fibrosis
2025-Apr-26, Biology
DOI:10.3390/biology14050479
PMID:40427668
|
研究论文 | 开发了一种用于肺纤维化单细胞注释的加权字典驱动模型FPCAM | 基于R Shiny平台构建,利用上调标记基因矩阵和手动整理的肺纤维化特异性基因-细胞关联词典,通过相似性矩阵构建和优化匹配算法实现自动化细胞类型注释 | NA | 解决单细胞RNA测序中细胞类型注释的准确性问题 | 肺纤维化相关的单细胞数据 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 加权字典驱动模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 142 | 2025-10-06 |
Natural Killer Cell Activation Signature Identifies Cyclin B1/CDK1 as a Druggable Target to Overcome Natural Killer Cell Dysfunction and Tumor Invasiveness in Melanoma
2025-Apr-30, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18050666
PMID:40430484
|
研究论文 | 本研究建立了自然杀伤细胞活化相关预后标志物,并确定CCNB1/CDK1复合物作为克服黑色素瘤中NK细胞功能障碍和肿瘤侵袭性的可药物靶点 | 首次发现CCNB1/CDK1复合物通过磷酸化STAT3激活IL-6/STAT3正反馈环路,同时通过TGF-β-SMAD2/3信号诱导EMT,揭示了其在免疫逃逸和肿瘤侵袭中的双重作用 | 研究主要基于体外共培养系统和动物模型,需要进一步临床验证 | 建立NK细胞活化相关预后标志物并识别可药物靶点以克服NK细胞功能障碍 | 黑色素瘤细胞、NK-92MI细胞、TCGA-SKCM队列数据 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 流式细胞术、Western blotting、共免疫沉淀、ELISA、qRT-PCR、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、蛋白质数据 | TCGA-SKCM队列及五个独立黑色素瘤数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 143 | 2025-10-06 |
Construction of Diagnostic Model for Regulatory T Cell-Related Genes in Sepsis Based on Machine Learning
2025-Apr-27, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051060
PMID:40426888
|
研究论文 | 基于机器学习构建脓毒症中调节性T细胞相关基因的诊断模型 | 结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法筛选Treg相关诊断基因,并通过实验验证 | NA | 识别与脓毒症诊断相关的调节性T细胞基因并构建诊断模型 | 脓毒症患者和对照组的转录数据 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,qPCR实验 | 多种机器学习算法 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 144 | 2025-10-06 |
Development and Experimental Validation of Machine Learning-Based Disulfidptosis-Related Ferroptosis Biomarkers in Inflammatory Bowel Disease
2025-Apr-27, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16050496
PMID:40428318
|
研究论文 | 开发并验证了基于机器学习的双硫死亡相关铁死亡生物标志物在炎症性肠病中的应用 | 首次将双硫死亡与铁死亡基因结合作为IBD诊断标志物,并采用机器学习方法筛选核心基因 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 鉴定双硫死亡相关铁死亡基因作为IBD诊断指标并阐明其机制 | 炎症性肠病患者和DSS诱导的小鼠结肠炎模型 | 机器学习 | 炎症性肠病 | RNA-seq, qRT-PCR, 单细胞测序 | LASSO, 随机森林(RF) | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 四个GEO数据集(GSE65114, GSE87473, GSE102133, GSE186582)和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 145 | 2025-10-06 |
Exploring the Molecular Mechanism and Role of Glutathione S-Transferase P in Prostate Cancer
2025-Apr-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051051
PMID:40426879
|
研究论文 | 本研究探讨谷胱甘肽S-转移酶P在前列腺癌中的分子机制和作用 | 首次通过双向孟德尔随机化分析证实GSTP与前列腺癌风险的因果关系,并结合单细胞RNA测序揭示细胞类型特异性表达模式 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探究谷胱甘肽代谢关键酶与前列腺癌的因果关系及分子机制 | 前列腺癌组织与正常组织 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 转录组分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, LASSO回归, 免疫浸润分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | GEO数据库中的前列腺癌转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 146 | 2025-10-06 |
Prognostic Significance of CLDN1, INHBA, and CXCL12 in Colon Adenocarcinoma: A Multi-Omics and Single-Cell Approach
2025-Apr-24, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051035
PMID:40426863
|
研究论文 | 本研究通过多组学和单细胞方法鉴定结肠腺癌的潜在预后生物标志物 | 结合多组学分析和单细胞RNA测序技术系统筛选结肠腺癌关键枢纽基因 | 需要进一步的实验验证才能将发现转化为精准医疗应用 | 识别结肠腺癌的潜在生物标志物以推动个性化治疗策略 | 结肠腺癌(COAD)患者基因表达数据 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序,DNA甲基化分析,miRNA分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 生物信息学分析流程 | 基因表达数据,表观遗传数据,单细胞测序数据 | 基于多个结肠腺癌基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,表观遗传分析 | NA | NA |
| 147 | 2025-10-06 |
Exploring Therapeutic Potential of Bi-Qi Capsules in Treatment of Gout by Discovering Crucial Drug Targets
2025-Apr-24, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18050618
PMID:40430440
|
研究论文 | 通过多维数据分析策略探索痹祺胶囊治疗痛风的关键药物靶点及其治疗潜力 | 首次结合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和分子对接等多维方法系统揭示痹祺胶囊抗痛风的多靶点作用机制 | 研究主要基于公共数据库数据,缺乏实验验证 | 探索痹祺胶囊治疗痛风的潜在药物靶点和作用机制 | 痛风相关基因和痹祺胶囊作用靶点 | 生物信息学 | 痛风 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 基因集富集分析, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 药物靶点数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 148 | 2025-10-06 |
Targeting Redox Signaling Through Exosomal MicroRNA: Insights into Tumor Microenvironment and Precision Oncology
2025-Apr-22, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox14050501
PMID:40427384
|
综述 | 本文系统探讨了活性氧-微RNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控机制及其在精准肿瘤治疗中的应用前景 | 首次系统整合了活性氧、微RNA和外泌体在肿瘤微环境中的三方互作机制,并探讨了天然产物通过调控这一轴线的治疗潜力 | NA | 阐明活性氧-微RNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控网络及其治疗应用 | 肿瘤微环境中的免疫细胞、基质细胞及外泌体介导的细胞间通讯 | 精准肿瘤学 | 癌症 | 空间转录组学、单细胞分析 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
| 149 | 2025-10-06 |
Severe inflammation and lineage skewing are associated with poor engraftment of engineered hematopoietic stem cells in patients with sickle cell disease
2025-Apr-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58321-4
PMID:40169559
|
研究论文 | 本研究报道了针对镰状细胞病患者使用慢病毒载体DREPAGLOBE进行基因治疗的I/II期临床试验结果 | 首次通过单细胞转录组分析揭示HSCs中炎症特征与移植效果不佳的关联 | 样本量有限,随访时间相对较短(18-36个月) | 评估基于DREPAGLOBE的基因治疗在镰状细胞病患者中的安全性和有效性 | 镰状细胞病患者 | 基因治疗 | 镰状细胞病 | 慢病毒载体基因治疗,单细胞转录组分析 | NA | 临床数据,单细胞转录组数据 | I/II期临床试验患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 150 | 2025-10-06 |
Suppression of NOX2-Derived Reactive Oxygen Species (ROS) Reduces Epithelial-to-MesEnchymal Transition Through Blocking SiO2-Regulated JNK Activation
2025-Apr-30, Toxics
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/toxics13050365
PMID:40423444
|
研究论文 | 本研究揭示了二氧化硅暴露通过NOX2-ROS-JNK信号通路正反馈循环促进肺上皮细胞上皮-间质转化的分子机制 | 首次发现JNK与NOX2信号通路在二氧化硅诱导的肺纤维化中存在正反馈循环关系 | 研究主要基于细胞和动物模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探究二氧化硅诱导肺纤维化中NOX2与JNK信号通路的相互作用机制 | 人类上皮细胞和矽肺诱导小鼠 | 分子生物学 | 矽肺 | 单细胞测序,体内实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 151 | 2025-10-06 |
Integrating Dynamical Systems Modeling with Spatiotemporal scRNA-Seq Data Analysis
2025-Apr-22, Entropy (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/e27050453
PMID:40422408
|
综述 | 探讨如何整合动力系统建模与时空单细胞RNA测序数据分析来研究细胞动态行为 | 将马尔可夫链、随机微分方程和生成模型等计算框架与时空单细胞RNA测序技术相结合,从系统视角重建动态细胞轨迹和命运决定 | NA | 通过整合计算模型与时空单细胞技术来理解生物系统的动态特性 | 细胞行为、发育过程和疾病进展 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 时间序列空间转录组学 | 马尔可夫链, 随机微分方程, 最优传输, 薛定谔桥 | 基因表达数据, 时空数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 152 | 2025-10-06 |
SMAD4 and KRAS Status Shapes Cancer Cell-Stromal Cross-Talk and Therapeutic Response in Pancreatic Cancer
2025-Apr-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2330
PMID:39841099
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析SMAD4和KRAS基因状态对胰腺癌肿瘤微环境及治疗反应的影响 | 首次系统比较KrasG12D和KrasG12V突变背景下SMAD4缺失对胰腺癌基质组成和JAK/STAT信号通路的差异化影响 | 研究基于Trp53突变小鼠模型,结果在人类胰腺癌中的直接适用性需要进一步验证 | 阐明恶性细胞基因型如何通过细胞-基质相互作用影响胰腺癌治疗反应 | Trp53突变的胰腺导管腺癌小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 153 | 2025-10-06 |
Lineage Tracing and Single-Cell RNA Sequencing Reveal a Common Transcriptional State in Breast Cancer Tumor-Initiating Cells Characterized by IFN/STAT1 Activity
2025-Apr-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4022
PMID:40230213
|
研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序技术,揭示了乳腺癌肿瘤起始细胞中IFN/STAT1信号通路活化的共同转录状态 | 开发了STAT响应性谱系追踪系统,首次在单细胞水平发现TICs中普遍存在IFN/STAT1相关转录状态,并鉴定出骨髓基质细胞抗原-2作为该状态的表面标志物 | STAT信号检测方法仅适用于部分基底样三阴性乳腺癌异种移植模型,无法在所有模型中有效检测TICs | 探索乳腺癌肿瘤起始细胞的分子表型特征和选择性靶向策略 | 三阴性乳腺癌肿瘤起始细胞、异种移植模型和临床样本 | 单细胞转录组学 | 乳腺癌 | 谱系追踪、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个基底样三阴性乳腺癌异种移植模型和临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 154 | 2025-10-06 |
Induction of macrophage efferocytosis in pancreatic cancer via PI3Kγ inhibition and radiotherapy promotes tumour control
2025-Apr-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-333492
PMID:39788719
|
研究论文 | 本研究探讨了PI3Kγ抑制剂与放疗联合治疗胰腺癌的免疫调节机制 | 首次发现PI3Kγ抑制与放疗联合可促进巨噬细胞胞葬作用,使其从免疫耐受转变为抗原呈递状态 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索改善胰腺导管腺癌免疫治疗效果的联合策略 | 胰腺癌小鼠模型(LSL-KrasG12D/+;Trp53R172H/+;Pdx1-Cre) | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 流式细胞术,多重免疫组化,RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据,影像数据 | NA | NA | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 155 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics of the aging mouse brain reveals origins of inflammation in the white matter
2025-Apr-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58466-2
PMID:40185750
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析年轻、中年和老年小鼠大脑,揭示白质纤维束是大脑衰老过程中炎症反应的核心区域 | 首次系统性地在自然衰老过程中对三个年龄段和两种性别的小鼠大脑进行空间转录组学分析,识别出白质纤维束是年龄相关炎症变化最显著的区域 | 研究仅限于小鼠模型,需要在人类样本中进一步验证 | 系统理解年龄诱导的大脑分子变化 | 年轻、中年和老年小鼠的大脑组织 | 空间转录组学 | 老年疾病 | 空间转录组学,免疫荧光,定量MRI,计算机模拟分析 | NA | 空间转录组数据,图像数据,MRI数据 | 三个年龄段(年轻、中年、老年)和两种性别的小鼠大脑样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 156 | 2025-10-06 |
An integrated machine learning model of transcriptomic genes in multi-center chronic obstructive pulmonary disease reveals the causal role of TIMP4 in airway epithelial cell
2025-Apr-23, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03238-1
PMID:40269868
|
研究论文 | 本研究通过整合多中心COPD转录组数据,开发了13基因模型并鉴定TIMP4为关键致病基因 | 首次通过多中心数据整合和机器学习方法识别出与COPD发病机制相关的核心基因集,并验证TIMP4在纤毛细胞中的致病作用 | 研究样本来源仅限于两个中心,功能验证仍处于初步阶段 | 识别COPD发病机制中独立于患者变异性的核心基因集 | COPD患者肺组织样本和原代人气道上皮细胞 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | 加权基因共表达网络分析,机器学习,孟德尔随机化,单细胞测序 | 基因表达模型 | 转录组测序数据 | 来自两个中心的COPD患者肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 157 | 2025-10-06 |
A spatiotemporal cell atlas of cardiopulmonary progenitor cell allocation during development
2025-Apr-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115513
PMID:40178979
|
研究论文 | 本研究通过构建心肺祖细胞发育的时空细胞图谱,揭示了心肺共同发育的细胞谱系分配机制 | 首次创建了心肺祖细胞来源的细胞图谱,发现了先前未被充分认识的心肺祖细胞衍生谱系 | 研究主要基于小鼠胚胎发育模型,人类发育过程的直接适用性需要进一步验证 | 阐明心肺祖细胞在发育过程中的分配机制和分子调控网络 | 小鼠胚胎期心肺祖细胞及其发育后代 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪,空间定位,计算细胞轨迹分析 | 计算分析模型 | 单细胞转录组数据,空间定位数据 | E8.5时期Wnt2心肺祖细胞及其发育过程中的后代细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 158 | 2025-10-06 |
[Public Database-based Study to Explore the Expression and Role of DDB1
in Lung Adenocarcinoma]
2025-Apr-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer
|
研究论文 | 本研究基于公共数据库探讨DDB1在肺腺癌中的表达及其作用 | 首次系统分析DDB1在肺腺癌中的表达特征、预后价值及其与免疫细胞浸润的关系 | 研究主要依赖公共数据库数据,需要进一步实验验证机制 | 探究DDB1在肺腺癌中的表达特征、临床意义及生物学功能 | 肺腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 生物信息学分析,单细胞测序,组织芯片 | NA | 基因表达数据,临床病理数据,单细胞测序数据 | 公共数据库中的肺腺癌样本和组织芯片样本 | NA | 单细胞RNA-seq,组织芯片 | NA | NA |
| 159 | 2025-10-06 |
HMOX1-LDHB interaction promotes ferroptosis by inducing mitochondrial dysfunction in foamy macrophages during advanced atherosclerosis
2025-04-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.011
PMID:39731912
|
研究论文 | 本研究揭示了HMOX1-LDHB相互作用通过诱导线粒体功能障碍促进晚期动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞铁死亡的新机制 | 首次发现HMOX1-LDHB相互作用通过LONP1介导的TFAM降解导致线粒体功能障碍,从而促进泡沫巨噬细胞铁死亡 | NA | 阐明晚期动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞死亡的分子机制 | 动脉粥样硬化中的泡沫巨噬细胞,特别是TREM2低表达的泡沫巨噬细胞亚群 | 分子生物学 | 心血管疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 160 | 2025-10-06 |
An integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq data revealed metastasis-related regulators as prognostic indicators in lung adenocarcinoma
2025-Apr-30, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-2025-482
PMID:40400936
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,开发了肺腺癌预后预测模型 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据识别转移相关调控因子作为肺腺癌预后指标 | NA | 开发预测肺腺癌患者预后的列线图模型 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | 预后模型, 列线图 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |