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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-06 |
Identification of Recurrence-associated Gene Signatures and Machine Learning-based Prediction in IDH-Wildtype Histological Glioblastoma
2025-Apr-14, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-025-02345-4
PMID:40227386
|
研究论文 | 本研究通过基因共表达网络分析和机器学习方法,识别IDH野生型胶质母细胞瘤复发相关基因并建立预测模型 | 首次在IDH野生型组织学胶质母细胞瘤中鉴定8个复发相关基因,并开发了基于随机森林的高精度预测模型 | 研究样本量相对有限,需要更多独立队列验证模型的泛化能力 | 探索胶质母细胞瘤复发的分子机制并建立复发预测模型 | IDH野生型组织学胶质母细胞瘤患者 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), RT-qPCR, 单细胞RNA测序, 机器学习 | 随机森林(RF) | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | CGGA-693队列190例, CGGA-325队列111例, 另有两个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 122 | 2025-10-06 |
Psychological stress increases skin infection through the action of TGFβ to suppress immune-acting fibroblasts
2025-04-11, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.ads0519
PMID:40215323
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和脂质组学分析揭示了心理压力通过TGFβ抑制真皮成纤维细胞免疫功能从而增加皮肤感染的机制 | 首次发现心理压力通过脑-皮肤轴介导的TGFβ信号通路抑制成纤维细胞产生抗菌肽cathelicidin的免疫防御功能 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类中得到验证 | 探究心理压力增加皮肤感染易感性的分子机制 | 小鼠模型中的真皮成纤维细胞 | 免疫学 | 皮肤感染 | 单细胞转录组学, 脂质组学分析 | NA | 基因表达数据, 脂质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 123 | 2025-10-06 |
Eutopic macrophages facilitate endometriosis progression via ferroptosis-mediated release of S100A9
2025-Apr-03, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaaf027
PMID:40493892
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现子宫内膜异位症患者在位内膜中S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡释放S100A9促进疾病进展 | 首次揭示在位内膜中S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡机制促进子宫内膜异位症发展的新机制 | NA | 探究巨噬细胞在子宫内膜异位症发病机制中的具体作用 | 子宫内膜异位症患者组织样本和小鼠模型 | 单细胞生物学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序, 体外实验, 小鼠模型 | NA | 基因表达数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 124 | 2025-10-06 |
Lysine methyltransferase SETD7 coordinates the emergence of mature and senescent subpopulations during the decidualization of endometrial stromal cells
2025-Apr-03, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaaf028
PMID:40570096
|
研究论文 | 本研究揭示了组蛋白甲基转移酶SETD7在子宫内膜基质细胞蜕膜化过程中调控细胞命运分化的新机制 | 首次发现SETD7通过稳定雌激素受体蛋白而非其组蛋白甲基化活性来调控蜕膜化,并鉴定其为细胞命运分化的关键调节因子 | 研究主要基于体外细胞模型和公共数据库分析,缺乏体内实验验证 | 探究SETD7在子宫内膜基质细胞蜕膜化过程中的调控作用 | 子宫内膜基质细胞(EnSC) | 表观遗传学 | 复发性流产 | 单细胞RNA测序, mRNA微阵列 | 基因敲除模型 | 基因表达数据 | 公共数据库中的单细胞RNA测序数据和子宫内膜组织mRNA微阵列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 125 | 2025-10-06 |
Spatial profiling of ANO7 in prostate tissue: links to AR-signalling-associated lipid metabolism and inflammation
2025-04, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6405
PMID:39978863
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析ANO7在前列腺组织中的表达模式及其与雄激素受体信号和脂质代谢的关联 | 首次发现ANO7在前列腺上皮中呈现异质性开关表达模式,并揭示其与雄激素受体信号通路和脂质代谢的关联 | 研究样本仅来自局限性前列腺癌患者,未涵盖更广泛的前列腺疾病谱系 | 探讨ANO7基因在良性前列腺上皮中的功能作用 | 前列腺切除术样本中的良性前列腺上皮区域 | 空间转录组学 | 前列腺癌 | 空间转录组学,RNA-seq | NA | 空间转录组数据,批量RNA-seq数据 | 来自局限性前列腺癌患者的前列腺切除术样本(具体样本数未明确说明) | NA | 空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 126 | 2025-10-06 |
An Improved, High-Yield Method for Isolating Nuclei from Individual Zebrafish Embryos for Single-Nucleus RNA Sequencing
2025-04, Zebrafish
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/zeb.2024.0175
PMID:40040474
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研究论文 | 开发了一种改进的从斑马鱼胚胎中高效分离高质量细胞核的方法,用于单细胞RNA测序 | 采用珠磨均质化方法在96孔板格式中高效分离细胞核,相比酶消化法有显著改进 | NA | 建立高效的斑马鱼胚胎细胞核分离方法以支持单细胞测序研究 | 斑马鱼胚胎 | 单细胞测序 | NA | 单细胞组合索引RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 127 | 2025-10-06 |
CAF-derived exosomal LINC01711 promotes breast cancer progression by activating the miR-4510/NELFE axis and enhancing glycolysis
2025-Apr-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202402024RRR
PMID:40172996
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研究论文 | 本研究揭示了乳腺癌相关成纤维细胞通过外泌体传递LINC01711激活miR-4510/NELFE轴,从而增强乳腺癌细胞糖酵解和恶性进展的分子机制 | 首次发现CAF来源外泌体中的LINC01711通过miR-4510/NELFE轴调控TXN表达并促进糖酵解的新机制 | NA | 探索乳腺癌微环境中CAF通过外泌体lncRNA促进肿瘤进展的分子机制 | 乳腺癌细胞、癌症相关成纤维细胞(CAF)及其外泌体 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞测序、降维分析、聚类分析、细胞注释 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 128 | 2025-10-06 |
The spatial transcriptome of the late-stage embryonic and postnatal mouse brain reveals spatiotemporal molecular markers
2025-Apr-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-95496-8
PMID:40210990
|
研究论文 | 通过空间转录组分析研究小鼠胚胎晚期和出生后大脑发育过程中的时空分子标记 | 首次将空间转录组分析应用于发育中的胎儿大脑,发现了脉络丛、梨状皮层和丘脑的新分子标记,以及能够确定发育阶段背侧内嗅核的新型分子标记 | 研究主要基于小鼠模型,人类大脑发育可能存在差异;空间转录组数据的计算分析仍需进一步优化 | 研究小鼠大脑发育过程中基因表达的时空调控机制 | 胚胎晚期和出生后小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序,单细胞转录组数据整合 | 数据分析模型 | 空间转录组数据,单细胞转录组数据 | 小鼠大脑发育多个时间点的组织样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 129 | 2025-10-06 |
Cancer-associated fibroblasts in breast cancer in the single-cell era: Opportunities and challenges
2025-04, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189291
PMID:40024607
|
综述 | 本文探讨了单细胞时代乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的异质性、生物标志物分类及其在肿瘤进展中的作用 | 利用单细胞RNA测序技术系统分析乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的异质性和功能亚群 | NA | 探索乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的亚群分类及其在肿瘤微环境中的功能作用 | 乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 130 | 2025-10-06 |
The Lung Is Not a Primary Site of Platelet Biogenesis
2025-Apr-30, Physiological research
IF:1.9Q3
PMID:40432441
|
研究论文 | 本研究通过多物种实验验证肺脏是否为血小板生成的主要场所 | 首次通过跨物种比较(人类、小鼠、大鼠、兔子)系统评估肺脏血小板生成能力,结合血液参数分析、免疫组化和单细胞RNA测序技术 | 样本量有限,物种间差异可能影响结论的普适性 | 探究肺脏在血小板生物发生中的主要作用 | 人类、小鼠、大鼠、兔子的血小板和巨核细胞 | 生物医学研究 | 血液系统疾病 | 自动血液分析仪检测、免疫组织化学染色、单细胞RNA测序 | NA | 血液参数数据、组织染色图像、基因表达数据 | 人类124例、大鼠39例、兔子38例、小鼠未明确数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 131 | 2025-10-06 |
Nintedanib improves bleomycin-induced pulmonary fibrosis by inhibiting the Clec7a/SPP1 pathway in interstitial macrophages
2025-Apr, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111635
PMID:39892726
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序和RNA-seq数据分析,揭示了尼达尼布通过抑制间质巨噬细胞中Clec7a/SPP1通路改善肺纤维化的新机制 | 首次发现尼达尼布通过抑制间质巨噬细胞中Clec7a来阻断NFκB/SPP1促纤维化通路的新作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证该机制 | 探索尼达尼布治疗特发性肺纤维化的精确作用机制 | 博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型 | 单细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞测序,RNA-seq | Monocle2,Cellchat,Scenic | 基因表达数据 | 纤维化和尼达尼布治疗的纤维化小鼠肺组织 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 132 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing systematically analyzed the mechanism of Emdogain on the restoration of delayed replantation periodontal membrane
2025-04-17, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-024-00345-5
PMID:40246878
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序系统分析Emdogain在延迟再植牙周膜修复中的作用机制 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示EMD通过调控Vtn+成纤维细胞、促进骨生成和血管生成通路的作用机制 | 研究仅基于大鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究Emdogain促进延迟再植牙周膜修复的细胞和分子机制 | 大鼠延迟牙齿再植模型 | 单细胞测序 | 牙周病 | 单细胞RNA测序,micro-CT,HE染色,TRAP染色,免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据,影像数据,组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2025-10-06 |
Pan-cancer Analysis Identified Ectopic RUNX1T1 Associated with Lineage Plasticity
2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.18.649575
PMID:40488132
|
研究论文 | 通过泛癌分析发现异位RUNX1T1表达与肿瘤谱系可塑性相关 | 首次利用HOX代码量化肿瘤谱系可塑性,并鉴定RUNX1T1作为泛癌谱系可塑性标志物 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证 | 鉴定与肿瘤谱系可塑性相关的泛癌生物标志物 | 114种癌症类型中的肿瘤细胞 | 生物信息学 | 多癌种(前列腺癌、肺癌、急性髓系白血病) | RNA测序、生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | 超过80,000个RNA测序样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 134 | 2025-10-06 |
Ectopic Expansion of Pulmonary Vasculature in Fibrotic Lung Disease and Lung Adenocarcinoma Marked by Proangiogenic COL15A1+ Endothelial Cells
2025-Apr, Pulmonary circulation
IF:2.2Q3
DOI:10.1002/pul2.70102
PMID:40463493
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据比较多种间质性肺疾病和肺癌中的血管内皮细胞群体,发现表达COL15A1的支气管源性内皮细胞在肺纤维化和肺癌中异常扩张 | 首次在多种间质性肺疾病和肺癌中鉴定出表达COL15A1的支气管源性内皮细胞亚群的异常扩张 | 样本量有限,特别是NSCLC组仅8例样本,需要进一步功能验证研究 | 比较不同肺疾病中血管内皮细胞群体的特征,识别共同的血管重塑模式 | 人肺组织标本中的血管内皮细胞 | 单细胞基因组学 | 肺纤维化,肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 186例肺组织标本(健康59例,ILD 97例,COPD 22例,NSCLC 8例) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 135 | 2025-10-06 |
IL-12-producing cytokine factories induce precursor exhausted T cells and elimination of primary and metastatic tumors
2025-Apr-01, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010685
PMID:40169286
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研究论文 | 本研究开发了一种IL-12细胞因子工厂平台,通过局部给药诱导前体耗竭T细胞,有效治疗多种实体瘤并产生系统性免疫 | 利用临床可转化的细胞因子递送平台局部递送IL-12,避免了系统性给药的毒性问题,同时有效诱导Tpex细胞分化 | 研究主要基于动物模型,非人灵长类安全性数据有限,临床疗效尚待验证 | 评估局部给予IL-12细胞因子工厂的安全性和抗肿瘤疗效 | 结直肠癌小鼠模型、黑色素瘤小鼠模型和非人灵长类动物 | 免疫治疗 | 结直肠癌, 黑色素瘤, 实体瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9只结直肠癌小鼠和黑色素瘤小鼠模型,以及非人灵长类动物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 136 | 2025-10-06 |
Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits
2025-Apr-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.02.012
PMID:40081369
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研究论文 | 开发了一种结合空间转录组学和CRISPR筛选的新方法Perturb-FISH,用于研究单细胞分辨率下的遗传和分子关联 | 首次将成像空间转录组学与原位扩增引导RNA的光学检测相结合,能够同时分析细胞内、细胞间和功能转录回路 | NA | 开发一种能够在单细胞分辨率下研究空间和功能生物学遗传分子关联的通用方法 | 培养单细胞、三维异种移植模型、人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞 | 空间转录组学 | 自闭症谱系障碍 | CRISPR筛选、空间转录组学、单细胞RNA测序 | Perturb-FISH | 空间转录组数据、功能表型数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 137 | 2025-10-06 |
Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10
2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082
PMID:39734035
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研究论文 | 本研究通过免疫学和分子特征分析,揭示PSMB10杂合变异(G201R)导致严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的机制 | 首次证明PSMB10杂合变异通过显性负性作用影响免疫蛋白酶体表达,导致CD8+T细胞阳性选择受损和自身反应性T细胞阴性选择异常 | 研究仅针对单个病例,样本量有限,需要更多病例验证 | 探究PSMB10杂合变异在严重联合免疫缺陷和Omenn综合征中的免疫学和分子机制 | 携带PSMB10 p.G201R杂合变异的婴儿患者 | 免疫学 | 严重联合免疫缺陷 | 流式细胞术,免疫印迹,人工胸腺器官培养,单细胞RNA测序 | NA | 细胞表型数据,蛋白质表达数据,基因表达数据 | 1例患者及其父母 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 138 | 2025-10-06 |
Multi-Omic Insight Into the Molecular Networks in the Pathogenesis of Coronary Artery Disease
2025-Apr, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.037203
PMID:40135555
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据识别与冠状动脉疾病风险相关的关键基因 | 首次通过整合基因甲基化、表达和蛋白质水平的多组学数据,结合孟德尔随机化和共定位分析,识别出TAGLN2等与CAD风险相关的关键基因 | 潜在因果基因仍未完全识别,缺乏因果治疗验证 | 探索冠状动脉疾病的分子网络发病机制 | 冠状动脉疾病相关基因 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 全基因组关联研究, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 共定位分析 | NA | 基因组数据, 甲基化数据, 表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 139 | 2025-10-06 |
SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881
PMID:40179332
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研究论文 | 提出一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器,结合对比学习用于空间转录组学数据分析 | 首次在空间转录组学中引入双重掩码机制,同时掩码节点和边,并结合图自编码器与对比学习模块 | 未明确说明 | 提高空间转录组学数据聚类的准确性和鲁棒性 | 空间转录组学数据中的细胞位置和基因表达 | 空间转录组学 | NA | 空间分辨转录组学 | 图神经网络, 图自编码器, 对比学习 | 空间基因表达数据 | 来自5个不同平台的8个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 140 | 2025-10-06 |
[Mechanism of Quanduzhong Capsules in treating knee osteoarthritis from perspective of spatial heterogeneity]
2025-Apr, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学数据挖掘和动物实验验证,系统表征拳杜仲胶囊对膝骨关节炎软骨病变的靶向作用 | 首次从空间异质性角度揭示拳杜仲胶囊在膝骨关节炎不同软骨区域的靶向作用机制 | 研究主要基于大鼠模型和有限临床样本,需进一步扩大临床验证 | 阐明拳杜仲胶囊治疗膝骨关节炎的作用机制 | SD大鼠膝骨关节炎模型和临床膝骨关节炎患者软骨组织 | 空间转录组学 | 膝骨关节炎 | 空间转录组学,HE染色,免疫组化,生物信息学分析 | NA | 空间转录组数据,组织图像数据 | SD大鼠模型和临床患者软骨组织数据集GSE254844 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |