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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-06 |
Ectopic Expansion of Pulmonary Vasculature in Fibrotic Lung Disease and Lung Adenocarcinoma Marked by Proangiogenic COL15A1+ Endothelial Cells
2025-Apr, Pulmonary circulation
IF:2.2Q3
DOI:10.1002/pul2.70102
PMID:40463493
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据比较多种间质性肺疾病和肺癌中的血管内皮细胞群体,发现表达COL15A1的支气管源性内皮细胞在肺纤维化和肺癌中异常扩张 | 首次在多种间质性肺疾病和肺癌中鉴定出表达COL15A1的支气管源性内皮细胞亚群的异常扩张 | 样本量有限,特别是NSCLC组仅8例样本,需要进一步功能验证研究 | 比较不同肺疾病中血管内皮细胞群体的特征,识别共同的血管重塑模式 | 人肺组织标本中的血管内皮细胞 | 单细胞基因组学 | 肺纤维化,肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 186例肺组织标本(健康59例,ILD 97例,COPD 22例,NSCLC 8例) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 122 | 2025-10-06 |
IL-12-producing cytokine factories induce precursor exhausted T cells and elimination of primary and metastatic tumors
2025-Apr-01, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010685
PMID:40169286
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研究论文 | 本研究开发了一种IL-12细胞因子工厂平台,通过局部给药诱导前体耗竭T细胞,有效治疗多种实体瘤并产生系统性免疫 | 利用临床可转化的细胞因子递送平台局部递送IL-12,避免了系统性给药的毒性问题,同时有效诱导Tpex细胞分化 | 研究主要基于动物模型,非人灵长类安全性数据有限,临床疗效尚待验证 | 评估局部给予IL-12细胞因子工厂的安全性和抗肿瘤疗效 | 结直肠癌小鼠模型、黑色素瘤小鼠模型和非人灵长类动物 | 免疫治疗 | 结直肠癌, 黑色素瘤, 实体瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9只结直肠癌小鼠和黑色素瘤小鼠模型,以及非人灵长类动物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 123 | 2025-10-06 |
Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits
2025-Apr-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.02.012
PMID:40081369
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研究论文 | 开发了一种结合空间转录组学和CRISPR筛选的新方法Perturb-FISH,用于研究单细胞分辨率下的遗传和分子关联 | 首次将成像空间转录组学与原位扩增引导RNA的光学检测相结合,能够同时分析细胞内、细胞间和功能转录回路 | NA | 开发一种能够在单细胞分辨率下研究空间和功能生物学遗传分子关联的通用方法 | 培养单细胞、三维异种移植模型、人诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞 | 空间转录组学 | 自闭症谱系障碍 | CRISPR筛选、空间转录组学、单细胞RNA测序 | Perturb-FISH | 空间转录组数据、功能表型数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 124 | 2025-10-06 |
Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10
2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082
PMID:39734035
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研究论文 | 本研究通过免疫学和分子特征分析,揭示PSMB10杂合变异(G201R)导致严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的机制 | 首次证明PSMB10杂合变异通过显性负性作用影响免疫蛋白酶体表达,导致CD8+T细胞阳性选择受损和自身反应性T细胞阴性选择异常 | 研究仅针对单个病例,样本量有限,需要更多病例验证 | 探究PSMB10杂合变异在严重联合免疫缺陷和Omenn综合征中的免疫学和分子机制 | 携带PSMB10 p.G201R杂合变异的婴儿患者 | 免疫学 | 严重联合免疫缺陷 | 流式细胞术,免疫印迹,人工胸腺器官培养,单细胞RNA测序 | NA | 细胞表型数据,蛋白质表达数据,基因表达数据 | 1例患者及其父母 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 125 | 2025-10-06 |
Multi-Omic Insight Into the Molecular Networks in the Pathogenesis of Coronary Artery Disease
2025-Apr, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.037203
PMID:40135555
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据识别与冠状动脉疾病风险相关的关键基因 | 首次通过整合基因甲基化、表达和蛋白质水平的多组学数据,结合孟德尔随机化和共定位分析,识别出TAGLN2等与CAD风险相关的关键基因 | 潜在因果基因仍未完全识别,缺乏因果治疗验证 | 探索冠状动脉疾病的分子网络发病机制 | 冠状动脉疾病相关基因 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 全基因组关联研究, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 共定位分析 | NA | 基因组数据, 甲基化数据, 表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 126 | 2025-10-06 |
SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881
PMID:40179332
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研究论文 | 提出一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器,结合对比学习用于空间转录组学数据分析 | 首次在空间转录组学中引入双重掩码机制,同时掩码节点和边,并结合图自编码器与对比学习模块 | 未明确说明 | 提高空间转录组学数据聚类的准确性和鲁棒性 | 空间转录组学数据中的细胞位置和基因表达 | 空间转录组学 | NA | 空间分辨转录组学 | 图神经网络, 图自编码器, 对比学习 | 空间基因表达数据 | 来自5个不同平台的8个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 127 | 2025-10-06 |
[Mechanism of Quanduzhong Capsules in treating knee osteoarthritis from perspective of spatial heterogeneity]
2025-Apr, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学数据挖掘和动物实验验证,系统表征拳杜仲胶囊对膝骨关节炎软骨病变的靶向作用 | 首次从空间异质性角度揭示拳杜仲胶囊在膝骨关节炎不同软骨区域的靶向作用机制 | 研究主要基于大鼠模型和有限临床样本,需进一步扩大临床验证 | 阐明拳杜仲胶囊治疗膝骨关节炎的作用机制 | SD大鼠膝骨关节炎模型和临床膝骨关节炎患者软骨组织 | 空间转录组学 | 膝骨关节炎 | 空间转录组学,HE染色,免疫组化,生物信息学分析 | NA | 空间转录组数据,组织图像数据 | SD大鼠模型和临床患者软骨组织数据集GSE254844 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 128 | 2025-10-06 |
Robust generation of photoreceptor-dominant retinal organoids from porcine induced pluripotent stem cells
2025-04-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102425
PMID:40054472
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研究论文 | 本研究开发了从猪诱导多能干细胞高效生成光感受器主导的视网膜类器官的方法 | 建立了首个能够稳定生成猪诱导多能干细胞来源视网膜类器官的系统,解决了猪这一重要临床前大动物模型中视网膜细胞来源问题 | 研究主要聚焦于类器官的生成和表征,尚未进行体内移植功能验证 | 开发猪诱导多能干细胞生成视网膜类器官的可靠方法,为视网膜退行性疾病研究提供临床前模型 | 猪诱导多能干细胞及其分化的视网膜类器官 | 再生医学 | 视网膜退行性疾病 | 免疫细胞化学,单细胞RNA测序 | NA | 图像数据,基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 129 | 2025-10-06 |
Impact of lymph node metastasis on immune microenvironment and prognosis in colorectal cancer liver metastasis: insights from multiomics profiling
2025-Apr, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02921-2
PMID:39753715
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨淋巴结转移对结直肠癌肝转移患者预后的影响及其免疫机制 | 首次整合SEER数据库和中国多中心队列,结合bulk RNA测序、单细胞RNA测序和蛋白质组学数据系统分析淋巴结转移对免疫微环境的影响 | 回顾性研究设计,需要前瞻性验证 | 研究淋巴结转移对结直肠癌肝转移患者预后的影响及免疫机制 | 结直肠癌肝转移患者 | 数字病理 | 结直肠癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫组织化学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 病理图像 | 来自SEER队列和中国多中心队列的结直肠癌肝转移患者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 130 | 2025-10-06 |
Exploration of common molecular mechanisms of psoriatic arthritis and aging based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis
2025-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167730
PMID:39965531
|
研究论文 | 通过整合生物信息学和单细胞RNA测序分析探索银屑病关节炎与衰老的共同分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序数据整合分析发现银屑病关节炎与衰老共享的CD8-CM细胞亚群和关键基因 | 样本来源有限,仅分析了滑膜液和外周血数据 | 研究银屑病关节炎与衰老之间的共同分子机制 | 银屑病关节炎患者的滑膜液、衰老患者的外周血样本以及正常人群 | 生物信息学 | 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 共定位分析, KEGG通路富集分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, GWAS数据, eQTL数据 | 银屑病关节炎患者滑膜液、衰老患者外周血和正常人群样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 131 | 2025-10-06 |
Integration of Single-Cell and Bulk Transcriptome to Reveal an Endothelial Transition Signature Predicting Bladder Cancer Prognosis
2025-Apr-28, Biology
DOI:10.3390/biology14050486
PMID:40427675
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组数据揭示预测膀胱癌预后的内皮细胞转化特征 | 发现了一种新的内皮细胞转化特征,识别了关键的尖端到毛细血管内皮细胞亚群,并构建了优于现有31个模型的膀胱癌预后预测模型 | NA | 研究内皮细胞在肿瘤进展中的作用,特别是尖端内皮细胞在出芽后的转化过程 | 内皮细胞,特别是尖端到毛细血管内皮细胞亚群 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据,批量转录组数据 | TCGA-BLCA、GSE32894、GSE32548和GSE70691队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 132 | 2025-10-06 |
FPCAM: A Weighted Dictionary-Driven Model for Single-Cell Annotation in Pulmonary Fibrosis
2025-Apr-26, Biology
DOI:10.3390/biology14050479
PMID:40427668
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研究论文 | 开发了一种用于肺纤维化单细胞注释的加权字典驱动模型FPCAM | 基于R Shiny平台构建,利用上调标记基因矩阵和手动整理的肺纤维化特异性基因-细胞关联词典,通过相似性矩阵构建和优化匹配算法实现自动化细胞类型注释 | NA | 解决单细胞RNA测序中细胞类型注释的准确性问题 | 肺纤维化相关的单细胞数据 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | 加权字典驱动模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2025-10-06 |
Natural Killer Cell Activation Signature Identifies Cyclin B1/CDK1 as a Druggable Target to Overcome Natural Killer Cell Dysfunction and Tumor Invasiveness in Melanoma
2025-Apr-30, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18050666
PMID:40430484
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研究论文 | 本研究建立了自然杀伤细胞活化相关预后标志物,并确定CCNB1/CDK1复合物作为克服黑色素瘤中NK细胞功能障碍和肿瘤侵袭性的可药物靶点 | 首次发现CCNB1/CDK1复合物通过磷酸化STAT3激活IL-6/STAT3正反馈环路,同时通过TGF-β-SMAD2/3信号诱导EMT,揭示了其在免疫逃逸和肿瘤侵袭中的双重作用 | 研究主要基于体外共培养系统和动物模型,需要进一步临床验证 | 建立NK细胞活化相关预后标志物并识别可药物靶点以克服NK细胞功能障碍 | 黑色素瘤细胞、NK-92MI细胞、TCGA-SKCM队列数据 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 流式细胞术、Western blotting、共免疫沉淀、ELISA、qRT-PCR、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、蛋白质数据 | TCGA-SKCM队列及五个独立黑色素瘤数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 134 | 2025-10-06 |
Construction of Diagnostic Model for Regulatory T Cell-Related Genes in Sepsis Based on Machine Learning
2025-Apr-27, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051060
PMID:40426888
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研究论文 | 基于机器学习构建脓毒症中调节性T细胞相关基因的诊断模型 | 结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法筛选Treg相关诊断基因,并通过实验验证 | NA | 识别与脓毒症诊断相关的调节性T细胞基因并构建诊断模型 | 脓毒症患者和对照组的转录数据 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,qPCR实验 | 多种机器学习算法 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 135 | 2025-10-06 |
Development and Experimental Validation of Machine Learning-Based Disulfidptosis-Related Ferroptosis Biomarkers in Inflammatory Bowel Disease
2025-Apr-27, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16050496
PMID:40428318
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研究论文 | 开发并验证了基于机器学习的双硫死亡相关铁死亡生物标志物在炎症性肠病中的应用 | 首次将双硫死亡与铁死亡基因结合作为IBD诊断标志物,并采用机器学习方法筛选核心基因 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 鉴定双硫死亡相关铁死亡基因作为IBD诊断指标并阐明其机制 | 炎症性肠病患者和DSS诱导的小鼠结肠炎模型 | 机器学习 | 炎症性肠病 | RNA-seq, qRT-PCR, 单细胞测序 | LASSO, 随机森林(RF) | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 四个GEO数据集(GSE65114, GSE87473, GSE102133, GSE186582)和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 136 | 2025-10-06 |
Exploring the Molecular Mechanism and Role of Glutathione S-Transferase P in Prostate Cancer
2025-Apr-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051051
PMID:40426879
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研究论文 | 本研究探讨谷胱甘肽S-转移酶P在前列腺癌中的分子机制和作用 | 首次通过双向孟德尔随机化分析证实GSTP与前列腺癌风险的因果关系,并结合单细胞RNA测序揭示细胞类型特异性表达模式 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探究谷胱甘肽代谢关键酶与前列腺癌的因果关系及分子机制 | 前列腺癌组织与正常组织 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 转录组分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, LASSO回归, 免疫浸润分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | GEO数据库中的前列腺癌转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 137 | 2025-10-06 |
Prognostic Significance of CLDN1, INHBA, and CXCL12 in Colon Adenocarcinoma: A Multi-Omics and Single-Cell Approach
2025-Apr-24, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051035
PMID:40426863
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研究论文 | 本研究通过多组学和单细胞方法鉴定结肠腺癌的潜在预后生物标志物 | 结合多组学分析和单细胞RNA测序技术系统筛选结肠腺癌关键枢纽基因 | 需要进一步的实验验证才能将发现转化为精准医疗应用 | 识别结肠腺癌的潜在生物标志物以推动个性化治疗策略 | 结肠腺癌(COAD)患者基因表达数据 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序,DNA甲基化分析,miRNA分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 生物信息学分析流程 | 基因表达数据,表观遗传数据,单细胞测序数据 | 基于多个结肠腺癌基因表达数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,表观遗传分析 | NA | NA |
| 138 | 2025-10-06 |
Exploring Therapeutic Potential of Bi-Qi Capsules in Treatment of Gout by Discovering Crucial Drug Targets
2025-Apr-24, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18050618
PMID:40430440
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研究论文 | 通过多维数据分析策略探索痹祺胶囊治疗痛风的关键药物靶点及其治疗潜力 | 首次结合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和分子对接等多维方法系统揭示痹祺胶囊抗痛风的多靶点作用机制 | 研究主要基于公共数据库数据,缺乏实验验证 | 探索痹祺胶囊治疗痛风的潜在药物靶点和作用机制 | 痛风相关基因和痹祺胶囊作用靶点 | 生物信息学 | 痛风 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 基因集富集分析, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 药物靶点数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 139 | 2025-10-06 |
Targeting Redox Signaling Through Exosomal MicroRNA: Insights into Tumor Microenvironment and Precision Oncology
2025-Apr-22, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox14050501
PMID:40427384
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综述 | 本文系统探讨了活性氧-微RNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控机制及其在精准肿瘤治疗中的应用前景 | 首次系统整合了活性氧、微RNA和外泌体在肿瘤微环境中的三方互作机制,并探讨了天然产物通过调控这一轴线的治疗潜力 | NA | 阐明活性氧-微RNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控网络及其治疗应用 | 肿瘤微环境中的免疫细胞、基质细胞及外泌体介导的细胞间通讯 | 精准肿瘤学 | 癌症 | 空间转录组学、单细胞分析 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
| 140 | 2025-10-06 |
Severe inflammation and lineage skewing are associated with poor engraftment of engineered hematopoietic stem cells in patients with sickle cell disease
2025-Apr-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58321-4
PMID:40169559
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研究论文 | 本研究报道了针对镰状细胞病患者使用慢病毒载体DREPAGLOBE进行基因治疗的I/II期临床试验结果 | 首次通过单细胞转录组分析揭示HSCs中炎症特征与移植效果不佳的关联 | 样本量有限,随访时间相对较短(18-36个月) | 评估基于DREPAGLOBE的基因治疗在镰状细胞病患者中的安全性和有效性 | 镰状细胞病患者 | 基因治疗 | 镰状细胞病 | 慢病毒载体基因治疗,单细胞转录组分析 | NA | 临床数据,单细胞转录组数据 | I/II期临床试验患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |