单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-03-05	X-scPAE: An explainable deep learning model for embryonic lineage allocation prediction based on single-cell transcriptomics revealing key genes in embryonic cell development 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109787 PMID:39946788	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞转录组学的可解释深度学习模型X-scPAE，用于预测胚胎细胞谱系分配并揭示胚胎细胞发育中的关键基因	提出了基于PCA和注意力机制的可解释深度学习模型X-scPAE，结合Counterfactual Gradient Attribution算法，能够预测细胞谱系分配并解释基因表达差异	未明确提及模型的局限性	准确预测细胞谱系分配并识别谱系间的基因表达差异，以理解细胞分化过程并减少早期妊娠流产	人类和小鼠的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学	PCA-based deep learning attention autoencoder (X-scPAE)	单细胞转录组数据	未明确提及样本数量
102	2025-03-03	Multi-omics analysis to explore the molecular mechanisms related to keloid 2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.burns.2025.107396 PMID:39874886	研究论文	本研究通过多组学分析探索了瘢痕疙瘩的分子机制，识别了关键基因和免疫细胞的作用，并提出了潜在的治疗靶点	结合bulk RNA测序、孟德尔随机化、免疫浸润分析和单细胞RNA测序，揭示了DUSP1和HOXA5在瘢痕疙瘩中的关键作用，并提出了IL17信号通路作为潜在治疗靶点	研究主要基于基因表达和免疫细胞分析，缺乏体内实验验证，且样本量未明确说明	识别瘢痕疙瘩的致病机制、关键基因和免疫细胞的作用，为靶向治疗提供新见解	瘢痕疙瘩组织	生物信息学	皮肤疾病	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、免疫浸润分析	NA	基因表达数据	NA
103	2025-03-03	Identification and validation of immune-related biomarkers and polarization types of macrophages in keloid based on bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.burns.2025.107413 PMID:39923303	研究论文	本研究通过bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了瘢痕疙瘩中与免疫相关的生物标志物和巨噬细胞极化类型	首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析瘢痕疙瘩中的免疫相关基因和巨噬细胞极化状态，并识别出BMP1和IL1R1作为新的生物标志物	研究依赖于公开的RNA-seq数据集，样本量可能有限，且未进行大规模临床验证	识别瘢痕疙瘩中的免疫相关生物标志物和巨噬细胞极化类型，为治疗提供新思路	瘢痕疙瘩组织	生物信息学	瘢痕疙瘩	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, LASSO, SVM-RFE, 随机森林, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 蛋白质印迹, 免疫荧光	LASSO, SVM-RFE, 随机森林	RNA-seq数据	多个GEO数据集（GSE83286, GSE212954, GSE92566, GSE90051）
104	2025-02-27	Loss of ATG7 in microglia impairs UPR, triggers ferroptosis, and weakens amyloid pathology control 2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230173 PMID:39945772	研究论文	本文研究了在小鼠模型中，微胶质细胞特异性删除Atg7基因如何影响阿尔茨海默病（AD）中的淀粉样β（Aβ）斑块控制，揭示了Atg7缺失导致未折叠蛋白反应（UPR）减少和氧化应激增加，进而引发铁死亡	首次揭示了Atg7在微胶质细胞中对UPR和氧化应激的调控作用，及其在Aβ斑块控制中的关键角色	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨Atg7在微胶质细胞中对Aβ斑块控制的作用机制	AD小鼠模型中的微胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、生化分析、免疫荧光分析	小鼠模型	基因表达数据、生化数据、图像数据	AD小鼠模型中的微胶质细胞
105	2025-02-27	Ephrin-B2 acts as a positive regulator of osteogenesis-angiogenesis coupling 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140555 PMID:39894124	研究论文	本研究探讨了Ephrin-B2信号在骨生成-血管生成耦合中的作用及其潜在机制，为牙周组织工程提供指导	通过单细胞转录组数据分析揭示了Ephrin-B2信号在牙周炎中的缺陷，并通过构建过表达Ephrin-B2的成骨细胞与HUVECs共培养系统，证实了Ephrin-B2信号在促进血管生成和牙周骨再生中的积极作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床环境中验证其效果	探索Ephrin-B2信号在骨生成-血管生成耦合中的作用及其潜在机制	牙周组织中的成骨细胞和内皮细胞	组织工程	牙周炎	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	来自公开数据库的单细胞转录组数据（GEO编号：GSE171213）
106	2025-02-27	Single-cell transcriptional footprint for pseudogene SsCLEC9A is associated with antigen processing and presentation in Sus scrofa 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140629 PMID:39904428	研究论文	本文研究了猪中C型凝集素结构域家族9成员A（CLEC9A）的假基因SsCLEC9A的转录足迹及其在抗原处理和呈递中的作用	首次揭示了猪中唯一的CLEC9A（SsCLEC9A）由于约29.8-44.7百万年前发生的三个突变而成为假基因，挑战了CLEC9A在哺乳动物免疫交叉呈递中的重要性	研究主要集中于猪的DCs，未涉及其他哺乳动物或细胞类型	探讨SsCLEC9A假基因的转录适应及其在抗原处理和呈递中的功能	猪的树突状细胞（DCs）	免疫学	NA	荧光激活细胞分选（FACS）和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及猪的DCs
107	2025-02-26	Exploring immune gene expression and potential regulatory mechanisms in anaplastic thyroid carcinoma using a combination of single-cell and bulk RNA sequencing data 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108311 PMID:39674047	研究论文	本研究通过结合单细胞和批量RNA测序数据，探索了未分化甲状腺癌（ATC）中的免疫基因表达及其潜在调控机制	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了ATC中的差异表达免疫基因，并发现了潜在的调控转录因子和药物靶点	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	识别ATC中的新型治疗靶点，以改善ATC的诊断和治疗	未分化甲状腺癌（ATC）和乳头状甲状腺癌（PTC）	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的ATC和PTC样本
108	2025-02-26	Development of a centrosome amplification-associated signature in kidney renal clear cell carcinoma based on multiple machine learning models 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108317 PMID:39675190	研究论文	本研究通过多种机器学习模型开发了与肾透明细胞癌（KIRC）中心体扩增相关的特征，并评估了其对预后和治疗反应的预测能力	首次构建了与KIRC中心体扩增相关的预后指数（CAAPI），并揭示了其在肿瘤微环境调节和免疫治疗反应中的重要作用	研究主要依赖于TCGA-KIRC数据集，外部验证数据集较少，可能影响结果的普适性	探索中心体扩增相关特征在KIRC预后和治疗反应预测中的作用	肾透明细胞癌（KIRC）患者	机器学习	肾癌	随机生存森林分析、Cox回归分析、单细胞RNA测序	随机生存森林、Cox回归模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA-KIRC数据集、ICGC和GEO数据集用于验证，单细胞RNA测序数据来自GSE159115
109	2025-02-26	Application of bioinformatic tools in cell type classification for single-cell RNA-seq data 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108332 PMID:39793515	研究论文	本文比较和评估了支持向量机（SVM）四种不同核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	本文首次系统地比较了SVM的不同核函数在单细胞RNA测序数据分类中的表现，并发现线性核和S型核在分类准确性和计算速度上具有优势	研究仅基于三个标准的单细胞RNA测序数据集，可能无法全面反映所有单细胞数据的复杂性	评估SVM不同核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	支持向量机（SVM）	单细胞RNA测序数据	三个标准的单细胞RNA测序数据集
110	2025-02-26	PcoCas12a: A novel CRISPR enzyme from Prevotella copri enhancing TCR-T-cell tumor suppression 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139740 PMID:39800033	研究论文	本研究鉴定了一种新型基因编辑酶CRISPR/PcoCas12a，源自Prevotella copri，并展示了其在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制的能力	发现了一种新型CRISPR酶PcoCas12a，具有更广泛的编辑位点和更高的编辑效率，特别是在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制的能力	未明确提及研究的局限性	寻找并验证一种适用于免疫细胞编辑的高效基因编辑酶	TCR-T细胞	基因编辑	肿瘤	CRISPR/Cas12a	NA	单细胞测序数据	未明确提及样本数量
111	2025-02-26	Astragalus polysaccharide reduces the severity of acute pancreatitis under a high-fat diet through enriching L. reuteri and propionate 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140021 PMID:39837455	研究论文	本研究探讨了黄芪多糖（APS）在高脂饮食（HFD）下对急性胰腺炎（AP）严重程度的影响，发现APS通过调节肠道微生物群减轻HFD引起的AP恶化	揭示了APS通过增加L. reuteri和丙酸盐（PA）水平来减轻AP严重性的机制，并提出了肠道-胰腺轴作为AP治疗的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨APS在高脂饮食下对急性胰腺炎严重程度的影响及其机制	高脂饮食诱导的急性胰腺炎小鼠模型	消化系统疾病	急性胰腺炎	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、血清酶和细胞因子数据	未明确提及样本数量，但基于小鼠实验
112	2025-02-26	Deciphering chondrocyte diversity in diabetic osteoarthritis through single-cell transcriptomics 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108356 PMID:39848169	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病性骨关节炎（DOA）与骨关节炎（OA）在细胞和分子机制上的差异，并发现了一种新的软骨细胞亚群	发现了DOA中一种新的软骨细胞亚群，称为'热休克'软骨细胞，并揭示了DOA中炎症通路的显著上调	未提及样本量的具体信息，且未讨论研究的长期临床意义	阐明糖尿病性骨关节炎（DOA）与骨关节炎（OA）在细胞和分子机制上的差异	软骨细胞	单细胞转录组学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
113	2025-02-26	High antigen-presenting CAF levels correlate with reduced glycosaminoglycan biosynthesis-heparan sulfate/heparin metabolism in immune cells and poor prognosis in esophageal squamous cell carcinoma: Insights from bulk and single-cell transcriptome profiling 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140418 PMID:39889995	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了食管鳞状细胞癌中抗原呈递的癌症相关成纤维细胞（apCAF）对肿瘤代谢环境的重塑作用及其与患者不良预后的关联	首次在食管鳞状细胞癌中识别出抗原呈递的癌症相关成纤维细胞（apCAF）亚群，并揭示了其对肿瘤代谢环境的重塑机制	研究中未详细探讨apCAF如何具体影响免疫逃逸的分子机制	探讨癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的代谢重编程作用及其对患者预后的影响	食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
114	2025-02-26	Nintedanib improves bleomycin-induced pulmonary fibrosis by inhibiting the Clec7a/SPP1 pathway in interstitial macrophages 2025-Apr, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111635 PMID:39892726	研究论文	本研究通过单细胞测序和RNA-seq数据的整合分析，揭示了Nintedanib在治疗特发性肺纤维化中的新机制	发现了Nintedanib通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a，进而抑制SPP1介导的纤维化通路，提供了新的治疗视角	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	揭示Nintedanib在治疗特发性肺纤维化中的具体作用机制	特发性肺纤维化小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序, RNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠肺组织样本
115	2025-02-26	A systematic review of single-cell RNA sequencing applications and innovations 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108362 PMID:39919386	review	本文系统回顾了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的应用和创新，特别是在胰岛细胞中的应用	强调了scRNA-seq在理解细胞类型、基因活动和细胞相互作用方面的进展，并讨论了其在复杂生物过程和疾病研究中的重要性	讨论了scRNA-seq的挑战和局限性	研究单细胞RNA测序在细胞多样性和复杂生物过程中的应用	胰岛细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
116	2025-02-26	Unveiling FKBP7 as an early endoplasmic reticulum sentinel in pancreatic stellate cell activation, collagen remodeling and tumor progression 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217538 PMID:39924075	研究论文	本文揭示了FKBP7在胰腺星状细胞激活、胶原重塑和肿瘤进展中的早期内质网哨兵作用	首次发现FKBP7作为胰腺星状细胞激活的早期标志物，并揭示其通过调节特定胶原亚型的分泌来影响肿瘤微环境	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床环境中进行验证	探讨内质网驻留蛋白FKBP7在胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的作用	胰腺星状细胞（PSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、功能分析	NA	RNA测序数据、组织样本	PDAC患者组织样本
117	2025-02-26	The development and potent antitumor efficacy of CD44/CD133 dual-targeting IL7Rα-armored CAR-T cells against glioblastoma 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217541 PMID:39952598	研究论文	本文开发了一种针对CD44和CD133的双靶向IL7Rα装甲CAR-T细胞，用于治疗胶质母细胞瘤（GBM），并展示了其在临床前模型中的抗肿瘤效果	开发了一种新型的双靶向CAR-T细胞（Tanζ-T28-Δ7R），结合了CD44和CD133的靶向能力以及IL-7受体α的细胞内结构域，增强了抗肿瘤效果	研究主要基于临床前模型，尚未进行大规模临床试验验证其安全性和有效性	开发一种针对胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法，克服肿瘤异质性和免疫抑制微环境的挑战	胶质母细胞瘤（GBM）患者来源的胶质瘤干细胞（GSCs）、颅内异种移植模型、患者来源的异种移植模型和胶质母细胞瘤类器官（GBOs）	免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	CAR-T细胞	测序数据、细胞表型数据	患者来源的GSCs、颅内异种移植模型、患者来源的异种移植模型和GBOs
118	2025-02-25	Single Cell Deletion of the Transcription Factors Trps1 and Sox9 in Astrocytes Reveals Novel Functions in the Adult Cerebral Cortex 2025-Apr, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24645 PMID:39610085	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9技术删除成年大脑皮层中的转录因子Trps1和Sox9，揭示了它们在星形胶质细胞中的新功能	首次在成年大脑皮层中通过单细胞和空间转录组学技术揭示了Trps1和Sox9在星形胶质细胞中的特异性功能及其对周围细胞的非细胞自主效应	研究仅限于成年大脑皮层的星形胶质细胞，未涉及其他脑区或发育阶段	探索转录因子Trps1和Sox9在成年大脑皮层星形胶质细胞中的功能及其异质性	成年大脑皮层的星形胶质细胞	神经科学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
119	2025-02-24	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing data using machine learning identifies oxidative stress-related genes LUM and PCOLCE2 as potential biomarkers for heart failure 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140793 PMID:39929468	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，利用机器学习方法识别出与心力衰竭相关的氧化应激基因LUM和PCOLCE2作为潜在生物标志物	首次结合单细胞和批量RNA测序数据，应用多种机器学习算法识别出与心力衰竭相关的氧化应激基因，并验证了其在心力衰竭中的诊断潜力	需要进一步研究以验证其临床应用价值	探索氧化应激相关基因在心力衰竭中的作用，并识别潜在生物标志物	心力衰竭患者和小鼠模型	机器学习	心血管疾病	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	AUCell, UCell, singscore, ssgsea, AddModuleScore, LASSO, XGBoost, Boruta, 随机森林, 梯度提升机, 决策树, 支持向量机递归特征消除	RNA测序数据	来自Gene Expression Omnibus的单细胞RNA测序数据集和心力衰竭患者样本
120	2025-02-22	Identification of novel hub gene and biological pathways associated with ferroptosis in In-Stent restenosis 2025-Apr-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149287 PMID:39880339	研究论文	本研究通过整合GEO数据库和单细胞测序数据，揭示了与铁死亡相关的分子靶点，并构建了lncRNA-miRNA-SP1调控网络，以探索支架内再狭窄（ISR）的治疗新策略	首次将铁死亡与血管平滑肌细胞在支架内再狭窄中的作用联系起来，并识别出SP1作为关键调控因子	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认SP1的功能和调控机制	揭示支架内再狭窄中与铁死亡相关的分子靶点，探索新的治疗策略	血管平滑肌细胞（VSMCs）	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA