单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 716 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-01-15 |
UHRF1-mediated epigenetic reprogramming regulates glycolysis to promote progression of B-cell acute lymphoblastic leukemia
2025-Apr-29, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07532-0
PMID:40301374
|
研究论文 | 本研究揭示了UHRF1通过表观遗传重编程调控糖酵解，从而促进B细胞急性淋巴细胞白血病进展的分子机制 | 首次利用单细胞转录组测序技术发现UHRF1与B-ALL进展的关联，并阐明了UHRF1-SFRP5-WNT5A-P38 MAPK-HK2信号轴在表观遗传和代谢重编程中的作用，同时鉴定出UHRF1靶向抑制剂UM164 | 未明确说明样本的具体数量及临床特征细节，体内外实验的转化潜力需进一步验证 | 探索复发难治性B细胞急性淋巴细胞白血病的分子机制，以改善临床预后 | B细胞急性淋巴细胞白血病细胞 | 单细胞组学 | 白血病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2026-01-05 |
Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration
2025-04-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019
PMID:39755116
|
研究论文 | 本研究探讨了谷胱甘肽（GSH）在植物细胞再生过程中如何通过加速细胞周期和促进细胞重编程来发挥作用 | 首次在植物再生过程中，通过单细胞RNA测序和活体成像技术，揭示了GSH在调控G1期缩短和细胞重编程中的关键作用，并提出了一个基于GSH释放的损伤响应模型 | 研究主要基于拟南芥根系统，可能不直接适用于其他植物组织或物种，且GSH的具体信号传导机制尚未完全阐明 | 探究细胞周期动态在植物细胞重编程和再生过程中的作用机制 | 拟南芥（Arabidopsis）根细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），活体成像 | NA | RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2026-01-05 |
Single-cell RNA-seq reveals that granulosa cells are a target of phthalate toxicity in the ovary
2025-Apr-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfaf001
PMID:39752319
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了邻苯二甲酸盐对卵巢颗粒细胞的毒性作用及其分子机制 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示了邻苯二甲酸盐对卵巢颗粒细胞（特别是壁层颗粒细胞）的特异性毒性作用，并发现批量测序可能掩盖对脆弱细胞类型的影响 | 研究仅使用小鼠模型和特定浓度的邻苯二甲酸盐代谢混合物，体外培养系统可能无法完全模拟体内环境 | 探究邻苯二甲酸盐对卵巢毒性的分子机制 | 小鼠卵巢卵泡（特别是颗粒细胞、膜细胞/基质细胞） | 单细胞组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠卵泡体外培养96小时（处理组与对照组） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 104 | 2026-01-02 |
Single-cell hdWGCNA reveals a novel diagnostic model and signature genes of macrophages associated with chronic obstructive pulmonary disease
2025-Apr-17, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-025-02025-4
PMID:40244418
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，通过hdWGCNA和机器学习算法，识别了与慢性阻塞性肺疾病相关的巨噬细胞亚群及其特征基因，并构建了有效的临床诊断模型 | 首次将高维加权基因共表达网络分析应用于单细胞数据以研究COPD，并识别出与疾病相关的特异性巨噬细胞亚群及11个特征基因，构建了基于随机森林和卷积神经网络的诊断模型 | 研究基于现有数据集，需要进一步实验验证特征基因的生物学功能及诊断模型在更大临床队列中的普适性 | 探究慢性阻塞性肺疾病的免疫调控机制，并开发新的诊断模型和生物标志物 | 慢性阻塞性肺疾病患者的单细胞RNA测序数据及批量RNA测序数据 | 生物信息学，单细胞组学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | 随机森林，卷积神经网络，非负矩阵分解，LASSO回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2026-01-01 |
Adhesion-Related Pathways and Functional Polarization of Astrocytes in Traumatic Brain Injury: Insights from Single-cell RNA Sequencing
2025-04-27, Neuromolecular medicine
IF:3.3Q2
DOI:10.1007/s12017-025-08858-w
PMID:40287916
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析创伤性脑损伤小鼠模型中星形胶质细胞的亚型与功能动态，揭示了A1与A2两种反应性亚型的功能差异及黏附相关通路在功能极化中的关键调控作用 | 首次在创伤性脑损伤模型中系统描绘星形胶质细胞的功能异质性，发现黏附相关通路（间隙连接、黏附连接、钙依赖性黏附）具有亚型特异性表达模式和时间动态变化，并提出A1与A2状态间存在潜在转换轨迹 | 研究基于小鼠模型，人类创伤性脑损伤的星形胶质细胞反应可能存在差异；单细胞RNA测序未能完全揭示蛋白质水平的功能变化 | 探究创伤性脑损伤后星形胶质细胞功能异质性的调控机制 | 创伤性脑损伤小鼠模型的皮质与海马组织中的星形胶质细胞 | 单细胞组学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 多个不同损伤严重程度的数据集（未明确具体样本数） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2025-12-24 |
Integrative analysis of taurine metabolism-related genes prognostic signature with immunotherapy and identification of ABCB1 and GORASP1 as key genes in nasopharyngeal carcinoma
2025-Apr-24, Amino acids
IF:3.0Q3
DOI:10.1007/s00726-025-03452-7
PMID:40272558
|
研究论文 | 本研究通过整合多数据库数据，构建了与牛磺酸代谢相关基因的预后特征模型，并验证了其在鼻咽癌中的预后价值及与免疫治疗和药物敏感性的关联 | 首次报道了牛磺酸代谢相关基因在鼻咽癌中的作用，并构建了一个基于三个关键基因的预后模型，同时通过分子对接和单细胞测序验证了其可靠性 | 研究主要基于数据库分析和实验验证，样本量可能有限，且模型在临床广泛应用前需进一步验证 | 探究牛磺酸代谢相关基因在鼻咽癌中的预后价值及其与免疫治疗和药物敏感性的关系 | 鼻咽癌患者 | 生物信息学 | 鼻咽癌 | 基因表达分析、Cox回归、LASSO回归、免疫组化、分子对接、单细胞测序 | 预后特征模型 | 基因表达数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 107 | 2025-12-20 |
Transmembrane Serine Protease TMPRSS11B promotes an acidified tumor microenvironment and immune suppression in lung squamous cell carcinoma
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.01.646727
PMID:40235980
|
研究论文 | 本文研究了跨膜丝氨酸蛋白酶TMPRSS11B在肺鳞状细胞癌中如何促进酸性肿瘤微环境和免疫抑制 | 首次揭示了TMPRSS11B通过增强乳酸输出促进肿瘤微环境酸化和M2样巨噬细胞富集，从而驱动免疫抑制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且TMPRSS11B的具体作用机制需进一步探索 | 识别肺鳞状细胞癌的新治疗靶点，并探究TMPRSS11B对肿瘤微环境和免疫系统的影响 | 肺鳞状细胞癌（LUSC）细胞、小鼠模型（包括同种移植和自体SNL模型） | 肿瘤生物学 | 肺癌 | RNA FISH、空间转录组学、超pH敏感纳米颗粒成像、代谢物分析 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、成像数据、代谢物数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 108 | 2025-12-20 |
A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation
2025-Apr-01, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2025.02.004
PMID:40054462
|
研究论文 | 本研究通过器官靶向单细胞RNA测序，揭示了机械敏感离子通道PIEZO2在脂肪组织感觉神经支配中的关键作用 | 首次发现PIEZO2是脂肪组织支配背根神经节神经元中最普遍的受体之一，并证明其在脂肪组织感觉调节中起主要作用 | 未明确说明样本数量，且分子机制细节有待进一步研究 | 探究脂肪组织感觉神经支配的分子基础 | 脂肪组织支配的背根神经节神经元 | 单细胞组学 | 代谢相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 器官靶向单细胞RNA测序 |
| 109 | 2025-12-18 |
Large-scale single-cell profiling of stem cells uncovers redundant regulators of shoot development and yield trait variation
2025-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.04.583414
PMID:38496543
|
研究论文 | 本研究通过对玉米和拟南芥茎尖干细胞进行大规模单细胞RNA测序分析，揭示了保守的干细胞调控因子及其与产量性状的关联 | 首次成功捕获并分析了植物茎尖干细胞的大规模单细胞转录组数据，通过跨物种比较和突变体分析发现了新的干细胞调控因子家族 | 植物干细胞获取困难，实验方法需要精细的组织解剖和优化的细胞回收协议 | 揭示植物茎尖干细胞的调控因子，为作物工程提供理论基础以提高生产力 | 玉米和拟南芥的茎尖干细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 数千个表达干细胞标记基因的细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 110 | 2025-12-11 |
Lysozyme modulates inflammatory responses to exacerbate the severity of rheumatoid arthritis
2025-Apr-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114427
PMID:40056513
|
研究论文 | 本研究探讨了溶菌酶（LYZ）在类风湿关节炎（RA）中的作用机制，发现LYZ在早期RA患者中高表达并通过调节炎症通路加剧疾病进展 | 首次通过血浆蛋白质组学和滑膜液单细胞测序分析，结合基因敲除小鼠模型和细胞实验，系统揭示了LYZ在RA中的促炎作用及其作为早期诊断生物标志物或治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系，人类样本验证有限，且未深入探讨LYZ在其他关节炎类型中的特异性 | 探究LYZ在RA发病机制中的作用，寻找新的治疗靶点或早期诊断生物标志物 | 早期RA患者血浆和滑膜液样本、Lyz1条件性敲除小鼠、MH7A细胞系（人滑膜成纤维细胞样细胞） | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 血浆蛋白质组学、单细胞测序、RNA测序（RNA-Seq） | CAIA小鼠模型（胶原抗体诱导关节炎） | 蛋白质组数据、单细胞测序数据、RNA测序数据 | 未明确样本数量，涉及早期RA患者血浆和滑膜液、Lyz1 cKO小鼠、MH7A细胞 | NA | 单细胞测序, RNA测序 | NA | NA |
| 111 | 2025-12-10 |
scSwinTNet: A Cell Type Annotation Method for Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Based on Shifted Window Attention
2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3487174
PMID:39466872
|
研究论文 | 本文提出了一种基于移位窗口注意力机制的大规模单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scSwinTNet | scSwinTNet是首个使用预训练的移位窗口注意力模型来注释单细胞RNA测序数据中细胞类型的模型，无需先验知识即可准确注释 | NA | 开发一种自动化、高精度的细胞类型注释工具，以应对单细胞数据量的指数增长并减少数据偏差影响 | 人类和小鼠组织中的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于移位窗口的自注意力模型 | 基因表达数据 | 399,760个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2025-12-06 |
DOCK9 as a predictive biomarker linked to angiogenesis and immune response in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Apr-24, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01653-8
PMID:40272582
|
研究论文 | 本研究探讨了DOCK9基因在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的预后价值，揭示了其与血管生成和免疫反应的关联 | 首次将DOCK9基因与ESCC的血管生成和免疫调节功能联系起来，并开发了一个包含DOCK9的21基因预后风险模型 | 研究主要基于RNA微阵列和单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证DOCK9的具体作用机制 | 识别ESCC的预后生物标志物，以改善患者预后和治疗策略 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）组织和人脐静脉内皮细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | RNA微阵列，单细胞RNA测序，蛋白表达分析 | 预后风险模型 | RNA序列数据，蛋白表达数据 | 未明确指定样本数量，涉及ESCC组织和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2025-12-05 |
Unified integration of spatial transcriptomics across platforms
2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646238
PMID:40236180
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Lloki的新框架，用于整合不同平台的空间转录组学数据，无需共享基因面板 | Lloki通过特征对齐和批次对齐任务，利用最优传输引导的特征传播和scGPT单细胞基础模型，实现了跨平台ST数据的统一集成，克服了基因面板差异、数据稀疏性和技术变异性等挑战 | NA | 开发一个跨平台空间转录组学数据整合框架，以促进组织结构和细胞相互作用的深入理解 | 小鼠脑样本和卵巢癌数据集 | 空间转录组学 | 卵巢癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | scGPT | 空间转录组学数据，单细胞RNA测序数据 | 小鼠脑样本来自五种不同技术，以及五个卵巢癌数据集 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 114 | 2025-11-28 |
Single-cell transcriptomic data reveal the cellular heterogeneity of glutamine metabolism in gastric premalignant lesions and early gastric cancer
2025-Apr-23, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2025061
PMID:40264416
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据揭示了胃前病变和早期胃癌中谷氨酰胺代谢的细胞异质性 | 首次在单细胞水平系统描绘胃前病变和早期胃癌的谷氨酰胺代谢特征，并鉴定ERO1LB为关键调控因子 | 样本量相对有限，仅包含慢性萎缩性胃炎和早期胃癌病变 | 探究胃前病变和恶性病变中谷氨酰胺代谢的细胞异质性特征 | 慢性萎缩性胃炎和早期胃癌病变组织 | 单细胞转录组学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 22511个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2025-11-28 |
The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation
2025-Apr, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00633-1
PMID:40217124
|
研究论文 | 本研究揭示CD40激动剂通过激活CCR2巨噬细胞和招募效应记忆CD8 T细胞重塑心脏免疫环境并促进心肌炎症 | 首次发现CD40激动剂通过CCR2巨噬细胞与CD8 T细胞间的IL-12b/TNF/IFNγ信号正反馈环路驱动心肌炎症 | 研究主要基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证 | 探究CD40激动剂引发心肌炎症的潜在机制 | 遗传工程小鼠模型的心脏免疫细胞 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 细胞清除研究 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2025-11-22 |
Delineation of signaling routes that underlie differences in macrophage phenotypic states
2025-Apr, NAR molecular medicine
DOI:10.1093/narmme/ugaf013
PMID:41255709
|
研究论文 | 通过质谱蛋白质组学分析揭示人类巨噬细胞不同功能状态下的信号通路差异 | 首次通过磷酸化蛋白质组学结合转录组数据系统识别免疫抑制性巨噬细胞的关键激酶和转录调控因子 | 研究主要基于体外培养的原代巨噬细胞，临床验证仍需进一步深入 | 阐明巨噬细胞表型状态差异背后的信号通路机制 | 人类原代巨噬细胞和肿瘤患者的单细胞测序数据 | 蛋白质组学 | 癌症 | 质谱蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、单细胞测序、转录组分析 | NA | 蛋白质组数据、磷酸化蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 质谱蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2025-11-14 |
CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data
2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.12.632553
PMID:39868198
|
研究论文 | 提出CellSP计算框架，用于识别、可视化和表征亚细胞空间转录组数据中的功能相关模式 | 引入“基因-细胞模块”新概念，能够识别多个细胞中具有协调亚细胞转录分布模式的基因集 | NA | 开发用于亚细胞空间转录组数据分析的计算工具 | 小鼠脑组织、肾脏癌和健康样本、阿尔茨海默病小鼠模型 | 空间转录组学 | 肾脏癌,阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 计算框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 118 | 2025-11-14 |
TransST: Transfer Learning Embedded Spatial Factor Modeling of Spatial Transcriptomics Data
2025-Apr-15, ArXiv
PMID:40321945
|
研究论文 | 提出一种名为TransST的新型迁移学习框架，用于改善空间转录组数据的细胞水平异质性推断 | 开发了自适应利用外部细胞标记信息的迁移学习框架，显著提升细胞亚群识别能力 | 未在摘要中明确说明 | 提高空间转录组数据中细胞水平异质性的推断准确性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组技术 | 迁移学习框架 | 空间转录组数据 | 多个真实研究和模拟设置 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 119 | 2025-11-12 |
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data
2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.12.589216
PMID:38659857
|
研究论文 | 本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确度和准确性 | 建立了基于大量数据的数据驱动阈值来优化研究设计，并开发了VICE工具评估数据质量和估计差异表达真阳性率 | 研究主要关注单细胞水平的精确度和准确性，可能未涵盖所有技术变异来源 | 评估单细胞/单核RNA测序数据的定量测量性能并建立优化指南 | 单细胞和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3,682,576个细胞来自339个样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2025-10-27 |
Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis
2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adj0430
PMID:40273250
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现中年小鼠内脏脂肪中出现独特的脂肪祖细胞亚群CP-A，揭示其通过白血病抑制因子受体信号驱动年龄依赖性脂肪重塑的机制 | 首次鉴定出年龄特异性富集的脂肪祖细胞亚群CP-A，并阐明其通过LIFR信号通路驱动中年期脂肪生成的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚不充分 | 探究年龄依赖性脂肪组织重塑的细胞机制 | 小鼠脂肪祖细胞 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序，谱系追踪，细胞移植，药理学和遗传学操作 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |