单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-04	Impact of lymph node metastasis on immune microenvironment and prognosis in colorectal cancer liver metastasis: insights from multiomics profiling 2025-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02921-2 PMID:39753715	research paper	研究探讨了淋巴结转移（LNM）对结直肠癌肝转移（CRLM）患者预后的影响，并通过多组学分析揭示了潜在的免疫机制	首次通过整合bulk RNA测序、单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，比较了有和无LNM患者的癌症特异性生存率（CSS）和免疫特征，揭示了非转移性TDLNs中免疫细胞的丰富性及其与抗肿瘤免疫反应的关联	研究依赖于回顾性队列数据，可能存在选择偏倚，且多组学数据的整合分析复杂，可能影响结果的解释	探讨LNM对CRLM患者预后的影响及其免疫机制	结直肠癌肝转移（CRLM）患者	digital pathology	colorectal cancer	bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing, proteomics	NA	RNA sequencing data, proteomics data, pathological evaluations	来自美国SEER队列和中国多中心队列的CRLM患者
102	2025-06-04	Exploration of common molecular mechanisms of psoriatic arthritis and aging based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis 2025-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167730 PMID:39965531	研究论文	通过整合和分析银屑病关节炎（PsA）患者滑液、衰老患者外周血及正常人群的单细胞RNA测序数据，探索PsA与衰老的共同分子机制	发现CD8-CM在PsA和衰老人群中表达上调，并鉴定出与PsA和衰老相关的关键基因TGFBR3、PPP3CC和APOBEC3G	NA	研究银屑病关节炎（PsA）与衰老的共同分子机制	银屑病关节炎（PsA）患者滑液、衰老患者外周血及正常人群的单细胞RNA测序数据	生物信息学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化、KEGG通路分析	NA	RNA测序数据	NA
103	2025-06-02	Integration of Single-Cell and Bulk Transcriptome to Reveal an Endothelial Transition Signature Predicting Bladder Cancer Prognosis 2025-Apr-28, Biology DOI:10.3390/biology14050486 PMID:40427675	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了预测膀胱癌预后的内皮细胞过渡特征	发现了一种新的内皮细胞过渡特征，并构建了一个优于现有模型的膀胱癌预后预测模型	研究主要基于TCGA数据，可能需要在更多独立队列中进行验证	揭示内皮细胞过渡特征及其在膀胱癌预后预测中的应用	内皮细胞（特别是tip-to-capillary ECs亚群）和膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序，机器学习	多种机器学习技术整合模型	转录组数据	TCGA-BLCA、GSE32894、GSE32548和GSE70691队列数据
104	2025-06-02	FPCAM: A Weighted Dictionary-Driven Model for Single-Cell Annotation in Pulmonary Fibrosis 2025-Apr-26, Biology DOI:10.3390/biology14050479 PMID:40427668	研究论文	本文介绍了一种名为FPCAM的全自动肺纤维化细胞类型注释模型，旨在解决现有注释工具在参考数据集依赖、标记基因异质性和人工干预引入的主观偏差等方面的局限性	FPCAM利用上调标记基因矩阵和针对肺纤维化手动整理的基因-细胞关联词典，通过相似性矩阵构建和优化匹配算法，实现了准确高效的细胞类型注释	NA	开发一种高效、灵活且准确的细胞类型识别解决方案，用于肺纤维化及其他相关疾病的scRNA-seq研究	肺纤维化细胞类型注释	数字病理学	肺纤维化	scRNA-seq	FPCAM	基因表达数据	外部验证数据集GSE135893
105	2025-06-01	Natural Killer Cell Activation Signature Identifies Cyclin B1/CDK1 as a Druggable Target to Overcome Natural Killer Cell Dysfunction and Tumor Invasiveness in Melanoma 2025-Apr-30, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18050666 PMID:40430484	研究论文	本研究通过建立自然杀伤（NK）细胞激活相关的预后特征，识别了CCNB1/CDK1作为克服NK细胞功能障碍和黑色素瘤侵袭性的潜在药物靶点	首次将CCNB1/CDK1复合物鉴定为增强NK细胞功能和抑制黑色素瘤进展的新型免疫治疗靶点，并揭示了CDK1抑制剂的新作用	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	克服NK细胞功能障碍并抑制黑色素瘤进展	黑色素瘤细胞和NK细胞	免疫治疗	黑色素瘤	流式细胞术、Western blotting、共免疫沉淀、ELISA、qRT-PCR、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据、蛋白质数据	TCGA-SKCM队列及五个独立黑色素瘤数据集
106	2025-06-01	Construction of Diagnostic Model for Regulatory T Cell-Related Genes in Sepsis Based on Machine Learning 2025-Apr-27, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13051060 PMID:40426888	research paper	该研究基于机器学习构建了与调节性T细胞（Tregs）相关的脓毒症诊断模型	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和多种机器学习算法筛选与脓毒症诊断相关的Tregs基因，构建高准确度的诊断模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	识别与脓毒症诊断相关的调节性T细胞（Tregs）基因，构建诊断模型	脓毒症患者和对照组的转录数据	machine learning	sepsis	scRNA-seq, qPCR	machine learning algorithms	transcriptional data, scRNA-seq data	NA
107	2025-06-01	Development and Experimental Validation of Machine Learning-Based Disulfidptosis-Related Ferroptosis Biomarkers in Inflammatory Bowel Disease 2025-Apr-27, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16050496 PMID:40428318	研究论文	本研究通过机器学习方法识别与炎症性肠病(IBD)相关的二硫键死亡相关铁死亡基因(DRFGs)，并验证其诊断价值和机制作用	首次整合二硫键死亡和铁死亡基因分析，结合机器学习筛选核心DRFGs，并在单细胞水平和动物模型中验证其功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型	鉴定IBD诊断标志物并阐明DRFGs在疾病进展中的机制	炎症性肠病(IBD)患者样本和小鼠结肠炎模型	生物信息学	炎症性肠病	RNA-seq, qRT-PCR, 单细胞测序	LASSO, 随机森林(RF)	基因表达数据	4个GEO数据集(GSE65114, GSE87473, GSE102133, GSE186582)和单细胞数据集GSE217695
108	2025-06-01	Exploring the Molecular Mechanism and Role of Glutathione S-Transferase P in Prostate Cancer 2025-Apr-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13051051 PMID:40426879	研究论文	探讨谷胱甘肽S-转移酶P在前列腺癌中的分子机制和作用	使用双向孟德尔随机化分析谷胱甘肽代谢酶与前列腺癌风险的因果关系，并结合单细胞RNA测序数据揭示GSTP1在前列腺癌细胞中的特异性表达模式	研究主要基于公共数据库的转录组数据，缺乏实验验证	探究谷胱甘肽代谢在前列腺癌发病机制中的作用	前列腺癌组织与正常组织的差异表达基因及谷胱甘肽代谢酶	生物信息学	前列腺癌	转录组分析、双向孟德尔随机化(MR)、LASSO回归、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LASSO回归模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据	来自GEO数据库的转录组数据集
109	2025-06-01	Prognostic Significance of CLDN1, INHBA, and CXCL12 in Colon Adenocarcinoma: A Multi-Omics and Single-Cell Approach 2025-Apr-24, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13051035 PMID:40426863	研究论文	通过多组学和单细胞方法研究CLDN1、INHBA和CXCL12在结肠腺癌中的预后意义	结合多组学分析和单细胞RNA测序技术，识别了新的潜在生物标志物CLDN1、INHBA和CXCL12，并验证了它们在结肠腺癌中的预后价值	需要进一步的实验验证才能将这些发现转化为精准医疗应用	识别结肠腺癌的潜在生物标志物，以推动个性化治疗策略	结肠腺癌(COAD)患者	生物信息学	结肠癌	多组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、miRNA干扰、DNA甲基化分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、DNA甲基化数据	涉及多个结肠腺癌基因表达数据集，具体样本数量未明确说明
110	2025-06-01	Exploring Therapeutic Potential of Bi-Qi Capsules in Treatment of Gout by Discovering Crucial Drug Targets 2025-Apr-24, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18050618 PMID:40430440	研究论文	本研究通过多维数据分析策略，探索痹祺胶囊在治疗痛风中的治疗潜力，并识别关键药物靶点	采用多维数据分析策略（包括Mendelian randomization分析、单细胞RNA测序等）识别痹祺胶囊治疗痛风的关键靶点，并验证其作用机制	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于数据的质量和完整性	探索痹祺胶囊在治疗痛风中的治疗潜力及机制	痹祺胶囊的药物靶点和痛风的差异表达基因	生物信息学	痛风	Mendelian randomization分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（GSEA）、分子对接	NA	基因表达数据	46个候选靶点
111	2025-06-01	Targeting Redox Signaling Through Exosomal MicroRNA: Insights into Tumor Microenvironment and Precision Oncology 2025-Apr-22, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox14050501 PMID:40427384	综述	本文系统探讨了ROS-miRNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控作用及其在精准肿瘤学中的潜在应用	揭示了氧化应激通过RNA结合蛋白选择性包装氧化还原敏感miRNA的新机制，并探讨了天然产物调节该轴的潜力	NA	探索ROS-miRNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控机制及其治疗潜力	肿瘤微环境中的ROS、miRNA和外泌体	精准肿瘤学	癌症	空间转录组学、单细胞分析	NA	NA	NA
112	2025-06-01	Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq 2025-Apr-09, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01157-5 PMID:40204970	研究论文	本文介绍了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法，该方法具有高细胞保留率和适用于有限输入材料的实验	该方法整合了索引分选、随机引物和rRNA去除技术，显著提高了细胞保留率（95%），并在每个细胞中检测到300-600个基因，优于现有其他方法	NA	开发一种高效的细菌单细胞转录组测序方法，以研究细菌群体内的细胞间变异和复杂微生物群落中的基因表达谱	细菌单细胞（以鼠伤寒沙门氏菌为例）	微生物组学	NA	MATQ-seq, scRNA-seq, FACS, rRNA去除	NA	转录组数据	NA
113	2025-06-01	Severe inflammation and lineage skewing are associated with poor engraftment of engineered hematopoietic stem cells in patients with sickle cell disease 2025-Apr-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58321-4 PMID:40169559	研究论文	该研究探讨了在镰状细胞病（SCD）患者中，基因改造的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）移植的治疗效果及其与炎症和谱系偏斜的关系	首次通过单细胞转录组分析揭示了移植效果不佳的患者中最不成熟的造血干细胞（HSCs）存在加剧的炎症特征和谱系偏斜	研究样本量较小，且长期疗效和安全性仍需进一步观察	评估基于DREPAGLOBE的基因疗法在镰状细胞病患者中的安全性和有效性	镰状细胞病患者	基因治疗	镰状细胞病	慢病毒载体（DREPAGLOBE）基因疗法，单细胞转录组分析	NA	临床数据，转录组数据	NA（未明确提及具体样本数量，但涉及多个患者）
114	2025-05-31	Suppression of NOX2-Derived Reactive Oxygen Species (ROS) Reduces Epithelial-to-MesEnchymal Transition Through Blocking SiO2-Regulated JNK Activation 2025-Apr-30, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics13050365 PMID:40423444	研究论文	研究探讨了NOX2和JNK信号通路在二氧化硅诱导的肺纤维化中的作用及其相互调控机制	揭示了JNK和NOX2信号通路之间的正反馈循环在二氧化硅诱导的上皮-间质转化(EMT)中的关键作用	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，人类临床数据有限	阐明二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制	人类上皮细胞和二氧化硅诱导的小鼠模型	分子病理学	肺纤维化/矽肺病	单细胞测序	NA	分子生物学数据	NA
115	2025-05-31	p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637463 PMID:39990386	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5过渡的机制	发现p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5过渡的机制，与皮肤发育中的功能相似	研究仅基于小鼠切牙，未涉及其他牙齿类型或物种	探究p63在牙釉质器官发育中的具体作用机制	小鼠切牙的牙釉质器官	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠切牙样本
116	2025-05-31	Integrating Dynamical Systems Modeling with Spatiotemporal scRNA-Seq Data Analysis 2025-Apr-22, Entropy (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/e27050453 PMID:40422408	综述	本文综述了如何利用动态系统建模与时空单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析相结合来研究细胞动态行为	整合了时间分辨scRNA-seq、空间转录组学和时间序列空间转录组学数据，结合计算框架如马尔可夫链、随机微分方程和生成模型，重建细胞动态轨迹和命运决定	NA	从系统角度建模和推断细胞动态行为	单细胞RNA测序数据和时空转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学, 时间序列空间转录组学	马尔可夫链, 随机微分方程（SDEs）, 生成模型（如最优传输和薛定谔桥）	基因表达数据, 时空数据	NA
117	2025-05-31	CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data 2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.12.632553 PMID:39868198	research paper	介绍了一个名为CellSP的计算框架，用于识别、可视化和描述mRNA的亚细胞空间模式	提出了'基因-细胞模块'的新概念，用于描述在许多细胞中具有协调亚细胞转录分布的基因集	NA	解决亚细胞转录分布功能相关空间模式的识别和解释工具缺乏的问题	亚细胞空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病、肾癌	空间转录组学	NA	mRNA分布数据	多种组织和小鼠模型
118	2025-05-31	SMAD4 and KRAS Status Shapes Cancer Cell-Stromal Cross-Talk and Therapeutic Response in Pancreatic Cancer 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2330 PMID:39841099	research paper	研究探讨了SMAD4和KRAS状态如何影响胰腺癌细胞与基质的相互作用及治疗反应	首次揭示了SMAD4缺失在KRASG12D和KRASG12V驱动的胰腺癌中对肿瘤微环境和治疗敏感性的不同影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类胰腺癌中的适用性需要进一步验证	阐明恶性细胞基因型如何影响胰腺癌细胞与基质细胞的表型及治疗效果	Trp53突变小鼠模型驱动的KRASG12D或KRASG12V胰腺癌	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及多种基因型的小鼠模型
119	2025-05-31	Lineage Tracing and Single-Cell RNA Sequencing Reveal a Common Transcriptional State in Breast Cancer Tumor-Initiating Cells Characterized by IFN/STAT1 Activity 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4022 PMID:40230213	研究论文	通过谱系追踪和单细胞RNA测序揭示了乳腺癌肿瘤起始细胞中由IFN/STAT1活性调控的共同转录状态	开发了一个STAT响应谱系追踪系统，结合单细胞RNA测序技术，识别了TICs中与IFN/STAT1信号相关的转录状态，并发现了新的细胞表面标记物	STAT信号在某些基底样三阴性乳腺癌异种移植模型中无法检测到TICs，表明STAT信号具有TIC相关和TIC独立的功能	研究乳腺癌肿瘤起始细胞的分子表型及其调控机制	乳腺癌肿瘤起始细胞（TICs）	癌症研究	乳腺癌	谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	异种移植模型和临床样本
120	2025-05-31	Induction of macrophage efferocytosis in pancreatic cancer via PI3Kγ inhibition and radiotherapy promotes tumour control 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333492 PMID:39788719	research paper	该研究探讨了通过抑制PI3Kγ和放疗联合治疗胰腺癌，促进巨噬细胞对凋亡细胞的清除（efferocytosis），从而增强抗肿瘤免疫反应	揭示了PI3Kγ信号在限制炎症性巨噬细胞中的作用，并展示了PI3Kγ抑制与靶向放疗联合如何刺激巨噬细胞从免疫耐受转变为抗原呈递	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索胰腺导管腺癌（PDAC）中免疫抑制机制，并开发新的免疫治疗方法	胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、多重免疫组化、RNA测序、单细胞RNA测序	LSL-KrasG12D/+;Trp53R172H/+;Pdx1-Cre基因工程小鼠模型	细胞数据、RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和新鲜肿瘤样本