单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 727 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-06 |
Integration of mass cytometry and single-cell RNA-sequencing of cells in bronchoalveolar lavage
2025-Apr, BioTechniques
IF:2.2Q4
DOI:10.1080/07366205.2025.2505347
PMID:40384395
|
研究论文 | 本研究通过整合质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，对支气管肺泡灌洗液中的细胞群体进行联合分析 | 首次在同一支气管肺泡灌洗液样本中同时应用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术进行互补验证 | 研究样本仅来自健康参与者，未包括疾病状态样本 | 评估单细胞RNA测序与蛋白质检测方法在细胞群体表征中的一致性和互补性 | 支气管肺泡灌洗液中的细胞群体 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA表达数据,蛋白质表达数据 | 健康参与者的支气管肺泡灌洗液样本 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 102 | 2025-10-06 |
Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model
2025-Apr-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026
PMID:40220759
|
研究论文 | 提出一种基于超图变分自编码器的贝叶斯深度生成模型，用于单细胞RNA测序数据分析和基因调控网络推断 | 首次将超图表示学习与变分自编码器结合，通过结构方程模型和超图自注意力机制协同优化基因调控网络推断 | NA | 开发高效的单细胞RNA测序数据分析方法，准确推断基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据，基因调控网络，基因模块 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器(VAE)，超图神经网络，自注意力机制 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2025-10-06 |
A cost- and time-efficient method for high-throughput cryoprocessing and tissue analysis using multiplexed tissue molds
2025-Apr-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101023
PMID:40262526
|
研究论文 | 介绍一种用于高通量冷冻处理和组织分析的多重组织模具方法 | 开发了首个可实现冷冻处理多重化的商业协议和产品，能同时处理不同大小和来源的组织 | 未提及该方法在临床应用中的验证数据 | 开发更高效、经济的组织冷冻处理方法 | 小鼠组织和神经类器官 | 组织病理学 | NA | 冷冻切片、组织分析、空间转录组学 | NA | 组织切片、表达标记数据 | 19种不同成年小鼠组织，约110个不同年龄和大小的神经类器官 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 104 | 2025-10-06 |
CellCover Defines Marker Gene Panels Capturing Developmental Progression in Neocortical Neural Stem Cell Identity
2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.06.535943
PMID:37383947
|
研究论文 | 提出CellCover方法用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性标记基因组合 | 将标记基因选择问题建模为组合优化中的最小集合覆盖问题，克服传统差异表达方法的局限性 | 方法依赖于二值化表达数据，可能损失部分连续表达信息 | 开发更有效的细胞类型标记基因识别方法 | 血液和脑组织中的细胞类型，特别是新皮质神经干细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 组合优化算法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集（包含大量细胞） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2025-10-06 |
SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis
2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.22.650107
PMID:40492199
|
研究论文 | 开发了一个基于大型语言模型的单细胞RNA测序数据分析辅助工具SCassist | 首次将大型语言模型集成到单细胞RNA测序数据分析工作流中，提供参数推荐和结果解释 | NA | 简化单细胞RNA测序数据分析流程，降低使用门槛 | 单细胞RNA测序数据分析工作流 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | LLM（大型语言模型） | 单细胞RNA测序数据 | NA | Google, OpenAI, Meta | 单细胞RNA-seq | Gemini, GPT, Llama3 | 基于大型语言模型的单细胞数据分析辅助工具 |
| 106 | 2025-10-06 |
Mechanism of mitochondrial dysfunction on placental trophoblastic cells in intrahepatic cholestasis of pregnancy
2025-Apr-25, Journal of molecular histology
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s10735-025-10427-1
PMID:40278950
|
研究论文 | 本研究探讨妊娠期肝内胆汁淤积症中胆汁酸通过NRF1/PGC-1α通路导致胎盘滋养细胞线粒体功能障碍的机制 | 首次在单细胞水平揭示ICP胎盘滋养细胞线粒体功能损伤机制，发现NRF1/PGC-1α通路介导的线粒体转录机制受损 | 研究主要基于细胞模型，需要更多临床样本验证 | 探究胆汁酸诱导线粒体功能障碍的机制，为ICP治疗提供精准靶点 | 人类胎盘组织和滋养细胞 | 单细胞生物学 | 妊娠期肝内胆汁淤积症 | 单细胞测序，荧光共聚焦显微镜，电子显微镜，线粒体膜电位检测 | 细胞模型 | 单细胞测序数据，显微镜图像，分子检测数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 107 | 2025-10-06 |
Biological sex affects gene expression and functional variation across the human genome
2025-Apr-14, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.09.03.24313025
PMID:39281750
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类基因组中性别差异对基因表达和功能变异的影响 | 首次在单细胞水平系统识别1200个性别偏向表达基因，发现79%的性别差异基因受转录因子调控，并鉴定出2390个性别偏向eQTL | 独立数据集中复制证据有限，主要基于淋巴母细胞系研究 | 探索人类性别二态性的遗传机制及其对疾病的影响 | 480个淋巴母细胞系 | 基因组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习, 线性模型 | 基因表达数据 | 480个淋巴母细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 108 | 2025-10-06 |
Study on the mechanism of action of the active ingredient of Calculus Bovis in the treatment of sepsis by integrating single-cell sequencing and machine learning
2025-Apr-18, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042184
PMID:40258762
|
研究论文 | 本研究整合单细胞测序和机器学习方法探究牛黄活性成分治疗脓毒症的作用机制 | 首次结合网络药理学、RNA测序、单细胞测序和多种机器学习模型系统研究牛黄治疗脓毒症的分子机制 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 探究牛黄活性成分治疗脓毒症的分子作用机制 | 脓毒症相关基因和牛黄活性成分靶点 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,RNA测序,分子对接,分子动力学模拟 | XGBoost,SVM,Decision Tree,KNN | 基因表达数据 | 来自中国国家基因库数据库和GSE65682数据库的样本 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2025-10-06 |
A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics
2025-Apr-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1
PMID:40321764
|
研究论文 | 开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，用于连接组织病理学图像与转录组学数据 | 首次提出将转录组数据转化为“句子”形式，并开发了整合组织学图像与转录组学的视觉-组学基础模型 | NA | 开发能够整合组织病理学图像与转录组学数据的计算方法 | 组织切片图像和转录组学数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 基础模型 | 图像, 文本 | 220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组数据 |
| 110 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration
2025-Apr-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07887-2
PMID:40251274
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了光氧化应激下成年小鼠视网膜中区域特异性基因表达变化及其对视网膜退化的驱动作用 | 首次识别出距视神经头约800µm的特定区域是视网膜分子变化的关键驱动区域，并发现了新的血管生成信号通路 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中得到验证 | 探究光氧化应激下视网膜退化的空间分子机制 | 成年小鼠视网膜 | 空间转录组学 | 年龄相关性黄斑变性 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 111 | 2025-10-06 |
Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation
2025-04-17, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-025-00361-z
PMID:40240339
|
研究论文 | 本研究揭示了成纤维细胞来源的补体C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化驱动实验性牙周炎进展的机制 | 首次通过单细胞测序确定牙周炎中C3的主要来源是成纤维细胞，并阐明C3a通过巨噬细胞极化和破骨细胞分化促进牙周组织破坏的新机制 | 研究主要基于动物模型，人类数据的验证相对有限 | 探究补体C3在牙周炎进展中的来源、作用和分子机制 | 小鼠牙周炎模型和人类牙周炎患者的牙周组织 | 单细胞生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 小鼠模型和人类患者牙周组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 112 | 2025-10-06 |
SORBET: Automated cell-neighborhood analysis of spatial transcriptomics or proteomics for interpretable sample classification via GNN
2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.30.573739
PMID:38260586
|
研究论文 | 提出一种名为SORBET的几何深度学习框架，用于分析空间转录组学和蛋白质组学数据以实现可解释的样本分类 | 首个在空间转录组学数据上进行表型预测的方法，采用图卷积网络直接分析完整空间剖面数据，无需将细胞特征压缩为有限注释 | NA | 通过整合空间信息和多重分子数据来准确预测表型，特别是在临床环境中 | 转移性黑色素瘤、非小细胞肺癌和结直肠癌样本 | 空间组学 | 黑色素瘤,非小细胞肺癌,结直肠癌 | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | 图卷积网络(GCN) | 空间分子数据 | NA | Nanostring, Fluidigm, Akoya Biosciences | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | CosMx, Imaging Mass Cytometry(IMC), CODEX | CosMx空间转录组学平台, Imaging Mass Cytometry技术, CODEX共检测索引技术 |
| 113 | 2025-10-06 |
Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor
2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.13.628399
PMID:39713285
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现Sp140L是一种新型疱疹病毒限制因子 | 首次鉴定Sp140L为疱疹病毒限制因子，揭示了其连接病毒DNA感知与转录抑制的新机制 | 研究主要聚焦于EB病毒，对其他DNA病毒的验证仍需进一步扩展 | 探索疱疹病毒如何逃避宿主防御机制并鉴定新的病毒限制因子 | EB病毒感染的B细胞和疱疹病毒松鼠猴ORF3蛋白 | 分子生物学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | EBNA-LP敲除感染的B细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 114 | 2025-10-06 |
T-B cell cooperation in ectopic lymphoid follicles propagates CNS autoimmunity
2025-04-25, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adn2784
PMID:40279405
|
研究论文 | 本研究揭示了脑膜异位淋巴滤泡中T细胞与B细胞的广泛合作如何促进中枢神经系统自身免疫 | 首次通过活体成像直接观察T17-B细胞在脑膜异位淋巴滤泡中的持久抗原特异性接触，并发现中枢神经系统T细胞依赖B细胞维持促炎细胞因子谱 | 研究采用实验性自身免疫性脑脊髓炎模型，可能不完全反映人类多发性硬化症的复杂病理过程 | 探究脑膜异位淋巴滤泡在中枢神经系统自身免疫中的作用机制 | T细胞、B细胞及其在中枢神经系统的相互作用 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序，活体成像 | T辅助17细胞过继转移实验性自身免疫性脑脊髓炎模型 | 基因表达数据，影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 115 | 2025-10-06 |
Identification of Recurrence-associated Gene Signatures and Machine Learning-based Prediction in IDH-Wildtype Histological Glioblastoma
2025-Apr-14, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-025-02345-4
PMID:40227386
|
研究论文 | 本研究通过基因共表达网络分析和机器学习方法，识别IDH野生型胶质母细胞瘤复发相关基因并建立预测模型 | 首次在IDH野生型组织学胶质母细胞瘤中鉴定8个复发相关基因，并开发了基于随机森林的高精度预测模型 | 研究样本量相对有限，需要更多独立队列验证模型的泛化能力 | 探索胶质母细胞瘤复发的分子机制并建立复发预测模型 | IDH野生型组织学胶质母细胞瘤患者 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), RT-qPCR, 单细胞RNA测序, 机器学习 | 随机森林(RF) | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | CGGA-693队列190例, CGGA-325队列111例, 另有两个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 116 | 2025-10-06 |
Psychological stress increases skin infection through the action of TGFβ to suppress immune-acting fibroblasts
2025-04-11, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.ads0519
PMID:40215323
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和脂质组学分析揭示了心理压力通过TGFβ抑制真皮成纤维细胞免疫功能从而增加皮肤感染的机制 | 首次发现心理压力通过脑-皮肤轴介导的TGFβ信号通路抑制成纤维细胞产生抗菌肽cathelicidin的免疫防御功能 | 研究仅使用小鼠模型，尚未在人类中得到验证 | 探究心理压力增加皮肤感染易感性的分子机制 | 小鼠模型中的真皮成纤维细胞 | 免疫学 | 皮肤感染 | 单细胞转录组学, 脂质组学分析 | NA | 基因表达数据, 脂质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 117 | 2025-10-06 |
Eutopic macrophages facilitate endometriosis progression via ferroptosis-mediated release of S100A9
2025-Apr-03, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaaf027
PMID:40493892
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现子宫内膜异位症患者在位内膜中S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡释放S100A9促进疾病进展 | 首次揭示在位内膜中S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡机制促进子宫内膜异位症发展的新机制 | NA | 探究巨噬细胞在子宫内膜异位症发病机制中的具体作用 | 子宫内膜异位症患者组织样本和小鼠模型 | 单细胞生物学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序, 体外实验, 小鼠模型 | NA | 基因表达数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2025-10-06 |
Lysine methyltransferase SETD7 coordinates the emergence of mature and senescent subpopulations during the decidualization of endometrial stromal cells
2025-Apr-03, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaaf028
PMID:40570096
|
研究论文 | 本研究揭示了组蛋白甲基转移酶SETD7在子宫内膜基质细胞蜕膜化过程中调控细胞命运分化的新机制 | 首次发现SETD7通过稳定雌激素受体蛋白而非其组蛋白甲基化活性来调控蜕膜化，并鉴定其为细胞命运分化的关键调节因子 | 研究主要基于体外细胞模型和公共数据库分析，缺乏体内实验验证 | 探究SETD7在子宫内膜基质细胞蜕膜化过程中的调控作用 | 子宫内膜基质细胞(EnSC) | 表观遗传学 | 复发性流产 | 单细胞RNA测序, mRNA微阵列 | 基因敲除模型 | 基因表达数据 | 公共数据库中的单细胞RNA测序数据和子宫内膜组织mRNA微阵列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 119 | 2025-10-06 |
Spatial profiling of ANO7 in prostate tissue: links to AR-signalling-associated lipid metabolism and inflammation
2025-04, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6405
PMID:39978863
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析ANO7在前列腺组织中的表达模式及其与雄激素受体信号和脂质代谢的关联 | 首次发现ANO7在前列腺上皮中呈现异质性开关表达模式，并揭示其与雄激素受体信号通路和脂质代谢的关联 | 研究样本仅来自局限性前列腺癌患者，未涵盖更广泛的前列腺疾病谱系 | 探讨ANO7基因在良性前列腺上皮中的功能作用 | 前列腺切除术样本中的良性前列腺上皮区域 | 空间转录组学 | 前列腺癌 | 空间转录组学，RNA-seq | NA | 空间转录组数据，批量RNA-seq数据 | 来自局限性前列腺癌患者的前列腺切除术样本（具体样本数未明确说明） | NA | 空间转录组学，批量RNA测序 | NA | NA |
| 120 | 2025-10-06 |
An Improved, High-Yield Method for Isolating Nuclei from Individual Zebrafish Embryos for Single-Nucleus RNA Sequencing
2025-04, Zebrafish
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/zeb.2024.0175
PMID:40040474
|
研究论文 | 开发了一种改进的从斑马鱼胚胎中高效分离高质量细胞核的方法，用于单细胞RNA测序 | 采用珠磨均质化方法在96孔板格式中高效分离细胞核，相比酶消化法有显著改进 | NA | 建立高效的斑马鱼胚胎细胞核分离方法以支持单细胞测序研究 | 斑马鱼胚胎 | 单细胞测序 | NA | 单细胞组合索引RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |