单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-20	Multi-omics approaches for identifying the PANoptosis signature and prognostic model via a multimachine-learning computational framework for intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Apr-15, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001352 PMID:40233411	研究论文	本研究通过多组学方法识别肝内胆管癌(ICC)的PANoptosis特征，并利用多机器学习计算框架构建预后模型	整合Cox回归分析和5种机器学习算法识别出5个核心基因，构建的PANoptosis风险评分在预测预后和临床转化方面表现出色	样本量相对有限(85个PANoptosis相关基因)，需要更多临床验证	表征ICC患者的PANoptosis特征，构建临床诊断和治疗指导模型，探索耐药相关分子机制	肝内胆管癌(ICC)患者	机器学习	肝内胆管癌	转录组学、蛋白质组学测序、单细胞转录组分析	Cox回归分析+5种机器学习算法	多组学数据(转录组、蛋白质组)	OEP001105公共队列和重庆医科大学附属第一医院的多组学数据
82	2025-06-20	Tumor-derived CD109 orchestrates reprogramming of tumor-associated macrophages to dampen immune response 2025-Apr-11, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.03.035 PMID:40220905	研究论文	该研究揭示了肿瘤源性可溶性CD109（sCD109）在免疫抑制性肿瘤微环境中的作用及其调控机制	发现sCD109作为'分泌性免疫检查点'通过双重机制（激活FcγRI/SYK/NF-κB信号通路上调CD73转录，同时竞争性结合E3连接酶TRIM21抑制CD73蛋白降解）重编程肿瘤相关巨噬细胞	研究主要基于临床前小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索iCCA中免疫抑制性分泌蛋白及其调控机制，开发提高免疫治疗疗效的新靶点	肝内胆管癌（iCCA）的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	蛋白质组学分析、单细胞转录组学、飞行时间质谱流式细胞术、RNA测序、质谱分析	NA	多组学数据（蛋白质组、转录组等）	NA（未明确说明样本数量）
83	2025-06-19	CAF-derived exosomal LINC01711 promotes breast cancer progression by activating the miR-4510/NELFE axis and enhancing glycolysis 2025-Apr-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402024RRR PMID:40172996	研究论文	本研究揭示了CAF来源的外泌体通过传递lncRNA LINC01711，激活miR-4510/NELFE轴，从而增强乳腺癌细胞的糖酵解作用	发现CAF来源的外泌体中LINC01711通过miR-4510/NELFE轴激活TXN，促进糖酵解作用的新机制	研究未涉及LINC01711在其他类型癌症中的作用，且临床样本量有限	探索CAF来源的外泌体在乳腺癌进展中的作用机制	乳腺癌细胞及CAF来源的外泌体	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞测序、降维分析、聚类分析、细胞注释	NA	单细胞测序数据	GEO数据库中的乳腺癌单细胞测序数据
84	2025-06-19	RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08542-2 PMID:39910313	研究论文	该研究揭示了RUNX2在肺纤维化中通过肺泡到病理性成纤维细胞的转变促进纤维化的机制	发现LEPR成纤维细胞中的SCUBE2肺泡成纤维细胞是病理性成纤维细胞的主要来源，并确定RUNX2是纤维化基因表达的关键调控因子	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探索肺纤维化中病理性成纤维细胞生成的关键调控机制	小鼠模型中的LEPR成纤维细胞和SCUBE2肺泡成纤维细胞	分子生物学	肺纤维化	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因表达数据	两种小鼠肺纤维化模型
85	2025-06-15	A tumor necrosis factor-α-responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7 2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568 PMID:40316021	研究论文	本文揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的复杂调控机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞类型特异性起源和炎症信号调控机制	研究主要聚焦于肺腺癌，对其他癌症类型的适用性尚不明确	探究ERVK-7在肺腺癌中的表达调控机制及其临床意义	人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达	分子生物学	肺腺癌	单细胞转录组测序、表观遗传学图谱分析	NA	RNA-seq数据、表观遗传数据	NA
86	2025-06-14	The spatial transcriptome of the late-stage embryonic and postnatal mouse brain reveals spatiotemporal molecular markers 2025-Apr-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95496-8 PMID:40210990	研究论文	本研究通过空间转录组分析探索了小鼠大脑发育过程中的时空基因表达调控	发现了脉络丛、梨状皮层和丘脑的新分子标记物，以及能够确定发育阶段背侧内梨状核(DEn)的新分子标记物	研究主要集中在小鼠模型，人类大脑发育的适用性尚需验证	理解大脑发育过程中细胞和分子水平的基因表达调控	胚胎晚期和出生后小鼠大脑	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了公开可用的小鼠数据集
87	2025-06-14	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	综述	本文综述了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在治疗应用	整合时间身份规范与促神经因子过表达以提高重编程效率并扩大从重编程哺乳动物胶质细胞生成的神经元亚型范围	NA	探讨哺乳动物神经祖细胞时间身份的调控机制及其在神经再生治疗中的潜在应用	哺乳动物神经祖细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
88	2025-06-14	Cancer-associated fibroblasts in breast cancer in the single-cell era: Opportunities and challenges 2025-04, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189291 PMID:40024607	综述	本文探讨了乳腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）在单细胞时代的机遇与挑战	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术对CAFs进行高分辨率分析，揭示其异质性及不同亚群的特异性表型和功能	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探索CAFs在乳腺癌中的分群及其相关生物标志物，强调它们在疾病进展中的作用和靶向治疗的潜力	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
89	2025-06-12	The Lung Is Not a Primary Site of Platelet Biogenesis 2025-Apr-30, Physiological research IF:1.9Q3 PMID:40432441	research paper	该研究探讨了肺部是否是血小板（PLT）生成的主要场所，并通过多种实验方法在不同物种中进行了验证	首次通过多种实验方法（包括自动血液分析仪、免疫组化染色和单细胞RNA测序）在不同物种中系统评估了肺部血小板生成的能力	研究样本量有限，且不同物种间的比较可能受到生物学差异的影响	验证肺部是否是血小板生成的主要场所	人类、大鼠、兔子和小鼠的血液、骨髓和肺部巨核细胞	NA	NA	自动血液分析仪、免疫组化染色、单细胞RNA测序	NA	血液参数、组织切片、RNA序列数据	人类（n=24，n=93）、大鼠（n=20，n=19）、兔子（n=19）、小鼠（未明确数量）
90	2025-06-12	Nintedanib improves bleomycin-induced pulmonary fibrosis by inhibiting the Clec7a/SPP1 pathway in interstitial macrophages 2025-Apr, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111635 PMID:39892726	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和RNA-seq数据分析，揭示了尼达尼布通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a/SPP1通路改善肺纤维化的新机制	首次发现尼达尼布通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a/SPP1通路减轻肺纤维化，并鉴定NFκB为该过程中的关键转录因子	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究尼达尼布治疗特发性肺纤维化的分子机制	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型和间质巨噬细胞	分子病理学	肺纤维化	单细胞测序、RNA-seq、Monocle2、Cellchat、Scenic	动物模型（小鼠）	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
91	2025-06-11	Single-cell sequencing systematically analyzed the mechanism of Emdogain on the restoration of delayed replantation periodontal membrane 2025-04-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00345-5 PMID:40246878	研究论文	本研究通过单细胞测序系统分析了Emdogain（EMD）在延迟再植牙周膜修复中的作用机制	首次在单细胞分辨率下揭示EMD促进牙周膜修复的细胞和分子机制，并发现Vtn+成纤维细胞在组织再生中的关键作用	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究EMD促进牙周膜修复的细胞和分子机制	大鼠延迟再植牙模型	数字病理学	牙周疾病	单细胞测序、Micro-CT、HE染色、TRAP染色、免疫荧光染色	NA	单细胞测序数据、影像数据	大鼠延迟再植牙模型（具体数量未明确说明）
92	2025-06-10	Pan-cancer Analysis Identified Ectopic RUNX1T1 Associated with Lineage Plasticity 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.18.649575 PMID:40488132	研究论文	通过泛癌分析发现异位RUNX1T1与谱系可塑性相关	首次利用HOX代码量化癌症细胞的谱系可塑性，并识别出RUNX1T1作为泛癌标记物和谱系可塑性的关键介质	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证RUNX1T1的功能机制	研究癌症谱系可塑性的分子标记及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用	114种癌症类型的80,000多个RNA测序样本	生物信息学	泛癌（包括前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病）	RNA测序（包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq）	NA	RNA测序数据	超过80,000个RNA测序样本
93	2025-06-09	Ectopic Expansion of Pulmonary Vasculature in Fibrotic Lung Disease and Lung Adenocarcinoma Marked by Proangiogenic COL15A1+ Endothelial Cells 2025-Apr, Pulmonary circulation IF:2.2Q3 DOI:10.1002/pul2.70102 PMID:40463493	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了多种进行性间质性肺疾病（ILD）和非小细胞肺癌（NSCLC）中血管内皮细胞（EC）群体的共同和独特特征	识别了在ILD和NSCLC中扩展的两种EC亚型'Bronch-1'和'Bronch-2'，并发现支气管循环的扩张是ILD和NSCLC中血管细胞组成的最显著变化之一	样本量相对较小，特别是NSCLC样本仅有8例	比较多种肺疾病中血管内皮细胞群体的特征，探索支气管血管在疾病进展中的作用	健康肺组织、间质性肺疾病（ILD）、慢性阻塞性肺疾病（COPD）和非小细胞肺癌（NSCLC）患者	digital pathology	lung cancer, idiopathic pulmonary fibrosis	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	健康肺组织59例，ILD 97例，COPD 22例，NSCLC 8例
94	2025-06-08	IL-12-producing cytokine factories induce precursor exhausted T cells and elimination of primary and metastatic tumors 2025-Apr-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010685 PMID:40169286	research paper	本研究评估了局部施用IL-12细胞因子工厂的安全性和抗肿瘤效果，展示了其在多种癌症类型中的治疗效果	利用临床可转化的细胞因子递送平台，诱导前体耗竭T细胞（Tpex）在肿瘤微环境中的分化，避免了传统IL-12治疗的毒性问题	研究主要基于小鼠模型和非人类灵长类动物，临床效果尚需进一步验证	开发一种新型免疫治疗方法，以诱导Tpex细胞的招募和系统性免疫，对抗多种实体瘤	前体耗竭T细胞（Tpex）、结直肠癌小鼠模型、黑色素瘤小鼠模型	免疫治疗	结直肠癌、黑色素瘤	单细胞RNA测序、细胞因子递送平台	NA	RNA测序数据、体内实验数据	9只结直肠癌小鼠、黑色素瘤小鼠模型、非人类灵长类动物
95	2025-06-07	Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits 2025-Apr-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.02.012 PMID:40081369	research paper	该研究提出了一种结合成像空间转录组学和并行光学检测引导RNA的方法（Perturb-FISH），用于在单细胞分辨率下研究空间和功能生物学的遗传和分子关联	Perturb-FISH方法首次将高度多路复用的单细胞转录组读数与光学筛选结合，揭示了细胞内、细胞间及功能转录回路	NA	开发一种新方法来研究空间和功能生物学的遗传和分子关联	培养的单核细胞、三维异种移植模型、人类诱导多能干细胞（hIPSC）星形胶质细胞	分子生物学	自闭症谱系障碍	Perturb-FISH, 单细胞RNA测序（Perturb-seq）	NA	转录组数据、光学成像数据	NA
96	2025-06-07	Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082 PMID:39734035	research paper	该研究对一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿进行了免疫学和分子特征分析，揭示了该变体与严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的关联	首次详细描述了PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的严重影响，包括对T细胞选择和多样性的影响	研究仅基于一名患者的数据，样本量较小，可能限制结论的普遍性	探讨PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的影响	一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿	免疫学	严重联合免疫缺陷和Omenn综合征	流式细胞术、免疫印迹、人工胸腺器官培养、单细胞RNA测序	NA	分子和细胞数据	1名患者及其父母
97	2025-06-06	Multi-Omic Insight Into the Molecular Networks in the Pathogenesis of Coronary Artery Disease 2025-Apr, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.037203 PMID:40135555	研究论文	通过整合多组学数据，研究冠状动脉疾病（CAD）的分子网络机制	利用基于摘要数据的孟德尔随机化和共定位分析整合多组学数据，揭示了TAGLN2、APOB、GIP等基因与CAD风险的关联	未提及具体样本量，且部分潜在因果/风险基因仍未被识别	探索冠状动脉疾病的分子机制和潜在因果基因	冠状动脉疾病（CAD）患者	生物信息学	心血管疾病	基因甲基化、表达和蛋白质水平的整合分析，单细胞RNA测序	孟德尔随机化和共定位分析	多组学数据（基因甲基化、表达、蛋白质水平）	NA
98	2025-06-05	SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881 PMID:40179332	research paper	提出了一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器结合对比学习方法，用于空间转录组数据分析	SpaMask通过同时掩码部分节点和边，结合MGAE和MGCL模块，提升了模型的性能和鲁棒性	未明确提及具体局限性	提升空间转录组数据中空间域表征的准确性和鲁棒性	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial resolved transcriptomics (SRT)	GNN, Masked Graph Autoencoders (MGAE), Masked Graph Contrastive Learning (MGCL)	基因表达数据	五个不同平台的八个数据集
99	2025-06-05	[Mechanism of Quanduzhong Capsules in treating knee osteoarthritis from perspective of spatial heterogeneity] 2025-Apr, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20241211.401 PMID:40461230	研究论文	本研究通过整合空间转录组数据挖掘和动物实验验证，系统表征了全杜仲胶囊对膝骨关节炎软骨病变的靶向作用，并阐明了相关分子机制	首次从空间异质性角度揭示了全杜仲胶囊在膝骨关节炎病理软骨区域的空间特异性靶向作用和保护机制	研究主要基于大鼠模型和有限的空间转录组数据集，临床转化需要进一步验证	阐明全杜仲胶囊治疗膝骨关节炎的作用机制	SD大鼠膝骨关节炎模型和临床膝骨关节炎患者的软骨组织	生物医学	膝骨关节炎	空间转录组学、HE染色、免疫组化	动物模型	空间转录组数据、病理图像数据	SD大鼠模型和GSE254844数据集中的临床样本
100	2025-06-04	Robust generation of photoreceptor-dominant retinal organoids from porcine induced pluripotent stem cells 2025-04-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102425 PMID:40054472	research paper	该研究描述了从猪诱导多能干细胞高效生成光感受器主导的视网膜类器官的方法	开发了一种高效生成猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官的方法，为视网膜退行性疾病的研究提供了新的临床前模型	NA	开发猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官，以补充人类异种移植研究的功能和安全性数据	猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官	干细胞研究	视网膜退行性疾病	免疫细胞化学 (ICC), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据, 图像数据	NA