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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-10-06 |
Progesterone signaling in oviductal epithelial cells modulates the immune response to support preimplantation embryonic development
2025-Apr-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt6113
PMID:40249812
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研究论文 | 本研究探讨孕酮信号通过调控输卵管上皮细胞免疫反应支持胚胎着床前发育的机制 | 首次揭示输卵管上皮细胞中孕酮受体通过抑制IL-22等促炎基因表达来保障胚胎正常发育的新机制 | 研究仅使用小鼠模型,人类临床适用性需进一步验证 | 阐明孕酮信号在胚胎着床前发育过程中的免疫调节作用 | 条件性敲除孕酮受体的小鼠模型及其胚胎 | 生殖生物学 | 妊娠丢失 | 单细胞RNA测序,药理学抑制,共培养实验 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,胚胎发育表型数据 | 未明确样本数量的小鼠模型和胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 82 | 2025-10-06 |
Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung
2025-Apr-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204346
PMID:40177910
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研究论文 | 本研究通过多尺度成像和单细胞转录组学揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制 | 发现了鸡特有的表达KRT14的肺泡细胞类型(命名为腔细胞),并揭示了肺分支融合形成副支气管和径向肺泡生成的新机制 | 研究主要集中于鸡肺发育过程,与哺乳动物肺的比较分析相对有限 | 阐明鸟类肺中单向气流的发育适应机制及其与哺乳动物双向气流的差异 | 鸡肺发育过程中的关键阶段 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 多尺度3D成像 | NA | 基因表达数据, 成像数据 | 鸡肺发育关键阶段的多个样本 | 华大基因 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | Stereo-seq | Stereo-seq空间转录组技术 |
| 83 | 2025-10-06 |
ATM-dependent DNA damage response constrains cell growth and drives clonal hematopoiesis in telomere biology disorders
2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI181659
PMID:40179146
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了端粒功能障碍通过激活ATM依赖性DNA损伤反应通路导致细胞衰老和凋亡,从而驱动克隆造血的机制 | 首次系统性地在端粒生物学疾病患者中发现ATM依赖性DNA损伤反应的过度激活是疾病发病的关键机制,并提出ATM抑制可能成为潜在治疗策略 | 研究样本量相对有限(166例患者),且主要基于观察性数据,需要进一步的功能验证和临床试验 | 探究端粒生物学疾病中造血系统异常和克隆造血的分子机制 | 166例儿童和成人端粒生物学疾病患者的造血细胞 | 分子生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞测序, ATM激活检测, 端粒功能障碍诱导灶分析, 细胞生长实验 | NA | 基因组数据, 单细胞测序数据, 细胞功能数据 | 166例端粒生物学疾病患者(儿童和成人) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 84 | 2025-10-06 |
The essential role of connective-tissue cells during axolotl limb regeneration
2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.30.645595
PMID:40236065
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示结缔组织细胞在蝾螈肢体再生过程中构成高达75%的芽基细胞并证明其必要性 | 首次通过空间转录组学量化结缔组织细胞在再生芽基中的比例,并利用基因消融实验证实其功能必要性 | 未详细探讨其他类型细胞在再生过程中的具体作用机制 | 阐明结缔组织细胞在蝾螈肢体再生过程中的细胞组成和功能必要性 | 墨西哥钝口螈(Ambystoma mexicanum)的肢体再生过程 | 发育生物学 | 组织再生 | 空间转录组学、基因消融 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 选择性探针阵列 |
| 85 | 2025-10-06 |
Genetics- and age-driven neuroimmune and disc changes underscore herniation susceptibility and pain-associated behaviors in SM/J mice
2025-Apr-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ado6847
PMID:40267183
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研究论文 | 本研究通过SM/J小鼠模型揭示了遗传背景和衰老对自发性椎间盘突出易感性及疼痛相关行为的神经免疫机制 | 首次在野生型环境中建立自发性椎间盘突出的小鼠模型,并系统揭示了神经免疫调节和细胞外基质改变在病理过程中的作用 | 研究仅限于SM/J小鼠品系,结果在其他遗传背景中的普适性需要进一步验证 | 探究遗传和年龄因素对椎间盘突出易感性及疼痛行为的神经免疫机制 | SM/J近交系小鼠的腰椎间盘、背根神经节、脊髓和外周血单核细胞 | 神经免疫学 | 椎间盘突出 | 单细胞RNA测序, 飞行时间细胞计数, 转录组分析 | NA | 基因表达数据, 细胞计数数据 | SM/J近交系小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2025-10-06 |
Accessing genetically defined cell types in the superior colliculus with transgenic mouse lines
2025-Apr-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112194
PMID:40212591
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研究论文 | 本研究利用转基因小鼠品系表征上丘中特定神经元类型,验证分子图谱与形态学分类之间的相关性 | 首次基于单细胞转录组图谱系统评估转基因小鼠品系在上丘特定神经元类型靶向中的适用性 | 仅评估了10个转基因小鼠品系,可能未覆盖所有上丘神经元类型 | 研究上丘神经元亚型的功能特性 | 转基因小鼠的上丘神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学,转基因技术 | NA | 基因表达数据,荧光成像数据 | 10个转基因小鼠品系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2025-10-06 |
Altered baseline immunological state and impaired immune response to SARS-CoV-2 mRNA vaccination in lung transplant recipients
2025-Apr-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102050
PMID:40187358
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了肺移植受者基线免疫状态异常及其对SARS-CoV-2 mRNA疫苗免疫应答受损的机制 | 首次通过多组学整合分析揭示肺移植受者基线免疫状态与COVID-19重症相似的免疫特征,并直接关联到疫苗应答受损 | 样本量有限,未探讨不同免疫抑制方案对疫苗应答的影响 | 探究肺移植受者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗免疫应答减弱的免疫学机制 | 肺移植受者与健康对照者 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据,细胞因子数据,抗体数据 | 肺移植受者与健康对照者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 88 | 2025-10-06 |
A cohort of highly activated CD99- CD72+ B cells promoting autoimmune progression in juvenile systemic lupus erythematosus
2025-Apr-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114466
PMID:40090085
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研究论文 | 本研究在青少年系统性红斑狼疮中发现了一类高度活化的CD99-CD72+B细胞亚群,该细胞群通过表达高水平TLR7促进自身免疫进程 | 首次在青少年系统性红斑狼疮中鉴定出CD72+B细胞这一关键过渡细胞群体,揭示了其在自身免疫反应中的新作用机制 | 研究主要基于测序数据分析,需要进一步实验验证该细胞群体的具体功能机制 | 探究青少年系统性红斑狼疮中B细胞亚群的免疫病理机制 | 青少年系统性红斑狼疮患者的B细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 多组学整合分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 89 | 2025-10-06 |
A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion
2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645566
PMID:40236001
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研究论文 | 本研究通过多模态分析识别胶质瘤中肿瘤浸润淋巴细胞扩增的空间和分子决定因素 | 首次整合光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq、Xenium原位转录组学和CODEX空间蛋白质组学,建立空间多组学框架分析胶质瘤TIL扩增能力 | 研究聚焦于高级别胶质瘤,结果在其他免疫排斥肿瘤中的普适性需进一步验证 | 识别胶质瘤中肿瘤浸润淋巴细胞扩增的基因组和空间决定因素 | 高级别胶质瘤样本 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 光谱流式细胞术, TCR测序, 单细胞RNA测序, 原位转录组学, 空间蛋白质组学 | 多组学整合分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据, T细胞受体数据 | 未明确样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Xenium | Xenium原位转录组学平台 |
| 90 | 2025-10-06 |
Integration of mass cytometry and single-cell RNA-sequencing of cells in bronchoalveolar lavage
2025-Apr, BioTechniques
IF:2.2Q4
DOI:10.1080/07366205.2025.2505347
PMID:40384395
|
研究论文 | 本研究通过整合质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术,对支气管肺泡灌洗液中的细胞群体进行联合分析 | 首次在同一支气管肺泡灌洗液样本中同时应用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术进行互补验证 | 研究样本仅来自健康参与者,未包括疾病状态样本 | 评估单细胞RNA测序与蛋白质检测方法在细胞群体表征中的一致性和互补性 | 支气管肺泡灌洗液中的细胞群体 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA表达数据,蛋白质表达数据 | 健康参与者的支气管肺泡灌洗液样本 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 91 | 2025-10-06 |
Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model
2025-Apr-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026
PMID:40220759
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研究论文 | 提出一种基于超图变分自编码器的贝叶斯深度生成模型,用于单细胞RNA测序数据分析和基因调控网络推断 | 首次将超图表示学习与变分自编码器结合,通过结构方程模型和超图自注意力机制协同优化基因调控网络推断 | NA | 开发高效的单细胞RNA测序数据分析方法,准确推断基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据,基因调控网络,基因模块 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器(VAE),超图神经网络,自注意力机制 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2025-10-06 |
A cost- and time-efficient method for high-throughput cryoprocessing and tissue analysis using multiplexed tissue molds
2025-Apr-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101023
PMID:40262526
|
研究论文 | 介绍一种用于高通量冷冻处理和组织分析的多重组织模具方法 | 开发了首个可实现冷冻处理多重化的商业协议和产品,能同时处理不同大小和来源的组织 | 未提及该方法在临床应用中的验证数据 | 开发更高效、经济的组织冷冻处理方法 | 小鼠组织和神经类器官 | 组织病理学 | NA | 冷冻切片、组织分析、空间转录组学 | NA | 组织切片、表达标记数据 | 19种不同成年小鼠组织,约110个不同年龄和大小的神经类器官 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 93 | 2025-10-06 |
CellCover Defines Marker Gene Panels Capturing Developmental Progression in Neocortical Neural Stem Cell Identity
2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.06.535943
PMID:37383947
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研究论文 | 提出CellCover方法用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性标记基因组合 | 将标记基因选择问题建模为组合优化中的最小集合覆盖问题,克服传统差异表达方法的局限性 | 方法依赖于二值化表达数据,可能损失部分连续表达信息 | 开发更有效的细胞类型标记基因识别方法 | 血液和脑组织中的细胞类型,特别是新皮质神经干细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 组合优化算法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集(包含大量细胞) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2025-10-06 |
SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis
2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.22.650107
PMID:40492199
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研究论文 | 开发了一个基于大型语言模型的单细胞RNA测序数据分析辅助工具SCassist | 首次将大型语言模型集成到单细胞RNA测序数据分析工作流中,提供参数推荐和结果解释 | NA | 简化单细胞RNA测序数据分析流程,降低使用门槛 | 单细胞RNA测序数据分析工作流 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | LLM(大型语言模型) | 单细胞RNA测序数据 | NA | Google, OpenAI, Meta | 单细胞RNA-seq | Gemini, GPT, Llama3 | 基于大型语言模型的单细胞数据分析辅助工具 |
| 95 | 2025-10-06 |
Mechanism of mitochondrial dysfunction on placental trophoblastic cells in intrahepatic cholestasis of pregnancy
2025-Apr-25, Journal of molecular histology
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s10735-025-10427-1
PMID:40278950
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研究论文 | 本研究探讨妊娠期肝内胆汁淤积症中胆汁酸通过NRF1/PGC-1α通路导致胎盘滋养细胞线粒体功能障碍的机制 | 首次在单细胞水平揭示ICP胎盘滋养细胞线粒体功能损伤机制,发现NRF1/PGC-1α通路介导的线粒体转录机制受损 | 研究主要基于细胞模型,需要更多临床样本验证 | 探究胆汁酸诱导线粒体功能障碍的机制,为ICP治疗提供精准靶点 | 人类胎盘组织和滋养细胞 | 单细胞生物学 | 妊娠期肝内胆汁淤积症 | 单细胞测序,荧光共聚焦显微镜,电子显微镜,线粒体膜电位检测 | 细胞模型 | 单细胞测序数据,显微镜图像,分子检测数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 96 | 2025-10-06 |
Biological sex affects gene expression and functional variation across the human genome
2025-Apr-14, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.09.03.24313025
PMID:39281750
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类基因组中性别差异对基因表达和功能变异的影响 | 首次在单细胞水平系统识别1200个性别偏向表达基因,发现79%的性别差异基因受转录因子调控,并鉴定出2390个性别偏向eQTL | 独立数据集中复制证据有限,主要基于淋巴母细胞系研究 | 探索人类性别二态性的遗传机制及其对疾病的影响 | 480个淋巴母细胞系 | 基因组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习, 线性模型 | 基因表达数据 | 480个淋巴母细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2025-10-06 |
Study on the mechanism of action of the active ingredient of Calculus Bovis in the treatment of sepsis by integrating single-cell sequencing and machine learning
2025-Apr-18, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042184
PMID:40258762
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研究论文 | 本研究整合单细胞测序和机器学习方法探究牛黄活性成分治疗脓毒症的作用机制 | 首次结合网络药理学、RNA测序、单细胞测序和多种机器学习模型系统研究牛黄治疗脓毒症的分子机制 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探究牛黄活性成分治疗脓毒症的分子作用机制 | 脓毒症相关基因和牛黄活性成分靶点 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,RNA测序,分子对接,分子动力学模拟 | XGBoost,SVM,Decision Tree,KNN | 基因表达数据 | 来自中国国家基因库数据库和GSE65682数据库的样本 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 98 | 2025-10-06 |
A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics
2025-Apr-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1
PMID:40321764
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研究论文 | 开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型,用于连接组织病理学图像与转录组学数据 | 首次提出将转录组数据转化为“句子”形式,并开发了整合组织学图像与转录组学的视觉-组学基础模型 | NA | 开发能够整合组织病理学图像与转录组学数据的计算方法 | 组织切片图像和转录组学数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 基础模型 | 图像, 文本 | 220万对组织图像和转录组数据,涵盖32个器官 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组数据 |
| 99 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration
2025-Apr-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07887-2
PMID:40251274
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了光氧化应激下成年小鼠视网膜中区域特异性基因表达变化及其对视网膜退化的驱动作用 | 首次识别出距视神经头约800µm的特定区域是视网膜分子变化的关键驱动区域,并发现了新的血管生成信号通路 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类视网膜中得到验证 | 探究光氧化应激下视网膜退化的空间分子机制 | 成年小鼠视网膜 | 空间转录组学 | 年龄相关性黄斑变性 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 100 | 2025-10-06 |
Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation
2025-04-17, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-025-00361-z
PMID:40240339
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研究论文 | 本研究揭示了成纤维细胞来源的补体C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化驱动实验性牙周炎进展的机制 | 首次通过单细胞测序确定牙周炎中C3的主要来源是成纤维细胞,并阐明C3a通过巨噬细胞极化和破骨细胞分化促进牙周组织破坏的新机制 | 研究主要基于动物模型,人类数据的验证相对有限 | 探究补体C3在牙周炎进展中的来源、作用和分子机制 | 小鼠牙周炎模型和人类牙周炎患者的牙周组织 | 单细胞生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 小鼠模型和人类患者牙周组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |