单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-24	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的严谨性和可重复性，重点关注数字空间分析和单分子成像平台的性能	首次系统评估数字空间分析技术在临床样本中的表现，并与新型单细胞分辨率平台进行性能比较	研究主要集中于肾脏组织，可能不适用于其他组织类型	评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的应用潜力	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	空间转录组学	肾脏疾病	数字空间分析(DSP)和单分子成像	NA	基因表达数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本(具体数量未提及)
82	2025-05-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019 PMID:39755116	研究论文	研究谷胱甘肽在植物再生过程中加速细胞周期和细胞重编程的作用	发现谷胱甘肽在G1期细胞中短暂核内积累，促进细胞快速进入S期并加速细胞重编程	研究主要基于拟南芥根部细胞，在其他植物组织中的普适性有待验证	探究细胞周期动态在细胞重编程中的作用机制	拟南芥根部细胞	植物细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	拟南芥根部细胞(具体数量未说明)
83	2025-05-24	Unlocking plant regeneration: The role for glutathione 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.03.012 PMID:40262524	research paper	本文揭示了谷胱甘肽（GSH）在植物再生中的关键作用，通过促进细胞周期转换加速器官再生	首次发现GSH在植物组织损伤后释放，并通过缩短G1期加速细胞周期，从而促进器官再生	NA	探究植物再生过程中GSH的作用机制	植物再生过程中的细胞周期调控	植物发育生物学	NA	scRNA-seq, 活体成像	NA	RNA序列数据, 图像数据	NA
84	2025-05-23	Lipoxin A4/FPR2 Signaling Mitigates Ferroptosis of Alveolar Epithelial Cells via NRF2-Dependent Pathway During Lung Ischemia-Reperfusion Injury 2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401475R PMID:40270323	研究论文	本研究探讨了Lipoxin A4 (LxA)通过FPR2/NRF2信号通路减轻肺泡上皮细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤(IRI)中的作用	首次揭示了LxA/FPR2信号通过NRF2依赖的途径减轻肺泡上皮细胞铁死亡的新机制	研究主要基于小鼠模型，在人体中的效果需要进一步验证	探究LxA是否能够通过FPR2/NRF2通路保护肺组织免受IRI引起的铁死亡	肺泡II型上皮细胞(ATII cells)	呼吸系统疾病	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序	小鼠肺缺血再灌注模型和原位肺移植模型	基因表达数据、氧化脂质水平数据	C57BL/6野生型小鼠、Fpr2和Nrf2敲除小鼠、人肺移植患者组织样本
85	2025-05-23	Vagal Sensory Gut-Brain Pathways That Control Eating-Satiety and Beyond 2025-Apr, Comprehensive Physiology IF:4.2Q1 DOI:10.1002/cph4.70010 PMID:40229922	review	本文综述了迷走神经在肠道与大脑之间传递信息的多重作用，挑战了其仅作为饱腹感信号被动传递者的传统观点	揭示了迷走神经传入神经元（VANs）的多样化亚群、多种感觉模式及其在摄食行为、代谢和认知中的复杂作用	综述性文章，未涉及具体实验数据或样本量的限制	探讨迷走神经感觉通路在肠道-大脑通信中的多重作用，超越饱腹感信号传递	迷走神经传入神经元（VANs）及其下游大脑回路	神经科学	NA	单细胞转录组学、神经回路映射、功能成像	NA	NA	NA
86	2025-05-23	Single-cell omics technologies - Fundamentals on how to create single-cell looking glasses for reproductive health 2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2024.08.041 PMID:40253074	综述	本文回顾了单细胞组学技术在妇科疾病和女性生命周期中的系统性生物适应研究中的应用	探讨了单细胞技术在生殖医学中的最新应用，包括测序和蛋白质组学方法，以及空间转录组学和高维蛋白质组成像	讨论了单细胞技术在数据分析和临床转化中的统计限制和计算挑战	研究单细胞技术在妇科疾病和女性生殖健康中的应用，以开发新的诊断方法和靶向治疗	女性生殖道组织、妊娠及妊娠相关疾病、妇科恶性肿瘤、子宫和卵巢生理及衰老	生物医学	妇科疾病	单细胞测序、蛋白质组学、空间转录组学、高维蛋白质组成像	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	NA
87	2025-05-21	Identification of druggable genetic targets for prostate cancer risk based on mendelian randomization and single-cell RNA sequencing 2025-Apr-30, International urology and nephrology IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s11255-025-04525-y PMID:40304996	研究论文	本研究通过孟德尔随机化、共定位分析和单细胞RNA测序技术，识别与前列腺癌风险相关的可药物化遗传靶点	整合多种高级遗传分析技术（MR、共定位、单细胞RNA测序）进行靶点验证，首次发现BAK1等5个基因在前列腺癌T细胞/巨噬细胞中富集	BAK1靶点可能引起血小板计数增加的副作用，其他靶点的临床转化潜力需进一步验证	识别可作为治疗靶点或诊断标志物的前列腺癌相关可药物化基因	2608个可药物化基因（来自eQTLs与可药物基因组数据库交叉筛选）	生物信息学	前列腺癌	孟德尔随机化(MR)、共定位分析、单细胞RNA测序、表型全基因组关联研究(PheWAS)	NA	基因组数据（GWAS、eQTLs）、单细胞转录组数据	NA（基于公共GWAS数据库和单细胞测序数据）
88	2025-05-21	Single-cell RNA sequencing for characterizing the immune communication and iron metabolism roles in CD31+ glioma cells 2025-Apr-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-377 PMID:40386270	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了CD31+免疫细胞在胶质瘤微环境中的作用，特别是巨噬细胞和T细胞的功能	揭示了CD31+细胞中铁蛋白在铁代谢和免疫调节中的双重作用，并识别了SPP1和MHC-II等关键通路	研究仅关注CD31+细胞，可能忽略了其他细胞类型在胶质瘤微环境中的作用	探讨CD31+免疫细胞在胶质瘤微环境中的功能及其潜在治疗靶点	CD31+免疫细胞（巨噬细胞和T细胞）	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq	CellChat, Monocle3	RNA测序数据	NA
89	2025-05-21	scRNA-seq reveals chemotherapy-induced tumor microenvironment changes in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Apr-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-2025-103 PMID:40386264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了化疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响，并探讨了优化免疫治疗反应的策略	发现化疗后LYZ在肿瘤细胞中的显著增加，揭示了化疗对肿瘤微环境中抗原呈递机制和PVR信号通路的改变	研究基于公开可用的单细胞RNA测序数据，可能受限于原始数据的样本量和质量	研究化疗诱导的肿瘤微环境变化并优化胰腺导管腺癌的免疫治疗反应	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	公开可用的PDAC单细胞RNA测序数据集（含化疗与未化疗样本）
90	2025-05-21	Single cell sequencing technology reveals the correlation between B lymphocytes and vascular inflammatory symptoms of Kawasaki disease 2025-Apr-30, Translational pediatrics IF:1.5Q2 DOI:10.21037/tp-2025-19 PMID:40386362	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了B淋巴细胞与川崎病血管炎症症状之间的相关性	首次利用单细胞测序技术分析川崎病患者免疫细胞激活状态，并发现CD19+ B细胞与血管炎症持续时间的关系	样本量相对较小（10例单细胞测序样本），且对照组设计存在一定局限性	探索川崎病早期血管炎症症状期间的免疫细胞激活情况，寻找潜在诊断标志物并指导IVIG治疗时机	川崎病患儿（95例）和对照组儿童（182例）	数字病理学	川崎病	单细胞测序（SCS）、流式细胞术、定量PCR（qPCR）	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、PCR数据	单细胞测序：10例（7例KD+3对照）；验证队列：277例（95KD+12健康对照+170发热患儿）
91	2025-05-21	Identification and Exploration of Pyroptosis-Related Genes in Macrophage Cells Reveal Necrotizing Enterocolitis Heterogeneity Through Single-Cell and Bulk-Sequencing 2025-Apr-24, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094036 PMID:40362275	研究论文	本研究通过单细胞和批量测序技术，识别和探索了巨噬细胞中与细胞焦亡相关的基因，揭示了坏死性小肠结肠炎的异质性	发现了一种新的巨噬细胞亚群，并证实了TREM1在细胞焦亡中的关键作用及其作为潜在治疗靶点的可能性	研究中提到的五个潜在诊断标记基因未具体命名，可能影响结果的明确性	探究坏死性小肠结肠炎中细胞焦亡的遗传和分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	巨噬细胞和坏死性小肠结肠炎相关基因	数字病理学	坏死性小肠结肠炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 免疫荧光染色, PCR, Western blot	NA	RNA测序数据, 图像数据	未明确提及具体样本数量
92	2025-05-20	Blockade of TIGAR prevents CD8+ T cell dysfunction and elicits anti-AML immunity 2025-Apr-26, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04042-y PMID:40285889	研究论文	本研究探讨了通过阻断TIGAR来预防CD8+ T细胞功能障碍并激发抗急性髓性白血病（AML）免疫力的机制	首次揭示了TIGAR沉默如何增强T细胞功能并改善AML预后，以及TIGAR抑制与2-DG联合使用的治疗效果	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究TIGAR沉默是否能消除AML细胞并恢复功能失调的T细胞	AML小鼠模型和TIGAR基因敲除小鼠	免疫学	急性髓性白血病（AML）	单细胞RNA测序分析	TIGAR基因敲除小鼠模型	基因表达数据和细胞功能数据	未明确提及具体样本数量，但使用了C57BL/6J背景的小鼠和C1498细胞
93	2025-05-20	Dynamics of tertiary lymphoid structures and immune cross talk in early versus advanced colorectal cancer: potential implications for immunotherapy 2025-Apr-26, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04027-x PMID:40287532	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和大块RNA转录数据分析，探讨了早期和晚期结直肠癌中三级淋巴结构（TLS）和肿瘤微环境（TME）的动态变化及其对免疫治疗的潜在影响	揭示了CD8+ Tex细胞上的CXCL13表达以及CD4+ Tfh和BGC细胞之间的CD40-CD40L相互作用可能是TLS功能的关键调节因子，进而影响免疫治疗的反应	研究基于三个内部队列，可能需要更大样本量验证	探讨早期和晚期结直肠癌中TLS和TME的差异及其对免疫治疗的影响	早期和晚期结直肠癌患者	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序，大块RNA转录数据分析	NA	RNA测序数据，病理组织数据	三个内部队列
94	2025-05-20	Histone HIST1 genes and tumor-infiltrating lymphocytes in a child with γδ T cell acute lymphoblastic leukemia by single-cell sequencing 2025-Apr-23, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf022 PMID:39973604	research paper	本文通过单细胞测序技术研究了一名γδ T细胞急性淋巴细胞白血病患儿的HIST1组蛋白基因与肿瘤浸润淋巴细胞之间的关系	首次揭示了HIST1组蛋白基因与γδ T-ALL之间的关联，并识别了γδ T细胞在对抗这种白血病中的潜在效应功能	仅基于单个病例的研究，样本量有限，结果需要更大规模的研究验证	探索γδ T-ALL的生物学机制，为分类和治疗策略提供依据	一名γδ T细胞急性淋巴细胞白血病患儿	digital pathology	acute lymphoblastic leukemia	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	1例患儿
95	2025-05-20	Prognostic nutrition index reveals LAG3 in cytotoxic CD8+ T cells and MHC class II in gastric cancer cells 2025-Apr-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04037-9 PMID:40252096	研究论文	探讨预后营养指数（PNI）与胃癌细胞中LAG3和MHC class II表达的关系	首次揭示了PNI与LAG3在细胞毒性CD8阳性T细胞中的表达以及MHC class II在胃癌细胞中的表达之间的关联	研究为回顾性分析，样本量有限（单细胞RNA测序仅38例，多重免疫荧光染色59例）	评估营养指数对胃癌患者预后的影响及其与免疫检查点分子表达的关联	796例接受根治性胃切除术的胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色	NA	临床数据、RNA测序数据、免疫荧光图像	796例胃癌患者（临床数据），38例胃癌组织（单细胞RNA测序），59例胃癌组织（多重免疫荧光染色）
96	2025-05-19	Cell Type Resolved Expression of Duplicate Genes Retained From Whole Genome Duplication in Atlantic salmon 2025-Apr-30, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf076 PMID:40305003	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究大西洋鲑鱼肝脏组织中全基因组复制（WGD）保留的重复基因对（ohnologs）的细胞特异性表达及其对细菌感染的转录反应	首次在单细胞水平上解析了全基因组复制保留的重复基因对的细胞特异性表达及其对细菌感染的响应	研究仅针对大西洋鲑鱼的肝脏组织，未涵盖其他组织或物种	探究全基因组复制事件后基因表达的功能和进化结果	大西洋鲑鱼（Salmo salar L）肝脏组织中的重复基因对（ohnologs）	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
97	2025-05-19	Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing 2025-Apr-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014 PMID:40081375	研究论文	本文提出了一种名为'recall'的方法，用于防止单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的过度聚类问题	通过引入人工变量来控制'双重浸渍'效应，recall方法可应用于多种聚类算法，并在真实和模拟数据上展示了先进的聚类性能	NA	解决scRNA-seq分析中因过度聚类导致的下游分析误导问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	真实和模拟数据集
98	2025-05-18	Development and validation of tryptophan metabolism-related risk model and molecular subtypes for predicting postoperative biochemical recurrence in prostate cancer 2025-Apr-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2025-39 PMID:40376539	研究论文	本研究开发并验证了基于色氨酸代谢的风险模型和分子亚型，用于预测前列腺癌患者术后生化复发	首次将色氨酸代谢相关基因与前列腺癌术后生化复发风险预测相结合，并构建了分子亚型分类	研究主要基于TCGA数据库，需要更多外部数据验证模型的普适性	开发前列腺癌术后生化复发的预测工具	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	差异表达分析、单变量Cox分析、LASSO回归、免疫组化、单细胞测序	多变量Cox回归模型、共识聚类	基因表达数据	TCGA-PRAD数据集中的421例前列腺癌患者
99	2025-05-18	Cold-Induced DHRS4 Promotes Thermogenesis via Enhanced Fatty Acid β-Oxidation in Porcine Subcutaneous Adipocytes 2025-Apr-22, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15091190 PMID:40362005	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和批量转录组分析，揭示了猪皮下脂肪组织在冷暴露下通过上调DHRS4表达促进脂肪酸β氧化和产热能力的机制	首次在缺乏经典棕色脂肪组织的大型哺乳动物（猪）中，发现冷诱导的DHRS4通过表观遗传调控促进脂肪酸β氧化和产热能力的新机制	研究仅关注了皮下脂肪组织，未涉及其他脂肪库或组织的适应性反应	探究大型哺乳动物（特别是猪）在冷暴露下脂肪组织适应性代谢重编程的表观遗传机制	猪皮下脂肪组织（subWAT）	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序，批量转录组分析	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用猪冷暴露模型
100	2025-05-17	Supplementation of Forskolin and Linoleic Acid During IVC Improved the Developmental and Vitrification Efficiency of Bovine Embryos 2025-Apr-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094151 PMID:40362390	研究论文	本研究评估了在体外培养（IVC）中添加福斯高林和亚油酸（FL）对牛胚胎冷冻存活、脂质含量和玻璃化过程中生存能力的影响	首次使用脂质代谢组学和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术揭示了FL通过调节脂质代谢降低胚胎脂滴含量，从而提高冷冻存活率的机制	研究仅针对牛胚胎，结果可能不适用于其他物种	提高体外培养牛胚胎的发育能力和玻璃化效率	牛胚胎	生殖生物学	NA	脂质代谢组学, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	脂质组学数据, 基因表达数据	726种已鉴定脂质（26种差异表达），1079个差异表达基因（DEGs）