单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-03-13	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveals the Regional Division of the Spatial Structure of MASH Fibrosis 2025-Apr, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.16125 PMID:39400982	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）纤维化在肝脏中的区域分布，并识别了潜在的治疗靶点	首次在MASH纤维化中描述了基因表达的谱系特异性变化、亚群组成和伪时间分析，揭示了潜在的治疗靶点	NA	阐明MASH纤维化在肝脏中的区域分布，并识别潜在的治疗靶点	健康对照组、单纯脂肪变性患者和MASH患者的肝脏切片	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、病理HE染色图	NA
82	2025-03-13	Therapeutic potential of p-coumaric acid in alleviating renal fibrosis through inhibition of M2 macrophage infiltration and cellular communication 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156507 PMID:39978279	研究论文	本研究探讨了p-香豆酸（p-CA）在缓解肾纤维化中的治疗潜力，特别是通过抑制M2巨噬细胞浸润和细胞间通讯	首次详细阐明了p-CA通过靶向M2巨噬细胞及其与肾小管上皮细胞的相互作用来减轻肾纤维化的机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验验证p-CA在人体中的效果	评估p-CA在肾纤维化中的治疗潜力并阐明其作用机制	肾纤维化模型中的M2巨噬细胞和肾小管上皮细胞	生物医学	肾纤维化	液相色谱-串联质谱（LC-MS）、飞行时间细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、Western blot（WB）、实时定量PCR（qRT-PCR）、免疫组织化学（IHC）、免疫荧光（IF）	NA	代谢组学数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	NA
83	2025-03-13	Dihydromyricetin regulates the miR-155-5p/SIRT1/VDAC1 pathway to promote liver regeneration and improve alcohol-induced liver injury 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156522 PMID:39986231	研究论文	本研究探讨了二氢杨梅素（DMY）在酒精性肝病（ALD）中促进肝再生和改善肝损伤的分子机制	首次揭示了DMY通过调节miR-155-5p/SIRT1/VDAC1正反馈环路改善肝炎症和细胞衰老，促进肝再生以改善ALD	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限，需进一步临床试验验证	探索DMY在ALD相关肝再生障碍中的治疗潜力和分子机制	酒精性肝病（ALD）小鼠模型及临床ALD样本	生物医学	酒精性肝病	血清非靶向代谢组学、肝脏转录组学、单细胞测序、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、免疫荧光	NA	生化标志物、肝组织病理学、代谢组学、转录组学、单细胞测序数据	ALD小鼠模型及临床ALD样本
84	2025-03-12	Deciphering the Vulnerability of Pollen to Heat Stress for Securing Crop Yields in a Warming Climate 2025-Apr, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15315 PMID:39722468	review	本文综述了热应激如何影响花粉发育的基因调控网络，并探讨了这些变化对花粉发育各阶段的影响	利用单细胞RNA测序等基因组技术揭示热应激引发的基因调控重编程，提出花粉选择作为提高作物耐热性的关键策略	NA	研究热应激对花粉发育的影响，以提高作物在气候变暖条件下的耐热性	花粉	植物生物学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR/Cas系统	NA	基因组数据	NA
85	2025-03-12	Single-cell transcriptomics reveals the immune mechanisms by which tonsillectomy improves clinical outcomes of recurrent Immuoglobulin A nephropathy after kidney transplant 2025-Apr, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.02.010 PMID:39985963	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了扁桃体切除术改善肾移植后复发性免疫球蛋白A肾病（IgANR）临床效果的免疫机制	首次通过单细胞转录组学分析揭示了扁桃体切除术对IgANR患者B细胞表型和功能的影响，特别是IGHA1表达下调、记忆B细胞失活及相关通路的改变	样本量较小，仅分析了29名IgANR患者的扁桃体组织和外周血单核细胞（PBMCs）	探讨扁桃体切除术在IgANR治疗中的细胞和分子机制	29名IgANR患者的扁桃体组织和外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	免疫球蛋白A肾病	流式细胞术、单细胞mRNA测序	NA	单细胞转录组数据	29名IgANR患者的扁桃体组织和3份PBMC样本
86	2025-03-11	CD177+ neutrophils exacerbate septic lung injury via the NETs/AIM2 pathway: An experimental and bioinformatics study 2025-Apr-04, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114292 PMID:40007380	研究论文	本研究通过实验和生物信息学方法，揭示了CD177+中性粒细胞通过NETs/AIM2途径加剧脓毒症肺损伤的机制，并发现褪黑素具有潜在的治疗作用	首次揭示了CD177+中性粒细胞在脓毒症肺损伤中的关键作用，并发现褪黑素可通过抑制CD177+中性粒细胞浸润和NETs表达来改善肺损伤	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨脓毒症诱导的急性肺损伤的潜在机制和有效治疗策略	脓毒症诱导的急性肺损伤	生物信息学	脓毒症	单细胞测序，分子生物学实验方法	小鼠盲肠结扎穿刺（CLP）模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
87	2025-03-11	Hypoxia Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer by Inducing POSTN+ Cancer-Associated Fibroblast Formation 2025-Apr, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23882 PMID:39835715	研究论文	本研究探讨了缺氧如何通过诱导POSTN+癌症相关成纤维细胞（CAF）的形成促进结直肠癌（CRC）的恶性进展	发现了与缺氧密切相关的POSTN+ Fib细胞亚群，并开发了POSTNFib缺氧相关风险模型（PFHRM）以预测CRC患者的生存和免疫治疗反应	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨缺氧如何调节CRC免疫微环境并促进其恶性进展	结直肠癌患者及其相关数据	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），bulk RNA测序	机器学习模型	RNA测序数据，临床病理信息	来自TCGA和GEO数据库的CRC患者数据
88	2025-03-11	TREM2 as a Therapeutic Target in Atherosclerosis 2025-Apr, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12279 PMID:39891588	review	本文回顾了TREM2从基础研究到作为动脉粥样硬化治疗靶点的历程，并探讨了其临床应用的可能性	揭示了TREM2在泡沫巨噬细胞存活和动脉粥样硬化进展中的重要性，并提出了TREM2作为治疗靶点的潜力	NA	探讨TREM2作为动脉粥样硬化治疗靶点的可行性和临床应用前景	动脉粥样硬化中的泡沫巨噬细胞和TREM2表达	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
89	2025-03-11	Exploration of common molecular mechanisms of psoriatic arthritis and aging based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167730 PMID:39965531	研究论文	本研究通过整合和分析单细胞RNA测序数据，探索了银屑病关节炎（PsA）与衰老之间的共同分子机制	首次通过单细胞RNA测序数据整合分析，识别出PsA与衰老共同上调的细胞亚群，并发现关键基因TGFBR3、PPP3CC和APOBEC3G与PsA的因果关系	研究主要依赖于单细胞RNA测序数据，样本来源有限，可能影响结果的普适性	探索银屑病关节炎与衰老的共同分子机制	银屑病关节炎患者、衰老患者及正常人群的滑液和外周血样本	生物信息学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	PsA患者滑液、衰老患者外周血及正常人群样本
90	2025-03-10	Paradoxical Effect of Myosteatosis on the Immune Checkpoint Inhibitor Response in Metastatic Renal Cell Carcinoma 2025-Apr, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13758 PMID:40052383	研究论文	本研究探讨了转移性肾细胞癌（mRCC）患者在接受一线免疫检查点抑制剂（ICI）治疗前低骨骼肌质量（LSMM）和肌脂肪变性的预后影响	首次结合单细胞RNA测序技术，比较了肌脂肪变性患者与非肌脂肪变性患者的免疫微环境差异，揭示了肌脂肪变性对PD-1抑制剂联合CTLA-4抑制剂和PD-1抑制剂联合TKI治疗的不同影响	样本量较小（90例患者），且为回顾性研究，可能存在选择偏倚	探讨肌脂肪变性和低骨骼肌质量对mRCC患者接受ICI治疗预后的影响	90例接受ICI治疗的mRCC患者	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据和单细胞RNA测序数据	90例mRCC患者
91	2025-03-08	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	综述	本文综述了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展，及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在应用	整合时间身份规范与促神经因子过表达以提高重编程效率并扩大从重编程哺乳动物胶质细胞生成的神经元亚型范围	NA	探讨神经祖细胞时间身份调控机制及其在神经再生治疗中的潜在应用	哺乳动物神经祖细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
92	2025-03-08	Clinical Significance of Complement and Coagulation Cascades Genes for Patients With Acute Lymphoblastic Leukemia 2025-Apr, International journal of laboratory hematology IF:2.2Q3 DOI:10.1111/ijlh.14392 PMID:39523585	研究论文	本文研究了补体和凝血级联通路基因在急性淋巴细胞白血病（ALL）患者中的临床意义，并评估其作为诊断和预后生物标志物的潜力	通过分析ALL患者和健康个体的基因表达谱，识别出18个在骨髓样本中差异表达的CCCP基因，并发现其中部分基因与患者生存率相关，同时利用机器学习预测ALL的准确性较高	研究主要依赖于TCGA数据库的数据，样本来源有限，且未进行实验验证	探讨补体和凝血级联通路基因在ALL中的临床意义及其作为诊断和预后标志物的潜力	急性淋巴细胞白血病（ALL）患者和健康个体的骨髓和外周血样本	生物信息学	急性淋巴细胞白血病	基因表达谱分析、单细胞RNA测序、机器学习	NA	基因表达数据	998个骨髓样本和122个外周血样本
93	2025-03-08	MicroRNA-mediated Ets1 repression in retinal endothelial cells: A novel anti-angiogenic mechanism in nonproliferative diabetic retinopathy 2025-Apr, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.16182 PMID:39777974	研究论文	本研究旨在发现非增殖性糖尿病视网膜病变（NPDR）中血管生成的调控机制	发现了一种新的microRNA，通过靶向ETS原癌基因1（Ets1）在NPDR中发挥抗血管生成作用	研究主要基于2型糖尿病患者，未涉及其他类型的糖尿病	探索非增殖性糖尿病视网膜病变中血管生成的分子机制	2型糖尿病患者，包括有和无NPDR的患者	数字病理学	糖尿病视网膜病变	microRNA测序，单细胞测序	NA	血浆和视网膜样本	2型糖尿病患者（有和无NPDR）
94	2025-03-06	Machine Learning-enhanced Signature of Metastasis-related T Cell Marker Genes for Predicting Overall Survival in Malignant Melanoma 2025-Apr-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000544 PMID:39506915	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习技术，探讨了原发性和转移性恶性黑色素瘤（MM）肿瘤免疫微环境（TME）的差异，并识别了与转移相关的T细胞标记基因（MRTMGs）以预测患者生存	通过机器学习算法识别出关键的MRTMGs，并开发了一个结合MRTMGs特征与T分期和N分期的列线图，用于准确预测患者的1年、3年和5年总生存率	研究样本量较小，仅基于10×scRNA-seq数据，可能限制了结果的普遍性	探讨原发性和转移性恶性黑色素瘤的肿瘤免疫微环境差异，并预测患者生存	恶性黑色素瘤患者	机器学习	恶性黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	UMAP算法和四种机器学习算法	RNA测序数据	基于10×scRNA-seq数据的样本
95	2025-03-06	Spatial profiling of ANO7 in prostate tissue: links to AR-signalling-associated lipid metabolism and inflammation 2025-Apr, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6405 PMID:39978863	研究论文	本研究通过空间转录组学技术探讨了ANO7在良性前列腺上皮中的作用，揭示了ANO7表达与雄激素受体信号和脂质代谢的关联	首次通过空间转录组学技术详细分析了ANO7在前列腺组织中的表达模式及其与脂质代谢和炎症的关系	研究样本仅来自局部前列腺癌患者，可能限制了结果的普适性	探讨ANO7在良性前列腺上皮中的功能及其与前列腺癌的关系	前列腺组织样本	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学, RNA-seq	NA	RNA-seq数据	18,676个蛋白质编码基因，来自局部前列腺癌患者的前列腺切除样本
96	2025-03-05	Gbp2 driving macrophages dynamics in murine heart transplant 2025-Apr, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2024.102695 PMID:39709712	研究论文	本研究通过生物信息学分析，识别了在急性排斥反应中驱动巨噬细胞动态变化的关键基因Gbp2，并验证了其在巨噬细胞极化中的作用	首次发现Gbp2在急性排斥反应中调控巨噬细胞极化的关键作用，并验证其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证Gbp2的作用	识别在急性排斥反应中驱动巨噬细胞动态变化的关键基因，并评估其对巨噬细胞极化的影响	小鼠心脏移植模型中的巨噬细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、伪时间分析、hdWGCNA	NA	单细胞测序数据	小鼠心脏移植模型
97	2025-03-05	High expression of SERPINE1 and CTSL in keratinocytes in pressure injury caused by ischemia-reperfusion injury 2025-Apr, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2025.102746 PMID:39864211	研究论文	本研究通过转录组测序、单细胞测序数据库和GeneCards数据库分析筛选与缺血再灌注损伤相关的压力性损伤（PI）候选基因，并利用机器学习算法识别关键基因SERPINE1和CTSL，验证其在PI中的预后价值	首次通过整合转录组测序、单细胞测序和机器学习算法，识别出SERPINE1和CTSL作为PI的潜在生物标志物	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类样本中进行验证	探索压力性损伤（PI）的生理机制及相关分子生物标志物，以开发有效的预防和治疗策略	压力性损伤（PI）大鼠模型	生物信息学	压力性损伤	转录组测序、单细胞测序、机器学习算法	机器学习算法（未具体说明）	基因表达数据	大鼠模型样本
98	2025-03-05	Impaired primitive erythropoiesis and defective vascular development in Trim71-KO embryos 2025-Apr, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402956 PMID:39909558	研究论文	本文研究了RNA结合蛋白Trim71在胚胎发育中的关键作用，特别是其在原代红细胞生成和血管发育中的功能	揭示了Trim71通过NHL结构域直接调控Eomes mRNA的抑制，建立了其在胚胎发育中的基因表达控制框架	条件性敲除实验显示内皮细胞及其直接前体细胞中的Trim71表达对胚胎存活并非必需，这可能限制了其功能的全面理解	探讨Trim71在胚胎发育过程中的基因表达调控机制及其对器官发生的影响	小鼠胚胎	发育生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	E7.5阶段的小鼠胚胎
99	2025-03-05	A novel coarsened graph learning method for scalable single-cell data analysis 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109873 PMID:39999493	研究论文	本文提出了一种新的基于哈希的特征感知图粗化方法（FACH），用于可扩展的单细胞数据分析	提出了一种新的特征感知图粗化方法（FACH），通过局部敏感哈希实现高效的单细胞数据分析，显著提高了处理速度并保留了关键数据特征	当前方法在处理速度和适应性方面存在局限，FACH方法虽然提高了效率，但可能仍需进一步验证其在不同数据集上的通用性	解决单细胞数据分析中大规模图表示的计算挑战，提高处理效率和准确性	单细胞RNA测序和质谱流式细胞术数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	图神经网络	单细胞数据	NA
100	2025-03-05	Enhanced single-cell RNA-seq embedding through gene expression and data-driven gene-gene interaction integration 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109880 PMID:39999494	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序嵌入方法，整合了基因表达谱和数据驱动的基因-基因相互作用	通过结合基因表达水平和基因-基因相互作用，提供更全面的细胞状态表示	NA	提高单细胞RNA测序数据的分析效果，增强对稀有细胞群体的检测	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据	多个数据集