单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-18	CellCover Defines Marker Gene Panels Capturing Developmental Progression in Neocortical Neural Stem Cell Identity 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.06.535943 PMID:37383947	研究论文	提出了一种名为CellCover的新方法，用于通过组合优化选择标记基因面板，以更准确地定义细胞类型	将标记基因面板选择视为组合优化中的'最小集合覆盖问题'，克服了传统差异表达方法的局限性，减少了基因冗余并捕获了细胞类型特异性信号	方法依赖于单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度，可能受到数据零膨胀问题的影响	开发一种更有效的方法来定义细胞类型的标记基因面板，以分析单细胞RNA测序数据	血液和脑组织中的细胞，特别是新皮质神经干细胞	生物医学信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	组合优化模型	基因表达数据	多个公共数据集，包括小鼠、灵长类和人类数据
62	2025-07-16	SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.22.650107 PMID:40492199	研究论文	介绍了一个基于AI的单细胞分析工作流助手SCassist，旨在简化scRNA-seq数据分析过程	利用大型语言模型(LLM)指导scRNA-seq分析，提供过滤、标准化和聚类参数的建议，以及细胞类型注释和富集分析的智能解释	未提及具体性能评估或与其他工具的对比结果	开发一个简化单细胞RNA测序数据分析的工具	单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	大型语言模型(LLM)，包括Google's Gemini、OpenAI's GPT和Meta's Llama3	单细胞RNA测序数据	NA
63	2025-07-15	Mechanism of mitochondrial dysfunction on placental trophoblastic cells in intrahepatic cholestasis of pregnancy 2025-Apr-25, Journal of molecular histology IF:2.9Q3 DOI:10.1007/s10735-025-10427-1 PMID:40278950	研究论文	本研究探讨了妊娠期肝内胆汁淤积症(ICP)中胆汁酸诱导的胎盘滋养层细胞线粒体功能障碍的机制	揭示了NRF1/PGC-1α通路介导的线粒体转录机制损伤可能是ICP胎盘滋养层细胞线粒体功能障碍的原因	研究主要基于体外细胞模型，需要更多临床样本验证	探究ICP中胆汁酸诱导的线粒体功能障碍机制，为ICP治疗提供精准靶点	人类胎盘组织和ICP细胞模型	生殖医学	妊娠期肝内胆汁淤积症	单细胞测序、荧光共聚焦显微镜、电子显微镜	ICP细胞模型	基因表达数据、显微镜图像	未明确说明样本数量的人类胎盘组织和建立的ICP细胞模型
64	2025-07-15	Biological sex affects gene expression and functional variation across the human genome 2025-Apr-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.09.03.24313025 PMID:39281750	研究论文	研究人类基因组中性别对基因表达和功能变异的影响	通过单细胞RNA-seq技术识别出1200个具有显著性别偏向表达的基因，并发现79%的性别偏向基因是性别偏向表达转录因子的靶标	独立数据集中sb-eQTL的复制证据较为有限	探索性别对人类基因组基因表达和功能变异的遗传影响及其与疾病的关联	480个淋巴母细胞系	基因组学	自身免疫疾病	单细胞RNA-seq	机器学习与线性建模	基因表达数据	480个淋巴母细胞系
65	2025-07-12	Study on the mechanism of action of the active ingredient of Calculus Bovis in the treatment of sepsis by integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Apr-18, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042184 PMID:40258762	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习，探讨了牛黄活性成分在治疗脓毒症中的作用机制	结合网络药理学、RNA测序和多种机器学习模型（XGBoost、SVM、决策树、KNN）分析牛黄活性成分的治疗机制，并通过分子对接和分子动力学模拟验证结合亲和力与稳定性	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探索牛黄活性成分在脓毒症治疗中的作用机制	牛黄活性成分及脓毒症相关基因	机器学习	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	XGBoost、SVM、Decision Tree、KNN	基因表达数据	来自中国国家基因库数据库的脓毒症数据及GSE65682数据库的预后相关基因数据
66	2025-07-11	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	研究论文	开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，用于连接组织病理学图像和转录组学数据	首次将组织病理学图像与转录组学数据整合到一个基础模型中，并开发了Loki平台提供多种功能	未明确提及具体局限性	整合组织病理学图像和转录组学数据，提升计算生物学分析能力	组织病理学图像和转录组学数据	数字病理学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	OmiCLIP	图像, 转录组数据	220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官
67	2025-07-10	Astrocytes and Alcohol Throughout the Lifespan 2025-Apr-30, Biological psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.biopsych.2025.04.013 PMID:40311830	review	本文综述了星形胶质细胞在酒精使用障碍（AUD）中的作用及其对酒精暴露的反应	首次系统回顾了星形胶质细胞在AUD中的作用，并讨论了酒精对星形胶质细胞调控的突触传递的影响	对星形胶质细胞亚群及其易受酒精影响的分子识别不足，需要进一步研究	评估星形胶质细胞在酒精暴露效应中的作用	星形胶质细胞及其在酒精使用障碍（AUD）和胎儿酒精谱系障碍（FASD）中的作用	神经科学	酒精使用障碍（AUD）和胎儿酒精谱系障碍（FASD）	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
68	2025-07-10	Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration 2025-Apr-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07887-2 PMID:40251274	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，探究了成年小鼠视网膜在光氧化应激下的时空基因表达变化，揭示了区域特异性转录组与视网膜退行性变的关系	首次在视网膜退行性变研究中应用空间转录组学技术，发现视神经头附近800微米区域是分子变化的关键驱动区，并鉴定出新的基因驱动因子和血管生成信号通路	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究视网膜退行性变的分子机制和空间特征	成年小鼠视网膜	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
69	2025-07-10	Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation 2025-04-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00361-z PMID:40240339	研究论文	本研究通过分析牙周炎小鼠模型的单细胞测序数据，揭示了成纤维细胞来源的C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化在牙周炎进展中的破坏性作用	首次明确了牙周炎中C3的主要来源及其通过巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化促进疾病进展的机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证相对有限	探究牙周炎中C3的来源、作用及其分子机制	牙周炎小鼠模型和牙周炎患者的牙周组织	口腔医学	牙周炎	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	小鼠模型和人类牙周炎患者样本（具体数量未明确说明）
70	2025-07-04	SORBET: Automated cell-neighborhood analysis of spatial transcriptomics or proteomics for interpretable sample classification via GNN 2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.30.573739 PMID:38260586	研究论文	介绍了一种名为SORBET的几何深度学习框架，用于分析空间转录组学或蛋白质组学数据，以进行可解释的样本分类	SORBET是首个在空间转录组学数据上进行表型预测的框架，利用图卷积网络分析相邻细胞图，并通过新颖的数据增强技术确保预测的稳健性	未明确提及具体限制，但可能受限于数据质量和样本量	通过整合空间信息与分子数据，准确预测临床表型，如免疫治疗反应	转移性黑色素瘤、非小细胞肺癌和结直肠癌样本	空间组学	黑色素瘤、非小细胞肺癌、结直肠癌	空间转录组学、空间蛋白质组学（IMC、CODEX）	GNN（图卷积网络）	空间转录组学数据、空间蛋白质组学数据	CosMx空间转录组学数据集（转移性黑色素瘤）、IMC和CODEX数据集（非小细胞肺癌和结直肠癌）
71	2025-07-04	Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor 2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.13.628399 PMID:39713285	研究论文	该研究揭示了Sp140L作为一种新型疱疹病毒限制因子，其在抵抗疱疹病毒感染中的作用机制	首次发现Sp140L作为疱疹病毒的限制因子，并揭示了其在干扰素非依赖性先天免疫反应中的作用	研究主要关注EB病毒和疱疹病毒saimiri，对其他DNA病毒的适用性需要进一步验证	探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制，特别是EBNA-LP蛋白在其中的作用	EB病毒(EBV)和疱疹病毒saimiri	病毒学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	EBNA-LP敲除模型	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，使用EBNA-LP敲除感染的B细胞
72	2025-07-03	Prior chemotherapy deteriorates T-cell quality for CAR T-cell therapy in B-cell non-Hodgkin's lymphoma 2025-Apr-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010709 PMID:40210237	research paper	该研究探讨了化疗对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者T细胞功能的影响，以及这些影响如何影响CAR T细胞疗法的效果	首次系统评估了化疗对T细胞功能的影响，并提出了在化疗前采集T细胞以提高CAR T细胞疗法效果的新策略	研究样本量有限，仅针对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者	评估化疗对T细胞功能的影响及其对CAR T细胞疗法效果的影响	B细胞非霍奇金淋巴瘤患者的T细胞	免疫治疗	B细胞非霍奇金淋巴瘤	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全基因组DNA甲基化阵列、体外功能测试	NA	细胞样本、基因表达数据、甲基化数据	两个B细胞非霍奇金淋巴瘤患者队列(治疗前和治疗后)
73	2025-07-02	T-B cell cooperation in ectopic lymphoid follicles propagates CNS autoimmunity 2025-04-25, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn2784 PMID:40279405	研究论文	本研究探讨了脑膜异位淋巴滤泡（eLF）样结构在多发性硬化症中的作用，揭示了T细胞与B细胞在其中的合作机制	首次通过单细胞RNA测序和活体成像技术直接观察T17-B细胞在eLF中的长期抗原特异性接触及其对自身反应性T细胞的再激活作用	研究基于实验性自身免疫性脑脊髓炎模型，结果向人类疾病的直接转化需要进一步验证	阐明中枢神经系统自身免疫中T-B细胞协作的分子机制	实验性自身免疫性脑脊髓炎模型中的T细胞和B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序、活体成像	T17过继转移实验性自身免疫性脑脊髓炎模型	基因表达数据、影像数据	NA
74	2025-07-02	Single-Cell Analysis Combined with Mendelian Randomization Identifies Genes Associated with Prostate Cancer Cells 2025-Apr-23, The world journal of men's health DOI:10.5534/wjmh.240298 PMID:40583027	研究论文	本研究通过整合单细胞数据与孟德尔随机化分析，探讨了与前列腺癌细胞囊膜侵袭相关的预后基因	结合单细胞测序与孟德尔随机化分析，识别出与前列腺癌进展相关的关键基因TMEM59	样本量较小，仅包含6例前列腺癌病例的单细胞数据	研究前列腺癌囊膜侵袭相关的预后基因	前列腺癌细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, 孟德尔随机化分析, 免疫组化	hdWGCNA, Seurat	单细胞测序数据, SNP数据, 临床数据	6例前列腺癌病例的单细胞数据, 来自TCGA和GEO的临床与基因表达数据
75	2025-07-02	Identification of Recurrence-associated Gene Signatures and Machine Learning-based Prediction in IDH-Wildtype Histological Glioblastoma 2025-Apr-14, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-025-02345-4 PMID:40227386	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习方法，识别了IDH野生型组织学胶质母细胞瘤(GBM)复发相关的基因特征，并建立了预测模型	发现了8个与GBM复发显著相关的基因，并首次建立了基于随机森林的高精度预测模型	研究样本量相对有限，且仅针对IDH野生型GBM	探索GBM复发的分子机制并开发预测模型	IDH野生型组织学胶质母细胞瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	WGCNA, RT-qPCR, scRNA-seq, 机器学习	随机森林(RF)	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	CGGA-693队列(n=190), CGGA-325队列(n=111), 外加两个scRNA-seq数据集
76	2025-07-02	Psychological stress increases skin infection through the action of TGFβ to suppress immune-acting fibroblasts 2025-04-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ads0519 PMID:40215323	研究论文	研究心理压力如何通过TGFβ抑制免疫活性成纤维细胞增加皮肤感染	揭示了心理压力通过TGFβ介导的脑-皮肤轴抑制成纤维细胞的抗菌肽产生，从而增加皮肤感染的机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究心理压力导致皮肤感染的分子机制	小鼠模型中的皮肤成纤维细胞	免疫学	皮肤感染	单细胞转录组学、脂质组学分析	小鼠压力模型	基因表达数据、脂质组数据	未明确说明的小鼠样本
77	2025-07-02	Eutopic macrophages facilitate endometriosis progression via ferroptosis-mediated release of S100A9 2025-Apr-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf027 PMID:40493892	研究论文	本研究探讨了子宫内膜异位症中S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡促进疾病进展的机制	首次发现并验证了S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡机制促进子宫内膜异位症血管生成	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床验证尚不充分	阐明巨噬细胞在子宫内膜异位症进展中的具体作用机制	子宫内膜异位症患者的子宫内膜组织和巨噬细胞	生殖医学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和体外功能实验	小鼠子宫内膜异位症模型	基因表达数据和病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类子宫内膜组织和实验小鼠
78	2025-07-02	Lysine methyltransferase SETD7 coordinates the emergence of mature and senescent subpopulations during the decidualization of endometrial stromal cells 2025-Apr-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf028 PMID:40570096	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶SETD7在子宫内膜基质细胞（EnSC）蜕膜化过程中的作用	揭示了SETD7作为EnSC蜕膜化的新型分子调节剂，特别是在稳定雌激素受体蛋白和调节细胞命运分歧中的作用	研究主要基于体外实验和公开的单细胞RNA测序数据，可能无法完全反映体内复杂环境	探究SETD7在EnSC蜕膜化过程中的分子机制及其与妊娠失败的关联	子宫内膜基质细胞（EnSC）	分子生物学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序、mRNA微阵列分析	SETD7敲除模型	RNA测序数据、微阵列数据	公开的单细胞RNA测序数据和子宫内膜组织的批量mRNA微阵列数据
79	2025-06-27	Spatial profiling of ANO7 in prostate tissue: links to AR-signalling-associated lipid metabolism and inflammation 2025-04, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6405 PMID:39978863	研究论文	本研究通过空间转录组学技术探究了ANO7在良性前列腺上皮中的作用及其与AR信号通路相关的脂质代谢和炎症的关联	首次揭示了ANO7在前列腺中的异质性表达模式及其与AR信号通路和脂质代谢的关联，并提出了ANO7可能作为肿瘤抑制因子的新假设	研究样本仅来自局限性前列腺癌患者，可能无法完全代表其他阶段的前列腺癌	阐明ANO7基因在前列腺中的具体功能及其与前列腺癌的关系	良性前列腺上皮组织和前列腺癌组织	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学，RNA-seq	NA	基因表达数据	来自局限性前列腺癌患者的前列腺切除样本（具体数量未明确说明），共评估了18,676个蛋白质编码基因
80	2025-06-27	An Improved, High-Yield Method for Isolating Nuclei from Individual Zebrafish Embryos for Single-Nucleus RNA Sequencing 2025-04, Zebrafish IF:1.4Q2 DOI:10.1089/zeb.2024.0175 PMID:40040474	研究论文	本文提出了一种改进的高效方法，用于从单个斑马鱼胚胎中分离细胞核，以进行单核RNA测序	通过珠磨均质法在裂解缓冲液中高效分离高质量细胞核，相比酶解方法有显著改进	方法虽适用于多种发育阶段，但未明确说明具体适用范围及潜在限制条件	开发高效分离斑马鱼胚胎细胞核的方法，以支持单细胞测序研究	斑马鱼胚胎	单细胞测序	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 单细胞组合索引RNA测序(sci-RNAseq)	NA	RNA测序数据	96孔板格式的斑马鱼胚胎样本