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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-05-01 |
Comprehensive analysis of autophagy status and its relationship with immunity and inflammation in ischemic stroke through integrated transcriptomic and single-cell sequencing
2025-04, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00320-y
PMID:39827328
|
研究论文 | 通过整合转录组和单细胞测序全面分析自噬状态及其与缺血性中风中免疫和炎症的关系 | 首次通过整合转录组和单细胞测序数据系统性地分析缺血性中风中自噬状态及其与免疫和炎症的关联,并构建了具有良好临床效能的诊断模型 | 未明确说明 | 探究缺血性中风中自噬及相关基因的作用机制 | 缺血性中风患者和小鼠模型 | 数字病理学 | 缺血性中风 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据,单细胞测序数据 | 多个数据集,包括单细胞测序数据、外部验证队列和IS小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台 |
| 62 | 2026-05-01 |
Annexin A1 regulates inflammatory-immune response and reduces pancreatic and extra- pancreatic injury during severe acute pancreatitis
2025-04, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00321-x
PMID:40025269
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研究论文 | 探索Annexin A1在重度急性胰腺炎中调节炎症免疫反应并减轻胰腺及胰外损伤的作用 | 首次揭示AnxA1在急性胰腺炎髓系细胞中的动态调控机制,并验证其合成肽Ac2-26的治疗潜力 | 未明确阐述AnxA1调节炎症免疫反应的具体分子通路及临床转化可行性 | 阐明AnxA1在重度急性胰腺炎中的抗炎作用及治疗潜力 | 重度急性胰腺炎小鼠模型及其胰外器官(肺、肝、肾) | 免疫学与炎症研究 | 急性胰腺炎 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、基因表达分析 | 基因敲除小鼠模型、合成肽Ac2-26处理模型 | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据 | 多种动物模型(具体数量未详述) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 63 | 2026-05-01 |
Tracing Early Migratory Neurons in the Developing Nose Using Contactin-2 (Cntn2)CreERT2
2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.645843
PMID:40236046
|
研究论文 | 介绍了一种利用Contactin-2(Cntn2)CreERT2小鼠品系追踪发育中鼻腔早期迁移神经元的方法 | 生成了一种可诱导的Cntn2CreERT2小鼠品系,用于时间控制性地操作嗅觉区域早期迁移神经元群体 | 未明确讨论局限性 | 开发一种有效工具用于追踪和研究嗅觉区域起源的早期迁移神经元 | 发育中嗅觉区域的早期迁移神经元,包括GnRH-1神经元、先驱/终末神经(TN)神经元及嗅鞘细胞 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 64 | 2026-05-01 |
Immune pathogenic response landscape of acute posterior multifocal placoid pigment epitheliopathy revealed by scRNA sequencing
2025-04, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00316-0
PMID:39774261
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示了急性后极多形性鳞状色素上皮病变的免疫致病反应景观 | 首次利用单细胞RNA测序技术对APMPPE患者外周血单个核细胞进行全面的转录组分析,识别出五个不同的单核细胞亚群,并发现IFITM3在APMPPE免疫发病机制中起关键作用 | 仅基于一名APMPPE患者的PBMCs样本,样本量小,可能无法代表整体患者的异质性 | 探索急性后极多形性鳞状色素上皮病变的免疫致病机制 | 一名APMPPE患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 眼病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1名APMPPE患者的PBMCs样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 65 | 2026-05-01 |
The Application of scRNA-Seq in Heart Development and Regeneration
2025-04, Genesis (New York, N.Y. : 2000)
DOI:10.1002/dvg.70013
PMID:40300044
|
综述 | 综述了单细胞RNA测序在心脏发育与再生中的应用 | 利用scRNA-seq技术揭示心脏发育与再生的分子机制,为成年心脏再生治疗提供新线索 | 仅总结现有研究,未提供实验验证或新型分析方法 | 探讨scRNA-seq在心脏发育与再生研究中的应用及潜在治疗策略 | 心脏组织中的单细胞,包括新生儿和成年哺乳动物心脏及斑马鱼心脏 | 机器学习和数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2026-04-28 |
Programs, origins and immunomodulatory functions of myeloid cells in glioma
2025-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08633-8
PMID:40011771
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序、染色质可及性、空间转录组学和胶质瘤类器官外植体系统,系统研究胶质瘤中髓系细胞的免疫调节程序、起源和功能 | 首次发现四种免疫调节表达程序,包括两种原发性脑肿瘤特有的小胶质细胞炎症和清除免疫抑制程序,以及两种非脑肿瘤中也表达的系统性炎症和补体免疫抑制程序,并揭示了微环境信号驱动而非细胞类型或突变状态决定这些程序 | 未明确说明具体局限性 | 阐明胶质瘤中髓系细胞的免疫调节表型及其调控机制 | 胶质瘤中的髓系细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 染色质可及性测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据, 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 67 | 2026-04-25 |
Spatiotemporal transcriptomics reveals key gene regulation for grain yield and quality in wheat
2025-Apr-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03569-8
PMID:40217326
|
研究论文 | 通过空间转录组学揭示了小麦籽粒产量和品质的关键基因调控 | 首次对小麦籽粒早期发育阶段进行空间转录组分析,鉴定了10种细胞类型及192个标记基因,并识别了负调控胚胎和籽粒大小的转录因子TaABI3-B1 | NA | 理解小麦籽粒发育的时空转录调控,为改良小麦产量和品质提供遗传资源 | 小麦籽粒,授粉后4至12天 | 转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 多个时间点(授粉后4至12天)的小麦籽粒样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2026-04-25 |
Male preference for TERT alterations and HBV integration in young-age HBV-related HCC: implications for sex disparity
2025-Apr, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2024.0545
PMID:39743888
|
research paper | 本研究探讨了端粒酶逆转录酶遗传改变和乙肝病毒整合在年轻男性乙肝相关肝细胞癌中的优势,並揭示了其对性别差异的影响 | 首次揭示了年轻男性中TERT遗传改变和HBV整合在TERT位点的显著富集与性别差异的关联,并通过单细胞RNA测序数据加以验证 | NA | 探究端粒酶逆转录酶遗传改变和乙肝病毒整合在乙肝相关肝细胞癌性别差异中的作用 | 310例乙肝相关肝细胞癌组织样本及其性别和年龄分层的TERT启动子突变和HBV整合谱 | machine learning | liver cancer | 单细胞RNA测序 | NA | 基因测序数据 | 310例乙肝相关肝细胞癌组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 69 | 2026-04-23 |
Latent epigenetic programs in Müller glia contribute to stress and disease response in the retina
2025-04-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.014
PMID:39753128
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,揭示了人类和小鼠视网膜发育过程中细胞类型特异性的染色质结构变化,并发现了Müller胶质细胞中的“可塑性基因”程序 | 首次在单细胞分辨率下整合scRNA-seq和scATAC-seq数据,识别出Müller胶质细胞中转录沉默但染色质可及的“可塑性基因”,这些基因在视网膜应激和疾病响应中起关键作用 | 研究主要基于发育过程,对成年或疾病状态下的可塑性基因功能验证可能不足,且样本量未明确说明 | 探究视网膜发育过程中细胞类型特异性的染色质结构变化及其在应激和疾病响应中的作用 | 人类和小鼠的视网膜细胞,特别是Müller胶质细胞 | 表观遗传学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq),批量测序 | NA | 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-04-23 |
Genome-coverage single-cell histone modifications for embryo lineage tracing
2025-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08656-1
PMID:40011786
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研究论文 | 本研究开发了TACIT方法,用于在小鼠早期胚胎中进行基因组覆盖的单细胞组蛋白修饰分析,并结合单细胞RNA测序数据,揭示了胚胎发育中的表观遗传重编程和细胞命运决定机制 | 开发了TACIT方法,首次实现了小鼠早期胚胎中七种组蛋白修饰的基因组覆盖单细胞分析,并结合机器学习识别了全能性基因调控网络 | 研究仅针对小鼠模型,未涉及人类或其他物种,且方法可能受技术限制影响覆盖深度或准确性 | 探究小鼠早期胚胎发育中的单细胞表观遗传重编程和细胞异质性形成机制 | 小鼠早期胚胎(从受精到囊胚形成阶段) | 发育生物学 | NA | 靶向染色质索引和标签化(TACIT)、单细胞RNA测序、CRISPR激活 | 机器学习模型 | 表观遗传数据(组蛋白修饰)、转录组数据(RNA-seq) | 未明确指定样本数量,但涉及小鼠早期胚胎的多阶段分析 | NA | 单细胞组蛋白修饰分析、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 71 | 2026-04-09 |
Global and Current Research Trends of Single-Cell Sequencing in Cancer: A Bibliometric and Visualization Study
2025-04-18, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67880
PMID:40323789
|
综述 | 本文通过文献计量学和可视化方法,系统分析了2010年至2023年间癌症单细胞测序领域的研究趋势、合作网络和知识传播 | 首次对癌症单细胞测序领域进行了大规模、跨时间维度的文献计量学与可视化分析,揭示了该领域的全球研究格局、核心贡献者及前沿方向 | 分析基于Web of Science数据库,可能未涵盖所有相关出版物;文献计量方法主要反映数量与关联,对研究质量的深度评估有限 | 阐明癌症单细胞测序领域的研究趋势、国际合作网络及知识传播路径 | 2010年至2023年间Web of Science核心合集中收录的癌症单细胞测序相关学术出版物 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 文献元数据 | 5,680篇出版物,涉及34,074位作者、3,129个机构、75个国家/地区及788种学术期刊 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 72 | 2026-04-07 |
RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition
2025-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08542-2
PMID:39910313
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了肺纤维化中LEPR成纤维细胞通过肺泡成纤维细胞向病理成纤维细胞转化的机制,并发现RUNX2是调控该过程的关键因子 | 首次发现SCUBE2肺泡成纤维细胞是LEPR成纤维细胞的主要成分,并证明RUNX2是调控纤维化基因表达的关键转录因子 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;未探讨其他潜在细胞来源对病理成纤维细胞的贡献 | 探究肺纤维化中病理成纤维细胞的来源及其调控机制 | 小鼠肺组织中的LEPR成纤维细胞、SCUBE2肺泡成纤维细胞和CTHRC1POSTN病理成纤维细胞 | 单细胞组学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 两个小鼠肺纤维化模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 73 | 2026-04-06 |
Macrophages protect against sensory axon loss in peripheral neuropathy
2025-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08535-1
PMID:39939762
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研究论文 | 本研究探讨了巨噬细胞在肥胖前驱糖尿病小鼠模型中对周围神经病变中感觉轴突丢失的保护作用 | 首次揭示了CCR2巨噬细胞在肥胖前驱糖尿病诱导的周围神经病变早期浸润神经并发挥神经保护作用,通过galectin 3延缓轴突退化 | 研究基于小鼠模型,结果在人类患者中的适用性尚需验证,且未详细探讨巨噬细胞保护作用的具体分子机制 | 研究肥胖前驱糖尿病条件下周围神经病变的发病机制及免疫细胞的作用 | 高脂高果糖饮食诱导的肥胖前驱糖尿病小鼠模型 | NA | 周围神经病变 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2026-04-03 |
Effect of tumor microenvironment in pancreatic cancer on the loss of β-cell mass: implications for type 3c diabetes
2025-04, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-024-02204-w
PMID:39760782
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和病理分析,探讨了胰腺导管腺癌肿瘤微环境对β细胞质量减少的影响及其在3c型糖尿病发病机制中的作用 | 首次在单细胞水平上系统揭示了胰腺导管腺癌肿瘤微环境与邻近胰岛β细胞之间的相互作用,并明确了肿瘤微环境通过诱导β细胞凋亡导致β细胞质量减少,从而触发3c型糖尿病的具体机制 | 研究主要基于体外细胞实验和临床样本分析,缺乏体内动物模型的直接验证;样本量相对有限,可能影响统计效力;未深入探讨肿瘤微环境中具体信号分子介导β细胞凋亡的详细通路 | 阐明胰腺导管腺癌肿瘤微环境如何导致β细胞质量减少并引发3c型糖尿病的机制 | 胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织、邻近胰腺组织(近端和远端)、正常供体胰腺组织、INS-1E细胞系和PANC-1细胞系 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, TUNEL染色, RT-qPCR, CCK8检测 | NA | 单细胞RNA测序数据, 病理图像, 基因表达数据 | 来自供体的正常胰腺组织、非糖尿病和3c型糖尿病患者的癌旁组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2026-03-30 |
Multimodal learning for mapping genotype-phenotype dynamics
2025-04, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00765-7
PMID:39875699
|
研究论文 | 本研究提出了一个计算集成遗传学框架,用于同时分析和解释基因型及其相关表型的高维景观,并开发了一个多模态基础模型来探索人类转录组学在细胞水平上的基因型-表型关系流形 | 整合单细胞RNA测序等高通量基因分型方法与语言模型等先进学习方法,构建了一个用于分析基因型-表型动态关系的多模态基础模型,能够以更高分辨率解析细胞异质性 | NA | 解析复杂基因表达模式如何产生复杂表型这一生物学基本问题,探索基因表达与表型表现之间的动态相互作用 | 人类转录组学数据,特别是内皮细胞中的von Willebrand因子(VWF)基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 语言模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2026-03-24 |
Human long noncoding RNA VILMIR is induced by major respiratory viral infections and modulates the host interferon response
2025-04-15, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00141-25
PMID:40130878
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研究论文 | 本研究通过大规模转录组数据分析,发现了一种新型长链非编码RNA VILMIR,它在多种主要呼吸道病毒感染后被上调,并调控宿主干扰素反应 | 首次鉴定并表征了长链非编码RNA VILMIR作为干扰素刺激基因,在流感、SARS-CoV-2和RSV感染中上调,并证明其调控宿主干扰素反应 | 研究主要基于细胞系和体外实验,体内功能和具体分子机制尚需进一步探究 | 识别在人类主要呼吸道病毒感染中起关键作用的新型长链非编码RNA靶点 | 人类上皮细胞系(如A549)、免疫细胞系(SUP-T1、THP-1)以及COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本 | 自然语言处理 | 呼吸道病毒感染 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 多个细胞系及COVID-19患者样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2026-03-20 |
Transcriptional profiles of mouse oligodendrocyte precursor cells across the lifespan
2025-Apr, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00840-2
PMID:40164771
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研究论文 | 本研究通过构建转基因小鼠品系并进行单细胞RNA测序,揭示了少突胶质前体细胞在整个生命周期中从静息到增殖和分化关键转变的转录变化 | 构建了Matn4-mEGFP转基因小鼠品系,首次在单细胞分辨率下解析了OPCs在整个生命周期中不同状态下的转录组变化,并发现衰老通过激活HIF-1α和WNT通路影响OPCs功能 | 研究主要基于小鼠模型,人体OPCs的衰老机制可能有所不同;体外药理学实验的结果需要在体内模型中进一步验证 | 探究衰老如何影响少突胶质前体细胞的增殖和分化能力,及其对髓鞘稳态和修复的影响 | 小鼠少突胶质前体细胞 | 单细胞组学 | 神经系统衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 跨多个年龄段的皮质OPCs单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2026-03-19 |
Mucosal tissue NK cells tune their function between optimal anti-pathogen activity and tissue protection
2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.04.647286
PMID:40291684
|
研究论文 | 本研究揭示了阴道黏膜组织中NK细胞在稳态下具有独特的效应减弱和组织驻留表型,但在感染时能迅速响应并平衡抗病原体活性与组织修复功能 | 首次系统表征人类阴道组织NK细胞的独特功能表型,并发现其在HSV-2感染中兼具抗病毒应答和组织损伤限制的双重功能 | 研究主要聚焦于阴道组织,其他黏膜部位的NK细胞功能可能有所不同;小鼠模型与人类系统的完全等效性仍需进一步验证 | 探究黏膜组织NK细胞在感染过程中如何平衡抗病原体功能与组织保护作用 | 人类阴道组织NK细胞和小鼠阴道组织NK细胞 | 免疫学 | 疱疹病毒感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),高参数流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞术数据 | 人类阴道组织样本和小鼠感染模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 79 | 2026-03-15 |
Integrative analysis of single-cell transcriptomics and genetic associations identify cell states associated with vascular disease
2025-04, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 本研究通过整合单核RNA测序数据和遗传关联分析,识别了与血管疾病相关的细胞状态 | 开发了新的计算方法整合GWAS数据与单核表达谱,揭示了VSMC和成纤维细胞在疾病中的表型连续体 | 样本量相对较小(正常n=7,动脉瘤n=9,动脉粥样硬化n=2),且仅针对人类升主动脉组织 | 识别血管疾病早期功能障碍相关的特定血管亚群和中间细胞状态 | 人类升主动脉组织(正常、动脉瘤性和动脉粥样硬化) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 18个样本(7个正常,9个动脉瘤,2个动脉粥样硬化) | NA | 单核RNA-seq | NA | NA |
| 80 | 2026-03-14 |
Multi-omics analysis to explore the molecular mechanisms related to keloid
2025-04, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2025.107396
PMID:39874886
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探索瘢痕疙瘩的分子机制,识别了关键基因和免疫细胞参与 | 结合bulk RNA测序、孟德尔随机化、免疫浸润分析和单细胞RNA测序,首次系统识别DUSP1和HOXA5作为瘢痕疙瘩的关键枢纽基因,并揭示IL17信号通路和免疫细胞(如肥大细胞和巨噬细胞)的关键作用 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源和数量可能限制结果的普适性;多组学数据的整合分析可能存在技术偏差 | 识别瘢痕疙瘩的潜在致病机制、枢纽基因和免疫细胞参与,为靶向治疗提供新见解 | 瘢痕疙瘩组织 | 生物信息学 | 皮肤肿瘤(瘢痕疙瘩) | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 免疫浸润分析, GSEA, GSVA, 网络分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |