本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-10-06 |
A systematic review of single-cell RNA sequencing applications and innovations
2025-Apr, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
综述 | 本文系统综述了单细胞RNA测序技术的应用与创新,重点关注胰岛细胞研究 | 全面总结了scRNA-seq在理解细胞类型、基因活性和细胞相互作用方面的最新进展 | 作为综述文章,不包含原始实验数据,主要基于现有文献分析 | 系统评估单细胞RNA测序技术的应用、创新和挑战 | 胰岛细胞及复杂组织中的细胞多样性 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 62 | 2025-10-06 |
Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain
2025-Apr-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt5915
PMID:40279436
|
研究论文 | 本研究揭示了脂肪源性瘦素和补体因子D在骨关节炎严重程度和疼痛中的关键作用 | 首次通过脂肪营养不良小鼠模型证实脂肪-关节信号交流的存在,并发现瘦素通过调控补体因子D影响骨关节炎表型 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究肥胖相关脂肪因子在骨关节炎发病机制中的具体作用 | 脂肪营养不良小鼠模型、脂肪组织植入物、关节组织 | 骨科学 | 骨关节炎 | 空间转录组学、全局无监督多组学分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 63 | 2025-10-06 |
Novel insights into kidney disease: the scRNA-seq and spatial transcriptomics approaches: a literature review
2025-Apr-08, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-025-04103-5
PMID:40200175
|
文献综述 | 本文综述了单细胞RNA测序与空间转录组学在肾脏疾病研究中的应用与发展 | 整合单细胞RNA测序与空间转录组学技术,以前所未有的分辨率解析肾脏微环境中细胞亚群的动态相互作用 | NA | 总结单细胞RNA测序与空间转录组学在肾脏疾病研究中的应用价值 | 肾脏疾病相关的细胞异质性和空间组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 64 | 2025-10-06 |
USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis
2025-04, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2024.2429371
PMID:39663592
|
研究论文 | 本研究揭示了USP4缺失通过介导RAB7A泛素化破坏自噬体-溶酶体融合,从而加剧牙周炎发病机制 | 首次发现USP4通过调控RAB7A泛素化状态影响自噬体-溶酶体融合在牙周炎中的作用机制 | NA | 阐明自噬与牙周炎发病机制之间的分子调控网络 | 临床牙龈组织样本、实验性牙周炎小鼠模型、巨噬细胞 | 分子生物学 | 牙周炎 | 基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、组织学数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 65 | 2025-10-06 |
Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration
2025-04-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019
PMID:39755116
|
研究论文 | 本研究揭示了谷胱甘肽通过加速细胞周期促进植物再生的分子机制 | 首次发现谷胱甘肽在细胞G1期出现瞬时核内峰值,并通过缩短G1期加速细胞分裂和重编程 | 研究仅限于拟南芥根系,尚未在其他植物或组织中验证 | 探究细胞周期在细胞重编程过程中的作用机制 | 拟南芥根系细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序,活体成像 | NA | 基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 66 | 2025-10-06 |
A simplified preparation method for single-nucleus RNA-sequencing using long-term frozen brain tumor tissues
2025-Apr-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-97053-9
PMID:40229354
|
研究论文 | 开发了一种适用于长期冷冻脑肿瘤组织的简化单核RNA测序制备方法 | 优化了从长期冷冻儿科神经胶质瘤组织中分离完整细胞核的方法,并改进了3'测序文库以包含更短的RNA片段 | 主要针对冷冻脑肿瘤组织,对其他组织类型的适用性需进一步验证 | 开发适用于冷冻组织的单核RNA测序方法 | 儿科神经胶质瘤组织 | 单细胞测序 | 脑肿瘤 | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | 适用于液滴基和板基单细胞测序平台 |
| 67 | 2025-10-06 |
Long-lasting B cell convergence to distinct broadly reactive epitopes following vaccination with chimeric influenza virus hemagglutinins
2025-Apr-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.025
PMID:40132593
|
研究论文 | 通过单细胞测序分析嵌合血凝素疫苗诱导的B细胞应答特性 | 首次结合单细胞RNA测序和B细胞受体 repertoire 测序分析cHA疫苗诱导的B细胞特异性、功能和亚群 | 仅为一期临床试验结果,样本量有限 | 评估嵌合血凝素疫苗诱导的B细胞应答特性 | 疫苗接种后的人类B细胞 | 免疫学 | 流感 | 单细胞RNA测序, B细胞受体 repertoire 测序 | NA | 单细胞转录组数据, B细胞受体序列数据 | 一期临床试验参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2025-10-06 |
Expansion of OSMR expression and signaling in the human dorsal root ganglion links OSM to neuropathic pain
2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645611
PMID:40236060
|
研究论文 | 本研究揭示了OSM-OSMR信号通路在人类背根神经节中的表达扩展及其与神经病理性疼痛的关联 | 发现人类背根神经节中OSMR表达的物种特异性扩展,证明OSM通过MAPK信号直接激活感觉神经元并诱导疼痛相关转录组特征 | 研究主要基于体外实验和转录组分析,需要进一步体内验证 | 探究OSM-OSMR信号通路在神经病理性疼痛中的作用机制 | 人类背根神经节组织和神经元 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | RNA测序,原位杂交,免疫组织化学,膜片钳电生理,CRISPR编辑 | NA | 转录组数据,电生理数据,图像数据 | 神经病理性疼痛患者的背根神经节样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2025-10-06 |
Single cell RNA sequencing of haematopoietic cells in fresh and frozen human atheroma tissue
2025-Apr-29, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf014
PMID:39907372
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序比较新鲜与冷冻保存的人类动脉粥样斑块中造血细胞的转录组特征 | 首次系统评估冷冻保存对脆弱坏死动脉粥样斑块中造血细胞单细胞转录组分析的影响 | 颈动脉样本中LYVE1+巨噬细胞缺失,样本量较小(5对样本) | 确定冷冻保存是否影响动脉粥样斑块中造血细胞的活性和转录组特征 | 人类动脉粥样斑块中的造血细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5对新鲜与冷冻动脉粥样斑块样本(3个冠状动脉,2个颈动脉) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序工作流程 |
| 70 | 2025-10-06 |
Investigative needle core biopsies support multimodal deep-data generation in glioblastoma
2025-Apr-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58452-8
PMID:40295505
|
研究论文 | 本研究展示了通过常规立体定向穿刺活检获取的胶质母细胞瘤组织可进行多组学深度数据分析 | 首次系统验证立体定向穿刺活检在生成多组学数据和监测治疗反应方面的可行性 | 样本量有限,需要更大规模研究验证 | 探索立体定向穿刺活检在胶质母细胞瘤多组学分析和治疗监测中的应用价值 | 胶质母细胞瘤患者术中获取的穿刺活检组织 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,代谢组学,蛋白质组学,磷酸化蛋白质组学,T细胞克隆型分析,MHC I类免疫肽组学 | NA | 多组学数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,代谢组学,蛋白质组学,磷酸化蛋白质组学,免疫肽组学 | NA | NA |
| 71 | 2025-10-06 |
Single cell RNA sequencing after moderate traumatic brain injury: effects of therapeutic hypothermia
2025-Apr-18, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03430-6
PMID:40251570
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析中度创伤性脑损伤后治疗性低温对多种细胞类型特异性转录反应的影响 | 首次在单细胞水平上揭示治疗性低温对创伤性脑损伤后胶质细胞和血管细胞特异性转录调控的机制 | 研究仅观察损伤后24小时的时间点,样本量相对有限 | 探究治疗性低温对创伤性脑损伤后细胞类型特异性分子机制的影响 | C57BL/6小鼠的脑皮质组织 | 单细胞测序分析 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | C57BL/6小鼠创伤性脑损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 72 | 2025-10-06 |
An atlas of single-cell eQTLs dissects autoimmune disease genes and identifies novel drug classes for treatment
2025-Apr-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100820
PMID:40154479
|
研究论文 | 通过单细胞eQTL图谱解析自身免疫疾病基因并识别新型治疗药物类别 | 提出JOBS联合模型将bulk eQTL建模为单细胞eQTL的加权和,显著提高eQTL检测能力 | 单细胞eQTL数据集规模相对较小 | 解析自身免疫疾病遗传机制并识别潜在治疗药物 | 14种免疫介导疾病 | 基因组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序,全基因组关联分析 | JOBS联合模型 | 基因表达数据,基因组变异数据 | OneK1K和eQTLGen数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2025-10-06 |
EcDNA-borne PVT1 fusion stabilizes oncogenic mRNAs
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.01.646515
PMID:40236070
|
研究论文 | 本研究揭示染色体外DNA(ecDNA)通过结构变异产生基因融合,其中PVT1外显子1作为5'端伴侣可增强癌基因mRNA稳定性 | 首次发现ecDNA通过结构变异产生lncRNA与mRNA的嵌合融合,并阐明PVT1外显子1通过SRSF1蛋白相互作用增强癌基因mRNA稳定性的新机制 | 未明确说明研究样本的具体数量和类型 | 探究ecDNA结构变异产生的基因融合对癌基因表达的调控机制 | 染色体外DNA(ecDNA)、PVT1 lncRNA、癌基因融合转录本 | 癌症基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 74 | 2025-10-06 |
Evidence of off-target probe binding in the 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel compromises accuracy of spatial transcriptomic profiling
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646342
PMID:40236200
|
研究论文 | 本研究通过开发OPT软件工具,揭示了10x Genomics Xenium v1人类乳腺癌基因表达面板中存在的脱靶探针结合问题 | 开发了首个专门检测空间转录组技术中脱靶探针结合的工具OPT,并系统评估了Xenium平台的探针特异性问题 | 研究仅针对特定版本的Xenium人类乳腺癌基因面板,结果可能不适用于其他基因面板或平台版本 | 评估10x Genomics Xenium平台探针结合的特异性,提高空间转录组数据的生物学可解释性 | 10x Genomics Xenium v1人类乳腺癌基因表达面板中的280个基因 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 探针序列比对,空间转录组分析,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,探针序列数据 | 来自同一肿瘤组织的多个数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 10x Xenium, 10x Visium CytAssist, 10x Chromium | 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel, Visium CytAssist, 3' single-cell RNA-seq |
| 75 | 2025-10-06 |
Crosstalk Signaling Between the Epithelial and Non-Epithelial Compartments of the Mouse Inner Ear
2025-Apr, Journal of the Association for Research in Otolaryngology : JARO
DOI:10.1007/s10162-025-00980-7
PMID:40080263
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索小鼠内耳前庭器官中上皮细胞与非上皮间充质细胞之间的信号串扰 | 首次在新生小鼠椭圆囊中系统揭示上皮与非上皮细胞区室间的动态信号交流,特别是间充质细胞在出生后发育中的主导信号发送作用 | 研究仅关注出生后第4天和第6天两个时间点,未能覆盖更完整的发育时间序列 | 探索内耳前庭器官发育过程中上皮与非上皮细胞区室间的相互作用机制 | 新生小鼠内耳椭圆囊细胞 | 单细胞生物学 | 前庭功能障碍 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,定量多重原位杂交 | 多种计算方法 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 955个细胞,来自12个注释细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq2 | 全长Smart-seq2单细胞RNA测序 |
| 76 | 2025-10-06 |
The dynamic and diverse nature of parenchyma cells in the Arabidopsis root during secondary growth
2025-04, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-025-01938-6
PMID:40140531
|
研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和谱系追踪技术,揭示了拟南芥根次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能动态 | 首次通过单细胞RNA测序与谱系追踪相结合的方法,重建了拟南芥根次生生长过程中的细胞发育轨迹,发现了20种先前未描述的细胞类型或状态 | 研究仅限于拟南芥根部,结果在其他植物或组织中的普适性需要进一步验证 | 探究拟南芥根次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能特性 | 拟南芥根部在次生生长过程中的薄壁细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 93个报告基因系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2025-10-06 |
Transcriptional profiles of mouse oligodendrocyte precursor cells across the lifespan
2025-Apr, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00840-2
PMID:40164771
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析小鼠少突胶质前体细胞在整个生命周期中的转录变化 | 构建了Matn4-mEGFP转基因小鼠品系,首次在单细胞水平解析了OPCs从静息到增殖和分化关键转变过程中的转录变化 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究衰老如何影响少突胶质前体细胞的转录特征和功能 | 小鼠少突胶质前体细胞 | 单细胞组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 跨多个年龄段的皮质OPCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2025-10-06 |
MYB74 transcription factor guides de novo specification of epidermal cells in the abscission zone of Arabidopsis
2025-04, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-025-01976-0
PMID:40181105
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了拟南芥脱落区非表皮残留细胞通过转分化形成表皮细胞的发育程序 | 首次发现MYB74转录因子指导脱落区表皮细胞的从头特化,揭示了植物通过转分化途径同时实现保护和促进生长的机制 | NA | 探究植物脱落区表皮细胞从头特化的分子机制和生物学意义 | 拟南芥脱落区的非表皮残留细胞 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 79 | 2025-10-06 |
The dynamic immune behavior of primary and metastatic ovarian carcinoma
2025-Apr-25, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00818-8
PMID:40281242
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术揭示了高级别浆液性卵巢癌原发灶和转移灶的免疫微环境动态特征 | 首次结合单细胞测序和空间转录组学技术系统比较卵巢癌原发灶与转移灶的免疫微环境差异,并发现上皮细胞与免疫细胞间的交叉通讯在免疫抑制中的关键作用 | 样本来源仅限于卵巢癌患者,未涉及其他癌症类型;研究结果需要更大样本量验证 | 探究高级别浆液性卵巢癌免疫抑制的分子机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者的原发肿瘤和网膜转移肿瘤 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 未明确指定样本数量,但包含原发肿瘤和转移肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2025-10-06 |
Dissection of tumoral niches using spatial transcriptomics and deep learning
2025-Apr-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112214
PMID:40230519
|
研究论文 | 本研究开发了TG-ME计算框架,通过整合空间转录组学数据和形态学图像来解析肿瘤微环境中的生态位 | 提出结合Transformer和图变分自编码器(GraphVAE)的创新计算框架,能够同时利用空间转录组数据和形态学图像进行肿瘤生态位分析 | NA | 开发计算工具解析肿瘤微环境的空间组织结构 | 肿瘤生态位和肿瘤微环境 | 空间转录组学,深度学习 | 非小细胞肺癌 | 空间转录组学,深度学习 | Transformer,GraphVAE | 空间转录组数据,形态学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |