单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-05-31	Suppression of NOX2-Derived Reactive Oxygen Species (ROS) Reduces Epithelial-to-MesEnchymal Transition Through Blocking SiO2-Regulated JNK Activation 2025-Apr-30, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics13050365 PMID:40423444	研究论文	研究探讨了NOX2和JNK信号通路在二氧化硅诱导的肺纤维化中的作用及其相互调控机制	揭示了JNK和NOX2信号通路之间的正反馈循环在二氧化硅诱导的上皮-间质转化(EMT)中的关键作用	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，人类临床数据有限	阐明二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制	人类上皮细胞和二氧化硅诱导的小鼠模型	分子病理学	肺纤维化/矽肺病	单细胞测序	NA	分子生物学数据	NA
62	2025-05-31	p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637463 PMID:39990386	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5过渡的机制	发现p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5过渡的机制，与皮肤发育中的功能相似	研究仅基于小鼠切牙，未涉及其他牙齿类型或物种	探究p63在牙釉质器官发育中的具体作用机制	小鼠切牙的牙釉质器官	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠切牙样本
63	2025-05-31	3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639192 PMID:40060607	研究论文	使用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织，揭示其分子结构	首次全面绘制了嗅球的分子结构图，揭示了嗅球分子结构如何受上皮基因表达程序的指导	研究仅针对小鼠嗅球，未涉及其他物种或脑区	探索脊椎动物大脑对称性的分子基础	小鼠嗅球	神经科学	NA	3D空间转录组学	NA	空间转录组数据	近一千个分子上不同的肾小球
64	2025-05-31	Integrating Dynamical Systems Modeling with Spatiotemporal scRNA-Seq Data Analysis 2025-Apr-22, Entropy (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/e27050453 PMID:40422408	综述	本文综述了如何利用动态系统建模与时空单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析相结合来研究细胞动态行为	整合了时间分辨scRNA-seq、空间转录组学和时间序列空间转录组学数据，结合计算框架如马尔可夫链、随机微分方程和生成模型，重建细胞动态轨迹和命运决定	NA	从系统角度建模和推断细胞动态行为	单细胞RNA测序数据和时空转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学, 时间序列空间转录组学	马尔可夫链, 随机微分方程（SDEs）, 生成模型（如最优传输和薛定谔桥）	基因表达数据, 时空数据	NA
65	2025-05-31	CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data 2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.12.632553 PMID:39868198	research paper	介绍了一个名为CellSP的计算框架，用于识别、可视化和描述mRNA的亚细胞空间模式	提出了'基因-细胞模块'的新概念，用于描述在许多细胞中具有协调亚细胞转录分布的基因集	NA	解决亚细胞转录分布功能相关空间模式的识别和解释工具缺乏的问题	亚细胞空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病、肾癌	空间转录组学	NA	mRNA分布数据	多种组织和小鼠模型
66	2025-05-31	SMAD4 and KRAS Status Shapes Cancer Cell-Stromal Cross-Talk and Therapeutic Response in Pancreatic Cancer 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2330 PMID:39841099	research paper	研究探讨了SMAD4和KRAS状态如何影响胰腺癌细胞与基质的相互作用及治疗反应	首次揭示了SMAD4缺失在KRASG12D和KRASG12V驱动的胰腺癌中对肿瘤微环境和治疗敏感性的不同影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类胰腺癌中的适用性需要进一步验证	阐明恶性细胞基因型如何影响胰腺癌细胞与基质细胞的表型及治疗效果	Trp53突变小鼠模型驱动的KRASG12D或KRASG12V胰腺癌	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及多种基因型的小鼠模型
67	2025-05-31	Lineage Tracing and Single-Cell RNA Sequencing Reveal a Common Transcriptional State in Breast Cancer Tumor-Initiating Cells Characterized by IFN/STAT1 Activity 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4022 PMID:40230213	研究论文	通过谱系追踪和单细胞RNA测序揭示了乳腺癌肿瘤起始细胞中由IFN/STAT1活性调控的共同转录状态	开发了一个STAT响应谱系追踪系统，结合单细胞RNA测序技术，识别了TICs中与IFN/STAT1信号相关的转录状态，并发现了新的细胞表面标记物	STAT信号在某些基底样三阴性乳腺癌异种移植模型中无法检测到TICs，表明STAT信号具有TIC相关和TIC独立的功能	研究乳腺癌肿瘤起始细胞的分子表型及其调控机制	乳腺癌肿瘤起始细胞（TICs）	癌症研究	乳腺癌	谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	异种移植模型和临床样本
68	2025-05-31	Induction of macrophage efferocytosis in pancreatic cancer via PI3Kγ inhibition and radiotherapy promotes tumour control 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333492 PMID:39788719	research paper	该研究探讨了通过抑制PI3Kγ和放疗联合治疗胰腺癌，促进巨噬细胞对凋亡细胞的清除（efferocytosis），从而增强抗肿瘤免疫反应	揭示了PI3Kγ信号在限制炎症性巨噬细胞中的作用，并展示了PI3Kγ抑制与靶向放疗联合如何刺激巨噬细胞从免疫耐受转变为抗原呈递	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索胰腺导管腺癌（PDAC）中免疫抑制机制，并开发新的免疫治疗方法	胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、多重免疫组化、RNA测序、单细胞RNA测序	LSL-KrasG12D/+;Trp53R172H/+;Pdx1-Cre基因工程小鼠模型	细胞数据、RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和新鲜肿瘤样本
69	2025-05-31	Spatial transcriptomics of the aging mouse brain reveals origins of inflammation in the white matter 2025-Apr-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58466-2 PMID:40185750	研究论文	通过空间转录组学技术研究年轻、中年和老年小鼠大脑，揭示了白质纤维束是炎症的主要焦点	首次系统地研究了自然衰老小鼠大脑的空间转录组特征，并确定了白质纤维束在炎症中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，结果可能需要进一步在人类样本中验证	系统理解年龄诱导的分子变化及其对大脑功能的影响	年轻、中年和老年小鼠的大脑	空间转录组学	老年疾病	空间转录组学、免疫荧光、定量MRI	NA	转录组数据、图像数据	三个年龄组的小鼠大脑（年轻、中年、老年），包括两性
70	2025-05-29	AI-based phenotyping of hepatic fiber morphology to inform molecular alterations in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025-Apr-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001360 PMID:40262132	研究论文	使用AI技术对代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)中的肝纤维形态进行表型分析，以揭示其分子改变	开发了基于AI的FibroNest算法，首次全面表征了MASLD中肝纤维形态表型及其相关分子改变，并发现FibroPC4与HCC发生的基因特征相关	样本量相对较小(94例)，且仅针对MASLD患者	揭示MASLD中肝纤维形态表型与分子改变的关系	代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)患者的肝活检样本	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	多层组学分析、空间单细胞转录组(CosMx)	FibroNest算法	图像、转录组数据	94例MASLD肝活检样本(其中12例并发HCC)
71	2025-05-29	Anti-Peptidylarginine Deiminase 4 Autoantibodies Derived From Patients With Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis 2025-Apr-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43168 PMID:40176290	研究论文	本研究探讨了类风湿性关节炎(RA)患者中抗肽基精氨酸脱亚胺酶4(PAD4)自身抗体的致病机制，通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎	揭示了抗PAD4抗体通过结合单核细胞触发炎症级联反应，促进免疫细胞募集至关节和T细胞激活，最终导致滑膜成纤维细胞激活和更严重的关节炎	研究主要基于胶原诱导的关节炎小鼠模型和体外培养的人类单核细胞，可能不完全反映人类RA的复杂病理过程	阐明抗PAD4抗体在RA发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者和小鼠模型	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、体外细胞培养	胶原诱导的关节炎(CIA)小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但使用了人类外周血单核细胞和RA患者的单细胞RNA测序数据集
72	2025-05-28	An integrated machine learning model of transcriptomic genes in multi-center chronic obstructive pulmonary disease reveals the causal role of TIMP4 in airway epithelial cell 2025-Apr-23, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03238-1 PMID:40269868	研究论文	本研究通过整合多中心慢性阻塞性肺疾病(COPD)的转录组数据，利用机器学习方法识别了13个潜在致病基因，并验证了TIMP4在COPD发病机制中的关键作用	首次整合多中心COPD数据构建13基因模型，并发现TIMP4作为核心致病基因在纤毛细胞中的作用机制	研究样本来自两个中心，可能需要更大规模验证；体外功能验证仍需进一步深入	识别COPD发病机制中独立于患者变异性的核心基因集	COPD患者的肺组织样本	机器学习	慢性阻塞性肺疾病	加权基因共表达网络分析(WGCNA)，单细胞测序，孟德尔随机化	机器学习模型	转录组数据	来自两个中心的COPD患者肺组织样本
73	2025-05-28	Piezo1-Mediated Calcium Flux Transfers Mechanosignal to Yes-Associated Protein to Stimulate Matrix Production in Keloid 2025-Apr-18, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.03.039 PMID:40254148	研究论文	该研究揭示了Piezo1介导的钙流通过Yes相关蛋白（YAP）刺激瘢痕疙瘩中基质产生的机制	首次发现Piezo1和YAP在瘢痕疙瘩成纤维细胞中的相关性，并证实它们作为促粘连信号环的上游信号	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探索机械力诱导的促粘连信号通路在瘢痕疙瘩形成中的作用	人类瘢痕疙瘩成纤维细胞和患者来源的瘢痕疙瘩异种移植模型	细胞生物学	瘢痕疙瘩	单细胞转录组分析、原子力显微镜、钙离子敏感荧光指示剂Fluo-3/AM、双标记免疫荧光染色	NA	转录组数据、显微镜图像数据	人类瘢痕疙瘩成纤维细胞和患者来源的异种移植模型
74	2025-05-28	Multiparametric Profiling of Circulating Immune Cells Identifies an Expansion of CD25high Switched Memory B Cells in Osteoarthritis 2025-Apr-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43186 PMID:40229860	research paper	该研究通过单细胞分辨率的多参数分析，识别出骨关节炎患者循环免疫细胞中的CD25高表达转换记忆B细胞扩增	首次在骨关节炎患者中鉴定出CD25高表达转换记忆B细胞亚群作为潜在的细胞生物标志物	样本量较小（21名健康供体，17名OA患者，10名DMT患者），且仅分析了外周血单个核细胞	寻找骨关节炎的新型生物标志物	骨关节炎患者的循环免疫细胞	免疫学	骨关节炎	质谱流式细胞术（CyTOF），单细胞RNA测序	NA	单细胞蛋白质组数据，单细胞转录组数据	48人（21名健康供体，17名OA患者，10名DMT患者）
75	2025-05-27	A spatiotemporal cell atlas of cardiopulmonary progenitor cell allocation during development 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115513 PMID:40178979	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和计算分析，构建了一个心肺祖细胞在发育过程中的时空细胞图谱	揭示了Wnt2心肺祖细胞衍生细胞谱系的多样性，包括所有肺中胚层谱系、心室心肌细胞、心外膜和心包细胞	研究仅追踪了E8.5时期的Wnt2心肺祖细胞，可能未涵盖其他发育阶段的祖细胞	阐明心肺祖细胞在器官发育过程中的分配机制	小鼠胚胎中的Wnt2表达心肺祖细胞及其衍生细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪, 计算分析	NA	单细胞转录组数据, 空间映射数据	E8.5小鼠胚胎中的Wnt2心肺祖细胞及其发育过程中的衍生细胞
76	2025-05-26	[Public Database-based Study to Explore the Expression and Role of DDB1  in Lung Adenocarcinoma] 2025-Apr-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2025.102.12 PMID:40404474	研究论文	本研究通过公共数据库探讨了DDB1在肺腺癌中的表达及其作用	首次系统分析了DDB1在肺腺癌中的表达模式、临床意义及其与免疫微环境的潜在关联	研究主要基于公共数据库和回顾性分析，需要进一步实验验证DDB1的具体作用机制	探究DDB1在肺腺癌中的表达特征及其临床意义	肺腺癌组织和正常肺组织	肿瘤生物学	肺腺癌	生物信息学分析、组织微阵列、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞数据	公共数据库中的肺腺癌样本及验证用的组织微阵列样本
77	2025-05-26	HMOX1-LDHB interaction promotes ferroptosis by inducing mitochondrial dysfunction in foamy macrophages during advanced atherosclerosis 2025-04-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.011 PMID:39731912	研究论文	本研究揭示了高级动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞铁死亡的细胞和分子机制	发现了HMOX1-LDHB相互作用通过诱导线粒体功能障碍促进泡沫巨噬细胞铁死亡的新机制	未明确说明样本量及实验模型的局限性	探索高级动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞死亡的分子机制	泡沫巨噬细胞	分子生物学	心血管疾病	RNA测序（bulk和single-cell）	NA	基因表达数据	NA
78	2025-05-25	Targeting KIT With Antibody-Drug Conjugates in Chromophobe Renal Cell Carcinoma 2025-Apr-15, Clinical genitourinary cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1016/j.clgc.2025.102359 PMID:40408838	research paper	该研究探讨了在嗜铬性肾细胞癌（ChRCC）中靶向KIT的抗体-药物偶联物（ADC）的治疗潜力	首次在ChRCC中测试了靶向KIT的ADC，并证实其有效性	研究未涉及临床患者试验，仅限于体外和数据库分析	探索KIT作为ChRCC治疗靶点的可行性	嗜铬性肾细胞癌（ChRCC）及其细胞系	肿瘤学	肾细胞癌	抗体-药物偶联物（ADC）、单细胞RNA测序、Western blot分析	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据	15例转移性ChRCC标本、5个ChRCC细胞系
79	2025-05-24	An integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq data revealed metastasis-related regulators as prognostic indicators in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2025-482 PMID:40400936	research paper	通过整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(RNA-seq)数据，开发了一个预测肺腺癌(LUAD)患者预后的创新模型	整合scRNA-seq和RNA-seq数据，识别与转移相关的调控基因作为预后指标	未提及样本量是否足够大以验证模型的普遍适用性	开发预测肺腺癌(LUAD)患者预后的列线图	肺腺癌(LUAD)患者	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, RNA-seq, WGCNA	prognostic model	RNA sequencing data	NA
80	2025-05-24	Single-cell analysis and machine learning-based integration develop an immune-responsive signature of antigen-presenting cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2024-2015 PMID:40400942	研究论文	本研究通过单细胞分析和机器学习整合，开发了一种与抗原呈递癌症相关成纤维细胞（apCAFs）相关的免疫反应特征，用于预测肺腺癌（LUAD）中免疫检查点抑制剂（ICIs）的疗效	发现了一种新型的具有巨噬细胞样特征的apCAFs亚群，其特征是表达MHC II类分子、CD74和共刺激分子（CD80、CD86、CD83和CD40），这一亚群与ICIs的疗效显著相关	apCAFs的丰度在个体间存在差异，可能影响预测模型的普适性	识别与ICIs疗效相关的CAF亚群，并开发预测模型以指导肺腺癌患者的治疗策略	肺腺癌（LUAD）样本中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习	机器学习驱动的方法	RNA测序数据	多个肺腺癌数据集中的样本