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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2025-10-07 |
X-scPAE: An explainable deep learning model for embryonic lineage allocation prediction based on single-cell transcriptomics revealing key genes in embryonic cell development
2025-Apr, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109787
PMID:39946788
|
研究论文 | 提出一种基于单细胞转录组数据的可解释深度学习模型X-scPAE,用于预测胚胎细胞谱系分配并识别关键基因 | 结合PCA降维、自编码器特征提取、注意力机制和反事实梯度归因算法,构建可解释的深度学习模型 | NA | 准确预测细胞谱系分配并识别谱系间基因表达差异 | 人类和小鼠的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 胚胎发育疾病 | 单细胞RNA测序 | 自编码器, 注意力机制, 逻辑回归 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 722 | 2025-10-07 |
Identification and validation of immune-related biomarkers and polarization types of macrophages in keloid based on bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis
2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2025.107413
PMID:39923303
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研究论文 | 基于bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析鉴定瘢痕疙瘩中免疫相关生物标志物和巨噬细胞极化类型 | 首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,通过多种机器学习方法鉴定瘢痕疙瘩的免疫相关生物标志物,并揭示巨噬细胞极化状态异常 | 研究依赖于公共数据库的回顾性数据,样本量有限,需要进一步实验验证 | 鉴定瘢痕疙瘩的免疫相关生物标志物和巨噬细胞极化类型,为治疗提供新靶点 | 瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织 | 生物信息学 | 瘢痕疙瘩 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质印迹, 免疫荧光 | LASSO, SVM-RFE, 随机森林 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 四个GEO数据集(GSE83286, GSE212954, GSE92566, GSE90051) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 723 | 2025-10-07 |
Loss of ATG7 in microglia impairs UPR, triggers ferroptosis, and weakens amyloid pathology control
2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230173
PMID:39945772
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研究论文 | 本研究探讨了微胶质细胞中ATG7缺失如何通过影响未折叠蛋白反应和氧化应激导致铁死亡,从而削弱对淀粉样斑块的控制 | 首次揭示ATG7缺失通过降低未折叠蛋白反应和增加氧化应激导致微胶质细胞铁死亡的具体机制 | 研究主要基于AD小鼠模型,人类微胶质细胞的反应可能有所不同 | 探究ATG7在微胶质细胞中对淀粉样斑块控制的分子机制 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的微胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,生化分析,免疫荧光分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,图像数据 | AD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 724 | 2025-10-07 |
Ephrin-B2 acts as a positive regulator of osteogenesis-angiogenesis coupling
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140555
PMID:39894124
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研究论文 | 本研究探讨了Ephrin-B2信号在成骨-血管生成偶联中的正向调控作用及其机制 | 首次通过单细胞测序发现牙周炎中成骨细胞谱系Ephrin-B2信号缺陷,并构建过表达Ephrin-B2的成骨细胞与内皮细胞共移植系统证实其促进血管化骨再生的作用 | 研究主要基于体外共培养和动物实验,尚未进行临床验证 | 探索Ephrin-B2信号在成骨-血管生成偶联中的作用机制,为牙周组织工程提供指导 | 牙周组织、成骨细胞、人脐静脉内皮细胞(HUVECs) | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自公共数据库GEO: GSE171213的牙周组织单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 725 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptional footprint for pseudogene SsCLEC9A is associated with antigen processing and presentation in Sus scrofa
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140629
PMID:39904428
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研究论文 | 本研究首次发现猪的CLEC9A基因因远古突变成为假基因,但其突变转录本仍影响树突状细胞的抗原呈递功能 | 首次揭示猪CLEC9A基因成为假基因的进化事件,并发现其突变转录本仍具有生物学功能 | 研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证 | 探究假基因SsCLEC9A的转录适应及其在抗原呈递中的作用 | 猪树突状细胞和骨髓造血细胞 | 免疫学 | NA | 荧光激活细胞分选,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 726 | 2025-10-07 |
High antigen-presenting CAF levels correlate with reduced glycosaminoglycan biosynthesis-heparan sulfate/heparin metabolism in immune cells and poor prognosis in esophageal squamous cell carcinoma: Insights from bulk and single-cell transcriptome profiling
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140418
PMID:39889995
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现食管鳞状细胞癌中抗原呈递CAF亚群通过调控糖胺聚糖生物合成-硫酸乙酰肝素/肝素代谢途径影响免疫细胞功能并导致不良预后 | 首次在食管鳞癌中鉴定出抗原呈递CAF亚群,并揭示其通过调控糖胺聚糖代谢通路重塑肿瘤代谢微环境的新机制 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步实验验证代谢通路的具体功能机制 | 探究癌症相关成纤维细胞在食管鳞癌肿瘤微环境代谢重编程中的作用 | 食管鳞状细胞癌患者肿瘤样本中的癌症相关成纤维细胞和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 727 | 2025-10-07 |
Unveiling FKBP7 as an early endoplasmic reticulum sentinel in pancreatic stellate cell activation, collagen remodeling and tumor progression
2025-Apr-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217538
PMID:39924075
|
研究论文 | 本研究揭示了FKBP7作为胰腺星状细胞早期内质网标志物在细胞活化、胶原重塑和肿瘤进展中的作用机制 | 首次发现FKBP7作为胰腺星状细胞早期活化标志物,早于αSMA表达,并通过与BiP相互作用调控特定胶原亚型分泌 | 研究主要基于体外实验和动物模型,在人体内的具体作用机制仍需进一步验证 | 探究内质网驻留蛋白FKBP7在胰腺导管腺癌基质活化中的作用机制 | 胰腺星状细胞、癌症相关成纤维细胞、胰腺导管腺癌患者组织 | 分子生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、功能分析 | NA | 基因表达数据、组织图像 | 胰腺导管腺癌患者组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 728 | 2025-10-07 |
The development and potent antitumor efficacy of CD44/CD133 dual-targeting IL7Rα-armored CAR-T cells against glioblastoma
2025-Apr-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217541
PMID:39952598
|
研究论文 | 本研究开发了靶向CD44和CD133的双特异性IL7Rα装甲CAR-T细胞,用于治疗胶质母细胞瘤 | 首创串联靶向CD44和CD133的双特异性CAR结构,并在CD28共刺激受体和CD3ζ信号链之间插入截短型IL-7受体α胞内结构域(Δ7R) | 临床前研究阶段,尚未进行人体临床试验 | 开发针对胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法 | 胶质瘤干细胞、胶质母细胞瘤患者样本、颅内异种移植模型、患者来源异种移植模型、胶质母细胞瘤类器官 | 免疫治疗 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术 | CAR-T细胞疗法 | 测序数据、细胞表型数据 | 胶质母细胞瘤患者样本、患者来源模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 729 | 2025-10-07 |
Integration of single-cell and bulk RNA sequencing data using machine learning identifies oxidative stress-related genes LUM and PCOLCE2 as potential biomarkers for heart failure
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140793
PMID:39929468
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,利用机器学习识别出氧化应激相关基因LUM和PCOLCE2作为心力衰竭的潜在生物标志物 | 首次整合单细胞和bulk RNA测序数据,结合多种机器学习算法系统识别心力衰竭的氧化应激相关生物标志物 | 需要进一步研究验证其临床实用性 | 识别心力衰竭的氧化应激相关生物标志物 | 心力衰竭患者和横主动脉缩窄诱导的心力衰竭小鼠模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | LASSO,XGBoost,Boruta,随机森林,梯度提升机,决策树,SVM-RFE | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 730 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of bulk RNA and single-cell sequencing data reveals a liquid-liquid phase separation signature for clear cell renal cell carcinoma
2025-Apr-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149313
PMID:39921047
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研究论文 | 本研究通过整合分析bulk RNA和单细胞测序数据,建立了一个基于液-液相分离相关基因的透明细胞肾细胞癌预后和免疫治疗反应预测标志 | 首次构建了基于液-液相分离相关基因的ccRCC预后特征,并验证了其与免疫浸润、免疫治疗反应的关系 | NA | 建立透明细胞肾细胞癌的预后和免疫治疗反应预测标志 | 透明细胞肾细胞癌患者和细胞 | 生物信息学 | 肾癌 | bulk RNA测序, 单细胞测序 | 单变量Cox回归, LASSO算法 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的ccRCC样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 731 | 2025-10-07 |
Periductal fibroblasts participate in liver homeostasis, fibrosis, and tumorigenesis
2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20232123
PMID:39888328
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定肝纤维细胞亚群及其在肝脏稳态、纤维化和肿瘤发生中的作用 | 首次使用Cd34-CreER和Dpt-CreER正交组合系统解析不同位置肝纤维细胞的命运轨迹 | 未明确说明样本数量和技术重复次数 | 探究肝纤维细胞在肝脏生理和病理过程中的功能差异 | 小鼠肝纤维细胞亚群(导管周围、门静脉周围、中央静脉周围) | 单细胞生物学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序,遗传谱系追踪 | Cre-loxP遗传模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 732 | 2024-12-09 |
Rapid and efficient immune response induced by a designed modular cholera toxin B subunit (CTB)-based self-assembling nanoparticle
2025-Apr, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本文设计了一种基于霍乱毒素B亚单位(CTB)的自组装纳米颗粒,并研究了其快速免疫激活机制 | 该纳米疫苗通过CTB五聚体和非天然三聚体域自组装,展示了S. Paratyphi A O-多糖抗原,并揭示了其在淋巴结中的动态变化和强大的体液免疫反应能力 | 免疫激活机制的深入理解仍有限,限制了此类纳米载体的进一步扩展 | 研究新型自组装纳米疫苗的快速免疫激活机制,并评估其在不同感染模型中的预防效果 | 基于CTB的自组装纳米颗粒及其在免疫激活中的作用 | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 733 | 2024-12-09 |
A 3D-printed microdevice encapsulates vascularized islets composed of iPSC-derived β-like cells and microvascular fragments for type 1 diabetes treatment
2025-Apr, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本文介绍了一种3D打印的微型装置,用于封装血管化的胰岛,这些胰岛由诱导多能干细胞(iPSC)衍生的β样细胞和微血管片段组成,用于治疗1型糖尿病 | 创新点在于使用3D打印技术制造了一种可回收的微型装置,封装了血管化的胰岛,用于长期治疗1型糖尿病 | 研究仅在C57BL/6小鼠模型中进行,尚未在人类中验证 | 开发一种新的治疗方法,通过移植血管化的胰岛来治疗1型糖尿病 | 诱导多能干细胞衍生的β样细胞和微血管片段 | NA | 1型糖尿病 | 3D打印技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | C57BL/6小鼠 | NA | NA | NA | NA |