单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-04-06	Targeting mTOR in myeloid cells prevents infection-associated inflammation 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112163 PMID:40177636	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现mTOR通路在COVID-19患者髓系细胞调控中的关键作用，并开发了一种靶向髓系细胞的mTOR抑制纳米生物制剂	首次开发了靶向髓系细胞及其骨髓祖细胞的mTOR抑制纳米生物制剂，并证明其能有效抑制感染相关炎症	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	探索预防感染相关并发症中有害器官炎症的治疗策略	COVID-19患者的髓系细胞和小鼠高炎症模型	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠高炎症模型和急性呼吸窘迫综合征模型	RNA测序数据，流式细胞数据	人类原代免疫细胞和小鼠模型
722	2025-04-05	EXPRESS: Pediatric AML Prognostication with an m6A-Focused Lasso Model 2025-Apr-04, Journal of investigative medicine : the official publication of the American Federation for Clinical Research IF:2.5Q3 DOI:10.1177/10815589251334964 PMID:40183482	research paper	该研究通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了儿童急性髓系白血病（AML）中m6A相关基因的独特表达模式，并开发了一个Lasso风险回归模型来评估不同AML亚组的预后	发现了儿童AML中m6A相关基因的独特表达模式，并开发了Lasso风险回归模型用于预后评估	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能需要更多样本来验证模型的普遍适用性	探索m6A相关基因在儿童AML预后中的作用，并开发预测模型	儿童急性髓系白血病（AML）患者	生物信息学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	Lasso回归模型	RNA测序数据	NA
723	2025-04-05	BASELINE: A CRISPR Base Editing Platform for Mammalian-Scale Single-Cell Lineage Tracing 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644238 PMID:40166145	研究论文	介绍了一种名为BASELINE的CRISPR碱基编辑平台，用于哺乳动物规模的单细胞谱系追踪	使用Cas12a腺嘌呤碱基编辑器在50个合成靶位点生成高分辨率谱系树，信息记录量比现有技术提高50倍	未明确提及具体限制	开发一种高分辨率、大规模的细胞谱系追踪技术	哺乳动物细胞，特别是胰腺癌模型中的细胞	基因编辑	胰腺癌	CRISPR碱基编辑，单细胞测序	Cas12a腺嘌呤碱基编辑器	基因组数据	未明确提及具体样本数量
724	2025-04-05	Self-Supervised Graph Representation Learning for Single-Cell Classification 2025-Apr-03, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00700-y PMID:40180773	研究论文	提出了一种名为scSSGC的自监督图表示学习框架，用于单细胞RNA测序数据中的细胞分类	通过联合使用未标记细胞数据上的多个K-means聚类任务进行模型训练，缓解了标记数据有限的问题，并引入了局部增强图神经网络以捕捉细胞间潜在相互作用	未明确提及具体局限性	开发计算生物学方法以提高单细胞RNA测序数据中的细胞分类准确性和泛化能力	单细胞RNA测序数据中的细胞	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	图神经网络(GNN)	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
725	2025-04-05	Scalable spatial transcriptomics through computational array reconstruction 2025-Apr-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-025-02612-0 PMID:40181168	research paper	提出了一种无需成像的空间转录组学方法，通过分子扩散和降维重建空间条形码位置	开发了一种无需成像设备的高保真、可扩展的空间转录组学方法，适用于厘米级组织	未提及方法在复杂组织或特定疾病模型中的验证情况	提高空间转录组学的可及性和通量，支持大规模研究	组织样本中的基因表达空间定位	空间转录组学	NA	分子扩散、降维	NA	基因表达数据	厘米级组织（具体样本数量未提及）
726	2025-04-05	Machine Learning-based Gene Biomarker Identification for Improving Prognosis and Therapy in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673359092250304031435 PMID:40183270	research paper	本研究通过整合基因表达、机器学习、肿瘤微环境分析和药物敏感性分析，开发了一个用于预测肝细胞癌（HCC）预后和个性化治疗的HPRI指标	结合多种机器学习算法和单细胞测序分析，识别出7个关键基因并开发了HPRI指标，用于预测HCC预后和治疗反应	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和数据的异质性影响	识别肝细胞癌的分子生物标志物以改善预后和治疗	肝细胞癌（HCC）患者	machine learning	hepatocellular carcinoma	Cox回归分析、差异表达分析、单细胞测序分析	多种统计模型	基因表达数据、临床病理信息	多个队列的数据来自ICGC、GEO和TCGA数据库
727	2025-04-05	Recurrent Composite Markers of Cell Types and States 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.17.549344 PMID:37503180	研究论文	介绍了一种名为RECOMBINE的算法，用于识别定义层次细胞身份的重复复合标记集	RECOMBINE算法在识别区分性标记方面比现有方法（包括差异基因表达分析）具有更高的准确性	NA	解码生物复杂性，识别定义和区分层次细胞身份的可解释复合标记集	细胞类型和状态	生物信息学	NA	单细胞数据分析和空间转录组学	RECOMBINE算法	单细胞数据和空间转录组数据	小鼠视觉皮层数据、Tabula Sapiens项目的人类组织数据
728	2025-04-05	Uncovering gene and cellular signatures of immune checkpoint response via machine learning and single-cell RNA-seq 2025-Apr-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00883-z PMID:40169777	research paper	利用机器学习和单细胞RNA测序技术揭示免疫检查点反应的基因和细胞特征	结合单细胞RNA测序数据和机器学习方法预测患者反应，同时保持可解释性和单细胞分辨率，并开发了强化学习模型以识别最具预测性的单细胞	研究主要基于黑色素瘤浸润的免疫细胞数据，可能在其他癌症类型中的普适性有待验证	提高免疫检查点抑制剂治疗反应的预测准确性，深化对癌症免疫的理解	黑色素瘤浸润的免疫细胞	machine learning	melanoma	single-cell RNA-seq	XGBoost, reinforcement learning	RNA-seq data	NA
729	2025-04-05	Differentiation stage predicts radiosensitivity in mesenchymal-like pancreatic cancer 2025-Apr-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2025.03.034 PMID:40180058	研究论文	通过基因组分类器预测胰腺癌细胞系和患者的放射敏感性，以实现基因组引导的放射治疗	利用单细胞RNA测序数据区分上皮和间充质细胞，预测胰腺癌细胞系的分化阶段，并发现分化阶段与放射敏感性相关	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床患者数据的验证仍需进一步研究	预测胰腺癌的放射敏感性，优化放射治疗方案	胰腺癌细胞系和患者	基因组学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	基因组分类器	RNA测序数据	45个胰腺癌细胞系和来自The Cancer Genome Atlas的胰腺癌患者数据
730	2025-04-04	Integration of Flow Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analysis to Explore the Fibroblast Subpopulations in Keloid that Correlate with Recurrence 2025-Apr-03, Advances in wound care IF:5.8Q1 DOI:10.1089/wound.2024.0262 PMID:40177712	研究论文	本研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序分析，探索了与瘢痕疙瘩复发相关的成纤维细胞亚群	首次鉴定了影响瘢痕疙瘩复发的关键致病性成纤维细胞亚群FB1，并发现CD26+/CD117+/CD34+表型可作为复发预测标志物	研究样本来源为公共数据库，缺乏独立验证队列	鉴定参与瘢痕疙瘩复发的关键致病性细胞亚群	瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞亚群	单细胞组学	皮肤纤维化疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术(FCM)	逻辑回归分析	单细胞转录组数据、流式细胞数据	公共数据库中的瘢痕疙瘩组织样本（具体数量未说明）
731	2025-04-04	PKCδ Germline Variants and Genetic Deletion in Mice Augment Antitumor Immunity through Regulation of Myeloid Cells 2025-Apr-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0999 PMID:39808445	研究论文	该研究通过分析种系遗传变异与肿瘤免疫基因特征的关联，发现蛋白激酶C delta（PKCδ）作为候选靶点，并通过小鼠实验验证其在增强抗肿瘤免疫中的作用	首次将PKCδ种系变异与抗肿瘤免疫联系起来，并揭示了PKCδ通过调节髓系细胞状态影响肿瘤免疫微环境的机制	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证仍需扩大样本量	探索新的癌症免疫治疗靶点	PKCδ基因及其在小鼠和人类中的功能	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和临床样本（具体数量未明确说明）
732	2025-04-04	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Effect of MIF on Myeloid-Derived Suppressor Cells in Multiple Myeloma 2025-Apr-02, International journal of laboratory hematology IF:2.2Q3 DOI:10.1111/ijlh.14473 PMID:40176414	research paper	该研究通过单细胞转录组分析探讨了MIF在多发性骨髓瘤中对髓系来源抑制细胞（MDSCs）的影响	首次揭示了MIF在MDSCs中的表达差异及其与多发性骨髓瘤的关联	研究样本量有限，且仅基于GSE124310数据集进行分析	探索骨髓微环境中MIF与MDSCs之间的关系	多发性骨髓瘤患者和正常对照的骨髓样本	digital pathology	multiple myeloma	scRNA-seq, flow cytometry	NA	RNA-seq数据	GSE124310数据集中的MM和正常样本
733	2025-01-20	Unlocking the potential of spatial transcriptomics with custom microfluidic chips 2025-Apr, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2771-9 PMID:39826037	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
734	2025-04-04	Dynamic Alterations in DNA Methylation of CD4+ T Cells and Macrophages in a Murine Model of Tuberculous Pleural Infection Induced by BCG Vaccination 2025-Apr, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70166 PMID:40170749	研究论文	本研究分析了BCG诱导的小鼠结核性胸膜炎模型中CD4+ T细胞和巨噬细胞的DNA甲基化和转录组数据，揭示了免疫细胞在结核性胸膜感染过程中的动态变化和调控特性	首次揭示了结核性胸膜感染过程中免疫细胞DNA甲基化的动态变化及其对Th1、Th17和Th22细胞分化的调控作用，并发现C1q在感染过程中的表达增加及其调控机制	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类结核性胸膜感染尚需进一步验证	探究结核性胸膜感染过程中免疫细胞的DNA甲基化动态变化及其调控机制	BCG诱导的结核性胸膜炎小鼠模型中的CD4+ T细胞和巨噬细胞	免疫学	结核病	DNA甲基化分析、转录组测序、单细胞RNA测序	小鼠模型	DNA甲基化数据、转录组数据	BCG诱导的结核性胸膜炎小鼠模型在特定时间点（第0、1、7和14天）的胸膜灌洗液样本
735	2025-04-03	Comprehensive Multi-omics and Mendelian Randomization Reveal the Key Role of Monocytes in Aging and Osteoarthritis 2025-Apr-02, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-025-01416-6 PMID:40172742	研究论文	本研究通过多组学和孟德尔随机化方法，探讨了骨关节炎（OA）与衰老之间的潜在联系和分子机制	整合单细胞RNA测序、批量RNA测序数据、孟德尔随机化、共定位分析和细胞功能分析，揭示了单核细胞在OA和衰老中的关键作用，并鉴定了与OA有因果关系的四个关键标记基因	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证	探索OA与衰老之间的潜在联系和分子机制	OA患者、衰老患者和对照组的单核细胞	生物信息学	骨关节炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 孟德尔随机化, 共定位分析	NA	RNA测序数据	OA、衰老和对照组的scRNA-seq数据
736	2025-04-03	Stem Cell Markers LGR5, LGR4 and Their Immediate Signalling Partners are Dysregulated in Preeclampsia 2025-Apr, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10831-2 PMID:39688759	研究论文	本研究首次描述了LGR5/LGR4及其信号伴侣在人类胎盘中的表达，并探讨了它们在先兆子痫和胎儿生长受限中的失调	首次在人类胎盘中表征LGR5/LGR4及其配体/靶点，并揭示其与先兆子痫和胎儿生长受限的关联	缺氧/促炎细胞因子处理未显著改变LGR5/LGR4表达，可能限制了对其在胎盘功能不全发病机制中作用的深入理解	探究LGR5/LGR4及其信号伴侣在胎盘中的表达及其在先兆子痫和胎儿生长受限中的作用	人类胎盘组织、滋养层干细胞(hTSCs)及单细胞转录组数据	分子生物学	先兆子痫、胎儿生长受限(FGR)	原位杂交、单细胞转录组测序、RNA测序	NA	mRNA表达数据、单细胞转录组数据	胎盘样本：早期先兆子痫(n=81)、晚期先兆子痫(n=20)、FGR(n=34)及对照组(n=19-33)
737	2025-04-02	scPANDA: PAN-Blood Data Annotator with a 10-Million Single-Cell Atlas 2025-Apr-01, Chinese medical sciences journal = Chung-kuo i hsueh k'o hsueh tsa chih DOI:10.24920/004472 PMID:40164519	research paper	开发了一个名为scPANDA的PAN-blood单细胞数据注释工具，利用包含1000万个细胞的图谱进行精确的细胞类型注释	利用大规模单细胞图谱进行细胞类型注释，采用三层推断方法逐步细化细胞类型	未提及具体的技术限制或潜在问题	提高血液系统中细胞类型注释的准确性和可靠性	血液系统中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	来自16项研究的1000万个细胞
738	2025-03-30	Targeted editing of CCL5 with CRISPR-Cas9 nanoparticles enhances breast cancer immunotherapy 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02032-6 PMID:39870938	研究论文	本研究探讨了使用CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，以增强乳腺癌免疫治疗的疗效	创新性地结合CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，为乳腺癌免疫治疗提供了新策略	研究中未提及长期副作用或临床应用的具体障碍	提高乳腺癌免疫治疗的疗效	乳腺癌细胞和人源化小鼠模型	基因编辑与免疫治疗	乳腺癌	CRISPR-Cas9, scRNA-seq	人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但包括体外实验和体内小鼠模型
739	2025-03-28	The role of TIGIT-CD226-PVR axis in mediating T cell exhaustion and apoptosis in NSCLC 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02052-2 PMID:39725799	研究论文	本研究探讨了TIGIT-CD226-PVR信号轴在非小细胞肺癌（NSCLC）中T细胞耗竭和凋亡中的调控作用	揭示了TIGIT-CD226-PVR信号轴在CD27+/CD127+T细胞亚群中的高度活性及其与功能衰退和耗竭的密切关联，并通过实验证明调控该轴可显著恢复T细胞增殖和效应功能	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索NSCLC中T细胞耗竭和凋亡的分子机制，以提高免疫治疗效果	非小细胞肺癌（NSCLC）中的CD27+/CD127+T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序技术	小鼠模型	基因表达数据	NA
740	2025-03-28	Single-cell insights into HNSCC tumor heterogeneity and programmed cell death pathways 2025-Apr, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102341 PMID:40068384	研究论文	该研究利用单细胞测序技术揭示头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤异质性，并探索程序性细胞死亡通路	通过单细胞测序识别了HNSCC中C2 MALAT1+肿瘤亚群的独特特征，并开发了新的预后模型MTRS	研究可能受限于样本量或特定亚群的分析深度	解析HNSCC的肿瘤异质性，寻找治疗靶点并优化预后模型	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤亚群	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	LASSO回归	单细胞RNA测序数据	NA