单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-04-11	Analysis of the Relationship Between NLRP3 and Alzheimer's Disease in Oligodendrocytes based on Bioinformatics and In Vitro Experiments 2025-Apr-09, Current Alzheimer research IF:1.8Q4 DOI:10.2174/0115672050376534250310061951 PMID:40207815	研究论文	本研究通过生物信息学分析和分子生物学实验，探讨了少突胶质细胞中NLRP3与阿尔茨海默病（AD）的潜在关联	结合生物信息学与分子生物学实验验证NLRP3在AD中的高表达及其与疾病的密切关系，并构建基于五个关键基因的诊断模型	研究主要基于公共数据集和体外实验，缺乏体内实验验证	探索NLRP3在少突胶质细胞中与AD的关联，并构建AD诊断模型	阿尔茨海默病患者和健康对照的基因表达数据及少突胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	生物信息学分析、RT-PCR、免疫荧光、Western blot	LASSO回归、随机森林、SVM	基因表达数据	公共数据集中的AD患者和健康对照样本
702	2025-04-11	Comprehensive bioinformatics analysis identified HMGB3 as a promising immunotherapy target for glioblastoma multiforme 2025-Apr-07, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02235-6 PMID:40192954	研究论文	通过综合生物信息学分析，确定HMGB3作为多形性胶质母细胞瘤（GBM）的潜在免疫治疗靶点	首次将HMGB3识别为GBM中具有异质性和免疫抑制特性的分子，并探讨其作为精准治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索GBM发展的分子机制并寻找相关预后生物标志物	多形性胶质母细胞瘤（GBM）	生物信息学	多形性胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，批量RNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
703	2025-04-11	Integrating multi-omics data reveals the antitumor role and clinical benefits of gamma-delta T cells in triple-negative breast cancer 2025-Apr-07, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14029-8 PMID:40197136	research paper	该研究通过整合多组学数据，揭示了γδ T细胞在三阴性乳腺癌中的抗肿瘤作用及其临床益处	首次全面评估γδ T细胞在乳腺癌中的作用，并建立了基于MRI的放射组学模型来预测γδ T细胞丰度	研究结果主要针对三阴性乳腺癌，对其他乳腺癌亚型的适用性尚不明确	探究γδ T细胞在乳腺癌中的作用及其临床价值	三阴性乳腺癌患者及其γδ T细胞	digital pathology	breast cancer	bulk and single-cell sequencing, radiomics, MRI, genomic analysis, immunohistochemistry	radiomic model	genomic data, imaging data, clinical data	未明确提及具体样本数量
704	2025-04-11	CXCL12/CXCR4 axis mediates CD8 + T cell overactivation in the progression of viral myocarditis 2025-Apr-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06394-6 PMID:40186195	研究论文	本研究探讨了CXCL12/CXCR4轴在病毒性心肌炎中如何介导CD8+T细胞的过度激活	揭示了CXCL12/CXCR4轴在驱动CD8+T细胞反应中的新作用，并提出了该轴作为心肌炎治疗的新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化需进一步验证	探究病毒性心肌炎中CD8+T细胞过度激活的分子机制	儿童外周血单个核细胞及病毒性心肌炎小鼠模型	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、细胞删除与过继转移、CXCR4阻断	病毒性心肌炎小鼠模型	RNA测序数据、细胞功能实验数据	未明确说明样本数量，涉及儿童外周血单个核细胞及小鼠模型
705	2025-04-11	NAALAD2 mutations disrupt the fate of photoreceptor cells and retinal pigment epithelial cells during early retinal development 2025-Apr-02, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107724 PMID:40185296	研究论文	本文通过识别NAALAD2基因突变并利用小鼠模型，探讨了该突变与病理性近视发展的潜在联系	首次报道了NAALAD2基因突变与病理性近视的关联，并通过单细胞RNA测序揭示了突变对视网膜细胞组成和转录谱的影响	研究仅基于一个小鼠模型和一个中国家族，样本量有限	探讨NAALAD2基因突变与病理性近视发展的关系	NAALAD2基因突变小鼠模型和病理性近视患者家族	遗传学	近视	单细胞RNA测序	点突变敲入小鼠模型	基因表达数据	一个中国家族和相应的小鼠模型
706	2025-04-11	S100A8/A9 innate immune signaling as a distinct mechanism driving progression of smoking-related breast cancers 2025-Apr, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03276-5 PMID:39856330	research paper	该研究揭示了S100A8/A9先天免疫信号作为吸烟相关乳腺癌进展的独特分子机制	发现了α7 nAChR-S100A8/A9-Syntaphilin免疫信号模块驱动尼古丁诱导的肿瘤进展，并将吸烟相关乳腺癌识别为一种独特的侵袭性亚型	研究主要关注吸烟相关乳腺癌，未涉及其他环境因素或遗传因素对乳腺癌进展的影响	探索吸烟如何通过先天免疫信号促进乳腺癌进展的分子机制	吸烟相关的乳腺癌细胞和患者样本	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但包括乳腺癌细胞和患者样本
707	2025-04-11	MiR-146a engineered extracellular vesicles derived from mesenchymal stromal cells more potently attenuate ischaemia-reperfusion injury in lung transplantation 2025-Apr, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70298 PMID:40195092	研究论文	研究通过雾化递送工程化的人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡（hucMSC-EVs）来减轻大鼠肺移植模型中的缺血再灌注损伤（IRI）	使用miR-146a修饰的hucMSC-EVs通过抑制NLRP3炎症小体激活来减轻IRI，并通过雾化递送实现非侵入性治疗	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	探索减轻肺移植中缺血再灌注损伤的新方法	大鼠肺移植模型和细胞冷保存再灌注模型	数字病理	肺移植相关疾病	Bulk-RNA测序、单细胞测序分析、免疫荧光和Western blot	大鼠原位肺移植模型	基因表达数据和蛋白质数据	NA
708	2025-04-10	ROICellTrack: A deep learning framework for integrating cellular imaging modalities in subcellular spatial transcriptomic profiling of tumor tissues 2025-Apr-08, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf152 PMID:40199763	研究论文	开发了一个名为ROICellTrack的深度学习框架，用于更好地整合细胞成像与空间转录组分析	提出了一种新的深度学习框架，将细胞成像与空间转录组分析相结合，以分析肿瘤异质性	研究样本量较小，仅分析了56个ROI	提高对肿瘤异质性的理解，以支持个性化和靶向治疗	膀胱尿路上皮癌（UCB）和上尿路尿路上皮癌（UTUC）的肿瘤组织	数字病理学	膀胱癌	空间转录组技术（如GeoMx Digital Spatial Profiler）	深度学习	图像和转录组数据	56个ROI
709	2025-04-10	Identification of Crosstalk Genes Between Primary Sjögren's Syndrome and Primary Biliary Cirrhosis by Transcriptome Analysis 2025-Apr-08, Digestive diseases and sciences IF:2.5Q2 DOI:10.1007/s10620-025-08917-z PMID:40199818	研究论文	通过转录组分析识别原发性干燥综合征（pSS）与原发性胆汁性胆管炎（PBC）之间的串扰基因	首次利用转录组学方法识别了pSS和PBC之间的7个关键串扰基因，并揭示了NK细胞、CD4+ T细胞和CD8+ T细胞在疾病机制中的重要作用	研究依赖于公开数据库的转录组数据，未进行实验验证	探究pSS和PBC两种自身免疫性疾病之间的分子联系	原发性干燥综合征（pSS）和原发性胆汁性胆管炎（PBC）患者	生物信息学	自身免疫性疾病	转录组分析、差异表达分析、WGCNA、LASSO回归、ssGSEA、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	两个GEO数据集（GSE66795和GSE119600）
710	2025-04-10	Novel insights into kidney disease: the scRNA-seq and spatial transcriptomics approaches: a literature review 2025-Apr-08, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-025-04103-5 PMID:40200175	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（ST）在肾脏疾病研究中的应用与发展	结合scRNA-seq和ST技术，以前所未有的分辨率解析肾脏疾病中的细胞异质性，识别新的细胞亚群及其在肾脏微环境中的动态相互作用	NA	探讨scRNA-seq和ST技术在肾脏疾病研究中的应用及其对肾脏发育、稳态和疾病进展的细胞和分子机制的阐明	肾脏疾病中的细胞异质性和空间组织	digital pathology	kidney disease	scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data, spatial transcriptomics data	NA
711	2025-04-10	A replication study of novel fetal hemoglobin-associated genetic variants in sickle cell disease-only cohorts 2025-Apr-06, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf015 PMID:39886999	research paper	本研究验证了镰状细胞病(SCD)患者中胎儿血红蛋白(HbF)水平与五个新基因位点的关联，并探索了这些位点在调控β-珠蛋白基因表达中的作用	首次在独立SCD队列中验证了GWAS发现的五个新HbF相关位点，并利用CRISPR抑制和单细胞转录组学揭示了非编码变异对β-珠蛋白基因表达的调控机制	未能发现对HbF水平有显著影响的罕见遗传变异，样本量虽大但仍可能限制对罕见变异的检测能力	验证新发现的HbF相关遗传变异在SCD患者中的关联性，并探索其分子机制	3740例SCD患者和1354例SCD患者的全外显子组数据	遗传学	镰状细胞病	GWAS、CRISPR抑制、单细胞转录组学、全外显子测序	NA	基因组数据、转录组数据	3740例SCD患者用于验证研究，1354例SCD患者用于全外显子分析
712	2025-04-10	Origin and stepwise evolution of vertebrate lungs 2025-Apr, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-025-02642-6 PMID:39953253	research paper	该研究通过分析脊椎动物成年和发育中肺部的单细胞RNA测序数据，揭示了肺部细胞组成、发育轨迹和基因表达模式的显著相似性，并探讨了肺部进化的遗传基础	研究发现软骨鱼类虽无肺部，但存在大量与肺部相关的基因、共表达模式和增强子，表明颌类脊椎动物共同祖先已具备肺部发育的遗传基础，并识别出哺乳动物特有的肺泡1型细胞和基因	研究未涉及肺部功能在进化过程中的具体适应性变化及其生态意义	研究脊椎动物肺部的起源和逐步进化过程	脊椎动物的成年和发育中肺部	进化生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	跨脊椎动物物种的成年和发育中肺部样本
713	2025-04-10	H1-0 is a specific mediator of the repressive ETV6::RUNX1 transcriptional landscape in preleukemia and B cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Apr, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.70116 PMID:40177616	研究论文	本研究揭示了连接组蛋白H1-0在ETV6::RUNX1融合基因诱导的儿童B细胞前体急性淋巴细胞白血病（BCP-ALL）前白血病状态中的关键作用	首次发现H1-0是ETV6::RUNX1转录景观的特异性调节因子，并证明HDAC抑制剂Quisinostat与化疗药物联合治疗的潜在协同效应	研究主要基于hiPSC模型和体外实验，需要进一步体内验证	阐明ETV6::RUNX1+前白血病细胞静默状态的分子机制	ETV6::RUNX1融合基因阳性的BCP-ALL患者样本和hiPSC模型	血液肿瘤学	B细胞急性淋巴细胞白血病	CRISPR/Cas9基因编辑、全转录组分析、双荧光素酶报告基因检测、单细胞测序	hiPSC模型	基因表达数据、转录组数据	1,727例白血病患者样本
714	2025-04-09	Fasting-mimicking diet-enriched Bifidobacterium pseudolongum suppresses colorectal cancer by inducing memory CD8+ T cells 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333020 PMID:39870395	研究论文	本研究探讨了模拟禁食饮食(FMD)通过调节肠道微生物群抑制结直肠癌(CRC)的机制，并发现Bifidobacterium pseudolongum及其代谢产物L-精氨酸在增强CD8+ T细胞记忆功能中的关键作用	首次揭示了B. pseudolongum通过产生L-精氨酸促进CD8+ T细胞分化为记忆细胞，从而增强FMD抗肿瘤效应的分子机制	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床研究验证	探究FMD通过调节肠道微生物群保护免受CRC的机制	结直肠癌小鼠模型和CRC患者	肿瘤免疫学	结直肠癌	粪便宏基因组测序、单细胞RNA测序、多色流式细胞术、代谢组学分析	正交小鼠CRC模型	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	小鼠模型和有限数量的CRC患者样本
715	2025-04-09	Exploring and validating the marmoset as a primate model for chromosomal instability in early development 2025-Apr-07, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf012 PMID:40193493	research paper	本研究探索并验证了狨猴作为灵长类动物模型在研究早期发育中染色体不稳定性（CIN）的适用性	首次将狨猴确立为研究非整倍体的合适模型，并建立了具有内在染色体不稳定性的naïve-like狨猴多能干细胞系（cjPSCs）	研究结果主要基于体外实验，体内验证仍需进一步研究	探索早期发育中染色体不稳定性的分子机制	狨猴胚胎细胞和naïve-like狨猴多能干细胞系（cjPSCs）	developmental biology	early miscarriage	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	狨猴胚胎细胞和cjPSCs
716	2025-04-09	Multi-omics analysis identifies DLX4 as a novel biomarker for diagnosis, prognosis, and immune infiltration: from pan-cancer to renal cancer 2025-Apr-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02258-z PMID:40186710	研究论文	通过多组学分析，探讨DLX4在泛癌及肾癌中的诊断、预后及免疫浸润作用	首次全面分析DLX4在泛癌中的分子机制，特别是在肾透明细胞癌中的作用，并验证其作为生物标志物的潜力	研究主要基于数据库分析，实验验证部分仅限于肾癌组织	探究DLX4在癌症中的分子机制及其作为生物标志物的潜力	泛癌及肾透明细胞癌（KIRC）	生物信息学	肾癌	多组学分析、Spatial Transcriptomics、RT-PCR、免疫组化	NA	基因表达数据、突变数据、甲基化数据、免疫浸润数据	26种癌症类型的数据及肾癌组织样本
717	2025-04-09	Multi-omics insights into the roles of CCNB1, PLK1, and HPSE in breast cancer progression: implications for prognosis and immunotherapy 2025-Apr-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02282-z PMID:40186712	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌进展中的作用及其对预后和免疫治疗的潜在影响	首次整合转录组学、蛋白质组学、DNA甲基化分析、免疫浸润分析和单细胞RNA测序，全面解析CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌中的功能机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	阐明CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌进展中的分子机制及其临床意义	乳腺癌患者样本及体外培养的乳腺癌细胞	数字病理	乳腺癌	转录组学、蛋白质组学、DNA甲基化分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序、siRNA敲降	NA	基因表达数据、蛋白质数据、甲基化数据、单细胞测序数据	未明确说明样本数量，涉及乳腺癌患者肿瘤样本和体外细胞系
718	2025-04-09	Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1070 PMID:39724973	研究论文	本研究通过实验性过敏小鼠模型探讨了食管上皮IKKβ/NF-κB信号在嗜酸性食管炎(EoE)发病机制中的作用	首次在食管上皮细胞条件性敲除Ikkβ的小鼠模型中揭示IKKβ信号缺失加剧EoE发病的机制	研究仅使用小鼠模型，需进一步验证人类EoE患者的类似机制	阐明食管上皮IKKβ/NF-κB信号通路在EoE发病中的作用	条件性敲除Ikkβ的食管上皮细胞小鼠模型	病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明数量的IkkβEEC-KO小鼠
719	2025-04-09	Aspartame increases the risk of liver cancer through CASP1 protein: A comprehensive network analysis insights 2025-Apr-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118089 PMID:40139029	research paper	本研究通过综合网络毒理学、孟德尔随机化、分子动力学和单细胞RNA测序分析，系统探讨了阿斯巴甜对肝脏的潜在致癌风险及其机制	首次将网络毒理学、孟德尔随机化、分子动力学和单细胞RNA测序技术结合，系统研究阿斯巴甜的致癌机制，并发现CASP1蛋白是其关键作用靶点	研究结果需要后续实验验证，且样本来源和数量未明确说明	评估阿斯巴甜的潜在致癌风险并探索其分子机制	阿斯巴甜及其对肝脏的毒性作用	network toxicology	liver cancer	network toxicology, mendelian randomization, molecular dynamics, single-cell RNA sequencing	NA	molecular interaction data, genetic data, single-cell transcriptomics data	NA
720	2025-04-08	Pyrroloquinoline Quinone Reprograms the Single-Cell Landscape of Immune Aging in Hematopoietic Immune System 2025-Apr-07, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70050 PMID:40192736	研究论文	本研究探讨了吡咯喹啉醌（PQQ）对造血免疫系统衰老的单细胞景观的重编程作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了PQQ在减少氧化应激和逆转衰老相关表型方面的作用，并鉴定了关键分子靶点如ASPP1、Yy1和CD62L	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索PQQ作为抗氧化剂在改善免疫系统衰老中的潜在治疗作用	小鼠的脾脏和骨髓细胞	免疫学	衰老相关免疫功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习程序	单细胞转录组数据	小鼠模型中的脾脏和骨髓细胞