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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 701 | 2025-10-07 |
Lactate drives senescence-resistant lineages in hepatocellular carcinoma via histone H2B lactylation of NDRG1
2025-Apr-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217567
PMID:39978571
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序轨迹分析重建肝细胞癌克隆演化,发现乳酸通过LDHA-NDRG1轴介导的组蛋白H2B乳酰化驱动衰老抵抗谱系 | 首次揭示乳酸通过LDHA-NDRG1轴介导的组蛋白H2B K58位点乳酰化表观遗传机制,连接代谢重编程与衰老逃逸 | 研究主要基于小鼠模型和公共数据集,需要进一步临床验证 | 探索肝细胞癌异质性机制和衰老抵抗的分子基础 | 肝细胞癌细胞谱系和克隆演化 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,轨迹分析,加权基因共表达网络分析 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据,公共HCC数据集 | 902个特征基因跨越7种细胞状态,14基因预后模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 702 | 2025-10-07 |
Network-based analysis of Alzheimer's Disease genes using multi-omics network integration with graph diffusion
2025-Apr, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2025.104797
PMID:39993589
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研究论文 | 通过多组学网络整合与图扩散方法分析阿尔茨海默病基因的网络特征 | 挑战了AD基因主要是网络枢纽节点的传统观点,发现AD基因分布在不同的度中心性分位数中,且外围基因也发挥重要作用 | NA | 研究已知AD基因在网络中的特性 | 阿尔茨海默病相关基因 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 多组学网络整合, 图扩散, 网络分析 | 图扩散模型 | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 基因本体数据 | NA | NA | 微阵列, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 703 | 2025-10-07 |
Divergent PTEN-p53 interaction upon DNA damage in a human thyroid organoid model with germline PTEN mutations
2025-Apr-01, Endocrine-related cancer
IF:4.1Q2
DOI:10.1530/ERC-24-0216
PMID:39970536
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研究论文 | 本研究通过人类甲状腺类器官模型揭示了不同PTEN胚系突变在DNA损伤后与p53相互作用的差异机制 | 首次在人类甲状腺类器官模型中证明不同PTEN突变类型对DNA损伤反应的差异性影响,特别是PTEN-p53相互作用的变异 | 研究仅针对两种特定PTEN突变类型,样本数量有限,需要在更广泛的突变类型中验证 | 探究不同PTEN胚系突变在辐射诱导DNA损伤后如何影响肿瘤抑制网络 | 携带不同PTEN突变的人类诱导多能干细胞衍生的甲状腺类器官 | 癌症生物学 | 甲状腺癌 | CRISPR-Cas9基因编辑, bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 转录组数据 | 三种基因型(野生型, PTEN WT/G132D, PTEN WT/M134R)的甲状腺类器官 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 704 | 2025-10-07 |
Therapeutic potential of p-coumaric acid in alleviating renal fibrosis through inhibition of M2 macrophage infiltration and cellular communication
2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.156507
PMID:39978279
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研究论文 | 本研究探讨对香豆酸通过抑制M2巨噬细胞浸润和细胞通讯缓解肾纤维化的治疗潜力 | 首次系统揭示对香豆酸通过特异性靶向M2巨噬细胞并破坏其与肾小管上皮细胞相互作用来缓解肾纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型,临床转化潜力仍需进一步验证 | 评估对香豆酸对肾纤维化的治疗作用并阐明其分子机制 | 单侧输尿管梗阻诱导的肾纤维化模型 | 病理学研究 | 肾脏疾病 | LC-MS, CyTOF, scRNA-seq, 流式细胞术, Western blot, qRT-PCR, 免疫组化, 免疫荧光 | NA | 代谢组数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 705 | 2025-10-07 |
Dihydromyricetin regulates the miR-155-5p/SIRT1/VDAC1 pathway to promote liver regeneration and improve alcohol-induced liver injury
2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.156522
PMID:39986231
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研究论文 | 本研究探讨二氢杨梅素通过调控miR-155-5p/SIRT1/VDAC1通路促进肝脏再生并改善酒精性肝损伤的作用机制 | 首次揭示DMY通过调控miR-155-5p/SIRT1/VDAC1正反馈环路改善肝脏炎症和细胞衰老,促进肝脏再生 | NA | 探索DMY在酒精性肝病相关肝脏再生障碍中的治疗潜力及分子机制 | 酒精性肝病小鼠模型、临床ALD样本、体外细胞实验 | 分子生物学 | 酒精性肝病 | 血清非靶向代谢组学、肝脏转录组学、单细胞测序、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、免疫荧光 | NA | 代谢组数据、转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质印迹数据 | NA | NA | 单细胞测序, 代谢组学, 转录组学 | NA | NA |
| 706 | 2025-10-07 |
Deciphering the Vulnerability of Pollen to Heat Stress for Securing Crop Yields in a Warming Climate
2025-Apr, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.15315
PMID:39722468
|
综述 | 本文综述了高温胁迫对花粉发育的影响机制及提升作物耐热性的分子育种策略 | 系统整合单细胞RNA测序等基因组技术揭示花粉热应激的分子调控网络,并提出利用花粉筛选和基因编辑技术培育耐热作物的新思路 | NA | 解析花粉对高温胁迫的脆弱性机制,为保障气候变暖背景下的作物产量提供理论依据 | 多种作物的花粉发育过程 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序,CRISPR/Cas基因编辑,全基因组关联分析 | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 707 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveals the immune mechanisms by which tonsillectomy improves clinical outcomes of recurrent Immuoglobulin A nephropathy after kidney transplant
2025-Apr, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2025.02.010
PMID:39985963
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示扁桃体切除术改善肾移植后复发性IgA肾病临床结局的免疫机制 | 首次在IgANR患者中应用单细胞mRNA测序技术系统分析扁桃体切除术对B细胞表型和基因表达的影响,发现TCL1A在介导治疗效应中的关键作用 | 样本量有限(29例患者),仅分析了扁桃体组织和PBMC样本,缺乏长期随访数据 | 探究扁桃体切除术治疗IgANR的细胞和分子机制 | 29例IgANR患者的扁桃体组织和外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | IgA肾病 | 流式细胞术, 单细胞mRNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 29例IgANR患者,包括1个扁桃体组织样本和3个PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 708 | 2025-10-07 |
CD177+ neutrophils exacerbate septic lung injury via the NETs/AIM2 pathway: An experimental and bioinformatics study
2025-Apr-04, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114292
PMID:40007380
|
研究论文 | 本研究通过实验和生物信息学分析揭示了CD177+中性粒细胞通过NETs/AIM2通路加剧脓毒症肺损伤的机制 | 首次发现CD177+中性粒细胞是脓毒症肺组织中的主要中性粒细胞亚群,并阐明其通过NETs激活AIM2炎症小体加重肺损伤的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证;样本量相对有限 | 阐明脓毒症诱导急性肺损伤的免疫细胞异质性及其关键作用机制 | CLP模型小鼠的肺组织免疫细胞 | 生物信息学 | 脓毒症肺损伤 | 单细胞测序,分子生物学实验 | NA | 单细胞测序数据,基因表达数据 | CLP模型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 709 | 2025-10-07 |
TREM2 as a Therapeutic Target in Atherosclerosis
2025-Apr, Cell biology international
IF:3.3Q3
DOI:10.1002/cbin.12279
PMID:39891588
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综述 | 本文回顾了TREM2作为动脉粥样硬化治疗靶点的研究历程与临床转化潜力 | 首次系统梳理TREM2从基础研究到治疗干预的转化路径,提出其作为动脉粥样硬化新型治疗靶点的可行性 | NA | 探讨TREM2作为动脉粥样硬化治疗靶点的理论基础与临床应用前景 | 动脉粥样硬化斑块中的泡沫样巨噬细胞及TREM2阳性髓系细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 710 | 2025-10-07 |
The future of cardiology: Integrating single-cell transcriptomics with multi-omics for enhanced cardiac disease insights
2025-Apr, Current problems in cardiology
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103005
PMID:39894239
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综述 | 探讨单细胞转录组测序技术在心血管疾病研究中的应用及其与多组学整合的未来发展方向 | 强调将空间转录组学与其他组学技术整合以增强对心脏生物学的理解 | 当前单细胞转录组测序面临数据整合挑战,需要更全面的多组学方法 | 通过整合单细胞转录组学与多组学技术提升对心血管疾病的认知 | 哺乳动物心脏细胞及心血管疾病机制 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 多组学分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 711 | 2025-10-07 |
Shining a light on cell biology of the nucleus with single-cell sequencing
2025-Apr, Current opinion in cell biology
IF:6.0Q1
DOI:10.1016/j.ceb.2025.102468
PMID:39903993
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在细胞核生物学研究中的最新进展和应用 | 系统总结单细胞测序技术如何揭示细胞核内过程的异质性和相互作用机制 | NA | 探讨单细胞测序技术在细胞核生物学研究中的应用前景 | 细胞核生物学过程和细胞状态 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞基因组测序 | NA | NA |
| 712 | 2025-10-07 |
Gbp2 driving macrophages dynamics in murine heart transplant
2025-Apr, Tissue & cell
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.tice.2024.102695
PMID:39709712
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析鉴定出Gbp2是驱动心脏移植排斥过程中巨噬细胞动态变化的关键基因 | 首次发现Gbp2在心脏移植急性排斥过程中调控巨噬细胞极化的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 鉴定心脏移植排斥过程中巨噬细胞动态变化的关键基因并评估其对巨噬细胞极化的影响 | 小鼠心脏移植模型中的巨噬细胞 | 生物信息学 | 器官移植排斥 | 单细胞测序, 伪时序分析, hdWGCNA | NA | 单细胞测序数据 | 小鼠心脏移植模型数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 713 | 2025-10-07 |
Impaired primitive erythropoiesis and defective vascular development in Trim71-KO embryos
2025-Apr, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202402956
PMID:39909558
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研究论文 | 本研究揭示RNA结合蛋白Trim71通过调控中胚层先驱转录因子Eomes的表达,在胚胎原肠胚形成阶段建立器官发生正常发育框架的重要机制 | 首次发现Trim71通过NHL结构域直接抑制Eomes mRNA,建立了这两种重要调控基因之间的功能联系 | 内皮细胞条件性敲除未诱导明显缺陷,表明Trim71在内皮细胞及其前体细胞中的表达对胚胎存活并非必需 | 探究Trim71在胚胎发育过程中对基因表达的调控机制 | Trim71基因敲除小鼠胚胎 | 发育生物学 | 胚胎发育缺陷 | 单细胞RNA测序,条件性基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | E7.5阶段全局敲除胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 714 | 2025-10-07 |
A novel coarsened graph learning method for scalable single-cell data analysis
2025-Apr, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109873
PMID:39999493
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研究论文 | 提出一种基于特征感知图粗化的新型方法FACH,用于可扩展的单细胞数据分析 | 首次将局部敏感哈希技术整合到图粗化过程中,实现高效的单细胞数据分析 | NA | 解决单细胞数据大规模图表示的计算挑战 | 单细胞RNA测序和质谱流式细胞术数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | 图神经网络 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 715 | 2025-10-07 |
Enhanced single-cell RNA-seq embedding through gene expression and data-driven gene-gene interaction integration
2025-Apr, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109880
PMID:39999494
|
研究论文 | 提出一种整合基因表达和基因间相互作用的新型单细胞RNA测序嵌入方法 | 通过构建细胞-叶图(CLG)和K近邻图(KNNG)的融合图结构,首次将数据驱动的基因间相互作用整合到单细胞嵌入中 | 未明确说明方法对特定细胞类型或组织的适用性限制 | 开发更全面的单细胞RNA测序数据分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 716 | 2025-10-07 |
X-scPAE: An explainable deep learning model for embryonic lineage allocation prediction based on single-cell transcriptomics revealing key genes in embryonic cell development
2025-Apr, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109787
PMID:39946788
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研究论文 | 提出一种基于单细胞转录组数据的可解释深度学习模型X-scPAE,用于预测胚胎细胞谱系分配并识别关键基因 | 结合PCA降维、自编码器特征提取、注意力机制和反事实梯度归因算法,构建可解释的深度学习模型 | NA | 准确预测细胞谱系分配并识别谱系间基因表达差异 | 人类和小鼠的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 胚胎发育疾病 | 单细胞RNA测序 | 自编码器, 注意力机制, 逻辑回归 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 717 | 2025-10-07 |
Identification and validation of immune-related biomarkers and polarization types of macrophages in keloid based on bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis
2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2025.107413
PMID:39923303
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研究论文 | 基于bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析鉴定瘢痕疙瘩中免疫相关生物标志物和巨噬细胞极化类型 | 首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,通过多种机器学习方法鉴定瘢痕疙瘩的免疫相关生物标志物,并揭示巨噬细胞极化状态异常 | 研究依赖于公共数据库的回顾性数据,样本量有限,需要进一步实验验证 | 鉴定瘢痕疙瘩的免疫相关生物标志物和巨噬细胞极化类型,为治疗提供新靶点 | 瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织 | 生物信息学 | 瘢痕疙瘩 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质印迹, 免疫荧光 | LASSO, SVM-RFE, 随机森林 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 四个GEO数据集(GSE83286, GSE212954, GSE92566, GSE90051) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 718 | 2025-10-07 |
Loss of ATG7 in microglia impairs UPR, triggers ferroptosis, and weakens amyloid pathology control
2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230173
PMID:39945772
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研究论文 | 本研究探讨了微胶质细胞中ATG7缺失如何通过影响未折叠蛋白反应和氧化应激导致铁死亡,从而削弱对淀粉样斑块的控制 | 首次揭示ATG7缺失通过降低未折叠蛋白反应和增加氧化应激导致微胶质细胞铁死亡的具体机制 | 研究主要基于AD小鼠模型,人类微胶质细胞的反应可能有所不同 | 探究ATG7在微胶质细胞中对淀粉样斑块控制的分子机制 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的微胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,生化分析,免疫荧光分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,图像数据 | AD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 719 | 2025-10-07 |
Ephrin-B2 acts as a positive regulator of osteogenesis-angiogenesis coupling
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140555
PMID:39894124
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研究论文 | 本研究探讨了Ephrin-B2信号在成骨-血管生成偶联中的正向调控作用及其机制 | 首次通过单细胞测序发现牙周炎中成骨细胞谱系Ephrin-B2信号缺陷,并构建过表达Ephrin-B2的成骨细胞与内皮细胞共移植系统证实其促进血管化骨再生的作用 | 研究主要基于体外共培养和动物实验,尚未进行临床验证 | 探索Ephrin-B2信号在成骨-血管生成偶联中的作用机制,为牙周组织工程提供指导 | 牙周组织、成骨细胞、人脐静脉内皮细胞(HUVECs) | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自公共数据库GEO: GSE171213的牙周组织单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 720 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptional footprint for pseudogene SsCLEC9A is associated with antigen processing and presentation in Sus scrofa
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140629
PMID:39904428
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研究论文 | 本研究首次发现猪的CLEC9A基因因远古突变成为假基因,但其突变转录本仍影响树突状细胞的抗原呈递功能 | 首次揭示猪CLEC9A基因成为假基因的进化事件,并发现其突变转录本仍具有生物学功能 | 研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证 | 探究假基因SsCLEC9A的转录适应及其在抗原呈递中的作用 | 猪树突状细胞和骨髓造血细胞 | 免疫学 | NA | 荧光激活细胞分选,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |