单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-04-14	Machine learning-based prognostic modeling integrating PANoptosis in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Apr-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02310-y PMID:40208478	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和机器学习算法，构建了一个基于PANoptosis的头颈部鳞状细胞癌预后模型	首次在单细胞水平分析PANoptosis相关基因，并利用101种机器学习算法组合构建预后模型，发现GSTO1作为关键基因	需要进一步的实验验证，且模型在临床应用前需进行更大规模的验证	开发头颈部鳞状细胞癌的预后预测模型	头颈部鳞状细胞癌患者	机器学习	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，PCR	StepCox[backward] + RSF	转录组数据	TCGA-HNSCC训练集，GSE41613和GSE65858验证集，外加临床样本验证
642	2025-04-14	Identification of a deubiquitinating gene-related signature in ovarian cancer using integrated transcriptomic analysis and machine learning framework 2025-Apr-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02267-y PMID:40208475	研究论文	通过整合转录组分析和机器学习框架，识别卵巢癌中去泛素化基因相关特征	首次在卵巢癌中系统分析去泛素化(DUB)基因的表达模式，并开发了一个具有预后价值的DUB相关风险特征(DRS)模型	研究主要基于公共数据库的转录组数据，缺乏实验验证	探索DUB基因在卵巢癌中的作用及其预后价值	卵巢癌肿瘤微环境中的不同细胞亚型	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序，批量转录组分析	机器学习框架	转录组数据	来自GEO和TCGA数据库的多组数据集
643	2025-04-14	Role of METTL16 in PPARγ methylation and osteogenic differentiation 2025-Apr-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07527-x PMID:40210616	研究论文	本研究探讨了METTL16通过调控PPARγ的m6A甲基化对骨髓间充质干细胞（BMSCs）成骨分化的影响及其在骨质疏松症中的作用	首次揭示了METTL16通过促进PPARγ转录的m6A修饰来调控BMSCs的铁死亡和成骨分化	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明METTL16-PPARγ轴在骨质疏松症发病机制中的作用	骨髓间充质干细胞（BMSCs）和小鼠模型	分子生物学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和Bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
644	2025-04-14	Modeling the dynamics of EMT reveals genes associated with pan-cancer intermediate states and plasticity 2025-Apr-10, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00512-2 PMID:40210876	研究论文	通过数学建模和单细胞RNA测序数据研究上皮-间质转化（EMT）的动态过程，识别与高转移性中间状态相关的标志基因	整合数学建模和推断方法识别与EMT动态相关的基因，发现SFN和NRG1作为中间状态的关键调控因子	研究依赖于数学模型和scRNA-seq数据，可能未涵盖所有EMT相关基因或机制	识别与EMT中间状态相关的标志基因，为肿瘤转移提供生物标志物和治疗靶点	多种肿瘤类型和刺激下的EMT动态过程	计算生物学	泛癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	贝叶斯参数推断的EMT数学模型	scRNA-seq数据	多种肿瘤类型和刺激下的样本
645	2025-04-14	SIGMAR1 screened by a GPCR-related classifier regulates endoplasmic reticulum stress in bladder cancer 2025-Apr-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06393-7 PMID:40211230	research paper	本研究通过构建GPCR-TME分类器，识别了SIGMAR1作为调控膀胱癌内质网应激的关键因子，并验证了其在肿瘤生长和免疫细胞浸润中的作用	构建了GPCR-TME分类器并发现SIGMAR1在膀胱癌中的新作用机制，特别是其调控内质网应激的功能	研究主要依赖于公共数据库的数据，实验验证仅限于细胞系和小鼠模型，未涉及人类临床试验	探究GPCRs在膀胱癌中的作用，特别是SIGMAR1调控内质网应激的机制	膀胱癌细胞系、组织样本及裸鼠移植瘤模型	digital pathology	bladder cancer	scRNA-seq, western blotting, GSEA, WGCNA, TIP, CIBERSORT	GPCR-TME classifier	RNA-seq数据、临床病理数据、免疫细胞浸润数据	公共数据库中的批量测序和单细胞RNA测序数据，膀胱癌细胞系和组织样本，裸鼠移植瘤模型
646	2025-04-14	A novel mitochondrial quality regulation gene signature for anticipating prognosis, TME, and therapeutic response in LUAD by multi-omics analysis and experimental verification 2025-Apr-10, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03764-4 PMID:40211263	研究论文	通过多组学分析和实验验证，建立了一个新的线粒体质量调控基因特征，用于预测肺腺癌（LUAD）的预后、肿瘤微环境（TME）和治疗反应	首次利用线粒体质量相关基因（MQRGs）构建了一个简洁的风险模型，用于预测LUAD患者的总体生存率，并揭示了这些基因与α-亚麻酸代谢途径的关联	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制，实验验证的样本范围有限	探索线粒体质量相关基因在肺腺癌中的作用，并开发新的预后预测模型	肺腺癌（LUAD）患者及其相关基因表达数据	数字病理	肺癌	转录组分析、RT-qPCR、免疫组化、单细胞测序	LASSO算法、多元COX回归	转录组数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者数据
647	2025-04-14	The glycolytic characteristics of hepatocellular carcinoma and its interaction with the microenvironment: a comprehensive omics study 2025-Apr-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06421-6 PMID:40211257	研究论文	本研究通过多组学分析，识别了肝细胞癌（HCC）中与糖酵解相关的预后标志物及其与微环境的相互作用	整合了转录组、代谢组、16S rRNA测序及单细胞测序数据，发现了糖酵解相关基因在HCC不同免疫细胞亚群中的表达差异	样本来源和数量可能限制了结果的普适性，且部分发现需进一步实验验证	识别HCC中与糖酵解相关的预后标志物和免疫异常	肝细胞癌（HCC）患者的癌组织和癌旁组织	数字病理学	肝细胞癌	转录组测序、代谢组分析、16S rRNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组、质谱流式细胞术（CyTOF）	StepCox[both] + 随机生存森林模型	转录组数据、代谢组数据、微生物组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、质谱流式细胞术数据	来自HCC患者和对照组的癌组织及癌旁组织样本，整合了TCGA、GSE14520、GSE76427和GSE202642数据集
648	2025-04-14	The CD163 + tissue-infiltrating macrophages regulate ferroptosis in thyroid-associated ophthalmopathy orbital fibroblasts via the TGF-β/Smad2/3 signaling pathway 2025-Apr-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06443-0 PMID:40211281	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组分析，揭示了CD163+组织浸润巨噬细胞在甲状腺相关眼病（TAO）进展中调节眼眶成纤维细胞铁死亡的作用，并确定了针对巨噬细胞铁死亡信号的治疗候选药物	首次揭示了CD163+巨噬细胞通过TGF-β/Smad2/3信号通路调节TAO眼眶成纤维细胞铁死亡的新机制，并预测了潜在的治疗药物	样本量相对较小（4例TAO患者和2例健康对照），且体外实验模型可能无法完全模拟体内复杂环境	探究甲状腺相关眼病（TAO）中铁死亡调控的分子机制及潜在治疗靶点	TAO患者的眼眶脂肪组织和成纤维细胞，以及CD163+巨噬细胞	生物医学研究	甲状腺相关眼病	RNA-seq、单细胞测序、RT-qPCR、RWR算法	体外共培养模型、TGF-β1诱导的成纤维细胞模型	基因表达数据、单细胞测序数据	4例TAO患者和2例健康对照的组织样本，6例人类组织样本的单细胞测序数据
649	2025-04-14	Shared and distinct peripheral blood immune cell landscape in MCTD, SLE, and pSS 2025-Apr-10, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01374-1 PMID:40211396	研究论文	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，首次解析了混合性结缔组织病（MCTD）患者外周血免疫细胞的转录组变化，并与系统性红斑狼疮（SLE）和原发性干燥综合征（pSS）进行了比较	首次对MCTD患者外周血单核细胞进行单细胞RNA测序和批量RNA测序，揭示了MCTD、SLE和pSS之间的共享和独特特征	样本量可能有限，且仅关注了外周血免疫细胞，未涉及其他组织或细胞类型	解析MCTD的免疫细胞转录组特征，并比较其与SLE和pSS的异同	混合性结缔组织病（MCTD）、系统性红斑狼疮（SLE）和原发性干燥综合征（pSS）患者的外周血单核细胞（PBMCs）	免疫学	自身免疫性疾病	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	MCTD患者的PBMCs样本，以及来自GEO数据库的SLE（GSE135779）和pSS（GSE157278）数据集
650	2025-04-14	Integrating multiple spatial transcriptomics data using community-enhanced graph contrastive learning 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012948 PMID:40179111	研究论文	提出了一种名为Tacos的社区增强图对比学习方法，用于整合多个空间转录组数据	首次在基于图的方法中考虑了空间结构在切片内和切片间的异质性，并提出了社区增强的图对比学习方法	未明确提及方法的计算复杂度或对大规模数据的适用性	开发一种能够整合不同平台和生物条件下产生的空间转录组数据的方法	来自不同平台和不同生物条件的空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图对比学习	空间转录组数据	多个真实数据集（具体数量未提及）
651	2025-04-13	Accessing genetically defined cell types in the superior colliculus with transgenic mouse lines 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112194 PMID:40212591	研究论文	本研究基于已发表的浅层上丘分子图谱，表征了10种转基因小鼠品系，以研究上丘神经元亚型的功能	揭示了形态学与转录组学神经元类型之间的相关性，并鉴定出可用于基因靶向上丘神经元类型的有用品系	部分测试小鼠中未观察到Cre或荧光表达与特定转录组神经元类型的对应关系	研究上丘神经元亚型的功能	转基因小鼠品系及其在上丘中的神经元亚型	神经科学	NA	转基因技术、单细胞转录组学	NA	分子图谱数据、荧光表达数据	10种转基因小鼠品系
652	2025-04-13	LncRNA MIR181A1HG Deficiency Attenuates Vascular Inflammation and Atherosclerosis 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325196 PMID:40047069	研究论文	该研究探讨了长链非编码RNA MIR181A1HG在调节血管炎症和动脉粥样硬化中的作用	首次揭示了MIR181A1HG通过诱骗Foxp1远离靶基因启动子并激活血管内皮中的NLRP3炎症小体来驱动血管炎症的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MIR181A1HG在血管炎症和动脉粥样硬化中的调控作用	内皮细胞、动脉粥样硬化病变	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀	MIR181A1HG-/-ApoE-/-小鼠模型	基因表达数据	人类和小鼠动脉粥样硬化病变样本
653	2025-04-13	Single-Cell Transcriptome and RNA Sequencing Reveal Immune-Related Markers of Preeclampsia 2025-Apr-11, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01843-5 PMID:40216654	研究论文	通过单细胞转录组和RNA测序技术，研究胎盘免疫微环境中调控子痫前期的关键靶基因	首次结合单细胞测序和RNA测序技术分析子痫前期胎盘免疫微环境，并鉴定出巨噬细胞相关的关键调控基因	研究样本量有限，且未进行功能验证实验	揭示子痫前期的发病机制并寻找关键调控基因	子痫前期和非子痫前期患者的胎盘组织	数字病理学	子痫前期	单细胞转录组测序, RNA测序	NA	基因表达数据	两个公开数据集(GSE234729和GSE25906)的样本
654	2025-04-13	Mapping dynamic regulation of gene expression using single-cell transcriptomics and application to complex disease genetics 2025-Apr-10, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100397 PMID:39741416	研究论文	利用单细胞转录组数据研究遗传变异如何影响人类生理和疾病中的生物过程，并开发了一个量化基因表达动态遗传调控的框架	开发了细胞类型特异性和细胞状态调整的基因表达遗传模型，能够量化基因表达的动态遗传调控及其细胞类型特异性	面临单细胞RNA测序数据稀疏性、复杂细胞状态表达模式以及人群规模研究参考资源有限等挑战	研究遗传变异对基因表达的调控及其在复杂疾病遗传学中的应用	中脑神经元在诱导多能干细胞分化过程中的基因表达	基因组学	精神分裂症	单细胞RNA测序	遗传模型	单细胞转录组数据	来自UK Biobank的超过1,500种表型的基因组资源
655	2025-04-13	Development of a breast cancer invasion score to predict tumor aggressiveness and prognosis via PI3K/AKT/mTOR pathway analysis 2025-Apr-09, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02422-y PMID:40204712	research paper	该研究通过分析乳腺癌单细胞RNA测序数据，开发了一个乳腺癌侵袭评分（BCIS）模型，用于预测肿瘤侵袭性和预后	首次开发了基于PI3K/AKT/mTOR通路分析的BCIS评分模型，能够区分侵袭性和非侵袭性乳腺癌细胞	研究样本量有限，仅分析了三个导管癌阶段的数据	探索乳腺癌侵袭性的分子特征并开发预后预测模型	乳腺癌细胞	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq	LASSO Cox regression	RNA-seq data	TCGA-BRCA、GSE20685和METABRIC数据集
656	2025-04-13	CCL3 correlates with ferroptosis in intervertebral disc degeneration and its prognostic significance 2025-Apr-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-94989-w PMID:40204911	研究论文	本研究探讨了CCL3与铁死亡在椎间盘退变(IVDD)中的相关性及其预后意义	首次揭示了CCL3通过pAMPK/AMPK通路调控细胞凋亡并影响IVDD进展的机制，并评估了其作为IVDD诊断和预后生物标志物的潜力	需要进一步研究以探索针对CCL3的治疗策略	阐明铁死亡的潜在机制和CCL3在IVDD中的作用，以确定其诊断和预后意义	椎间盘退变(IVDD)患者	数字病理学	椎间盘退变	单细胞测序、qRT-PCR、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质数据	来自TCGA数据库的单细胞测序数据及人类组织样本
657	2025-04-13	A single-cell atlas of bladder cancer unveils dynamic cellular composition and endothelial functional shifts during progression 2025-Apr-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02297-6 PMID:40205274	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了膀胱癌进展过程中内皮细胞的动态组成和功能变化	发现了MIBC特异性ADAM10+内皮细胞亚群及其在肿瘤进展中的潜在作用	研究仅基于公共数据集，缺乏实验验证	阐明膀胱癌进展中内皮细胞的异质性和功能状态	47名膀胱癌患者的单细胞RNA测序数据	digital pathology	bladder cancer	scRNA-seq	CellChat	RNA sequencing data	47名患者
658	2025-04-13	Comprehensive analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data via machine learning and bioinformatics reveals the role of lysine metabolism-related genes in gastric carcinogenesis 2025-Apr-09, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14051-w PMID:40205350	研究论文	通过机器学习和生物信息学方法综合分析scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了赖氨酸代谢相关基因在胃癌发生中的作用	创新性地鉴定了两个关键基因SLC7A7和VIM作为赖氨酸代谢相关基因参与胃癌发生，并建立了可靠的预后风险列线图	NA	探究赖氨酸代谢相关基因在胃癌发生中的作用	胃癌细胞及其亚型	生物信息学	胃癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 细胞和分子生物学方法	机器学习	RNA-seq数据	临床样本和体外实验
659	2025-04-13	Single-cell transcriptomic analysis reveals prognosis-related stromal signatures that potentiate stratification of patients with extrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Apr-09, BMC gastroenterology IF:2.5Q2 DOI:10.1186/s12876-025-03829-8 PMID:40205358	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示与预后相关的基质特征，用于肝外胆管癌患者的分类	首次在肝外胆管癌中通过单细胞RNA测序识别预后相关的基质细胞亚群，并基于这些特征对患者进行分层	样本量较小（8例活检样本），且仅基于转录组数据，未进行功能验证	探索肝外胆管癌中与预后相关的基质细胞特征及其临床意义	肝外胆管癌患者的肿瘤组织和配对正常组织	数字病理学	肝外胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bRNA-seq）	NA	转录组数据	8例活检样本（5例肿瘤组织和3例配对正常组织），43例肿瘤组织的批量RNA测序数据
660	2025-04-13	Filtering cells with high mitochondrial content depletes viable metabolically altered malignant cell populations in cancer single-cell studies 2025-Apr-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03559-w PMID:40205439	研究论文	本文探讨了在癌症单细胞研究中过滤高线粒体含量细胞的必要性及其对代谢异常恶性细胞群的影响	挑战了当前肿瘤单细胞RNA-seq分析中的质量控制实践，揭示了高线粒体RNA含量的恶性细胞的功能特性	研究主要基于公开数据集，可能未涵盖所有癌症类型	改善癌症单细胞RNA-seq数据的解释和未来癌症研究的数据分析方法	恶性细胞和非恶性细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	441,445个细胞来自134名患者