单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-04-13	A single-cell atlas of bladder cancer unveils dynamic cellular composition and endothelial functional shifts during progression 2025-Apr-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02297-6 PMID:40205274	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了膀胱癌进展过程中内皮细胞的动态组成和功能变化	发现了MIBC特异性ADAM10+内皮细胞亚群及其在肿瘤进展中的潜在作用	研究仅基于公共数据集，缺乏实验验证	阐明膀胱癌进展中内皮细胞的异质性和功能状态	47名膀胱癌患者的单细胞RNA测序数据	digital pathology	bladder cancer	scRNA-seq	CellChat	RNA sequencing data	47名患者
642	2025-04-13	Comprehensive analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data via machine learning and bioinformatics reveals the role of lysine metabolism-related genes in gastric carcinogenesis 2025-Apr-09, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14051-w PMID:40205350	研究论文	通过机器学习和生物信息学方法综合分析scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了赖氨酸代谢相关基因在胃癌发生中的作用	创新性地鉴定了两个关键基因SLC7A7和VIM作为赖氨酸代谢相关基因参与胃癌发生，并建立了可靠的预后风险列线图	NA	探究赖氨酸代谢相关基因在胃癌发生中的作用	胃癌细胞及其亚型	生物信息学	胃癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 细胞和分子生物学方法	机器学习	RNA-seq数据	临床样本和体外实验
643	2025-04-13	Single-cell transcriptomic analysis reveals prognosis-related stromal signatures that potentiate stratification of patients with extrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Apr-09, BMC gastroenterology IF:2.5Q2 DOI:10.1186/s12876-025-03829-8 PMID:40205358	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示与预后相关的基质特征，用于肝外胆管癌患者的分类	首次在肝外胆管癌中通过单细胞RNA测序识别预后相关的基质细胞亚群，并基于这些特征对患者进行分层	样本量较小（8例活检样本），且仅基于转录组数据，未进行功能验证	探索肝外胆管癌中与预后相关的基质细胞特征及其临床意义	肝外胆管癌患者的肿瘤组织和配对正常组织	数字病理学	肝外胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bRNA-seq）	NA	转录组数据	8例活检样本（5例肿瘤组织和3例配对正常组织），43例肿瘤组织的批量RNA测序数据
644	2025-04-13	Filtering cells with high mitochondrial content depletes viable metabolically altered malignant cell populations in cancer single-cell studies 2025-Apr-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03559-w PMID:40205439	研究论文	本文探讨了在癌症单细胞研究中过滤高线粒体含量细胞的必要性及其对代谢异常恶性细胞群的影响	挑战了当前肿瘤单细胞RNA-seq分析中的质量控制实践，揭示了高线粒体RNA含量的恶性细胞的功能特性	研究主要基于公开数据集，可能未涵盖所有癌症类型	改善癌症单细胞RNA-seq数据的解释和未来癌症研究的数据分析方法	恶性细胞和非恶性细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	441,445个细胞来自134名患者
645	2025-04-13	Single-cell RNA sequencing reveals the intra-tumoral heterogeneity and immune microenvironment of small cell carcinoma of the ovary, hypercalcemic type 2025-Apr-09, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01649-8 PMID:40205496	research paper	通过单细胞RNA测序揭示了高钙血症型卵巢小细胞癌的肿瘤内异质性和免疫微环境	首次使用单细胞RNA测序技术研究SCCOHT的肿瘤内异质性和免疫微环境，并发现新的潜在治疗靶点	样本量较小（15个样本），且仅对一个原发灶和一个复发灶进行了单细胞RNA测序	探索SCCOHT的基因组突变和肿瘤微环境，以寻找潜在的治疗靶点	高钙血症型卵巢小细胞癌（SCCOHT）患者样本	digital pathology	ovarian cancer	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、全外显子测序、基因panel检测、多重免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	15个SCCOHT样本（包括原发灶和复发灶）
646	2025-04-13	Single-cell and spatial transcriptomic analyses revealing tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant chemoimmunotherapy in non-small cell lung cancer 2025-Apr-09, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02287-w PMID:40205583	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组分析，探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）患者在新辅助化疗免疫治疗后肿瘤微环境的重塑	揭示了CD4+Treg T细胞、mCAFs、CD4+Th17 T细胞、iCAFs以及SELENOP-巨噬细胞在肿瘤微环境中的分布和作用，特别是SELENOP-巨噬细胞与抗原呈递癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤边界上的共定位及其在联合治疗中的协同作用	样本量较小（16个肺癌组织样本，来自12名NSCLC患者），可能影响结果的普遍性	研究新辅助化疗免疫治疗对NSCLC患者肿瘤微环境的影响，并识别与治疗敏感性相关的关键分子、细胞亚群、通讯模式和空间分布	非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、空间转录组测序	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	16个肺癌组织样本（来自12名NSCLC患者）
647	2025-04-13	Putative function and prognostic molecular marker of mast cells in colorectal cancer 2025-Apr-08, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02117-4 PMID:40205370	研究论文	本研究探讨了肥大细胞在结直肠癌(CRC)中的功能及其作为预后分子标志物的潜力	首次系统分析了肥大细胞在CRC发展中的作用及其与恶性细胞的分子通讯，并构建了基于肥大细胞标志物的预后分类模型	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步的体内实验验证	解析肥大细胞在CRC中的功能并开发预后标志物	结直肠癌组织和细胞系	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组测序、qRT-PCR、细胞共培养实验	LASSO回归模型、Cox回归模型	单细胞RNA测序数据、基因表达数据	GSE146771数据集中的10,186个高质量细胞，TCGA-COAD队列数据
648	2025-04-13	Methionine-driven YTHDF1 expression facilitates bladder cancer progression by attenuating RIG-I-modulated immune responses and enhancing the eIF5B-PD-L1 axis 2025-Apr, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01434-y PMID:39672819	研究论文	本研究探讨了甲硫氨酸通过调节YTHDF1表达和eIF5B-PD-L1轴抑制膀胱癌免疫治疗的机制，并提出了一种靶向甲硫氨酸耗竭的治疗策略	揭示了甲硫氨酸通过YTHDF1介导的RIG-I降解和eIF5B-PD-L1轴促进免疫逃逸的双重机制，并开发了局部甲硫氨酸耗竭的治疗方法	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床验证	探究氨基酸代谢对膀胱癌免疫治疗的影响及其分子机制	膀胱癌细胞和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	膀胱癌	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫沉淀、质谱分析、多重免疫荧光检测	MB49小鼠肿瘤模型	RNA测序数据、质谱数据、免疫荧光图像	小鼠模型和膀胱癌免疫治疗患者样本
649	2025-04-13	Age-Dependent Bi-Phasic Dynamics of Ly49+CD8+ Regulatory T Cell Population 2025-Apr, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14461 PMID:39696807	research paper	该研究首次揭示了Ly49+CD8+调节性T细胞群体在衰老过程中的双相动态变化	首次在衰老背景下研究了非冗余的Foxp3-CD8调节性T细胞，并建立了CD8 Tregs与虚拟记忆T细胞的表型区分	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自PBMC的单细胞RNA-seq分析	探究CD8调节性T细胞在衰老过程中的动态变化及其免疫调节作用	小鼠和人类外周血单个核细胞(PBMC)中的CD8调节性T细胞	免疫学	衰老相关免疫疾病	流式细胞术、转录组分析、scRNA-seq	NA	基因表达数据、流式细胞数据	小鼠生命周期样本和人类PBMC scRNA-seq数据集
650	2025-04-13	Nuclear respiratory factor-1 (NRF1) induction as a powerful strategy to deter mitochondrial dysfunction and senescence in mesenchymal stem cells 2025-Apr, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14446 PMID:39720856	研究论文	本研究探讨了核呼吸因子-1（NRF1）过表达对间充质干细胞（MSCs）线粒体功能障碍和衰老的抑制作用	首次提出NRF1过表达可通过增强线粒体功能来延缓MSCs衰老，为基于MSCs的再生疗法提供了新策略	研究主要基于体外实验，尚未在动物模型或临床环境中验证其效果	探索NRF1过表达对MSCs衰老的抑制作用及其潜在机制	间充质干细胞（MSCs）	细胞生物学	衰老相关疾病	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
651	2025-04-13	Therapeutic Black Phosphorus Nanosheets Elicit Neutrophil Response for Enhanced Tumor Suppression 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414779 PMID:39840467	research paper	研究探讨了聚乙二醇功能化的黑磷纳米片（BP-PEG）在乳腺癌模型中的免疫调节作用及其抗肿瘤效果	发现BP-PEG通过重塑肿瘤免疫微环境，特别是通过招募和激活中性粒细胞来抑制肿瘤生长和转移，这一机制此前未被充分探索	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索黑磷纳米片在癌症治疗中的免疫调节作用及其潜在应用	乳腺癌模型（4T1原位BALB/c小鼠和MMTV-PyMT转基因小鼠）	癌症免疫治疗	乳腺癌	质谱流式细胞分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序	小鼠模型	生物分子数据、细胞数据	免疫活性小鼠模型（具体数量未明确说明）
652	2025-04-13	Human Pituitary Organoids: Transcriptional Landscape Deciphered by scRNA-Seq and Stereo-Seq, with Insights into SOX3's Role in Pituitary Development 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414230 PMID:39951008	研究论文	本研究通过优化培养条件和应用scRNA-seq和Stereo-seq技术，揭示了人类垂体类器官的细胞组成、细胞间相互作用和空间分布，并探讨了SOX3基因在垂体发育中的作用	首次在垂体类器官中应用scRNA-seq和Stereo-seq技术，揭示了其转录组景观和空间信息，并发现SOX3基因干扰会影响iPSCs向垂体类器官的分化	该技术仍处于起步阶段，对于垂体类器官的细胞组成和相互作用的理解仍有不确定性	研究人类垂体类器官的细胞组成、细胞间相互作用和空间分布，并探索SOX3基因在垂体发育中的作用	人类垂体类器官	数字病理学	垂体疾病	scRNA-seq, Stereo-seq	3D类器官模型	转录组数据	NA
653	2025-04-12	Differential expression of endothelial derived galectins in response to shear stress 2025-Apr-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114521 PMID:40107440	研究论文	研究探讨了剪切应力对内皮细胞中半乳糖凝集素表达的调控作用及其在血管疾病中的潜在治疗意义	首次揭示了剪切应力对内皮细胞半乳糖凝集素表达的调控机制，并发现不同剪切应力环境下半乳糖凝集素表达的变化	研究主要基于体外细胞实验和公开数据集，缺乏更多体内实验验证	探究剪切应力对内皮细胞半乳糖凝集素表达的调控及其在血管疾病中的作用	人脐静脉内皮细胞(HUVEC)和人动脉内皮细胞(HAEC)	血管生物学	心血管疾病	qPCR、免疫荧光成像、ELISA、scRNAseq	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	公开数据集及培养的内皮细胞样本
654	2025-04-12	GOLM1 Promotes Atherogenesis by Activating Macrophage EGFR-ERK Signaling Cascade 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325880 PMID:40026146	研究论文	本研究探讨了GOLM1在动脉粥样硬化中的作用及其机制	揭示了GOLM1通过激活巨噬细胞EGFR-ERK信号通路促进动脉粥样硬化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究GOLM1在动脉粥样硬化中的功能及治疗潜力	动脉粥样硬化患者和小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	免疫染色、ELISA、单细胞测序分析、全局磷酸化蛋白质组学分析	Apoe-/-小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	人类动脉粥样硬化病变基因表达数据集和小鼠模型
655	2025-04-12	March2 Alleviates Aortic Aneurysm/Dissection by Regulating PKM2 Polymerization 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325049 PMID:40079144	research paper	该研究揭示了E3泛素连接酶March2通过调节PKM2聚合来缓解主动脉瘤/夹层(AAD)的机制	首次发现March2通过促进PKM2的K33连接多聚泛素化来抑制血管平滑肌细胞凋亡，从而缓解AAD	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究March2在主动脉瘤/夹层(AAD)中的保护作用机制	人类AAD组织样本和基因工程小鼠模型	心血管疾病	主动脉瘤/夹层	单细胞RNA测序、CUT&Tag、qPCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类AAD组织样本和多种基因工程小鼠
656	2025-04-12	Multimodal glioma immunotherapy combining TLR9-targeted STAT3 antisense oligodeoxynucleotides with PD1 immune checkpoint blockade 2025-Apr-11, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf099 PMID:40214214	研究论文	该研究描述了一种新型的双链STAT3反义寡核苷酸（CpG-STAT3dsASO），用于靶向人类/小鼠胶质瘤细胞和GAMs，但不影响T细胞，结合PD1免疫检查点阻断治疗胶质母细胞瘤	开发了一种新型的双链STAT3反义寡核苷酸，选择性靶向胶质瘤细胞和GAMs，避免了单链寡核苷酸的神经毒性，并与PD1阻断联合治疗显著提高了治疗效果	CpG-STAT3dsASO单药治疗未能达到治愈效果，仅招募了数量有限且大多耗竭的效应CD8+ T细胞	探索胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法，克服其治疗抵抗性	人类U251胶质母细胞瘤异种移植模型、小鼠GL261和神经细胞来源的QPP8胶质瘤模型	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	STAT3反义寡核苷酸技术、PD1免疫检查点阻断、空间转录组学	NA	NA	免疫正常或免疫缺陷小鼠
657	2025-04-12	Lost in translation: conserved amino acid usage despite extreme codon bias in foraminifera 2025-Apr-09, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03916-24 PMID:40042280	研究论文	通过单细胞转录组学和系统基因组学方法，探讨了有孔虫的密码子使用模式，揭示了在极端GC压力下氨基酸使用的保守性	在有孔虫这一古老且多样化的微真核生物类群中，发现了极端变异的核苷酸组成与高度保守的氨基酸使用模式之间的悖论	研究对象主要限于不可培养的有孔虫类群，可能无法完全代表其他真核生物的进化模式	探索真核生物基因组进化模式，特别是密码子使用与氨基酸选择之间的权衡关系	有孔虫（Foraminifera）这一单细胞真核生物类群	基因组学	NA	单细胞转录组学、系统基因组学	NA	转录组数据	49个个体（代表28个属）的1,044个基因家族数据
658	2025-04-12	Generation of induced alveolar assembloids with functional alveolar-like macrophages 2025-Apr-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58450-w PMID:40199883	research paper	开发了一种结合人类多能干细胞衍生的肺泡上皮类器官和诱导巨噬细胞的共培养系统，创建了功能性诱导肺泡组装体	首次创建了功能性诱导肺泡组装体，用于研究人类肺部发育、免疫和疾病	未提及具体的样本量或实验重复次数，可能影响结果的普遍性	研究肺泡上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用及其在肺部健康和疾病中的作用	人类多能干细胞衍生的肺泡上皮类器官和诱导巨噬细胞	digital pathology	lung cancer	single-cell RNA sequencing	organoids	RNA-seq	NA
659	2025-04-12	Single-cell atlas of endothelial and mural cells across primary and metastatic brain tumors 2025-Apr-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.022 PMID:40107274	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分析，全面分析了非肿瘤脑组织、IDH突变低级别胶质瘤、IDH野生型高级别胶质母细胞瘤（GBMs）以及来自不同原发肿瘤的脑转移瘤（BrMs）中两种主要的血脑屏障细胞类型：内皮细胞和周细胞	揭示了GBMs和BrMs中肿瘤血管系统的显著差异，特别是BrM血管显示出更高的通透性和与不同免疫细胞群更广泛的相互作用	研究主要集中在内皮细胞和周细胞，可能忽略了其他血管相关细胞类型的作用	理解脑肿瘤特异性血管特征，为开发针对血管和免疫的疗法提供基础	非肿瘤脑组织、IDH突变低级别胶质瘤、IDH野生型高级别胶质母细胞瘤（GBMs）和脑转移瘤（BrMs）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、空间分析	NA	RNA测序数据	多种脑肿瘤样本（具体数量未明确说明）
660	2025-04-12	Lipid metabolism analysis reveals that DGAT1 regulates Th17 survival by controlling lipid peroxidation in uveitis 2025-Apr-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184072 PMID:40197365	研究论文	本研究通过分析实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)小鼠的scRNA-Seq数据，揭示了DGAT1通过调控脂质过氧化影响Th17细胞存活的机制	首次发现DGAT1通过控制脂质过氧化调节Th17细胞存活，并验证其在人类VKH疾病中的作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步人体临床试验验证	阐明Th17细胞存活的调控机制，探索葡萄膜炎治疗新靶点	实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)小鼠和VKH患者的CD4+ T细胞	免疫代谢	葡萄膜炎	scRNA-Seq	NA	RNA测序数据	EAU小鼠和VKH患者的CD4+ T细胞