单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2024-12-21	Correction to: The pathogenesis of endometriosis and adenomyosis: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Apr-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae184 PMID:39701072	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
622	2025-04-16	Single-cell and spatial transcriptomics reveals the key role of MCAM+ tip-like endothelial cells in osteosarcoma metastasis 2025-Apr-13, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00896-8 PMID:40221534	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学揭示了MCAM阳性的尖端样内皮细胞在骨肉瘤转移中的关键作用	首次构建了骨肉瘤内皮细胞的单细胞图谱，并发现MCAM在尖端样内皮细胞中高表达，可能促进骨肉瘤转移	研究主要基于转录组数据，需要更多实验验证MCAM的具体作用机制	探究尖端样内皮细胞在骨肉瘤转移中的作用及其潜在治疗靶点	骨肉瘤患者的内皮细胞	digital pathology	osteosarcoma	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics, qRT-PCR, tube formation, immunofluorescence	NA	transcriptomic data, spatial transcriptomic data	骨肉瘤原发肿瘤和转移灶样本，以及正常淋巴结样本
623	2025-04-16	ITGB2 and ICAM3 predict increased survival of sepsis with decreased intercellular communication in cytotoxic CD8+ T cells 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93685-z PMID:40221459	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据识别与脓毒症免疫相关的关键基因，并验证其在脓毒症小鼠模型中的表达水平	发现ITGB2、SELL和ICAM3基因的低表达与脓毒症患者CD8+ T细胞的细胞间通讯减少及生存率降低相关，这些基因可能作为改善脓毒症预后的潜在治疗靶点	研究结果基于小鼠模型验证，尚未在人体临床试验中得到证实	识别与脓毒症免疫相关的关键基因并探索其作为治疗靶点的潜力	脓毒症患者的CD8+ T细胞	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因集富集分析(GSEA), KEGG分析	NA	基因表达数据	GSE167363和GSE54514数据集，以及CLP诱导的脓毒症小鼠模型
624	2025-04-16	Single-cell RNA sequencing characterization of Holstein cattle blood and milk immune cells during a chronic Staphylococcus aureus mastitis infection 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96657-5 PMID:40221598	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了荷斯坦奶牛在慢性金黄色葡萄球菌乳腺炎感染期间血液和乳汁免疫细胞的特性	首次使用scRNA-seq技术对慢性乳腺炎感染期间的免疫细胞群进行详细表征，并揭示了乳腺局部免疫反应中粒细胞的特异性基因特征	研究仅涉及三头荷斯坦奶牛，样本量较小	探究慢性金黄色葡萄球菌乳腺炎感染期间免疫反应的细胞和分子特征	荷斯坦奶牛的血液和乳汁免疫细胞	生物信息学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	RNA序列数据	3头荷斯坦奶牛
625	2025-04-16	Single Molecule Fluorescence In Situ Hybridization Using RNAscope to Study Hematopoietic and Vascular Interactions in the Zebrafish Embryo and Larva 2025-Apr-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5269 PMID:40224667	研究论文	本文介绍了一种优化的RNAscope技术协议，用于在斑马鱼胚胎和幼虫阶段通过单分子荧光原位杂交研究造血和血管相互作用	优化的RNAscope技术协议提高了mRNA检测的灵敏度和空间分辨率，特别是在深层组织中的检测能力	研究仅限于斑马鱼模型，可能不完全适用于其他脊椎动物	理解造血干细胞前体如何从血管中产生并定植于发育和成体中的特定生态位	斑马鱼胚胎和幼虫阶段的造血干细胞前体及其生态位	发育生物学	NA	RNAscope技术，荧光共聚焦显微镜	NA	mRNA原位杂交图像	斑马鱼胚胎和幼虫
626	2025-04-16	TET3 is expressed in prostate cancer tumor-associated macrophages and is associated with anti-androgen resistance 2025-Apr, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03708-w PMID:39240303	研究论文	本研究探讨了TET3在前列腺癌中的表达及其对抗雄激素治疗（ADT）效果的影响	首次发现TET3在前列腺癌相关巨噬细胞（TAMs）中的表达与ADT疗效相关，并可能成为协调ADT的潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	研究TET3在前列腺癌中的表达及其对抗雄激素治疗（ADT）效果的影响	前列腺癌组织和正常前列腺组织	肿瘤免疫学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）、CIBERSORT算法、伪时间分析	NA	基因表达数据	1965例前列腺癌病例和493例正常前列腺组织，以及497例前列腺癌的肿瘤浸润免疫细胞分析，21,292个单细胞RNA测序数据
627	2025-04-16	ApoE ε4-dependent Alteration of CXCR3 + CD127+ CD4+ T cells associates with elevated plasma neurofilament light chain in Alzheimer's disease 2025-Apr, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251320123 PMID:40112322	research paper	该研究通过单细胞质谱流式技术分析了阿尔茨海默病（AD）患者外周血中适应性免疫细胞的组成，并探讨了其与神经炎症的关系	揭示了外周血中促炎性CXCR3+CD127+ Th1细胞与神经丝轻链蛋白水平的负相关性，且这种相关性依赖于ApoE ε4基因型	研究样本量未明确说明，且机制研究有待深入	探究AD患者外周血适应性免疫细胞组成特征及其与神经炎症的关联	阿尔茨海默病患者的外周血单个核细胞（PBMCs）和脑脊液（CSF）样本	免疫学	阿尔茨海默病	单细胞质谱流式技术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞蛋白质组数据、单细胞转录组数据	NA
628	2025-04-16	Large Peritoneal Macrophages Play No Role in the Pathogenesis of Postoperative Ileus Induced by Intestinal Manipulation 2025-Apr, Neurogastroenterology and motility IF:3.5Q2 DOI:10.1111/nmo.14997 PMID:39777769	research paper	该研究探讨了大腹膜巨噬细胞（LPMs）在术后肠梗阻（POI）发病机制中的作用	通过单细胞RNA测序和LPMs耗竭实验，首次证明LPMs不参与POI的发病过程	研究仅关注了POI的早期阶段，未涉及长期影响	阐明POI的发病机制，特别是LPMs在其中的作用	大腹膜巨噬细胞（LPMs）和术后肠梗阻（POI）	免疫学	术后肠梗阻	scRNA-seq, 流式细胞术, qPCR, 免疫荧光	NA	基因表达数据, 细胞图像	实验动物模型
629	2025-04-15	Discovering genetically-supported drug targets for multisite chronic pain through multi-omics Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing 2025-Apr-19, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.02.038 PMID:39993665	研究论文	通过多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，发现多部位慢性疼痛的基因支持药物靶点	结合多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，首次鉴定出KLC1和LANCL1作为多部位慢性疼痛的潜在药物靶点，并揭示了其作用机制	研究主要基于UK Biobank的数据，可能受到样本来源和数量的限制	发现多部位慢性疼痛的基因支持药物靶点	多部位慢性疼痛(MCP)患者	生物信息学	慢性疼痛	多组学孟德尔随机化、单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析	孟德尔随机化、贝叶斯共定位、转录组关联研究(TWAS)	基因表达数据、蛋白质丰度数据、单细胞测序数据	UK Biobank的汇总数据
630	2025-04-15	Identification of a Novel Mitochondrial-Related Gene Signature for BMSCs in Osteoporosis Combining Single-Cell and Bulk Transcriptome Data 2025-Apr-13, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11099-y PMID:40221950	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征	结合单细胞和批量转录组数据，首次识别出与骨质疏松症相关的线粒体基因特征，并发现DUT基因在其中的关键作用	研究样本量有限，且仅针对骨髓间充质干细胞进行研究	识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征	骨质疏松症患者和健康个体的骨髓间充质干细胞	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序、批量转录组测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光	LASSO logistic回归、随机森林算法	转录组数据	GSE147287和GSE35956数据集中的样本
631	2025-04-15	Identification of the disulfidptosis-related key gene CD2AP as a potential biomarker and new therapeutic target for LUAD patients by comprehensive multi-omics analysis 2025-Apr-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02308-6 PMID:40214854	research paper	该研究通过多组学分析探讨了CD2AP在肺腺癌（LUAD）中的功能及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	首次将CD2AP与新型细胞死亡机制disulfidptosis联系起来，并系统评估了其在LUAD中的临床意义及对肿瘤免疫微环境和药物敏感性的影响	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证和前瞻性临床研究数据	探索CD2AP在肺腺癌中的作用机制及其临床转化价值	肺腺癌患者样本及相关公共数据库数据	digital pathology	lung cancer	多组学分析（转录组学、甲基化分析、免疫浸润分析、空间转录组学）	NA	omics数据、临床数据	TCGA、GEO等公共数据库中的LUAD患者样本
632	2025-04-15	Integrated single cell and bulk RNA sequencing analyses reveal the impact of tryptophan metabolism on prognosis and immunotherapy in colon cancer 2025-Apr-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85893-4 PMID:40216815	research paper	该研究通过单细胞和批量RNA测序分析，揭示了色氨酸代谢对结肠癌预后和免疫治疗的影响	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建色氨酸代谢风险评分模型，并评估其对免疫治疗反应的预测价值	研究结果需要进一步在更大规模的前瞻性队列中进行验证	分析色氨酸代谢特征对结肠癌预后和免疫治疗反应的影响	结肠癌患者	digital pathology	colon cancer	RNA-seq, single-cell RNA sequencing	random forest	RNA sequencing data	473个肿瘤样本和41个正常组织样本（TCGA训练队列），902名癌症患者（多个GEO数据集验证队列）
633	2025-04-15	Spatiotemporal transcriptomics reveals key gene regulation for grain yield and quality in wheat 2025-Apr-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03569-8 PMID:40217326	research paper	该研究通过时空转录组学揭示了小麦籽粒发育和品质调控的关键基因	首次在小麦籽粒早期发育阶段进行空间转录组学研究，鉴定出192个标记基因和关键转录因子TaABI3-B1	研究仅覆盖了授粉后4至12天的早期发育阶段，未涵盖整个籽粒发育过程	解析小麦籽粒发育和品质形成的分子调控机制	小麦籽粒早期发育阶段的细胞类型和基因表达	植物分子生物学	NA	空间转录组学，WGCNA分析	NA	转录组数据	授粉后4至12天的小麦籽粒样本
634	2025-04-15	The crucial role of neutrophil extracellular traps and IL-17 signaling in indomethacin-induced gastric injury in mice 2025-Apr-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95880-4 PMID:40204883	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）和IL-17信号在吲哚美辛诱导的小鼠胃损伤中的关键作用	揭示了NETs形成在吲哚美辛诱导胃损伤中的关键作用，并发现IL-17信号可能是NETs形成的关键细胞内机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究吲哚美辛诱导胃损伤的分子机制	小鼠胃黏膜损伤模型	病理学	胃溃疡	蛋白质组学分析、ELISA、免疫荧光、TEM、Western blot、实时PCR、scRNA-seq	小鼠胃损伤模型	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	未明确说明小鼠数量，但涉及体外实验使用200µL、400µL和600µL吲哚美辛处理
635	2025-04-15	Development of a fully human glioblastoma-in-brain-spheroid model for accelerated translational research 2025-Apr-04, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.055 PMID:40188875	研究论文	开发了一种全人源胶质母细胞瘤-脑球体模型hGliCS，用于加速转化研究	结合患者来源的GBM细胞和诱导多能干细胞来源的成熟人类皮质神经元，克服了现有模型系统的关键限制	NA	研究胶质母细胞瘤生物学和肿瘤-神经元相互作用	胶质母细胞瘤细胞和人类皮质神经元	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	hGliCS模型	基因表达数据	NA
636	2025-04-15	Identification of BHLHE40-Expressing CD4+ T Cells Producing GM-CSF in Rheumatoid Arthritis 2025-Apr, International journal of rheumatic diseases IF:2.4Q2 DOI:10.1111/1756-185X.70219 PMID:40223427	research paper	该研究探讨了BHLHE40和CSF2在类风湿性关节炎(RA)患者CD4+ T细胞中的表达及其与疾病的关系	首次在IL-1富集的炎症部位研究了BHLHE40和CSF2在CD4+ T细胞中的表达，并发现这些基因在RA患者滑膜液中的表达显著增加	研究主要依赖于已有的公开数据库数据，缺乏实验验证	研究BHLHE40和CSF2基因在RA发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者和健康对照者的外周血和滑膜液中的CD4+ T细胞	免疫学	类风湿性关节炎	scRNA-seq, RNA-seq, 微阵列数据分析	NA	基因表达数据	来自RA患者和健康对照者的外周血和滑膜液样本
637	2025-04-14	Shuanglu tongnao formula alleviates cerebral ischemia/reperfusion injury by rebuilding inflammatory microenvironment after cerebral ischemia 2025-Apr-25, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.119640 PMID:40107474	research paper	研究双鹿通脑方通过重建脑缺血后炎症微环境减轻脑缺血/再灌注损伤的机制	首次结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，在体内验证双鹿通脑方通过逆转促炎微环境减轻脑缺血/再灌注损伤	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究双鹿通脑方治疗缺血性脑卒中的分子机制	脑缺血/再灌注损伤小鼠模型	药理学	缺血性脑卒中	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 网络药理学, Western blot, 免疫荧光技术	小鼠大脑中动脉闭塞(MCAO)模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
638	2025-04-14	Relationship between retinol metabolism and hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis of Mendelian randomization, prognostic characteristic and experiment 2025-Apr-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02295-8 PMID:40210831	研究论文	本研究通过孟德尔随机化、预后模型和实验验证，阐明了视黄醇代谢在肝细胞癌（HCC）中的特征及其与HCC发生发展的关系	首次综合运用孟德尔随机化、多种机器学习方法和体外细胞实验验证，揭示了视黄醇代谢活性降低与HCC发生的因果关系，并发现RDH16基因及其上游调控miR-665在HCC中的重要作用	研究主要基于公共数据库和体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证和更大规模的临床样本验证	阐明视黄醇代谢与肝细胞癌发生发展的关系，探索潜在治疗靶点	肝细胞癌（HCC）相关转录组数据、细胞系和临床样本	生物信息学与肿瘤学	肝细胞癌	转录组分析、孟德尔随机化分析、机器学习（差异基因表达分析、功能富集分析、蛋白互作网络分析、ceRNA调控网络分析、单细胞测序分析）、Lasso回归、Cox回归分析、体外细胞实验	多种机器学习方法（未明确指定单一模型）	转录组数据、单细胞测序数据、实验数据	TCGA和GEO数据库中的HCC相关数据，未明确样本数量；体外实验使用了细胞系和临床样本
639	2025-04-14	Natural variation in a cortex/epidermis-specific transcription factor bZIP89 determines lateral root development and drought resilience in maize 2025-Apr-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt1113 PMID:40215297	研究论文	该研究通过整合转录组关联研究和单细胞RNA测序数据，发现ZmbZIP89转录因子在玉米侧根发育和干旱抗性中的关键作用	首次揭示了bZIP89转录因子在玉米侧根伸长和干旱抗性中的调控机制，并发现其3'非翻译区的自然变异通过增加mRNA稳定性来增强基因表达	研究主要聚焦于玉米，结果在其他作物中的普适性尚未验证	探究作物侧根发育的转录调控机制及其在胁迫抗性中的作用	玉米侧根发育和干旱抗性	植物分子生物学	NA	转录组关联研究，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
640	2025-04-14	Identification and validation of pyroptosis patterns in AML via comprehensive bioinformatics analysis 2025-Apr-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02298-5 PMID:40208371	research paper	通过综合生物信息学分析识别和验证AML中的细胞焦亡模式	首次在AML中识别出两种细胞焦亡模式，并揭示了其与免疫微环境、其他细胞死亡途径以及基因组改变的潜在联系	样本量相对较小，且主要依赖于公共数据库的数据	研究细胞焦亡在急性髓系白血病（AML）中的临床相关性及其潜在机制	新诊断的AML患者和健康对照	生物信息学	急性髓系白血病	生物信息学分析、单细胞RNA测序	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	TCGA数据集151例AML患者，GTEx数据集386例健康对照，GSE10358数据集91例独立验证样本，GSE116256单细胞RNA测序数据15例样本