本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing characterization of Holstein cattle blood and milk immune cells during a chronic Staphylococcus aureus mastitis infection
2025-Apr-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-96657-5
PMID:40221598
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析荷斯坦奶牛在慢性金黄色葡萄球菌乳腺炎感染期间血液和乳汁免疫细胞的特征 | 首次使用单细胞RNA测序技术同时分析乳腺炎感染期间血液和乳汁中的免疫细胞,揭示了乳腺局部特异性粒细胞簇及其基因特征 | 研究仅涉及三头中期泌乳荷斯坦奶牛,样本量较小 | 研究慢性金黄色葡萄球菌乳腺炎感染期间免疫反应的细胞和分子特征 | 荷斯坦奶牛的血液和乳汁免疫细胞 | 单细胞组学 | 乳腺炎 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 3头中期泌乳荷斯坦奶牛 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 602 | 2025-10-07 |
Single Molecule Fluorescence In Situ Hybridization Using RNAscope to Study Hematopoietic and Vascular Interactions in the Zebrafish Embryo and Larva
2025-Apr-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5269
PMID:40224667
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用RNAscope技术优化单分子荧光原位杂交方案,用于研究斑马鱼胚胎和幼体阶段造血干细胞前体与血管的相互作用 | 优化了RNAscope技术在斑马鱼模型中的应用,提高了mRNA检测的灵敏度和空间分辨率,能够可视化深埋在内部器官中的造血生态位 | 主要局限在于技术方法专注于斑马鱼模型,可能在其他物种中的适用性需要进一步验证 | 研究造血干细胞前体如何从血管中出现并在发育生态位中定植的过程 | 斑马鱼胚胎和幼体阶段的造血干细胞前体及其血管生态位 | 空间转录组学 | NA | 单分子荧光原位杂交,RNAscope技术,荧光共聚焦显微镜 | NA | mRNA表达数据,荧光图像 | 斑马鱼胚胎和幼体 | Advanced Cell Diagnostics | 单分子荧光原位杂交,空间转录组学 | RNAscope | RNAscope技术结合高灵敏度mRNA检测和高分辨率荧光共聚焦成像 |
| 603 | 2025-10-07 |
TET3 is expressed in prostate cancer tumor-associated macrophages and is associated with anti-androgen resistance
2025-Apr, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-024-03708-w
PMID:39240303
|
研究论文 | 本研究探讨TET3在前列腺癌肿瘤相关巨噬细胞中的表达及其对抗雄激素治疗疗效的影响 | 首次发现TET3在前列腺癌肿瘤相关巨噬细胞中特异性表达,并揭示其与抗雄激素治疗敏感性的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证机制 | 研究TET3在前列腺癌中的表达特征及其对抗雄激素治疗疗效的影响 | 前列腺癌组织和肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, CIBERSORT算法, 伪时间分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 1965例前列腺癌病例, 493例正常前列腺组织, 21292个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 604 | 2025-10-07 |
ApoE ε4-dependent Alteration of CXCR3 + CD127+ CD4+ T cells associates with elevated plasma neurofilament light chain in Alzheimer's disease
2025-Apr, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877251320123
PMID:40112322
|
研究论文 | 本研究通过单细胞质谱流式技术揭示了阿尔茨海默病患者外周血中CXCR3+CD127+ Th1细胞与神经丝轻链蛋白的负相关性 | 首次发现CXCR3+CD127+ Th1细胞与神经丝轻链的关联具有ApoE ε4依赖性,并揭示了该细胞群在脑脊液与外周血中的差异分布 | 样本量有限,机制研究不够深入,需要进一步验证 | 表征阿尔茨海默病患者外周血适应性免疫细胞组成 | 阿尔茨海默病患者和健康对照的外周血单个核细胞及血浆样本 | 免疫学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞质谱流式技术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质浓度数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞质谱流式, 单细胞RNA测序 | CyTOF | 质谱流式细胞技术分析外周血单个核细胞 |
| 605 | 2025-10-07 |
Large Peritoneal Macrophages Play No Role in the Pathogenesis of Postoperative Ileus Induced by Intestinal Manipulation
2025-Apr, Neurogastroenterology and motility
IF:3.5Q2
DOI:10.1111/nmo.14997
PMID:39777769
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和细胞迁移实验证明大腹膜巨噬细胞在术后肠梗阻发病机制中不起作用 | 首次通过单细胞测序和细胞特异性清除技术明确排除了大腹膜巨噬细胞在术后肠梗阻中的作用 | 研究仅关注早期POI阶段,未探讨长期效应或其他潜在机制 | 探究大腹膜巨噬细胞在术后肠梗阻发病机制中的作用 | 小鼠肠道操作模型中的免疫细胞 | 免疫学 | 术后肠梗阻 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, qPCR, 免疫荧光, 细胞过继转移 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 606 | 2025-10-07 |
Discovering genetically-supported drug targets for multisite chronic pain through multi-omics Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing
2025-Apr-19, Neuroscience
IF:2.9Q2
|
研究论文 | 通过多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序发现多部位慢性疼痛的遗传支持药物靶点 | 首次结合多组学孟德尔随机化与单细胞RNA测序识别多部位慢性疼痛的药物靶点 | 研究主要基于UK Biobank的汇总数据,缺乏实验验证 | 识别多部位慢性疼痛的潜在治疗靶点 | 多部位慢性疼痛患者 | 生物信息学 | 慢性疼痛 | 多组学孟德尔随机化,单细胞RNA测序,贝叶斯共定位,蛋白互作分析 | 孟德尔随机化,贝叶斯模型 | 基因表达数据,蛋白质丰度数据,单细胞测序数据 | UK Biobank数据库样本 | NA | 单细胞RNA测序,转录组关联研究 | NA | NA |
| 607 | 2025-10-07 |
Identification of the disulfidptosis-related key gene CD2AP as a potential biomarker and new therapeutic target for LUAD patients by comprehensive multi-omics analysis
2025-Apr-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02308-6
PMID:40214854
|
研究论文 | 通过多组学分析鉴定双硫死亡相关关键基因CD2AP作为肺腺癌患者的潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次将双硫死亡机制与CD2AP基因在肺腺癌中的功能联系起来,并系统评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探索CD2AP在肺腺癌中的功能及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 转录组学、甲基化分析、免疫浸润分析、空间转录组学 | Kaplan-Meier生存分析、富集分析 | 基因组数据、转录组数据、临床数据 | TCGA、GEO等公共数据库中的肺腺癌样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 608 | 2025-10-07 |
Integrated single cell and bulk RNA sequencing analyses reveal the impact of tryptophan metabolism on prognosis and immunotherapy in colon cancer
2025-Apr-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85893-4
PMID:40216815
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析,揭示了色氨酸代谢对结肠癌预后和免疫治疗的影响 | 首次结合单细胞和批量RNA测序系统分析色氨酸代谢在结肠癌中的作用,并构建了色氨酸代谢风险评分模型 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 分析结肠癌中色氨酸代谢特征并预测免疫治疗反应 | 结肠癌患者 | 生物信息学 | 结肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 随机森林算法 | 基因表达数据 | 训练队列473个肿瘤和41个正常组织,验证队列902名癌症患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 609 | 2025-10-07 |
The crucial role of neutrophil extracellular traps and IL-17 signaling in indomethacin-induced gastric injury in mice
2025-Apr-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-95880-4
PMID:40204883
|
研究论文 | 本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网和IL-17信号通路在吲哚美辛诱导的小鼠胃损伤中的关键作用 | 首次通过蛋白质组学和单细胞RNA测序揭示IL-17信号通路是NETs形成的关键细胞内机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 阐明吲哚美辛诱导胃损伤的分子机制 | 小鼠胃组织、外周血中性粒细胞、胃上皮细胞系 | 分子生物学 | 胃损伤 | 蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、ELISA、免疫荧光、Western blot、实时PCR、透射电镜 | NA | 蛋白质组数据、单细胞转录组数据、图像数据 | 小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 610 | 2025-10-07 |
Identification of BHLHE40-Expressing CD4+ T Cells Producing GM-CSF in Rheumatoid Arthritis
2025-Apr, International journal of rheumatic diseases
IF:2.4Q2
DOI:10.1111/1756-185X.70219
PMID:40223427
|
研究论文 | 本研究分析了类风湿关节炎患者CD4+ T细胞中BHLHE40和CSF2基因的表达特征 | 首次在IL-1富集的炎症部位揭示了BHLHE40表达与GM-CSF产生的CD4+ T细胞在类风湿关节炎中的关联 | 研究基于已有数据库的二次分析,缺乏实验验证 | 探究BHLHE40和CSF2基因在类风湿关节炎CD4+ T细胞中的表达关系 | 类风湿关节炎患者和健康对照者的外周血和滑膜液CD4+ T细胞 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 微阵列 | NA | 基因表达数据 | 来自公共数据库的类风湿关节炎患者和健康对照者样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
| 611 | 2025-10-07 |
Shuanglu tongnao formula alleviates cerebral ischemia/reperfusion injury by rebuilding inflammatory microenvironment after cerebral ischemia
2025-Apr-25, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.119640
PMID:40107474
|
研究论文 | 本研究探讨双鹿通脑方通过AGE-RAGE信号通路逆转促炎微环境缓解脑缺血/再灌注损伤的机制 | 首次结合网络药理学和单细胞RNA测序技术,在体内验证双鹿通脑方通过调控小胶质细胞极化逆转促炎微环境的作用机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体验证;机制研究主要聚焦AGE-RAGE信号通路,可能存在其他未发现的通路 | 探究双鹿通脑方缓解脑缺血/再灌注损伤的作用机制 | 大脑中动脉闭塞模型小鼠 | 生物医学研究 | 脑缺血/再灌注损伤 | 单细胞RNA测序, 网络药理学, 蛋白质印迹, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 612 | 2025-10-07 |
Relationship between retinol metabolism and hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis of Mendelian randomization, prognostic characteristic and experiment
2025-Apr-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02295-8
PMID:40210831
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化、预后模型和实验验证综合分析视黄醇代谢与肝细胞癌的关系 | 首次整合孟德尔随机化分析、预后模型构建和体外实验验证,系统阐明视黄醇代谢活性降低与肝细胞癌发生的因果关系 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,需要更多临床样本和体内实验验证 | 阐明视黄醇代谢在肝细胞癌发生发展中的特征和作用机制 | 肝细胞癌患者转录组数据、细胞系和临床样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 转录组测序、单细胞测序、机器学习、体外细胞实验 | Lasso回归、Cox回归、多种机器学习方法 | 转录组数据、基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌数据 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 613 | 2025-10-07 |
Natural variation in a cortex/epidermis-specific transcription factor bZIP89 determines lateral root development and drought resilience in maize
2025-Apr-11, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt1113
PMID:40215297
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组关联分析和单细胞RNA测序,鉴定出玉米皮层/表皮特异性转录因子ZmbZIP89调控侧根发育和干旱抗性的分子机制 | 首次发现bZIP89转录因子通过调控活性氧稳态影响侧根伸长,并鉴定其3'UTR自然变异通过增强mRNA稳定性提高基因表达和干旱耐受性 | 研究主要聚焦于玉米,在其他作物中的保守性和功能有待验证 | 解析作物侧根发育的转录调控机制及其在胁迫抗性中的作用 | 玉米侧根发育和干旱胁迫响应 | 植物分子生物学 | NA | 转录组关联分析,单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 614 | 2025-10-07 |
Identification and validation of pyroptosis patterns in AML via comprehensive bioinformatics analysis
2025-Apr-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02298-5
PMID:40208371
|
研究论文 | 通过综合生物信息学分析识别和验证急性髓系白血病中的细胞焦亡模式 | 首次在AML中系统分析细胞焦亡模式,发现两种不同预后亚型及其与免疫微环境的关联 | 样本量相对有限,需要进一步实验验证 | 探索细胞焦亡在急性髓系白血病中的临床意义和分子机制 | 急性髓系白血病患者和健康对照 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | RNA测序,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 非负矩阵分解,蛋白质相互作用网络分析 | 基因表达数据 | TCGA队列151例AML患者,GTEx队列386例健康对照,验证队列91例,单细胞队列15例 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 615 | 2025-10-07 |
Machine learning-based prognostic modeling integrating PANoptosis in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Apr-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02310-y
PMID:40208478
|
研究论文 | 本研究整合单细胞测序和机器学习算法,构建了基于PANoptosis的头颈鳞状细胞癌预后模型 | 首次在单细胞水平分析PANoptosis异质性,并采用101种机器学习算法组合构建预后模型 | 需要进一步的实验验证,模型在更广泛临床样本中的适用性有待验证 | 开发头颈鳞状细胞癌的预后预测模型 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 机器学习 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,bulk转录组测序,PCR | StepCox[backward] + RSF | 基因表达数据 | TCGA-HNSCC训练集,GSE41613和GSE65858验证集,另加临床样本PCR验证 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 616 | 2025-10-07 |
Identification of a deubiquitinating gene-related signature in ovarian cancer using integrated transcriptomic analysis and machine learning framework
2025-Apr-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02267-y
PMID:40208475
|
研究论文 | 通过整合转录组分析和机器学习框架,识别卵巢癌中与去泛素化基因相关的预后特征 | 首次在卵巢癌中系统分析DUB基因表达模式,并开发基于机器学习的DUB相关风险特征模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 探索去泛素化基因在卵巢癌肿瘤微环境中的作用并建立预后预测模型 | 卵巢癌患者单细胞和批量转录组数据 | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | 机器学习风险特征模型 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的多队列卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 617 | 2025-10-07 |
Role of METTL16 in PPARγ methylation and osteogenic differentiation
2025-Apr-10, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07527-x
PMID:40210616
|
研究论文 | 本研究探讨METTL16通过调控PPARγ m6A甲基化影响骨髓间充质干细胞成骨分化的机制 | 首次揭示METTL16通过介导PPARγ m6A甲基化促进BMSC铁死亡并抑制成骨分化的新机制 | 研究主要聚焦于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究METTL16在骨质疏松发病机制中的作用 | 骨髓间充质干细胞(BMSCs)和小鼠骨质疏松模型 | 表观遗传学 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, m6A甲基化分析 | 动物模型 | RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 618 | 2025-10-07 |
Modeling the dynamics of EMT reveals genes associated with pan-cancer intermediate states and plasticity
2025-Apr-10, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00512-2
PMID:40210876
|
研究论文 | 通过数学建模研究上皮-间质转化(EMT)动力学,识别与癌症中间状态相关的基因标志物 | 整合数学建模与单细胞RNA测序数据,首次系统识别EMT中间状态的保守基因标志物 | 模型简化了复杂的生物学过程,需要更多实验验证 | 研究EMT动力学过程,识别与癌症转移相关的中间状态基因标志物 | 多种肿瘤类型中的上皮-间质转化过程 | 计算生物学 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序, 贝叶斯参数推断, RNA速度分析 | EMT数学模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多种肿瘤类型和刺激条件下的样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 619 | 2025-10-07 |
A novel mitochondrial quality regulation gene signature for anticipating prognosis, TME, and therapeutic response in LUAD by multi-omics analysis and experimental verification
2025-Apr-10, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03764-4
PMID:40211263
|
研究论文 | 通过多组学分析和实验验证开发了一个线粒体质量调控基因特征用于预测LUAD患者的预后、肿瘤微环境和治疗反应 | 首次构建了基于四个线粒体质量相关基因(STRAP、SHCBP1、PKP2、CRTAC1)的风险模型来预测肺腺癌预后 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步的前瞻性研究验证 | 开发肺腺癌预后预测模型并探索线粒体质量调控基因的作用机制 | 肺腺癌患者和肿瘤组织样本 | 生物信息学 | 肺癌 | 转录组分析, RT-qPCR, 免疫组化, 单细胞测序 | LASSO算法, 多元COX回归, 风险评分模型 | 转录组数据, 临床数据, 单细胞测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 620 | 2025-10-07 |
The glycolytic characteristics of hepatocellular carcinoma and its interaction with the microenvironment: a comprehensive omics study
2025-Apr-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06421-6
PMID:40211257
|
研究论文 | 通过多组学分析识别肝细胞癌中与糖酵解相关的预后标志物及其在肿瘤微环境中的表达特征 | 整合转录组、代谢组、16S rRNA和单细胞测序数据,首次系统揭示肝细胞癌糖酵解特征与免疫细胞亚群浸润的关联 | 样本来源和数量有限,部分发现需要在更大规模队列中验证 | 识别肝细胞癌中糖酵解相关预后标志物和免疫异常 | 肝细胞癌患者癌组织和癌旁组织样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 转录组测序, 代谢组学, 16S rRNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 质谱流式细胞术, 机器学习 | StepCox+随机生存森林 | 基因表达数据, 代谢物数据, 微生物组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 癌组织和癌旁组织样本,整合TCGA、GSE14520、GSE76427和GSE202642公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 质谱流式细胞术, 16S rRNA测序 | NA | NA |