单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-04-17	Female-biased vascular smooth muscle cell gene regulatory networks predict MYH9 as a key regulator of fibrous plaque phenotype 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.28.645955 PMID:40236025	research paper	该研究通过性别特异性基因调控网络分析，揭示了女性血管平滑肌细胞在纤维斑块形成中的分子机制	首次构建了女性偏向的血管平滑肌细胞基因调控网络，并鉴定MYH9为纤维斑块表型的关键调控因子	样本量相对较小（119名男性和32名女性心脏移植供体），且仅分析了冠状动脉和颈动脉斑块	探究动脉粥样硬化斑块性别差异的分子机制	血管平滑肌细胞(VSMC)和动脉粥样硬化斑块	分子生物学	心血管疾病	基因调控网络分析、单细胞RNA测序、贝叶斯网络建模、蛋白质组学分析	贝叶斯网络	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	119名男性和32名女性心脏移植供体的VSMC基因表达数据，以及颈动脉斑块单细胞RNA测序数据
602	2025-04-17	Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in Glioblastoma (GBM) With a 5-Gene CAF-Risk Signature 2025-Apr, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.70158 PMID:40226936	research paper	本研究通过开发和验证一个5基因CAF风险签名，探讨了癌症相关成纤维细胞（CAF）在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用及其与免疫浸润和免疫治疗反应的相关性	首次构建了一个5基因CAF风险签名，用于预测GBM患者的预后和免疫治疗反应，并揭示了CAF在GBM中的潜在作用机制	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏前瞻性临床验证	探究CAF在GBM中的作用及其与免疫治疗反应的关系	胶质母细胞瘤（GBM）患者	digital pathology	glioblastoma	WGCNA, LASSO Cox回归分析, GSEA, ssGSEA, scRNA-seq	5-gene CAF-risk signature	mRNA表达谱和临床数据	来自两个数据库的GBM样本
603	2025-04-17	Single-cell RNA Sequencing Contributes to the Treatment of Acute Myeloid Leukaemia With Hematopoietic Stem Cell Transplantation, Chemotherapy, and Immunotherapy 2025-Apr, Journal of biochemical and molecular toxicology IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jbt.70218 PMID:40233268	research paper	该文章探讨了单细胞RNA测序在急性髓系白血病治疗中的应用，特别是在造血干细胞移植、化疗和免疫治疗中的作用	利用单细胞RNA测序技术识别细胞亚克隆和肿瘤特征，为AML的诊断和治疗提供了新的靶点	未提及具体样本量或实验设计的局限性	提高急性髓系白血病的治疗效果，特别是通过造血干细胞移植、化疗和免疫治疗	急性髓系白血病（AML）患者及其造血干细胞	digital pathology	acute myeloid leukemia	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
604	2025-04-17	Tracing Early Migratory Neurons in the Developing Nose Using Contactin-2 (Cntn2)CreERT2 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.27.645843 PMID:40236046	research paper	该研究通过生成可诱导的Cntn2CreERT2小鼠系，追踪发育中嗅觉系统的早期迁移神经元	利用Cntn2作为分子标记，开发了新的小鼠系来追踪和研究早期迁移神经元	研究中可用的分子标记数量有限，可能限制了更广泛的神经元群体研究	研究发育中嗅觉系统早期迁移神经元的追踪和功能操控	啮齿动物发育中的鼻子早期迁移神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，可诱导CreERT2系统	Cntn2CreERT2小鼠模型	基因表达数据	NA
605	2025-04-17	Loss of Kmt2c / d promotes gastric cancer initiation and confers vulnerability to mTORC1 inhibition and anti-PD1 immunotherapy 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.27.645747 PMID:40236091	研究论文	本研究探讨了Kmt2c/d缺失在胃癌起始中的作用及其对mTORC1抑制和抗PD1免疫治疗的敏感性	揭示了Kmt2c/d缺失在胃癌起始中的关键作用，并提出了针对Kmt2c/d缺失胃癌的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类胃癌中的适用性需要进一步验证	探究Kmt2c/d在胃癌起始中的作用及其治疗潜力	胃癌上皮细胞	癌症研究	胃癌	基因敲除小鼠模型、单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	基因敲除小鼠模型中的胃癌组织
606	2025-04-17	mcDETECT: Decoding 3D Spatial Synaptic Transcriptomes with Subcellular-Resolution Spatial Transcriptomics 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.27.645744 PMID:40236251	研究论文	介绍了一种名为mcDETECT的新框架，用于解码3D空间突触转录组	整合机器学习算法和空间转录组学（iST）与靶向基因面板，研究突触	NA	揭示神经退行性疾病的分子机制	突触	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学（iST）	机器学习算法	3D空间转录组数据	多平台数据（Xenium, Xenium 5K, MERSCOPE, CosMx）
607	2025-04-16	Single-Cell Analyses Reveal a Functionally Heterogeneous Exhausted CD8+ T-cell Subpopulation That Is Correlated with Response to Checkpoint Therapy in Melanoma 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3918 PMID:40042995	research paper	该研究通过单细胞分析揭示了与黑色素瘤检查点治疗反应相关的功能异质性耗竭CD8+ T细胞亚群	发现PD-1和CTLA4共表达的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（CPHi TIL）亚群与免疫治疗反应相关，并揭示该亚群由多种功能不同的T细胞亚群组成	研究主要关注黑色素瘤患者，结果在其他癌症类型中的普适性尚不明确	寻找能够预测免疫检查点抑制剂治疗反应的生物标志物	晚期黑色素瘤患者的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序，bulk RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本量的晚期黑色素瘤患者
608	2024-12-21	Correction to: The pathogenesis of endometriosis and adenomyosis: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Apr-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae184 PMID:39701072	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
609	2025-04-16	Single-cell and spatial transcriptomics reveals the key role of MCAM+ tip-like endothelial cells in osteosarcoma metastasis 2025-Apr-13, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00896-8 PMID:40221534	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学揭示了MCAM阳性的尖端样内皮细胞在骨肉瘤转移中的关键作用	首次构建了骨肉瘤内皮细胞的单细胞图谱，并发现MCAM在尖端样内皮细胞中高表达，可能促进骨肉瘤转移	研究主要基于转录组数据，需要更多实验验证MCAM的具体作用机制	探究尖端样内皮细胞在骨肉瘤转移中的作用及其潜在治疗靶点	骨肉瘤患者的内皮细胞	digital pathology	osteosarcoma	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics, qRT-PCR, tube formation, immunofluorescence	NA	transcriptomic data, spatial transcriptomic data	骨肉瘤原发肿瘤和转移灶样本，以及正常淋巴结样本
610	2025-04-16	ITGB2 and ICAM3 predict increased survival of sepsis with decreased intercellular communication in cytotoxic CD8+ T cells 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93685-z PMID:40221459	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据识别与脓毒症免疫相关的关键基因，并验证其在脓毒症小鼠模型中的表达水平	发现ITGB2、SELL和ICAM3基因的低表达与脓毒症患者CD8+ T细胞的细胞间通讯减少及生存率降低相关，这些基因可能作为改善脓毒症预后的潜在治疗靶点	研究结果基于小鼠模型验证，尚未在人体临床试验中得到证实	识别与脓毒症免疫相关的关键基因并探索其作为治疗靶点的潜力	脓毒症患者的CD8+ T细胞	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因集富集分析(GSEA), KEGG分析	NA	基因表达数据	GSE167363和GSE54514数据集，以及CLP诱导的脓毒症小鼠模型
611	2025-04-16	Single-cell RNA sequencing characterization of Holstein cattle blood and milk immune cells during a chronic Staphylococcus aureus mastitis infection 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96657-5 PMID:40221598	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了荷斯坦奶牛在慢性金黄色葡萄球菌乳腺炎感染期间血液和乳汁免疫细胞的特性	首次使用scRNA-seq技术对慢性乳腺炎感染期间的免疫细胞群进行详细表征，并揭示了乳腺局部免疫反应中粒细胞的特异性基因特征	研究仅涉及三头荷斯坦奶牛，样本量较小	探究慢性金黄色葡萄球菌乳腺炎感染期间免疫反应的细胞和分子特征	荷斯坦奶牛的血液和乳汁免疫细胞	生物信息学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	RNA序列数据	3头荷斯坦奶牛
612	2025-04-16	Single Molecule Fluorescence In Situ Hybridization Using RNAscope to Study Hematopoietic and Vascular Interactions in the Zebrafish Embryo and Larva 2025-Apr-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5269 PMID:40224667	研究论文	本文介绍了一种优化的RNAscope技术协议，用于在斑马鱼胚胎和幼虫阶段通过单分子荧光原位杂交研究造血和血管相互作用	优化的RNAscope技术协议提高了mRNA检测的灵敏度和空间分辨率，特别是在深层组织中的检测能力	研究仅限于斑马鱼模型，可能不完全适用于其他脊椎动物	理解造血干细胞前体如何从血管中产生并定植于发育和成体中的特定生态位	斑马鱼胚胎和幼虫阶段的造血干细胞前体及其生态位	发育生物学	NA	RNAscope技术，荧光共聚焦显微镜	NA	mRNA原位杂交图像	斑马鱼胚胎和幼虫
613	2025-04-16	TET3 is expressed in prostate cancer tumor-associated macrophages and is associated with anti-androgen resistance 2025-Apr, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03708-w PMID:39240303	研究论文	本研究探讨了TET3在前列腺癌中的表达及其对抗雄激素治疗（ADT）效果的影响	首次发现TET3在前列腺癌相关巨噬细胞（TAMs）中的表达与ADT疗效相关，并可能成为协调ADT的潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	研究TET3在前列腺癌中的表达及其对抗雄激素治疗（ADT）效果的影响	前列腺癌组织和正常前列腺组织	肿瘤免疫学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）、CIBERSORT算法、伪时间分析	NA	基因表达数据	1965例前列腺癌病例和493例正常前列腺组织，以及497例前列腺癌的肿瘤浸润免疫细胞分析，21,292个单细胞RNA测序数据
614	2025-04-16	ApoE ε4-dependent Alteration of CXCR3 + CD127+ CD4+ T cells associates with elevated plasma neurofilament light chain in Alzheimer's disease 2025-Apr, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251320123 PMID:40112322	research paper	该研究通过单细胞质谱流式技术分析了阿尔茨海默病（AD）患者外周血中适应性免疫细胞的组成，并探讨了其与神经炎症的关系	揭示了外周血中促炎性CXCR3+CD127+ Th1细胞与神经丝轻链蛋白水平的负相关性，且这种相关性依赖于ApoE ε4基因型	研究样本量未明确说明，且机制研究有待深入	探究AD患者外周血适应性免疫细胞组成特征及其与神经炎症的关联	阿尔茨海默病患者的外周血单个核细胞（PBMCs）和脑脊液（CSF）样本	免疫学	阿尔茨海默病	单细胞质谱流式技术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞蛋白质组数据、单细胞转录组数据	NA
615	2025-04-16	Large Peritoneal Macrophages Play No Role in the Pathogenesis of Postoperative Ileus Induced by Intestinal Manipulation 2025-Apr, Neurogastroenterology and motility IF:3.5Q2 DOI:10.1111/nmo.14997 PMID:39777769	research paper	该研究探讨了大腹膜巨噬细胞（LPMs）在术后肠梗阻（POI）发病机制中的作用	通过单细胞RNA测序和LPMs耗竭实验，首次证明LPMs不参与POI的发病过程	研究仅关注了POI的早期阶段，未涉及长期影响	阐明POI的发病机制，特别是LPMs在其中的作用	大腹膜巨噬细胞（LPMs）和术后肠梗阻（POI）	免疫学	术后肠梗阻	scRNA-seq, 流式细胞术, qPCR, 免疫荧光	NA	基因表达数据, 细胞图像	实验动物模型
616	2025-04-15	Discovering genetically-supported drug targets for multisite chronic pain through multi-omics Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing 2025-Apr-19, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.02.038 PMID:39993665	研究论文	通过多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，发现多部位慢性疼痛的基因支持药物靶点	结合多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，首次鉴定出KLC1和LANCL1作为多部位慢性疼痛的潜在药物靶点，并揭示了其作用机制	研究主要基于UK Biobank的数据，可能受到样本来源和数量的限制	发现多部位慢性疼痛的基因支持药物靶点	多部位慢性疼痛(MCP)患者	生物信息学	慢性疼痛	多组学孟德尔随机化、单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析	孟德尔随机化、贝叶斯共定位、转录组关联研究(TWAS)	基因表达数据、蛋白质丰度数据、单细胞测序数据	UK Biobank的汇总数据
617	2025-04-15	Identification of a Novel Mitochondrial-Related Gene Signature for BMSCs in Osteoporosis Combining Single-Cell and Bulk Transcriptome Data 2025-Apr-13, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11099-y PMID:40221950	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征	结合单细胞和批量转录组数据，首次识别出与骨质疏松症相关的线粒体基因特征，并发现DUT基因在其中的关键作用	研究样本量有限，且仅针对骨髓间充质干细胞进行研究	识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征	骨质疏松症患者和健康个体的骨髓间充质干细胞	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序、批量转录组测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光	LASSO logistic回归、随机森林算法	转录组数据	GSE147287和GSE35956数据集中的样本
618	2025-04-15	Identification of the disulfidptosis-related key gene CD2AP as a potential biomarker and new therapeutic target for LUAD patients by comprehensive multi-omics analysis 2025-Apr-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02308-6 PMID:40214854	research paper	该研究通过多组学分析探讨了CD2AP在肺腺癌（LUAD）中的功能及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	首次将CD2AP与新型细胞死亡机制disulfidptosis联系起来，并系统评估了其在LUAD中的临床意义及对肿瘤免疫微环境和药物敏感性的影响	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证和前瞻性临床研究数据	探索CD2AP在肺腺癌中的作用机制及其临床转化价值	肺腺癌患者样本及相关公共数据库数据	digital pathology	lung cancer	多组学分析（转录组学、甲基化分析、免疫浸润分析、空间转录组学）	NA	omics数据、临床数据	TCGA、GEO等公共数据库中的LUAD患者样本
619	2025-04-15	Integrated single cell and bulk RNA sequencing analyses reveal the impact of tryptophan metabolism on prognosis and immunotherapy in colon cancer 2025-Apr-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85893-4 PMID:40216815	research paper	该研究通过单细胞和批量RNA测序分析，揭示了色氨酸代谢对结肠癌预后和免疫治疗的影响	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建色氨酸代谢风险评分模型，并评估其对免疫治疗反应的预测价值	研究结果需要进一步在更大规模的前瞻性队列中进行验证	分析色氨酸代谢特征对结肠癌预后和免疫治疗反应的影响	结肠癌患者	digital pathology	colon cancer	RNA-seq, single-cell RNA sequencing	random forest	RNA sequencing data	473个肿瘤样本和41个正常组织样本（TCGA训练队列），902名癌症患者（多个GEO数据集验证队列）
620	2025-04-15	Spatiotemporal transcriptomics reveals key gene regulation for grain yield and quality in wheat 2025-Apr-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03569-8 PMID:40217326	research paper	该研究通过时空转录组学揭示了小麦籽粒发育和品质调控的关键基因	首次在小麦籽粒早期发育阶段进行空间转录组学研究，鉴定出192个标记基因和关键转录因子TaABI3-B1	研究仅覆盖了授粉后4至12天的早期发育阶段，未涵盖整个籽粒发育过程	解析小麦籽粒发育和品质形成的分子调控机制	小麦籽粒早期发育阶段的细胞类型和基因表达	植物分子生物学	NA	空间转录组学，WGCNA分析	NA	转录组数据	授粉后4至12天的小麦籽粒样本