单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-04-18	IL1RAP is an immunotherapeutic target for normal karyotype triple-mutated acute myeloid leukemia 2025-Apr-14, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00769-z PMID:40229904	研究论文	该研究通过多组学分析发现IL1RAP是正常核型三重突变急性髓系白血病（NKt-AML）的免疫治疗靶点	首次将IL1RAP鉴定为NKt-AML的潜在免疫治疗靶点，并证明其与患者预后不良和治疗反应差相关	样本量相对较小（12例NKt-AML），需要进一步验证	寻找NKt-AML的新型免疫治疗靶点	正常核型三重突变急性髓系白血病（NKt-AML）患者样本	血液肿瘤学	急性髓系白血病	多组学分析、表面蛋白质组富集、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、转录组数据	100例原发性AML样本（含12例NKt-AML）进行表面蛋白质组分析，691例AML样本进行转录组分析，23例AML样本进行单细胞RNA测序
582	2025-04-18	Extracellular vesicle-derived miRNA-mediated cell-cell communication inference for single-cell transcriptomic data with miRTalk 2025-Apr-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03566-x PMID:40229908	研究论文	介绍了一种名为miRTalk的新方法，用于推断由细胞外囊泡（EVs）衍生的miRNA介导的细胞间通讯（CCC）	miRTalk是一种首创的方法，用于推断由EV衍生的miRNA-靶标相互作用（MiTIs）介导的CCC，并在模拟和真实数据集上表现出优越性能	NA	通过单细胞RNA测序技术解析细胞间通讯（CCC）的机制	细胞外囊泡（EVs）衍生的miRNA及其靶标相互作用（MiTIs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	miRTalk	单细胞转录组数据	NA
583	2025-04-18	Comprehensive bioinformatics and immunohistochemical analyses identify phosphoinositide metabolism and PNPLA7 as potential biomarkers in urological cancers 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97118-9 PMID:40221501	研究论文	通过综合生物信息学和免疫组织化学分析，识别磷酸肌醇代谢和PNPLA7作为泌尿系统癌症的潜在生物标志物	首次探索磷酸肌醇代谢相关成分在泌尿系统癌症中的作用，并鉴定PNPLA7基因作为潜在生物标志物	研究主要依赖公共数据库数据，需要进一步实验验证	研究磷酸肌醇代谢在泌尿系统癌症中的贡献及其作为预后生物标志物的潜力	透明细胞肾癌、膀胱癌和前列腺腺癌	生物信息学	泌尿系统癌症	生物信息学分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学评估	NA	基因表达数据、临床样本	公共数据库中的多组数据及临床样本
584	2025-04-18	Exploring the tumor microenvironment of breast cancer to develop a prognostic model and predict immunotherapy responses 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97784-9 PMID:40221624	研究论文	通过探索乳腺癌肿瘤微环境，开发预后模型并预测免疫治疗反应	利用转录组和单细胞测序数据，结合多种分析方法，构建了一个能够准确区分高低风险患者并预测免疫治疗反应的预后模型	研究基于公共数据库数据，可能受限于数据的质量和样本量	开发乳腺癌预后模型并预测免疫治疗反应	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	转录组测序、单细胞RNA测序、WGCNA、Cox回归、Lasso回归	预后模型	转录组数据、单细胞测序数据	公共数据库中的乳腺癌患者数据
585	2025-04-18	The origin of patient-derived cancer organoids from pathologically undiagnosed specimen in patients with pancreatobiliary cancers 2025-Apr, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-01026-5 PMID:39688793	research paper	本研究探讨了从病理未确诊样本中建立患者源性癌症类器官（PDCOs）的可能性，并验证其在胰腺胆道癌诊断和研究中的潜力	首次证实了从病理阴性样本中建立的PDCOs能够代表患者的癌症组织，并在多组学水平上验证其诊断价值	样本量较小（仅4名患者9个样本），需要更大规模的试验来验证结果	探索PDCOs作为胰腺胆道癌诊断和研究工具的潜力	胰腺胆道癌患者（3例胰腺癌和1例胆囊癌）的组织样本	digital pathology	pancreatobiliary cancers	肿瘤panel测序、单细胞RNA测序、H&E染色、免疫组化染色	PDCOs（患者源性癌症类器官）	基因组数据、转录组数据、病理图像数据	4名患者的9个样本（包括病理阴性样本）
586	2025-04-18	Crosstalk Signaling Between the Epithelial and Non-Epithelial Compartments of the Mouse Inner Ear 2025-Apr, Journal of the Association for Research in Otolaryngology : JARO DOI:10.1007/s10162-025-00980-7 PMID:40080263	research paper	本研究探讨了小鼠内耳中上皮和非上皮细胞间的信号交流及其在耳石器官发育中的作用	揭示了小鼠内耳发育过程中上皮与非上皮细胞间通过TGFβ和pleiotrophin通路的信号交流机制	研究仅聚焦于出生后第4天和第6天的小鼠内耳，可能无法全面反映整个发育过程	探索小鼠内耳中上皮和非上皮细胞间的相互作用及其在耳石器官发育中的角色	小鼠内耳的上皮和非上皮细胞	neuroscience	NA	Smart-seq2单细胞RNA测序、免疫组织化学、定量多重原位杂交	NA	RNA测序数据、图像数据	955个细胞，来自出生后第4天和第6天的小鼠内耳
587	2025-04-18	Gut microbiota-derived tryptophan metabolites improve total parenteral nutrition-associated infections by regulating Group 3 innate lymphoid cells 2025-Apr, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70007 PMID:40236767	研究论文	本研究探讨了肠道微生物群衍生的色氨酸代谢物通过调节第3组先天淋巴细胞（ILC3s）改善全肠外营养相关感染的机制	揭示了ILC3s分泌IL-22减少是导致TPN相关感染的重要因素，并发现特定代谢物通过激活核受体Rorγt促进IL-22分泌的分子机制	具体代谢物名称在摘要中未明确提及，机制研究仍需进一步验证	阐明全肠外营养相关感染的发病机制并探索改善方法	慢性肠功能衰竭患者和小鼠的肠道微生物群及ILC3s	免疫学	肠功能衰竭相关感染	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、16S rRNA基因测序、宏基因组测序	NA	基因测序数据	慢性肠功能衰竭患者和小鼠的肠道微生物样本
588	2025-04-18	HLF and PPARα axis regulates metabolic-associated fatty liver disease through extracellular vesicles derived from the intestinal microbiota 2025-Apr, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70022 PMID:40236774	研究论文	本研究探讨了肠道微生物来源的细胞外囊泡通过HLF/PPARα轴在代谢相关脂肪肝病(MAFLD)中的作用机制	首次发现肠道HLF通过调节PPARα表达影响肠道屏障功能，并通过微生物囊泡介导的TCDCA抑制肝细胞铁死亡	研究主要基于动物模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明肠道参与MAFLD发展的分子机制	食蟹猴肠道组织、基因敲除小鼠模型	代谢疾病研究	代谢相关脂肪肝病	单细胞转录组分析、脂质组学	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、脂质组数据	未明确说明样本数量
589	2025-04-17	Dissection of tumoral niches using spatial transcriptomics and deep learning 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112214 PMID:40230519	研究论文	本研究介绍了一种名为TG-ME的创新计算框架，结合了transformer和图变分自编码器（GraphVAE）模型，用于利用空间转录组学数据和形态学图像解析肿瘤微环境	TG-ME框架整合了transformer和GraphVAE模型，能够有效识别和表征肿瘤微环境中的特定区域，为肿瘤微环境的空间组织提供了新的见解	研究未提及TG-ME在不同类型癌症中的泛化能力，以及在实际临床应用中的验证情况	解析肿瘤微环境，揭示其空间组织和分子变化，以指导个性化治疗策略	肿瘤微环境中的特定区域（niches）	数字病理学	肺癌（NSCLC）	空间转录组学	transformer, GraphVAE	空间转录组学数据, 形态学图像	未明确提及具体样本数量，但包括基准数据集和高分辨率NSCLC数据集
590	2025-04-17	Dynamic changes of molecular pattern and cellular subpopulation in puncture-induced tendon injury model 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112034 PMID:40230536	research paper	该研究通过建立穿刺诱导的肌腱损伤模型，探究了早期肌腱损伤过程中的分子模式和细胞亚群	揭示了肌腱早期修复阶段的七个基因集和参与修复过程的八种髓系细胞类型及七种间充质细胞类型	临床早期肌腱损伤样本获取有限可能影响研究结果的普适性	阐明早期肌腱修复的分子机制和细胞动态变化	穿刺诱导的肌腱损伤模型	分子生物学	肌腱损伤	RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
591	2025-04-17	Senescent CD8+ T cells: a novel risk factor in atrial fibrillation 2025-Apr-15, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae222 PMID:39382426	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和多色流式细胞术，揭示了衰老CD8+ T细胞在心房颤动（AF）中的重要作用及其潜在机制	首次发现衰老CD8+ T细胞与AF的患病率和术后复发独立相关，并揭示了其通过分泌IFN-γ诱导心房肌细胞钙处理异常的机制	研究样本量有限，且机制研究主要基于体外实验，需要进一步的体内验证	探究免疫细胞在AF发展中的作用及其潜在机制	AF患者和非AF对照者的外周静脉和左心房组织	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 多色流式细胞术, 心脏光学标测	NA	基因表达数据, 流式细胞数据	AF患者和非AF对照者（具体数量未提及）
592	2025-04-17	Dual regulation of Atf3 and Lonp1 as therapeutic targets in cerebral ischaemia-reperfusion injury 2025-Apr-15, Stroke and vascular neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1136/svn-2024-003324 PMID:40044488	研究论文	本研究探讨了Atf3和Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的作用及其调控机制	揭示了Atf3通过调控Lonp1表达影响线粒体功能和神经元存活的分子机制	研究结果需要在动物模型中进行进一步验证	探究Atf3和Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的分子机制及其治疗潜力	脑缺血再灌注损伤中的神经元	神经科学	脑血管疾病	单细胞转录组学和蛋白质组学分析	NA	转录组数据和蛋白质组数据	NA
593	2025-04-17	Determinants of Response to Sequential Pembrolizumab with Trastuzumab plus Platinum/5-FU in HER2-Positive Gastric Cancer: A Phase II Chemoimmunotherapy Trial 2025-Apr-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3528 PMID:40100100	研究论文	该研究通过II期临床试验评估了在HER2阳性胃癌患者中，序贯使用pembrolizumab与曲妥珠单抗联合铂类/5-FU化疗的疗效及其生物学机制	揭示了曲妥珠单抗诱导的NK细胞浸润和Fc受体介导的抗体依赖性细胞毒性，以及pembrolizumab在PD-L1阳性样本中的增强作用	样本量较小（16例患者），可能影响结果的普遍性	评估在HER2阳性胃癌患者中，pembrolizumab与曲妥珠单抗联合化疗的疗效及其生物学机制	HER2阳性胃癌患者	肿瘤学	胃癌	全外显子测序、单细胞RNA测序、T细胞受体测序、空间转录组学	NA	临床数据、分子生物学数据	16例治疗初治的晚期HER2阳性胃癌患者
594	2025-04-17	Plasma CCL3 predicts adverse heart failure outcomes in patients with arrhythmogenic cardiomyopathy 2025-Apr-14, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04024-y PMID:40223064	研究论文	研究探讨了心律失常性心肌病(ACM)患者纤维脂肪组织的特征及血浆趋化因子水平与心力衰竭(HF)负担的关系	首次发现ACM患者纤维脂肪组织中饱和甘油三酯(TGs)和CCL3水平升高可能与HF进展相关，并证实血浆CCL3水平可预测ACM患者HF不良结局	需要在更大规模和独立的队列中进一步验证	探究ACM患者纤维脂肪组织特征及血浆趋化因子水平与HF负担的关系	心律失常性心肌病(ACM)患者	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	定量实时聚合酶链反应、LC-MS脂质组学分析、单细胞RNA测序、免疫染色、酶联免疫吸附试验	NA	组织样本、血浆样本、RNA测序数据	正常对照组10例，ACM患者24例(脂质组学)；正常对照组2例，ACM患者6例(单细胞RNA测序)；102例ACM患者(随访研究)
595	2025-04-17	A spatial transcriptomics study of MES-like and mono/macro cells in gliomas 2025-Apr-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95277-3 PMID:40222970	研究论文	本研究通过空间转录组学和多组学分析，探讨了胶质瘤中MES样恶性肿瘤细胞和单核/巨噬细胞的作用及其在肿瘤微环境中的关键角色	首次利用空间转录组学揭示了MES样恶性肿瘤细胞在胶质瘤中的空间定位，并发现了这些细胞与单核/巨噬细胞之间的关键相互作用	研究主要依赖于公共数据库的测序数据，可能受到样本来源和数量的限制	识别胶质瘤的潜在治疗靶点和预后标志物	胶质母细胞瘤(GBM)和低级别胶质瘤(LGG)中的MES样恶性肿瘤细胞和单核/巨噬细胞	数字病理学	胶质瘤	空间转录组学，多组学分析，药物敏感性分析	NA	测序数据，临床信息	1327个测序数据样本(来自TCGA、CCGA和UCSC Xena数据库)
596	2025-04-17	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645566 PMID:40236001	研究论文	该研究通过多模态分析识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的基因组和空间决定因素	整合了多种技术（如光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq等）进行多模态分析，揭示了TIL扩增成功的相关因素	研究主要针对高级别胶质瘤，结果可能不适用于其他类型的免疫排斥性癌症	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为基于T细胞的免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq、Xenium原位转录组学、CODEX空间蛋白质组学	NA	多组学数据	未明确提及样本数量，但涉及TIL生成（TIL+）和非生成（TIL-）肿瘤的比较分析
597	2025-04-17	Single cell transcriptome sequencing indicates the cellular heterogeneity of small intestine tissue in celiac disease 2025-Apr-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90300-z PMID:40216823	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了乳糜泻患者小肠组织的细胞异质性，并鉴定了与疾病相关的特定基因和标记物	首次构建了乳糜泻小肠组织的单细胞表达谱，发现了新的疾病特异性生物标志物和潜在治疗靶点	样本量较小（3例患者和3例对照），且仅针对中国人群	探索乳糜泻的发病机制，发现疾病相关基因和标记物	乳糜泻患者和健康对照者的小肠组织	单细胞转录组学	乳糜泻	scRNA-seq, IHC, qPCR	NA	单细胞RNA测序数据	3例乳糜泻患者和3例健康对照的小肠活检样本
598	2025-04-17	Single-cell RNA sequencing reveals important role of monocytes and macrophages during mucopolysaccharidosis treatment 2025-Apr-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97330-7 PMID:40210734	研究论文	通过单细胞RNA测序研究单核细胞和巨噬细胞在粘多糖贮积症治疗中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了MPS-II患者在不同疾病阶段和治疗过程中单核细胞和巨噬细胞的动态变化及其独特功能	研究仅基于一名10岁MPS-II患者的数据，样本量较小	探究MPS-II疾病进程中免疫细胞的变化及其对酶替代治疗(ERT)的响应机制	MPS-II患者的单核细胞和巨噬细胞	基因组学	粘多糖贮积症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	1名10岁MPS-II患者不同疾病阶段的外周血单个核细胞(PBMCs)
599	2025-04-17	Epidermal Resident Memory T Cell Fitness Requires Antigen Encounter in the Skin 2025-Apr-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646438 PMID:40236062	research paper	研究表皮驻留记忆T细胞（T_）的适应性如何依赖于皮肤中的抗原接触	揭示了抗原接触如何通过TGFβ信号通路增强T_细胞的持久性和增殖能力	未明确说明实验样本的具体数量或来源	探究表皮驻留记忆T细胞的适应性和持久性机制	表皮驻留记忆T细胞（T_）	免疫学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
600	2025-04-17	Single-cell RNA Sequencing Analysis of Sputum Cell Transcriptomes Reveals Pathways and Communication Networks That Contribute to the Pathogenesis of Asthma 2025-Apr-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646405 PMID:40236103	研究论文	通过单细胞RNA测序分析哮喘患者痰液细胞的转录组，揭示了参与哮喘发病机制的细胞通路和通讯网络	首次在哮喘患者痰液样本中应用单细胞RNA测序技术，详细描绘了细胞表型和动态通讯模式，揭示了哮喘患者与非哮喘患者之间的差异	样本量相对较小（16名哮喘患者和8名非哮喘对照），可能限制结果的普遍性	研究哮喘发病机制中的细胞转录组和细胞间通讯网络	哮喘患者和非哮喘对照者的痰液细胞	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	16名哮喘患者和8名非哮喘对照者的痰液细胞，共37,565个细胞转录组