单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-22	Unified integration of spatial transcriptomics across platforms 2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646238 PMID:40236180	研究论文	介绍了一种名为L loki的新框架，用于整合不同平台的空间转录组数据	L loki框架无需共享基因面板即可整合不同平台的空间转录组数据，通过特征对齐和批次对齐任务解决数据稀疏性和技术变异性问题	未提及具体局限性	解决跨平台空间转录组数据整合的挑战	小鼠脑样本和卵巢癌数据集	生物信息学	卵巢癌	空间转录组学(ST), scRNA-seq, scGPT	scGPT	空间转录组数据	小鼠脑样本来自五种不同技术，五个卵巢癌数据集
42	2025-07-22	Dissection of tumoral niches using spatial transcriptomics and deep learning 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112214 PMID:40230519	研究论文	介绍了一种名为TG-ME的计算框架，用于通过空间转录组学和深度学习解析肿瘤微环境	整合了transformer与图变分自编码器(GraphVAE)模型，用于空间转录组数据和形态学图像的分析	未提及具体的技术或应用限制	解析肿瘤微环境的空间组织及其分子变化	肿瘤微环境中的细胞和组织	数字病理学	非小细胞肺癌(NSCLC)	空间转录组学	transformer, GraphVAE	空间转录组数据, 形态学图像	未提及具体样本数量
43	2025-07-22	Progesterone signaling in oviductal epithelial cells modulates the immune response to support preimplantation embryonic development 2025-Apr-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt6113 PMID:40249812	研究论文	本研究探讨了孕酮信号在输卵管上皮细胞中对免疫反应的调节作用及其对胚胎植入前发育的影响	揭示了孕酮受体在输卵管上皮细胞中通过调节免疫反应（特别是IL-22）支持胚胎发育的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明早期妊娠失败中输卵管微环境的分子机制	输卵管上皮细胞与植入前胚胎	生殖生物学	妊娠相关疾病	条件性基因敲除、单细胞RNA测序、药理学抑制实验	PGR敲除小鼠模型	基因表达数据、胚胎发育表型数据	未明确说明具体样本量（使用基因工程小鼠模型）
44	2025-07-22	Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2025-Apr-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204346 PMID:40177910	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了鸡肺特有的KRT14表达肺泡细胞类型（命名为管腔细胞），并揭示了其与肺泡2型细胞和1型细胞在空间上的同心圆分布模式	研究仅聚焦于鸡肺发育过程，与其他鸟类肺部的比较分析不足	探索鸟类肺脏单向气流系统的发育机制及其与哺乳动物双向气流系统的差异	鸡肺发育过程中的形态结构、细胞类型和分子特征	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
45	2025-07-22	ATM-dependent DNA damage response constrains cell growth and drives clonal hematopoiesis in telomere biology disorders 2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181659 PMID:40179146	研究论文	该研究探讨了端粒生物学障碍（TBDs）中ATM依赖性DNA损伤反应对细胞生长的影响及其在克隆造血中的作用	首次全面评估了TBD患者造血细胞中的获得性遗传变异，并揭示了ATM依赖性DDR通路在TBD发病机制中的关键作用	研究样本量相对有限（166名患者），且未探讨ATM抑制剂的长期安全性	理解TBD患者造血结果的潜在因素	166名儿童和成人TBD患者的造血细胞	分子生物学	端粒生物学障碍	单细胞测序、ATM激活检测、端粒功能障碍诱导的焦点分析、细胞生长检测	NA	遗传数据、细胞表型数据	166名TBD患者（儿童和成人）
46	2025-07-22	distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data 2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647121 PMID:40291679	研究论文	本文提出了一种名为distQTL的新方法，利用群体规模的单细胞RNA测序数据识别分布定量性状位点（distQTLs）	使用Fréchet回归方法，将完整的经验分布作为响应对象，而非简单的均值等统计量，从而在单细胞水平上更精细地解析转录调控	方法的应用依赖于大规模单细胞RNA测序数据，可能受限于数据获取成本和技术难度	研究遗传变异如何影响基因表达，特别是在单细胞分辨率下的调控异质性	外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Fréchet回归	单细胞RNA测序数据	982名捐赠者的外周血单个核细胞
47	2025-07-22	Tumor-derived arachidonic acid reprograms neutrophils to promote immune suppression and therapy resistance in triple-negative breast cancer 2025-Apr-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.002 PMID:40157359	研究论文	本文探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）细胞通过脂质积累导致免疫抑制和治疗抵抗的机制	发现TNBC细胞通过脂质积累和释放花生四烯酸（AA）重编程中性粒细胞，从而促进免疫抑制和治疗抵抗	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据相关性仍需进一步验证	揭示TNBC治疗抵抗的机制并探索潜在的治疗策略	三阴性乳腺癌细胞和中性粒细胞	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类患者数据
48	2025-07-22	Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing 2025-Apr-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014 PMID:40081375	research paper	提出了一种名为'recall'的方法，通过引入人工变量来避免单细胞RNA测序中的过度聚类问题	提出'recall'方法，通过控制重复使用相同数据进行差异表达分析的影响，有效防止过度聚类	未提及具体局限性	解决单细胞RNA测序分析中的过度聚类问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	真实和模拟数据
49	2025-07-22	The essential role of connective-tissue cells during axolotl limb regeneration 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.30.645595 PMID:40236065	研究论文	本研究探讨了结缔组织细胞在蝾螈肢体再生过程中的重要作用	通过空间转录组学技术揭示了结缔组织细胞在再生芽基中的高比例及其必要性，并建立了交互式网络平台共享分子特征数据	未详细探讨其他类型细胞在再生过程中的具体作用	阐明蝾螈肢体再生过程中结缔组织细胞的关键作用	蝾螈肢体再生过程中的结缔组织细胞	再生生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
50	2025-07-22	The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00633-1 PMID:40217124	研究论文	本文探讨了CD40激动剂在心肌炎症中的作用及其潜在的心脏副作用	首次揭示了CD40激动剂通过激活CCR2巨噬细胞和招募效应记忆CD8 T细胞重塑心脏免疫景观的机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚待验证	评估CD40激动剂在心肌炎症和心力衰竭发病机制中的潜在作用	CD40激动剂对心脏免疫系统的影响	免疫学	心血管疾病	单细胞测序、细胞耗竭研究	遗传小鼠模型	基因表达数据	NA
51	2025-07-21	Genetics- and age-driven neuroimmune and disc changes underscore herniation susceptibility and pain-associated behaviors in SM/J mice 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado6847 PMID:40267183	研究论文	该研究通过SM/J小鼠模型探讨了遗传背景和老化对自发性椎间盘突出易感性及疼痛相关行为的影响	首次在野生型小鼠中建立了自发性椎间盘突出的病理模型，并揭示了神经免疫和椎间盘变化的分子机制	研究仅使用SM/J小鼠这一特定品系，结果可能不适用于其他遗传背景的小鼠或人类	探究遗传和年龄因素对椎间盘突出易感性及疼痛行为的分子机制	SM/J小鼠的腰椎间盘、背根神经节和脊髓组织	神经生物学	椎间盘疾病	转录组学分析、飞行时间细胞计数、单细胞RNA测序	SM/J小鼠模型	基因表达数据、细胞计数数据	未明确说明具体数量，但涉及SM/J小鼠的多组织分析
52	2025-07-21	3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639192 PMID:40060607	研究论文	利用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织，揭示其对称性结构	首次提供了嗅球的全面分子图谱，揭示了其分子结构如何由上皮基因表达程序指导	研究仅针对小鼠嗅球，未涉及其他物种或脑区	理解嗅球的分子和结构对称性及其与感觉输入和皮层输出通路的关系	小鼠嗅球的分子和结构组织	神经科学	NA	3D空间转录组学	NA	空间转录组数据	近一千个分子上不同的肾小球
53	2025-07-21	Accessing genetically defined cell types in the superior colliculus with transgenic mouse lines 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112194 PMID:40212591	研究论文	本文通过转基因小鼠品系研究了上丘中具有遗传定义的细胞类型	利用单细胞转录组学数据验证了形态学和转录组学神经元类型的相关性，并确定了用于遗传靶向上丘神经元类型的有用品系	部分测试小鼠中未观察到Cre或荧光表达与特定转录组神经元类型的对应关系	研究上丘中不同神经元亚型的功能	转基因小鼠品系中的上丘神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	10个转基因小鼠品系
54	2025-07-21	Altered baseline immunological state and impaired immune response to SARS-CoV-2 mRNA vaccination in lung transplant recipients 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102050 PMID:40187358	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了肺移植受者在基线状态和接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫状态，并与健康对照组进行了比较	揭示了肺移植受者基线免疫状态与严重COVID-19和败血症相似的免疫特征，并发现这些特征与疫苗反应受损相关	研究样本仅限于肺移植受者，可能不适用于其他器官移植患者	评估肺移植受者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的免疫反应及其基线免疫状态	肺移植受者和健康对照者	免疫学	COVID-19	多组学方法，单细胞RNA测序	NA	生物标志物数据，单细胞RNA测序数据	肺移植受者和健康对照者（具体数量未提及）
55	2025-07-20	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的技术可重复性、数据标准化方法和检测灵敏度	比较了数字空间分析和单分子成像两种空间转录组学平台的性能，并探讨了标准化方法对数据生物学解释的影响	研究主要集中在一项广泛使用的空间转录组学方法上，可能无法代表所有相关技术	评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的适用性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学分析，数字空间分析，单分子成像	NA	基因表达数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本（具体数量未提及）
56	2025-07-20	A cohort of highly activated CD99- CD72+ B cells promoting autoimmune progression in juvenile systemic lupus erythematosus 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114466 PMID:40090085	研究论文	本文发现了一类在青少年系统性红斑狼疮中高度活化的CD99- CD72+ B细胞亚群，该亚群通过表达高水平的TLR7促进自身免疫反应	首次鉴定出CD72 BCs这一关键过渡细胞群体，其在系统性红斑狼疮中连接初始B细胞和浆细胞分化过程	未明确CD72 BCs的具体分子调控机制及其在疾病不同阶段的动态变化	探究青少年系统性红斑狼疮中B细胞亚群的致病机制	CD99- CD72+ B细胞亚群	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(RNA-seq)、多组学整合分析	NA	基因表达数据	未明确样本数量（青少年SLE患者）
57	2025-07-20	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645566 PMID:40236001	研究论文	该研究通过多模态分析识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的基因组和空间决定因素	整合了光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq、Xenium原位转录组学和CODEX空间蛋白质组学等多种技术，揭示了TIL扩增成功的相关因素	研究主要聚焦于高级别胶质瘤，可能不适用于其他类型的免疫排斥性肿瘤	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为细胞免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	光谱流式细胞术, TCR测序, 单细胞RNA-seq, Xenium原位转录组学, CODEX空间蛋白质组学	NA	基因组数据, 空间蛋白质组数据, 转录组数据	NA
58	2025-07-19	Integration of mass cytometry and single-cell RNA-sequencing of cells in bronchoalveolar lavage 2025-Apr, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.1080/07366205.2025.2505347 PMID:40384395	研究论文	该研究结合了质谱流式细胞技术（CyTOF）和单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）来分析支气管肺泡灌洗液（BAL）中的细胞群体和基因/蛋白表达	首次在同一BAL样本中同时应用sc-RNA-seq和CyTOF技术，比较两种平台在细胞亚群分析中的相关性	研究仅针对健康参与者的BAL样本，未涉及疾病状态	评估sc-RNA-seq和CyTOF在细胞群体和基因/蛋白表达分析中的互补性	健康参与者的支气管肺泡灌洗液（BAL）细胞	单细胞组学	NA	sc-RNA-seq, CyTOF	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	健康参与者的BAL样本（具体数量未明确说明）
59	2025-07-18	Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026 PMID:40220759	research paper	提出了一种基于超图变分自编码器（HyperG-VAE）的贝叶斯深度生成模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的基因调控网络（GRN）推断	利用超图表示和结构方程模型处理细胞异质性，结合超图自注意力机制识别基因模块，协同优化编码器以提高GRN推断、单细胞聚类和数据可视化	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据分析及基因调控网络构建	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	machine learning	NA	scRNA-seq	HyperG-VAE (超图变分自编码器)	单细胞RNA测序数据	骨髓B细胞发育数据（未明确样本数量）
60	2025-07-18	A cost- and time-efficient method for high-throughput cryoprocessing and tissue analysis using multiplexed tissue molds 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101023 PMID:40262526	研究论文	本文介绍了一种高效、低成本的高通量冷冻处理和组织分析方法，使用多路复用组织模具（MTMs）	引入了多路复用组织模具（MTMs），显著降低了冷冻处理的成本和工作量，同时允许处理不同大小和来源的组织	未提及该方法在临床应用中的具体效果或潜在问题	开发一种高效、低成本的冷冻处理和组织分析方法，以促进常规和诊断使用	不同大小和来源的组织，包括19种不同的成年小鼠组织和约110个不同年龄和大小的神经类器官	组织病理学	NA	冷冻切片技术	NA	组织样本	19种成年小鼠组织和约110个神经类器官