单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 760 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-06-08 |
IL-12-producing cytokine factories induce precursor exhausted T cells and elimination of primary and metastatic tumors
2025-Apr-01, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010685
PMID:40169286
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research paper | 本研究评估了局部施用IL-12细胞因子工厂的安全性和抗肿瘤效果，展示了其在多种癌症类型中的治疗效果 | 利用临床可转化的细胞因子递送平台，诱导前体耗竭T细胞（Tpex）在肿瘤微环境中的分化，避免了传统IL-12治疗的毒性问题 | 研究主要基于小鼠模型和非人类灵长类动物，临床效果尚需进一步验证 | 开发一种新型免疫治疗方法，以诱导Tpex细胞的招募和系统性免疫，对抗多种实体瘤 | 前体耗竭T细胞（Tpex）、结直肠癌小鼠模型、黑色素瘤小鼠模型 | 免疫治疗 | 结直肠癌、黑色素瘤 | 单细胞RNA测序、细胞因子递送平台 | NA | RNA测序数据、体内实验数据 | 9只结直肠癌小鼠、黑色素瘤小鼠模型、非人类灵长类动物 |
| 42 | 2025-06-07 |
Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits
2025-Apr-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.02.012
PMID:40081369
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research paper | 该研究提出了一种结合成像空间转录组学和并行光学检测引导RNA的方法（Perturb-FISH），用于在单细胞分辨率下研究空间和功能生物学的遗传和分子关联 | Perturb-FISH方法首次将高度多路复用的单细胞转录组读数与光学筛选结合，揭示了细胞内、细胞间及功能转录回路 | NA | 开发一种新方法来研究空间和功能生物学的遗传和分子关联 | 培养的单核细胞、三维异种移植模型、人类诱导多能干细胞（hIPSC）星形胶质细胞 | 分子生物学 | 自闭症谱系障碍 | Perturb-FISH, 单细胞RNA测序（Perturb-seq） | NA | 转录组数据、光学成像数据 | NA |
| 43 | 2025-06-07 |
Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10
2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082
PMID:39734035
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research paper | 该研究对一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿进行了免疫学和分子特征分析，揭示了该变体与严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的关联 | 首次详细描述了PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的严重影响，包括对T细胞选择和多样性的影响 | 研究仅基于一名患者的数据，样本量较小，可能限制结论的普遍性 | 探讨PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的影响 | 一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿 | 免疫学 | 严重联合免疫缺陷和Omenn综合征 | 流式细胞术、免疫印迹、人工胸腺器官培养、单细胞RNA测序 | NA | 分子和细胞数据 | 1名患者及其父母 |
| 44 | 2025-06-06 |
Multi-Omic Insight Into the Molecular Networks in the Pathogenesis of Coronary Artery Disease
2025-Apr, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.037203
PMID:40135555
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研究论文 | 通过整合多组学数据，研究冠状动脉疾病（CAD）的分子网络机制 | 利用基于摘要数据的孟德尔随机化和共定位分析整合多组学数据，揭示了TAGLN2、APOB、GIP等基因与CAD风险的关联 | 未提及具体样本量，且部分潜在因果/风险基因仍未被识别 | 探索冠状动脉疾病的分子机制和潜在因果基因 | 冠状动脉疾病（CAD）患者 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 基因甲基化、表达和蛋白质水平的整合分析，单细胞RNA测序 | 孟德尔随机化和共定位分析 | 多组学数据（基因甲基化、表达、蛋白质水平） | NA |
| 45 | 2025-06-05 |
SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881
PMID:40179332
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research paper | 提出了一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器结合对比学习方法，用于空间转录组数据分析 | SpaMask通过同时掩码部分节点和边，结合MGAE和MGCL模块，提升了模型的性能和鲁棒性 | 未明确提及具体局限性 | 提升空间转录组数据中空间域表征的准确性和鲁棒性 | 空间转录组数据 | digital pathology | NA | spatial resolved transcriptomics (SRT) | GNN, Masked Graph Autoencoders (MGAE), Masked Graph Contrastive Learning (MGCL) | 基因表达数据 | 五个不同平台的八个数据集 |
| 46 | 2025-06-05 |
[Mechanism of Quanduzhong Capsules in treating knee osteoarthritis from perspective of spatial heterogeneity]
2025-Apr, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组数据挖掘和动物实验验证，系统表征了全杜仲胶囊对膝骨关节炎软骨病变的靶向作用，并阐明了相关分子机制 | 首次从空间异质性角度揭示了全杜仲胶囊在膝骨关节炎病理软骨区域的空间特异性靶向作用和保护机制 | 研究主要基于大鼠模型和有限的空间转录组数据集，临床转化需要进一步验证 | 阐明全杜仲胶囊治疗膝骨关节炎的作用机制 | SD大鼠膝骨关节炎模型和临床膝骨关节炎患者的软骨组织 | 生物医学 | 膝骨关节炎 | 空间转录组学、HE染色、免疫组化 | 动物模型 | 空间转录组数据、病理图像数据 | SD大鼠模型和GSE254844数据集中的临床样本 |
| 47 | 2025-06-04 |
Robust generation of photoreceptor-dominant retinal organoids from porcine induced pluripotent stem cells
2025-04-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102425
PMID:40054472
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research paper | 该研究描述了从猪诱导多能干细胞高效生成光感受器主导的视网膜类器官的方法 | 开发了一种高效生成猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官的方法，为视网膜退行性疾病的研究提供了新的临床前模型 | NA | 开发猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官，以补充人类异种移植研究的功能和安全性数据 | 猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官 | 干细胞研究 | 视网膜退行性疾病 | 免疫细胞化学 (ICC), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据, 图像数据 | NA |
| 48 | 2025-06-04 |
Impact of lymph node metastasis on immune microenvironment and prognosis in colorectal cancer liver metastasis: insights from multiomics profiling
2025-Apr, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02921-2
PMID:39753715
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research paper | 研究探讨了淋巴结转移（LNM）对结直肠癌肝转移（CRLM）患者预后的影响，并通过多组学分析揭示了潜在的免疫机制 | 首次通过整合bulk RNA测序、单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，比较了有和无LNM患者的癌症特异性生存率（CSS）和免疫特征，揭示了非转移性TDLNs中免疫细胞的丰富性及其与抗肿瘤免疫反应的关联 | 研究依赖于回顾性队列数据，可能存在选择偏倚，且多组学数据的整合分析复杂，可能影响结果的解释 | 探讨LNM对CRLM患者预后的影响及其免疫机制 | 结直肠癌肝转移（CRLM）患者 | digital pathology | colorectal cancer | bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing, proteomics | NA | RNA sequencing data, proteomics data, pathological evaluations | 来自美国SEER队列和中国多中心队列的CRLM患者 |
| 49 | 2025-06-04 |
Exploration of common molecular mechanisms of psoriatic arthritis and aging based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis
2025-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167730
PMID:39965531
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研究论文 | 通过整合和分析银屑病关节炎（PsA）患者滑液、衰老患者外周血及正常人群的单细胞RNA测序数据，探索PsA与衰老的共同分子机制 | 发现CD8-CM在PsA和衰老人群中表达上调，并鉴定出与PsA和衰老相关的关键基因TGFBR3、PPP3CC和APOBEC3G | NA | 研究银屑病关节炎（PsA）与衰老的共同分子机制 | 银屑病关节炎（PsA）患者滑液、衰老患者外周血及正常人群的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化、KEGG通路分析 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 50 | 2025-06-02 |
Integration of Single-Cell and Bulk Transcriptome to Reveal an Endothelial Transition Signature Predicting Bladder Cancer Prognosis
2025-Apr-28, Biology
DOI:10.3390/biology14050486
PMID:40427675
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了预测膀胱癌预后的内皮细胞过渡特征 | 发现了一种新的内皮细胞过渡特征，并构建了一个优于现有模型的膀胱癌预后预测模型 | 研究主要基于TCGA数据，可能需要在更多独立队列中进行验证 | 揭示内皮细胞过渡特征及其在膀胱癌预后预测中的应用 | 内皮细胞（特别是tip-to-capillary ECs亚群）和膀胱癌患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序，机器学习 | 多种机器学习技术整合模型 | 转录组数据 | TCGA-BLCA、GSE32894、GSE32548和GSE70691队列数据 |
| 51 | 2025-06-02 |
FPCAM: A Weighted Dictionary-Driven Model for Single-Cell Annotation in Pulmonary Fibrosis
2025-Apr-26, Biology
DOI:10.3390/biology14050479
PMID:40427668
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FPCAM的全自动肺纤维化细胞类型注释模型，旨在解决现有注释工具在参考数据集依赖、标记基因异质性和人工干预引入的主观偏差等方面的局限性 | FPCAM利用上调标记基因矩阵和针对肺纤维化手动整理的基因-细胞关联词典，通过相似性矩阵构建和优化匹配算法，实现了准确高效的细胞类型注释 | NA | 开发一种高效、灵活且准确的细胞类型识别解决方案，用于肺纤维化及其他相关疾病的scRNA-seq研究 | 肺纤维化细胞类型注释 | 数字病理学 | 肺纤维化 | scRNA-seq | FPCAM | 基因表达数据 | 外部验证数据集GSE135893 |
| 52 | 2025-06-01 |
Natural Killer Cell Activation Signature Identifies Cyclin B1/CDK1 as a Druggable Target to Overcome Natural Killer Cell Dysfunction and Tumor Invasiveness in Melanoma
2025-Apr-30, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18050666
PMID:40430484
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研究论文 | 本研究通过建立自然杀伤（NK）细胞激活相关的预后特征，识别了CCNB1/CDK1作为克服NK细胞功能障碍和黑色素瘤侵袭性的潜在药物靶点 | 首次将CCNB1/CDK1复合物鉴定为增强NK细胞功能和抑制黑色素瘤进展的新型免疫治疗靶点，并揭示了CDK1抑制剂的新作用 | 研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证 | 克服NK细胞功能障碍并抑制黑色素瘤进展 | 黑色素瘤细胞和NK细胞 | 免疫治疗 | 黑色素瘤 | 流式细胞术、Western blotting、共免疫沉淀、ELISA、qRT-PCR、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | TCGA-SKCM队列及五个独立黑色素瘤数据集 |
| 53 | 2025-06-01 |
Construction of Diagnostic Model for Regulatory T Cell-Related Genes in Sepsis Based on Machine Learning
2025-Apr-27, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051060
PMID:40426888
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research paper | 该研究基于机器学习构建了与调节性T细胞（Tregs）相关的脓毒症诊断模型 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和多种机器学习算法筛选与脓毒症诊断相关的Tregs基因，构建高准确度的诊断模型 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制 | 识别与脓毒症诊断相关的调节性T细胞（Tregs）基因，构建诊断模型 | 脓毒症患者和对照组的转录数据 | machine learning | sepsis | scRNA-seq, qPCR | machine learning algorithms | transcriptional data, scRNA-seq data | NA |
| 54 | 2025-06-01 |
Development and Experimental Validation of Machine Learning-Based Disulfidptosis-Related Ferroptosis Biomarkers in Inflammatory Bowel Disease
2025-Apr-27, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16050496
PMID:40428318
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法识别与炎症性肠病(IBD)相关的二硫键死亡相关铁死亡基因(DRFGs)，并验证其诊断价值和机制作用 | 首次整合二硫键死亡和铁死亡基因分析，结合机器学习筛选核心DRFGs，并在单细胞水平和动物模型中验证其功能 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型 | 鉴定IBD诊断标志物并阐明DRFGs在疾病进展中的机制 | 炎症性肠病(IBD)患者样本和小鼠结肠炎模型 | 生物信息学 | 炎症性肠病 | RNA-seq, qRT-PCR, 单细胞测序 | LASSO, 随机森林(RF) | 基因表达数据 | 4个GEO数据集(GSE65114, GSE87473, GSE102133, GSE186582)和单细胞数据集GSE217695 |
| 55 | 2025-06-01 |
Exploring the Molecular Mechanism and Role of Glutathione S-Transferase P in Prostate Cancer
2025-Apr-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051051
PMID:40426879
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研究论文 | 探讨谷胱甘肽S-转移酶P在前列腺癌中的分子机制和作用 | 使用双向孟德尔随机化分析谷胱甘肽代谢酶与前列腺癌风险的因果关系，并结合单细胞RNA测序数据揭示GSTP1在前列腺癌细胞中的特异性表达模式 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据，缺乏实验验证 | 探究谷胱甘肽代谢在前列腺癌发病机制中的作用 | 前列腺癌组织与正常组织的差异表达基因及谷胱甘肽代谢酶 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 转录组分析、双向孟德尔随机化(MR)、LASSO回归、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | LASSO回归模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 来自GEO数据库的转录组数据集 |
| 56 | 2025-06-01 |
Prognostic Significance of CLDN1, INHBA, and CXCL12 in Colon Adenocarcinoma: A Multi-Omics and Single-Cell Approach
2025-Apr-24, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051035
PMID:40426863
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研究论文 | 通过多组学和单细胞方法研究CLDN1、INHBA和CXCL12在结肠腺癌中的预后意义 | 结合多组学分析和单细胞RNA测序技术，识别了新的潜在生物标志物CLDN1、INHBA和CXCL12，并验证了它们在结肠腺癌中的预后价值 | 需要进一步的实验验证才能将这些发现转化为精准医疗应用 | 识别结肠腺癌的潜在生物标志物，以推动个性化治疗策略 | 结肠腺癌(COAD)患者 | 生物信息学 | 结肠癌 | 多组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、miRNA干扰、DNA甲基化分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、DNA甲基化数据 | 涉及多个结肠腺癌基因表达数据集，具体样本数量未明确说明 |
| 57 | 2025-06-01 |
Exploring Therapeutic Potential of Bi-Qi Capsules in Treatment of Gout by Discovering Crucial Drug Targets
2025-Apr-24, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18050618
PMID:40430440
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研究论文 | 本研究通过多维数据分析策略，探索痹祺胶囊在治疗痛风中的治疗潜力，并识别关键药物靶点 | 采用多维数据分析策略（包括Mendelian randomization分析、单细胞RNA测序等）识别痹祺胶囊治疗痛风的关键靶点，并验证其作用机制 | 研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于数据的质量和完整性 | 探索痹祺胶囊在治疗痛风中的治疗潜力及机制 | 痹祺胶囊的药物靶点和痛风的差异表达基因 | 生物信息学 | 痛风 | Mendelian randomization分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（GSEA）、分子对接 | NA | 基因表达数据 | 46个候选靶点 |
| 58 | 2025-06-01 |
Targeting Redox Signaling Through Exosomal MicroRNA: Insights into Tumor Microenvironment and Precision Oncology
2025-Apr-22, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox14050501
PMID:40427384
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综述 | 本文系统探讨了ROS-miRNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控作用及其在精准肿瘤学中的潜在应用 | 揭示了氧化应激通过RNA结合蛋白选择性包装氧化还原敏感miRNA的新机制，并探讨了天然产物调节该轴的潜力 | NA | 探索ROS-miRNA-外泌体轴在肿瘤微环境中的调控机制及其治疗潜力 | 肿瘤微环境中的ROS、miRNA和外泌体 | 精准肿瘤学 | 癌症 | 空间转录组学、单细胞分析 | NA | NA | NA |
| 59 | 2025-06-01 |
Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq
2025-Apr-09, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01157-5
PMID:40204970
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研究论文 | 本文介绍了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法，该方法具有高细胞保留率和适用于有限输入材料的实验 | 该方法整合了索引分选、随机引物和rRNA去除技术，显著提高了细胞保留率（95%），并在每个细胞中检测到300-600个基因，优于现有其他方法 | NA | 开发一种高效的细菌单细胞转录组测序方法，以研究细菌群体内的细胞间变异和复杂微生物群落中的基因表达谱 | 细菌单细胞（以鼠伤寒沙门氏菌为例） | 微生物组学 | NA | MATQ-seq, scRNA-seq, FACS, rRNA去除 | NA | 转录组数据 | NA |
| 60 | 2025-06-01 |
Severe inflammation and lineage skewing are associated with poor engraftment of engineered hematopoietic stem cells in patients with sickle cell disease
2025-Apr-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58321-4
PMID:40169559
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研究论文 | 该研究探讨了在镰状细胞病（SCD）患者中，基因改造的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）移植的治疗效果及其与炎症和谱系偏斜的关系 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了移植效果不佳的患者中最不成熟的造血干细胞（HSCs）存在加剧的炎症特征和谱系偏斜 | 研究样本量较小，且长期疗效和安全性仍需进一步观察 | 评估基于DREPAGLOBE的基因疗法在镰状细胞病患者中的安全性和有效性 | 镰状细胞病患者 | 基因治疗 | 镰状细胞病 | 慢病毒载体（DREPAGLOBE）基因疗法，单细胞转录组分析 | NA | 临床数据，转录组数据 | NA（未明确提及具体样本数量，但涉及多个患者） |