单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-03-28	Restorative Effects of Short-Chain Fatty Acids on Corneal Homeostasis Disrupted by Antibiotic-Induced Gut Dysbiosis 2025-Apr, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.010 PMID:39732390	研究论文	研究探讨了抗生素诱导的肠道菌群失调（AIGD）和无菌条件对小鼠角膜昼夜节律基因表达、屏障完整性、神经密度和免疫细胞活性的影响，并发现短链脂肪酸（SCFAs）能显著恢复AIGD小鼠的角膜完整性	首次揭示了肠道菌群通过调节昼夜节律基因表达和维持屏障功能对角膜生理的关键作用，并发现SCFAs在恢复角膜完整性中的潜在治疗价值	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究肠道菌群对角膜稳态的影响及SCFAs的修复作用	小鼠角膜	微生物组学	角膜功能障碍	RNA测序、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
42	2025-03-28	Integrating single-cell sequencing and machine learning to uncover the role of mitophagy in subtyping and prognosis of esophageal cancer 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02061-1 PMID:39948301	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习技术，探讨了线粒体自噬相关基因在食管癌分型和预后中的作用	首次利用单细胞测序分析食管癌微环境异质性，并通过机器学习算法识别出两个核心基因HSPD1和MAP1LC3B，构建了预后模型	研究结果需要更多独立队列验证，分子对接结果需要实验验证	阐明线粒体自噬相关基因在食管癌分型和预后中的分子机制	食管癌患者	数字病理学	食管癌	RNA-seq, 单细胞测序	LASSO回归, Random Forest, XGBoost	基因表达数据	TCGA数据库中的食管癌患者数据，两个外部验证队列
43	2025-03-28	Single-cell insights into HNSCC tumor heterogeneity and programmed cell death pathways 2025-Apr, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102341 PMID:40068384	研究论文	该研究利用单细胞测序技术揭示头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤异质性，并探索程序性细胞死亡通路	通过单细胞测序识别了HNSCC中C2 MALAT1+肿瘤亚群的独特特征，并开发了新的预后模型MTRS	研究可能受限于样本量或特定亚群的分析深度	解析HNSCC的肿瘤异质性，寻找治疗靶点并优化预后模型	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤亚群	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	LASSO回归	单细胞RNA测序数据	NA
44	2025-03-28	Pathogenesis of systemic sclerosis: an integrative review of recent advances 2025-Apr-01, Journal of rheumatic diseases IF:2.2Q3 DOI:10.4078/jrd.2024.0129 PMID:40134549	综述	本文综述了系统性硬化症（SSc）的发病机制最新研究进展，强调了从基础研究向精准治疗方法的转变	整合了最新的转录组、基因组、蛋白质组和表观基因组数据，探索了流式细胞术和单细胞RNA测序等技术在研究致病细胞亚型中的潜力	NA	探讨系统性硬化症的发病机制，并推动未来研究向个性化和精准干预方向发展	系统性硬化症（SSc）的发病机制	医学研究	系统性硬化症（SSc）	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	转录组、基因组、蛋白质组、表观基因组数据	NA
45	2025-03-26	Chronic Rejection After Kidney Transplantation 2025-Apr-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000005187 PMID:39192468	research paper	本文探讨了肾脏移植后慢性排斥反应的机制及潜在治疗方法	强调了自然杀伤细胞（NK细胞）在抗体介导排斥反应（AMR）中的关键作用，并探索了靶向CD38的单克隆抗体felzartamab的治疗潜力	尽管有初步积极结果，但felzartamab的疗效仍需进一步关键性试验验证	研究肾脏移植后慢性排斥反应的免疫机制及治疗策略	肾脏移植患者及相关的免疫机制	NA	肾脏疾病	免疫组化、批量转录组学、空间转录组学、功能遗传学	NA	分子和形态学数据	NA
46	2025-03-26	GLS as a Key Cuproptosis-Related Gene in Periodontitis: Insights from Single-Cell RNA Sequencing 2025-Apr, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.10.001 PMID:39428264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了铜死亡相关基因在牙周炎中的作用	首次整合单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了GLS在牙周炎免疫细胞中的关键作用	研究仅基于GSE10334数据集，样本来源和数量可能有限	阐明铜诱导细胞死亡（铜死亡）与牙周炎之间的联系	牙周炎患者样本中的铜死亡相关基因	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO回归、逻辑回归分析	NA	RNA测序数据	基于GSE10334数据集，具体样本数量未明确说明
47	2025-03-26	Uncovering Molecular and Genetic Drivers of Dental Caries Via scRNA-seq and Mendelian Randomisation 2025-Apr, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.10.005 PMID:39510929	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和孟德尔随机化（MR）方法，揭示了龋齿易感性和进展的分子和遗传因素	首次整合scRNA-seq和MR技术，系统分析龋齿的分子和遗传驱动因素，发现6个关键基因与龋齿风险相关	研究样本量有限，未来需要更大规模的功能验证研究	阐明龋齿易感性和进展的分子和遗传机制	健康与龋齿影响的牙髓组织	基因组学	龋齿	scRNA-seq, 孟德尔随机化(MR)	NA	单细胞RNA测序数据	GSE185222数据集中的健康与龋齿牙髓组织样本
48	2025-03-26	Spatial Transcriptomics and Proteomics Profiling After Ischemic Stroke Reperfusion: Insights Into Vascular Alterations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.048085 PMID:40052263	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学分析，探讨了缺血性中风再灌注后脑血管变化的分子机制	首次结合空间转录组学和蛋白质组学技术，系统研究了缺血性中风再灌注后脑血管的分子变化模式	研究仅在小鼠模型中进行，样本量较小(n=5)，且仅观察了24小时内的早期变化	探究缺血性中风再灌注后脑血管变化的分子机制	13-14周龄C57BL/6JRj雄性小鼠的脑实质内皮细胞和周细胞	神经科学	缺血性中风	空间转录组学，蛋白质组学，免疫组织化学半定量分析	小鼠大脑中动脉闭塞模型	基因表达数据，蛋白质表达数据	5只13-14周龄C57BL/6JRj雄性小鼠
49	2025-03-26	Map3k3 I441M Knock-In Mouse Model of Cerebral Cavernous Malformations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.049935 PMID:40127145	研究论文	本研究建立了一个Map3k3 I441M敲入小鼠模型，用于研究脑海绵状血管瘤（CCMs）的发病机制及治疗	首次建立了Map3k3I441M敲入小鼠模型，模拟人类CCMs的单等位基因突变，并揭示了PI3K信号通路在CCMs形成中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	研究脑海绵状血管瘤的发病机制及探索潜在治疗方法	Map3k3I441M敲入小鼠模型及Map3k3I441M; Ptenfl/fl小鼠模型	病理学	脑海绵状血管瘤	磁共振成像、单细胞RNA测序、免疫染色	小鼠模型	影像数据、基因表达数据	未明确说明具体数量，但涉及多种基因型小鼠
50	2025-03-25	Lysozyme modulates inflammatory responses to exacerbate the severity of rheumatoid arthritis 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114427 PMID:40056513	研究论文	该研究探讨了溶菌酶（LYZ）在类风湿性关节炎（RA）中的作用及其作为早期RA诊断生物标志物或治疗靶点的潜力	首次揭示了LYZ在早期RA患者血浆和滑膜巨噬细胞中的高表达，并通过基因敲除和沉默实验验证了LYZ在RA炎症调控中的作用	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在更大规模的人类临床样本中验证LYZ的临床应用价值	探索RA的新治疗靶点或生物标志物以改善治疗效果	早期RA患者、CAIA小鼠模型和MH7A细胞	NA	类风湿性关节炎	血浆蛋白质组学、滑膜液单细胞测序分析、RNA-Seq	CAIA小鼠模型	蛋白质表达数据、基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及早期RA患者、CAIA小鼠和MH7A细胞
51	2025-03-25	MultiOmics analysis of metabolic dysregulation and immune features in breast cancer 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114376 PMID:40054322	研究论文	通过多组学分析乳腺癌中的代谢失调和免疫特征，构建代谢风险模型以预测患者预后	首次综合代谢和免疫因素评估乳腺癌患者预后，并构建代谢风险模型	样本量相对较小（247例），且仅基于TCGA和GEO数据库	评估和预测乳腺癌患者的预后	乳腺癌样本	多组学分析	乳腺癌	GSVA、单细胞测序分析、机器学习算法	代谢风险模型	基因表达数据、临床病理特征数据、免疫浸润数据	247例乳腺癌样本
52	2025-03-25	Comprehensive pan-cancer single-cell analysis reveals glycolysis-related signatures as predictive biomarkers for immunotherapy response and their role in bladder cancer 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114381 PMID:40058104	research paper	通过全面的泛癌单细胞分析，揭示了糖酵解相关特征作为免疫治疗反应的预测生物标志物及其在膀胱癌中的作用	发现了一个与免疫治疗反应强烈相关的糖酵解特征（Glycolysis.Sig），并证实其在预后和免疫反应预测中的优异性能	研究主要基于已有数据集的分析，需要进一步实验验证	探究糖酵解在泛癌尤其是膀胱癌中的作用及其与免疫治疗反应的关系	泛癌及膀胱癌的单细胞和批量RNA测序数据	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	34个单细胞RNA测序队列，8个接受ICI治疗的批量RNA测序队列，以及TCGA泛癌批量RNA测序队列
53	2025-03-25	A cohort of highly activated CD99- CD72+ B cells promoting autoimmune progression in juvenile systemic lupus erythematosus 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114466 PMID:40090085	research paper	研究发现了一组在青少年系统性红斑狼疮中高度激活的CD99- CD72+ B细胞亚群，这些细胞通过表达高水平的TLR7促进自身免疫反应	首次识别并描述了CD72 BCs这一关键过渡细胞群体，其在系统性红斑狼疮中连接了初始B细胞和浆细胞的分化过程	研究主要基于青少年系统性红斑狼疮患者，结果在成人患者中的适用性尚待验证	探究系统性红斑狼疮中自身抗体分泌细胞的起源和分化机制	CD99- CD72+ B细胞亚群	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(RNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为青少年系统性红斑狼疮患者
54	2025-03-25	Integration of Single-Cell and Bulk RNA-seq Data to Identify the Cancer-Associated Fibroblast Subtypes and Risk Model in Glioma 2025-Apr, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10751-3 PMID:38536568	研究论文	该研究通过整合单细胞和批量RNA-seq数据，识别了胶质瘤中与癌症相关的成纤维细胞亚型，并建立了一个风险模型	结合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，识别了23个预后CAF标记物，并开发了一个新的CRS模型，包括PCOLCE、TIMP1和CLIC1	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	识别胶质瘤中癌症相关成纤维细胞的亚型，并开发预后风险模型	胶质瘤患者和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA-seq、批量RNA-seq、RT-qPCR	LASSO回归模型	RNA-seq数据	1333个胶质瘤样本（来自TCGA和CGGA数据集）
55	2025-03-25	Single-Cell Analysis Reveals Histone Deacetylation Factor Guide Intercellular Communication of Tumor Microenvironment that Contribute to Colorectal Cancer Progression and Immunotherapy 2025-Apr, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10730-8 PMID:38637426	研究论文	通过单细胞RNA-seq数据分析组蛋白去乙酰化因子(HDF)在结直肠癌(CRC)肿瘤微环境(TME)中的作用及其对免疫治疗的影响	首次在单细胞水平揭示HDF相关基因对CRC肿瘤微环境的调控机制，并开发了HDF-TME评分系统用于预测患者预后和免疫治疗效益	研究主要依赖公共数据库数据，缺乏实验验证	探究HDF在CRC肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	结直肠癌肿瘤微环境中的基质细胞、巨噬细胞、T淋巴细胞和B淋巴细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	公共数据库中的CRC组织转录组和免疫治疗队列数据
56	2025-03-23	Crosstalk between endothelial cells and dermal papilla entails hair regeneration and angiogenesis during aging 2025-Apr, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.006 PMID:38718895	研究论文	本文探讨了老化过程中毛囊和血管之间的相互作用如何调节血管生成和毛发再生	揭示了内皮细胞（ECs）和真皮乳头（DP）之间的互惠相互作用，并确定了促进毛发再生和血管生成的新信号通路	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索老化过程中毛囊和血管如何相互作用以调节血管生成和毛发再生	老化过程中的毛囊和血管	细胞生物学	老化相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CellChat、CellCall、单细胞代谢分析（scMetabolism）、iPATH	小鼠拔毛模型和小鼠细胞类器官模型	单细胞RNA测序数据、代谢数据	未明确说明样本数量
57	2025-03-23	Tolerogenic dendritic cell-mediated regulatory T cell differentiation by Chinese herbal formulation attenuates colitis progression 2025-Apr, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.04.023 PMID:38677546	研究论文	本研究探讨了中药配方CDD-2103及其生物活性化合物在结肠炎小鼠模型中调节免疫的机制	揭示了CDD-2103通过增加耐受性树突状细胞（DCs）的数量和功能，促进调节性T细胞（Tregs）的分化，从而抑制结肠炎进展的新机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究CDD-2103及其生物活性化合物在结肠炎中的免疫调节机制	小鼠模型中的结肠炎	免疫学	溃疡性结肠炎	单细胞转录组分析、液相色谱-质谱联用（LC-MS）	NA	转录组数据、质谱数据	两种实验性结肠炎模型（TNBS诱导和T细胞转移诱导的Rag1-/-小鼠）
58	2025-03-23	Integrative Analyses of Bulk and Single-Cell RNA Seq Identified the Shared Genes in Acute Respiratory Distress Syndrome and Rheumatoid Arthritis 2025-Apr, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01141-6 PMID:38656728	研究论文	本研究通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别了急性呼吸窘迫综合征（ARDS）和类风湿性关节炎（RA）之间的共享基因，为临床药物发现提供了新的见解	首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别了ARDS和RA之间的共享基因，并揭示了这些基因与免疫细胞的相关性	研究主要依赖于公共数据库中的数据集，可能缺乏实验验证	识别ARDS和RA之间的共享基因，以促进临床药物发现	急性呼吸窘迫综合征（ARDS）和类风湿性关节炎（RA）	生物信息学	急性呼吸窘迫综合征和类风湿性关节炎	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机森林（RF），最小绝对收缩和选择算子（LASSO）	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的批量RNA测序数据集和COVID-19单细胞转录组数据
59	2025-03-23	The Predictive Value of Neutrophil Extracellular Trap-Related Risk Score in Prognosis and Immune Microenvironment of Colorectal Cancer Patients 2025-Apr, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01135-4 PMID:38580851	研究论文	本文研究了中性粒细胞外陷阱（NETs）相关风险评分在结直肠癌（CRC）患者预后和免疫微环境中的预测价值	开发了一种新的NET风险评分模型，用于预测CRC患者的预后，并揭示了高风险患者与不良预后和疾病进展状态的关联	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到数据来源的限制	探索NETs在CRC中的预后价值及其与免疫微环境的关系	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq, scRNA-seq, CIBERSORT, XCell, MCPcounter	LASSO Cox回归模型	基因表达数据	TCGA-CRC数据集和验证数据集中的结直肠癌患者样本
60	2025-03-23	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2025-Apr, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	本研究揭示了USP4水平降低介导的RAB7A泛素化如何破坏正常的溶酶体运输和自噬体-溶酶体融合，从而显著促进牙周炎的进展	首次揭示了USP4和RAB7A之间的相互作用在牙周炎中的关键作用，并验证了USP4上调可减轻牙周炎	研究主要基于小鼠模型和临床牙龈样本，尚未在更广泛的人群中进行验证	探讨自噬与牙周炎发病机制之间的精确相互作用	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠	分子生物学	牙周炎	基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析	NA	基因组数据、组织样本数据	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠