单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-02-26	High antigen-presenting CAF levels correlate with reduced glycosaminoglycan biosynthesis-heparan sulfate/heparin metabolism in immune cells and poor prognosis in esophageal squamous cell carcinoma: Insights from bulk and single-cell transcriptome profiling 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140418 PMID:39889995	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了食管鳞状细胞癌中抗原呈递的癌症相关成纤维细胞（apCAF）对肿瘤代谢环境的重塑作用及其与患者不良预后的关联	首次在食管鳞状细胞癌中识别出抗原呈递的癌症相关成纤维细胞（apCAF）亚群，并揭示了其对肿瘤代谢环境的重塑机制	研究中未详细探讨apCAF如何具体影响免疫逃逸的分子机制	探讨癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的代谢重编程作用及其对患者预后的影响	食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
562	2025-02-26	Nintedanib improves bleomycin-induced pulmonary fibrosis by inhibiting the Clec7a/SPP1 pathway in interstitial macrophages 2025-Apr, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111635 PMID:39892726	研究论文	本研究通过单细胞测序和RNA-seq数据的整合分析，揭示了Nintedanib在治疗特发性肺纤维化中的新机制	发现了Nintedanib通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a，进而抑制SPP1介导的纤维化通路，提供了新的治疗视角	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	揭示Nintedanib在治疗特发性肺纤维化中的具体作用机制	特发性肺纤维化小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序, RNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠肺组织样本
563	2025-02-26	A systematic review of single-cell RNA sequencing applications and innovations 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108362 PMID:39919386	review	本文系统回顾了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的应用和创新，特别是在胰岛细胞中的应用	强调了scRNA-seq在理解细胞类型、基因活动和细胞相互作用方面的进展，并讨论了其在复杂生物过程和疾病研究中的重要性	讨论了scRNA-seq的挑战和局限性	研究单细胞RNA测序在细胞多样性和复杂生物过程中的应用	胰岛细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
564	2025-02-26	Unveiling FKBP7 as an early endoplasmic reticulum sentinel in pancreatic stellate cell activation, collagen remodeling and tumor progression 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217538 PMID:39924075	研究论文	本文揭示了FKBP7在胰腺星状细胞激活、胶原重塑和肿瘤进展中的早期内质网哨兵作用	首次发现FKBP7作为胰腺星状细胞激活的早期标志物，并揭示其通过调节特定胶原亚型的分泌来影响肿瘤微环境	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床环境中进行验证	探讨内质网驻留蛋白FKBP7在胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的作用	胰腺星状细胞（PSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、功能分析	NA	RNA测序数据、组织样本	PDAC患者组织样本
565	2025-02-26	The development and potent antitumor efficacy of CD44/CD133 dual-targeting IL7Rα-armored CAR-T cells against glioblastoma 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217541 PMID:39952598	研究论文	本文开发了一种针对CD44和CD133的双靶向IL7Rα装甲CAR-T细胞，用于治疗胶质母细胞瘤（GBM），并展示了其在临床前模型中的抗肿瘤效果	开发了一种新型的双靶向CAR-T细胞（Tanζ-T28-Δ7R），结合了CD44和CD133的靶向能力以及IL-7受体α的细胞内结构域，增强了抗肿瘤效果	研究主要基于临床前模型，尚未进行大规模临床试验验证其安全性和有效性	开发一种针对胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法，克服肿瘤异质性和免疫抑制微环境的挑战	胶质母细胞瘤（GBM）患者来源的胶质瘤干细胞（GSCs）、颅内异种移植模型、患者来源的异种移植模型和胶质母细胞瘤类器官（GBOs）	免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	CAR-T细胞	测序数据、细胞表型数据	患者来源的GSCs、颅内异种移植模型、患者来源的异种移植模型和GBOs
566	2025-02-25	Single Cell Deletion of the Transcription Factors Trps1 and Sox9 in Astrocytes Reveals Novel Functions in the Adult Cerebral Cortex 2025-Apr, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24645 PMID:39610085	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9技术删除成年大脑皮层中的转录因子Trps1和Sox9，揭示了它们在星形胶质细胞中的新功能	首次在成年大脑皮层中通过单细胞和空间转录组学技术揭示了Trps1和Sox9在星形胶质细胞中的特异性功能及其对周围细胞的非细胞自主效应	研究仅限于成年大脑皮层的星形胶质细胞，未涉及其他脑区或发育阶段	探索转录因子Trps1和Sox9在成年大脑皮层星形胶质细胞中的功能及其异质性	成年大脑皮层的星形胶质细胞	神经科学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
567	2025-02-24	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing data using machine learning identifies oxidative stress-related genes LUM and PCOLCE2 as potential biomarkers for heart failure 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140793 PMID:39929468	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，利用机器学习方法识别出与心力衰竭相关的氧化应激基因LUM和PCOLCE2作为潜在生物标志物	首次结合单细胞和批量RNA测序数据，应用多种机器学习算法识别出与心力衰竭相关的氧化应激基因，并验证了其在心力衰竭中的诊断潜力	需要进一步研究以验证其临床应用价值	探索氧化应激相关基因在心力衰竭中的作用，并识别潜在生物标志物	心力衰竭患者和小鼠模型	机器学习	心血管疾病	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	AUCell, UCell, singscore, ssgsea, AddModuleScore, LASSO, XGBoost, Boruta, 随机森林, 梯度提升机, 决策树, 支持向量机递归特征消除	RNA测序数据	来自Gene Expression Omnibus的单细胞RNA测序数据集和心力衰竭患者样本
568	2025-02-22	Identification of novel hub gene and biological pathways associated with ferroptosis in In-Stent restenosis 2025-Apr-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149287 PMID:39880339	研究论文	本研究通过整合GEO数据库和单细胞测序数据，揭示了与铁死亡相关的分子靶点，并构建了lncRNA-miRNA-SP1调控网络，以探索支架内再狭窄（ISR）的治疗新策略	首次将铁死亡与血管平滑肌细胞在支架内再狭窄中的作用联系起来，并识别出SP1作为关键调控因子	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认SP1的功能和调控机制	揭示支架内再狭窄中与铁死亡相关的分子靶点，探索新的治疗策略	血管平滑肌细胞（VSMCs）	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
569	2025-02-22	Integrative analysis of bulk RNA and single-cell sequencing data reveals a liquid-liquid phase separation signature for clear cell renal cell carcinoma 2025-Apr-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149313 PMID:39921047	研究论文	本研究通过整合大量RNA和单细胞测序数据，揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的液-液相分离（LLPS）特征，并构建了一个基于LLPS相关基因的预后和免疫治疗反应预测模型	首次基于LLPS相关基因构建了ccRCC的预后和免疫治疗反应预测模型，并通过单细胞测序数据验证了这些基因在ccRCC微环境中的表达水平	研究样本主要来自TCGA数据库，可能缺乏多样性和代表性	建立透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的预后和免疫治疗反应预测模型	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾癌	RNA测序，单细胞测序	Cox回归，LASSO算法	RNA测序数据，单细胞测序数据	TCGA数据库中的ccRCC患者样本
570	2025-02-19	A comprehensive bioinformatics analysis identifies mitophagy biomarkers and potential Molecular mechanisms in hypertensive nephropathy 2025-Apr, Journal of biomolecular structure & dynamics IF:2.7Q2 DOI:10.1080/07391102.2024.2311344 PMID:38334110	研究论文	本研究通过生物信息学分析，识别了高血压肾病中的线粒体自噬生物标志物及其潜在分子机制	首次在高血压肾病中系统分析了线粒体自噬相关基因，并构建了诊断模型	研究主要基于公开的转录组数据集，缺乏实验验证	探索高血压肾病中线粒体自噬的作用及其潜在诊断和治疗标志物	高血压肾病患者的转录组数据	生物信息学	高血压肾病	转录组分析，单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了Gene Expression Omnibus数据库中的数据集
571	2025-02-08	Single-cell transcriptome analysis revealing mechanotransduction via the Hippo/YAP pathway in promoting fibroblast-to-myofibroblast transition and idiopathic pulmonary fibrosis development 2025-Apr-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149271 PMID:39855369	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了机械转导通过Hippo/YAP途径促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转变以及特发性肺纤维化（IPF）发展的分子机制	揭示了机械应力通过Hippo/YAP途径在成纤维细胞向肌成纤维细胞转变中的关键作用，为理解IPF的发病机制提供了新的见解	研究中使用的细胞模型可能无法完全模拟体内复杂的机械微环境	探索促进特发性肺纤维化（IPF）发展的潜在分子机制	IPF患者和健康个体的肺组织样本，以及MRC-5肺成纤维细胞	生物信息学	肺纤维化	单细胞转录组测序，基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析	NA	转录组数据，单细胞测序数据	IPF患者和健康个体的肺组织样本
572	2025-02-04	Single-cell RNA sequencing reveals the role of immune-related autophagy in aseptic loosening of biomaterials bone-implant 2025-Apr, Biomaterials advances IF:5.5Q2 DOI:10.1016/j.bioadv.2025.214190 PMID:39842168	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了免疫相关自噬在生物材料骨植入物无菌性松动（AL）机制中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了AL组织中免疫细胞亚群的自噬相关基因Ctsb的下调及其对巨噬细胞凋亡和成骨细胞分化的影响	研究主要聚焦于巨噬细胞和中性粒细胞，未全面涵盖所有免疫细胞类型	探讨免疫相关自噬在生物材料骨植入物无菌性松动机制中的作用	无菌性松动（AL）组织中的免疫细胞亚群，特别是巨噬细胞和中性粒细胞	生物医学工程	骨科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
573	2025-02-03	Periductal fibroblasts participate in liver homeostasis, fibrosis, and tumorigenesis 2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20232123 PMID:39888328	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了肝脏中不同成纤维细胞群体的生理功能及其在肝纤维化和肿瘤发生中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术鉴定了Cd34和Dpt作为肝成纤维细胞特异性基因，并揭示了它们在肝纤维化和肝内胆管癌中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究肝脏中不同成纤维细胞群体的生理功能及其在肝纤维化和肿瘤发生中的作用	小鼠肝脏中的成纤维细胞	生物医学	肝纤维化, 肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肝脏组织样本
574	2024-12-09	Rapid and efficient immune response induced by a designed modular cholera toxin B subunit (CTB)-based self-assembling nanoparticle 2025-Apr, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2024.122946 PMID:39515192	研究论文	本文设计了一种基于霍乱毒素B亚单位（CTB）的自组装纳米颗粒，并研究了其快速免疫激活机制	该纳米疫苗通过CTB五聚体和非天然三聚体域自组装，展示了S. Paratyphi A O-多糖抗原，并揭示了其在淋巴结中的动态变化和强大的体液免疫反应能力	免疫激活机制的深入理解仍有限，限制了此类纳米载体的进一步扩展	研究新型自组装纳米疫苗的快速免疫激活机制，并评估其在不同感染模型中的预防效果	基于CTB的自组装纳米颗粒及其在免疫激活中的作用	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
575	2024-12-09	A 3D-printed microdevice encapsulates vascularized islets composed of iPSC-derived β-like cells and microvascular fragments for type 1 diabetes treatment 2025-Apr, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2024.122947 PMID:39547136	研究论文	本文介绍了一种3D打印的微型装置，用于封装血管化的胰岛，这些胰岛由诱导多能干细胞（iPSC）衍生的β样细胞和微血管片段组成，用于治疗1型糖尿病	创新点在于使用3D打印技术制造了一种可回收的微型装置，封装了血管化的胰岛，用于长期治疗1型糖尿病	研究仅在C57BL/6小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	开发一种新的治疗方法，通过移植血管化的胰岛来治疗1型糖尿病	诱导多能干细胞衍生的β样细胞和微血管片段	NA	1型糖尿病	3D打印技术	NA	单细胞RNA测序数据	C57BL/6小鼠