单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-04-19	Senescence-induced p21high macrophages contributed to CD8+ T cells-related immune hyporesponsiveness in kidney transplantation via Zfp36/IL-27 axis 2025-Apr-15, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-025-00784-2 PMID:40234384	research paper	该研究探讨了衰老诱导的p21high巨噬细胞通过Zfp36/IL-27轴对肾移植中CD8+ T细胞相关免疫低反应性的影响	揭示了衰老巨噬细胞通过Zfp36/IL-27依赖机制保护肾移植排斥的新机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究衰老免疫系统对肾移植排斥反应的影响机制	肾移植受者和小鼠模型	免疫学	肾移植排斥	单细胞转录组分析、siRNA沉默、中和抗体抑制	Zfp36条件性敲除小鼠模型	临床数据、转录组数据	来自中国和德国两大中心的临床数据及小鼠实验样本
562	2025-04-19	Redefining the high variable genes by optimized LOESS regression with positive ratio 2025-Apr-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06112-5 PMID:40234751	研究论文	开发了一种基于优化LOESS回归的稳健特征选择算法，用于单细胞RNA测序数据的高可变基因筛选	利用优化的LOESS回归精确捕捉基因平均表达水平与阳性率之间的关系，同时最小化过拟合	NA	提高单细胞RNA测序数据的特征选择效果，以增强下游分析的准确性和有效性	单细胞RNA测序数据中的高可变基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	LOESS回归	基因表达数据	NA
563	2025-04-19	Single-cell transcriptomic dynamics of scallop heart reveals the heterogeneous response to heat stress 2025-Apr-15, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02210-1 PMID:40234911	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示了扇贝心脏在热应激下的异质性反应	首次在开放循环系统动物中揭示了心脏细胞对高温的异质性反应，并识别了一个关键基因AiPLRP2-like在心脏耐热性中的潜在作用	研究仅针对一种软体动物模型（Argopecten irradians），结果可能不适用于其他开放循环系统动物	探究开放循环系统动物心脏在高温应激下的细胞异质性反应	扇贝（Argopecten irradians）的心脏组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	NA
564	2025-04-19	Patterns of hemolysis, erythropoiesis, and iron distribution define unique disease trajectories in three mouse models of genetic anemia 2025-Apr-15, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104787 PMID:40245977	research paper	该研究系统比较了三种遗传性贫血小鼠模型（镰状细胞病、β-地中海贫血和遗传性球形红细胞增多症）的溶血模式、红细胞生成和铁分布特征	揭示了三种遗传性贫血模型在溶血严重程度、铁代谢调控和长期铁分布模式上的独特差异，并建立了首个系统性比较框架	研究仅限于三种小鼠模型，人类疾病的复杂性可能未被完全模拟	为人类溶血性疾病的病理生理研究和药物治疗选择合适的动物模型	镰状细胞病(SCD)、β-地中海贫血(THAL)和遗传性球形红细胞增多症(SPH)小鼠模型	血液病学研究	遗传性贫血	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、铁同位素示踪实验	小鼠疾病模型	基因表达数据、铁代谢数据	三种遗传性贫血小鼠模型（具体数量未明确说明）
565	2025-04-19	scAMZI: attention-based deep autoencoder with zero-inflated layer for clustering scRNA-seq data 2025-Apr-07, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11511-2 PMID:40197174	研究论文	提出了一种基于注意力自编码器和零膨胀层的深度学习模型scAMZI，用于单细胞RNA测序数据的聚类	结合了SimAM注意力模块、自编码器、ZINB模型和零膨胀层，能够更好地利用细胞特征和处理数据中的零值	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据的聚类方法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器(SimAM, ZINB)	基因表达数据	14个基准scRNA-seq数据集(从数百到数万个细胞)
566	2025-04-19	Decoding B Cells in Autoimmune Diseases Through ScRNA + BCR-Seq: Current Knowledge and Future Directions 2025-04-03, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14070539 PMID:40214492	综述	本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞B细胞受体测序(scBCR-seq)在自身免疫性疾病中B细胞免疫病理机制研究中的应用	揭示了B细胞亚群转录组与B细胞受体(BCR)克隆之间的动态关联，并探讨了双BCR B细胞和B/T双表型细胞在自身免疫中的潜在作用	NA	推动自身免疫性疾病多组学研究和精准治疗范式的创新	B细胞在自身免疫性疾病中的作用	免疫学	自身免疫性疾病	scRNA-seq, scBCR-seq	NA	单细胞转录组数据, B细胞受体序列数据	NA
567	2025-04-19	Lipid metabolism-related genes are involved in the formation of macrophage extracellular traps in allergic airway inflammation 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00319-5 PMID:39789299	研究论文	本研究探讨了脂质代谢相关基因在过敏性气道炎症中巨噬细胞胞外陷阱（METs）形成中的作用	首次揭示了脂质代谢基因ABCA1、SLC44A2和C3在METs形成中的关键作用，并发现ABCA1在急性和慢性哮喘中表达趋势相反	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏更深入的机制研究	探究脂质代谢是否参与巨噬细胞胞外陷阱的形成及其在哮喘中的作用	巨噬细胞胞外陷阱（METs）和哮喘患者样本	生物信息学与免疫学	哮喘	WGCNA、LASSO回归、Xcell和CIBERSORT算法、单细胞转录组分析、免疫荧光、SYTOX Green染色、Western blot	NA	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE40885、GSE42606、GSE27066、GSE137268、GSE256534）和Tabula Muris数据库数据
568	2025-04-19	Comprehensive analysis of autophagy status and its relationship with immunity and inflammation in ischemic stroke through integrated transcriptomic and single-cell sequencing 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00320-y PMID:39827328	研究论文	通过整合转录组和单细胞测序技术，全面分析缺血性卒中中自噬状态及其与免疫和炎症的关系	构建了一个具有良好临床效能的卒中诊断模型（AUC=0.87），并鉴定了两种具有不同基因表达模式和免疫细胞浸润的IS亚型	研究中使用的数据集来自公共数据库，可能存在样本选择和偏倚问题	探讨自噬及自噬相关基因在缺血性卒中中的作用	缺血性卒中患者和小鼠模型	生物信息学	缺血性卒中	转录组测序、单细胞测序（scRNA-seq）、WGCNA	机器学习算法	基因表达数据、单细胞数据	来自GEO数据库的IS数据集、外部队列和IS小鼠模型
569	2025-04-19	Integrative analysis of genetic variability and functional traits in lung adenocarcinoma epithelial cells via single-cell RNA sequencing, GWAS, bayesian deconvolution, and machine learning 2025-Apr, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01621-2 PMID:39992528	研究论文	通过单细胞RNA测序、GWAS、贝叶斯反卷积和机器学习技术，综合分析肺腺癌上皮细胞的遗传变异和功能特征	整合多种高通量技术揭示肺腺癌上皮细胞的遗传和功能复杂性，特别关注免疫检查点标志物如PD-L1和CTLA-4	研究主要关注上皮细胞，可能未完全涵盖肿瘤微环境中其他细胞类型的作用	解析肺腺癌的遗传和功能复杂性，为个性化治疗策略提供依据	肺腺癌上皮细胞	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, GWAS, 贝叶斯反卷积, 机器学习	机器学习模型	单细胞RNA测序数据, GWAS数据	NA
570	2025-04-19	Single-cell and spatial genomic landscape of non-small cell lung cancer brain metastases 2025-Apr, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03530-z PMID:40016452	研究论文	本研究通过多模态单核RNA测序、T细胞受体测序、单细胞空间转录组和全基因组测序，探讨了非小细胞肺癌脑转移的基因组和肿瘤微环境特征	揭示了脑转移瘤中染色体不稳定性（CIN）的基因组特征，并发现了一个在脑转移瘤中显著富集的神经样转录程序	研究主要基于治疗初期的患者样本，未涉及治疗后复发的脑转移瘤	探索非小细胞肺癌脑转移的分子生物学机制	非小细胞肺癌患者的脑转移瘤和原发肿瘤	基因组学	非小细胞肺癌	单核RNA测序、T细胞受体测序、单细胞空间转录组、全基因组测序、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	4,869名独立患者和12,275名非小细胞肺癌患者的新队列
571	2025-04-19	Annexin A1 regulates inflammatory-immune response and reduces pancreatic and extra- pancreatic injury during severe acute pancreatitis 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00321-x PMID:40025269	研究论文	本研究探讨了Annexin A1（Anxa1）在急性胰腺炎中调节炎症反应的作用	揭示了Anxa1在髓系细胞中的动态表达调控及其对胰腺和胰腺外器官损伤的保护作用，并验证了合成肽Ac2-26的治疗潜力	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床中进行验证	探究Anxa1在急性胰腺炎炎症反应调控中的作用及其治疗潜力	髓系细胞、胰腺及胰腺外器官（肺、肝、肾）	免疫学	急性胰腺炎	流式细胞术、单细胞RNA测序、基因表达分析	动物模型	基因表达数据、细胞表型数据	多种动物模型（具体数量未明确说明）
572	2025-04-18	Identification of Novel Protein Biomarkers for Intrahepatic Cholangiocarcinoma by Integrating Human Plasma Proteome with Genome 2025-Apr-17, Journal of gastrointestinal cancer IF:1.6Q4 DOI:10.1007/s12029-025-01226-8 PMID:40240670	研究论文	本研究通过整合人类血浆蛋白质组与基因组数据，识别出与肝内胆管癌(ICC)潜在相关的蛋白质生物标志物	首次对ICC进行蛋白质组-MR分析，揭示了其复杂的遗传结构，并鉴定出5种与疾病有潜在因果关联的新型血液蛋白	研究主要基于欧洲人群数据，可能在其他人群中的普适性有待验证	发现ICC的潜在治疗和诊断靶点	肝内胆管癌(ICC)相关蛋白质生物标志物	生物信息学	肝内胆管癌	蛋白质组范围孟德尔随机化(MR)、ELISA、scRNA-seq	孟德尔随机化模型	基因组数据、蛋白质组数据、RNA-seq数据	来自deCODE血浆蛋白质组GWAS和欧洲meta分析的遗传数据，TCGA和GTEx数据库样本
573	2025-04-18	Single-cell hdWGCNA reveals a novel diagnostic model and signature genes of macrophages associated with chronic obstructive pulmonary disease 2025-Apr-17, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-025-02025-4 PMID:40244418	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和高维加权基因共表达网络分析，揭示了慢性阻塞性肺病（COPD）中巨噬细胞亚群的诊断模型和特征基因	首次使用hdWGCNA方法识别与COPD相关的巨噬细胞亚群及其特征基因，并构建了基于机器学习的临床诊断模型	研究样本量未明确说明，且仅基于RNA测序数据，缺乏实验验证	探索COPD的免疫机制并开发临床诊断模型	慢性阻塞性肺病（COPD）患者和正常个体的巨噬细胞亚群	数字病理学	慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）	随机森林（RF），卷积神经网络（CNN）	RNA测序数据	NA
574	2025-04-18	Human long noncoding RNA VILMIR is induced by major respiratory viral infections and modulates the host interferon response 2025-Apr-15, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00141-25 PMID:40130878	研究论文	研究发现一种新型长链非编码RNA VILMIR在主要呼吸道病毒感染中被诱导表达，并调节宿主干扰素反应	首次鉴定出VILMIR是一种新型干扰素刺激基因(ISG)，在多种呼吸道病毒感染中上调表达并调控宿主干扰素反应	需要进一步机制研究以明确VILMIR的具体作用机制	探索长链非编码RNA在呼吸道病毒感染中的作用机制	人类呼吸道病毒感染的宿主反应	分子生物学	呼吸道病毒感染	RNA-seq分析	NA	转录组数据	多种人类上皮细胞系(A549、SUP-T1、THP-1)和COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本
575	2025-04-18	ATM-dependent DNA damage response constrains cell growth and drives clonal hematopoiesis in telomere biology disorders 2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181659 PMID:40179146	研究论文	该研究探讨了端粒生物学疾病（TBDs）中ATM依赖性DNA损伤反应对细胞生长的影响及其在克隆造血中的作用	揭示了端粒功能障碍通过ATM依赖性DNA损伤反应途径导致细胞衰老和凋亡的机制，并提出了ATM抑制作为潜在治疗干预的新策略	研究样本量相对有限（166例患者），且ATM抑制治疗的长期安全性和有效性尚未在临床中验证	理解TBD患者造血系统异常（如骨髓衰竭和髓系肿瘤风险增加）的分子机制	166例儿童和成人TBD患者的造血细胞	分子生物学	端粒生物学疾病	单细胞测序、ATM激活检测、端粒功能障碍诱导灶分析、细胞生长实验	NA	基因组数据、细胞功能数据	166例TBD患者（儿童和成人）的造血细胞样本
576	2025-04-18	Virus-associated inflammation imprints an inflammatory profile on monocyte-derived macrophages in the human liver 2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175241 PMID:40231469	research paper	该研究探讨了慢性乙型肝炎患者的肝脏中，病毒相关炎症如何通过单核细胞来源的巨噬细胞（iMacs）塑造炎症表型，并影响肝脏疾病的进展	首次在人类肝脏中揭示了炎症环境对单核细胞来源巨噬细胞的长期表型印记，并发现这种印记在炎症消退后仍持续存在	研究样本仅限于慢性乙型肝炎患者，未涵盖其他类型的肝脏疾病	研究病毒相关炎症如何重塑肝脏巨噬细胞群体及其对疾病进展的影响	慢性乙型肝炎患者的肝脏组织和血液样本	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	慢性乙型肝炎患者（具体数量未提及）的纵向肝脏和血液样本
577	2025-04-18	How is single-cell RNA sequencing contributing to the advancement of cancer therapeutics? 2025-Apr-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i4.103480 PMID:40235873	research paper	该研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术研究了胃癌患者肿瘤微环境中细胞群体的分布和动态变化	通过scRNA-seq数据在临床环境中的应用讨论，为开发个性化胃癌治疗策略提供了新思路	研究未提及样本量大小或具体实验设计的局限性	探索scRNA-seq在癌症治疗领域的应用潜力	胃癌患者的肿瘤微环境	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	NA
578	2025-04-18	Parallel comparison of T cell and B cell subpopulations of adenoid hypertrophy and tonsil hypertrophy of children 2025-Apr-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58094-w PMID:40229254	研究论文	比较儿童腺样体肥大和扁桃体肥大的T细胞和B细胞亚群的差异	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了腺样体肥大和扁桃体肥大在免疫微环境中的差异	样本量相对较小（12对配对样本），且仅针对儿童患者	探究腺样体肥大和扁桃体肥大在免疫微环境中的差异	1209名1-15岁被诊断为腺样体肥大的儿科患者及其12对配对腺样体和扁桃体样本	免疫学	腺样体肥大和扁桃体肥大	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1209名儿科患者（流行病学数据）和12对配对样本（单细胞RNA测序）
579	2025-04-18	Multi-omics analysis identifies diagnostic circulating biomarkers and potential therapeutic targets, revealing IQGAP1 as an oncogene in gastric cancer 2025-Apr-14, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00895-9 PMID:40229327	研究论文	本研究采用多组学整合方法，识别胃癌(GC)的循环生物标志物，并探讨其作为治疗靶点的潜力	通过多组学数据整合，识别出四个基因和四个蛋白质作为潜在的胃癌生物标志物，并揭示了IQGAP1在肿瘤生长中的关键作用	NA	识别胃癌的循环生物标志物并探索其治疗靶点潜力	胃癌患者的血浆和肿瘤组织样本	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因和蛋白质定量性状位点分析、孟德尔随机化	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	来自UK Biobank和FinnGen的数据
580	2025-04-18	A simplified preparation method for single-nucleus RNA-sequencing using long-term frozen brain tumor tissues 2025-Apr-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97053-9 PMID:40229354	research paper	本文介绍了一种简化的单核RNA测序方法，适用于长期冷冻保存的脑肿瘤组织	优化了从长期冷冻的儿科胶质瘤组织中分离完整细胞核的方法，并改进了3'测序文库以包含更短的RNA片段	方法主要针对冷冻脑肿瘤组织，可能不适用于其他类型的组织或新鲜样本	提高对罕见肿瘤组织的研究能力，特别是冷冻保存的脑肿瘤样本	长期冷冻保存的儿科胶质瘤组织	digital pathology	brain tumor	single-nucleus RNA-sequencing (snRNA-seq)	NA	RNA-seq data	冷冻的原发性胶质瘤组织样本