单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 716 篇文献，本页显示第 541 - 560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2025-10-07 |
Cell-cycle dependence of bursty gene expression: insights from fitting mechanistic models to single-cell RNA-seq data
2025-Apr-10, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf295
PMID:40240003
|
研究论文 | 通过将机制模型拟合到单细胞RNA测序数据，研究细胞周期对爆发性基因表达的影响 | 首次在转录组水平系统分析细胞周期对爆发频率和爆发大小的依赖关系，并开发了考虑基因拷贝数变异和外在噪声的机制模型 | 仅使用小鼠基因数据，技术噪声校正相对不充分 | 探究细胞周期不同阶段基因表达爆发参数的动态变化 | 小鼠数千个基因的等位基因表达 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序，深度学习 | 机制模型 | mRNA计数数据 | 数千个小鼠基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 542 | 2025-10-07 |
Benchmarking computational methods for detecting spatial domains and domain-specific spatially variable genes from spatial transcriptomics data
2025-Apr-10, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf303
PMID:40240000
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研究论文 | 对19种空间转录组数据分析方法在识别空间域和空间可变基因方面的性能进行全面基准测试 | 首次对空间转录组数据分析方法进行大规模综合评估，提出量化策略评估域特异性SVG识别结果，并发现整合不同方法可改善聚类和SVG结果 | 没有单一方法在所有数据集上表现最佳，方法性能高度依赖于数据和SRT平台 | 评估和比较空间转录组数据分析方法的性能，为方法选择提供实用指南 | 空间转录组数据分析方法 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | GNN | 空间转录组数据 | 30个真实数据集和27个合成数据集，覆盖6种SRT技术 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 543 | 2025-10-07 |
NAT10 Promotes Gastric Cancer Liver Metastasis by Modulation of M2 Macrophage Polarization and Metastatic Tumor Cell Hepatic Adhesion
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410263
PMID:39985269
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研究论文 | 本研究揭示了RNA乙酰转移酶NAT10通过调控M2巨噬细胞极化和肿瘤细胞肝粘附促进胃癌肝转移的分子机制 | 首次发现NAT10介导的RNA修饰在胃癌肝转移中的关键作用，并阐明NAT10/KLF5信号轴通过调控巨噬细胞极化和肿瘤细胞粘附的双重机制 | 研究主要基于临床样本分析和小鼠模型，需要进一步在人体中验证治疗靶点的有效性 | 探究RNA修饰在胃癌肝转移中的作用机制及潜在治疗靶点 | 胃癌细胞、肝转移灶、巨噬细胞、小鼠模型和类器官模型 | 癌症生物学 | 胃癌 | 单细胞测序, 临床样本分析, 小鼠模型, 类器官模型 | 动物模型, 类器官模型 | 基因表达数据, 临床数据, 实验数据 | 临床样本和小鼠模型，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 544 | 2025-10-07 |
CpG-Based Nanovaccines Enhance Ovarian Cancer Immune Response by Gbp2-Mediated Remodeling of Tumor-Associated Macrophages
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412881
PMID:39985265
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研究论文 | 本研究开发了一种基于CpG的纳米疫苗，通过Gbp2介导的机制重塑肿瘤相关巨噬细胞，增强卵巢癌免疫反应 | 开发了PLGA-CpG@ID8-M纳米疫苗，首次阐明Gbp2-Pin1-NFκB通路在TAMs M1极化中的作用机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 开发新型纳米疫苗并阐明其通过重塑肿瘤相关巨噬细胞增强抗肿瘤免疫的机制 | ID8卵巢癌细胞、4T1乳腺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | ID8荷瘤小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 545 | 2025-10-07 |
Multiscale Dissection of Spatial Heterogeneity by Integrating Multi-Slice Spatial and Single-Cell Transcriptomics
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413124
PMID:39999288
|
研究论文 | 提出一种名为SMILE的新型深度学习方法，用于整合多切片空间转录组和单细胞转录组数据以解析空间异质性 | 首次结合图对比自编码器和多层感知器，通过局部约束学习多尺度信息性spot表示，能够同时分析不同尺度的空间变异 | 未明确说明方法在计算效率或大规模数据集上的表现 | 开发能够同时进行多切片空间对齐和细胞类型解卷积的计算方法 | 空间转录组数据和单细胞转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序，单细胞RNA测序 | 图对比自编码器，多层感知器 | 空间转录组数据，单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 546 | 2025-10-07 |
CRISPR/Cas9-mediated SHP-1-knockout T cells combined with simvastatin enhances anti-tumor activity in humanized-PDX HCC model
2025-Apr-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112266
PMID:40241752
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研究论文 | 本研究通过CRISPR/Cas9敲除SHP-1的CD8 T细胞联合辛伐他汀治疗，增强了对肝细胞癌的抗肿瘤活性 | 首次将CRISPR编辑的SHP-1敲除T细胞与HMGCR抑制剂辛伐他汀联合使用，通过双重策略克服肝癌免疫治疗耐药性 | 研究基于人源化PDX模型，尚未进行临床试验验证 | 开发增强肝细胞癌免疫治疗疗效的新策略 | 肝细胞癌患者T细胞、人源化PDX肝癌模型 | 癌症免疫治疗 | 肝细胞癌 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、转录组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 547 | 2025-10-07 |
CXCR4+ PD-L1+ neutrophils are increased in non-survived septic mice
2025-Apr-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112083
PMID:40241761
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析脓毒症小鼠免疫细胞，揭示CXCR4+ PD-L1+中性粒细胞在非存活小鼠中增加的现象 | 首次发现非存活脓毒症小鼠血液中未成熟CXCR4+ PD-L1+中性粒细胞频率增加，并鉴定该细胞群作为治疗靶点的潜力 | 研究仅限于CLP脓毒症小鼠模型，未在人类患者中验证 | 探究中性粒细胞在脓毒症高炎症表型中的免疫学机制 | 存活和非存活的CLP脓毒症小鼠 | 免疫学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 脓毒症小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 548 | 2025-10-07 |
Circular RNA discovery with emerging sequencing and deep learning technologies
2025-Apr-17, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02157-7
PMID:40247051
|
综述 | 本文总结了环状RNA发现、表征和功能分析算法的最新突破 | 整合长读长和单细胞RNA测序技术与深度学习算法，以前所未有的分辨率和规模研究环状RNA | 整合大规模环状RNA测序数据仍面临挑战 | 探索环状RNA在基因调控和疾病发病机制中的作用 | 环状RNA分子 | 自然语言处理 | NA | 长读长测序, 单细胞RNA测序 | 深度学习 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 549 | 2025-10-07 |
Progranulin deficiency in the brain: the interplay between neuronal and non-neuronal cells
2025-Apr-16, Translational neurodegeneration
IF:10.8Q1
DOI:10.1186/s40035-025-00475-8
PMID:40234992
|
综述 | 本文综述了颗粒蛋白前体缺乏在脑部疾病中的作用机制，重点关注神经元与非神经元细胞之间的相互作用 | 系统阐述了颗粒蛋白前体缺乏导致神经退行性病变的非细胞自主机制，特别关注脂滴积累小胶质细胞和髓鞘脂质含量改变等新发现 | NA | 探讨颗粒蛋白前体缺乏如何通过不同脑细胞群体及其异常相互作用导致额颞叶痴呆的神经退行性变和神经炎症 | 神经元、小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞、内皮细胞和周细胞等脑部细胞群体 | 神经科学 | 额颞叶痴呆 | 单细胞转录组学、诱导多能干细胞技术、基因工程器官样体 | NA | 患者脑组织、生物体液、体外模型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 550 | 2025-10-07 |
Senescence-induced p21high macrophages contributed to CD8+ T cells-related immune hyporesponsiveness in kidney transplantation via Zfp36/IL-27 axis
2025-Apr-15, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-025-00784-2
PMID:40234384
|
研究论文 | 本研究揭示了衰老诱导的p21高表达巨噬细胞通过Zfp36/IL-27轴抑制CD8+ T细胞功能，从而减轻肾移植排斥反应的机制 | 首次发现衰老相关巨噬细胞通过Zfp36调控IL-27表达影响CD8+ T细胞功能的免疫抑制机制 | 研究主要基于小鼠模型，临床验证仍需进一步开展 | 探究衰老免疫系统对肾移植排斥反应的影响机制 | 肾移植受者和小鼠移植模型 | 免疫学 | 肾移植排斥反应 | 单细胞转录组分析，基因敲除，siRNA沉默，中和抗体 | 小鼠肾移植模型，条件性基因敲除模型 | 临床数据，单细胞转录组数据，体外功能实验数据 | 来自中国和德国两个医疗中心的临床数据，小鼠移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 551 | 2025-10-07 |
Redefining the high variable genes by optimized LOESS regression with positive ratio
2025-Apr-15, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06112-5
PMID:40234751
|
研究论文 | 开发了一种基于优化LOESS回归的单细胞RNA测序特征选择算法 | 利用优化的局部加权散点平滑回归精确捕捉基因平均表达水平与阳性比率的关系，同时最小化过拟合 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的特征选择效果 | 单细胞RNA测序数据中的高变基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | LOESS回归 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 552 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic dynamics of scallop heart reveals the heterogeneous response to heat stress
2025-Apr-15, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02210-1
PMID:40234911
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了扇贝心脏在热应激下的异质性响应机制 | 首次在开放循环系统动物中揭示心室肌细胞和心房肌细胞对热应激的差异化响应模式，并鉴定出关键热响应基因PLRP2-like | 研究仅针对单一物种，未涉及其他开放循环系统动物的比较分析 | 探究开放循环系统动物心脏对高温应激的细胞异质性响应机制 | 软体动物模型Argopecten irradians（扇贝）的心脏组织 | 单细胞生物学 | 热应激反应 | 单细胞RNA测序，RNA干扰 | NA | 单细胞转录组数据，形态学数据，代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 553 | 2025-10-07 |
Patterns of hemolysis, erythropoiesis, and iron distribution define unique disease trajectories in three mouse models of genetic anemia
2025-Apr-15, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2025.104787
PMID:40245977
|
研究论文 | 本研究系统比较了三种遗传性贫血小鼠模型的溶血模式、红细胞生成和铁分布特征 | 首次通过综合比较三种常见遗传性贫血模型，揭示了它们在溶血模式、铁代谢和红细胞生成方面的独特疾病轨迹 | 研究仅限于小鼠模型，结果向人类疾病的转化需要进一步验证 | 阐明不同遗传性贫血模型的病理生理差异，为疾病研究和治疗开发提供模型选择依据 | 镰状细胞病、β-地中海贫血和遗传性球形红细胞增多症的小鼠模型 | 血液病研究 | 遗传性贫血 | 单细胞RNA测序, 铁同位素示踪 | NA | 基因表达数据, 代谢数据 | 三种遗传性贫血小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 554 | 2025-10-07 |
Unveiling hypoxia-related prognostic and immunotherapeutic biomarkers in lung adenocarcinoma through single-cell and bulk RNA sequencing: Including insights into PGF
2025-Apr-12, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143056
PMID:40228772
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研究论文 | 本研究通过单细胞和bulk RNA测序揭示肺腺癌中缺氧相关的预后和免疫治疗生物标志物 | 识别了与晚期肺腺癌相关的新细胞亚型，发现了高缺氧评分的细胞亚型模块，构建了基于缺氧相关分子簇的新型预后特征 | 样本量相对较小(15例患者)，机制研究仍需进一步验证 | 探索缺氧微环境与免疫抵抗相互作用的机制 | 肺腺癌患者肿瘤微环境中的细胞亚型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 空间转录组分析 | 预后特征模型 | RNA测序数据, 空间转录组数据 | 15例肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 555 | 2025-10-07 |
scAMZI: attention-based deep autoencoder with zero-inflated layer for clustering scRNA-seq data
2025-Apr-07, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11511-2
PMID:40197174
|
研究论文 | 提出一种基于注意力自编码器和零膨胀层的深度学习模型scAMZI，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 结合SimAM注意力模块、自编码器、ZINB模型和零膨胀层，能够充分挖掘细胞特征并处理数据中的零值问题 | NA | 开发更有效的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 注意力自编码器, 深度学习 | 基因表达数据 | 14个基准数据集，包含数百至数万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 556 | 2025-10-07 |
Decoding B Cells in Autoimmune Diseases Through ScRNA + BCR-Seq: Current Knowledge and Future Directions
2025-04-03, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14070539
PMID:40214492
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综述 | 系统总结单细胞RNA测序与B细胞受体测序技术在自身免疫疾病B细胞研究中的应用与前景 | 首次整合分析B细胞亚群转录组与BCR克隆的动态关联，并聚焦双BCR B细胞和B/T双表型细胞在自身免疫中的特殊作用 | NA | 推动自身免疫疾病多组学研究和精准治疗范式的创新 | 自身免疫疾病中的B细胞及其受体 | 自然语言处理 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞B细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, BCR序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞BCR-seq | NA | NA |
| 557 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of genetic variability and functional traits in lung adenocarcinoma epithelial cells via single-cell RNA sequencing, GWAS, bayesian deconvolution, and machine learning
2025-Apr, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01621-2
PMID:39992528
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序、全基因组关联研究、贝叶斯反卷积和机器学习技术，研究肺腺癌上皮细胞的遗传变异和功能特征 | 首次将单细胞RNA测序与全基因组关联研究通过贝叶斯反卷积和机器学习方法相结合，系统分析肺腺癌上皮细胞的遗传和功能复杂性 | NA | 揭示肺腺癌的遗传和功能复杂性，探索肿瘤进展机制和免疫-上皮细胞相互作用 | 肺腺癌上皮细胞 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 贝叶斯反卷积, 机器学习 | 机器学习模型 | 基因表达数据, 遗传变异数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 558 | 2025-04-18 |
Identification of Novel Protein Biomarkers for Intrahepatic Cholangiocarcinoma by Integrating Human Plasma Proteome with Genome
2025-Apr-17, Journal of gastrointestinal cancer
IF:1.6Q4
DOI:10.1007/s12029-025-01226-8
PMID:40240670
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研究论文 | 本研究通过整合人类血浆蛋白质组与基因组数据，识别出与肝内胆管癌(ICC)潜在相关的蛋白质生物标志物 | 首次对ICC进行蛋白质组-MR分析，揭示了其复杂的遗传结构，并鉴定出5种与疾病有潜在因果关联的新型血液蛋白 | 研究主要基于欧洲人群数据，可能在其他人群中的普适性有待验证 | 发现ICC的潜在治疗和诊断靶点 | 肝内胆管癌(ICC)相关蛋白质生物标志物 | 生物信息学 | 肝内胆管癌 | 蛋白质组范围孟德尔随机化(MR)、ELISA、scRNA-seq | 孟德尔随机化模型 | 基因组数据、蛋白质组数据、RNA-seq数据 | 来自deCODE血浆蛋白质组GWAS和欧洲meta分析的遗传数据，TCGA和GTEx数据库样本 | NA | NA | NA | NA |
| 559 | 2025-10-07 |
Virus-associated inflammation imprints an inflammatory profile on monocyte-derived macrophages in the human liver
2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI175241
PMID:40231469
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了慢性乙型肝炎患者肝脏中单核细胞来源的炎症性巨噬细胞的特征及其在炎症消退后的持续存在 | 首次在人类肝脏中鉴定出具有炎症转录特征的单核细胞来源巨噬细胞，并证明其在炎症消退后仍保留核心转录特征 | 研究样本仅限于慢性乙型肝炎患者，未涵盖其他病因的肝病 | 探究病毒相关炎症对肝脏巨噬细胞组成的重塑作用 | 慢性乙型肝炎患者的肝脏组织和血液单核细胞 | 单细胞生物学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 慢性乙型肝炎患者纵向样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 560 | 2025-10-07 |
How is single-cell RNA sequencing contributing to the advancement of cancer therapeutics?
2025-Apr-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i4.103480
PMID:40235873
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析胃癌肿瘤微环境中细胞群体的分布和动态变化 | 利用scRNA-seq技术全面揭示胃癌不同阶段肿瘤微环境中的关键细胞相互作用 | NA | 探索单细胞RNA测序在癌症治疗进展中的贡献，特别关注胃癌治疗策略开发 | 胃癌患者的肿瘤微环境细胞群体 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |