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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic dynamics of scallop heart reveals the heterogeneous response to heat stress
2025-Apr-15, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02210-1
PMID:40234911
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了扇贝心脏在热应激下的异质性响应机制 | 首次在开放循环系统动物中揭示心室肌细胞和心房肌细胞对热应激的差异化响应模式,并鉴定出关键热响应基因PLRP2-like | 研究仅针对单一物种,未涉及其他开放循环系统动物的比较分析 | 探究开放循环系统动物心脏对高温应激的细胞异质性响应机制 | 软体动物模型Argopecten irradians(扇贝)的心脏组织 | 单细胞生物学 | 热应激反应 | 单细胞RNA测序,RNA干扰 | NA | 单细胞转录组数据,形态学数据,代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 542 | 2025-10-07 |
Patterns of hemolysis, erythropoiesis, and iron distribution define unique disease trajectories in three mouse models of genetic anemia
2025-Apr-15, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2025.104787
PMID:40245977
|
研究论文 | 本研究系统比较了三种遗传性贫血小鼠模型的溶血模式、红细胞生成和铁分布特征 | 首次通过综合比较三种常见遗传性贫血模型,揭示了它们在溶血模式、铁代谢和红细胞生成方面的独特疾病轨迹 | 研究仅限于小鼠模型,结果向人类疾病的转化需要进一步验证 | 阐明不同遗传性贫血模型的病理生理差异,为疾病研究和治疗开发提供模型选择依据 | 镰状细胞病、β-地中海贫血和遗传性球形红细胞增多症的小鼠模型 | 血液病研究 | 遗传性贫血 | 单细胞RNA测序, 铁同位素示踪 | NA | 基因表达数据, 代谢数据 | 三种遗传性贫血小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 543 | 2025-10-07 |
Unveiling hypoxia-related prognostic and immunotherapeutic biomarkers in lung adenocarcinoma through single-cell and bulk RNA sequencing: Including insights into PGF
2025-Apr-12, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143056
PMID:40228772
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研究论文 | 本研究通过单细胞和bulk RNA测序揭示肺腺癌中缺氧相关的预后和免疫治疗生物标志物 | 识别了与晚期肺腺癌相关的新细胞亚型,发现了高缺氧评分的细胞亚型模块,构建了基于缺氧相关分子簇的新型预后特征 | 样本量相对较小(15例患者),机制研究仍需进一步验证 | 探索缺氧微环境与免疫抵抗相互作用的机制 | 肺腺癌患者肿瘤微环境中的细胞亚型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 空间转录组分析 | 预后特征模型 | RNA测序数据, 空间转录组数据 | 15例肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 544 | 2025-10-07 |
scAMZI: attention-based deep autoencoder with zero-inflated layer for clustering scRNA-seq data
2025-Apr-07, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11511-2
PMID:40197174
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研究论文 | 提出一种基于注意力自编码器和零膨胀层的深度学习模型scAMZI,用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 结合SimAM注意力模块、自编码器、ZINB模型和零膨胀层,能够充分挖掘细胞特征并处理数据中的零值问题 | NA | 开发更有效的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 注意力自编码器, 深度学习 | 基因表达数据 | 14个基准数据集,包含数百至数万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 545 | 2025-10-07 |
Decoding B Cells in Autoimmune Diseases Through ScRNA + BCR-Seq: Current Knowledge and Future Directions
2025-04-03, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14070539
PMID:40214492
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综述 | 系统总结单细胞RNA测序与B细胞受体测序技术在自身免疫疾病B细胞研究中的应用与前景 | 首次整合分析B细胞亚群转录组与BCR克隆的动态关联,并聚焦双BCR B细胞和B/T双表型细胞在自身免疫中的特殊作用 | NA | 推动自身免疫疾病多组学研究和精准治疗范式的创新 | 自身免疫疾病中的B细胞及其受体 | 自然语言处理 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞B细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, BCR序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞BCR-seq | NA | NA |
| 546 | 2025-10-07 |
Lipid metabolism-related genes are involved in the formation of macrophage extracellular traps in allergic airway inflammation
2025-Apr, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00319-5
PMID:39789299
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证揭示了脂质代谢基因ABCA1在巨噬细胞胞外诱捕网形成中的作用 | 首次发现脂质代谢基因ABCA1参与巨噬细胞胞外诱捕网的形成过程 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仍需进一步完善 | 探究脂质代谢在过敏性气道炎症中巨噬细胞胞外诱捕网形成的作用机制 | 巨噬细胞和哮喘患者样本 | 生物信息学 | 哮喘 | WGCNA, LASSO回归, 免疫浸润分析, 单细胞转录组分析, 免疫荧光, SYTOX Green染色, Western blot | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 多个GEO数据集(GSE40885, GSE42606, GSE27066, GSE137268, GSE256534)和Tabula Muris数据库 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 547 | 2025-10-07 |
Comprehensive analysis of autophagy status and its relationship with immunity and inflammation in ischemic stroke through integrated transcriptomic and single-cell sequencing
2025-Apr, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00320-y
PMID:39827328
|
研究论文 | 通过整合转录组和单细胞测序技术,全面分析缺血性脑卒中中自噬状态及其与免疫和炎症的关系 | 首次系统揭示缺血性脑卒中患者自噬状态受抑制,发现两种具有不同基因表达模式和免疫细胞浸润的IS亚型,并通过单细胞测序证实过氧化物酶体自噬下调 | 研究结果仍需在更大规模队列中进一步验证,自噬相关基因的具体调控机制有待深入探索 | 探究自噬和自噬相关基因在缺血性脑卒中中的作用机制 | 缺血性脑卒中患者和IS小鼠模型 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 机器学习, WGCNA | 机器学习预测模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | GEO数据库IS数据集、外部验证队列和IS小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 548 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of genetic variability and functional traits in lung adenocarcinoma epithelial cells via single-cell RNA sequencing, GWAS, bayesian deconvolution, and machine learning
2025-Apr, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01621-2
PMID:39992528
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序、全基因组关联研究、贝叶斯反卷积和机器学习技术,研究肺腺癌上皮细胞的遗传变异和功能特征 | 首次将单细胞RNA测序与全基因组关联研究通过贝叶斯反卷积和机器学习方法相结合,系统分析肺腺癌上皮细胞的遗传和功能复杂性 | NA | 揭示肺腺癌的遗传和功能复杂性,探索肿瘤进展机制和免疫-上皮细胞相互作用 | 肺腺癌上皮细胞 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 贝叶斯反卷积, 机器学习 | 机器学习模型 | 基因表达数据, 遗传变异数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 549 | 2025-04-18 |
Identification of Novel Protein Biomarkers for Intrahepatic Cholangiocarcinoma by Integrating Human Plasma Proteome with Genome
2025-Apr-17, Journal of gastrointestinal cancer
IF:1.6Q4
DOI:10.1007/s12029-025-01226-8
PMID:40240670
|
研究论文 | 本研究通过整合人类血浆蛋白质组与基因组数据,识别出与肝内胆管癌(ICC)潜在相关的蛋白质生物标志物 | 首次对ICC进行蛋白质组-MR分析,揭示了其复杂的遗传结构,并鉴定出5种与疾病有潜在因果关联的新型血液蛋白 | 研究主要基于欧洲人群数据,可能在其他人群中的普适性有待验证 | 发现ICC的潜在治疗和诊断靶点 | 肝内胆管癌(ICC)相关蛋白质生物标志物 | 生物信息学 | 肝内胆管癌 | 蛋白质组范围孟德尔随机化(MR)、ELISA、scRNA-seq | 孟德尔随机化模型 | 基因组数据、蛋白质组数据、RNA-seq数据 | 来自deCODE血浆蛋白质组GWAS和欧洲meta分析的遗传数据,TCGA和GTEx数据库样本 | NA | NA | NA | NA |
| 550 | 2025-04-18 |
Single-cell hdWGCNA reveals a novel diagnostic model and signature genes of macrophages associated with chronic obstructive pulmonary disease
2025-Apr-17, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-025-02025-4
PMID:40244418
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和高维加权基因共表达网络分析,揭示了慢性阻塞性肺病(COPD)中巨噬细胞亚群的诊断模型和特征基因 | 首次使用hdWGCNA方法识别与COPD相关的巨噬细胞亚群及其特征基因,并构建了基于机器学习的临床诊断模型 | 研究样本量未明确说明,且仅基于RNA测序数据,缺乏实验验证 | 探索COPD的免疫机制并开发临床诊断模型 | 慢性阻塞性肺病(COPD)患者和正常个体的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA) | 随机森林(RF),卷积神经网络(CNN) | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 551 | 2025-10-07 |
Human long noncoding RNA VILMIR is induced by major respiratory viral infections and modulates the host interferon response
2025-Apr-15, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00141-25
PMID:40130878
|
研究论文 | 本研究鉴定了一种新型长链非编码RNA VILMIR,发现其在主要呼吸道病毒感染中被诱导表达并调控宿主干扰素反应 | 首次发现并表征了VILMIR这一新型干扰素刺激基因,证明其在多种呼吸道病毒感染中均被上调表达并参与调控宿主抗病毒反应 | 需要进一步的机制研究来阐明VILMIR调控干扰素反应的具体分子机制 | 鉴定在人类主要呼吸道病毒感染中起关键作用的新型lncRNA靶标 | 人类上皮细胞系(A549)、免疫细胞系(SUP-T1、THP-1)、COVID-19患者支气管肺泡灌洗液样本 | 功能基因组学 | 呼吸道病毒感染 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 多种人类细胞系和COVID-19患者样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 552 | 2025-10-07 |
Virus-associated inflammation imprints an inflammatory profile on monocyte-derived macrophages in the human liver
2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI175241
PMID:40231469
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了慢性乙型肝炎患者肝脏中单核细胞来源的炎症性巨噬细胞的特征及其在炎症消退后的持续存在 | 首次在人类肝脏中鉴定出具有炎症转录特征的单核细胞来源巨噬细胞,并证明其在炎症消退后仍保留核心转录特征 | 研究样本仅限于慢性乙型肝炎患者,未涵盖其他病因的肝病 | 探究病毒相关炎症对肝脏巨噬细胞组成的重塑作用 | 慢性乙型肝炎患者的肝脏组织和血液单核细胞 | 单细胞生物学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 慢性乙型肝炎患者纵向样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 553 | 2025-10-07 |
How is single-cell RNA sequencing contributing to the advancement of cancer therapeutics?
2025-Apr-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i4.103480
PMID:40235873
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析胃癌肿瘤微环境中细胞群体的分布和动态变化 | 利用scRNA-seq技术全面揭示胃癌不同阶段肿瘤微环境中的关键细胞相互作用 | NA | 探索单细胞RNA测序在癌症治疗进展中的贡献,特别关注胃癌治疗策略开发 | 胃癌患者的肿瘤微环境细胞群体 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 554 | 2025-10-07 |
Parallel comparison of T cell and B cell subpopulations of adenoid hypertrophy and tonsil hypertrophy of children
2025-Apr-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58094-w
PMID:40229254
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较儿童腺样体肥大和扁桃体肥大的T细胞和B细胞亚群差异 | 首次在单细胞水平上平行比较AH和TH的免疫微环境差异,发现AH具有更多幼稚B细胞和调节性CD4 T细胞,但浆细胞较少 | 样本量相对有限,仅包含12对配对样本 | 探究儿童腺样体肥大和扁桃体肥大的免疫微环境差异 | 1209名1-15岁被诊断为腺样体肥大的儿科患者,其中12对配对AH和TH样本 | 单细胞生物学 | 儿童耳鼻喉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1209名患者,12对配对AH和TH样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 555 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis identifies diagnostic circulating biomarkers and potential therapeutic targets, revealing IQGAP1 as an oncogene in gastric cancer
2025-Apr-14, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00895-9
PMID:40229327
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研究论文 | 通过多组学整合分析识别胃癌循环生物标志物和潜在治疗靶点 | 首次通过多组学整合方法识别出IQGAP1等8个胃癌生物标志物,并揭示IQGAP1在胃癌中的致癌作用 | NA | 识别胃癌诊断性循环生物标志物和潜在治疗靶点 | 胃癌患者 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 基因定量性状位点分析, 蛋白定量性状位点分析, 共定位分析, 孟德尔随机化 | NA | 血浆样本, 肿瘤组织样本, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 556 | 2025-10-07 |
IL1RAP is an immunotherapeutic target for normal karyotype triple-mutated acute myeloid leukemia
2025-Apr-14, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00769-z
PMID:40229904
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研究论文 | 本研究通过多组学分析鉴定IL1RAP作为正常核型三重突变急性髓系白血病的免疫治疗靶点 | 首次通过多组学方法系统识别IL1RAP作为NKt-AML特异性表面抗原,并证明其可作为抗体-药物偶联物的潜在靶点 | 样本量有限(仅12例NKt-AML样本进行表面蛋白质组分析),需进一步验证 | 寻找NKt-AML特异性表面抗原以开发新型免疫疗法 | 原发性急性髓系白血病样本 | 生物医学 | 急性髓系白血病 | 表面蛋白质组富集、转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 100例原发性AML样本(表面蛋白质组),691例原发性AML样本(转录组),23例原发性AML样本(单细胞RNA测序) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 557 | 2025-10-07 |
Extracellular vesicle-derived miRNA-mediated cell-cell communication inference for single-cell transcriptomic data with miRTalk
2025-Apr-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03566-x
PMID:40229908
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研究论文 | 开发了一种名为miRTalk的新方法,用于从单细胞转录组数据推断细胞外囊泡来源的miRNA介导的细胞间通讯 | 首次提出通过细胞外囊泡来源的miRNA-靶标相互作用推断细胞间通讯的创新方法 | NA | 开发从单细胞RNA测序数据推断细胞间通讯的计算方法 | 细胞外囊泡来源的miRNA及其靶标相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | miRTalk(专门开发的推断算法) | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 558 | 2025-10-07 |
Comprehensive bioinformatics and immunohistochemical analyses identify phosphoinositide metabolism and PNPLA7 as potential biomarkers in urological cancers
2025-Apr-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-97118-9
PMID:40221501
|
研究论文 | 通过生物信息学和免疫组化分析发现磷酸肌醇代谢和PNPLA7基因可作为泌尿系统癌症的潜在生物标志物 | 首次系统研究磷酸肌醇代谢在泌尿系统癌症中的作用,并发现PNPLA7作为新型生物标志物 | 基于公共数据库的分析,需要进一步实验验证 | 探讨磷酸肌醇代谢在泌尿系统癌症中的预后价值和治疗指导意义 | 透明细胞肾癌、膀胱癌和前列腺腺癌 | 生物信息学 | 泌尿系统癌症 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,免疫组化 | NA | 基因表达数据,临床样本 | 公共数据库中的泌尿系统癌症数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 559 | 2025-10-07 |
Exploring the tumor microenvironment of breast cancer to develop a prognostic model and predict immunotherapy responses
2025-Apr-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-97784-9
PMID:40221624
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研究论文 | 本研究通过分析乳腺癌肿瘤微环境开发预后模型并预测免疫治疗反应 | 识别了12个独立预后基因并构建预后模型,首次揭示内皮细胞比例与患者预后的显著关联 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏前瞻性临床验证 | 开发乳腺癌预后模型并预测免疫治疗反应 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序 | Cox回归,LASSO回归,共识聚类,WGCNA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 公共数据库中的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
| 560 | 2025-10-07 |
Overcoming immunotherapy resistance in hepatocellular carcinoma by targeting myeloid IL-8/CXCR2 signaling
2025-Apr-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.02.002
PMID:39916327
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研究论文 | 本研究通过靶向髓系IL-8/CXCR2信号通路克服肝细胞癌的免疫治疗耐药性 | 首次在单细胞水平揭示IL-8/CXCR2通路通过髓系抑制细胞介导免疫检查点抑制剂耐药机制,并验证CXCR2拮抗剂的联合治疗策略 | 研究样本量有限,主要基于临床前模型验证机制 | 阐明肝细胞癌免疫检查点抑制剂耐药机制并开发联合治疗策略 | 晚期肝细胞癌患者和小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 原位小鼠模型 | 基因表达数据 | 晚期肝细胞癌患者队列(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |