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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2025-10-07 |
An organ-wide spatiotemporal transcriptomic and cellular atlas of the regenerating zebrafish heart
2025-Apr-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59070-0
PMID:40253397
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研究论文 | 构建了斑马鱼心脏再生过程中的时空转录组和细胞图谱 | 整合空间转录组学(Stereo-seq)和单细胞RNA测序技术,首次创建了覆盖八个阶段的斑马鱼心脏再生4D虚拟图谱 | 研究主要聚焦斑马鱼模型,与人类心脏再生机制的直接关联仍需进一步验证 | 解析脊椎动物心脏再生的分子和细胞机制 | 斑马鱼心脏再生过程 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | 569,896个细胞/位点,来自36个scRNA-seq文库和224个Stereo-seq切片 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | Stereo-seq | NA |
| 522 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals key signaling pathways and biological functions in giant cell tumors of bone
2025-Apr-19, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02353-1
PMID:40253574
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示骨巨细胞瘤的关键信号通路和生物学功能 | 首次在骨巨细胞瘤中应用单细胞RNA测序技术揭示细胞间相互作用的分子机制,特别是发现SPP1信号通路在癌症相关成纤维细胞和巨噬细胞之间的正反馈作用 | 研究对肿瘤微环境中复杂功能动力学的理解仍存在混淆 | 探索骨巨细胞瘤的分子机制以改进治疗方法 | 骨巨细胞瘤组织样本 | 数字病理学 | 骨肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 523 | 2025-10-07 |
Single cell transcriptome profiling of immune tissues from germ-free and specific pathogen-free piglet
2025-Apr-18, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-04957-2
PMID:40251240
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了无菌和特定病原体无仔猪免疫组织的转录组图谱 | 首次提供了无菌和特定病原体无仔猪免疫组织的单细胞转录组数据集 | NA | 研究共生微生物群对宿主免疫系统的影响 | 无菌和特定病原体无仔猪的免疫组织(派伊尔氏斑、肠系膜淋巴结和脾脏) | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 57,720个细胞,来自无菌和特定病原体无仔猪的三种免疫组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 524 | 2025-10-07 |
RNA methylation: A new perspective in osteoarthritis research
2025-Apr-18, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149518
PMID:40254081
|
综述 | 系统总结RNA甲基化在骨关节炎中的调控作用及研究进展 | 首次从RNA修饰角度系统阐述骨关节炎发病机制,提出单细胞测序等未来研究方向 | NA | 探讨RNA修饰在骨关节炎发生发展中的生物学功能和机制 | 软骨细胞自噬、炎症反应和关键信号通路 | 表观遗传学 | 骨关节炎 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 525 | 2025-10-07 |
Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk of gastric cancer
2025-Apr-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100812
PMID:40112817
|
研究论文 | 通过单细胞eQTL分析揭示胃细胞类型特异性基因与胃癌风险的关联 | 首次在胃癌研究中采用大规模单细胞RNA测序进行eQTL分析,揭示了81%的eQTL具有细胞类型特异性效应 | 研究样本仅来自中国人群,可能限制结果在其他人群中的普适性 | 探索胃部细胞类型特异性基因调控机制与胃癌风险的关联 | 203名中国个体的399,683个胃细胞 | 单细胞基因组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), eQTL分析, 全基因组关联分析(GWAS) | eQTL映射模型, 共定位分析 | 单细胞基因表达数据, 基因型数据 | 203名个体,399,683个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 526 | 2025-10-07 |
Computer-assisted interpretation, in-depth exploration and single cell type annotation of RNA sequence data using k-means clustering algorithm
2025-Apr, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/10255842.2023.2300685
PMID:38235728
|
研究论文 | 提出一种基于k-means聚类算法的计算机辅助单细胞RNA测序数据解释与细胞类型注释方法 | 结合k-means聚类与轮廓验证的自动细胞类型注释方法,避免了传统手动注释的主观性和不一致性 | 未提及具体数据集验证规模和与其他方法的对比实验 | 开发自动化的单细胞RNA测序数据分析流程 | 组织样本中的单个细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | k-means聚类 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 527 | 2025-10-07 |
An In-Silico Study to Identify Relevant Biomarkers in Sepsis Applying Integrated Bulk RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing Analyses
2025-Apr, Global challenges (Hoboken, NJ)
DOI:10.1002/gch2.202400321
PMID:40255236
|
研究论文 | 通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析识别脓毒症相关生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和代谢相关基因分析鉴定脓毒症关键生物标志物,并揭示单核细胞亚群间的通讯机制 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 发现脓毒症相关生物标志物 | 单核细胞亚群和代谢相关基因 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, WGCNA, ssGSEA, 差异表达基因分析 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 528 | 2025-10-07 |
Deciphering the complex clonal heterogeneity of polycythemia vera and the response to interferon alfa
2025-Apr-22, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024012600
PMID:39874500
|
研究论文 | 通过整合集落形成实验与单细胞RNA测序技术,解析干扰素α治疗真性红细胞增多症的克隆异质性机制 | 首次结合集落形成实验与单细胞RNA测序揭示IFN-α通过靶向核糖体基因诱导特定克隆凋亡的治疗机制 | 样本量有限,未涉及其他MPN亚型,机制研究仍需进一步验证 | 探究IFN-α治疗真性红细胞增多症的分子响应机制和克隆异质性 | 真性红细胞增多症患者来源细胞与健康对照细胞 | 单细胞组学 | 真性红细胞增多症 | 单细胞RNA测序,集落形成实验,基因分型 | NA | 单细胞转录组数据 | PV患者和健康对照的细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 529 | 2025-10-07 |
GRLGRN: graph representation-based learning to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-seq data
2025-Apr-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06116-1
PMID:40251476
|
研究论文 | 提出一种基于图表示学习的深度学习模型GRLGRN,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 使用图变换器网络从先验基因调控网络中提取隐含链接,结合注意力机制改进特征提取,实现基因调控关系的预测 | 未明确说明模型在处理高度稀疏单细胞数据时的具体限制 | 从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 基因调控网络中的转录因子与靶基因之间的调控关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图变换器网络, 注意力机制 | 基因表达谱数据 | 7个细胞系数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 530 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis reveals key immunogenic signatures induced by oncolytic Zika virus infection of paediatric brain tumour cells
2025-Apr-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-97804-8
PMID:40240536
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了溶瘤寨卡病毒感染儿童脑肿瘤细胞诱导的关键免疫原性特征 | 首次全面研究寨卡病毒感染儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎样横纹肌样瘤的转录组反应,并发现TNF-α信号通路在溶瘤作用中的关键作用 | 分子机制尚未完全阐明,需要进一步实验验证 | 探究溶瘤寨卡病毒感染儿童脑肿瘤细胞的分子机制和免疫反应特征 | 儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎样横纹肌样瘤细胞 | 生物信息学 | 脑肿瘤 | 转录组分析, 49-plex ELISA, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析 | NA | NA |
| 531 | 2025-10-07 |
RETRACTION: Exploring Wound Management in Dental Pulp: Utilizing Single-Cell RNA Sequencing for Global Transcriptomic Analysis in Healthy and Inflamed Pulpal Tissues
2025-Apr, International wound journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1111/iwj.70539
PMID:40251782
|
撤稿声明 | 关于牙髓伤口管理研究的论文因同行评审过程存在问题而被撤稿 | NA | 论文因同行评审过程被破坏而被撤稿,研究结果不可靠 | 利用单细胞RNA测序分析健康和炎症牙髓组织的转录组 | 牙髓组织 | 数字病理学 | 牙髓疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 532 | 2025-04-21 |
Asherman syndrome at single-cell resolution
2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2024.12.023
PMID:40253078
|
综述 | 本文全面回顾了Asherman综合征的历史背景、临床表现、分类、产科挑战及当前治疗方法 | 探讨了单细胞RNA测序技术在揭示Asherman综合征分子机制中的潜力 | 现有治疗方法如宫腔镜粘连松解术仍面临粘连复发和产科并发症的挑战 | 深入了解Asherman综合征的病理机制并探索创新治疗策略 | Asherman综合征患者及其相关治疗方法 | 生殖医学 | Asherman综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 533 | 2025-04-21 |
Uterine fibroids at single-cell resolution: unveiling cellular heterogeneity to improve understanding of pathogenesis and guide future therapies
2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2024.08.037
PMID:40253076
|
综述 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了子宫肌瘤的细胞异质性,以增进对其发病机制的理解并指导未来治疗 | 利用单细胞RNA测序技术首次详细描述了子宫肌瘤中平滑肌细胞和成纤维细胞的异质性,并发现了MED12突变肌瘤可能非单克隆性质的新证据 | 主要基于MED12突变型肌瘤的研究,对其他遗传突变型肌瘤的细胞异质性研究较少 | 深入理解子宫肌瘤的细胞和分子机制,为开发更有效的非侵入性治疗方案提供依据 | 子宫肌瘤组织和平滑肌组织 | 数字病理学 | 子宫肌瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫染色、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及MED12突变型肌瘤和正常肌层组织的比较研究 | NA | NA | NA | NA |
| 534 | 2025-04-21 |
"Thin endometrium" at single-cell resolution
2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2024.10.002
PMID:40253077
|
综述 | 本文综述了薄型子宫内膜在单细胞分辨率下的研究进展,探讨了其细胞群、信号通路和细胞间通讯的关键变化 | 利用单细胞测序技术揭示了薄型子宫内膜在细胞水平上的加速衰老过程及其对子宫内膜容受性的影响 | 目前的研究仍处于基础研究阶段,尚未提出具体的临床治疗方案 | 探索薄型子宫内膜的潜在机制,为开发新的治疗方法提供理论基础 | 薄型子宫内膜与正常子宫内膜在晚增殖期的比较 | 生殖医学 | 不孕症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 535 | 2025-04-21 |
Single-cell technology: the key to an improved understanding of the human endometrium in health and disease
2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2024.08.042
PMID:40253082
|
综述 | 本文总结了利用单细胞RNA测序技术研究子宫内膜在月经周期中单细胞分辨率下的变化及其在健康和疾病中的作用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示子宫内膜不同细胞类型在月经周期中的基因表达谱及细胞间复杂协作 | NA | 深入理解子宫内膜在月经周期中的细胞水平变化及其在病理条件下的差异 | 子宫内膜中的上皮细胞、基质细胞、内皮细胞和免疫细胞 | 单细胞测序 | 子宫内膜异位症、子宫内膜癌、Asherman综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 536 | 2025-10-07 |
Polarity-guided uneven mitotic divisions control brassinosteroid activity in proliferating plant root cells
2025-Apr-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.02.011
PMID:40068682
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序与长期活细胞成像技术,揭示了拟南芥根细胞中油菜素甾醇活性在细胞周期中的波动规律及其受极性引导的不均等有丝分裂调控机制 | 首次发现母细胞固有极性驱动有丝分裂后油菜素甾醇活性恢复,导致两个子细胞分别增强信号传导和促进生物合成,从而规避负反馈环路 | 研究仅针对拟南芥根尖分生组织,在其他植物组织或物种中的普适性有待验证 | 探究油菜素甾醇在植物增殖组织中的功能及其调控机制 | 拟南芥根尖分生组织细胞 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,长期活细胞成像 | NA | 基因表达数据,细胞影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 537 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing of human double-negative T cells reveals a favorable cellular signature for cancer therapy
2025-Apr-17, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010684
PMID:40246580
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类双阴性T细胞在癌症治疗中的有利细胞特征 | 首次在单细胞水平比较双阴性T细胞与传统Vδ2 T细胞的转录组差异,发现DNTs独特的细胞组成和持久性特征 | 研究主要基于健康供体样本,在癌症患者中的验证仍需进一步研究 | 阐明双阴性T细胞的生物学特性及其在癌症治疗中的优势 | 人类双阴性T细胞和Vδ2 T细胞 | 单细胞生物学 | 白血病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,异种移植模型 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康供体来源的T细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 538 | 2025-10-07 |
Hypoxia-induced Wnt5a-secreting fibroblasts promote colon cancer progression
2025-Apr-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58748-9
PMID:40246836
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧诱导的成纤维细胞通过分泌Wnt5a促进结肠癌进展的机制 | 首次发现Wnt5a在肿瘤腔面附近的成纤维细胞中表达,并阐明其通过抑制血管生成维持缺氧诱导炎症性成纤维细胞(InfFib)的恶性循环机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证尚需进一步加强 | 探究Wnt5a在结肠癌进展中的来源和作用机制 | 结肠癌、成纤维细胞、内皮细胞 | 癌症生物学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序、meta分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人和小鼠结肠成纤维细胞单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 539 | 2025-10-07 |
MIRO1 mutation leads to metabolic maladaptation resulting in Parkinson's disease-associated dopaminergic neuron loss
2025-Apr-17, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00509-x
PMID:40246848
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研究论文 | 本研究利用携带MIRO1 p.R272Q突变的患者特异性iPSC来源中脑类器官,探索帕金森病多巴胺能神经元退化的细胞和分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序分析和代谢建模揭示MIRO1突变导致多巴胺能神经元发育路径异常和代谢缺陷,破坏神经元-星形胶质细胞代谢互作 | 研究基于单一患者来源的iPSC模型,样本规模有限 | 探索MIRO1突变导致帕金森病多巴胺能神经元丢失的分子机制 | 携带MIRO1 p.R272Q突变的人iPSC来源中脑类器官 | 神经科学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序, 代谢建模 | NA | 单细胞转录组数据 | 患者特异性iPSC来源中脑类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 540 | 2025-10-07 |
PRC1 as an independent adverse prognostic factor in Wilms tumor via integrated bioinformatics and experimental validation
2025-Apr-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-98030-y
PMID:40247060
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和实验验证,揭示了PRC1作为Wilms肿瘤独立不良预后因子及其作用机制 | 首次系统性地将PRC1鉴定为Wilms肿瘤的独立预后因子,并通过单细胞RNA-seq和功能实验验证了其在EMT和肿瘤转移中的作用 | 研究主要基于公共数据库和体外细胞实验,需要更多临床样本和体内实验验证 | 探究PRC1在Wilms肿瘤中的预后价值和分子机制 | Wilms肿瘤患者样本和WIT-49细胞系 | 生物信息学 | Wilms肿瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 功能富集分析, 免疫分析, 基因组分析, 体外功能实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 基因组变异数据 | 来自TARGET数据库的批量RNA-seq数据和GSE200256单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |