单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-04-24	Integrative Analyses of Bulk and Single-Cell RNA Seq Identified the Shared Genes in Acute Respiratory Distress Syndrome and Rheumatoid Arthritis 2025-Apr, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01141-6 PMID:38656728	研究论文	通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别急性呼吸窘迫综合征（ARDS）和类风湿性关节炎（RA）之间的共享基因	首次通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别出ARDS和RA之间的共享基因，并揭示了这些基因与免疫细胞的关联	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	识别ARDS和RA之间的共享基因，为临床药物发现提供潜在靶点	急性呼吸窘迫综合征（ARDS）和类风湿性关节炎（RA）的基因表达数据	生物信息学	急性呼吸窘迫综合征和类风湿性关节炎	批量RNA测序、单细胞RNA测序、差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、随机森林（RF）和最小绝对收缩和选择算子（LASSO）算法	随机森林（RF）、LASSO	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的批量RNA测序数据以及ALI小鼠的肺组织转录组测序数据
502	2025-04-24	The Predictive Value of Neutrophil Extracellular Trap-Related Risk Score in Prognosis and Immune Microenvironment of Colorectal Cancer Patients 2025-Apr, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01135-4 PMID:38580851	research paper	该研究构建了一个基于中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）相关基因的风险评分模型，用于预测结直肠癌（CRC）患者的预后和免疫微环境特征	首次在CRC中构建NET相关风险评分模型，并揭示其与患者预后、疾病分期及免疫微环境的相关性	研究基于回顾性数据库分析，需要前瞻性临床研究验证	开发结直肠癌预后预测工具并探索免疫微环境特征	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	RNA-seq, scRNA-seq, 生物信息学分析	LASSO Cox回归模型	基因表达数据	TCGA-CRC数据库及GEO验证数据集中的结直肠癌样本
503	2024-12-30	Correction to: Unveiling the dynamics of B lymphocytes in systemic lupus erythematosus patients treated with belimumab through longitudinal single-cell RNA sequencing 2025-Apr-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae694 PMID:39731783	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
504	2025-04-24	Single-Cell RNA Sequencing Revealed Functional Conjunctival Keratinocytes Loss via TGF-β-Wnt/β-Catenin Signaling in Sjögren's Syndrome Related Dry Eye 2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.4.43 PMID:40238113	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究Sjögren综合征相关干眼病中结膜角质形成细胞的功能丧失及其机制	揭示了TGF-β-Wnt/β-catenin信号轴在Sjögren综合征相关干眼病中调控功能性角质形成细胞丧失的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	阐明Sjögren综合征相关干眼病中结膜的功能变化及其分子机制	Sjögren综合征小鼠模型的结膜组织	数字病理学	干眼病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体测序（TCR sequencing）、Western blot、免疫荧光、多重免疫组化（mIHC）、流式细胞术	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	Sjögren综合征小鼠模型的结膜组织
505	2025-04-24	Exploring Multi-Target Therapeutic Strategies for Glioblastoma via Endogenous Network Modeling 2025-Apr-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26073283 PMID:40244148	研究论文	本研究通过系统生物学视角，基于内源网络的动态分析，探索了多靶点治疗胶质母细胞瘤的策略	利用内源网络建模和单细胞RNA测序数据验证，识别出多种潜在有效的多靶点组合，强调了多靶点干预策略在癌症治疗中的必要性	临床实验和实施多靶点组合治疗存在困难，研究尚未进行实际临床验证	探索胶质母细胞瘤的多靶点治疗策略	胶质母细胞瘤	系统生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	内源网络模型	RNA测序数据	NA
506	2025-04-24	Molecular Mechanisms of Propofol-Induced Cognitive Impairment: Suppression of Critical Hippocampal Pathways 2025-Apr, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.70070 PMID:40265596	研究论文	本研究探讨了丙泊酚通过抑制海马区关键信号通路导致认知功能障碍的分子机制	首次使用单细胞RNA测序和高通量转录组分析揭示丙泊酚抑制HTR1A/GRIA2/PIK3R1信号通路的具体机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性有待进一步验证	阐明丙泊酚引起术后认知功能障碍的分子机制	丙泊酚对海马区神经重塑的影响	神经科学	术后认知功能障碍	scRNA-seq, 高通量转录组分析	NA	基因表达数据	小鼠模型（具体数量未提及）
507	2025-04-23	Integrating Mendelian Randomization With Single-Cell Sequencing Data Reveals the Causal Effect and Related Mechanisms of Smoking on Parkinson's Disease 2025-Apr-22, Nicotine & tobacco research : official journal of the Society for Research on Nicotine and Tobacco IF:3.0Q2 DOI:10.1093/ntr/ntae180 PMID:39030896	research paper	本研究通过整合孟德尔随机化和单细胞测序数据，探讨吸烟对帕金森病的因果效应及其相关机制	结合孟德尔随机化和单细胞测序技术，首次从遗传学角度验证吸烟与帕金森病的因果关系，并识别相关基因和信号通路	样本来源仅限于公开数据库，未进行实验验证	探究吸烟对帕金森病的因果效应及其分子机制	帕金森病患者与对照组的基因组数据和单细胞测序数据	生物信息学	帕金森病	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、单细胞测序数据	来自OpenGWAS数据库的吸烟(ukb-b-6244)和帕金森病(ieu-b-7)全基因组关联研究汇总数据，以及GSE7621和GSE184950数据集
508	2025-04-23	Spatial transcriptomics study of Castleman disease 2025-Apr-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06456-9 PMID:40253346	research paper	利用空间转录组学技术研究Castleman病的发病机制	首次应用空间转录组学技术探索Castleman病的细胞异质性和细胞间通讯	样本量较小（仅3例CD患者和1例正常淋巴结）	探索Castleman病的潜在发病机制	Castleman病患者的淋巴结组织	digital pathology	Castleman disease	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	3例CD患者和1例正常淋巴结的FFPE样本
509	2025-04-23	Endoplasmic reticulum stress related super-enhancers suppress cuproptosis via glycolysis reprogramming in lung adenocarcinoma 2025-Apr-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07613-0 PMID:40253387	研究论文	本研究探讨了内质网应激相关的超级增强子通过糖酵解重编程抑制铜死亡在肺腺癌中的作用	揭示了XBP1s通过形成超级增强子影响铜死亡的新机制，并提出了铜离子载体和XBP1s作为治疗响应的潜在生物标志物的临床价值	研究主要基于小鼠异种移植模型，尚未在人体临床试验中验证	探究肺腺癌中铜死亡的分子机制及其调控途径	肺腺癌细胞和小鼠异种移植模型	分子生物学	肺腺癌	单细胞RNA测序、CUT&Tag-seq、染色体构象捕获(3C)实验	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	未明确说明样本数量，但涉及肺腺癌细胞和小鼠模型
510	2025-04-23	An organ-wide spatiotemporal transcriptomic and cellular atlas of the regenerating zebrafish heart 2025-Apr-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59070-0 PMID:40253397	research paper	该研究通过整合空间转录组学（Stereo-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了斑马鱼心脏再生过程中的时空分子和细胞图谱	首次生成了斑马鱼心脏再生过程的时空分子和细胞图谱，揭示了心肌细胞状态级联变化及tpm4a在心肌细胞再分化中的潜在作用，并发现了再生心脏特有的ifrd1和atp6ap2基因激活特征	研究主要针对斑马鱼模型，其发现对人类心脏再生的直接应用可能存在限制	理解脊椎动物心脏再生的分子和细胞机制	斑马鱼再生心脏	digital pathology	cardiovascular disease	Stereo-seq, scRNA-seq	NA	spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data	569,896个细胞/位点（来自36个scRNA-seq文库和224个Stereo-seq切片）
511	2025-04-23	Single-cell RNA sequencing reveals key signaling pathways and biological functions in giant cell tumors of bone 2025-Apr-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02353-1 PMID:40253574	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨巨细胞瘤的关键信号通路和生物学功能	首次应用单细胞RNA测序技术解析骨巨细胞瘤的分子机制，并发现SPP1信号通路在肿瘤微环境中的重要作用	研究结果可能受限于样本数量和肿瘤异质性，且功能验证实验不足	探究骨巨细胞瘤的分子机制以改进治疗方案	骨巨细胞瘤（GCTB）及其微环境中的多种细胞类型	digital pathology	骨巨细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
512	2025-04-23	Single cell transcriptome profiling of immune tissues from germ-free and specific pathogen-free piglet 2025-Apr-18, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04957-2 PMID:40251240	research paper	利用单细胞RNA测序技术分析无菌和特定病原体自由猪仔免疫组织的转录组图谱	首次提供了无菌和特定病原体自由猪仔免疫组织的单细胞转录组数据集，为微生物-宿主免疫调控研究提供了宝贵资源	研究仅针对猪仔模型，结果可能不完全适用于人类	探究共生微生物对宿主免疫系统发育和功能的影响	无菌(GF)和特定病原体自由(SPF)猪仔的免疫组织细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	57,720个细胞(来自派尔集合淋巴结、肠系膜淋巴结和脾脏)
513	2025-04-23	Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk of gastric cancer 2025-Apr-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100812 PMID:40112817	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，分析了203名中国个体的399,683个胃细胞，揭示了胃细胞类型特异性基因与胃癌风险的关联	首次在单细胞水平上进行了eQTL分析，揭示了81%的eQTL具有细胞类型特异性效应，并鉴定了15个与胃癌风险相关的基因	研究样本仅来自中国人群，可能限制了结果在其他人群中的普适性	探究胃细胞类型特异性基因表达调控与胃癌风险的关联	203名中国个体的399,683个胃细胞	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	399,683 cells from 203 individuals
514	2025-04-23	A comprehensive bioinformatics analysis identifies mitophagy biomarkers and potential Molecular mechanisms in hypertensive nephropathy 2025-Apr, Journal of biomolecular structure & dynamics IF:2.7Q2 DOI:10.1080/07391102.2024.2311344 PMID:38334110	研究论文	通过生物信息学分析识别高血压肾病中线粒体自噬的生物标志物及其潜在分子机制	首次系统地研究了高血压肾病中线粒体自噬相关基因的作用，并识别了七个关键基因，同时探讨了这些基因与免疫细胞及炎症因子的相关性	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索高血压肾病中线粒体自噬的作用机制及其潜在的诊断和治疗标志物	高血压肾病患者的转录组数据	生物信息学	高血压肾病	转录组分析、机器学习、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的转录组数据集
515	2025-04-23	Computer-assisted interpretation, in-depth exploration and single cell type annotation of RNA sequence data using k-means clustering algorithm 2025-Apr, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2023.2300685 PMID:38235728	研究论文	本文提出了一种基于k-means聚类算法的计算机辅助方法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释和深入分析	采用计算机辅助方法替代传统手动注释，结合k-means聚类和轮廓验证，实现了细胞分子、表型和功能属性的自动分析	方法依赖于已知数据库的基因谱匹配，可能受限于数据库的覆盖范围和准确性	开发自动化的单细胞RNA测序数据分析方法，提高细胞类型注释的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	k-means聚类	基因表达数据	NA
516	2025-04-23	An In-Silico Study to Identify Relevant Biomarkers in Sepsis Applying Integrated Bulk RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing Analyses 2025-Apr, Global challenges (Hoboken, NJ) DOI:10.1002/gch2.202400321 PMID:40255236	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，识别与脓毒症相关的生物标志物	结合单细胞RNA测序和代谢相关基因分析，识别出6个脓毒症枢纽基因，并揭示了单核细胞亚群间的通讯机制	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	发现脓毒症相关生物标志物以促进疾病诊断和治疗	单细胞RNA测序数据和代谢相关基因	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序(sc-RNA)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单样本基因集富集分析(ssGSEA)	NA	RNA测序数据	NA
517	2025-04-22	Deciphering the complex clonal heterogeneity of polycythemia vera and the response to interferon alfa 2025-Apr-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024012600 PMID:39874500	research paper	该研究通过整合集落形成实验、单细胞RNA测序和基因分型技术，探究了干扰素α（IFN-α）在红细胞分化过程中如何靶向治疗真性红细胞增多症（PV）的病变克隆	揭示了IFN-α通过诱导凋亡或促进分化减少循环突变细胞的长期治疗效果，并强调了核糖体基因和克隆先决条件在IFN-α治疗机制中的重要性	研究中未明确所有导致分子响应的克隆因素，且样本量可能限制了某些亚组分析的统计效力	探究IFN-α在PV治疗中的作用机制及其对不同克隆的影响	真性红细胞增多症（PV）患者和健康对照（HCs）的细胞	NA	真性红细胞增多症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因分型、集落形成实验	NA	单细胞转录组数据、基因型数据	PV患者和健康对照的细胞样本
518	2025-04-22	GRLGRN: graph representation-based learning to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-seq data 2025-Apr-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06116-1 PMID:40251476	研究论文	提出了一种名为GRLGRN的深度学习模型，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	使用图变换网络从先验GRN中提取隐含链接，并结合基因表达谱矩阵编码基因特征，利用注意力机制改进特征提取	未明确提及具体局限性，但单细胞RNA测序数据的细胞异质性、测量噪声和数据丢失可能影响模型性能	从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	基因调控网络（GRN）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图变换网络（graph transformer network）	基因表达数据	七个细胞系数据集和三个真实网络
519	2025-04-22	Novel PD-1-targeted, activity-optimized IL-15 mutein SOT201 acting in cis provides antitumor activity superior to PD1-IL2v 2025-Apr-17, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010736 PMID:40250867	研究论文	本文介绍了一种新型的PD-1靶向免疫细胞因子SOT201，其在抗肿瘤活性上优于PD1-IL2v	SOT201是一种新型的顺式作用免疫细胞因子，通过靶向PD-1+ T细胞并递送减弱的IL-15，在抗肿瘤活性上表现出优于PD1-IL2v的效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中全面验证其安全性和有效性	评估SOT201在抗肿瘤治疗中的效果及其机制	PD-1+ CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及小鼠肿瘤模型	免疫治疗	癌症	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠肿瘤模型（MC38, CT26, B16F10, CT26 STK11 KO）	细胞实验数据、流式细胞术数据、RNA测序数据	小鼠肿瘤模型及人类外周血单核细胞和细胞系
520	2025-04-22	Multi-omics analysis reveals key immunogenic signatures induced by oncolytic Zika virus infection of paediatric brain tumour cells 2025-Apr-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97804-8 PMID:40240536	research paper	该研究通过多组学分析揭示了寨卡病毒（ZIKV）感染儿童脑肿瘤细胞时诱导的关键免疫原性特征	首次全面研究了寨卡病毒感染儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞的转录组反应，并发现TNF-alpha信号通路在溶瘤过程中的重要作用	研究主要基于体外实验，尚未进行临床验证	探索寨卡病毒作为溶瘤病毒治疗儿童脑肿瘤的分子机制	儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞	digital pathology	brain tumour	multi-omics analysis, 49-plex ELISA, scRNA-Seq	NA	transcriptomic data, protein secretion data	未明确说明具体样本数量，但使用了多种儿童CNS肿瘤细胞