单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-04-23	Coordinated regulation of self-renewal and cell cycle during human lympho-myeloid lineage restriction 2025-Apr-21, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026936 PMID:40258184	研究论文	本文描述了支持早期B淋巴细胞分化的大量和克隆培养系统的开发，并用于阐明从具有淋巴-髓系有限潜能的CD34+人类脐带血细胞亚群初始限制过程中伴随的生物学和分子变化	开发了一种新型培养系统，支持早期人类淋巴样分化，揭示了增殖控制的共享机制以及B和NM谱系限制过程中持续的生物学和转录异质性	NA	阐明人类淋巴-髓系限制过程中自我更新和细胞周期的协调调控机制	CD34+人类脐带血细胞亚群	细胞生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	CD34+人类脐带血细胞亚群
502	2025-04-23	Spatial transcriptomics study of Castleman disease 2025-Apr-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06456-9 PMID:40253346	research paper	利用空间转录组学技术研究Castleman病的发病机制	首次应用空间转录组学技术探索Castleman病的细胞异质性和细胞间通讯	样本量较小（仅3例CD患者和1例正常淋巴结）	探索Castleman病的潜在发病机制	Castleman病患者的淋巴结组织	digital pathology	Castleman disease	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	3例CD患者和1例正常淋巴结的FFPE样本
503	2025-04-23	Endoplasmic reticulum stress related super-enhancers suppress cuproptosis via glycolysis reprogramming in lung adenocarcinoma 2025-Apr-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07613-0 PMID:40253387	研究论文	本研究探讨了内质网应激相关的超级增强子通过糖酵解重编程抑制铜死亡在肺腺癌中的作用	揭示了XBP1s通过形成超级增强子影响铜死亡的新机制，并提出了铜离子载体和XBP1s作为治疗响应的潜在生物标志物的临床价值	研究主要基于小鼠异种移植模型，尚未在人体临床试验中验证	探究肺腺癌中铜死亡的分子机制及其调控途径	肺腺癌细胞和小鼠异种移植模型	分子生物学	肺腺癌	单细胞RNA测序、CUT&Tag-seq、染色体构象捕获(3C)实验	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	未明确说明样本数量，但涉及肺腺癌细胞和小鼠模型
504	2025-04-23	An organ-wide spatiotemporal transcriptomic and cellular atlas of the regenerating zebrafish heart 2025-Apr-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59070-0 PMID:40253397	research paper	该研究通过整合空间转录组学（Stereo-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了斑马鱼心脏再生过程中的时空分子和细胞图谱	首次生成了斑马鱼心脏再生过程的时空分子和细胞图谱，揭示了心肌细胞状态级联变化及tpm4a在心肌细胞再分化中的潜在作用，并发现了再生心脏特有的ifrd1和atp6ap2基因激活特征	研究主要针对斑马鱼模型，其发现对人类心脏再生的直接应用可能存在限制	理解脊椎动物心脏再生的分子和细胞机制	斑马鱼再生心脏	digital pathology	cardiovascular disease	Stereo-seq, scRNA-seq	NA	spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data	569,896个细胞/位点（来自36个scRNA-seq文库和224个Stereo-seq切片）
505	2025-04-23	Single-cell RNA sequencing reveals key signaling pathways and biological functions in giant cell tumors of bone 2025-Apr-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02353-1 PMID:40253574	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨巨细胞瘤的关键信号通路和生物学功能	首次应用单细胞RNA测序技术解析骨巨细胞瘤的分子机制，并发现SPP1信号通路在肿瘤微环境中的重要作用	研究结果可能受限于样本数量和肿瘤异质性，且功能验证实验不足	探究骨巨细胞瘤的分子机制以改进治疗方案	骨巨细胞瘤（GCTB）及其微环境中的多种细胞类型	digital pathology	骨巨细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
506	2025-04-23	Single cell transcriptome profiling of immune tissues from germ-free and specific pathogen-free piglet 2025-Apr-18, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04957-2 PMID:40251240	research paper	利用单细胞RNA测序技术分析无菌和特定病原体自由猪仔免疫组织的转录组图谱	首次提供了无菌和特定病原体自由猪仔免疫组织的单细胞转录组数据集，为微生物-宿主免疫调控研究提供了宝贵资源	研究仅针对猪仔模型，结果可能不完全适用于人类	探究共生微生物对宿主免疫系统发育和功能的影响	无菌(GF)和特定病原体自由(SPF)猪仔的免疫组织细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	57,720个细胞(来自派尔集合淋巴结、肠系膜淋巴结和脾脏)
507	2025-04-23	Single cell RNA sequencing after moderate traumatic brain injury: effects of therapeutic hypothermia 2025-Apr-18, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03430-6 PMID:40251570	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了中度创伤性脑损伤后治疗性低温对多种细胞类型特异性转录反应的影响	首次在创伤性脑损伤模型中应用单细胞RNA测序技术，揭示了治疗性低温对神经胶质细胞和血管细胞亚型的特异性调控作用	研究仅观察了损伤后24小时内的早期反应，未评估长期治疗效果	探究治疗性低温对创伤性脑损伤后细胞特异性转录反应的影响	C57BL/6小鼠的脑皮质组织	数字病理学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	实验组和对照组的C57BL/6小鼠脑组织样本
508	2025-04-23	Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk of gastric cancer 2025-Apr-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100812 PMID:40112817	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，分析了203名中国个体的399,683个胃细胞，揭示了胃细胞类型特异性基因与胃癌风险的关联	首次在单细胞水平上进行了eQTL分析，揭示了81%的eQTL具有细胞类型特异性效应，并鉴定了15个与胃癌风险相关的基因	研究样本仅来自中国人群，可能限制了结果在其他人群中的普适性	探究胃细胞类型特异性基因表达调控与胃癌风险的关联	203名中国个体的399,683个胃细胞	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	399,683 cells from 203 individuals
509	2025-04-23	A comprehensive bioinformatics analysis identifies mitophagy biomarkers and potential Molecular mechanisms in hypertensive nephropathy 2025-Apr, Journal of biomolecular structure & dynamics IF:2.7Q2 DOI:10.1080/07391102.2024.2311344 PMID:38334110	研究论文	通过生物信息学分析识别高血压肾病中线粒体自噬的生物标志物及其潜在分子机制	首次系统地研究了高血压肾病中线粒体自噬相关基因的作用，并识别了七个关键基因，同时探讨了这些基因与免疫细胞及炎症因子的相关性	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索高血压肾病中线粒体自噬的作用机制及其潜在的诊断和治疗标志物	高血压肾病患者的转录组数据	生物信息学	高血压肾病	转录组分析、机器学习、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的转录组数据集
510	2025-04-23	Computer-assisted interpretation, in-depth exploration and single cell type annotation of RNA sequence data using k-means clustering algorithm 2025-Apr, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2023.2300685 PMID:38235728	研究论文	本文提出了一种基于k-means聚类算法的计算机辅助方法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释和深入分析	采用计算机辅助方法替代传统手动注释，结合k-means聚类和轮廓验证，实现了细胞分子、表型和功能属性的自动分析	方法依赖于已知数据库的基因谱匹配，可能受限于数据库的覆盖范围和准确性	开发自动化的单细胞RNA测序数据分析方法，提高细胞类型注释的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	k-means聚类	基因表达数据	NA
511	2025-04-23	An In-Silico Study to Identify Relevant Biomarkers in Sepsis Applying Integrated Bulk RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing Analyses 2025-Apr, Global challenges (Hoboken, NJ) DOI:10.1002/gch2.202400321 PMID:40255236	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，识别与脓毒症相关的生物标志物	结合单细胞RNA测序和代谢相关基因分析，识别出6个脓毒症枢纽基因，并揭示了单核细胞亚群间的通讯机制	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	发现脓毒症相关生物标志物以促进疾病诊断和治疗	单细胞RNA测序数据和代谢相关基因	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序(sc-RNA)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单样本基因集富集分析(ssGSEA)	NA	RNA测序数据	NA
512	2025-04-22	Deciphering the complex clonal heterogeneity of polycythemia vera and the response to interferon alfa 2025-Apr-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024012600 PMID:39874500	research paper	该研究通过整合集落形成实验、单细胞RNA测序和基因分型技术，探究了干扰素α（IFN-α）在红细胞分化过程中如何靶向治疗真性红细胞增多症（PV）的病变克隆	揭示了IFN-α通过诱导凋亡或促进分化减少循环突变细胞的长期治疗效果，并强调了核糖体基因和克隆先决条件在IFN-α治疗机制中的重要性	研究中未明确所有导致分子响应的克隆因素，且样本量可能限制了某些亚组分析的统计效力	探究IFN-α在PV治疗中的作用机制及其对不同克隆的影响	真性红细胞增多症（PV）患者和健康对照（HCs）的细胞	NA	真性红细胞增多症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因分型、集落形成实验	NA	单细胞转录组数据、基因型数据	PV患者和健康对照的细胞样本
513	2025-04-22	Unveiling the impact of ferroptosis on diabetes-associated cognitive decline through comprehensive single-cell RNA sequencing and experimental studies 2025-Apr-20, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.70101 PMID:40254912	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验研究揭示了铁死亡在糖尿病相关认知衰退中的作用	首次使用scRNA-seq技术研究铁死亡在DACD中的具体作用，并探索了Tfr1敲除和铁死亡抑制剂的治疗效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	阐明铁死亡在糖尿病相关认知衰退(DACD)发病机制中的作用	2型糖尿病小鼠模型中的小胶质细胞和少突胶质细胞	生物医学	糖尿病相关认知衰退	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), siRNA敲除	小鼠T2DM模型	RNA测序数据	T2DM和对照组小鼠的海马体样本
514	2025-04-22	GRLGRN: graph representation-based learning to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-seq data 2025-Apr-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06116-1 PMID:40251476	研究论文	提出了一种名为GRLGRN的深度学习模型，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	使用图变换网络从先验GRN中提取隐含链接，并结合基因表达谱矩阵编码基因特征，利用注意力机制改进特征提取	未明确提及具体局限性，但单细胞RNA测序数据的细胞异质性、测量噪声和数据丢失可能影响模型性能	从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	基因调控网络（GRN）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图变换网络（graph transformer network）	基因表达数据	七个细胞系数据集和三个真实网络
515	2025-04-22	Novel PD-1-targeted, activity-optimized IL-15 mutein SOT201 acting in cis provides antitumor activity superior to PD1-IL2v 2025-Apr-17, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010736 PMID:40250867	研究论文	本文介绍了一种新型的PD-1靶向免疫细胞因子SOT201，其在抗肿瘤活性上优于PD1-IL2v	SOT201是一种新型的顺式作用免疫细胞因子，通过靶向PD-1+ T细胞并递送减弱的IL-15，在抗肿瘤活性上表现出优于PD1-IL2v的效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中全面验证其安全性和有效性	评估SOT201在抗肿瘤治疗中的效果及其机制	PD-1+ CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及小鼠肿瘤模型	免疫治疗	癌症	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠肿瘤模型（MC38, CT26, B16F10, CT26 STK11 KO）	细胞实验数据、流式细胞术数据、RNA测序数据	小鼠肿瘤模型及人类外周血单核细胞和细胞系
516	2025-04-22	Multi-omics analysis reveals key immunogenic signatures induced by oncolytic Zika virus infection of paediatric brain tumour cells 2025-Apr-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97804-8 PMID:40240536	research paper	该研究通过多组学分析揭示了寨卡病毒（ZIKV）感染儿童脑肿瘤细胞时诱导的关键免疫原性特征	首次全面研究了寨卡病毒感染儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞的转录组反应，并发现TNF-alpha信号通路在溶瘤过程中的重要作用	研究主要基于体外实验，尚未进行临床验证	探索寨卡病毒作为溶瘤病毒治疗儿童脑肿瘤的分子机制	儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞	digital pathology	brain tumour	multi-omics analysis, 49-plex ELISA, scRNA-Seq	NA	transcriptomic data, protein secretion data	未明确说明具体样本数量，但使用了多种儿童CNS肿瘤细胞
517	2025-04-22	An atlas of single-cell eQTLs dissects autoimmune disease genes and identifies novel drug classes for treatment 2025-Apr-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100820 PMID:40154479	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据构建了一个单细胞eQTL图谱，用于解析自身免疫疾病基因并识别新的治疗药物类别	提出了一种联合模型JOBS，将批量组织eQTLs作为单细胞eQTLs的加权和，显著提高了eQTLs的检测能力，并开发了一个药物再利用流程	单细胞eQTL数据集相对较小，可能影响结果的全面性	解析自身免疫疾病基因并识别新的治疗药物类别	14种免疫介导的疾病	基因组学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	JOBS模型	RNA-seq数据	OneK1K和eQTLGen数据集
518	2025-04-22	JAK3 A573V and JAK3 M511I mutations in peripheral T-cell lymphoma mediating resistance to anti-PD-1 therapy through the STAT3/PD-L1 pathway 2025-Apr-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010783 PMID:40199606	research paper	该研究探讨了JAK3 A573V和JAK3 M511I突变通过STAT3/PD-L1通路介导外周T细胞淋巴瘤对抗PD-1治疗的耐药性	首次系统地描绘了r/r PTCL患者的全面突变谱，并揭示了JAK3突变通过STAT3/PD-L1通路导致抗PD-1治疗耐药的新机制	研究样本量相对有限（109例患者），且主要关注JAK3突变，可能忽略了其他潜在耐药机制	阐明外周T细胞淋巴瘤对抗PD-1治疗耐药的生物学决定因素	复发/难治性外周T细胞淋巴瘤（r/r PTCL）患者	肿瘤免疫学	外周T细胞淋巴瘤	靶向下一代测序（440个癌症相关基因）、单细胞转录组学、Western blotting、流式细胞术	JAK3突变模型（Jurkat和BA/F3细胞系）、JAK3突变同源小鼠模型	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	109例r/r PTCL患者
519	2025-04-22	Genome-coverage single-cell histone modifications for embryo lineage tracing 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08656-1 PMID:40011786	研究论文	本文开发了一种名为TACIT的方法，用于在小鼠早期胚胎中进行基因组覆盖的单细胞组蛋白修饰分析，并结合单细胞RNA测序数据绘制了单细胞分辨率的表观遗传景观	开发了TACIT方法，首次实现了基因组覆盖的单细胞七种组蛋白修饰分析，并结合机器学习鉴定了全能性基因调控网络	研究仅限于小鼠早期胚胎，尚未在人类或其他物种中验证	探索早期胚胎发育过程中的单细胞表观遗传重编程和细胞命运决定机制	小鼠早期胚胎	发育生物学	NA	TACIT（靶向染色质索引和标签化）、单细胞RNA测序、CRISPR激活	机器学习模型	表观遗传组数据、转录组数据	小鼠早期胚胎（具体数量未明确说明）
520	2025-04-22	RETRACTION: Exploring Wound Management in Dental Pulp: Utilizing Single-Cell RNA Sequencing for Global Transcriptomic Analysis in Healthy and Inflamed Pulpal Tissues 2025-Apr, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.70539 PMID:40251782	撤稿声明	该文章因同行评审过程存在问题而被撤稿	NA	同行评审过程被破坏，导致文章被撤稿	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA