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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2025-10-07 |
Molecular mechanisms and clinical significance of perineural invasion in malignancies: the pivotal role of tumor-associated Schwann cells in cancer progression and metastasis
2025-Apr-22, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-02729-x
PMID:40259163
|
综述 | 本综述探讨了恶性肿瘤中神经周围侵袭的分子机制和临床意义,特别关注肿瘤相关雪旺细胞在癌症进展和转移中的关键作用 | 系统阐述了肿瘤相关雪旺细胞通过促进上皮间质转化、细胞外基质重塑和免疫调节在神经周围侵袭中的核心作用机制 | 对雪旺细胞在不同恶性肿瘤中分子亚型的异质性理解仍存在显著研究空白 | 阐明神经周围侵袭的分子机制及其临床意义,探索潜在治疗靶点 | 神经周围侵袭过程、肿瘤相关雪旺细胞及其与肿瘤细胞的相互作用 | 肿瘤生物学 | 恶性肿瘤 | 单细胞转录组学、分子谱分析、成像技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 482 | 2025-10-07 |
Transfer learning of multicellular organization via single-cell and spatial transcriptomics
2025-Apr-21, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012991
PMID:40258090
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研究论文 | 提出一种名为iSORT的迁移学习方法,通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据来解析细胞的空间组织结构 | 开发了能够将基因表达映射到空间位置的神经网络模型,可在单细胞尺度识别空间模式,发现驱动空间组织的基因,并利用SpaRNA速度概念推断伪生长轨迹 | NA | 解析生物组织中复杂的基因表达和多细胞空间模式 | 人类皮层、小鼠胚胎、小鼠大脑、果蝇胚胎、人类发育心脏以及正常和动脉粥样硬化动脉 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | 神经网络 | 基因表达数据, 空间位置数据 | 多个生物系统样本(包括人类和小鼠组织) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 483 | 2025-10-07 |
Prognostic nutrition index reveals LAG3 in cytotoxic CD8+ T cells and MHC class II in gastric cancer cells
2025-Apr-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04037-9
PMID:40252096
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色,揭示了预后营养指数与胃癌中LAG3和MHC II类分子表达的关联 | 首次发现预后营养指数与细胞毒性CD8+T细胞中LAG3表达及胃癌细胞中MHC II类分子表达的关联 | 回顾性研究设计,样本量相对有限 | 探讨预后营养指数与免疫检查点分子表达的关联及其在胃癌预后中的作用 | 胃癌患者和胃癌组织样本 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光染色 | NA | 临床数据,基因表达数据,免疫染色数据 | 796例胃癌患者临床数据,38例胃癌组织单细胞RNA测序,59例胃癌组织多重免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 484 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics study of Castleman disease
2025-Apr-19, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06456-9
PMID:40253346
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研究论文 | 利用空间转录组学技术研究Castleman病的发病机制 | 首次应用空间转录组学技术分析不同组织学类型Castleman病的细胞组成和细胞间通讯异质性 | 样本量较小(仅3例患者和1例正常对照) | 探索Castleman病的可能发病机制 | Castleman病患者的淋巴结FFPE样本 | 空间转录组学 | Castleman病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 3例CD患者和1例正常淋巴结 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 485 | 2025-10-07 |
Endoplasmic reticulum stress related super-enhancers suppress cuproptosis via glycolysis reprogramming in lung adenocarcinoma
2025-Apr-19, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07613-0
PMID:40253387
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研究论文 | 本研究揭示了内质网应激相关超级增强子通过糖酵解重编程抑制肺腺癌铜死亡的新机制 | 首次发现XBP1s通过形成超级增强子调控MGRN1表达,进而抑制LIPT1介导的铜死亡,并证实铜离子载体与超级增强子抑制剂的联合治疗效果 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,尚未在临床样本中充分验证 | 阐明肺腺癌中铜死亡的分子调控机制 | 肺腺癌细胞系和小鼠移植瘤模型 | 分子生物学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,CUT&Tag-seq,染色体构象捕获(3C),铜比色法 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据,蛋白质互作数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 486 | 2025-10-07 |
An organ-wide spatiotemporal transcriptomic and cellular atlas of the regenerating zebrafish heart
2025-Apr-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59070-0
PMID:40253397
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研究论文 | 构建了斑马鱼心脏再生过程中的时空转录组和细胞图谱 | 整合空间转录组学(Stereo-seq)和单细胞RNA测序技术,首次创建了覆盖八个阶段的斑马鱼心脏再生4D虚拟图谱 | 研究主要聚焦斑马鱼模型,与人类心脏再生机制的直接关联仍需进一步验证 | 解析脊椎动物心脏再生的分子和细胞机制 | 斑马鱼心脏再生过程 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | 569,896个细胞/位点,来自36个scRNA-seq文库和224个Stereo-seq切片 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | Stereo-seq | NA |
| 487 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals key signaling pathways and biological functions in giant cell tumors of bone
2025-Apr-19, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02353-1
PMID:40253574
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示骨巨细胞瘤的关键信号通路和生物学功能 | 首次在骨巨细胞瘤中应用单细胞RNA测序技术揭示细胞间相互作用的分子机制,特别是发现SPP1信号通路在癌症相关成纤维细胞和巨噬细胞之间的正反馈作用 | 研究对肿瘤微环境中复杂功能动力学的理解仍存在混淆 | 探索骨巨细胞瘤的分子机制以改进治疗方法 | 骨巨细胞瘤组织样本 | 数字病理学 | 骨肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 488 | 2025-10-07 |
Single cell transcriptome profiling of immune tissues from germ-free and specific pathogen-free piglet
2025-Apr-18, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-04957-2
PMID:40251240
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了无菌和特定病原体无仔猪免疫组织的转录组图谱 | 首次提供了无菌和特定病原体无仔猪免疫组织的单细胞转录组数据集 | NA | 研究共生微生物群对宿主免疫系统的影响 | 无菌和特定病原体无仔猪的免疫组织(派伊尔氏斑、肠系膜淋巴结和脾脏) | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 57,720个细胞,来自无菌和特定病原体无仔猪的三种免疫组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 489 | 2025-10-07 |
RNA methylation: A new perspective in osteoarthritis research
2025-Apr-18, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149518
PMID:40254081
|
综述 | 系统总结RNA甲基化在骨关节炎中的调控作用及研究进展 | 首次从RNA修饰角度系统阐述骨关节炎发病机制,提出单细胞测序等未来研究方向 | NA | 探讨RNA修饰在骨关节炎发生发展中的生物学功能和机制 | 软骨细胞自噬、炎症反应和关键信号通路 | 表观遗传学 | 骨关节炎 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 490 | 2025-10-07 |
Single-cell eQTL mapping reveals cell-type-specific genes associated with the risk of gastric cancer
2025-Apr-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100812
PMID:40112817
|
研究论文 | 通过单细胞eQTL分析揭示胃细胞类型特异性基因与胃癌风险的关联 | 首次在胃癌研究中采用大规模单细胞RNA测序进行eQTL分析,揭示了81%的eQTL具有细胞类型特异性效应 | 研究样本仅来自中国人群,可能限制结果在其他人群中的普适性 | 探索胃部细胞类型特异性基因调控机制与胃癌风险的关联 | 203名中国个体的399,683个胃细胞 | 单细胞基因组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), eQTL分析, 全基因组关联分析(GWAS) | eQTL映射模型, 共定位分析 | 单细胞基因表达数据, 基因型数据 | 203名个体,399,683个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 491 | 2025-10-07 |
A comprehensive bioinformatics analysis identifies mitophagy biomarkers and potential Molecular mechanisms in hypertensive nephropathy
2025-Apr, Journal of biomolecular structure & dynamics
IF:2.7Q2
DOI:10.1080/07391102.2024.2311344
PMID:38334110
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研究论文 | 通过生物信息学分析识别高血压肾病中的线粒体自噬生物标志物及其分子机制 | 首次系统分析高血压肾病中线粒体自噬相关基因,发现七个关键MR-DEGs并建立诊断模型,揭示其在近端小管细胞中的特异性表达 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 探索线粒体自噬在高血压肾病中的作用机制并寻找生物标志物 | 高血压肾病患者的转录组数据 | 生物信息学 | 高血压肾病 | 转录组分析,单细胞RNA测序,机器学习 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | GEO数据库中的高血压肾病患者数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 492 | 2025-10-07 |
Computer-assisted interpretation, in-depth exploration and single cell type annotation of RNA sequence data using k-means clustering algorithm
2025-Apr, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/10255842.2023.2300685
PMID:38235728
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研究论文 | 提出一种基于k-means聚类算法的计算机辅助单细胞RNA测序数据解释与细胞类型注释方法 | 结合k-means聚类与轮廓验证的自动细胞类型注释方法,避免了传统手动注释的主观性和不一致性 | 未提及具体数据集验证规模和与其他方法的对比实验 | 开发自动化的单细胞RNA测序数据分析流程 | 组织样本中的单个细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | k-means聚类 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 493 | 2025-10-07 |
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Apr-01, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6265058/v1
PMID:40235492
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术比较了新生儿与成人MR1T细胞的TCR使用多样性和功能差异 | 首次发现新生儿MR1T细胞具有更丰富的TCR多样性,细胞毒性较低,且无法识别多种常见儿童病原体 | 样本量较小(n=5新生儿和n=5成人),仅研究了脐带血来源的细胞 | 探究新生儿MR1T细胞的TCR使用多样性和免疫功能特征 | 新生儿脐带血和成人外周血中的MR1T细胞 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序, 生物化学分析, 结构生物学研究 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据 | 5例新生儿脐带血样本和5例成人外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
| 494 | 2025-10-07 |
An In-Silico Study to Identify Relevant Biomarkers in Sepsis Applying Integrated Bulk RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing Analyses
2025-Apr, Global challenges (Hoboken, NJ)
DOI:10.1002/gch2.202400321
PMID:40255236
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研究论文 | 通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析识别脓毒症相关生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和代谢相关基因分析鉴定脓毒症关键生物标志物,并揭示单核细胞亚群间的通讯机制 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 发现脓毒症相关生物标志物 | 单核细胞亚群和代谢相关基因 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, WGCNA, ssGSEA, 差异表达基因分析 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 495 | 2025-10-07 |
An expandable synthetic library of human paired antibody sequences
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012932
PMID:40258041
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研究论文 | 本研究开发了用于高通量生成配对人类抗体序列的大语言模型IgHuAb,并创建了模拟天然抗体特征但多样性更高的合成抗体库SynAbLib | 使用大语言模型生成配对人类抗体序列,创建了具有更高序列多样性的合成抗体库 | 未明确说明模型训练数据的规模和来源限制 | 解决当前单细胞测序方法通量低、成本高导致的配对抗体序列数据不足问题 | 人类抗体序列 | 自然语言处理 | NA | 单细胞测序 | 大语言模型 | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 496 | 2025-10-07 |
Deciphering the complex clonal heterogeneity of polycythemia vera and the response to interferon alfa
2025-Apr-22, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024012600
PMID:39874500
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研究论文 | 通过整合集落形成实验与单细胞RNA测序技术,解析干扰素α治疗真性红细胞增多症的克隆异质性机制 | 首次结合集落形成实验与单细胞RNA测序揭示IFN-α通过靶向核糖体基因诱导特定克隆凋亡的治疗机制 | 样本量有限,未涉及其他MPN亚型,机制研究仍需进一步验证 | 探究IFN-α治疗真性红细胞增多症的分子响应机制和克隆异质性 | 真性红细胞增多症患者来源细胞与健康对照细胞 | 单细胞组学 | 真性红细胞增多症 | 单细胞RNA测序,集落形成实验,基因分型 | NA | 单细胞转录组数据 | PV患者和健康对照的细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 497 | 2025-10-07 |
GRLGRN: graph representation-based learning to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-seq data
2025-Apr-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06116-1
PMID:40251476
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研究论文 | 提出一种基于图表示学习的深度学习模型GRLGRN,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 使用图变换器网络从先验基因调控网络中提取隐含链接,结合注意力机制改进特征提取,实现基因调控关系的预测 | 未明确说明模型在处理高度稀疏单细胞数据时的具体限制 | 从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 基因调控网络中的转录因子与靶基因之间的调控关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图变换器网络, 注意力机制 | 基因表达谱数据 | 7个细胞系数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 498 | 2025-10-07 |
Novel PD-1-targeted, activity-optimized IL-15 mutein SOT201 acting in cis provides antitumor activity superior to PD1-IL2v
2025-Apr-17, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010736
PMID:40250867
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研究论文 | 本文介绍了一种新型PD-1靶向免疫细胞因子SOT201,通过顺式作用机制展示出优于PD1-IL2v的抗肿瘤活性 | 开发了新型顺式作用免疫细胞因子SOT201,通过PD-1靶向递送减毒IL-15,能更有效地重新激活耗竭CD8+ T细胞 | 研究主要基于小鼠肿瘤模型,临床疗效需进一步验证 | 评估新型PD-1靶向免疫细胞因子SOT201的抗肿瘤疗效和作用机制 | 人类外周血单核细胞、细胞系及小鼠肿瘤模型(MC38、CT26、B16F10、CT26 STK11 KO) | 免疫治疗 | 晚期转移性癌症 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多种小鼠肿瘤模型及体外细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 499 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis reveals key immunogenic signatures induced by oncolytic Zika virus infection of paediatric brain tumour cells
2025-Apr-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-97804-8
PMID:40240536
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了溶瘤寨卡病毒感染儿童脑肿瘤细胞诱导的关键免疫原性特征 | 首次全面研究寨卡病毒感染儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎样横纹肌样瘤的转录组反应,并发现TNF-α信号通路在溶瘤作用中的关键作用 | 分子机制尚未完全阐明,需要进一步实验验证 | 探究溶瘤寨卡病毒感染儿童脑肿瘤细胞的分子机制和免疫反应特征 | 儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎样横纹肌样瘤细胞 | 生物信息学 | 脑肿瘤 | 转录组分析, 49-plex ELISA, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析 | NA | NA |
| 500 | 2025-10-07 |
JAK3 A573V and JAK3 M511I mutations in peripheral T-cell lymphoma mediating resistance to anti-PD-1 therapy through the STAT3/PD-L1 pathway
2025-Apr-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010783
PMID:40199606
|
研究论文 | 本研究揭示了外周T细胞淋巴瘤中JAK3 A573V和M511I突变通过STAT3/PD-L1通路介导抗PD-1治疗耐药的新机制 | 首次发现JAK3特异性突变(A573V和M511I)通过STAT3/PD-L1通路导致抗PD-1治疗耐药,并证明Tofacitinib对JAK3突变患者更有效 | 研究样本量相对有限(109例患者),且为观察性研究,需要更大规模临床试验验证 | 阐明外周T细胞淋巴瘤抗PD-1治疗耐药的分子机制 | 复发/难治性外周T细胞淋巴瘤患者和细胞系模型 | 肿瘤免疫学 | 外周T细胞淋巴瘤 | 靶向二代测序, 单细胞转录组学, 蛋白质印迹, 流式细胞术 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据 | 109例r/r PTCL患者 | NA | 单细胞转录组学, 靶向测序 | NA | NA |