单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-04-25	Airway Spatial Transcriptomics in Smoking 2025-Apr-03, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.04.01.25325047 PMID:40236402	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组数据，预测吸烟者肺部细胞间通讯的改变	创建了一个框架，通过虚拟单细胞分辨率的空间转录组数据预测吸烟者肺部细胞间通讯的改变	样本量较小（3名吸烟者和3名非吸烟者），可能影响结果的普遍性	研究吸烟对肺部细胞间通讯的影响	吸烟者和非吸烟者的肺部组织样本	空间转录组学	肺部疾病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）和空间转录组学	NA	转录组数据	3名吸烟者和3名非吸烟者的肺部组织样本
462	2025-04-25	Single-cell analysis of the epigenome and 3D chromatin architecture in the human retina 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.28.630634 PMID:39764062	研究论文	通过单细胞多组学分析研究人类视网膜的基因表达、染色质可及性、DNA甲基化组和3D染色质结构	首次在23种视网膜细胞亚类中鉴定了420,824个独特的候选调控元件，并比较了人类和小鼠视网膜细胞的染色质景观	未提及具体样本量限制或技术局限性	解析人类视网膜的基因调控程序及相关疾病的非编码风险变异	人类视网膜、黄斑区和视网膜色素上皮(RPE)/脉络膜	表观基因组学	眼科疾病	单细胞多组学测序	深度学习模型	单细胞多组学数据	NA
463	2025-04-25	scIDPMs: Single-Cell RNA-Seq Imputation Using Diffusion Probabilistic Models 2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3430554 PMID:39093668	研究论文	提出了一种名为scIDPMs的新方法，利用条件扩散概率模型对单细胞RNA测序数据进行缺失值填补	首次将条件扩散概率模型应用于单细胞RNA测序数据的缺失值填补，并采用带有注意力机制的深度神经网络优化填补过程	未具体说明方法在超大规模数据集上的计算效率	解决单细胞RNA测序数据中假零值(丢失事件)导致的基因表达水平被掩盖问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	条件扩散概率模型(conditional diffusion probabilistic models)和带有注意力机制的深度神经网络	基因表达数据	模拟和真实scRNA-seq数据集(未明确具体数量)
464	2025-04-25	The Effect of Cuproptosis-Related Proteins on Macrophage Polarization in Mesothelioma is Revealed by scRNA-seq 2025-Apr, Biological trace element research IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12011-024-04333-y PMID:39177724	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了铜死亡相关蛋白对间皮瘤中巨噬细胞极化的影响	首次发现铜死亡相关基因在间皮瘤中的表达差异，并构建了3基因特征预测模型	研究样本量有限，需要进一步临床验证	探究铜死亡相关蛋白对间皮瘤进展的影响机制	间皮瘤患者样本和细胞系	digital pathology	mesothelioma	scRNA-seq, LASSO回归分析	多基因预测模型	基因表达数据	TCGA和GEO数据库中的间皮瘤样本
465	2025-04-25	Integrative single-cell and spatial transcriptomic analyses identify a pathogenic cholangiocyte niche and TNFRSF12A as therapeutic target for biliary atresia 2025-Apr-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001064 PMID:39178365	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组分析，识别了胆道闭锁中的致病性胆管细胞生态位，并发现TNFRSF12A作为潜在治疗靶点	首次通过单细胞和空间转录组技术全面描绘了胆道闭锁的肝脏细胞图谱，并揭示了TNFRSF12A在疾病中的关键作用	样本量相对较小（12例单细胞测序和4例空间转录组样本），且主要在动物模型和类器官中验证发现	阐明胆道闭锁中胆管细胞的致病机制并寻找治疗靶点	胆道闭锁患者的肝脏组织和小鼠疾病模型	数字病理	胆道闭锁	单细胞RNA测序、空间转录组分析	小鼠疾病模型、人类胆道类器官	RNA测序数据、空间转录组数据	12例肝脏组织（9例BA患者和3例对照）的单细胞测序，4例肝脏切片（2例BA患者和2例对照）的空间转录组分析
466	2025-02-15	A single approach, multiple insights: Harnessing spatial transcriptomics and proteomics to identify novel therapeutic targets of alcohol-associated hepatitis 2025-Apr, Alcohol, clinical & experimental research DOI:10.1111/acer.70007 PMID:39948688	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
467	2025-04-25	Transcriptional profiles of mouse oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2025-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00840-2 PMID:40164771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探究了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录变化	创建了Matn4-mEGFP转基因小鼠系，并利用单细胞RNA测序技术揭示了OPCs在不同状态下的转录组变化，特别是HIF-1α和WNT通路的激活	研究主要集中在小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的转录组变化	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	Matn4-mEGFP转基因小鼠系的皮质OPCs
468	2025-04-25	MYB74 transcription factor guides de novo specification of epidermal cells in the abscission zone of Arabidopsis 2025-Apr, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-01976-0 PMID:40181105	研究论文	本文揭示了MYB74转录因子在拟南芥脱落区表皮细胞新生过程中的指导作用	发现了非表皮残留细胞通过转分化形成表皮细胞的三个阶段过程，并确定了MYB74转录因子在这一过程中的核心作用	未明确比较这种机制与伤口愈合途径的具体优势差异	探究植物脱落区表皮细胞新生的分子机制	拟南芥脱落区的非表皮残留细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
469	2025-04-25	Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens 2025-Apr-01, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6265058/v1 PMID:40235492	research paper	该研究探讨了新生儿MR1T细胞的多样性、细胞毒性及对常见儿童病原体的反应能力	揭示了新生儿MR1T细胞在TCR使用上的多样性、较低的细胞毒性以及对多种常见儿童病原体无反应的特点	研究样本量较小（n=5），且仅针对特定MR1T细胞亚群进行分析	了解新生儿MR1T细胞的免疫特性及其在感染易感性中的作用	新生儿和成人的MR1T细胞	免疫学	新生儿败血症	scRNA-seq/scTCR-seq	NA	单细胞RNA测序数据	5例新生儿脐带血样本和5例成人样本
470	2025-04-25	An expandable synthetic library of human paired antibody sequences 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012932 PMID:40258041	研究论文	本文介绍了一种名为IgHuAb的大型语言模型，用于高通量生成配对人类抗体序列，并创建了一个名为SynAbLib的合成人类抗体库	开发了IgHuAb模型和SynAbLib库，显著提高了人类抗体序列的多样性，并验证了其表达效率	未提及具体的技术限制或样本量限制	解决现有单细胞测序方法在人类抗体序列数据上的高通量和高成本问题	人类抗体序列	自然语言处理	NA	单细胞测序	大型语言模型	序列数据	NA
471	2025-04-25	Oncolytic Virus Infection Modulates Lysine Acetyltransferase in Gliomas: Comprehensive Analysis and Experimental Validation of KAT8 in Glioma 2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70558 PMID:40259204	research paper	该研究探讨了溶瘤病毒感染如何调节胶质瘤中的赖氨酸乙酰转移酶，特别是KAT8的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	首次揭示了溶瘤病毒EV-A71感染胶质瘤细胞后KAT8的下调，并验证了KAT8在胶质瘤中的表达与临床病理特征、患者生存率及细胞凋亡的关系	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证，且样本来源有限	探索溶瘤病毒感染对胶质瘤中赖氨酸乙酰转移酶的调控机制及其临床意义	胶质瘤细胞和胶质瘤组织	digital pathology	glioma	RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床数据	TCGA和GTEx数据库中的胶质瘤组织样本及体外培养的胶质瘤细胞系
472	2025-04-25	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1-mediated immune suppressive status is positively associated with brain metastasis in patients with non-small cell lung cancer 2025-Apr, Journal of the National Cancer Center IF:7.6Q1 DOI:10.1016/j.jncc.2024.12.004 PMID:40265090	research paper	研究探讨了IDO1活性与非小细胞肺癌脑转移患者生存期的关联及其对免疫细胞抗肿瘤功能的负面影响	首次揭示了IDO1代谢物在NSCLC脑转移患者中的免疫抑制作用，并发现其与Treg细胞比例及患者生存期显著相关	样本量有限（195例），且未探讨IDO1抑制剂的治疗潜力	探究IDO1活性与NSCLC脑转移患者生存期的关系及其免疫调节机制	非小细胞肺癌伴脑转移患者	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	scRNA-seq分析、非靶向代谢组学分析	NA	血液/组织样本的代谢物检测数据、单细胞转录组数据	195例NSCLC患者（含脑转移病例）
473	2025-04-25	The single-cell immune landscape of HIV-associated aggressive B-cell lymphoma 2025-Apr, Journal of the National Cancer Center IF:7.6Q1 DOI:10.1016/j.jncc.2025.02.001 PMID:40265092	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的免疫景观及其独特的基因组和免疫特征	首次在单细胞水平上描绘了HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的免疫图谱，发现了恶性B细胞的高增殖和OXPHOS型代谢特征，以及T细胞的衰老样功能障碍	样本量相对较小（14例），且仅分析了淋巴结样本	阐明HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的基因组和免疫特征	HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤（主要是弥漫大B细胞淋巴瘤和伯基特淋巴瘤）患者和非HIV感染者的淋巴瘤样本	数字病理学	B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	14例（6例HIV相关DLBCL，5例HIV相关BL，3例非HIV相关DLBCL）
474	2025-04-24	Single-cell transcriptomic data reveal the cellular heterogeneity of glutamine metabolism in gastric premalignant lesions and early gastric cancer 2025-Apr-23, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025061 PMID:40264416	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据揭示了胃前病变和早期胃癌中谷氨酰胺代谢的细胞异质性	首次在单细胞水平上系统分析了胃前病变和早期胃癌中的谷氨酰胺代谢特征，并鉴定出ERO1LB作为关键调控因子	样本量相对有限（22511个细胞），且仅聚焦于慢性萎缩性胃炎和早期胃癌病变	探究胃前病变和早期胃癌中谷氨酰胺代谢的细胞异质性及其在胃癌发生中的作用	慢性萎缩性胃炎(CAG)和早期胃癌(EGC)病变中的细胞	癌症代谢	胃癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	22511个来自胃前病变和早期恶性病变的细胞
475	2025-04-24	CXCR4-targeted sensitive magnetic particle imaging for abdominal aortic aneurysm early detection and prognosis evaluation by recognizing total inflammatory cells 2025-Apr-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae255 PMID:39658102	research paper	本研究通过单细胞测序识别CXCR4作为腹主动脉瘤（AAA）炎症的有效标记物，并开发了靶向CXCR4的多模态成像探针，用于AAA的早期检测和预后评估	利用CXCR4作为标记物开发了新型Fe3O4-anti-CXCR4-PE探针，实现了腹主动脉瘤的多模态成像（MPI/FLI）和早期诊断	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	开发腹主动脉瘤的早期检测和预后评估新方法	腹主动脉瘤（AAA）小鼠模型和人类主动脉瘤单细胞测序数据	digital pathology	cardiovascular disease	scRNAseq, MPI, FLI	mouse model	imaging data, sequencing data	人类主动脉瘤数据集GSE155468和GSE166676，以及AAA小鼠模型
476	2025-04-24	Integrated Analysis of PSMB8 Expression and Its Potential Roles in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-22, Digestive diseases and sciences IF:2.5Q2 DOI:10.1007/s10620-025-09040-9 PMID:40261568	研究论文	该研究通过多组学分析探讨了PSMB8在肝细胞癌中的表达及其潜在作用	首次全面分析了PSMB8在肝细胞癌中的表达模式及其与免疫检查点分子和蛋白稳态的关联	PSMB8在肝细胞癌中的具体分子机制仍需进一步研究	阐明PSMB8在肝细胞癌中的功能作用和临床意义	肝细胞癌组织和相关免疫细胞	癌症研究	肝细胞癌	多组学分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、组织微阵列图像数据	来自The Cancer Genome Atlas和GSE76427数据集的肝细胞癌样本
477	2025-04-24	Proteomic Profiles of Neutrophils from Behcet's Uveitis Patients and their Sex Differences 2025-Apr-22, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02305-5 PMID:40263198	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析揭示了Behcet葡萄膜炎(BU)患者中性粒细胞的蛋白质表达变化及其性别差异	首次全面描述了BU患者中性粒细胞的蛋白质组学特征，并揭示了性别差异相关的功能变化	样本量可能有限，且机制研究仍需进一步验证	探究BU患者中性粒细胞的蛋白质组学特征及其在疾病发病机制中的作用	活动期BU患者和健康对照者的外周血中性粒细胞	蛋白质组学	Behcet葡萄膜炎	蛋白质组学分析，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质组数据，RNA测序数据	BU患者和健康对照者的中性粒细胞样本(具体数量未明确说明)
478	2025-04-24	Unraveling the Therapeutic Potential of Scutellarin for Clear Cell Renal Cell Carcinoma: A Comprehensive Molecular Analysis 2025-Apr-22, Current pharmaceutical design IF:2.6Q2 DOI:10.2174/0113816128340451241224055536 PMID:40265430	研究论文	本研究通过综合分子分析探讨了黄芩素对透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的治疗潜力	首次系统性地鉴定了黄芩素在ccRCC中的潜在靶基因和作用通路，并通过分子对接和动力学模拟验证了其稳定性	需要进一步的临床前和临床研究来验证黄芩素的确切分子机制和治疗优势	探索黄芩素作为ccRCC新型治疗方案的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	分子生物学与癌症治疗	肾细胞癌	蛋白互作网络分析、分子对接、分子动力学模拟、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞数据	TCGA-KIRC和GSE53757数据集中的ccRCC样本
479	2025-04-24	Machine learning integration of single-cell and bulk transcriptomics identifies fibroblast-driven prognostic markers in colorectal cancer 2025-Apr-22, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2025.12038 PMID:40266079	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组学数据，利用机器学习方法识别了结直肠癌中成纤维细胞驱动的预后标志物	首次通过整合单细胞和批量转录组学数据，构建了一个七基因成纤维细胞相关预后特征，并在独立数据集中验证了其预测性能	研究样本量相对有限，且仅在两个数据集中进行了验证	识别结直肠癌中具有临床意义的预后生物标志物和潜在治疗策略	结直肠癌肿瘤微环境中的成纤维细胞	机器学习	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习集成方法	转录组数据	306个CRC样本(448,255个细胞)，TCGA-COAD训练队列(n=351)，GSE17536验证数据集(n=177)
480	2025-04-24	A Multi-omics approach to identify and validate shared genetic architecture in rheumatoid arthritis, multiple sclerosis, and type 1 diabetes: integrating GWAS, GEO, MSigDB, and scRNA-seq data 2025-Apr-21, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01598-x PMID:40254686	研究论文	通过多组学方法识别并验证类风湿性关节炎、多发性硬化症和1型糖尿病之间的共享遗传结构	首次发现ROMO1是这三种自身免疫疾病的共享遗传因素，并通过多种分析方法验证其在疾病发展中的机制	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索自身免疫疾病之间的共享遗传结构	类风湿性关节炎(RA)、多发性硬化症(MS)和1型糖尿病(T1D)	生物信息学	自身免疫疾病	GWAS、RNA-seq、scRNA-seq、GSEA、Mendelian randomization	LASSO回归	基因组数据、转录组数据	未明确说明样本数量，使用了GEO数据库中的多组数据和GWAS数据