单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-04-26	Amino Acid Metabolism Subtypes in Neuroblastoma Identifying Distinct Prognosis and Therapeutic Vulnerabilities 2025-Apr-04, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00554 PMID:39442086	research paper	该研究基于氨基酸代谢相关基因，识别了神经母细胞瘤的三种亚型，并探讨了它们与预后和治疗脆弱性的关联	首次将氨基酸代谢与神经母细胞瘤的预后和治疗脆弱性联系起来，并识别了三种具有不同特征的亚型	研究未涉及具体的临床试验验证，仅基于生物信息学分析	探索氨基酸代谢在神经母细胞瘤中的分型及其对预后和治疗的影响	神经母细胞瘤患者及其相关基因表达数据	肿瘤生物学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
442	2025-04-26	FABP5+ lipid-loaded macrophages process tumour-derived unsaturated fatty acid signal to suppress T-cell antitumour immunity 2025-Apr, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.09.029 PMID:39357545	研究论文	本研究揭示了FABP5+脂质负载的肿瘤相关巨噬细胞通过FABP5-PPARγ信号通路增强免疫抑制性肿瘤微环境的机制	发现FABP5介导的不饱和脂肪酸代谢在TAMs中对调节抗肿瘤T细胞免疫及免疫治疗效果的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类HCC肿瘤样本，临床转化需进一步验证	探究脂质代谢如何增强TAMs的促肿瘤作用及其机制	小鼠和人类HCC肿瘤样本中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠和人类HCC肿瘤样本
443	2025-04-26	Different inflammatory, fibrotic, and immunological signatures between pre-fibrotic and overt primary myelofibrosis 2025-Apr-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.285598 PMID:39385733	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了前纤维化和明显原发性骨髓纤维化（PMF）的骨髓抽吸物，揭示了不同细胞类型在PMF进展中的炎症、纤维化和免疫特征差异	首次在单细胞水平上揭示了PMF进展中造血干细胞和祖细胞（HSPC）、巨核细胞和单核细胞亚群的炎症/纤维化特征变化，并发现EMT富集的巨核细胞亚群在明显PMF中显著增加	未发现PMF进展过程中的决定性细胞亚群	阐明原发性骨髓纤维化（PMF）从前纤维化阶段进展到明显阶段的细胞和分子机制	前纤维化PMF（pre-PMF）、明显PMF和其他骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者的骨髓抽吸物	单细胞组学	骨髓纤维化	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但包括pre-PMF、明显PMF和其他MPN患者的骨髓样本
444	2025-04-26	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveals the Regional Division of the Spatial Structure of MASH Fibrosis 2025-Apr, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.16125 PMID:39400982	研究论文	通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）纤维化在肝脏中的区域分布，并识别了潜在的治疗靶点	首次描述了MASH纤维化中基因表达的谱系特异性变化、亚群组成及伪时间分析，揭示了纤维化区域的特异性基因表达模式	研究样本量有限，且仅基于特定数据集（GSE189175）进行分析	阐明MASH纤维化在肝脏中的区域分布并识别潜在治疗靶点	健康对照组、单纯性脂肪变性患者和MASH患者的肝脏切片	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、病理图像	未明确提及具体样本数量，涉及健康对照组、单纯性脂肪变性患者和MASH患者
445	2025-04-26	GLS as a Key Cuproptosis-Related Gene in Periodontitis: Insights from Single-Cell RNA Sequencing 2025-Apr, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.10.001 PMID:39428264	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了铜死亡相关基因在牙周炎中的作用	首次整合单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示GLS作为牙周炎中铜死亡相关关键基因的作用	研究基于公开数据集GSE10334，可能受限于数据质量和样本量	阐明铜诱导的细胞死亡（铜死亡）与牙周炎之间的联系	牙周炎患者样本中的铜死亡相关基因	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO回归、逻辑回归分析	NA	RNA测序数据	基于GSE10334数据集，具体样本量未明确说明
446	2025-04-26	scSwinTNet: A Cell Type Annotation Method for Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Based on Shifted Window Attention 2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3487174 PMID:39466872	research paper	提出了一种基于移位窗口注意力的大规模单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scSwinTNet	首次使用预训练的移位窗口注意力模型进行单细胞RNA测序数据的细胞类型注释，无需先验知识且无需人工标注	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和效率	人类和小鼠组织中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于移位窗口的自注意力模型	基因表达数据	399,760个细胞
447	2025-04-26	High-dimensional profiling of immune responses to kidney transplant reveals heterogeneous T helper 1 and B cell effectors associated with rejection 2025-Apr, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.10.009 PMID:39419342	研究论文	通过高维免疫表型分析揭示肾移植后排斥反应中T辅助细胞1和B细胞的异质性效应	首次在单细胞分辨率下描述了肾移植排斥反应中免疫亚群的多样性，并揭示了T细胞介导的排斥和抗体介导的排斥的不同免疫特征	样本量相对较小（76例肾移植受者），且研究仅针对CD4T和B细胞，未涵盖其他免疫细胞类型	提高对肾移植排斥反应免疫发病机制的理解，支持开发更具特异性的免疫抑制疗法	肾移植受者的血液CD4T和B细胞	免疫学	肾移植排斥反应	单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序、血浆细胞因子分析	NA	单细胞RNA测序数据、血浆细胞因子数据	76名肾移植受者
448	2025-04-26	Schwann Cell-Mediated M2-Like Macrophage Polarization in Rhabdomyosarcoma 2025-Apr, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15214 PMID:39639424	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析头颈部横纹肌肉瘤微环境的细胞组成和免疫学特征	揭示了施万细胞介导的M2样巨噬细胞极化在横纹肌肉瘤中的作用，并鉴定了施万细胞与M2样巨噬细胞之间的受体-配体对	研究样本量未明确说明，可能需要更大规模的验证	探究横纹肌肉瘤微环境的细胞组成和免疫学特征	头颈部横纹肌肉瘤样本	肿瘤免疫学	横纹肌肉瘤	单细胞转录组学、CellChat、CIBERSORT、流式细胞术、免疫组织化学	皮下同种异体移植模型	单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据	NA
449	2025-04-26	Male preference for TERT alterations and HBV integration in young-age HBV-related HCC: implications for sex disparity 2025-Apr, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0545 PMID:39743888	研究论文	探讨端粒酶逆转录酶（TERT）遗传改变和乙型肝炎病毒（HBV）整合在性别特异性HBV相关肝细胞癌（HCC）风险中的作用	揭示了TERT启动子突变和HBV-TERT整合在年轻男性HBV相关HCC中的显著优势，为性别差异提供了分子机制解释	研究样本量有限（310例），且主要关注HBV相关HCC，结果可能不适用于其他病因的HCC	探索HBV相关HCC性别差异的分子机制	310例HBV相关HCC组织	分子生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据和RNA测序数据	310例HBV相关HCC组织
450	2025-04-26	Multimodal learning for mapping genotype-phenotype dynamics 2025-Apr, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00765-7 PMID:39875699	研究论文	本文提出了一种计算整合遗传学框架，用于同时分析和解释基因型及其相关表型的高维景观	结合单细胞RNA测序和语言模型等先进学习方法，开发了一个多模态基础模型来探索人类转录组在细胞水平上的基因型-表型关系流形	NA	解析基因表达与表型表现之间的动态相互作用	人类转录组在细胞水平上的基因型-表型关系	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	语言模型	转录组数据	NA
451	2025-04-26	Ozone-induced lung injury and inflammation: Pathways and therapeutic targets for pulmonary diseases caused by air pollutants 2025-Apr, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109391 PMID:40121788	研究论文	探讨臭氧（O3）空气污染通过氧化特性直接导致的呼吸道上皮细胞损伤和死亡，进而引发炎症和过度反应的机制及其潜在治疗靶点	利用肺单细胞转录组数据绘制O3损伤感知和信号通路基因图谱，识别O3反应潜在热点	未明确说明样本量或具体实验设计细节	阐明O3诱导肺损伤和炎症的病理通路，为空气污染相关肺病寻找治疗靶点	臭氧暴露下的呼吸道上皮细胞及肺组织驻留细胞	呼吸病学	肺病（哮喘/肺气肿混合表型）	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
452	2025-04-26	Endothelial FOSL1 drives angiotensin II-induced myocardial injury via AT1R-upregulated MYH9 2025-Apr, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-024-01410-9 PMID:39592734	研究论文	本研究探讨了血管紧张素II（Ang II）通过FOSL1/MYH9轴在心肌损伤中的作用及其分子机制	揭示了FOSL1通过直接结合MYH9启动子激活其转录，进而导致血管功能障碍的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明Ang II诱导心肌损伤的分子机制并探索潜在治疗靶点	小鼠心脏内皮细胞、人脐静脉内皮细胞	心血管病理学	心血管疾病	单细胞测序、双荧光素酶报告实验、染色质免疫沉淀	小鼠心肌缺血再灌注模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	未明确说明具体样本数量，使用了小鼠模型和体外培养细胞
453	2025-04-26	Identifying reproducible transcription regulator coexpression patterns with single cell transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012962 PMID:40257984	研究论文	利用单细胞转录组学数据识别转录调控因子共表达模式	通过整合大量单细胞RNA-seq数据集，构建了跨细胞类型和物种的转录调控因子共表达网络，并验证了其与ChIP-seq数据的一致性	研究侧重于跨生物背景的可重复性模式，可能忽略了特定背景下的信号	理解转录调控因子共表达模式在广泛生物背景中的一致性	人类和小鼠的转录调控因子及其共表达基因伙伴	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	120个人类和103个小鼠单细胞RNA-seq数据集（超过2800万个细胞）
454	2025-04-25	Multi-omics Analysis Revealed the Diagnostic and Therapeutic Value of Immunogenic Cell Death-derived SCN5A in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-24, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-025-01444-2 PMID:40272736	research paper	本研究探讨了SCN5A作为免疫原性细胞死亡相关基因在肝细胞癌中的诊断和治疗潜力	首次将SCN5A作为免疫原性细胞死亡相关基因与肝细胞癌的预后和免疫微环境调控联系起来，并发现丙胺苯丙酮作为SCN5A的高亲和力结合剂具有抗肿瘤效果	研究主要基于数据库分析和体外实验，需要进一步的体内实验和临床验证	探索SCN5A在肝细胞癌中的诊断和治疗价值	肝细胞癌（HCC）	computational biology and experimental oncology	hepatocellular carcinoma	multi-omics analysis, single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing, machine learning, molecular docking	machine learning-based prognostic models	RNA sequencing data, clinical data	四个数据库的综合分析，HepG2细胞实验
455	2025-04-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Maize Embryo Development: a Sample Preparation Protocol 2025-Apr-23, Cold Spring Harbor protocols DOI:10.1101/pdb.prot108645 PMID:40268304	研究论文	本文描述了一种用于玉米胚胎发育研究的单细胞和空间转录组分析的样本制备协议	首次将单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组分析技术应用于玉米胚胎发育研究	仅提供了样本制备协议，未展示实际应用结果	研究玉米胚胎发育的细胞水平机制	玉米胚胎	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间转录组分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
456	2025-04-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Maize Embryo Development 2025-Apr-23, Cold Spring Harbor protocols DOI:10.1101/pdb.top108468 PMID:40268305	review	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在玉米胚胎发育研究中的联合应用及其协同效果	结合单细胞RNA测序和空间转录组学两种技术研究玉米胚胎发育，提供了高分辨率的基因表达模式和调控网络分析	单细胞技术难以识别特定细胞簇，而空间转录组学通常无法达到单细胞分辨率且检测到的转录本较少	研究玉米胚胎发育的基因表达模式和调控网络，以促进植物发育机制的理解和农业改良	玉米胚胎发育过程中的细胞和组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序 (RNA-seq), 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
457	2025-04-25	NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S8 expression and functional significance in non-small cell lung cancer 2025-Apr-21, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07638-5 PMID:40258810	研究论文	本研究探讨了NDUFS8在非小细胞肺癌(NSCLC)中的表达及其功能意义	揭示了NDUFS8作为线粒体复合物I的关键亚基在NSCLC中的促肿瘤作用，并展示了通过基因沉默或过表达对NSCLC细胞功能的影响	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究NDUFS8在NSCLC发生发展中的分子机制及其作为潜在治疗靶点的可能性	非小细胞肺癌细胞系、原代NSCLC细胞和小鼠移植瘤模型	肿瘤生物学	肺癌	shRNA沉默、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞功能实验数据	多种NSCLC细胞系和裸鼠移植瘤模型
458	2025-04-25	Deconvolution of cell types and states in spatial multiomics utilizing TACIT 2025-Apr-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58874-4 PMID:40258827	research paper	该文章介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于空间多组学数据中的细胞类型和状态去卷积	TACIT是一种无需训练数据的无监督算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记物识别多组学检测中的模糊细胞	尽管TACIT在五个数据集上表现优于现有无监督方法，但其在更广泛细胞类型和疾病中的应用仍需验证	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗大、易出错的问题	细胞类型和状态在空间多组学数据中的识别	空间生物学	炎症性腺体疾病	空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	空间多组学数据	5,000,000个细胞，51种细胞类型，来自三个生态位（脑、肠、腺体）
459	2025-04-25	Stereopy: modeling comparative and spatiotemporal cellular heterogeneity via multi-sample spatial transcriptomics 2025-Apr-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58079-9 PMID:40258830	research paper	介绍了一个名为Stereopy的灵活框架，用于建模和分析多样本空间转录组学中的比较和时空模式，并提供交互式数据可视化	提出了一个包含通用容器、范围控制器和集成转换器的框架，专门用于多样本多模态数据的存储、管理和处理	未明确提及具体限制	探索和理解复杂生物系统中的细胞动态变化，特别是在不同条件、时间和空间下的异质性	多样本空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量
460	2025-04-25	CFTR acts as a potential therapeutic target for attention deficit-hyperactivity disorder 2025-Apr-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98900-5 PMID:40258939	research paper	该研究探讨了CFTR基因在注意力缺陷多动障碍(ADHD)中的潜在作用，并通过斑马鱼模型验证了CFTR与ADHD症状的关联	首次发现CFTR基因变异与ADHD症状的共分离现象，并验证了CFTR调节剂对ADHD样行为的改善作用	研究样本仅限于两个近亲家族和斑马鱼模型，人类临床验证仍需进一步研究	探索CFTR基因在ADHD发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	CFTR基因变异携带者家族成员和斑马鱼模型	神经生物学	attention deficit-hyperactivity disorder	单细胞RNA测序、批量RNA测序、蛋白质组分析	斑马鱼基因敲除模型	基因序列数据、行为学数据、蛋白质表达数据	两个家族共6名成员及斑马鱼模型