单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-04-05	Scalable spatial transcriptomics through computational array reconstruction 2025-Apr-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-025-02612-0 PMID:40181168	research paper	提出了一种无需成像的空间转录组学方法，通过分子扩散和降维重建空间条形码位置	开发了一种无需成像设备的高保真、可扩展的空间转录组学方法，适用于厘米级组织	未提及方法在复杂组织或特定疾病模型中的验证情况	提高空间转录组学的可及性和通量，支持大规模研究	组织样本中的基因表达空间定位	空间转录组学	NA	分子扩散、降维	NA	基因表达数据	厘米级组织（具体样本数量未提及）
422	2025-04-05	Machine Learning-based Gene Biomarker Identification for Improving Prognosis and Therapy in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673359092250304031435 PMID:40183270	research paper	本研究通过整合基因表达、机器学习、肿瘤微环境分析和药物敏感性分析，开发了一个用于预测肝细胞癌（HCC）预后和个性化治疗的HPRI指标	结合多种机器学习算法和单细胞测序分析，识别出7个关键基因并开发了HPRI指标，用于预测HCC预后和治疗反应	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和数据的异质性影响	识别肝细胞癌的分子生物标志物以改善预后和治疗	肝细胞癌（HCC）患者	machine learning	hepatocellular carcinoma	Cox回归分析、差异表达分析、单细胞测序分析	多种统计模型	基因表达数据、临床病理信息	多个队列的数据来自ICGC、GEO和TCGA数据库
423	2025-04-05	Recurrent Composite Markers of Cell Types and States 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.17.549344 PMID:37503180	研究论文	介绍了一种名为RECOMBINE的算法，用于识别定义层次细胞身份的重复复合标记集	RECOMBINE算法在识别区分性标记方面比现有方法（包括差异基因表达分析）具有更高的准确性	NA	解码生物复杂性，识别定义和区分层次细胞身份的可解释复合标记集	细胞类型和状态	生物信息学	NA	单细胞数据分析和空间转录组学	RECOMBINE算法	单细胞数据和空间转录组数据	小鼠视觉皮层数据、Tabula Sapiens项目的人类组织数据
424	2025-04-05	Spatially Resolved Tumor Ecosystems and Cell States in Gastric Adenocarcinoma Progression and Evolution 2025-Apr-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0605 PMID:39774838	research paper	整合空间转录组和单细胞RNA测序数据，揭示胃癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	发现两种独立的演化轨迹，与特定分子亚型、临床预后、基质微环境和遗传驱动因素相关，并识别肿瘤-基质界面为肿瘤生态学的独特状态	NA	研究胃癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	胃癌	digital pathology	gastric cancer	spatial transcriptomic (GeoMx Digital Spatial Profiler), single-cell RNA sequencing	NA	spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data	multiple gastric cancers
425	2025-04-05	Uncovering gene and cellular signatures of immune checkpoint response via machine learning and single-cell RNA-seq 2025-Apr-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00883-z PMID:40169777	research paper	利用机器学习和单细胞RNA测序技术揭示免疫检查点反应的基因和细胞特征	结合单细胞RNA测序数据和机器学习方法预测患者反应，同时保持可解释性和单细胞分辨率，并开发了强化学习模型以识别最具预测性的单细胞	研究主要基于黑色素瘤浸润的免疫细胞数据，可能在其他癌症类型中的普适性有待验证	提高免疫检查点抑制剂治疗反应的预测准确性，深化对癌症免疫的理解	黑色素瘤浸润的免疫细胞	machine learning	melanoma	single-cell RNA-seq	XGBoost, reinforcement learning	RNA-seq data	NA
426	2025-04-05	Functional maturation of preterm intestinal epithelium through CFTR activation 2025-Apr-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07944-w PMID:40169914	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据集分析和人源早产儿回肠组织模型，探讨了人源Wharton胶间充质干细胞来源的细胞外囊泡（EVs）促进肠道成熟的潜力	发现EV39处理能显著上调与肠上皮功能相关的成熟特异性基因表达，并通过CFTR依赖机制增强细胞增殖、上皮屏障完整性和脂肪酸摄取	研究结果仅在人源早产模型中观察到，未在小鼠肠道类器官中重现	探索促进早产儿肠道上皮功能成熟的方法	早产儿回肠组织模型及人源Wharton胶间充质干细胞来源的细胞外囊泡	生物医学	早产儿相关疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	人源早产肠道模型	RNA测序数据、蛋白质组数据	未明确提及具体样本数量，涉及人源早产儿回肠组织模型
427	2025-04-05	Life-long microbiome rejuvenation improves intestinal barrier function and inflammaging in mice 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02089-8 PMID:40176137	研究论文	该研究探讨了终身微生物组 rejuvenation 对小鼠肠道屏障功能和炎症衰老的影响	首次在小鼠模型中验证了终身微生物组 rejuvenation 对延缓衰老的潜在作用，并揭示了其分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索微生物组干预对延缓衰老过程的影响	小鼠	微生物组学	衰老相关疾病	粪便微生物移植(FMT), 16S rRNA基因分析, 宏基因组学, 单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据, 微生物组数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
428	2025-04-05	Faecalibacterium prausnitzii-derived outer membrane vesicles reprogram gut microbiota metabolism to alleviate Porcine Epidemic Diarrhea Virus infection 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02078-x PMID:40176190	research paper	研究Faecalibacterium prausnitzii及其外膜囊泡在缓解猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染中的作用	首次发现Faecalibacterium prausnitzii的外膜囊泡（OMVs）通过改变肠道菌群代谢和增加磷脂酰胆碱（PC）水平来缓解PEDV感染	研究仅基于猪模型和细胞实验，尚未进行人体或更广泛的动物验证	探索Faecalibacterium prausnitzii及其OMVs在缓解PEDV感染中的潜在应用	猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染的猪模型及IPEC-J2和Vero细胞	微生物学与病毒学	猪流行性腹泻	蛋白质组学、非靶向代谢组学、小RNA测序、单细胞测序	NA	微生物组数据、代谢组数据、单细胞测序数据	猪模型及IPEC-J2和Vero细胞
429	2025-04-05	A spatiotemporal cell atlas of cardiopulmonary progenitor cell allocation during development 2025-Apr-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115513 PMID:40178979	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和计算分析，构建了心肺祖细胞（CPPs）在发育过程中的时空细胞图谱	揭示了CPPs衍生的细胞谱系，包括所有肺中胚层谱系、心室心肌细胞、心外膜和心包细胞，这些之前未被充分认识	CPPs的指定机制仍不明确	探索心肺祖细胞在发育过程中的分配机制	心肺祖细胞（CPPs）及其衍生的细胞谱系	发育生物学	心肺发育疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	计算分析	基因表达数据	E8.5时期的Wnt2 CPPs及其发育过程中的后代细胞
430	2025-04-05	Single-cell RNA-seq analysis identifies the atlas of lymph fluid and reveals a sepsis-related T cell subset 2025-Apr-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115469 PMID:40178976	research paper	通过单细胞RNA测序分析淋巴液中的免疫细胞，发现了一种与脓毒症相关的CD4 T细胞亚群	首次在淋巴液中鉴定出CD4_Icos T细胞亚群，并揭示其在脓毒症早期炎症抑制中的作用	研究主要基于大鼠模型，临床样本验证有限	探究淋巴液中免疫细胞的组成及其在脓毒症中的作用	大鼠淋巴液中的免疫细胞，特别是CD4 T细胞亚群	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	大鼠淋巴液样本及临床脓毒症患者数据
431	2025-04-05	Ciliary marginal zone of the developing human retina maintains retinal progenitor cells until late gestational stages 2025-Apr-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115460 PMID:40178972	research paper	该研究揭示了人类视网膜发育晚期睫状边缘区（CMZ）仍保持视网膜祖细胞（RPCs）的增殖能力	首次发现人类发育晚期的CMZ区域细胞仍具有增殖能力，并能产生早期和晚期神经元	研究仅关注发育晚期阶段，未涉及成年后CMZ功能丧失的机制	探究人类视网膜发育过程中CMZ区域神经发生的持续时间	人类发育晚期的视网膜组织	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、5-乙炔基-2'-脱氧尿苷（EdU）示踪	NA	基因表达数据、细胞增殖数据	未明确说明数量的人类发育晚期视网膜样本
432	2025-04-05	Single-cell atlas profiling revealed cellular characteristics and dynamic changes after PD-1 blockade therapy of brain metastases from laryngeal squamous cell carcinoma 2025-Apr, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-024-05064-3 PMID:39085744	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了喉鳞状细胞癌脑转移患者在PD-1阻断治疗前后的细胞特征和动态变化	揭示了PD-1阻断治疗对癌细胞转移促进通路和免疫细胞功能的调控作用，并发现了与脑转移相关的基因NUPR1和NEAT1	样本量有限，且仅针对喉鳞状细胞癌脑转移患者	研究PD-1免疫治疗对喉鳞状细胞癌脑转移的影响	喉鳞状细胞癌脑转移患者的肿瘤样本	digital pathology	laryngeal squamous cell carcinoma	scRNA-seq, bulk RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	配对的转移性肿瘤样本（治疗前后）和原发性喉鳞状细胞癌数据集
433	2025-04-05	Unveiling the dynamics of B lymphocytes in systemic lupus erythematosus patients treated with belimumab through longitudinal single-cell RNA sequencing 2025-Apr-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae364 PMID:39037931	research paper	通过纵向单细胞RNA测序揭示系统性红斑狼疮患者接受belimumab治疗后B淋巴细胞的动态变化	利用单细胞RNA测序技术首次详细描述了SLE患者在接受抗BAFF治疗期间B细胞亚群的动态变化及其激活通路的下调	样本量较小（仅4名韩国SLE患者），且未涉及其他种族或更大规模人群的验证	探究系统性红斑狼疮患者接受抗BAFF治疗期间B细胞的动态变化及其免疫学机制	系统性红斑狼疮患者的B淋巴细胞	digital pathology	systemic lupus erythematosus	single-cell RNA sequencing, flow cytometry	NA	RNA-seq, protein expression data	4名韩国SLE患者的PBMCs（超过73,000个细胞），以及22名日本SLE患者的批量转录组数据
434	2025-04-05	Characterization of NK Cells Using Single-Cell RNA Sequencing in Patients With Acute-On-Chronic Liver Failure 2025-Apr, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16870 PMID:39800654	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了急性慢性肝衰竭(ACLF)患者外周血中自然杀伤(NK)细胞亚群的特征及其在炎症反应中的作用	首次利用单细胞RNA测序技术系统解析ACLF患者NK细胞亚群异质性，发现炎症性NK细胞亚群与疾病进展相关，并鉴定CEMIP2作为潜在分子标志物	样本量相对有限(14,751个细胞)，且未深入探讨CEMIP2的具体作用机制	阐明ACLF患者NK细胞亚群特征及其在疾病进展中的作用	ACLF患者和健康对照者的外周血NK细胞	单细胞组学	肝衰竭	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	单细胞转录组数据	14,751个NK细胞(来自ACLF患者和健康对照)
435	2025-04-05	RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08542-2 PMID:39910313	research paper	该研究揭示了RUNX2通过肺泡到病理性成纤维细胞的转变促进肺纤维化的机制	发现LEPR成纤维细胞中的SCUBE2肺泡成纤维细胞是CTHRC1POSTN病理性成纤维细胞的主要来源，并证实RUNX2是纤维化基因表达的关键调控因子	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索肺纤维化中病理性成纤维细胞生成的关键调控机制	小鼠肺纤维化模型中的LEPR成纤维细胞和SCUBE2肺泡成纤维细胞	分子生物学	肺纤维化	scRNA-seq, scATAC-seq	小鼠遗传模型	单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据	两种小鼠肺纤维化模型
436	2025-04-05	A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation 2025-Apr-01, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2025.02.004 PMID:40054462	research paper	该研究揭示了机械敏感离子通道PIEZO2在脂肪感觉神经支配中的关键作用	首次发现PIEZO2在脂肪组织感觉神经支配中的主导作用，并揭示了其对脂肪组织交感神经活性的调控机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类组织中验证	探索脂肪组织中感觉传入神经的分子基础及其功能	脂肪组织中的感觉神经元和PIEZO2通道	神经生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
437	2025-04-05	Characterization of shell field populations in gastropods and their autonomous specification mechanism independent of inter-quartet interactions 2025-Apr-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204538 PMID:40105679	research paper	该研究重新调查了帽贝中壳场规范的诱导假说，并识别了发育壳场中的三个细胞群体	研究发现壳场在2q来源细胞中的早期规范在很大程度上独立于其他四分体的相互作用	诱导假说仍存在疑问，因为实验证据有限且结果矛盾	研究帽贝中壳场规范的机制	帽贝的胚胎壳场	developmental biology	NA	two-color in situ hybridization, single-cell transcriptome analysis	NA	gene expression data	16-cell embryos
438	2025-04-05	Deletion of hepcidin disrupts iron homeostasis and hematopoiesis in zebrafish embryogenesis 2025-Apr-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204307 PMID:40110772	research paper	研究通过CRISPR/Cas9系统创建稳定的hamp敲除斑马鱼模型，探讨hamp在斑马鱼造血过程中的作用	首次创建稳定的hamp敲除斑马鱼模型，揭示了hamp缺失导致胚胎中铁过载和造血异常的新机制	研究仅针对斑马鱼模型，人类相关性的验证需要进一步研究	探讨hamp在斑马鱼铁稳态和造血过程中的作用	斑马鱼胚胎和造血祖细胞	developmental biology	blood disorders	CRISPR/Cas9系统, 单细胞RNA测序	knockout zebrafish model	gene expression data	斑马鱼胚胎和特定造血祖细胞亚群
439	2025-04-05	IL-12-producing cytokine factories induce precursor exhausted T cells and elimination of primary and metastatic tumors 2025-Apr-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010685 PMID:40169286	研究论文	本研究评估了一种局部施用IL-12的细胞因子递送平台的安全性和抗肿瘤效果，发现其能有效诱导前体耗竭T细胞（Tpex）的招募并产生系统性免疫，从而治疗多种癌症类型	利用IL-12细胞因子工厂技术，避免了传统IL-12治疗的毒性问题，同时有效诱导Tpex细胞的招募和系统性免疫，为多种实体瘤提供了新的治疗策略	研究目前仅在动物模型和非人灵长类中验证，尚未进行人体临床试验	开发一种安全有效的免疫治疗方法，通过诱导Tpex细胞的招募和系统性免疫来治疗实体瘤	前体耗竭T细胞（Tpex）、肿瘤微环境、结直肠癌和黑色素瘤小鼠模型	免疫治疗	结直肠癌、黑色素瘤	单细胞RNA测序、细胞因子递送平台	NA	RNA测序数据、体内实验数据	9只结直肠癌小鼠、黑色素瘤小鼠模型、非人灵长类
440	2025-04-05	Severe inflammation and lineage skewing are associated with poor engraftment of engineered hematopoietic stem cells in patients with sickle cell disease 2025-Apr-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58321-4 PMID:40169559	research paper	该研究探讨了镰状细胞病(SCD)患者中基因改造造血干细胞(HSPCs)移植的效果及其与炎症和谱系偏斜的关系	首次通过单细胞转录组分析揭示了移植效果差的患者中最不成熟的HSCs表现出加剧的炎症特征和谱系偏斜	研究样本量较小，且长期疗效仍需进一步观察	评估基于DREPAGLOBE的基因疗法在SCD患者中的安全性和有效性	镰状细胞病患者	基因治疗	镰状细胞病	慢病毒载体(DREPAGLOBE)基因治疗，单细胞转录组分析	NA	临床数据，转录组数据	未明确说明患者数量(Phase I/II临床试验)