单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 730 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2025-04-27 |
Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02617-2
PMID:40082609
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research paper | 本文评估了Xenium In Situ平台在空间转录组学中的性能，并提供了最佳实践分析流程 | 首次对Xenium平台进行独立性能分析，并与八种其他空间转录组技术进行对比 | 研究仅基于25个数据集，可能无法涵盖所有组织类型和实验条件 | 评估Xenium In Situ平台的性能并建立最佳分析流程 | 25个Xenium数据集及八种其他空间转录组技术 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 空间转录组数据 | 25个来自不同组织和物种的Xenium数据集 |
| 422 | 2025-04-27 |
Feature selection methods affect the performance of scRNA-seq data integration and querying
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02624-3
PMID:40082610
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研究论文 | 本文评估了单细胞RNA测序数据整合中特征选择方法对数据集整合和新样本映射性能的影响 | 首次系统性地评估了不同特征选择方法在单细胞RNA测序数据整合中的表现，并提供了关于特征数量选择、批次感知特征选择等方面的具体指导 | 未涉及所有可能的特征选择方法，且评估结果可能受特定数据集特性的影响 | 提高单细胞RNA测序数据整合和查询映射的质量 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
| 423 | 2025-04-27 |
A computational pipeline for spatial mechano-transcriptomics
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02618-1
PMID:40097810
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research paper | 开发一种计算框架，用于联合统计分析空间转录组学中的转录和机械信号 | 提出了一种能够联合分析转录和机械信号的计算框架，并应用于小鼠胚胎发育的空间转录组数据 | NA | 探索生物分子和机械信号在组织中的相互作用 | 小鼠胚胎发育过程中的空间转录组数据 | computational biology | NA | spatial transcriptomics, geoadditive structural equation modeling | NA | spatial transcriptomics data | developing mouse embryo |
| 424 | 2025-03-19 |
A graph neural network that combines scRNA-seq and protein-protein interaction data
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02628-z
PMID:40097813
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 425 | 2025-04-27 |
scNET: learning context-specific gene and cell embeddings by integrating single-cell gene expression data with protein-protein interactions
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02627-0
PMID:40097811
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research paper | 该研究提出了一种名为scNET的方法，通过整合单细胞RNA测序数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络，学习特定背景下的基因和细胞嵌入 | 采用基于图神经网络的独特双视图架构，联合表示基因表达和蛋白质-蛋白质相互作用网络数据，通过注意力机制优化细胞间关系 | 未提及具体的数据噪声和零膨胀问题的解决程度 | 解决单细胞RNA测序数据在捕捉细胞通路和复合物变化方面的局限性 | 单细胞RNA测序数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 图神经网络 | 基因表达数据、蛋白质-蛋白质相互作用网络 | NA |
| 426 | 2025-03-21 |
Marrying mechanics with spatial transcriptomics
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02491-4
PMID:40108447
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 427 | 2025-04-27 |
Expression Distribution of Keratins in Normal and Pathological Corneas and the Regulatory Role of Krt17 on Limbal Stem Cells
2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.4.55
PMID:40257786
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研究论文 | 本研究比较了正常和病理条件下角蛋白（KRTs）的变化，特别是压力KRTs，重点研究了KRT17的作用 | 揭示了KRT17在调节角膜缘干细胞（LSCs）的干性、增殖和分化以及免疫和防御反应中的作用 | 研究主要基于小鼠和人类角膜上皮细胞，可能不完全适用于其他物种或组织 | 探究KRTs在角膜上皮稳态和病理调节中的作用，特别是KRT17的功能 | 正常和病理角膜、小鼠角膜、人类角膜缘上皮细胞（HLECs） | 分子生物学 | 角膜疾病 | mRNA测序、蛋白质组测序、单细胞测序、qPCR、免疫荧光染色、中性粒细胞趋化实验、单纯疱疹病毒1感染实验 | NA | mRNA数据、蛋白质数据、单细胞数据 | 未明确说明样本数量，涉及正常和病理角膜、小鼠角膜、HLECs |
| 428 | 2025-04-27 |
Angiogenesis and targeted therapy in the tumour microenvironment: From basic to clinical practice
2025-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70313
PMID:40268524
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综述 | 本文系统回顾了肿瘤微环境中血管生成的病理生理学研究进展，以及靶向血管生成治疗策略的最新进展 | 从单细胞角度阐述内皮细胞的异质性，并探讨了抗血管生成免疫治疗和纳米技术在抗血管生成治疗中的应用 | 未提及具体研究样本量或实验设计的局限性 | 探讨肿瘤微环境中血管生成的作用及靶向治疗策略 | 肿瘤内皮细胞及其与周围细胞的相互作用 | 肿瘤学 | 癌症 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 429 | 2025-04-26 |
Decoding the role of lipid metabolism in NSCLC: From macrophage subtype identification to prognostic model development
2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500124
PMID:40277347
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，识别了与非小细胞肺癌（NSCLC）发生和进展相关的脂质相关巨噬细胞（LAM）标记基因，并开发了一个预后风险评分模型 | 识别了与脂质代谢密切相关的巨噬细胞亚型及其关键标记基因（S100A10、HLA-DMB和CTSL），并构建了一个高精度的预后风险评分模型 | 研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的RNA测序数据，可能受到数据来源的限制 | 探索脂质代谢途径在NSCLC进展中的作用，并开发预后模型 | 非小细胞肺癌（NSCLC）患者和肿瘤微环境中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq） | 预后风险评分模型 | RNA测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的NSCLC患者数据 |
| 430 | 2025-04-26 |
Local DIO2 Elevation Is an Adaption in Malformed Cerebrovasculature
2025-Apr-25, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325857
PMID:40130314
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研究论文 | 本研究探讨了甲状腺激素信号在脑血管畸形中的作用，发现DIO2介导的适应机制可能成为脑血管疾病的潜在治疗靶点 | 首次揭示了DIO2在脑血管畸形中的上调是一种适应性反应，并阐明了FOXK1-PI3K-Akt-mTOR信号通路调控DIO2表达的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化需要进一步验证 | 探究甲状腺激素信号在脑血管畸形病理过程中的作用机制 | 人类脑血管畸形样本（海绵状血管瘤和动静脉畸形）及两种小鼠模型（Pdcd10内皮特异性敲除和KrasG12D突变小鼠） | 脑血管疾病研究 | 脑血管畸形 | 单细胞转录组分析、腺相关病毒介导的基因操作、免疫组织化学 | 基因敲除小鼠模型（Pdcd10 KO）和基因突变小鼠模型（KrasG12D） | 单细胞RNA测序数据、组织学图像、分子生物学数据 | 人类脑血管畸形样本（数量未明确）和多种基因工程小鼠 |
| 431 | 2025-04-26 |
Srsf3-Dependent APA Drives Macrophage Maturation and Limits Atherosclerosis
2025-Apr-25, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.326111
PMID:40160097
|
研究论文 | 本研究揭示了Srsf3依赖性APA在驱动巨噬细胞成熟和限制动脉粥样硬化中的关键作用 | 首次揭示了Srsf3通过调控线粒体相关基因的3'UTR长度影响巨噬细胞成熟和动脉粥样硬化进程的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探究单核细胞向巨噬细胞转变的调控机制及其在动脉粥样硬化中的作用 | Apoe-/-小鼠动脉斑块中的单核/巨噬细胞亚型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、3'端测序、流式细胞术、组织病理学分析 | NA | RNA测序数据、流式细胞数据、代谢组数据 | Apoe-/-小鼠动脉斑块样本及部分人类斑块样本 |
| 432 | 2025-04-26 |
Single-cell RNA sequencing revealed the immunophenotypic features of macrophages in cardiac transplants and uncovered Lgals9 promoted their polarization toward the M2b subtype
2025-Apr-23, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiaf009
PMID:39835675
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了心脏移植中巨噬细胞的免疫表型特征，并发现Lgals9促进其向M2b亚型极化 | 发现了一种新的巨噬细胞亚群'Myoz2+ MAC'，并揭示了Lgals9在巨噬细胞极化中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探索心脏移植中巨噬细胞的基因组特征及其在移植排斥反应中的作用 | 小鼠心脏移植模型中的巨噬细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blotting, 流式细胞术, ELISA | 小鼠心脏移植模型 | RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 未明确说明样本数量，使用小鼠心脏移植模型 |
| 433 | 2025-04-26 |
Resolving the spatial organization of fetal liver hematopoiesis by SeekSpace
2025-Apr-22, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-025-00234-0
PMID:40261503
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研究论文 | 本研究利用SeekSpace高分辨率单核空间转录组平台，绘制了胚胎13.5天胎儿肝脏中造血干细胞和多能祖细胞（HSC/MPPs）及其下游受限祖细胞（RPs）的空间分布图 | 首次构建了胎儿肝脏造血的单细胞空间转录组图谱，揭示了HSC/MPPs和RPs在胎儿肝脏中的活跃扩张过程及其与成人骨髓中的行为差异 | 研究仅针对胚胎13.5天的胎儿肝脏，未涵盖其他发育阶段 | 解析胎儿肝脏造血过程中不同造血祖细胞群体的空间组织 | 胎儿肝脏中的造血干细胞、多能祖细胞及其下游受限祖细胞 | 空间转录组学 | NA | SeekSpace高分辨率单核空间转录组平台 | NA | 空间转录组数据 | 胚胎13.5天的胎儿肝脏样本 |
| 434 | 2025-04-26 |
Mutual Regulation of Cardiovascular and Hematopoietic Development
2025-Apr-22, Current cardiology reports
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s11886-025-02236-5
PMID:40261519
|
综述 | 探讨心血管和造血系统在发育过程中的相互调控关系，特别是心内膜造血作用的进化保守性及其在心脏发育和巨噬细胞形成中的重要性 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示心内膜细胞具有独立于已知造血器官的内在造血程序，并阐明这些心源性巨噬细胞对心脏形态发生的独特贡献 | NA | 阐明心内膜造血作用的进化保守性及其在心脏发育和稳态中的关键作用 | 心血管系统和造血系统的发育调控机制 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 435 | 2025-04-26 |
Detection of viral sequences at single-cell resolution identifies novel viruses associated with host gene expression changes
2025-Apr-22, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02614-y
PMID:40263451
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研究论文 | 本文介绍了一种基于高度保守的RdRP蛋白的方法，用于在批量及单细胞转录组数据中准确快速地检测病毒序列 | 该方法能够在单细胞分辨率下并行分析病毒存在和宿主基因表达，从而表征宿主病毒组并识别病毒趋向性和宿主反应 | 现有方法依赖于参考基因组或无法通过细胞条形码追踪保持单细胞分辨率 | 病毒多样性监测及病毒与疾病相关性研究 | 恒河猴外周血单核细胞数据中的埃博拉病毒病相关病毒 | 生物信息学 | 埃博拉病毒病 | 高通量测序 | NA | 转录组数据 | 恒河猴外周血单核细胞数据 |
| 436 | 2025-04-26 |
Multi-omics analysis constructs a novel neuroendocrine prostate cancer classifier and classification system
2025-Apr-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-96683-3
PMID:40263498
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研究论文 | 本研究通过多组学分析和机器学习算法构建了一种新型神经内分泌前列腺癌分类器和分类系统 | 结合多组学数据和机器学习算法，首次构建了NEP100模型，能够有效诊断和分型神经内分泌前列腺癌，并揭示了四种具有独特生物学特征的亚型 | 样本量相对有限，特别是空间转录组学数据仅包含1个样本 | 开发准确的神经内分泌前列腺癌诊断和分型工具 | 神经内分泌前列腺癌(NEPC) | 数字病理学 | 前列腺癌 | 多组学分析(包括批量转录组学、单细胞转录组学、空间转录组学) | 随机森林(RF) | 转录组数据 | 70个样本(包含196,309个细胞)，其中9%被鉴定为神经内分泌细胞 |
| 437 | 2025-04-26 |
Sleep deprivation impacts the immunological milieu of epididymis leading to low sperm quality in rats
2025-Apr-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08091-y
PMID:40263515
|
研究论文 | 本研究探讨了睡眠剥夺如何通过影响附睾的免疫微环境导致大鼠精子质量下降 | 首次揭示了睡眠剥夺通过改变附睾的转录组和免疫微环境影响精子质量的机制 | 研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探索睡眠剥夺导致男性生殖功能障碍的潜在机制 | 10周龄雄性Sprague-Dawley大鼠 | 生殖医学 | 男性不育症 | 孟德尔随机化分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | 动物模型 | RNA测序数据、组织学数据 | 未明确说明大鼠数量，但涉及对照组和实验组 |
| 438 | 2025-04-26 |
Potential application of the bulk RNA sequencing in routine MPN clinics
2025-Apr-22, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13947-x
PMID:40264064
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研究论文 | 探讨批量RNA测序在骨髓增生性肿瘤(MPN)常规临床中的潜在应用 | 提出批量RNA测序作为单细胞RNA测序和质谱流式细胞术的高成本替代方案，用于评估MPN患者的基因突变和免疫状态 | 未提及样本量是否足够大以支持广泛临床应用 | 评估批量RNA测序在MPN临床诊断和治疗决策中的实用价值 | 未经治疗的真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板增多症(ET)和原发性骨髓纤维化(PMF)患者的外周血和骨髓样本 | 数字病理学 | 骨髓增生性肿瘤 | RNA测序(RNA-Seq), 生物信息学分析 | NA | RNA测序数据, 微阵列数据 | 未明确说明样本数量，但包括来自GSE26049和GSE2191数据集的数据 |
| 439 | 2025-04-26 |
Identifying PSIP1 as a critical R-loop regulator in osteosarcoma via machine-learning and multi-omics analysis
2025-Apr-22, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03775-1
PMID:40264164
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研究论文 | 本研究通过机器学习和多组学分析，识别了PSIP1作为骨肉瘤中R-loop的关键调控因子 | 首次构建了R-loop基因预后评分模型（RGPSM），并通过实验验证了PSIP1在骨肉瘤进展中的关键作用 | 研究主要基于RNA-seq和scRNA-seq数据，可能未涵盖所有潜在的R-loop调控机制 | 探究R-loop在骨肉瘤（OS）发展中的作用及其与肿瘤免疫微环境（TME）的关系 | 骨肉瘤患者及其相关基因表达数据 | 机器学习 | 骨肉瘤 | RNA-seq, scRNA-seq | RGPSM | 基因表达数据 | 多个骨肉瘤患者队列的RNA-seq和scRNA-seq数据集 |
| 440 | 2025-04-26 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals the mechanism of Realgar improvement on erythropoiesis in mice with myelodysplastic syndrome
2025-Apr-08, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03768-0
PMID:40200265
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了雄黄改善骨髓增生异常综合征小鼠红细胞生成的机制 | 首次在单细胞水平上研究了雄黄及其主要活性成分AsS对小鼠成红细胞的影响，揭示了其调控的差异表达基因和潜在信号通路 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证 | 探索雄黄改善骨髓增生异常综合征贫血症状的作用机制 | 骨髓增生异常综合征小鼠模型和体外培养的小鼠成红细胞 | 生物医学 | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型和体外细胞实验 |