单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 756 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-04-27 |
NETs-CD44-IL-17A Feedback Loop Drives Th17-Mediated Inflammation in Behçet's Uveitis
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411524
PMID:40013981
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研究论文 | 本文揭示了NETs-CD44-IL-17A反馈回路在Behçet's葡萄膜炎中驱动Th17介导的炎症的机制 | 发现了NETs-CD44-IL-17A反馈回路在BU发病机制中的关键作用，并提出了中断该回路作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)模型，与人类BU可能存在差异 | 探究Behçet's葡萄膜炎中过度NETs产生的原因及其致病机制 | Behçet's葡萄膜炎患者和实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)模型 | 免疫学 | Behçet's葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光、细胞通讯分析 | EAU模型 | 基因表达数据、免疫荧光图像 | BU患者和健康对照组的样本，具体数量未明确说明 |
| 402 | 2025-04-27 |
scHeteroNet: A Heterophily-Aware Graph Neural Network for Accurate Cell Type Annotation and Novel Cell Detection
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412095
PMID:40042052
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research paper | 本文提出了一种名为scHeteroNet的图神经网络框架，用于精确注释细胞类型和检测新细胞群体 | scHeteroNet利用scRNA-seq数据中的异质性，通过整合直接和扩展细胞邻域信息来捕获复杂的细胞间相互作用，并引入了新颖的新颖性传播机制来检测未表征的细胞类型 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释和新细胞群体检测的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | machine learning | NA | scRNA-seq | GNN | RNA-seq数据 | 多样化的scRNA-seq数据集 |
| 403 | 2025-04-27 |
Clinical Significance of Complement and Coagulation Cascades Genes for Patients With Acute Lymphoblastic Leukemia
2025-Apr, International journal of laboratory hematology
IF:2.2Q3
DOI:10.1111/ijlh.14392
PMID:39523585
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研究论文 | 本研究分析了急性淋巴细胞白血病（ALL）患者和健康个体中补体和凝血级联通路（CCCP）基因的表达谱，并评估了其作为诊断和预后生物标志物的临床意义 | 首次在ALL患者中鉴定出18个CCCP基因的差异表达，并发现其中部分基因与患者生存率相关，同时利用机器学习预测ALL的准确率高达0.9701（骨髓样本）和0.9167（外周血样本） | 研究依赖于TCGA数据库的样本，可能无法完全代表所有ALL患者群体 | 探索CCCP基因在ALL中的临床意义及其作为诊断和预后生物标志物的潜力 | 急性淋巴细胞白血病（ALL）患者和健康个体的骨髓（BM）和外周血（PB）样本 | 生物信息学 | 急性淋巴细胞白血病 | 基因表达谱分析、单细胞RNA测序、机器学习 | 机器学习模型（具体类型未提及） | 基因表达数据 | 998例骨髓样本和122例外周血样本 |
| 404 | 2025-04-27 |
Tumor Microenvironment On-A-Chip and Single-Cell Analysis Reveal Synergistic Stromal-Immune Crosstalk on Breast Cancer Progression
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413457
PMID:40056038
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研究论文 | 该研究通过开发一种器官型3D乳腺癌肿瘤微环境芯片模型，结合单细胞RNA测序分析，探讨了三阴性乳腺癌细胞在患者来源的CAFs和Mφs存在下的进展机制 | 开发了集成单细胞RNA测序分析的肿瘤微环境芯片模型，揭示了CAFs和Mφs对肿瘤细胞的协同影响，并识别了KYNU基因的参与 | 研究可能局限于特定类型的乳腺癌（三阴性乳腺癌），且样本来源和数量未明确说明 | 探讨肿瘤微环境中CAFs和Mφs对三阴性乳腺癌细胞进展的协同作用及潜在机制 | 三阴性乳腺癌细胞、患者来源的CAFs和Mφs | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、3D肿瘤微环境芯片模型 | 器官型3D模型 | 基因表达数据 | NA |
| 405 | 2025-04-27 |
Spotiphy enables single-cell spatial whole transcriptomics across an entire section
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02622-5
PMID:40074951
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research paper | 介绍了一种名为Spotiphy的计算工具包，能够将基于测序的空间转录组数据转化为单细胞分辨率的全转录组图像 | Spotiphy能够在保持全基因组覆盖的同时实现单细胞分辨率，填补了现有空间转录组技术在单细胞分辨率上的不足 | NA | 开发一种能够实现单细胞分辨率空间转录组分析的计算工具 | 阿尔茨海默病和健康小鼠大脑中的星形胶质细胞和疾病相关小胶质细胞，以及人类乳腺癌的空间转录组数据 | digital pathology | Alzheimer's disease, breast cancer | spatial transcriptomics | NA | spatial transcriptomics data | NA |
| 406 | 2025-04-27 |
Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02617-2
PMID:40082609
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research paper | 本文评估了Xenium In Situ平台在空间转录组学中的性能，并提供了最佳实践分析流程 | 首次对Xenium平台进行独立性能分析，并与八种其他空间转录组技术进行对比 | 研究仅基于25个数据集，可能无法涵盖所有组织类型和实验条件 | 评估Xenium In Situ平台的性能并建立最佳分析流程 | 25个Xenium数据集及八种其他空间转录组技术 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 空间转录组数据 | 25个来自不同组织和物种的Xenium数据集 |
| 407 | 2025-04-27 |
Feature selection methods affect the performance of scRNA-seq data integration and querying
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02624-3
PMID:40082610
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研究论文 | 本文评估了单细胞RNA测序数据整合中特征选择方法对数据集整合和新样本映射性能的影响 | 首次系统性地评估了不同特征选择方法在单细胞RNA测序数据整合中的表现，并提供了关于特征数量选择、批次感知特征选择等方面的具体指导 | 未涉及所有可能的特征选择方法，且评估结果可能受特定数据集特性的影响 | 提高单细胞RNA测序数据整合和查询映射的质量 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
| 408 | 2025-04-27 |
A computational pipeline for spatial mechano-transcriptomics
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02618-1
PMID:40097810
|
research paper | 开发一种计算框架，用于联合统计分析空间转录组学中的转录和机械信号 | 提出了一种能够联合分析转录和机械信号的计算框架，并应用于小鼠胚胎发育的空间转录组数据 | NA | 探索生物分子和机械信号在组织中的相互作用 | 小鼠胚胎发育过程中的空间转录组数据 | computational biology | NA | spatial transcriptomics, geoadditive structural equation modeling | NA | spatial transcriptomics data | developing mouse embryo |
| 409 | 2025-03-19 |
A graph neural network that combines scRNA-seq and protein-protein interaction data
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02628-z
PMID:40097813
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 410 | 2025-04-27 |
scNET: learning context-specific gene and cell embeddings by integrating single-cell gene expression data with protein-protein interactions
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02627-0
PMID:40097811
|
research paper | 该研究提出了一种名为scNET的方法，通过整合单细胞RNA测序数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络，学习特定背景下的基因和细胞嵌入 | 采用基于图神经网络的独特双视图架构，联合表示基因表达和蛋白质-蛋白质相互作用网络数据，通过注意力机制优化细胞间关系 | 未提及具体的数据噪声和零膨胀问题的解决程度 | 解决单细胞RNA测序数据在捕捉细胞通路和复合物变化方面的局限性 | 单细胞RNA测序数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 图神经网络 | 基因表达数据、蛋白质-蛋白质相互作用网络 | NA |
| 411 | 2025-03-21 |
Marrying mechanics with spatial transcriptomics
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02491-4
PMID:40108447
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 412 | 2025-04-27 |
Expression Distribution of Keratins in Normal and Pathological Corneas and the Regulatory Role of Krt17 on Limbal Stem Cells
2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.4.55
PMID:40257786
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研究论文 | 本研究比较了正常和病理条件下角蛋白（KRTs）的变化，特别是压力KRTs，重点研究了KRT17的作用 | 揭示了KRT17在调节角膜缘干细胞（LSCs）的干性、增殖和分化以及免疫和防御反应中的作用 | 研究主要基于小鼠和人类角膜上皮细胞，可能不完全适用于其他物种或组织 | 探究KRTs在角膜上皮稳态和病理调节中的作用，特别是KRT17的功能 | 正常和病理角膜、小鼠角膜、人类角膜缘上皮细胞（HLECs） | 分子生物学 | 角膜疾病 | mRNA测序、蛋白质组测序、单细胞测序、qPCR、免疫荧光染色、中性粒细胞趋化实验、单纯疱疹病毒1感染实验 | NA | mRNA数据、蛋白质数据、单细胞数据 | 未明确说明样本数量，涉及正常和病理角膜、小鼠角膜、HLECs |
| 413 | 2025-04-27 |
Angiogenesis and targeted therapy in the tumour microenvironment: From basic to clinical practice
2025-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70313
PMID:40268524
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综述 | 本文系统回顾了肿瘤微环境中血管生成的病理生理学研究进展，以及靶向血管生成治疗策略的最新进展 | 从单细胞角度阐述内皮细胞的异质性，并探讨了抗血管生成免疫治疗和纳米技术在抗血管生成治疗中的应用 | 未提及具体研究样本量或实验设计的局限性 | 探讨肿瘤微环境中血管生成的作用及靶向治疗策略 | 肿瘤内皮细胞及其与周围细胞的相互作用 | 肿瘤学 | 癌症 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 414 | 2025-04-26 |
Decoding the role of lipid metabolism in NSCLC: From macrophage subtype identification to prognostic model development
2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500124
PMID:40277347
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，识别了与非小细胞肺癌（NSCLC）发生和进展相关的脂质相关巨噬细胞（LAM）标记基因，并开发了一个预后风险评分模型 | 识别了与脂质代谢密切相关的巨噬细胞亚型及其关键标记基因（S100A10、HLA-DMB和CTSL），并构建了一个高精度的预后风险评分模型 | 研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的RNA测序数据，可能受到数据来源的限制 | 探索脂质代谢途径在NSCLC进展中的作用，并开发预后模型 | 非小细胞肺癌（NSCLC）患者和肿瘤微环境中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq） | 预后风险评分模型 | RNA测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的NSCLC患者数据 |
| 415 | 2025-04-26 |
Local DIO2 Elevation Is an Adaption in Malformed Cerebrovasculature
2025-Apr-25, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325857
PMID:40130314
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研究论文 | 本研究探讨了甲状腺激素信号在脑血管畸形中的作用，发现DIO2介导的适应机制可能成为脑血管疾病的潜在治疗靶点 | 首次揭示了DIO2在脑血管畸形中的上调是一种适应性反应，并阐明了FOXK1-PI3K-Akt-mTOR信号通路调控DIO2表达的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化需要进一步验证 | 探究甲状腺激素信号在脑血管畸形病理过程中的作用机制 | 人类脑血管畸形样本（海绵状血管瘤和动静脉畸形）及两种小鼠模型（Pdcd10内皮特异性敲除和KrasG12D突变小鼠） | 脑血管疾病研究 | 脑血管畸形 | 单细胞转录组分析、腺相关病毒介导的基因操作、免疫组织化学 | 基因敲除小鼠模型（Pdcd10 KO）和基因突变小鼠模型（KrasG12D） | 单细胞RNA测序数据、组织学图像、分子生物学数据 | 人类脑血管畸形样本（数量未明确）和多种基因工程小鼠 |
| 416 | 2025-04-26 |
Srsf3-Dependent APA Drives Macrophage Maturation and Limits Atherosclerosis
2025-Apr-25, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.326111
PMID:40160097
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研究论文 | 本研究揭示了Srsf3依赖性APA在驱动巨噬细胞成熟和限制动脉粥样硬化中的关键作用 | 首次揭示了Srsf3通过调控线粒体相关基因的3'UTR长度影响巨噬细胞成熟和动脉粥样硬化进程的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探究单核细胞向巨噬细胞转变的调控机制及其在动脉粥样硬化中的作用 | Apoe-/-小鼠动脉斑块中的单核/巨噬细胞亚型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、3'端测序、流式细胞术、组织病理学分析 | NA | RNA测序数据、流式细胞数据、代谢组数据 | Apoe-/-小鼠动脉斑块样本及部分人类斑块样本 |
| 417 | 2025-04-26 |
Genetics- and age-driven neuroimmune and disc changes underscore herniation susceptibility and pain-associated behaviors in SM/J mice
2025-Apr-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ado6847
PMID:40267183
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研究论文 | 本研究通过SM/J小鼠模型探讨了遗传背景和年龄对自发性椎间盘突出易感性及疼痛相关行为的影响 | 首次在野生型小鼠中建立了研究自发性椎间盘突出病理生理学的模型，并揭示了神经免疫和椎间盘变化的分子机制 | 研究仅使用SM/J小鼠这一特定品系，结果可能不适用于其他遗传背景的小鼠或人类 | 探究遗传和年龄因素如何影响椎间盘突出的易感性及相关疼痛行为 | SM/J小鼠的腰椎间盘、背根神经节、脊髓和外周血单个核细胞 | 神经科学 | 椎间盘疾病 | 转录组学分析、流式细胞术、单细胞RNA测序 | SM/J小鼠模型 | 基因表达数据、细胞组成数据 | 未明确说明具体数量，但涉及多个年龄段的SM/J小鼠组织样本 |
| 418 | 2025-04-26 |
M2 Macrophage-Derived Extracellular Vesicles Reprogram Immature Neutrophils into Anxa1hi Neutrophils to Enhance Inflamed Bone Regeneration
2025-Apr-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202416159
PMID:40277454
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研究论文 | 本研究揭示了M2巨噬细胞来源的细胞外囊泡（M2-EVs）在减轻牙周炎引起的骨丢失中的关键作用，并发现了一种具有促修复特性的Anxa1中性粒细胞亚群 | 发现了M2-EVs通过破坏中性粒细胞成熟轨迹，促进Anxa1修复亚群的分化，从而增强炎症骨再生的新机制 | 未明确M2-EVs对其他免疫细胞的影响及长期治疗效果 | 探究M2巨噬细胞与中性粒细胞的相互作用对炎症骨再生的影响 | 牙周炎模型中的M2巨噬细胞、中性粒细胞及其亚群 | 免疫学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 419 | 2025-04-26 |
Association Between T2DM, TyG Index, Multiple Sclerosis, and Rheumatoid Arthritis: Insights into Potential Mechanisms
2025-Apr-25, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-04961-y
PMID:40279037
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研究论文 | 本研究探讨了2型糖尿病（T2DM）和胰岛素抵抗（IR）指标TyG指数与自身免疫相关疾病（ARDs）之间的因果关系，并评估了免疫细胞的影响 | 首次通过综合Mendelian随机化分析和单细胞RNA测序技术，揭示了T2DM和TyG指数与多发性硬化症（MS）和类风湿性关节炎（RA）的因果关联，并发现特定免疫细胞和基因位点在其中的作用 | 研究依赖于GWAS汇总数据，可能受到混杂因素的影响，且需要进一步实验验证发现的分子机制 | 探索T2DM和IR指标与自身免疫疾病之间的因果关系及其潜在机制 | 2型糖尿病（T2DM）、TyG指数、多发性硬化症（MS）、类风湿性关节炎（RA）和免疫细胞 | 遗传流行病学 | 多发性硬化症, 类风湿性关节炎, 2型糖尿病 | Mendelian随机化分析, 贝叶斯共定位分析, 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组关联研究（GWAS）数据, 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 420 | 2025-04-26 |
Single-cell RNA sequencing revealed the immunophenotypic features of macrophages in cardiac transplants and uncovered Lgals9 promoted their polarization toward the M2b subtype
2025-Apr-23, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiaf009
PMID:39835675
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了心脏移植中巨噬细胞的免疫表型特征，并发现Lgals9促进其向M2b亚型极化 | 发现了一种新的巨噬细胞亚群'Myoz2+ MAC'，并揭示了Lgals9在巨噬细胞极化中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探索心脏移植中巨噬细胞的基因组特征及其在移植排斥反应中的作用 | 小鼠心脏移植模型中的巨噬细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blotting, 流式细胞术, ELISA | 小鼠心脏移植模型 | RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 未明确说明样本数量，使用小鼠心脏移植模型 |