单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 558 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-04-06 |
Knockout of cyclin-dependent kinases 8 and 19 leads to depletion of cyclin C and suppresses spermatogenesis and male fertility in mice
2025-Apr-02, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.96465
PMID:40172945
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研究论文 | 研究CDK8和CDK19基因敲除对小鼠精子生成和雄性生育能力的影响 | 首次发现CDK8和CDK19双敲除导致细胞周期蛋白C（CCNC）耗竭，并揭示了其对精子生成和雄性生育能力的调控机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，未在人类或其他哺乳动物中验证 | 探究CDK8和CDK19在雄性生殖系统中的功能及其调控机制 | CDK8和CDK19双敲除小鼠及其生殖系统 | 分子生物学 | 男性不育症 | 基因敲除技术、单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | CDK8和CDK19双敲除小鼠及其对照组的生殖系统组织样本 |
| 402 | 2025-04-06 |
A donor PD-1+CD8+ TSCM-like regulatory subset mobilized by G-CSF alleviates recipient acute graft-versus-host-disease
2025-Apr-02, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02183-1
PMID:40175340
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research paper | 研究发现了一种新型供体外周T细胞亚群，能够抑制急性移植物抗宿主病（aGVHD）同时促进受者免疫重建 | 首次鉴定出一种具有双重调节功能的PD-1+CD8+ TSCM样调节性T细胞亚群，既能抑制aGVHD又能保留抗白血病效应 | 验证队列样本量较小（n=30），需进一步扩大临床验证 | 优化造血干细胞移植供体选择标准并探索与aGVHD相关的淋巴细胞亚群 | 80例G-CSF动员的造血干细胞供体及其对应的半相合/全相合移植受者 | 免疫学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | 小鼠模型 | 临床样本数据，单细胞转录组数据 | 80对供受体（发现队列）+30对供受体（验证队列） |
| 403 | 2025-04-06 |
A realistic FastQ-based framework FastQDesign for ScRNA-seq study design issues
2025-Apr-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07938-8
PMID:40175506
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研究论文 | 提出了一种基于FastQ文件的scRNA-seq研究设计框架FastQDesign，用于优化实验设计 | 首个基于FastQ文件的研究设计框架，利用公开数据集中的原始FastQ文件作为参考，在固定预算内提供最优设计建议 | 未明确提及具体局限性 | 解决scRNA-seq研究中的实验设计问题，优化细胞数量和测序深度 | scRNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | FastQ文件 | 一个合成数据集和九个真实数据集 |
| 404 | 2025-04-06 |
Identification of potential shared gene signatures between periodontitis and breast cancer by integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq data
2025-Apr-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-95703-6
PMID:40175565
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别了牙周炎和乳腺癌之间潜在的共享基因特征 | 首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据研究牙周炎与乳腺癌的共享基因特征，并发现ANKRD29和TDO2作为两种疾病的共享诊断生物标志物 | 研究样本量有限，且需要进一步实验验证这些基因在两种疾病中的具体作用机制 | 探究牙周炎与乳腺癌之间相互作用的基因、通路和免疫细胞 | 牙周炎和乳腺癌患者样本 | 生物信息学 | 牙周炎和乳腺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, qRT-PCR, 免疫组化染色 | 机器学习方法 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的牙周炎和乳腺癌样本 |
| 405 | 2025-04-06 |
scIDPMs: Single-Cell RNA-Seq Imputation Using Diffusion Probabilistic Models
2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3430554
PMID:39093668
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研究论文 | 本文提出了一种名为scIDPMs的新方法，利用条件扩散概率模型对单细胞RNA测序数据进行缺失值填补 | scIDPMs采用条件扩散概率模型和带有注意力机制的深度神经网络，能够更好地捕获全局基因表达特征并优化填补过程 | 方法在极端稀疏数据下的表现未明确说明 | 解决单细胞RNA测序数据中假零值(丢失事件)导致的基因表达水平掩盖问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 扩散概率模型(Diffusion Probabilistic Models) + 带有注意力机制的深度神经网络 | 基因表达数据 | 模拟和真实scRNA-seq数据集(具体数量未说明) |
| 406 | 2025-04-06 |
scSwinTNet: A Cell Type Annotation Method for Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Based on Shifted Window Attention
2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3487174
PMID:39466872
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research paper | 提出了一种基于移位窗口注意力的大规模单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scSwinTNet | 首次使用基于预训练移位窗口注意力的模型进行单细胞RNA测序数据的细胞类型注释，无需先验知识或人工标注 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和效率 | 人类和小鼠组织的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 基于移位窗口注意力的预训练模型 | 基因表达数据 | 399,760个人类和小鼠组织细胞 |
| 407 | 2025-04-06 |
ODSEI Chip: An Open 3D Microfluidic Platform for Studying Tumor Spheroid-Endothelial Interactions
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410659
PMID:39805002
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research paper | 介绍了一种新型开放式3D微流控平台ODSEI芯片，用于研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用 | 开发了一种能够阵列超过1000个肿瘤球体并允许单球体水平分析的开放式3D微流控平台 | 未提及具体的技术限制或应用范围的局限性 | 研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用及其在药物耐药性中的作用 | 乳腺癌肿瘤球体与血管内皮细胞 | digital pathology | breast cancer | single-cell RNA sequencing, protein arrays | 3D-microarray platform | gene expression profiles, cytokines | 超过1000个肿瘤球体 |
| 408 | 2025-04-06 |
AXL-Mediated Drug Resistance in ALK-Rearranged NSCLC Enhanced by GAS6 From Macrophages and MMP11 Positive Fibroblasts
2025-Apr, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70006
PMID:39904499
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research paper | 本研究探讨了AXL介导的ALK重排非小细胞肺癌（NSCLC）对ALK-TKI药物alectinib的耐药机制，特别是在肿瘤微环境中GAS6和MMP11的作用 | 揭示了AXL表达和GAS6在肿瘤微环境中的协同作用如何增强ALK-TKI耐药性，并识别了CAFs和TAMs作为GAS6的主要来源 | 研究主要基于体外和小鼠模型，未在大量患者样本中验证 | 探究ALK重排NSCLC对alectinib耐药的分子机制 | ALK重排NSCLC细胞系（H3122）、小鼠模型、患者样本 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、小鼠模型实验 | NA | 基因表达数据、临床样本数据 | 患者样本和小鼠模型 |
| 409 | 2025-04-06 |
SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881
PMID:40179332
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研究论文 | 提出了一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器结合对比学习方法，用于空间转录组学数据分析 | SpaMask通过同时掩码部分节点和边，结合MGAE和MGCL模块，提高了模型的性能和鲁棒性 | 未明确提及具体局限性 | 改进空间转录组学数据分析中的空间域表征方法 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间分辨转录组学(SRT) | 图神经网络(GNN), 图自编码器, 对比学习 | 空间转录组数据 | 来自5个不同平台的8个数据集 |
| 410 | 2025-04-05 |
Amino Acid Metabolism Subtypes in Neuroblastoma Identifying Distinct Prognosis and Therapeutic Vulnerabilities
2025-Apr-04, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00554
PMID:39442086
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research paper | 该研究基于氨基酸代谢相关基因，确定了三种与不同预后和特定功能相关的神经母细胞瘤亚型，并探讨了它们的治疗脆弱性 | 首次将氨基酸代谢与神经母细胞瘤关联，并识别出三种具有不同预后和治疗脆弱性的亚型 | 研究未涉及实验验证，且样本来源和数量未明确说明 | 探索氨基酸代谢在神经母细胞瘤中的分型及其对预后和治疗的影响 | 神经母细胞瘤患者及其肿瘤组织 | 肿瘤代谢研究 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 411 | 2025-04-05 |
Multiomics Analysis Reveals Neuroblastoma Molecular Signature Predicting Risk Stratification and Tumor Microenvironment Differences
2025-Apr-04, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00882
PMID:39762147
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示神经母细胞瘤的分子特征，预测风险分层和肿瘤微环境差异 | 构建了一个新的恶性亚群1相关特征（MSRS），作为独立的预后因素，并优于其他临床特征和已发表的特征 | 未明确提及样本量或实验的具体限制 | 探索神经母细胞瘤的分子标志物，以指导临床分类和个体化治疗 | 神经母细胞瘤（NB）患者 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 多组学分析、单细胞转录组测序 | NA | 多组学数据、单细胞转录组数据 | NA |
| 412 | 2025-04-05 |
Single-cell transcriptional profiling reveals cellular senescence and inflammatory persistence as key features of type 1 diabetes partial remission
2025-Apr-04, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.16384
PMID:40183401
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制 | 揭示了1型糖尿病部分缓解期免疫失调的先前未被识别的特征，包括细胞衰老和炎症持续性 | NA | 研究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制 | 外周血单个核细胞，包括健康对照、新诊断的1型糖尿病患者和部分缓解期患者 | 生物医学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 健康对照、新诊断的1型糖尿病患者和部分缓解期患者的外周血单个核细胞 |
| 413 | 2025-04-05 |
EXPRESS: Pediatric AML Prognostication with an m6A-Focused Lasso Model
2025-Apr-04, Journal of investigative medicine : the official publication of the American Federation for Clinical Research
IF:2.5Q3
DOI:10.1177/10815589251334964
PMID:40183482
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research paper | 该研究通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了儿童急性髓系白血病（AML）中m6A相关基因的独特表达模式，并开发了一个Lasso风险回归模型来评估不同AML亚组的预后 | 发现了儿童AML中m6A相关基因的独特表达模式，并开发了Lasso风险回归模型用于预后评估 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能需要更多样本来验证模型的普遍适用性 | 探索m6A相关基因在儿童AML预后中的作用，并开发预测模型 | 儿童急性髓系白血病（AML）患者 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | Lasso回归模型 | RNA测序数据 | NA |
| 414 | 2025-04-05 |
Synergistic effects of PA (S184N) and PB2 (E627K) mutations on the increased pathogenicity of H3N2 canine influenza virus infections in mice and dogs
2025-Apr-04, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01984-24
PMID:40183583
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research paper | 研究H3N2犬流感病毒在小鼠和狗中致病性增强的协同突变机制 | 揭示了PA(S184N)和PB2(E627K)突变协同增强H3N2犬流感病毒对哺乳动物致病性的分子机制，并在单细胞水平阐明了其作用机制 | 研究主要基于小鼠模型，在狗中的验证还需进一步扩展 | 阐明H3N2犬流感病毒适应哺乳动物的分子机制 | H3N2犬流感病毒及其在小鼠和狗中的致病性 | 病毒学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | 动物感染模型 | 基因序列数据、病毒滴度数据 | 小鼠和狗的肺组织样本 |
| 415 | 2025-04-05 |
Involvement of ryanodine receptors in the contraction of small pulmonary veins
2025-Apr-04, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00375.2024
PMID:40183687
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research paper | 研究探讨了兰尼碱受体（RyRs）在小肺静脉收缩中的作用及其通过Gq偶联蛋白受体通路的可能机制 | 首次结合单细胞RNA测序数据和功能研究，验证了RyRs在人和大鼠肺平滑肌细胞中的表达及其在小肺静脉收缩中的作用 | 研究未完全阐明RyRs在小肺静脉收缩中的具体分子机制 | 探究兰尼碱受体在小肺静脉平滑肌细胞收缩中的作用及其调控机制 | 人和大鼠的小肺静脉平滑肌细胞 | 生理学 | NA | 单细胞RNA测序、精确切割肺切片（PCLS）模型 | NA | 基因表达数据、功能实验数据 | 人和大鼠的肺组织样本 |
| 416 | 2025-04-05 |
Lung-resident memory CD4+ T cells are dependent on Batf3
2025-Apr-04, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf035
PMID:40184040
|
research paper | 研究揭示了Batf3转录因子在肺驻留记忆CD4+ T细胞发育中的作用及其对过敏性炎症的影响 | 首次发现Batf3缺陷小鼠缺乏表达Cxcr6的肺驻留CD4+ T细胞亚群，并证明其对长期哮喘模型的影响 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究肺驻留记忆T细胞积累的细胞和分子机制 | Batf3缺陷小鼠和野生型小鼠的肺驻留记忆CD4+ T细胞 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 417 | 2025-04-05 |
BASELINE: A CRISPR Base Editing Platform for Mammalian-Scale Single-Cell Lineage Tracing
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644238
PMID:40166145
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研究论文 | 介绍了一种名为BASELINE的CRISPR碱基编辑平台，用于哺乳动物规模的单细胞谱系追踪 | 使用Cas12a腺嘌呤碱基编辑器在50个合成靶位点生成高分辨率谱系树，信息记录量比现有技术提高50倍 | 未明确提及具体限制 | 开发一种高分辨率、大规模的细胞谱系追踪技术 | 哺乳动物细胞，特别是胰腺癌模型中的细胞 | 基因编辑 | 胰腺癌 | CRISPR碱基编辑，单细胞测序 | Cas12a腺嘌呤碱基编辑器 | 基因组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 418 | 2025-04-05 |
NOTCH1 Mutation and Survival Analysis of Tislelizumab in Advanced or Metastatic Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Biomarker Analysis From the Randomized, Phase III, RATIONALE-302 Trial
2025-Apr-03, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology
IF:42.1Q1
DOI:10.1200/JCO-24-01818
PMID:40179324
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research paper | 该研究通过基因组分析和转录组测序，探讨了NOTCH1突变作为预测食管鳞状细胞癌患者对tislelizumab治疗反应的生物标志物的潜力 | 首次将NOTCH1突变与tislelizumab治疗食管鳞状细胞癌的生存益处联系起来，并揭示了其潜在的分子机制 | 研究样本来自特定的临床试验(RATIONALE-302)，可能限制了结果的普遍性 | 寻找预测食管鳞状细胞癌患者对PD-1靶向治疗反应的可靠生物标志物 | 晚期或转移性食管鳞状细胞癌患者 | digital pathology | esophageal squamous cell carcinoma | 肿瘤基因组分析、转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | RATIONALE-302研究中的样本 |
| 419 | 2025-04-05 |
Self-Supervised Graph Representation Learning for Single-Cell Classification
2025-Apr-03, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00700-y
PMID:40180773
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研究论文 | 提出了一种名为scSSGC的自监督图表示学习框架，用于单细胞RNA测序数据中的细胞分类 | 通过联合使用未标记细胞数据上的多个K-means聚类任务进行模型训练，缓解了标记数据有限的问题，并引入了局部增强图神经网络以捕捉细胞间潜在相互作用 | 未明确提及具体局限性 | 开发计算生物学方法以提高单细胞RNA测序数据中的细胞分类准确性和泛化能力 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN) | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 420 | 2025-04-05 |
MYB74 transcription factor guides de novo specification of epidermal cells in the abscission zone of Arabidopsis
2025-Apr-03, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-025-01976-0
PMID:40181105
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research paper | 该研究揭示了拟南芥脱落区表皮细胞通过转分化途径重新指定的发育程序 | 发现了转录因子MYB74在指导非表皮残留细胞转分化为表皮细胞中的核心作用，并揭示了这一过程的三阶段特征及其对植物生长和保护的独特优势 | 研究仅针对拟南芥模型，尚未验证其他植物物种中是否存在类似机制 | 探究植物脱落区表皮细胞重新指定的分子机制及其生物学意义 | 拟南芥脱落区的非表皮残留细胞(RECs) | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量，研究对象为拟南芥脱落区细胞 |