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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2025-10-07 |
NETs-CD44-IL-17A Feedback Loop Drives Th17-Mediated Inflammation in Behçet's Uveitis
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411524
PMID:40013981
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研究论文 | 本研究揭示了NETs-CD44-IL-17A反馈环路在贝赫切特葡萄膜炎发病机制中的关键作用 | 首次发现NETs通过上调CD44诱导Th17分化,而Th17分泌的IL-17A又能促进中性粒细胞募集和NETs形成,形成正反馈环路 | 研究主要基于实验性自身免疫性葡萄膜炎模型,在人类患者中的验证仍需进一步研究 | 探究贝赫切特葡萄膜炎中中性粒细胞过度活化及其与Th17细胞相互作用的分子机制 | 贝赫切特葡萄膜炎患者中性粒细胞、实验性自身免疫性葡萄膜炎模型、Th17细胞 | 免疫学 | 贝赫切特葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光、细胞通讯分析 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎动物模型 | 基因表达数据、免疫荧光图像 | 贝赫切特葡萄膜炎患者与健康对照的中性粒细胞比较 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 402 | 2025-10-07 |
scHeteroNet: A Heterophily-Aware Graph Neural Network for Accurate Cell Type Annotation and Novel Cell Detection
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412095
PMID:40042052
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研究论文 | 提出一种异质性感知的图神经网络scHeteroNet,用于精确的细胞类型注释和新细胞检测 | 利用scRNA-seq数据中的异质性,整合细胞邻域信息并引入新颖性传播机制 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释和新细胞检测的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 403 | 2025-10-07 |
Clinical Significance of Complement and Coagulation Cascades Genes for Patients With Acute Lymphoblastic Leukemia
2025-Apr, International journal of laboratory hematology
IF:2.2Q3
DOI:10.1111/ijlh.14392
PMID:39523585
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研究论文 | 本研究通过分析补体和凝血级联通路基因在急性淋巴细胞白血病中的表达特征,评估其作为诊断和预后生物标志物的临床意义 | 首次系统分析补体和凝血级联通路基因在ALL中的表达谱,并利用机器学习建立高精度诊断模型,结合单细胞RNA测序揭示其在骨髓免疫细胞中的差异表达 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证和前瞻性临床研究数据 | 探索补体和凝血级联通路基因在急性淋巴细胞白血病中的临床意义 | 急性淋巴细胞白血病患者和健康个体的骨髓及外周血样本 | 生物信息学 | 急性淋巴细胞白血病 | 基因表达谱分析,单细胞RNA测序,机器学习 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 998例骨髓样本和122例外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 404 | 2025-10-07 |
Tumor Microenvironment On-A-Chip and Single-Cell Analysis Reveal Synergistic Stromal-Immune Crosstalk on Breast Cancer Progression
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413457
PMID:40056038
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研究论文 | 通过肿瘤微环境芯片与单细胞分析揭示乳腺癌中基质细胞与免疫细胞的协同作用机制 | 开发了器官型3D乳腺癌微环境芯片模型,并结合单细胞RNA测序分析,首次系统评估三阴性乳腺癌细胞在患者来源CAFs和Mφs存在下的进展机制 | 研究聚焦于三阴性乳腺癌,可能不适用于其他乳腺癌亚型;芯片模型虽能模拟体内环境但仍与真实人体环境存在差异 | 探究肿瘤微环境中基质细胞与免疫细胞间的相互作用对乳腺癌进展的调控机制 | 三阴性乳腺癌细胞、患者来源的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和巨噬细胞(Mφs) | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 3D细胞培养, 功能分析实验 | 器官芯片模型 | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 405 | 2025-10-07 |
Spotiphy enables single-cell spatial whole transcriptomics across an entire section
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02622-5
PMID:40074951
|
研究论文 | 开发了一种计算工具包Spotiphy,可将基于测序的空间转录组数据转化为单细胞分辨率全转录组图像 | 通过计算方法实现单细胞分辨率同时保持全基因组覆盖,解决了当前空间转录组技术的核心挑战 | NA | 开发能够实现单细胞空间全转录组分析的计算方法 | 阿尔茨海默病和健康小鼠大脑、人类乳腺癌空间转录组数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病, 乳腺癌 | 空间转录组学 | 计算方法/工具包 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 406 | 2025-10-07 |
Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02617-2
PMID:40082609
|
研究论文 | 本文对10x Genomics的Xenium In Situ空间转录组平台进行独立性能评估,并提供最佳实践分析流程 | 首次系统评估25个不同组织和物种的Xenium数据集,并与8种其他空间转录组技术进行综合比较 | 研究仅针对Xenium平台,未涵盖所有空间转录组技术 | 评估Xenium平台性能并建立空间转录组数据分析的最佳实践指南 | 25个Xenium数据集,涵盖多种组织和物种 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 25个数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium In Situ | Xenium In Situ平台,具备亚细胞分辨率,可原位检测数百个基因 |
| 407 | 2025-10-07 |
Feature selection methods affect the performance of scRNA-seq data integration and querying
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02624-3
PMID:40082610
|
研究论文 | 评估单细胞RNA测序数据整合中不同特征选择方法对性能的影响 | 首次系统评估特征选择方法对单细胞RNA测序数据整合和查询映射性能的影响,超越了传统的批次校正指标 | 未具体说明使用的数据集规模和实验设置细节 | 评估特征选择方法对单细胞RNA测序数据整合性能的影响 | 单细胞RNA测序数据整合和查询映射 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 408 | 2025-10-07 |
A computational pipeline for spatial mechano-transcriptomics
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02618-1
PMID:40097810
|
研究论文 | 开发了一个用于空间转录组学和机械信号联合统计分析的计算框架 | 首次实现了转录信号与机械信号在空间转录组学背景下的联合统计分析 | NA | 探索生物分子和机械信号在组织中的相互作用 | 小鼠胚胎发育过程中的空间转录组数据 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学 | 地理加性结构方程模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 409 | 2025-10-07 |
scNET: learning context-specific gene and cell embeddings by integrating single-cell gene expression data with protein-protein interactions
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02627-0
PMID:40097811
|
研究论文 | 提出一种整合单细胞RNA测序数据与蛋白质-蛋白质相互作用网络的双视图图神经网络方法 | 采用独特的双视图架构整合基因表达和蛋白质相互作用数据,通过注意力机制优化细胞间关系建模 | 未明确说明方法对特定噪声类型或数据稀疏性的处理能力 | 改进单细胞RNA测序数据分析,更好地捕捉细胞通路和复合物的变化 | 单细胞基因表达数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN), 注意力机制 | 基因表达数据, 蛋白质相互作用网络 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 410 | 2025-10-07 |
Expression Distribution of Keratins in Normal and Pathological Corneas and the Regulatory Role of Krt17 on Limbal Stem Cells
2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.4.55
PMID:40257786
|
研究论文 | 本研究比较了正常与病理条件下角膜中角蛋白的表达差异,重点探究了KRT17对角膜缘干细胞功能的调控作用 | 首次系统揭示应激性角蛋白Krt17在角膜缘干细胞中的多重调控功能,包括干细胞特性维持、增殖分化调控以及免疫防御反应 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,在人体组织中的验证仍需进一步深入 | 探究角蛋白在角膜稳态维持和病理调控中的作用机制 | 正常与病理角膜组织、小鼠角膜、人角膜缘上皮细胞 | 细胞生物学 | 角膜疾病 | mRNA测序, 蛋白质组测序, 单细胞测序, qPCR, 免疫荧光染色, 中性粒细胞趋化实验, 疱疹病毒感染实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 蛋白质组测序 | NA | NA |
| 411 | 2025-10-07 |
Angiogenesis and targeted therapy in the tumour microenvironment: From basic to clinical practice
2025-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70313
PMID:40268524
|
综述 | 系统回顾肿瘤微环境中血管生成的基础研究进展及靶向治疗的临床应用 | 从单细胞视角阐释内皮细胞异质性,整合抗血管生成免疫疗法和纳米技术的最新策略 | NA | 探讨肿瘤血管生成的分子机制及靶向治疗策略 | 肿瘤微环境中的内皮细胞、基质细胞和免疫细胞 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 412 | 2025-10-07 |
Decoding the role of lipid metabolism in NSCLC: From macrophage subtype identification to prognostic model development
2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500124
PMID:40277347
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析,识别了与非小细胞肺癌进展相关的脂质相关巨噬细胞标志基因,并开发了预后风险评分模型 | 首次系统识别脂质相关巨噬细胞亚型及其关键标志基因S100A10、HLA-DMB和CTSL,并构建了高精度的NSCLC预后模型 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步临床验证 | 探索脂质代谢在非小细胞肺癌肿瘤微环境中的作用机制并开发预后预测工具 | 非小细胞肺癌患者样本和肿瘤微环境中的巨噬细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 生存分析, ROC曲线分析, 体内实验 | 预后风险评分模型 | RNA测序数据, 突变数据 | TCGA和GEO数据库中的NSCLC患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 413 | 2025-10-07 |
Local DIO2 Elevation Is an Adaption in Malformed Cerebrovasculature
2025-Apr-25, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325857
PMID:40130314
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研究论文 | 本研究揭示了DIO2介导的甲状腺激素信号通路在脑血管畸形中的适应性作用及其治疗潜力 | 首次发现脑血管畸形中局部DIO2升高是一种适应性机制,并阐明FOXK1-PI3K-Akt-mTOR信号轴调控DIO2转录及Pgc1a介导的线粒体功能修复机制 | 研究主要基于动物模型,人类样本验证仍需扩展 | 探究甲状腺激素信号在脑血管畸形病理过程中的作用及治疗潜力 | 人类脑血管畸形样本(脑海绵状血管畸形和脑动静脉畸形)及相应基因修饰小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 脑血管畸形 | 单细胞转录组分析、腺相关病毒介导的基因操作、药物干预 | 基因敲除小鼠模型(Pdcd10内皮特异性敲除、KrasG12D突变) | 单细胞转录组数据、组织切片 | 人类脑血管畸形单细胞样本及多种基因修饰小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 414 | 2025-10-07 |
Srsf3-Dependent APA Drives Macrophage Maturation and Limits Atherosclerosis
2025-Apr-25, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.326111
PMID:40160097
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研究论文 | 本研究揭示了Srsf3通过调控选择性多聚腺苷酸化促进巨噬细胞成熟并抑制动脉粥样硬化的新机制 | 首次发现Srsf3依赖性APA通过调控线粒体翻译驱动巨噬细胞成熟,揭示了3'UTR长度变化在动脉粥样硬化中的新作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究单核细胞向巨噬细胞转化的调控机制及其在动脉粥样硬化中的作用 | Apoe-/-小鼠动脉斑块中的单核/巨噬细胞,人类动脉粥样硬化斑块 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 3'端测序, 流式细胞术, 组织病理分析, 多核糖体分析, 代谢组学 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据, bulk RNA测序数据, 流式细胞数据, 代谢组数据 | Apoe-/-小鼠动脉斑块,人类动脉粥样硬化斑块样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 3'端测序 | NA | NA |
| 415 | 2025-10-07 |
Effects of Bacterial Infections under Heatwaves on Chinese Soft-Shelled Turtles and Their Single-Cell Transcriptomic Landscapes
2025-Apr-24, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.4c09111
PMID:40274607
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研究论文 | 本研究通过整合中华鳖外周血单细胞转录组、行为和生理指标,探讨细菌感染和热浪双重胁迫对中华鳖的影响 | 首次在中华鳖中结合单细胞转录组分析与行为生理指标,揭示热浪和细菌感染双重胁迫下的免疫响应机制 | 研究样本量有限,未涉及长期暴露效应评估 | 探究热浪和细菌感染双重胁迫对中华鳖免疫响应和生理状态的影响 | 中华鳖(Pelodiscus sinensis) | 单细胞转录组学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序 | PCA细胞聚类分析 | 单细胞转录组数据、行为数据、生理指标 | 四个处理组的中华鳖样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 416 | 2025-10-07 |
Nuclear IL-1α Triggers Pyroptosis in Porcine Intramuscular Preadipocytes
2025-Apr-24, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c00112
PMID:40275457
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现猪肌内脂肪前体细胞在成脂分化过程中表达炎症基因IL-1α,并揭示核定位IL-1α通过IRF2-NOCT-ROS通路触发细胞焦亡的新机制 | 首次发现核定位IL-1α通过IRF2-NOCT-ROS通路调控猪肌内脂肪前体细胞焦亡的新功能 | 研究仅针对猪肌内脂肪前体细胞,未验证其他物种或细胞类型中该机制是否保守 | 探究核定位IL-1α在猪肌内脂肪前体细胞中的生物学功能及其调控机制 | 猪肌内脂肪前体细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 417 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing revealed the immunophenotypic features of macrophages in cardiac transplants and uncovered Lgals9 promoted their polarization toward the M2b subtype
2025-Apr-23, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiaf009
PMID:39835675
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了心脏移植中巨噬细胞的免疫表型特征,并发现Lgals9促进其向M2b亚型极化 | 发现表达心肌收缩相关基因的新型'Myoz2+巨噬细胞'亚群,揭示Saa3+巨噬细胞的分化轨迹,首次证实Lgals9在心脏移植后表达下调并能诱导巨噬细胞向M2b表型极化 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体样本中验证 | 探索心脏移植中巨噬细胞的基因组特征及Galectin-9的调控作用 | 小鼠心脏移植模型中的巨噬细胞 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blotting, 流式细胞术, ELISA | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 小鼠心脏移植模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 418 | 2025-10-07 |
Resolving the spatial organization of fetal liver hematopoiesis by SeekSpace
2025-Apr-22, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-025-00234-0
PMID:40261503
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研究论文 | 本研究利用SeekSpace空间转录组平台解析胚胎期肝脏造血过程中造血干细胞和祖细胞的空间分布特征 | 首次使用高分辨率单核空间转录组技术揭示胎儿肝脏中不同造血祖细胞群体的空间组织结构 | 研究仅聚焦于胚胎13.5天特定发育阶段,未涵盖整个胎儿肝脏发育过程 | 阐明胎儿肝脏造血过程中造血干细胞和祖细胞的空间分布规律 | 小鼠胚胎期肝脏中的造血干细胞、多能祖细胞和限制性祖细胞 | 空间转录组学 | NA | 单核空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | 胚胎13.5天胎儿肝脏样本 | NA | 空间转录组学 | SeekSpace | 高分辨率单核空间转录组平台 |
| 419 | 2025-10-07 |
Mutual Regulation of Cardiovascular and Hematopoietic Development
2025-Apr-22, Current cardiology reports
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s11886-025-02236-5
PMID:40261519
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综述 | 探讨心内膜造血作用的起源、意义及其在心脏发育和巨噬细胞形成中的关键作用 | 通过单细胞RNA测序发现心内膜细胞具有独立于已知造血器官的内在造血程序,并揭示其进化保守性 | NA | 研究心血管与造血系统发育的相互调控机制 | 心内膜细胞、组织驻留巨噬细胞、心脏发育过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、谱系追踪、转录组研究 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 420 | 2025-10-07 |
Detection of viral sequences at single-cell resolution identifies novel viruses associated with host gene expression changes
2025-Apr-22, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02614-y
PMID:40263451
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研究论文 | 开发了一种基于RdRP蛋白在单细胞分辨率下检测病毒序列的新方法 | 基于高度保守的RdRP蛋白开发了可在单细胞水平检测病毒序列的方法,突破了传统方法依赖参考基因组和无法保持单细胞分辨率的限制 | NA | 开发能够在单细胞分辨率下检测病毒序列并研究病毒与宿主基因表达关系的新方法 | 恒河猴外周血单个核细胞中的病毒序列 | 生物信息学 | 埃博拉病毒病 | 单细胞转录组测序,高通量测序 | NA | 单细胞转录组数据,批量转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |