单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-04-07	Individualized patient tumor organoids faithfully preserve human brain tumor ecosystems and predict patient response to therapy 2025-Apr-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.01.002 PMID:39938519	research paper	开发了一种快速、高效且复杂的培养系统（IPTO），能够准确再现人脑肿瘤的细胞和分子病理学	IPTO模型能够培养多种中枢神经系统肿瘤，包括成人、儿童和转移性脑癌，并能预测患者特异性药物反应	NA	开发一种能够准确模拟人脑肿瘤并预测治疗反应的临床前模型	人脑肿瘤	digital pathology	brain cancer	iPSC-derived cerebral organoids, scRNA-seq	IPTO	genomic, epigenomic, scRNA-seq data	前瞻性患者队列
382	2025-04-07	Interferon-responsive intestinal BEST4/CA7+ cells are targets of bacterial diarrheal toxins 2025-Apr-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.02.003 PMID:40010349	研究论文	本文研究了人类肠道中BEST4/CA7细胞的功能，特别是在电解质平衡和免疫反应中的作用	首次建立了人类肠道类器官中BEST4/CA7细胞的分化协议，并揭示了其在细菌感染引起的腹泻中的作用机制	研究依赖于体外模型，缺乏体内实验验证，且小鼠模型中不存在BEST4/CA7细胞	探索BEST4/CA7细胞在电解质平衡和免疫反应中的功能	人类肠道中的BEST4/CA7细胞	细胞生物学	细菌性腹泻	单细胞RNA测序，类器官培养	人类肠道类器官	基因表达数据	NA
383	2025-04-07	Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing 2025-Apr-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014 PMID:40081375	research paper	提出了一种名为'recall'的方法，用于防止单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的过度聚类问题	通过引入人工变量来控制'双重浸入'（double dipping）的影响，提高聚类准确性	未提及具体的数据集或实验条件下的局限性	改进单细胞RNA测序数据分析中的聚类步骤，避免过度聚类导致的误导性结果	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	真实和模拟数据
384	2025-04-07	Integrated proteogenomic characterization of localized prostate cancer identifies biological insights and subtype-specific therapeutic strategies 2025-Apr-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58569-w PMID:40180929	研究论文	本文通过整合基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据，对145例中国患者的局限性前列腺癌进行了分子分型，并鉴定出NANS蛋白作为潜在的预后生物标志物和治疗靶点	首次在局限性前列腺癌中整合多组学数据进行分子分型，并发现NANS蛋白通过调节sialoglycan-sialic acid-Siglec轴逆转免疫抑制微环境的新机制	样本量相对有限（145例），且仅针对中国患者群体	阐明局限性前列腺癌的分子异质性并发现新的治疗靶点	145例中国患者的局限性前列腺癌样本	数字病理学	前列腺癌	基因组测序、转录组测序、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、scRNA-seq、免疫荧光分析	细胞来源原位移植小鼠模型	多组学数据（基因组、转录组、蛋白质组、磷酸化蛋白质组）	145例局限性前列腺癌患者样本
385	2025-04-07	Development and validation of basement membrane-related signatures for predicting postoperative recurrence, tumor microenvironment and drug candidates in chordomas 2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14006-1 PMID:40181316	研究论文	本研究开发并验证了与基底膜相关的基因特征，用于预测颅底脊索瘤的术后复发、肿瘤微环境和药物候选	首次建立了由五个基底膜相关基因组成的预后特征，并验证了其在颅底脊索瘤中的独立预后价值，同时揭示了基底膜相关基因通过PI3K-Akt信号通路影响脊索瘤的恶性行为	样本量相对较小（77例批量转录组测序和6例单细胞RNA测序），且仅针对颅底脊索瘤患者	探索基底膜相关基因在颅底脊索瘤预后评估和生物学行为中的作用	颅底脊索瘤患者	数字病理学	颅底脊索瘤	批量转录组测序、单细胞RNA测序、LASSO Cox回归分析	NA	转录组数据	77例批量转录组测序和6例单细胞RNA测序的颅底脊索瘤患者
386	2025-04-07	Microwave ablation of non-small cell lung cancer enhances local T-cell abundance and alters monocyte interactions 2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14002-5 PMID:40181307	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了微波消融（MWA）对非小细胞肺癌（NSCLC）微环境中免疫细胞群体和基因表达的影响	首次在单细胞水平上揭示了MWA后NSCLC微环境中T细胞丰度的增加以及单核细胞与T细胞（或B细胞）之间相互作用的改变	样本量较小，且仅针对NSCLC患者，结果可能不适用于其他癌症类型	探究MWA对NSCLC微环境中免疫细胞群体和基因表达的影响	接受分次MWA治疗的NSCLC患者的肿瘤活检样本	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多次活检样本
387	2025-04-07	FOSB is a key factor in the genetic link between inflammatory bowel disease and acute myocardial infarction: multiple bioinformatics analyses and validation 2025-Apr-03, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02129-0 PMID:40181401	research paper	该研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了FOSB等关键基因在炎症性肠病（IBD）和急性心肌梗死（AMI）共病中的重要作用	首次通过多组学分析识别出THBD、FOSB等5个IBD-AMI共病关键基因，并构建了高预测精度的AMI诊断模型	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证其临床适用性	阐明IBD与AMI共病的遗传机制并寻找潜在治疗靶点	IBD和AMI患者的基因表达数据	生物信息学	炎症性肠病, 急性心肌梗死	微阵列分析, WGCNA, 机器学习(LASSO/随机森林/Boruta), qRT-PCR, Western blotting, 单细胞测序	诊断模型	基因表达数据	NCBI GEO数据库中的多个微阵列数据集（具体数量未说明）
388	2025-04-07	Single-cell multi-omics profiling uncovers the immune heterogeneity in HIV-infected immunological non-responders 2025-Apr-03, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105667 PMID:40184908	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示HIV感染免疫无应答者的免疫异质性	开发了scGeneANOVA和VILDA两种新工具，用于检测差异表达基因和量化HIV-1转录本，揭示了干扰素信号在免疫无应答中的作用	研究样本量有限，未涉及其他可能影响免疫恢复的因素	探究HIV感染免疫无应答者的免疫功能障碍机制	HIV感染免疫无应答者（INRs）、免疫应答者（IRs）和健康对照者（HCs）的外周血单个核细胞（PBMCs）	生物医学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞VDJ测序（scVDJ-seq）	scGeneANOVA、VILDA	单细胞转录组数据	INRs、IRs和HCs的PBMCs样本
389	2025-04-07	Exploring Human Brain Metabolism via Genome-Scale Metabolic Modeling with Highlights on Multiple Sclerosis 2025-04-02, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.5c00006 PMID:40091499	研究论文	通过基因组尺度代谢模型探索人脑代谢，重点研究多发性硬化症	重建了脑细胞特异性基因组尺度代谢模型（GEMs），并整合单细胞RNA-seq数据和全局Human1，通过tINIT算法生成了组合脑模型iHumanBrain2690	未提及具体样本量或实验验证的局限性	理解人脑生理和疾病中的复杂代谢	神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞和少突胶质前体细胞	系统生物学	多发性硬化症	单细胞RNA-seq、基因组尺度代谢模型（GEMs）、tINIT算法	iHumanBrain2690	RNA-seq数据	NA
390	2025-04-07	Channel synapse mediates neurotransmission of airway protective chemoreflexes 2025-Apr-02, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.007 PMID:40187347	研究论文	本研究揭示了小鼠喉咙中Pou2f3化学感应细胞家族通过通道突触与迷走神经元通信，介导气道保护性化学反射的神经传递	发现了Pou2f3上皮细胞通过CALHM1/3通道突触作为气道保护性反射的化学感应终末器官，并揭示了其在气道防御程序中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中进行验证	研究喉咙中化学物质引起的神经反射机制，以保护气道免受吸入和感染	小鼠喉咙中的Pou2f3化学感应细胞家族和迷走神经元	神经生物学	慢性咳嗽	单细胞转录组学、光遗传学刺激	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、行为数据	NA
391	2025-04-07	Update on mast cell biology 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1092 PMID:39800266	review	本文回顾了2022年至2024年间关于肥大细胞（MCs）生物学的重要研究进展	利用单细胞RNA测序等技术揭示了肥大细胞的异质性及其在健康和疾病中的表型	NA	探讨肥大细胞在过敏炎症性疾病中的核心作用及其生物学特性	肥大细胞（MCs）	NA	过敏炎症性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	NA
392	2025-04-07	IL-25 Enhances B Cell Responses in Type 2 Inflammation Through IL-17RB Receptor 2025-Apr, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16472 PMID:39829150	research paper	本研究探讨了IL-25通过IL-17RB受体增强B细胞在2型炎症中的反应	揭示了IL-25/IL-17RB通路在B细胞中的新作用及其在2型炎症中的潜在治疗靶点	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，需要进一步的体内验证	研究IL-25受体IL-17RB在B细胞中的表达及其在2型炎症中的作用	外周血来源的B细胞和鼻息肉组织中的B细胞	免疫学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)和哮喘	流式细胞术、RT-PCR、单细胞RNA测序	NA	细胞和分子数据	外周血B细胞和鼻息肉组织样本
393	2025-04-07	scTrans: Sparse attention powers fast and accurate cell type annotation in single-cell RNA-seq data 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012904 PMID:40184563	研究论文	介绍了一种基于Transformer的模型scTrans，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释，旨在减少信息损失并提高注释速度和准确性	使用稀疏注意力机制利用所有非零基因，有效降低输入数据维度同时最小化信息损失	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的速度和准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Transformer	RNA测序数据	31种不同组织的小鼠细胞图谱数据，接近百万细胞
394	2025-04-07	Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures 2025-Apr-01, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.011 PMID:40185093	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了色氨酸代谢在肝细胞癌中限制肿瘤内三级淋巴结构成熟的作用	首次发现恶性细胞塑造的色氨酸富集代谢微环境导致三级淋巴结构成熟偏离，并证明抑制色氨酸代谢可促进肿瘤内三级淋巴结构成熟并与抗PD-1治疗产生协同效应	研究仅聚焦于肝细胞癌，其他癌症类型中三级淋巴结构成熟的调控机制尚不明确	探究驱动三级淋巴结构成熟的关键因素及其在肿瘤免疫治疗中的作用	肝细胞癌中的三级淋巴结构及其微环境	空间转录组学	肝细胞癌	近单细胞空间转录组测序	NA	空间转录组数据	NA
395	2025-04-07	Rorγt-positive dendritic cells are required for the induction of peripheral regulatory T cells in response to oral antigens 2025-Apr-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.020 PMID:40185101	research paper	该研究探讨了RORγt阳性树突状细胞在口服抗原诱导外周调节性T细胞中的作用	通过删除Rorc编码RORγt的特定顺式调控元件，开发了一种RORγt抗原呈递细胞减少的小鼠模型，揭示了淋巴样RORγt树突状细胞在维持肠道免疫平衡中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究RORγt阳性树突状细胞在外周调节性T细胞诱导中的作用及其对肠道免疫平衡的影响	小鼠模型中的RORγt阳性树突状细胞和调节性T细胞	免疫学	炎症性肠病, 食物过敏	单细胞RNA测序, 流式细胞术, 谱系追踪	小鼠基因敲除模型	基因表达数据, 细胞表型数据	基因修饰小鼠及其对照
396	2025-04-06	Targeting mTOR in myeloid cells prevents infection-associated inflammation 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112163 PMID:40177636	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现mTOR通路在COVID-19患者髓系细胞调控中的关键作用，并开发了一种靶向髓系细胞的mTOR抑制纳米生物制剂	首次开发了靶向髓系细胞及其骨髓祖细胞的mTOR抑制纳米生物制剂，并证明其能有效抑制感染相关炎症	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	探索预防感染相关并发症中有害器官炎症的治疗策略	COVID-19患者的髓系细胞和小鼠高炎症模型	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠高炎症模型和急性呼吸窘迫综合征模型	RNA测序数据，流式细胞数据	人类原代免疫细胞和小鼠模型
397	2025-04-06	Integrated metabolomics and spatial transcriptomics of cystic pancreatic cancer precursors reveals dysregulated polyamine metabolism as a biomarker of progression 2025-Apr-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931 PMID:40184234	研究论文	通过代谢组学和空间细胞转录组学分析囊性胰腺癌前体，揭示多胺代谢紊乱作为进展的生物标志物	首次结合代谢组学和空间转录组学技术，识别出多胺代谢途径的紊乱与胰腺癌前体恶性风险相关	样本量相对较小（125例患者），且仅针对IPMN这一特定胰腺癌前体	识别IPMN恶性风险相关的代谢标志物	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）患者	数字病理学	胰腺癌	代谢组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	125例IPMN患者（低度异型增生和高度异型增生伴/不伴PDAC）
398	2025-04-06	Synaptic deregulation of cholinergic projection neurons causes olfactory dysfunction across five fly Parkinsonism models 2025-Apr-03, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98348 PMID:40178224	研究论文	本研究通过开发五种果蝇家族性帕金森病模型并进行单细胞RNA测序，揭示了胆碱能投射神经元在帕金森病早期嗅觉功能障碍中的作用	首次在五种家族性帕金森病模型中鉴定出胆碱能投射神经元是最易受损的细胞，并发现突触功能相关基因是最失调的基因	研究主要基于果蝇模型和体外人类诱导多巴胺能神经元，需要在更多哺乳动物模型中进行验证	探究帕金森病早期非运动症状(如嗅觉减退)的细胞和分子机制	五种果蝇家族性帕金森病模型和帕金森病患者三个特定脑区	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序, 单核测序	果蝇帕金森病模型, 人类诱导多巴胺能神经元体外模型	RNA测序数据	五种果蝇帕金森病模型和帕金森病患者三个脑区的样本
399	2025-04-06	Endogenous CD4+ T Cells That Recognize ALK and the NPM1::ALK Fusion Protein Can Be Expanded from Human Peripheral Blood 2025-Apr-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0445 PMID:39774774	研究论文	本研究探讨了人类外周血中识别ALK及NPM1::ALK融合蛋白的内源性CD4+ T细胞的扩展情况	首次在人类外周血中检测到ALK特异性CD4+ T细胞，并鉴定了NPM1::ALK融合新抗原特异性T细胞受体	样本量较小（10名患者和6名健康供者），且仅针对ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤患者	研究ALK特异性CD4+ T细胞在癌症免疫治疗中的潜在应用	ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤患者和健康供者的外周血CD4+ T细胞	免疫学	淋巴瘤	TCRαβ单细胞测序	NA	外周血样本	10名患者和6名健康供者
400	2025-04-06	Association of Obesity and Innate Immune Markers With Resistance to Biologic Therapy in Psoriasis 2025-Apr-02, JAMA dermatology IF:11.5Q1 DOI:10.1001/jamadermatol.2025.0288 PMID:40172874	研究论文	探讨肥胖和先天免疫标志物与银屑病生物治疗抵抗的关联	揭示了表皮中失调的先天免疫反应和增强的中性粒细胞活性可能是生物治疗反应持续性降低的原因	样本量较小（87名患者），且为横断面研究，无法确定因果关系	明确影响严重银屑病患者持续治疗反应的炎症微环境因素	18岁及以上患有斑块型严重银屑病的患者	皮肤病学	银屑病	空间转录组学通路分析、免疫荧光分析	NA	临床数据、转录组数据、蛋白质表达数据	87名患者（24名女性，63名男性）