单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 727 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-12-10 |
scSwinTNet: A Cell Type Annotation Method for Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Based on Shifted Window Attention
2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3487174
PMID:39466872
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研究论文 | 本文提出了一种基于移位窗口注意力机制的大规模单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scSwinTNet | scSwinTNet是首个使用预训练的移位窗口注意力模型来注释单细胞RNA测序数据中细胞类型的模型，无需先验知识即可准确注释 | NA | 开发一种自动化、高精度的细胞类型注释工具，以应对单细胞数据量的指数增长并减少数据偏差影响 | 人类和小鼠组织中的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于移位窗口的自注意力模型 | 基因表达数据 | 399,760个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2025-12-06 |
DOCK9 as a predictive biomarker linked to angiogenesis and immune response in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Apr-24, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01653-8
PMID:40272582
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研究论文 | 本研究探讨了DOCK9基因在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的预后价值，揭示了其与血管生成和免疫反应的关联 | 首次将DOCK9基因与ESCC的血管生成和免疫调节功能联系起来，并开发了一个包含DOCK9的21基因预后风险模型 | 研究主要基于RNA微阵列和单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证DOCK9的具体作用机制 | 识别ESCC的预后生物标志物，以改善患者预后和治疗策略 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）组织和人脐静脉内皮细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | RNA微阵列，单细胞RNA测序，蛋白表达分析 | 预后风险模型 | RNA序列数据，蛋白表达数据 | 未明确指定样本数量，涉及ESCC组织和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-12-05 |
Unified integration of spatial transcriptomics across platforms
2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646238
PMID:40236180
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Lloki的新框架，用于整合不同平台的空间转录组学数据，无需共享基因面板 | Lloki通过特征对齐和批次对齐任务，利用最优传输引导的特征传播和scGPT单细胞基础模型，实现了跨平台ST数据的统一集成，克服了基因面板差异、数据稀疏性和技术变异性等挑战 | NA | 开发一个跨平台空间转录组学数据整合框架，以促进组织结构和细胞相互作用的深入理解 | 小鼠脑样本和卵巢癌数据集 | 空间转录组学 | 卵巢癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | scGPT | 空间转录组学数据，单细胞RNA测序数据 | 小鼠脑样本来自五种不同技术，以及五个卵巢癌数据集 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2025-11-28 |
Single-cell transcriptomic data reveal the cellular heterogeneity of glutamine metabolism in gastric premalignant lesions and early gastric cancer
2025-Apr-23, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2025061
PMID:40264416
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据揭示了胃前病变和早期胃癌中谷氨酰胺代谢的细胞异质性 | 首次在单细胞水平系统描绘胃前病变和早期胃癌的谷氨酰胺代谢特征，并鉴定ERO1LB为关键调控因子 | 样本量相对有限，仅包含慢性萎缩性胃炎和早期胃癌病变 | 探究胃前病变和恶性病变中谷氨酰胺代谢的细胞异质性特征 | 慢性萎缩性胃炎和早期胃癌病变组织 | 单细胞转录组学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 22511个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2025-11-28 |
The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation
2025-Apr, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00633-1
PMID:40217124
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研究论文 | 本研究揭示CD40激动剂通过激活CCR2巨噬细胞和招募效应记忆CD8 T细胞重塑心脏免疫环境并促进心肌炎症 | 首次发现CD40激动剂通过CCR2巨噬细胞与CD8 T细胞间的IL-12b/TNF/IFNγ信号正反馈环路驱动心肌炎症 | 研究主要基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证 | 探究CD40激动剂引发心肌炎症的潜在机制 | 遗传工程小鼠模型的心脏免疫细胞 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 细胞清除研究 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2025-11-24 |
Scalable spatial transcriptomics through computational array reconstruction
2025-Apr-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02612-0
PMID:40181168
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研究论文 | 本文提出一种无需成像的空间转录组学方法，通过分子扩散和降维技术重建空间条形码位置 | 开发了不依赖成像设备的空间转录组学技术，利用计算重建实现厘米级组织的空间基因表达图谱 | 方法依赖于分子扩散模型和计算重建的准确性，需通过真实成像数据验证 | 提高空间转录组学的可及性和通量，实现大规模组织研究 | 组织样本的空间基因表达数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，分子扩散建模，降维分析 | 计算重建模型 | 基因表达数据，空间位置信息 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 27 | 2025-11-22 |
Delineation of signaling routes that underlie differences in macrophage phenotypic states
2025-Apr, NAR molecular medicine
DOI:10.1093/narmme/ugaf013
PMID:41255709
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研究论文 | 通过质谱蛋白质组学分析揭示人类巨噬细胞不同功能状态下的信号通路差异 | 首次通过磷酸化蛋白质组学结合转录组数据系统识别免疫抑制性巨噬细胞的关键激酶和转录调控因子 | 研究主要基于体外培养的原代巨噬细胞，临床验证仍需进一步深入 | 阐明巨噬细胞表型状态差异背后的信号通路机制 | 人类原代巨噬细胞和肿瘤患者的单细胞测序数据 | 蛋白质组学 | 癌症 | 质谱蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、单细胞测序、转录组分析 | NA | 蛋白质组数据、磷酸化蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 质谱蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2025-11-14 |
CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data
2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.12.632553
PMID:39868198
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研究论文 | 提出CellSP计算框架，用于识别、可视化和表征亚细胞空间转录组数据中的功能相关模式 | 引入“基因-细胞模块”新概念，能够识别多个细胞中具有协调亚细胞转录分布模式的基因集 | NA | 开发用于亚细胞空间转录组数据分析的计算工具 | 小鼠脑组织、肾脏癌和健康样本、阿尔茨海默病小鼠模型 | 空间转录组学 | 肾脏癌,阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 计算框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 29 | 2025-11-14 |
TransST: Transfer Learning Embedded Spatial Factor Modeling of Spatial Transcriptomics Data
2025-Apr-15, ArXiv
PMID:40321945
|
研究论文 | 提出一种名为TransST的新型迁移学习框架，用于改善空间转录组数据的细胞水平异质性推断 | 开发了自适应利用外部细胞标记信息的迁移学习框架，显著提升细胞亚群识别能力 | 未在摘要中明确说明 | 提高空间转录组数据中细胞水平异质性的推断准确性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组技术 | 迁移学习框架 | 空间转录组数据 | 多个真实研究和模拟设置 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 30 | 2025-11-12 |
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data
2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.12.589216
PMID:38659857
|
研究论文 | 本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确度和准确性 | 建立了基于大量数据的数据驱动阈值来优化研究设计，并开发了VICE工具评估数据质量和估计差异表达真阳性率 | 研究主要关注单细胞水平的精确度和准确性，可能未涵盖所有技术变异来源 | 评估单细胞/单核RNA测序数据的定量测量性能并建立优化指南 | 单细胞和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3,682,576个细胞来自339个样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2025-10-29 |
Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment
2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.29.542774
PMID:37398280
|
研究论文 | 开发了一种结合人血浆样培养基的体外稳定同位素示踪方法，用于研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢和免疫调控 | 首次将人血浆样培养基与稳定同位素示踪技术结合，在保留完整肿瘤微环境的情况下研究胶质瘤代谢 | 体外模型仍无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 | 研究胶质母细胞瘤在生理营养水平和完整肿瘤微环境下的代谢特征 | 人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞系 | 癌症代谢研究 | 胶质母细胞瘤 | 稳定同位素示踪,空间转录组学 | NA | 代谢数据,转录组数据 | 人IDH野生型胶质母细胞瘤外植体和胶质瘤干细胞系 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 32 | 2025-10-27 |
Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis
2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adj0430
PMID:40273250
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现中年小鼠内脏脂肪中出现独特的脂肪祖细胞亚群CP-A，揭示其通过白血病抑制因子受体信号驱动年龄依赖性脂肪重塑的机制 | 首次鉴定出年龄特异性富集的脂肪祖细胞亚群CP-A，并阐明其通过LIFR信号通路驱动中年期脂肪生成的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚不充分 | 探究年龄依赖性脂肪组织重塑的细胞机制 | 小鼠脂肪祖细胞 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序，谱系追踪，细胞移植，药理学和遗传学操作 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2025-10-22 |
Astragalus polysaccharide reduces the severity of acute pancreatitis under a high-fat diet through enriching L. reuteri and propionate
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140021
PMID:39837455
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研究论文 | 本研究探讨黄芪多糖通过富集罗伊氏乳杆菌和丙酸盐减轻高脂饮食下急性胰腺炎严重程度的机制 | 首次揭示黄芪多糖通过调节肠道菌群-胰腺轴缓解急性胰腺炎的具体机制，发现罗伊氏乳杆菌和丙酸盐的协同保护作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 研究黄芪多糖对高脂饮食诱导的急性胰腺炎的保护作用及其机制 | 高脂饮食诱导的急性胰腺炎小鼠模型 | 生物医学 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2025-10-19 |
Semaphorin 6A phase separation sustains a histone lactylation-dependent lactate buildup in pathological angiogenesis
2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2423677122
PMID:40244673
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研究论文 | 本研究揭示了SEMA6A通过相分离机制维持组蛋白乳酸化修饰，促进病理性血管生成的新机制 | 首次发现SEMA6A的C端无序区域通过液-液相分离形成凝聚体，招募RHOA和P300促进组蛋白乳酸化循环 | 研究主要聚焦于视网膜病变模型，在其他血管疾病中的普适性需要进一步验证 | 探索病理性血管生成中组蛋白乳酸化修饰的调控机制 | 视网膜内皮细胞和氧诱导视网膜病变模型 | 表观遗传学 | 视网膜缺血性疾病 | CUT&Tag, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组学数据，表观遗传学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2025-10-19 |
St3gal5-mediated sialylation of glyco-CD177 on neutrophils restricts neuroinflammation following CNS injury
2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2426187122
PMID:40244680
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研究论文 | 本研究揭示了St3gal5介导的中性粒细胞CD177糖基化在限制中枢神经系统损伤后神经炎症中的关键作用 | 首次发现CD177中性粒细胞作为抗炎亚群通过St3gal5介导的唾液酸化调控神经炎症，并提出FDA批准的丙戊酸可作为靶向中性粒细胞糖生物学的治疗策略 | CD177糖生物学在神经炎症中的具体分子机制仍需进一步阐明 | 探究中性粒细胞CD177糖基化在中枢神经系统损伤后神经炎症中的调控作用 | 人类和小鼠的中性粒细胞 | 免疫学 | 中枢神经系统损伤 | 单细胞RNA测序，糖蛋白组学，遗传学方法 | NA | 基因表达数据，蛋白质组学数据 | 人类和小鼠的中性粒细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2025-10-19 |
Multi-omics analysis to explore the molecular mechanisms related to keloid
2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2025.107396
PMID:39874886
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研究论文 | 通过多组学分析探索瘢痕疙瘩形成的分子机制 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞RNA测序鉴定瘢痕疙瘩关键基因DUSP1和HOXA5 | 研究样本量有限，机制验证实验不足 | 揭示瘢痕疙瘩的致病机制并寻找潜在治疗靶点 | 瘢痕疙瘩组织样本 | 生物信息学 | 皮肤肿瘤 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 免疫浸润分析 | 网络分析, GSEA, GSVA | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-10-17 |
Single-Cell Analyses Reveal a Functionally Heterogeneous Exhausted CD8+ T-cell Subpopulation That Is Correlated with Response to Checkpoint Therapy in Melanoma
2025-Apr-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3918
PMID:40042995
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研究论文 | 通过单细胞分析发现与黑色素瘤检查点治疗反应相关的功能异质性耗竭CD8+ T细胞亚群 | 识别出PD-1和CTLA4共表达(CPHi)的CD8+ TIL亚群与治疗反应相关，并揭示该亚群的功能异质性 | 研究主要关注晚期黑色素瘤患者，结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 寻找能够预测免疫检查点抑制剂治疗反应的生物标志物 | 晚期黑色素瘤患者的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞(TIL) | 免疫肿瘤学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 38 | 2025-10-16 |
Single-cell and spatial detection of senescent cells using DeepScence
2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.21.568150
PMID:38045252
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研究论文 | 开发基于深度神经网络的DeepScence方法，用于在单细胞和空间转录组数据中检测衰老细胞 | 提出了CoreScence衰老相关基因集，并开发了DeepScence深度学习方法，在多种数据平台上均能准确识别衰老细胞 | NA | 开发准确识别衰老细胞的方法，研究其空间和分子特征 | 衰老细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 39 | 2025-10-08 |
Mucosal tissue NK cells tune their function between optimal anti-pathogen activity and tissue protection
2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.04.647286
PMID:40291684
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研究论文 | 本研究揭示了阴道黏膜组织中NK细胞在抗病原体反应和组织保护之间的功能平衡机制 | 首次系统表征阴道黏膜NK细胞具有独特的效应和组织保护双重功能，并发现其能在稳态下保持功能静息状态而对炎症信号产生强烈反应 | 研究主要基于小鼠模型，人类组织样本的验证仍需进一步扩展 | 探究黏膜组织NK细胞在病原体防御和组织保护之间的平衡机制 | 人类阴道组织和小鼠模型的NK细胞 | 免疫学 | HSV-2病毒感染 | 单细胞RNA测序,高参数流式细胞术 | 小鼠感染模型 | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 人类阴道组织和实验小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2025-10-05 |
Comparison of Lean, Obese, and Weight-Loss Models Reveals TREM2 Deficiency Attenuates Breast Cancer Growth Uniquely in Lean Mice and Alters Clonal T-cell Populations
2025-Apr-03, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3511
PMID:39841585
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研究论文 | 本研究通过比较瘦型、肥胖型和减重后小鼠模型，揭示TREM2缺失在瘦型小鼠中独特抑制乳腺癌生长并改变克隆性T细胞群体 | 首次证明体重历史条件影响TREM2抑制在乳腺癌中的疗效，并发现瘦型TREM2缺陷小鼠中CD8+ T细胞从耗竭状态向效应记忆状态的转变 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床环境中验证 | 探讨肥胖与乳腺癌关联的机制及减重潜在益处，评估TREM2缺失对不同体重状态下绝经后乳腺癌的影响 | 绝经后乳腺癌小鼠模型（瘦型、肥胖型、减重后） | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 可变-多样-连接区测序(VDJ测序) | 小鼠模型 | 基因表达数据, T细胞受体序列数据 | 多种体重状态的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |