单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-02	Eutopic macrophages facilitate endometriosis progression via ferroptosis-mediated release of S100A9 2025-Apr-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf027 PMID:40493892	研究论文	本研究探讨了子宫内膜异位症中S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡促进疾病进展的机制	首次发现并验证了S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡机制促进子宫内膜异位症血管生成	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床验证尚不充分	阐明巨噬细胞在子宫内膜异位症进展中的具体作用机制	子宫内膜异位症患者的子宫内膜组织和巨噬细胞	生殖医学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和体外功能实验	小鼠子宫内膜异位症模型	基因表达数据和病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类子宫内膜组织和实验小鼠
22	2025-07-02	Lysine methyltransferase SETD7 coordinates the emergence of mature and senescent subpopulations during the decidualization of endometrial stromal cells 2025-Apr-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf028 PMID:40570096	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶SETD7在子宫内膜基质细胞（EnSC）蜕膜化过程中的作用	揭示了SETD7作为EnSC蜕膜化的新型分子调节剂，特别是在稳定雌激素受体蛋白和调节细胞命运分歧中的作用	研究主要基于体外实验和公开的单细胞RNA测序数据，可能无法完全反映体内复杂环境	探究SETD7在EnSC蜕膜化过程中的分子机制及其与妊娠失败的关联	子宫内膜基质细胞（EnSC）	分子生物学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序、mRNA微阵列分析	SETD7敲除模型	RNA测序数据、微阵列数据	公开的单细胞RNA测序数据和子宫内膜组织的批量mRNA微阵列数据
23	2025-06-27	Spatial profiling of ANO7 in prostate tissue: links to AR-signalling-associated lipid metabolism and inflammation 2025-04, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6405 PMID:39978863	研究论文	本研究通过空间转录组学技术探究了ANO7在良性前列腺上皮中的作用及其与AR信号通路相关的脂质代谢和炎症的关联	首次揭示了ANO7在前列腺中的异质性表达模式及其与AR信号通路和脂质代谢的关联，并提出了ANO7可能作为肿瘤抑制因子的新假设	研究样本仅来自局限性前列腺癌患者，可能无法完全代表其他阶段的前列腺癌	阐明ANO7基因在前列腺中的具体功能及其与前列腺癌的关系	良性前列腺上皮组织和前列腺癌组织	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学，RNA-seq	NA	基因表达数据	来自局限性前列腺癌患者的前列腺切除样本（具体数量未明确说明），共评估了18,676个蛋白质编码基因
24	2025-06-27	An Improved, High-Yield Method for Isolating Nuclei from Individual Zebrafish Embryos for Single-Nucleus RNA Sequencing 2025-04, Zebrafish IF:1.4Q2 DOI:10.1089/zeb.2024.0175 PMID:40040474	研究论文	本文提出了一种改进的高效方法，用于从单个斑马鱼胚胎中分离细胞核，以进行单核RNA测序	通过珠磨均质法在裂解缓冲液中高效分离高质量细胞核，相比酶解方法有显著改进	方法虽适用于多种发育阶段，但未明确说明具体适用范围及潜在限制条件	开发高效分离斑马鱼胚胎细胞核的方法，以支持单细胞测序研究	斑马鱼胚胎	单细胞测序	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 单细胞组合索引RNA测序(sci-RNAseq)	NA	RNA测序数据	96孔板格式的斑马鱼胚胎样本
25	2025-06-26	Proteomic profiling of nasal fluids and serum for type 2 nasal polyps diagnosis 2025-Apr-24, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2025.04.007 PMID:40280274	研究论文	通过蛋白质组学分析和机器学习框架，研究鼻腔液体和血清中蛋白质表达对2型鼻息肉（T2 CRSwNP）的诊断价值	首次结合蛋白质组学与机器学习，利用非侵入性样本（鼻腔液体和血清）中的生物标志物诊断T2 CRSwNP，并验证了四种关键生物标志物的预测价值	样本量较小（82例患者），且未涉及其他亚型的鼻息肉比较	评估鼻腔液体和血清中蛋白质表达对T2 CRSwNP的预测价值	2型与非2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉（T2/non-T2 CRSwNP）患者	数字病理学	鼻息肉	邻近延伸分析（PEA）、免疫组织化学、单细胞RNA测序、逆转录定量PCR	机器学习（LASSO回归）	蛋白质表达数据	82例患者（鼻腔液体和血清匹配样本）
26	2025-06-24	SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.22.650107 PMID:40492199	研究论文	介绍了一个名为SCassist的R包，利用大型语言模型（LLM）来简化和增强单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析流程	首次将大型语言模型（LLM）集成到scRNA-seq数据分析的关键步骤中，提供智能化的参数推荐和结果解释	未提及模型在特定数据集上的性能评估或与其他工具的对比结果	简化单细胞RNA测序数据分析流程，降低技术门槛	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	LLM（包括Gemini、GPT和Llama3）	单细胞RNA测序数据	NA
27	2025-06-21	Stratifin is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury 2025-Apr-23, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	研究论文	本研究探讨了Stratifin（SFN）在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生（SPEM）过程中的作用	首次揭示了SFN通过调节EGFR/ERK信号通路在主细胞转分化和SPEM发展中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	阐明SFN在胃黏膜损伤修复过程中主细胞转分化的分子机制	小鼠胃主细胞和SPEM细胞	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序，免疫组化	Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型	基因表达数据，组织学图像	转基因小鼠模型
28	2025-06-20	Multi-omics approaches for identifying the PANoptosis signature and prognostic model via a multimachine-learning computational framework for intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Apr-15, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001352 PMID:40233411	研究论文	本研究通过多组学方法识别肝内胆管癌(ICC)的PANoptosis特征，并利用多机器学习计算框架构建预后模型	整合Cox回归分析和5种机器学习算法识别出5个核心基因，构建的PANoptosis风险评分在预测预后和临床转化方面表现出色	样本量相对有限(85个PANoptosis相关基因)，需要更多临床验证	表征ICC患者的PANoptosis特征，构建临床诊断和治疗指导模型，探索耐药相关分子机制	肝内胆管癌(ICC)患者	机器学习	肝内胆管癌	转录组学、蛋白质组学测序、单细胞转录组分析	Cox回归分析+5种机器学习算法	多组学数据(转录组、蛋白质组)	OEP001105公共队列和重庆医科大学附属第一医院的多组学数据
29	2025-06-20	Tumor-derived CD109 orchestrates reprogramming of tumor-associated macrophages to dampen immune response 2025-Apr-11, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.03.035 PMID:40220905	研究论文	该研究揭示了肿瘤源性可溶性CD109（sCD109）在免疫抑制性肿瘤微环境中的作用及其调控机制	发现sCD109作为'分泌性免疫检查点'通过双重机制（激活FcγRI/SYK/NF-κB信号通路上调CD73转录，同时竞争性结合E3连接酶TRIM21抑制CD73蛋白降解）重编程肿瘤相关巨噬细胞	研究主要基于临床前小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索iCCA中免疫抑制性分泌蛋白及其调控机制，开发提高免疫治疗疗效的新靶点	肝内胆管癌（iCCA）的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	蛋白质组学分析、单细胞转录组学、飞行时间质谱流式细胞术、RNA测序、质谱分析	NA	多组学数据（蛋白质组、转录组等）	NA（未明确说明样本数量）
30	2025-06-19	CAF-derived exosomal LINC01711 promotes breast cancer progression by activating the miR-4510/NELFE axis and enhancing glycolysis 2025-Apr-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402024RRR PMID:40172996	研究论文	本研究揭示了CAF来源的外泌体通过传递lncRNA LINC01711，激活miR-4510/NELFE轴，从而增强乳腺癌细胞的糖酵解作用	发现CAF来源的外泌体中LINC01711通过miR-4510/NELFE轴激活TXN，促进糖酵解作用的新机制	研究未涉及LINC01711在其他类型癌症中的作用，且临床样本量有限	探索CAF来源的外泌体在乳腺癌进展中的作用机制	乳腺癌细胞及CAF来源的外泌体	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞测序、降维分析、聚类分析、细胞注释	NA	单细胞测序数据	GEO数据库中的乳腺癌单细胞测序数据
31	2025-06-19	RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08542-2 PMID:39910313	研究论文	该研究揭示了RUNX2在肺纤维化中通过肺泡到病理性成纤维细胞的转变促进纤维化的机制	发现LEPR成纤维细胞中的SCUBE2肺泡成纤维细胞是病理性成纤维细胞的主要来源，并确定RUNX2是纤维化基因表达的关键调控因子	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探索肺纤维化中病理性成纤维细胞生成的关键调控机制	小鼠模型中的LEPR成纤维细胞和SCUBE2肺泡成纤维细胞	分子生物学	肺纤维化	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因表达数据	两种小鼠肺纤维化模型
32	2025-06-15	A tumor necrosis factor-α-responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7 2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568 PMID:40316021	研究论文	本文揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的复杂调控机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞类型特异性起源和炎症信号调控机制	研究主要聚焦于肺腺癌，对其他癌症类型的适用性尚不明确	探究ERVK-7在肺腺癌中的表达调控机制及其临床意义	人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达	分子生物学	肺腺癌	单细胞转录组测序、表观遗传学图谱分析	NA	RNA-seq数据、表观遗传数据	NA
33	2025-06-14	The spatial transcriptome of the late-stage embryonic and postnatal mouse brain reveals spatiotemporal molecular markers 2025-Apr-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95496-8 PMID:40210990	研究论文	本研究通过空间转录组分析探索了小鼠大脑发育过程中的时空基因表达调控	发现了脉络丛、梨状皮层和丘脑的新分子标记物，以及能够确定发育阶段背侧内梨状核(DEn)的新分子标记物	研究主要集中在小鼠模型，人类大脑发育的适用性尚需验证	理解大脑发育过程中细胞和分子水平的基因表达调控	胚胎晚期和出生后小鼠大脑	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了公开可用的小鼠数据集
34	2025-06-14	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	综述	本文综述了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在治疗应用	整合时间身份规范与促神经因子过表达以提高重编程效率并扩大从重编程哺乳动物胶质细胞生成的神经元亚型范围	NA	探讨哺乳动物神经祖细胞时间身份的调控机制及其在神经再生治疗中的潜在应用	哺乳动物神经祖细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
35	2025-06-14	Cancer-associated fibroblasts in breast cancer in the single-cell era: Opportunities and challenges 2025-04, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189291 PMID:40024607	综述	本文探讨了乳腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）在单细胞时代的机遇与挑战	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术对CAFs进行高分辨率分析，揭示其异质性及不同亚群的特异性表型和功能	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探索CAFs在乳腺癌中的分群及其相关生物标志物，强调它们在疾病进展中的作用和靶向治疗的潜力	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
36	2025-06-12	The Lung Is Not a Primary Site of Platelet Biogenesis 2025-Apr-30, Physiological research IF:1.9Q3 PMID:40432441	research paper	该研究探讨了肺部是否是血小板（PLT）生成的主要场所，并通过多种实验方法在不同物种中进行了验证	首次通过多种实验方法（包括自动血液分析仪、免疫组化染色和单细胞RNA测序）在不同物种中系统评估了肺部血小板生成的能力	研究样本量有限，且不同物种间的比较可能受到生物学差异的影响	验证肺部是否是血小板生成的主要场所	人类、大鼠、兔子和小鼠的血液、骨髓和肺部巨核细胞	NA	NA	自动血液分析仪、免疫组化染色、单细胞RNA测序	NA	血液参数、组织切片、RNA序列数据	人类（n=24，n=93）、大鼠（n=20，n=19）、兔子（n=19）、小鼠（未明确数量）
37	2025-06-12	Nintedanib improves bleomycin-induced pulmonary fibrosis by inhibiting the Clec7a/SPP1 pathway in interstitial macrophages 2025-Apr, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111635 PMID:39892726	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和RNA-seq数据分析，揭示了尼达尼布通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a/SPP1通路改善肺纤维化的新机制	首次发现尼达尼布通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a/SPP1通路减轻肺纤维化，并鉴定NFκB为该过程中的关键转录因子	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究尼达尼布治疗特发性肺纤维化的分子机制	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型和间质巨噬细胞	分子病理学	肺纤维化	单细胞测序、RNA-seq、Monocle2、Cellchat、Scenic	动物模型（小鼠）	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
38	2025-06-11	Single-cell sequencing systematically analyzed the mechanism of Emdogain on the restoration of delayed replantation periodontal membrane 2025-04-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00345-5 PMID:40246878	研究论文	本研究通过单细胞测序系统分析了Emdogain（EMD）在延迟再植牙周膜修复中的作用机制	首次在单细胞分辨率下揭示EMD促进牙周膜修复的细胞和分子机制，并发现Vtn+成纤维细胞在组织再生中的关键作用	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究EMD促进牙周膜修复的细胞和分子机制	大鼠延迟再植牙模型	数字病理学	牙周疾病	单细胞测序、Micro-CT、HE染色、TRAP染色、免疫荧光染色	NA	单细胞测序数据、影像数据	大鼠延迟再植牙模型（具体数量未明确说明）
39	2025-06-10	Pan-cancer Analysis Identified Ectopic RUNX1T1 Associated with Lineage Plasticity 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.18.649575 PMID:40488132	研究论文	通过泛癌分析发现异位RUNX1T1与谱系可塑性相关	首次利用HOX代码量化癌症细胞的谱系可塑性，并识别出RUNX1T1作为泛癌标记物和谱系可塑性的关键介质	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证RUNX1T1的功能机制	研究癌症谱系可塑性的分子标记及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用	114种癌症类型的80,000多个RNA测序样本	生物信息学	泛癌（包括前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病）	RNA测序（包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq）	NA	RNA测序数据	超过80,000个RNA测序样本
40	2025-06-09	Ectopic Expansion of Pulmonary Vasculature in Fibrotic Lung Disease and Lung Adenocarcinoma Marked by Proangiogenic COL15A1+ Endothelial Cells 2025-Apr, Pulmonary circulation IF:2.2Q3 DOI:10.1002/pul2.70102 PMID:40463493	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了多种进行性间质性肺疾病（ILD）和非小细胞肺癌（NSCLC）中血管内皮细胞（EC）群体的共同和独特特征	识别了在ILD和NSCLC中扩展的两种EC亚型'Bronch-1'和'Bronch-2'，并发现支气管循环的扩张是ILD和NSCLC中血管细胞组成的最显著变化之一	样本量相对较小，特别是NSCLC样本仅有8例	比较多种肺疾病中血管内皮细胞群体的特征，探索支气管血管在疾病进展中的作用	健康肺组织、间质性肺疾病（ILD）、慢性阻塞性肺疾病（COPD）和非小细胞肺癌（NSCLC）患者	digital pathology	lung cancer, idiopathic pulmonary fibrosis	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	健康肺组织59例，ILD 97例，COPD 22例，NSCLC 8例