单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-24	AI-based phenotyping of hepatic fiber morphology to inform molecular alterations in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025-Apr-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001360 PMID:40262132	研究论文	利用AI技术对代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的肝纤维形态进行表型分析，以揭示其分子改变	开发了基于AI的FibroNest算法，用于量化肝纤维形态表型，并发现这些表型能更敏感地捕捉MASLD相关分子改变	样本量较小（94例肝活检），且仅部分样本（13%）同时患有HCC	全面表征MASLD中肝纤维形态表型及其相关分子改变	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	多层组学分析、空间单细胞转录组（CosMx）	FibroNest算法	肝活检图像、转录组数据	94例MASLD患者的肝活检样本（其中12例并发HCC）
22	2025-07-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019 PMID:39755116	研究论文	该研究探讨了谷胱甘肽在植物细胞周期和细胞重编程中的作用	发现谷胱甘肽通过缩短G1期加速细胞分裂和重编程，并提出了一个模型解释其在伤口附近的细胞周期调控机制	研究仅限于拟南芥根部细胞，尚未在其他植物或组织中验证	研究细胞周期在细胞重编程中的作用	拟南芥根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	NA
23	2025-07-24	Integrating short-read and long-read single-cell RNA sequencing for comprehensive transcriptome profiling in mouse retina 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279167.124 PMID:40050124	研究论文	本文通过整合短读长和长读长单细胞RNA测序技术，对小鼠视网膜进行了全面的转录组分析	开发了一种结合短读长和长读长测序技术的方法，显著提高了转录异构体的识别能力，发现了大量先前未表征的转录异构体	研究仅限于小鼠视网膜细胞，结果在人类或其他组织中的适用性尚需验证	建立一种高效方法来表征组织样本中的转录异构体	小鼠视网膜细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（短读长Illumina测序和长读长Oxford Nanopore测序）	NA	RNA测序数据	约30,000个小鼠视网膜细胞，包含15.4亿条Illumina短读长和14亿条Oxford Nanopore长读长数据
24	2025-07-24	A simplified preparation method for single-nucleus RNA-sequencing using long-term frozen brain tumor tissues 2025-Apr-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97053-9 PMID:40229354	研究论文	本文优化了一种从长期冷冻的儿童胶质瘤组织中分离完整细胞核的方法，用于单核RNA测序	提出了一种快速、简单且低成本的细胞核分离方案，适用于冷冻脑肿瘤组织，并改进了3'测序文库以包含更短的RNA片段	方法主要针对冷冻脑肿瘤组织，可能不适用于其他类型的组织或新鲜样本	优化单核RNA测序方法，以研究罕见肿瘤实体	长期冷冻的儿童胶质瘤组织	数字病理学	脑肿瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA序列数据	冷冻的原发性胶质瘤组织
25	2025-07-24	Long-lasting B cell convergence to distinct broadly reactive epitopes following vaccination with chimeric influenza virus hemagglutinins 2025-Apr-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.025 PMID:40132593	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和B细胞受体库测序，确定了嵌合血凝素（cHA）疫苗接种诱导的B细胞的特异性、功能和亚群	研究发现cHA疫苗能够诱导B细胞对血凝素茎部保守区域的广泛中和表位产生持久的反应，并重塑HA特异性记忆B细胞池	研究仅基于一期临床试验数据，样本量和长期效果需要进一步验证	评估嵌合血凝素疫苗诱导的B细胞反应的特异性和持久性	接种cHA疫苗的受试者的B细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序，B细胞受体库测序	NA	RNA序列数据	一期临床试验的受试者
26	2025-07-24	Expansion of OSMR expression and signaling in the human dorsal root ganglion links OSM to neuropathic pain 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645611 PMID:40236060	研究论文	该研究探讨了OSM-OSMR信号在人类背根神经节(DRG)中的表达及其与神经病理性疼痛的关联	揭示了OSM通过MAPK信号通路直接激活人类感觉神经元的新机制，并发现OSM单独即可诱导与疼痛相关的转录组特征	研究主要基于体外实验和测序数据，需要更多体内实验验证	探究OSM-OSMR信号通路在人类神经病理性疼痛中的作用机制	人类背根神经节(hDRG)组织及培养的神经元	神经生物学	神经病理性疼痛	RNA测序(RNA-seq)、单核RNA测序(single-nuclei RNA-seq)、单细胞RNA测序(single-cell RNA-seq)、CRISPR编辑、免疫组化、膜片钳电生理	NA	基因表达数据、电生理数据	来自神经病理性疼痛患者的hDRG组织
27	2025-07-23	Single cell RNA sequencing of haematopoietic cells in fresh and frozen human atheroma tissue 2025-Apr-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf014 PMID:39907372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了新鲜和冷冻保存的人类动脉粥样硬化组织中造血细胞的活性和转录组特征	首次评估了冷冻保存对脆弱和坏死动脉粥样硬化组织中造血细胞转录组分析的影响，证明了冷冻保存样本可用于大规模生物样本库	研究中观察到颈动脉样本中LYVE1+巨噬细胞的缺失，可能是由于动脉内膜切除术中丢失了外膜层	评估冷冻保存对人类动脉粥样硬化组织中造血细胞单细胞RNA测序结果的影响	人类动脉粥样硬化组织中的造血细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 10× Genomics工作流程	NA	RNA测序数据	5对新鲜和冷冻保存的动脉粥样硬化样本(3个来自冠状动脉，2个来自颈动脉)
28	2025-07-23	Investigative needle core biopsies support multimodal deep-data generation in glioblastoma 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58452-8 PMID:40295505	研究论文	本研究探讨了在胶质母细胞瘤（GBM）中，利用常规立体定向针芯活检进行多组学分析的可行性和效用	展示了从常规立体定向针芯活检中生成深度数据的可能性，并进行了高分辨率的多组学分析，包括单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、T细胞克隆型分析和MHC I类免疫肽组学	研究样本量未明确说明，且立体定向活检用于监测治疗反应的效用仍需进一步验证	评估立体定向活检在胶质母细胞瘤治疗反应监测中的可行性和数据生成潜力	胶质母细胞瘤（GBM）患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、T细胞克隆型分析、MHC I类免疫肽组学	NA	多组学数据	NA
29	2025-07-23	Single-cell and spatial detection of senescent cells using DeepScence 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.21.568150 PMID:38045252	研究论文	开发了一种基于深度神经网络的DeepScence方法，用于在单细胞和空间转录组数据中准确识别衰老细胞	提出了DeepScence方法，结合了CoreScence基因集，能够准确识别单细胞和空间转录组数据中的衰老细胞，性能优于现有方法	NA	研究衰老细胞的空间和分子特征	衰老细胞	生物信息学	NA	单细胞转录组测序，空间转录组测序	深度神经网络	单细胞基因表达数据，空间转录组数据	NA
30	2025-07-23	Single cell RNA sequencing after moderate traumatic brain injury: effects of therapeutic hypothermia 2025-Apr-18, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03430-6 PMID:40251570	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了中度创伤性脑损伤后治疗性低温对多种细胞类型特异性转录反应的影响	首次在中度创伤性脑损伤模型中应用单细胞RNA测序技术，全面评估治疗性低温对不同细胞亚型的转录调控作用	研究仅观察了损伤后24小时的短期效应，缺乏长期疗效评估	探究治疗性低温对创伤性脑损伤后细胞特异性分子机制的影响	C57BL/6小鼠的脑皮质组织	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	使用C57BL/6小鼠建立的中度控制性皮质冲击损伤模型
31	2025-07-23	An atlas of single-cell eQTLs dissects autoimmune disease genes and identifies novel drug classes for treatment 2025-Apr-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100820 PMID:40154479	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和GWAS数据，构建了一个单细胞eQTL图谱，用于解析自身免疫疾病基因并识别新的治疗药物类别	提出了一个联合模型JOBS，将批量组织eQTLs作为组成细胞类型sc-eQTLs的加权和，显著提高了eQTL的检测能力，并开发了一个药物再利用流程	sc-eQTL数据集规模相对较小，可能影响模型的全面性和准确性	提高eQTL检测能力并解析自身免疫疾病基因，识别新的治疗药物	单细胞RNA测序数据和GWAS数据	基因组学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), GWAS	JOBS模型	基因组数据	OneK1K和eQTLGen数据集
32	2025-07-23	Comparison of Lean, Obese, and Weight-Loss Models Reveals TREM2 Deficiency Attenuates Breast Cancer Growth Uniquely in Lean Mice and Alters Clonal T-cell Populations 2025-Apr-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3511 PMID:39841585	研究论文	本研究通过比较瘦、肥胖和减重小鼠模型，探讨了TREM2缺陷在不同体重历史条件下对绝经后乳腺癌生长的影响	揭示了TREM2缺陷在瘦小鼠中独特地抑制乳腺癌生长，并改变了克隆T细胞群，同时发现体重历史影响TREM2抑制和抗PD-1治疗的效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探讨肥胖与乳腺癌关联的机制以及减重的潜在益处，为治疗策略提供信息	瘦、肥胖和减重小鼠模型中的绝经后乳腺癌	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、可变-多样性-连接测序（VDJ测序）	小鼠模型	基因表达数据、免疫细胞数据	不同体重历史条件的小鼠模型
33	2025-07-23	EcDNA-borne PVT1 fusion stabilizes oncogenic mRNAs 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646515 PMID:40236070	research paper	该研究揭示了ecDNA扩增通过结构变异产生致癌基因融合转录本的机制，特别是PVT1基因的5'区域作为致癌基因mRNA稳定剂的作用	首次发现ecDNA的结构变异导致基因融合，特别是PVT1基因5'区域与致癌基因的融合，并通过与SRSF1蛋白的相互作用增强RNA稳定性	研究主要关注PVT1基因的融合机制，可能未涵盖其他ecDNA介导的致癌机制	探究ecDNA扩增在癌症中的驱动机制及其对致癌基因表达的影响	人类癌症中的ecDNA扩增及其产生的基因融合	癌症基因组学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
34	2025-07-23	Excitatory synaptic transmission is differentially modulated by opioid receptors along the claustro-cingulate pathway 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646444 PMID:40236172	research paper	该研究探讨了阿片受体如何调节CLA-ACC回路中的谷氨酸能信号传导	揭示了KOR、MOR和DOR阿片受体在CLA-ACC通路中对兴奋性突触传递的差异化调节作用，特别是KOR的独特作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	研究阿片受体对CLA-ACC神经回路中兴奋性突触传递的调节机制	小鼠的CLA-ACC神经回路	神经科学	NA	空间转录组学、切片电生理学、光遗传学、药理学方法	NA	电生理数据	小鼠样本（具体数量未提及）
35	2025-07-23	Evidence of off-target probe binding in the 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel compromises accuracy of spatial transcriptomic profiling 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646342 PMID:40236200	研究论文	本文研究了10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的脱靶探针结合问题，并开发了OPT软件工具来识别脱靶结合	开发了Off-target Probe Tracker (OPT)软件工具来识别脱靶探针结合，并验证了其对空间转录组数据准确性的影响	研究仅针对10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的280个基因，可能不适用于其他基因面板	评估空间转录组技术中探针特异性对基因表达谱准确性的影响	10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的探针	空间转录组学	乳腺癌	空间转录组技术，单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	280个基因的面板，使用先前发表的Xenium乳腺癌数据集进行验证
36	2025-07-23	Crosstalk Signaling Between the Epithelial and Non-Epithelial Compartments of the Mouse Inner Ear 2025-Apr, Journal of the Association for Research in Otolaryngology : JARO DOI:10.1007/s10162-025-00980-7 PMID:40080263	research paper	本研究探讨了小鼠内耳中上皮和非上皮间充质细胞之间的信号传导及其在耳石器发育中的作用	揭示了新生小鼠耳石器中上皮和非上皮细胞群之间通过TGFβ和多效蛋白途径的定量信号传导	研究仅聚焦于出生后第4天和第6天的小鼠耳石器，可能无法完全代表整个发育过程	探索内耳非上皮间充质细胞与感觉上皮的相互作用及其在耳石器发育中的角色	新生小鼠耳石器中的上皮和非上皮细胞群	neuroscience	NA	Smart-seq2单细胞RNA测序、免疫组织化学、定量多重原位杂交	NA	单细胞RNA测序数据、图像数据	955个细胞（来自出生后第4天和第6天的小鼠耳石器）
37	2025-07-23	The dynamic and diverse nature of parenchyma cells in the Arabidopsis root during secondary growth 2025-04, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-01938-6 PMID:40140531	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和谱系追踪技术，揭示了拟南芥根在次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能	首次结合单细胞RNA测序与谱系追踪技术，重建了拟南芥根次生生长过程中细胞类型的发育轨迹，发现了20种不同的细胞类型或状态，其中许多是先前未被描述的	研究仅针对拟南芥根，可能不适用于其他植物或组织	探究拟南芥根在次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能	拟南芥根的薄壁细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序分析、谱系追踪	NA	RNA测序数据	93个报告基因系
38	2025-07-23	Transcriptional profiles of mouse oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2025-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00840-2 PMID:40164771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探究了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录组变化	创建了Matn4-mEGFP转基因小鼠品系，并首次在单细胞水平上揭示了OPCs在不同状态下的转录组变化，特别是HIF-1α和WNT通路的激活	研究主要集中在小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的增殖和分化能力	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	Matn4-mEGFP转基因小鼠品系在不同年龄阶段的OPCs
39	2025-07-23	MYB74 transcription factor guides de novo specification of epidermal cells in the abscission zone of Arabidopsis 2025-04, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-01976-0 PMID:40181105	研究论文	本文揭示了MYB74转录因子在拟南芥脱落区表皮细胞新生过程中的关键作用	首次发现非表皮残留细胞(RECs)通过转分化形成表皮细胞的三个阶段，并鉴定出转录因子MYB74在该过程中的核心调控作用	未明确比较这种新生表皮机制与伤口愈合途径的具体优势差异	探究植物脱落区表皮细胞新生的分子机制及其生物学意义	拟南芥脱落区的非表皮残留细胞(RECs)	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为拟南芥脱落区细胞
40	2025-07-22	The dynamic immune behavior of primary and metastatic ovarian carcinoma 2025-Apr-25, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00818-8 PMID:40281242	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，探讨了高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中导致免疫抑制的分子机制	结合单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了HGSC中原发肿瘤与网膜肿瘤在免疫微环境中的差异，以及上皮细胞与免疫细胞间的交叉通讯在免疫抑制中的作用	研究未涉及其他类型的卵巢癌，且样本来源可能限制了结果的普遍性	揭示HGSC中免疫抑制的分子机制，为免疫调节药物的临床试验设计提供依据	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的原发肿瘤和网膜肿瘤	癌症研究	卵巢癌	单细胞测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量