单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-04-29	Discovery of Genomic Targets and Therapeutic Candidates for Liver Cancer Using Single-Cell RNA Sequencing and Molecular Docking 2025-Apr-17, Biology DOI:10.3390/biology14040431 PMID:40282296	研究论文	利用单细胞RNA测序和分子对接技术发现肝癌的基因组靶点和治疗候选药物	结合单细胞RNA测序和分子对接技术，识别了36个与肝癌密切相关的hub-of-hub基因，并提出了10种潜在的治疗药物	研究依赖于有限的单细胞RNA测序数据集，且分子对接结果的临床有效性需进一步验证	揭示肝癌的基因组特征并发现潜在的治疗药物	肝癌的基因组特征和治疗药物	基因组学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	NA	单细胞RNA测序数据	四个单细胞RNA测序数据集
362	2025-04-29	G0S2 Promotes PD-L1 Expression in Monocytes and Influences the Efficacy of PD-1 Inhibitors in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-13, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16040448 PMID:40282408	研究论文	本研究探讨了G0S2在肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中调控单核细胞PD-L1表达的作用及其对PD-1抑制剂疗效的影响	首次揭示了G0S2通过上调单核细胞中的PD-L1表达抑制T细胞活性，从而导致HCC患者对PD-1抑制剂产生耐药性的机制	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏大规模临床样本验证	阐明G0S2在HCC免疫治疗耐药中的作用机制	肝细胞癌患者和THP-1单核细胞系	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞测序、免疫组化、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	HCC患者单细胞测序数据库样本、肝癌组织及癌旁组织样本、PBMCs样本
363	2025-04-29	Reduction in Liver Cancer Risk by Quercetin via Modulation of Urate Levels: Insights from Drug-Target Mendelian Randomization 2025-Apr-13, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16040449 PMID:40282409	研究论文	通过药物靶点孟德尔随机化方法，研究槲皮素通过调节尿酸水平降低肝癌风险的机制	首次利用药物靶点孟德尔随机化方法揭示槲皮素通过ABCG2介导的尿酸调节降低肝癌风险的分子机制	研究主要基于公共数据库的GWAS汇总数据，缺乏实验验证	探究槲皮素作为膳食补充剂预防肝脏疾病的潜在机制	肝癌（肝细胞癌和胆管癌）及肝纤维化	生物信息学	肝癌	药物靶点孟德尔随机化、单细胞转录组分析、免疫浸润分析	孟德尔随机化模型	GWAS汇总数据、单细胞RNA测序数据	公共数据库GWAS数据（如MRC-IEU）和GEO数据集（GSE138709、GSE179443）
364	2025-04-29	The effect of TIGIT and PD1 expression on T cell function and prognosis in adult patients with acute myeloid leukemia at diagnosis 2025-Apr-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04024-0 PMID:40214805	research paper	研究TIGIT和PD1在急性髓系白血病（AML）患者T细胞中的表达对T细胞功能及预后的影响	首次探讨了TIGIT在新诊断AML患者骨髓T细胞中的预后意义，并揭示了TIGIT+PD1+ CD8+ T细胞的高耗竭状态与不良预后的关联	样本量较小（71例AML患者和31例健康供者），且仅进行了体外T细胞活化实验	评估TIGIT和PD1在AML患者T细胞中的表达及其对T细胞功能和预后的影响	71例新诊断AML患者和31例健康供者的骨髓样本	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	71例AML患者和31例健康供者的骨髓样本，其中15例AML患者和6例健康供者进行了体外T细胞活化实验，3例AML患者进行了scRNA-seq
365	2025-04-29	SIRPα + CD209 + cell: a specialized antigen-presenting cell that contributes to anti-SIRPα/RT therapy in colorectal cancer 2025-Apr-10, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04025-z PMID:40208335	研究论文	本研究探讨了SIRPα + CD209 + 细胞在结直肠癌免疫调节中的作用及其与放疗的潜在协同效应	发现SIRPα + CD209 + 细胞是一种特殊的抗原呈递细胞，在结直肠癌中具有免疫调节作用，并与放疗有协同效应	研究主要基于单细胞测序和体外实验，需要更多体内实验和临床验证	探索结直肠癌中抗原呈递细胞的作用及其与放疗的协同效应	结直肠癌患者肿瘤微环境中的SIRPα + CD209 + 细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明患者数量，但包括治疗前后肿瘤微环境和外周血样本
366	2025-04-29	distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data 2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647121 PMID:40291679	research paper	该研究提出了一种名为distQTL的新方法，利用群体规模的单细胞RNA测序数据识别分布定量性状位点（distQTLs）	利用Fréchet回归方法，将完整的经验分布作为响应对象，而非简单的均值统计量，从而更精细地解析转录调控	NA	研究遗传变异如何影响基因表达，特别是在单细胞水平上的调控异质性	外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Fréchet回归	单细胞RNA测序数据	来自982名捐赠者的外周血单个核细胞
367	2025-04-29	Tff2 marks gastric corpus progenitors that give rise to pyloric metaplasia/SPEM following injury 2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.09.647847 PMID:40291734	research paper	该研究揭示了Tff2标记的胃体祖细胞在损伤后产生幽门化生/SPEM的机制	发现Tff2+祖细胞而非主细胞是SPEM的主要来源，并揭示Kras突变使这些祖细胞直接进展为不典型增生	研究主要基于小鼠模型，人类组织样本验证有限	探究胃体祖细胞在幽门化生和胃癌发生中的作用	Tff2+胃体祖细胞和主细胞	分子生物学	胃癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	Tff2-CreERT敲入小鼠模型	基因表达数据、组织学数据	小鼠模型和人类组织样本（具体数量未明确说明）
368	2025-04-29	Polymorphic tandem repeats influence cell type-specific gene expression across the human immune landscape 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.02.621562 PMID:40291654	研究论文	探讨人类基因组中高度多态性的串联重复序列（TRs）对血液细胞类型特异性基因表达的影响	首次大规模分析超过170万个多态性TR位点对血液细胞类型特异性基因表达的影响，并识别出62,000多个单细胞表达数量性状TR位点（sc-eTRs）	研究主要基于血液来源的细胞，可能无法完全代表其他组织或细胞类型的TR影响	理解串联重复序列在细胞类型特异性基因表达中的作用及其与免疫介导和血液学特征的关联	人类基因组中的串联重复序列及其对基因表达的调控	基因组学	免疫介导疾病和血液学特征	全基因组测序和单细胞RNA测序	NA	基因组和转录组数据	1,925名个体的超过540万个血液来源细胞
369	2025-04-29	Mucosal tissue NK cells tune their function between optimal anti-pathogen activity and tissue protection 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647286 PMID:40291684	研究论文	本研究揭示了黏膜组织NK细胞在阴道组织中的独特功能，即在抗病原体活性和组织保护之间进行平衡	发现了阴道组织中NK细胞的独特特征，包括减少的效应表型和增加的与组织驻留及免疫调节相关的因子，以及在稳态和炎症状态下的不同反应能力	研究主要基于人类阴道组织和小鼠模型，可能不适用于其他黏膜组织	探究黏膜组织NK细胞在抗病原体活性和组织保护之间的平衡机制	人类阴道组织和小鼠模型中的NK细胞	免疫学	HSV-2感染	scRNA-seq和高参数流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据和细胞表型数据	人类阴道组织和小鼠模型样本
370	2025-04-29	Integration of Microarray and Single-Cell RNA-Seq Data and Machine Learning Allows the Identification of Key Histone Modification Gene Changes in Spermatogonial Stem Cells 2025-Apr-08, Biology DOI:10.3390/biology14040387 PMID:40282252	研究论文	通过整合微阵列和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法，识别了精原干细胞中关键的组蛋白修饰基因变化	首次整合微阵列和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法，识别了与精原干细胞功能和衰老相关的关键组蛋白修饰基因变化	研究主要基于基因表达数据，缺乏对组蛋白修饰功能验证的实验数据	探索精原干细胞中组蛋白修饰基因的变化及其在男性生育力维持中的作用	精原干细胞(SSCs)和成纤维细胞	生物信息学	男性不育	微阵列、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、WGCNA、PPI网络分析	机器学习	基因表达数据	2509个差异表达基因(DEGs)
371	2025-04-29	High-resolution reconstruction of cell-type specific transcriptional regulatory processes from bulk sequencing samples 2025-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.02.646189 PMID:40291712	研究论文	介绍了一种名为DeepDETAILS的新型准监督框架，用于从批量测序样本中高分辨率重建细胞类型特异的转录调控过程	DeepDETAILS能够利用scATAC-seq参考库对其他批量数据集进行跨模态反卷积，实现了基对精度的细胞类型特异性基因组信号重建	NA	解决从批量基因组学数据中实现单细胞分辨率的技术挑战，以解析细胞类型特异的调控过程	人类39种不同组织和86种不同细胞类型	基因组学	原发性硬化性胆管炎(PSC)	scRNA-seq, scATAC-seq, PRO-cap, PRO-seq, ChIP-seq	深度学习	基因组测序数据	39种人类组织和86种细胞类型
372	2025-04-29	Advances in Microfluidic Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics 2025-Apr-02, Micromachines IF:3.0Q2 DOI:10.3390/mi16040426 PMID:40283301	综述	本文综述了微流控技术在单细胞RNA测序和空间转录组学领域的进展及其在多组学中的应用	强调了微流控技术在单细胞和空间多组学中的整合与改进，为组织基因表达谱的分子特征提供了新见解	讨论了微流控方法的相对优势和局限性，但未具体说明技术细节或实验验证	探讨微流控技术在单细胞和空间多组学领域的应用及其在发育、神经科学和疾病机制中的贡献	单细胞和空间多组学技术，特别是微流控芯片的应用	生物技术	NA	微流控技术，单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	分子特征数据，基因表达谱	NA
373	2025-04-29	Elucidating the Role of Trem2 in Lipid Metabolism and Neuroinflammation 2025-Apr, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70338 PMID:40205810	研究论文	本研究探讨了Trem2在阿尔茨海默病（AD）中脂质代谢和神经炎症中的作用	首次整合单细胞RNA测序、转录组学和高通量代谢组学分析Trem2在星形胶质细胞中的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类AD中的直接相关性需要进一步验证	阐明Trem2在AD中调控脂质代谢和神经炎症的分子机制	AD小鼠模型中的星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, 转录组学, 高通量代谢组学	AD小鼠模型	基因表达数据, 代谢组数据	未明确说明样本数量
374	2025-04-29	Microglia-Derived IL-6 Promotes Müller Glia Reprogramming and Proliferation in Zebrafish Retina Regeneration 2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.4.67 PMID:40266594	研究论文	本研究探讨了斑马鱼视网膜再生中微胶质细胞衍生的IL-6在Müller胶质细胞重编程和增殖中的作用	揭示了IL-6通过Jak1-Stat3信号通路促进Müller胶质细胞状态转变和增殖的新机制	研究结果主要基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性尚需验证	探索斑马鱼视网膜再生中Stat3激活因子IL-6的表达和功能	斑马鱼视网膜中的微胶质细胞和Müller胶质细胞	神经再生	视网膜损伤	单细胞RNA测序(scRNAseq)、PCR、EdU标记、谱系追踪和免疫染色	斑马鱼模型	基因表达数据、细胞增殖数据	使用mpeg1:nsfb-mcherry转基因斑马鱼进行微胶质细胞消融实验
375	2025-04-27	Enhanced Translational Activity Is Linked to Lymphatic Endothelial Cell Activation in Cutaneous Leishmaniasis 2025-Apr-25, Lymphatic research and biology IF:1.6Q4 DOI:10.1089/lrb.2024.0080 PMID:40279249	research paper	本研究通过单细胞RNA测序、流式细胞术和嘌呤霉素掺入技术，揭示了皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞（LECs）的转录和翻译活动增强现象	首次发现LECs在皮肤利什曼病病灶中表现出增强的翻译活性和抗原呈递能力，揭示了其在炎症性皮肤病中的潜在免疫调节作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的免疫激活状态及其功能	感染利什曼原虫的小鼠皮肤淋巴管内皮细胞	免疫学	皮肤利什曼病	单细胞RNA测序、流式细胞术、嘌呤霉素掺入技术	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	感染小鼠与对照小鼠的皮肤组织样本
376	2025-04-27	The Genomics of Aging at the Single-Cell Scale 2025-Apr-25, Annual review of genomics and human genetics IF:7.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genom-120523-024422 PMID:40279573	review	本文综述了单细胞测序技术在研究衰老相关细胞变化中的应用，总结了近期关于衰老对哺乳动物器官中细胞类型特异性群体影响的研究	系统总结了衰老对哺乳动物全身细胞类型特异性群体的影响，填补了衰老相关系统功能障碍细胞基础的知识空白	缺乏对衰老如何影响整个哺乳动物生物体中细胞类型特异性群体的系统性理解	阐明衰老的细胞基础，为衰老及衰老相关疾病提供潜在治疗靶点	哺乳动物器官中的细胞类型特异性群体	基因组学	老年疾病	单细胞测序技术	NA	基因组数据	NA
377	2025-04-27	Transcriptomics, single-cell sequencing and spatial sequencing-based studies of cerebral ischemia 2025-Apr-24, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02596-2 PMID:40275374	综述	本文综述了基于转录组学、单细胞测序和空间测序的脑缺血研究进展	整合多层次的转录组学数据（包括转录组学、单细胞转录组学和空间转录组学）来揭示脑缺血的分子机制	NA	全面理解脑缺血的病理生理过程并寻找新的治疗策略	脑缺血的分子机制	转录组学	脑缺血	转录组学、单细胞测序、空间测序	NA	转录组数据	NA
378	2025-04-27	Cellular immunotherapy targeting CLL-1 for juvenile myelomonocytic leukemia 2025-Apr-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59040-6 PMID:40268927	研究论文	本研究开发了一种针对CLL-1的细胞免疫疗法，用于治疗青少年粒单核细胞白血病（JMML）	首次利用CLL-1 CAR T细胞（CLL1CART）进行JMML的临床前测试，并报告了其体外和体内的抗白血病活性	研究尚处于临床前阶段，未进行临床试验	开发针对青少年粒单核细胞白血病（JMML）的新型免疫疗法	青少年粒单核细胞白血病（JMML）患者细胞	细胞免疫治疗	青少年粒单核细胞白血病	批量RNA测序、单细胞RNA测序、质谱分析、流式细胞术	CAR T细胞	RNA测序数据、质谱数据、流式细胞数据	未明确提及样本数量，但涉及JMML患者细胞
379	2025-04-27	Gene regulatory networks analysis for the discovery of prognostic genes in gliomas 2025-Apr-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98542-7 PMID:40269178	研究论文	通过分析胶质瘤的基因调控网络，发现与预后相关的关键基因	首次在胶质瘤中重建基因调控网络，并鉴定出与预后相关的关键基因，如GAS2L3、HOXD13和OTP	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和数据处理方法的限制	发现胶质瘤中的预后基因并解析其基因调控网络	胶质瘤患者和胶质瘤细胞	生物信息学	胶质瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	弹性网络正则化, Cox回归	基因表达数据	989例原发性胶质瘤样本（来自TCGA和CGGA数据库）和201,986个单细胞
380	2025-04-27	In-depth single-cell transcriptomic exploration of the regenerative dynamics in stony coral 2025-Apr-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08089-6 PMID:40269231	研究论文	通过单细胞转录组测序等技术深入研究了石珊瑚的再生动态	首次在石珊瑚中鉴定了11个功能特异性细胞簇，并揭示了表皮细胞向钙化细胞分化的过程	珊瑚快速再生的时间限制尚未完全解决	探索珊瑚再生的分子机制以促进珊瑚生长	快速生长的石珊瑚Acropora muricata	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、批量RNA测序、高分辨率显微计算机断层扫描	NA	转录组数据、影像数据	未明确说明样本数量，但研究了伤后2-4周的关键再生阶段