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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2025-10-07 |
LAMA4+ CD90+ eCAFs provide immunosuppressive microenvironment for liver cancer through induction of CD8+ T cell senescence
2025-Apr-28, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02162-7
PMID:40289085
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据,揭示了LAMA4+ CD90+ eCAFs通过诱导CD8+ T细胞衰老为肝癌提供免疫抑制微环境的机制 | 首次鉴定出与不良预后相关的CD90+ eCAFs亚型,并阐明其通过LAMA4-ITGA6信号轴诱导CD8+ T细胞衰老的新机制 | 对CAFs亚型的功能理解仍有限,需要进一步研究其他CAFs亚型的作用 | 探究肝癌微环境中癌症相关成纤维细胞与免疫细胞的相互作用机制 | 肝癌患者样本和自发性小鼠肝癌模型 | 肿瘤免疫学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, siRNA转染, Western blot, 流式细胞术 | 自发性小鼠肝癌模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞功能数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |
| 362 | 2025-10-07 |
Transcriptomic characterization of transitioning cell types in the skin of Atlantic salmon
2025-Apr-28, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02196-w
PMID:40289111
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术表征了大西洋鲑皮肤中推定间充质基质细胞在伤口愈合过程中的转录组特征 | 首次绘制了伤口愈合过程中推定分化间充质基质细胞亚群的转录组活性图谱,揭示了不同MSC亚群的空间生态位 | 研究仅针对大西洋鲑,结果可能不适用于其他鱼类物种 | 表征大西洋鲑皮肤中推定间充质基质细胞在健康和伤口愈合状态下的转录组特征 | 大西洋鲑皮肤中的推定间充质基质细胞(成纤维细胞样成体干细胞) | 空间转录组学 | 伤口愈合 | 单细胞核测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 363 | 2025-10-07 |
E3 ubiquitin ligase TRIM38 regulates macrophage polarization to reduce hepatic inflammation by interacting with HSPA5
2025-Apr-28, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114662
PMID:40300357
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研究论文 | 本研究探讨了E3泛素连接酶TRIM38通过调控巨噬细胞极化减轻肝脏炎症的分子机制 | 首次揭示TRIM38通过与HSPA5相互作用并介导其K63依赖性泛素化来稳定HSPA5,从而促进M2巨噬细胞极化 | TRIM38在肝脏其他细胞类型中的作用及其在MASLD不同阶段的具体调控机制仍需进一步研究 | 探究巨噬细胞TRIM38在代谢性肝病中的作用,寻找控制炎症的关键靶点 | 巨噬细胞极化、肝脏炎症、代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD) | 分子生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞RNA测序、分子相互作用分析、泛素化检测 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | MASLD患者的肝脏巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 364 | 2025-10-07 |
InSituCor: exploring spatially correlated genes conditional on the cell type landscape
2025-Apr-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03554-1
PMID:40275395
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研究论文 | 开发了InSituCor工具包,用于在考虑细胞类型分布的条件下探索空间转录组数据中的空间相关基因 | 能够发现无法用已知细胞类型分布解释的空间基因相关性,避免了传统方法中因细胞类型空间排列导致的伪相关 | NA | 开发空间转录组数据分析工具,识别真正有生物学意义的空间基因相关性 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 365 | 2025-10-07 |
Comprehensive immunogenomic landscape analysis unveils CD33 + myeloid cell-driven immunomodulatory signatures in melanoma development
2025-Apr-16, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.155981
PMID:40300524
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研究论文 | 通过整合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术,系统揭示了CD33+髓系细胞在黑色素瘤发展中的免疫调节作用 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序,系统阐明CD33+髓系细胞通过补体级联和趋化因子信号通路驱动黑色素瘤免疫微环境失调的机制 | 研究主要基于遗传关联分析和计算反卷积,需要进一步实验验证CD33+髓系细胞的具体功能机制 | 探索免疫细胞群体与癌症发展之间的因果关系,特别关注黑色素瘤中的免疫调节特征 | 612种免疫细胞特征和91种癌症类型的全基因组关联研究数据,黑色素瘤样本中的髓系细胞亚群 | 计算生物学 | 黑色素瘤 | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 计算反卷积分析 | NA | 基因组关联数据, 单细胞RNA测序数据, 癌症基因组图谱数据 | 612种免疫细胞特征和91种癌症类型的GWAS数据,TCGA黑色素瘤队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 366 | 2025-10-07 |
Cross-Species Multi-Omics Analysis Reveals Myeloid-Driven Endothelial Oxidative Stress in Ischemic Stroke
2025-Apr-16, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL37429
PMID:40302336
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研究论文 | 通过跨物种多组学分析揭示了缺血性卒中中髓系细胞驱动的内皮氧化应激机制 | 首次整合人类和小鼠模型的多种组学数据,系统揭示了髓系细胞与内皮细胞代谢重编程在血脑屏障破坏中的协同作用 | 研究主要基于动物模型和体外实验,需要进一步的人类临床验证 | 探究缺血性卒中中外周与中枢免疫反应的相互作用机制 | 人类和小鼠缺血性卒中模型,包括外周血和脑组织样本 | 生物信息学 | 缺血性卒中 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术, scMetabolism分析 | 计算分析模型 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 人类和小鼠缺血性卒中模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 367 | 2025-10-07 |
Multiomics Analysis Reveals Neuroblastoma Molecular Signature Predicting Risk Stratification and Tumor Microenvironment Differences
2025-Apr-04, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00882
PMID:39762147
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研究论文 | 通过多组学分析构建神经母细胞瘤分子标志物模型,用于风险分层和肿瘤微环境差异评估 | 首次整合多组学数据识别关键枢纽基因,构建恶性亚群1相关特征(MSRS),并发现PLK1作为关键治疗靶点 | 未明确说明样本规模和验证队列的具体细节 | 开发神经母细胞瘤精准风险分类器和探索肿瘤微环境差异 | 神经母细胞瘤患者样本和肿瘤微环境 | 生物信息学 | 神经母细胞瘤 | 多组学分析, 单细胞转录组测序 | 分子特征模型 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 368 | 2025-10-07 |
Spatially Resolved Tumor Ecosystems and Cell States in Gastric Adenocarcinoma Progression and Evolution
2025-Apr-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0605
PMID:39774838
|
研究论文 | 通过整合胃癌的空间转录组和单细胞RNA测序数据,揭示肿瘤内空间异质性与不同免疫微环境的关联 | 发现两种独立的进化轨迹,并识别肿瘤-基质界面作为独特的肿瘤生态状态 | NA | 研究胃腺癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态 | 多个胃癌样本 | 空间转录组学 | 胃癌 | 空间转录组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | GeoMx Digital Spatial Profiler | NA |
| 369 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway
2025-Apr, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-024-06341-y
PMID:39694915
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现内皮细胞来源的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me通路促进小鼠胰腺β细胞增殖 | 首次揭示内皮细胞来源的HBEGF通过Kmt5a-H4K20me信号通路调控β细胞增殖的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探索调控生理性β细胞增殖的细胞内和细胞外信号通路 | 小鼠胰腺β细胞、内皮细胞、小鼠和大鼠β细胞系、原代小鼠胰岛 | 单细胞组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 体外功能验证 | CellChat | 单细胞转录组数据 | 43,724个胰岛内分泌和非内分泌细胞,其中15,569个β细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 370 | 2025-10-07 |
MicroRNA-mediated Ets1 repression in retinal endothelial cells: A novel anti-angiogenic mechanism in nonproliferative diabetic retinopathy
2025-Apr, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.16182
PMID:39777974
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研究论文 | 本研究通过microRNA测序和单细胞测序分析,揭示了非增殖性糖尿病视网膜病变中一种新型microRNA通过抑制Ets1介导的抗血管生成机制 | 发现了一种靶向Ets1的新型microRNA在NPDR患者血浆中上调,并揭示了其在视网膜内皮细胞中的抗血管生成作用机制 | 研究样本量有限,主要基于病例对照设计,需要更大规模研究验证 | 探索非增殖性糖尿病视网膜病变中血管生成的调控机制 | 2型糖尿病患者(伴有和不伴有NPDR)的血浆和视网膜样本,以及小鼠和大鼠模型的视网膜细胞 | 分子生物学 | 糖尿病视网膜病变 | microRNA测序, 单细胞测序 | NA | 测序数据 | 2型糖尿病患者病例对照样本 | NA | 单细胞测序, microRNA测序 | NA | NA |
| 371 | 2025-10-07 |
Machine learning analysis of FOSL2 and RHoBTB1 as central immunological regulators in knee osteoarthritis synovium
2025-Apr, The Journal of international medical research
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/03000605251333646
PMID:40287984
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研究论文 | 通过机器学习分析膝骨关节炎滑膜中的关键免疫调节基因FOSL2和RHoBTB1 | 首次结合多种机器学习算法和单细胞RNA测序技术系统鉴定膝骨关节炎滑膜中的核心免疫调节基因 | 需要进一步的研究验证这些基因在膝骨关节炎中的确切作用和治疗潜力 | 探索膝骨关节炎滑膜的分子机制和免疫调节机制 | 膝骨关节炎滑膜组织、小鼠模型 | 机器学习 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、机器学习算法、基因组关联分析 | LASSO、支持向量机 | 基因表达数据 | GSE55235和GSE51588数据集,膝骨关节炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 372 | 2025-10-07 |
scPEDSSC: proximity enhanced deep sparse subspace clustering method for scRNA-seq data
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012924
PMID:40294099
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研究论文 | 提出一种基于邻近性增强的深度稀疏子空间聚类方法scPEDSSC,用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 采用基于两部分广义伽马分布的深度自编码器学习自表达矩阵,并结合其二阶幂生成相似度矩阵 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类分析中的高维度、噪声和稀疏性挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度自编码器, 稀疏子空间聚类 | 基因表达数据 | 12个真实生物数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 373 | 2025-10-07 |
Single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal the mechanism by which Xiaozhiling injection treats internal hemorrhoids
2025-Apr-27, World journal of gastrointestinal surgery
IF:1.8Q2
DOI:10.4240/wjgs.v17.i4.103494
PMID:40291892
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学揭示了消痔灵注射液治疗内痔的作用机制 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术研究消痔灵注射液治疗内痔的分子机制,发现Sphk1-S1P通路在促进纤维化中的关键作用 | 研究仅基于大鼠模型,缺乏人类临床样本验证 | 探究消痔灵注射液治疗内痔的分子机制 | 内痔模型大鼠的成纤维细胞 | 空间转录组学 | 内痔 | 单核RNA测序,空间转录组学,电子显微镜,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据,图像数据 | 大鼠内痔模型(分为对照组和治疗组) | NA | 单核RNA测序,空间转录组学 | Stereo-seq | NA |
| 374 | 2025-10-07 |
Blockade of TIGAR prevents CD8+ T cell dysfunction and elicits anti-AML immunity
2025-Apr-26, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04042-y
PMID:40285889
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研究论文 | 本研究通过阻断TIGAR基因表达,揭示了其能够防止CD8+ T细胞功能失调并诱导抗急性髓系白血病免疫反应的机制 | 首次证明TIGAR沉默不仅能直接抑制AML细胞,还能增强T细胞功能,通过调节糖代谢途径逆转T细胞耗竭状态 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探究TIGAR沉默是否能够消除AML细胞并恢复功能失调的T细胞功能 | C57BL/6J背景的TIGAR基因敲除小鼠和C1498细胞建立的AML小鼠模型 | 免疫学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,细胞因子检测 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,细胞表型数据,生存数据 | 未明确说明具体样本数量,使用基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 375 | 2025-10-07 |
In silico-based analysis and in vitro experiments identify SIGMAR1 as a potential marker of putative lung cancer stem cells
2025-Apr-26, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02394-6
PMID:40285994
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结合体外实验,鉴定SIGMAR1作为肺癌干细胞潜在标志物 | 首次通过单细胞RNA测序数据识别SIGMAR1在肺癌干细胞中的特异性表达,并验证其在调控干细胞自我更新能力中的功能 | 研究主要基于体外实验和已有数据集,未来需要进一步探索SIGMAR1调控干细胞特性的具体机制 | 识别肺癌干细胞的新型标志物并验证其功能 | A549细胞系来源的肿瘤球体及人类肺癌组织单细胞测序数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,轨迹分析,siRNA敲低 | NA | 单细胞RNA测序数据,体外实验数据 | 两个公共单细胞RNA测序数据集及A549细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 376 | 2025-10-07 |
Perturbing local steroidogenesis to improve breast cancer immunity
2025-Apr-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59356-3
PMID:40287432
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研究论文 | 通过抑制局部类固醇生成来增强三阴性乳腺癌的抗肿瘤免疫反应 | 首次揭示免疫细胞局部类固醇生成在乳腺癌免疫抑制中的作用机制,并发现泊沙康唑可作为类固醇生成抑制剂 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 探索通过调控局部类固醇生成改善乳腺癌免疫治疗效果的策略 | 三阴性乳腺癌患者肿瘤样本和人源化TNBC小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 靶向代谢组学,免疫组织化学,单细胞转录组学,代谢建模 | NA | 代谢组数据,转录组数据,组织切片图像 | TNBC患者肿瘤样本和实验小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,靶向代谢组分析 | NA | NA |
| 377 | 2025-10-07 |
Comprehensive single-cell transcriptome analysis of autologous platelet-rich plasma therapy on human thin endometrium
2025-Apr-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-99468-w
PMID:40287476
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究自体富血小板血浆治疗对人类薄型子宫内膜的影响 | 首次通过单细胞转录组分析研究PRP治疗机制,发现PRP治疗能增强细胞干性、促进间质-上皮转化并增强巨噬细胞功能 | 样本量较小(仅10名患者),需要更大规模研究验证 | 探究自体富血小板血浆治疗薄型子宫内膜的分子机制 | 薄型子宫内膜患者的子宫内膜组织 | 单细胞转录组学 | 薄型子宫内膜 | 单细胞RNA测序,苏木精-伊红染色,免疫组织化学 | CytoTRACE细胞轨迹重建分析,基因集变异分析 | 单细胞转录组数据,组织学图像数据 | 10名薄型子宫内膜患者的配对样本(治疗前后) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 378 | 2025-10-07 |
Dynamics of tertiary lymphoid structures and immune cross talk in early versus advanced colorectal cancer: potential implications for immunotherapy
2025-Apr-26, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04027-x
PMID:40287532
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了早期与晚期结直肠癌中三级淋巴结构动态变化及其对免疫治疗的影响 | 发现CD8+Tex细胞表达CXCL13以及CD4+Tfh与BGC细胞间的CD40-CD40L相互作用是三级淋巴结构功能的关键调节因子 | 研究主要基于三个内部队列,需要更大规模的外部验证 | 探究早期与晚期结直肠癌肿瘤微环境和三级淋巴结构的差异及其对免疫治疗的潜在影响 | 结直肠癌患者肿瘤组织 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA转录分析, 病理组织分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA转录数据, 病理组织数据 | 三个内部队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 379 | 2025-10-07 |
A specific microbial consortium enhances Th1 immunity, improves LCMV viral clearance but aggravates LCMV disease pathology in mice
2025-Apr-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59073-x
PMID:40274773
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研究论文 | 本研究揭示了特定微生物群落通过增强Th1免疫反应促进LCMV病毒清除但加重疾病病理的机制 | 首次证明特定简化微生物群落(OMM)而非完全无菌环境能增强抗病毒免疫反应,并通过单细胞RNA测序揭示其促进Th1细胞炎症反应的机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证;微生物群落的作用机制仍需进一步探索 | 探究肠道微生物组对抗病毒免疫反应的影响机制 | 小鼠模型及其肠道微生物组 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,适应性T细胞转移 | 动物模型 | 基因表达数据 | 不同微生物状态的小鼠组(无菌鼠、OMM定植鼠、SPF鼠) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 380 | 2025-10-07 |
The P2X7R/NLRP3 inflammasome axis suppresses enthesis regeneration through inflammatory and metabolic macrophage-stem cell cross-talk
2025-Apr-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adr4894
PMID:40279432
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研究论文 | 本研究揭示了P2X7R/NLRP3炎症小体轴通过调节巨噬细胞与干细胞间的相互作用抑制肌腱止点再生 | 首次发现P2X7R/NLRP3炎症小体轴通过炎症和代谢性巨噬细胞-干细胞相互作用抑制肌腱止点再生 | NA | 探索肌腱止点再生不良的关键调控机制 | 肌腱止点损伤模型中的巨噬细胞和干细胞 | 再生医学 | 肌腱止点损伤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因敲除 | NA | 基因表达数据, 组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |