单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2025-04-09	Fasting-mimicking diet-enriched Bifidobacterium pseudolongum suppresses colorectal cancer by inducing memory CD8+ T cells 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333020 PMID:39870395	研究论文	本研究探讨了模拟禁食饮食(FMD)通过调节肠道微生物群抑制结直肠癌(CRC)的机制，并发现Bifidobacterium pseudolongum及其代谢产物L-精氨酸在增强CD8+ T细胞记忆功能中的关键作用	首次揭示了B. pseudolongum通过产生L-精氨酸促进CD8+ T细胞分化为记忆细胞，从而增强FMD抗肿瘤效应的分子机制	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床研究验证	探究FMD通过调节肠道微生物群保护免受CRC的机制	结直肠癌小鼠模型和CRC患者	肿瘤免疫学	结直肠癌	粪便宏基因组测序、单细胞RNA测序、多色流式细胞术、代谢组学分析	正交小鼠CRC模型	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	小鼠模型和有限数量的CRC患者样本
342	2025-04-09	Exploring and validating the marmoset as a primate model for chromosomal instability in early development 2025-Apr-07, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf012 PMID:40193493	research paper	本研究探索并验证了狨猴作为灵长类动物模型在研究早期发育中染色体不稳定性（CIN）的适用性	首次将狨猴确立为研究非整倍体的合适模型，并建立了具有内在染色体不稳定性的naïve-like狨猴多能干细胞系（cjPSCs）	研究结果主要基于体外实验，体内验证仍需进一步研究	探索早期发育中染色体不稳定性的分子机制	狨猴胚胎细胞和naïve-like狨猴多能干细胞系（cjPSCs）	developmental biology	early miscarriage	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	狨猴胚胎细胞和cjPSCs
343	2025-04-09	Integrating microbial GWAS and single-cell transcriptomics reveals associations between host cell populations and the gut microbiome 2025-Apr-07, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-01978-w PMID:40195537	研究论文	该研究通过整合微生物GWAS和单细胞转录组数据，揭示了宿主细胞群体与肠道微生物组之间的关联	开发了一个名为scBPS的计算框架，用于整合微生物GWAS和单细胞RNA测序数据，系统地绘制宿主与微生物之间的相互作用	研究主要基于现有数据，实验验证仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探索宿主遗传变异、肠道微生物组与特定细胞环境之间的联系	人类24个器官的微生物GWAS和单细胞RNA测序数据，包括肝脏、胰腺、肺和肠道	生物信息学	NA	微生物GWAS、单细胞RNA测序、单核RNA测序	scBPS	基因组数据、转录组数据	207个微生物分类群和254种宿主细胞类型
344	2025-04-09	SLC27A2 marks lipid peroxidation in nasal epithelial cells driven by type 2 inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Apr-07, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01440-1 PMID:40195539	研究论文	本文揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中鼻息肉上皮细胞脂质代谢失调和脂质过氧化增加在疾病发病机制中的作用	发现SLC27A2/FATP2在鼻息肉上皮中的上调与脂质过氧化增加相关，并证实FATP2介导的脂质过氧化是CRSwNP中上皮功能障碍和炎症的关键驱动因素	研究主要基于RNA测序数据和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨CRSwNP的分子机制并寻找潜在治疗靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻息肉上皮细胞	分子病理学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
345	2025-04-09	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2025-Apr-07, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02148-8 PMID:40195561	research paper	介绍了一种名为CHOIR的新方法，用于从单细胞数据中检测细胞类型和状态，通过统计推断测试优化聚类结果	CHOIR通过随机森林分类器和置换测试在层次聚类树上统计确定代表不同细胞群体的聚类，解决了现有聚类工具缺乏统计推断测试的问题	NA	开发一种能够更有效识别单细胞数据中生物相关细胞群体的聚类方法	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、空间转录组和多组学数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、空间转录组和多组学技术	随机森林	单细胞数据	230个模拟数据集和5个真实数据集
346	2025-04-09	Microglia heterogeneity, modeling and cell-state annotation in development and neurodegeneration 2025-Apr-07, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01931-4 PMID:40195564	综述	本文综述了当前对小胶质细胞转录异质性的理解，并概述了小鼠和人类小胶质细胞在发育、神经退行性疾病、性别和中枢神经系统区域方面的多样性	提供了基于基因表达的小胶质细胞状态注释工具和建议，以及先进技术和模型系统的见解	NA	探讨小胶质细胞在健康和疾病中的转录异质性及其功能动态	小鼠和人类的小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
347	2025-04-09	Age-dependent glial heterogeneity and traumatic injury responses in a vertebrate brain structure 2025-Apr-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115508 PMID:40198221	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱分析了斑马鱼中脑视顶盖中三种主要胶质细胞在生理和创伤性脑损伤（TBI）条件下的动态变化，揭示了年龄依赖性胶质细胞亚型和状态对TBI的差异响应	首次提供了脊椎动物大脑中TBI诱导的年龄相关胶质动态的分子和细胞框架，并鉴定了dla-notch3和cxcl12a-cxcr4b相互作用在胶质细胞对TBI响应中的关键作用	研究仅针对斑马鱼模型，结果在人类或其他高等脊椎动物中的适用性需要进一步验证	探究年龄如何影响胶质细胞动态及其对创伤性脑损伤的响应	斑马鱼中脑视顶盖中的三种主要胶质细胞	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞转录组测序, CRISPR-Cas9基因编辑	斑马鱼模型	转录组数据	四个胚胎后生命阶段的斑马鱼中脑视顶盖样本
348	2025-04-09	Comparative spatial transcriptomics reveals root dryland adaptation mechanism in rice and HMGB1 as a key regulator 2025-Apr-06, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2025.04.001 PMID:40195115	研究论文	本研究通过比较旱稻和灌溉稻的根系发育，揭示了旱稻适应旱地的分子和发育机制，并发现HMGB1作为关键调控因子	首次生成旱稻和灌溉稻的空间转录组图谱，揭示HMGB1在旱稻根系伸长和增厚中的关键作用	研究仅聚焦于根系发育，未涉及其他可能的旱地适应机制	探究旱稻适应旱地的分子机制并为培育抗旱水稻提供遗传资源	旱稻和灌溉稻的根系	植物分子生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	旱稻和灌溉稻的胚芽鞘节和根尖组织
349	2025-04-09	Multi-omics analysis identifies DLX4 as a novel biomarker for diagnosis, prognosis, and immune infiltration: from pan-cancer to renal cancer 2025-Apr-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02258-z PMID:40186710	研究论文	通过多组学分析，探讨DLX4在泛癌及肾癌中的诊断、预后及免疫浸润作用	首次全面分析DLX4在泛癌中的分子机制，特别是在肾透明细胞癌中的作用，并验证其作为生物标志物的潜力	研究主要基于数据库分析，实验验证部分仅限于肾癌组织	探究DLX4在癌症中的分子机制及其作为生物标志物的潜力	泛癌及肾透明细胞癌（KIRC）	生物信息学	肾癌	多组学分析、Spatial Transcriptomics、RT-PCR、免疫组化	NA	基因表达数据、突变数据、甲基化数据、免疫浸润数据	26种癌症类型的数据及肾癌组织样本
350	2025-04-09	Multi-omics insights into the roles of CCNB1, PLK1, and HPSE in breast cancer progression: implications for prognosis and immunotherapy 2025-Apr-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02282-z PMID:40186712	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌进展中的作用及其对预后和免疫治疗的潜在影响	首次整合转录组学、蛋白质组学、DNA甲基化分析、免疫浸润分析和单细胞RNA测序，全面解析CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌中的功能机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	阐明CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌进展中的分子机制及其临床意义	乳腺癌患者样本及体外培养的乳腺癌细胞	数字病理	乳腺癌	转录组学、蛋白质组学、DNA甲基化分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序、siRNA敲降	NA	基因表达数据、蛋白质数据、甲基化数据、单细胞测序数据	未明确说明样本数量，涉及乳腺癌患者肿瘤样本和体外细胞系
351	2025-04-09	scRNA-seq uncovers the transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages 2025-Apr-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57837-z PMID:40188181	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫及其宿主的转录变化	首次在单细胞水平上揭示了E. intestinalis寄生虫在人类巨噬细胞中的转录动态及其发育轨迹	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境	探究E. intestinalis寄生虫感染人类巨噬细胞时的宿主反应和寄生虫发育过程	Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞	单细胞转录组学	机会性感染疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
352	2025-04-09	Large-scale bulk and single-cell RNA sequencing combined with machine learning reveals glioblastoma-associated neutrophil heterogeneity and establishes a VEGFA+ neutrophil prognostic model 2025-Apr-05, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00640-z PMID:40188324	研究论文	通过大规模单细胞RNA测序和机器学习揭示了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的异质性，并建立了一个VEGFA+中性粒细胞预后模型	首次详细分析了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的亚群，并开发了一个新的风险模型VNRS，其准确性高于现有模型	研究仅基于IDH野生型胶质母细胞瘤样本，可能不适用于其他类型	研究胶质母细胞瘤微环境中中性粒细胞的作用及其亚群特征	胶质母细胞瘤相关中性粒细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq, 机器学习	VNRS模型	RNA测序数据	127个IDH野生型胶质母细胞瘤样本，498,747个细胞，其中5,032个中性粒细胞
353	2025-04-09	Single-cell sequencing exposes mast cell-derived CD52's anti-tumor action in breast cancer through the IL-6/JAK/STAT3 axis 2025-Apr-05, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142879 PMID:40194575	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了肥大细胞来源的CD52通过IL-6/JAK/STAT3轴在乳腺癌中的抗肿瘤作用	发现肥大细胞相关基因（特别是CD52）在三阴性乳腺癌预后中的关键作用，并证实CD52通过调控IL-6/JAK/STAT3信号通路发挥抗肿瘤效应	未明确说明样本量大小及实验设计的潜在局限性	探索三阴性乳腺癌（TNBC）患者对免疫疗法反应不佳的预后因素及潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）患者及乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
354	2025-04-09	Revealing NAPSA's role in ccRCC: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Apr-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149478 PMID:40194687	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示NAPSA在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的表达特征及其潜在作用	首次在单细胞水平分析NAPSA在ccRCC中的表达模式，并发现其下调与不良预后相关	样本量较小(7个肿瘤和2个正常样本)，且需要进一步实验验证NAPSA的具体作用机制	探索NAPSA在ccRCC中的分子特征及其临床意义	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)组织和细胞系	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	7个肿瘤样本和2个正常样本(来自GSE210042数据集)，以及OS-RC-2和Caki-1细胞系
355	2025-04-09	Spatial transcriptomics of the aging mouse brain reveals origins of inflammation in the white matter 2025-Apr-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58466-2 PMID:40185750	研究论文	通过空间转录组学技术研究年轻、中年和老年小鼠大脑的分子变化，揭示了白质纤维束是炎症的焦点	首次在自然衰老的小鼠大脑中，利用空间转录组学技术对三个年龄组和两种性别进行了全面的转录组特征分析，并确定了白质纤维束是炎症的主要发生区域	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	系统理解年龄诱导的分子变化，特别是大脑衰老过程中的炎症反应	年轻、中年和老年小鼠的大脑	空间转录组学	老年疾病	空间转录组学、免疫荧光、定量MRI分析	NA	转录组数据、图像数据	三个年龄组和两种性别的小鼠大脑样本
356	2025-04-09	Partially characterized topology guides reliable anchor-free scRNA-integration 2025-Apr-04, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07988-y PMID:40185996	研究论文	提出了一种名为scCRAFT的自编码器模型，用于可靠的多批次单细胞RNA测序数据整合	scCRAFT通过创新的双分辨率三元组损失来保留批次内的异质性，有效解决了领域适应损失在异质细胞分布中的过校正问题	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决单细胞RNA测序数据批次整合中的可靠性和异质性保留问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	自编码器	基因表达数据	NA
357	2025-04-09	Comparison of Lean, Obese, and Weight-Loss Models Reveals TREM2 Deficiency Attenuates Breast Cancer Growth Uniquely in Lean Mice and Alters Clonal T-cell Populations 2025-Apr-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3511 PMID:39841585	研究论文	本研究通过比较瘦、肥胖和减重小鼠模型，探讨了TREM2缺乏在不同体重历史条件下对绝经后乳腺癌生长的影响	揭示了TREM2缺乏在瘦小鼠中独特地抑制乳腺癌生长，并改变了克隆T细胞群，同时发现体重历史影响TREM2抑制和抗PD-1治疗的效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探讨肥胖与乳腺癌关联的机制以及减重的潜在益处，为治疗策略提供信息	瘦、肥胖和减重小鼠模型中的绝经后乳腺癌	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序、可变-多样-连接测序（VDJ测序）	小鼠模型	RNA测序数据、免疫细胞数据	瘦、肥胖和减重小鼠模型
358	2025-04-09	High-dimensional profiling of immune responses to kidney transplant reveals heterogeneous T helper 1 and B cell effectors associated with rejection 2025-Apr, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.10.009 PMID:39419342	研究论文	通过高维免疫表型分析揭示肾移植后排斥反应中异质性T辅助1和B细胞效应器的关联	首次在单细胞分辨率下描绘了肾移植排斥反应中不同免疫亚群的多样性，并识别了与排斥反应相关的特定T细胞和B细胞亚群	样本量相对较小（76名肾移植受者），且仅针对CD4 T和B细胞进行分析	提高对肾移植排斥反应免疫发病机制的理解，支持开发更特异的免疫抑制疗法	肾移植受者的免疫细胞（CD4 T和B细胞）	免疫学	肾移植排斥反应	单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序、血浆细胞因子分析	NA	单细胞RNA测序数据、血浆细胞因子数据	76名肾移植受者
359	2025-04-09	Graft-derived extracellular vesicles transport miRNAs to modulate macrophage polarization after heart transplantation 2025-Apr, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.11.021 PMID:39586401	research paper	该研究探讨了心脏移植后免疫细胞间的相互作用及细胞外囊泡（EVs）在其中的作用	发现由CD63巨噬细胞衍生的EVs携带的microRNA-363和microRNA-709可通过Fcho2/Notch1信号通路诱导脾脏M1极化	研究基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	解析心脏移植后急性排斥反应中的免疫细胞相互作用机制	小鼠异位心脏移植模型中的CD45免疫细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠异位移植模型	RNA测序数据	NA
360	2025-04-09	Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1070 PMID:39724973	研究论文	本研究通过实验性过敏小鼠模型探讨了食管上皮IKKβ/NF-κB信号在嗜酸性食管炎(EoE)发病机制中的作用	首次在食管上皮细胞条件性敲除Ikkβ的小鼠模型中揭示IKKβ信号缺失加剧EoE发病的机制	研究仅使用小鼠模型，需进一步验证人类EoE患者的类似机制	阐明食管上皮IKKβ/NF-κB信号通路在EoE发病中的作用	条件性敲除Ikkβ的食管上皮细胞小鼠模型	病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明数量的IkkβEEC-KO小鼠