单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-05-01	Endogenous CD4+ T Cells That Recognize ALK and the NPM1::ALK Fusion Protein Can Be Expanded from Human Peripheral Blood 2025-Apr-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0445 PMID:39774774	research paper	该研究探讨了人类外周血中识别ALK和NPM1::ALK融合蛋白的内源性CD4+ T细胞的扩展情况	首次在人类外周血中检测到ALK特异性CD4+ T细胞，并鉴定了NPM1::ALK融合新抗原特异性T细胞受体	样本量较小，仅包括10名ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤患者和6名健康供者	研究ALK特异性CD4+ T细胞在癌症免疫治疗中的潜在作用	ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤患者和健康供者的外周血CD4+ T细胞	免疫学	间变性大细胞淋巴瘤	TCRαβ单细胞测序	NA	细胞反应数据	10名患者和6名健康供者
322	2025-05-01	Spatially Resolved Tumor Ecosystems and Cell States in Gastric Adenocarcinoma Progression and Evolution 2025-Apr-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0605 PMID:39774838	research paper	通过整合空间转录组和单细胞RNA测序数据，研究胃腺癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	揭示了与特定分子亚型、临床预后、基质微环境和遗传驱动因素相关的两种独立进化轨迹，并发现肿瘤-基质界面是肿瘤生态的一个独特状态	NA	研究胃腺癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	胃腺癌	digital pathology	gastric adenocarcinoma	spatial transcriptomic (GeoMx Digital Spatial Profiler), single-cell RNA sequencing	NA	spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data	multiple gastric cancers
323	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway 2025-Apr, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06341-y PMID:39694915	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了内皮细胞衍生的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me通路促进小鼠胰腺β细胞增殖的机制	首次发现内皮细胞衍生的HBEGF通过Kmt5a-H4K20me信号通路调控β细胞增殖，为糖尿病治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究调控β细胞生理性增殖的细胞内和细胞外信号通路	小鼠胰腺β细胞	digital pathology	diabetes	scRNA-seq, RNA-seq	NA	RNA sequencing data	43,724个内分泌和非内分泌细胞（其中15,569个β细胞）
324	2025-05-01	Restorative Effects of Short-Chain Fatty Acids on Corneal Homeostasis Disrupted by Antibiotic-Induced Gut Dysbiosis 2025-Apr, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.010 PMID:39732390	研究论文	研究抗生素诱导的肠道菌群失调对小鼠角膜稳态的影响及短链脂肪酸的修复作用	首次揭示了肠道菌群通过调节昼夜节律基因表达和维持屏障功能对角膜生理的关键作用，并发现短链脂肪酸可修复角膜完整性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究肠道菌群对角膜稳态的调控机制及短链脂肪酸的治疗潜力	小鼠角膜	微生物组学	角膜功能障碍	RNA测序、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
325	2025-05-01	Effect of tumor microenvironment in pancreatic cancer on the loss of β-cell mass: implications for type 3c diabetes 2025-Apr, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-024-02204-w PMID:39760782	研究论文	探讨胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境（TME）与β细胞质量减少之间的复杂相互作用，进一步阐明3c型糖尿病（T3cDM）发病机制	首次使用单细胞RNA测序分析PDAC TME，揭示内分泌细胞与肿瘤细胞、免疫细胞及成纤维细胞的相互作用及基因表达变化	研究样本量有限，未涉及长期随访数据	阐明PDAC TME如何通过病理变化导致β细胞减少及T3cDM发生	胰腺导管腺癌患者及非糖尿病患者的胰腺组织	肿瘤微环境研究	胰腺癌、3c型糖尿病	单细胞RNA测序、TUNEL染色、RT-qPCR、CCK8检测	NA	基因表达数据、病理组织数据	供体正常胰腺组织、非糖尿病患者及T3cDM患者的癌旁组织
326	2025-05-01	MicroRNA-mediated Ets1 repression in retinal endothelial cells: A novel anti-angiogenic mechanism in nonproliferative diabetic retinopathy 2025-Apr, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.16182 PMID:39777974	研究论文	本研究旨在发现非增殖性糖尿病视网膜病变（NPDR）中血管生成的调控机制	发现了一种新的microRNA，靶向ETS原癌基因1（Ets1），在NPDR患者血浆中上调，揭示了NPDR中的抗血管生成机制	研究样本仅限于2型糖尿病患者，未涉及其他类型的糖尿病	探索非增殖性糖尿病视网膜病变（NPDR）中血管生成的分子机制	2型糖尿病患者的血浆和视网膜样本，以及小鼠和大鼠模型的视网膜细胞	分子生物学	糖尿病视网膜病变	microRNA测序和单细胞测序	NA	RNA测序数据	2型糖尿病患者的血浆和视网膜样本，以及小鼠和大鼠模型的视网膜细胞
327	2025-05-01	Single-cell RNA-seq reveals that granulosa cells are a target of phthalate toxicity in the ovary 2025-Apr-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf001 PMID:39752319	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了邻苯二甲酸盐对卵巢中颗粒细胞的毒性作用	首次在单细胞水平上揭示了邻苯二甲酸盐对卵巢颗粒细胞的特异性毒性作用及其分子机制	研究仅使用了小鼠模型，人体内的效应可能有所不同	探究邻苯二甲酸盐对卵巢细胞的毒性作用机制	小鼠卵巢中的颗粒细胞、卵泡膜细胞和基质细胞	生殖毒理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	小鼠卵泡培养96小时后的单细胞悬液
328	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing reveals sex differences in the subcellular composition and associated gene-regulatory network activity of human carotid plaques 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00628-y PMID:40211055	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示人类颈动脉斑块在性别间的亚细胞组成及相关基因调控网络活动的差异	首次在单细胞水平上揭示了颈动脉斑块在性别间的亚细胞组成和基因调控网络活动的差异，并验证了GRN195在男性内皮细胞增殖中的功能	样本量相对较小（7,690个细胞），且仅针对颈动脉斑块进行研究	探究颈动脉斑块在性别间的差异及其潜在治疗靶点	人类颈动脉斑块细胞	单细胞测序	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	7,690个颈动脉斑块细胞（来自男性和女性患者）
329	2025-05-01	Machine learning analysis of FOSL2 and RHoBTB1 as central immunological regulators in knee osteoarthritis synovium 2025-Apr, The Journal of international medical research IF:1.4Q4 DOI:10.1177/03000605251333646 PMID:40287984	研究论文	通过机器学习分析膝骨关节炎滑膜中的FOSL2和RHoBTB1作为核心免疫调节因子	利用多种机器学习算法筛选关键基因，并通过外部数据集和体外动物模型验证，揭示了FOSL2和RHoBTB1在膝骨关节炎发病机制中的关键作用	需要进一步的研究和验证以确认这些基因在膝骨关节炎中的确切作用和治疗潜力	理解膝骨关节炎的分子机制并寻找潜在的治疗靶点	膝骨关节炎滑膜组织	机器学习	膝骨关节炎	RNA-seq, 单细胞RNA测序	LASSO, SVM-RFE	基因表达数据	GSE55235和GSE51588数据集及膝骨关节炎小鼠模型
330	2025-05-01	scPEDSSC: proximity enhanced deep sparse subspace clustering method for scRNA-seq data 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012924 PMID:40294099	研究论文	提出了一种基于邻近性增强的深度稀疏子空间聚类方法scPEDSSC，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	使用深度自编码器和两部分广义伽马分布学习自表达矩阵，生成相似性矩阵及其二次幂，提高了聚类性能	未提及该方法在高噪声或极稀疏数据上的表现	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	深度自编码器	基因表达数据	12个真实生物数据集
331	2025-05-01	The Application of scRNA-Seq in Heart Development and Regeneration 2025-Apr, Genesis (New York, N.Y. : 2000) DOI:10.1002/dvg.70013 PMID:40300044	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在心脏发育和再生中的应用	利用scRNA-seq技术揭示心脏损伤和修复过程中的细胞反应，为成人心脏再生提供关键线索	主要关注scRNA-seq的应用，未涉及其他可能的技术或方法	探讨scRNA-seq在心脏发育和再生研究中的应用及其潜在治疗价值	哺乳动物心脏（包括新生儿和成人）及斑马鱼等脊椎动物心脏	生物医学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
332	2025-04-29	Adhesion-Related Pathways and Functional Polarization of Astrocytes in Traumatic Brain Injury: Insights from Single-cell RNA Sequencing 2025-Apr-27, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-025-08858-w PMID:40287916	研究论文	通过单细胞RNA测序分析创伤性脑损伤（TBI）中星形胶质细胞的功能异质性及其调控机制	首次在TBI模型中识别出两种主要的反应性星形胶质细胞亚型（A1和A2），并揭示了它们在炎症反应、突触调节、神经退行性疾病相关通路以及脂质代谢、细胞外基质重塑等方面的功能差异	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究创伤性脑损伤中星形胶质细胞的功能异质性及其调控机制	创伤性脑损伤小鼠模型中的星形胶质细胞	单细胞RNA测序	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	创伤性脑损伤小鼠模型的皮质和海马组织
333	2025-04-29	Single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal the mechanism by which Xiaozhiling injection treats internal hemorrhoids 2025-Apr-27, World journal of gastrointestinal surgery IF:1.8Q2 DOI:10.4240/wjgs.v17.i4.103494 PMID:40291892	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学揭示了消痔灵注射液治疗内痔的分子机制	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了消痔灵注射液通过激活Sphk1-S1P通路促进纤维化的治疗机制	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究消痔灵注射液治疗内痔的分子机制	内痔模型大鼠的成纤维细胞	分子生物学	内痔	单核RNA测序(Stereo-seq)、空间转录组学、电子显微镜	NA	基因表达数据、亚细胞结构图像	内痔模型大鼠(分为对照组和治疗组)
334	2025-04-29	Deciphering Immunosenescence From Child to Frailty: Transcriptional Changes, Inflammation Dynamics, and Adaptive Immune Alterations 2025-Apr-26, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70082 PMID:40285422	研究论文	通过分析从儿童到虚弱老年人的PBMCs的bulk-cell和single-cell RNA-seq数据，研究年龄相关的免疫系统变化	整合bulk-cell和single-cell RNA-seq数据，全面揭示健康衰老和虚弱老年人中免疫细胞的动态变化	研究仅基于PBMCs，可能无法完全反映其他组织或器官中的免疫衰老情况	探究年龄相关的免疫系统变化及其在虚弱老年人中的异常表现	从儿童到虚弱老年人的外周血单核细胞(PBMCs)	免疫学	老年疾病	bulk-cell RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	涵盖从儿童到虚弱老年人的多个年龄段样本
335	2025-04-29	Integrated Analysis of Single-Cell and Transcriptome Data Reveals the Role and Regulatory Mechanisms of Neuroinflammation in Parkinson's Disease 2025-Apr-26, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02306-4 PMID:40285838	研究论文	通过整合单细胞和转录组数据分析，揭示了神经炎症在帕金森病中的作用及其调控机制	首次揭示了转录因子STAT3在帕金森病中作为小胶质细胞促炎激活的核心调控因子的关键作用	研究主要基于数据库数据和动物模型，人类样本的直接验证有限	探索帕金森病中神经炎症的细胞特异性特征和调控机制	人类PD中脑黑质致密部组织、MPTP诱导的PD小鼠模型、MPP+诱导的BV2细胞模型	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微阵列分析、GSVA、GSEA、KEGG和GO分析、轨迹分析、SCENIC分析	动物模型(小鼠)、细胞模型(BV2和SH-SY5Y)	基因表达数据、单细胞数据	来自GEO数据库的人类PD中脑组织数据、MPTP诱导的PD小鼠模型、MPP+诱导的BV2细胞模型
336	2025-04-29	In silico-based analysis and in vitro experiments identify SIGMAR1 as a potential marker of putative lung cancer stem cells 2025-Apr-26, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02394-6 PMID:40285994	研究论文	通过计算机模拟和体外实验鉴定SIGMAR1作为潜在肺癌干细胞标记物	利用单细胞RNA测序数据识别新的肺癌干细胞标记物SIGMAR1，并通过体外实验验证其表达和功能	未来研究需要进一步探讨SIGMAR1调节肺癌干细胞特性的机制	识别肺癌干细胞的新标记物并验证其功能	A549来源的肿瘤球和人类肺癌组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	两个公开的人类肺癌组织scRNA-seq数据集
337	2025-04-29	Perturbing local steroidogenesis to improve breast cancer immunity 2025-Apr-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59356-3 PMID:40287432	research paper	该研究探讨了通过抑制局部类固醇生成来增强对三阴性乳腺癌（TNBC）的抗肿瘤免疫	揭示了抑制免疫细胞类固醇生成可以限制TNBC肿瘤进展，并通过代谢建模和单细胞转录组学鉴定了主要的类固醇生成细胞	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	改善三阴性乳腺癌的免疫治疗效果	三阴性乳腺癌（TNBC）患者肿瘤和小鼠模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	靶向代谢组学、免疫组织化学、单细胞转录组学	小鼠模型	代谢组数据、转录组数据	TNBC患者肿瘤样本和小鼠模型
338	2025-04-29	Comprehensive single-cell transcriptome analysis of autologous platelet-rich plasma therapy on human thin endometrium 2025-Apr-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99468-w PMID:40287476	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了自体富血小板血浆（PRP）疗法对人类薄型子宫内膜的影响	首次通过转录组分析研究PRP疗法对薄型子宫内膜的影响，揭示了PRP疗法可能增强高干性、刺激间充质-上皮转化（MET）并增强巨噬细胞功能	样本量较小（仅10名患者），可能影响结果的普遍性	探讨PRP疗法对薄型子宫内膜的治疗效果及其潜在机制	薄型子宫内膜患者	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、苏木精和伊红染色（HE）、免疫组织化学（IHC）	CytoTRACE、基因集变异分析（GSVA）	RNA测序数据、组织图像	10名薄型子宫内膜患者的配对样本（治疗前后）
339	2025-04-29	A specific microbial consortium enhances Th1 immunity, improves LCMV viral clearance but aggravates LCMV disease pathology in mice 2025-Apr-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59073-x PMID:40274773	研究论文	本文探讨了特定微生物群落对Th1免疫力的增强作用及其对LCMV病毒感染清除和疾病病理的影响	揭示了特定低复杂度细菌群落（OMM）在增强抗病毒免疫反应中的作用，及其对LCMV病毒清除和疾病病理的双重影响	研究仅限于小鼠模型，结果可能无法直接推广到人类	研究肠道微生物组对抗病毒免疫反应的影响	小鼠及其肠道微生物组	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	特定无病原体（SPF）小鼠和无菌小鼠
340	2025-04-29	The P2X7R/NLRP3 inflammasome axis suppresses enthesis regeneration through inflammatory and metabolic macrophage-stem cell cross-talk 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr4894 PMID:40279432	研究论文	本研究揭示了P2X7R/NLRP3炎症小体轴通过放大IL-1β介导的炎症交叉作用和抑制DTA代谢交叉作用，从而抑制腱骨结合部再生	首次揭示了P2X7R/NLRP3炎症小体轴在腱骨结合部再生中的关键调控作用，并提出了针对该轴的治疗策略	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探究腱骨结合部再生不良的关键调控机制	腱骨结合部再生过程中的巨噬细胞和干细胞	再生医学	肌肉骨骼疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因敲除模型	基因表达数据	NA