单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-05-02	Spatial transcriptomics delineates potential differences in intestinal phenotypes of cardiac and classical necrotizing enterocolitis 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112166 PMID:40201118	研究论文	通过空间转录组学比较心脏性和经典坏死性小肠结肠炎（NEC）的肠道表型差异	首次使用空间转录组学揭示心脏性和经典NEC在免疫和上皮细胞层面的通路和网络差异	样本量较小，未明确说明具体样本数量	探究心脏性和经典坏死性小肠结肠炎的潜在病理机制差异	坏死性小肠结肠炎患者的回肠组织	数字病理学	坏死性小肠结肠炎	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
322	2025-05-02	Regulatory T Cell Mimicry by a Subset of Mesenchymal GBM Stem Cells Suppresses CD4 and CD8 Cells 2025-04-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14080592 PMID:40277917	研究论文	本研究揭示了胶质母细胞瘤（GBM）中一类具有免疫抑制特性的间充质胶质瘤干细胞（GSCs）通过模仿调节性T细胞（Tregs）抑制CD4+和CD8+T细胞的机制	首次发现间充质GSCs通过TGFBR2依赖的机制模仿Tregs，形成免疫抑制性Treg样（ITL）状态，并鉴定出六基因ITL特征	研究主要基于体外实验和患者来源的细胞模型，临床样本验证仍需进一步扩展	阐明GBM免疫抑制微环境中GSCs的分子机制及其对T细胞功能的抑制作用	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）、CD4+和CD8+T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、生物信息学分析、转基因表达、shRNA干扰	患者来源的GBM神经球模型	测序数据、临床数据、实验数据	患者来源的GSCs和临床GBM标本
323	2025-05-02	Integrative bioinformatics analysis reveals mitochondrial-Immune crosstalk in depression and stroke: a multi-omics mechanistic exploration 2025-Apr-02, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111308 PMID:40058518	research paper	该研究通过生物信息学分析揭示了线粒体代谢与免疫微环境在抑郁症和中风发病机制中的相互作用	首次整合多组学数据探索线粒体-免疫串扰在抑郁症和中风中的作用机制，并识别了10个潜在治疗靶点药物	研究主要基于生物信息学分析，需要后续实验验证	阐明线粒体代谢和免疫微环境在抑郁症和中风发病机制中的相互作用	抑郁症和中风患者的基因表达数据	生物信息学	抑郁症,中风	基因表达分析,单细胞RNA测序	蛋白-蛋白相互作用网络分析	基因表达数据	来自抑郁症和中风数据集的多个基因表达谱
324	2025-05-02	Application of bioinformatic tools in cell type classification for single-cell RNA-seq data 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108332 PMID:39793515	研究论文	本文比较和评估了支持向量机（SVM）四种不同核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	通过实验证明SVM的线性和sigmoid核函数在细胞分类中具有高准确率（约99%），且线性核函数计算速度显著快于其他核函数	仅测试了三种标准scRNA-seq数据集，可能无法代表所有情况	评估不同SVM核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	支持向量机（SVM）	基因表达数据	三种标准scRNA-seq数据集
325	2025-05-02	PcoCas12a: A novel CRISPR enzyme from Prevotella copri enhancing TCR-T-cell tumor suppression 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139740 PMID:39800033	研究论文	本研究鉴定了一种新型基因编辑酶CRISPR/PcoCas12a，源自Prevotella copri，并展示了其在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制的能力	发现了一种新型CRISPR酶PcoCas12a，具有更广泛的编辑位点和更高的编辑效率，特别是在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制效果	未提及具体局限性	寻找并验证一种高效的基因编辑酶用于免疫细胞编辑，特别是T细胞治疗	CRISPR/PcoCas12a酶及其在TCR-T细胞中的应用	基因编辑	肿瘤	CRISPR基因编辑技术	NA	基因序列数据	未提及具体样本数量
326	2025-05-02	Update on mast cell biology 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1092 PMID:39800266	review	本文综述了2022年至2024年间关于肥大细胞（MCs）生物学的重要研究进展	揭示了肥大细胞亚群与免疫细胞、神经元和组织结构细胞的新相互作用，改变了对其在驱动和帮助解决组织炎症、重塑组织微环境及影响宿主行为中作用的理解	NA	探讨肥大细胞在健康和疾病中的表型及其作用	肥大细胞（MCs）	NA	过敏炎症性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
327	2025-05-02	Characterization of NK Cells Using Single-Cell RNA Sequencing in Patients With Acute-On-Chronic Liver Failure 2025-Apr, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16870 PMID:39800654	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究急性慢性肝衰竭患者中NK细胞的特性及其在炎症反应中的作用	首次在急性慢性肝衰竭患者中通过单细胞RNA测序揭示了NK细胞亚群的异质性及其与疾病进展的关系，并发现CEMIP2作为疾病进展的潜在分子标志物	研究样本量相对较小，且仅关注了外周血中的NK细胞，未涉及其他免疫细胞或组织中的NK细胞	探究急性慢性肝衰竭患者中NK细胞亚群的特征及其在炎症反应中的作用	急性慢性肝衰竭患者和健康对照者的外周血NK细胞	免疫学	急性慢性肝衰竭	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	RNA测序数据	14,751个NK细胞，来自急性慢性肝衰竭患者和健康对照者
328	2025-05-02	ODSEI Chip: An Open 3D Microfluidic Platform for Studying Tumor Spheroid-Endothelial Interactions 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410659 PMID:39805002	研究论文	介绍了一种新型开放式3D微阵列平台ODSEI芯片，用于研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用	开发了一种能够阵列超过1000个肿瘤球体并允许单球体水平药物抗性分析的新型3D微流控平台	未明确提及研究的局限性	研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用及其在药物抗性中的作用	乳腺癌肿瘤球体和血管内皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、蛋白质阵列	3D微流控芯片	基因表达数据、蛋白质数据	超过1000个肿瘤球体
329	2025-05-02	Unleashing the Power of Multiomics: Unraveling the Molecular Landscape of Peripheral Neuropathy 2025-Apr, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.70019 PMID:40126913	review	本文回顾了基因组技术在周围神经病变（PN）研究中的演变，强调了NGS在揭示遗传复杂性中的关键作用，并探讨了多组学技术在PN病理生理学中的潜在应用	强调了下一代测序（NGS）和新兴多组学技术在PN研究中的革命性作用，挑战了以往关于致病性的假设	讨论了将这些技术标准化用于临床的挑战和问题，指出需要制定强有力的指南以最大化其临床效用	旨在通过基因组和多组学技术深入了解周围神经病变的病理生理学，以改善诊断、预后评估和个性化治疗策略	周围神经病变（PN）及其相关的分子机制	基因组学	周围神经病变	NGS, 长读长/单细胞测序, RNA测序, 蛋白质组学	NA	基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据	NA
330	2025-05-02	Flow-Cytometric Quantification of Urine Kidney Epithelial Cells Specifically Reflects Tubular Damage in Acute Kidney Diseases 2025-Apr, Kidney international reports IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.ekir.2025.01.037 PMID:40303202	研究论文	本研究通过流式细胞术量化尿液中的肾脏上皮细胞，特别反映了急性肾脏疾病中的肾小管损伤	利用单细胞测序和流式细胞术结合CITE-Seq技术，开发了一种非侵入性检测肾小管损伤的标记物	样本量相对较小，且仅针对特定类型的急性肾脏疾病进行了验证	建立尿液中的肾小管上皮细胞作为肾小管损伤的临床标记物	急性肾损伤（AKI）、COVID-19感染、ANCA相关性血管炎（AAV）患者及健康对照	数字病理学	急性肾损伤	单细胞测序、流式细胞术、CITE-Seq	NA	尿液样本、肾脏活检样本	243名患者（包括8名用于测序的AKI和肾小球疾病患者，235名用于验证的患者）
331	2025-05-01	Investigation into the Spatial Heterogeneity of Lung Composite Large-Cell Neuroendocrine Carcinoma Spatial Transcriptomic Analysis of Combined Large-Cell Neuroendocrine Carcinoma 2025-Apr-30, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1089/cbr.2025.0043 PMID:40304569	research paper	本研究探讨了肺复合大细胞神经内分泌癌（CoLCNEC）的空间转录组表达模式，并识别了关键基因	利用空间转录组技术（ST）分析了CoLCNEC患者的样本，发现了基因SMC1A在肿瘤区域的显著上调及其在癌细胞迁移、侵袭和细胞周期中的作用	研究仅基于一个CoLCNEC患者的样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	探索CoLCNEC的空间转录组表达模式，识别关键基因并验证其作为治疗靶点的潜力	肺复合大细胞神经内分泌癌（CoLCNEC）患者的肿瘤组织	digital pathology	lung cancer	空间转录组技术（ST）、高通量测序、免疫组化、RT-qPCR、Western blot、流式细胞术	NA	基因表达数据、空间位置数据	一个CoLCNEC患者的样本，包含三种不同成分（LCNEC、腺癌和鳞状细胞癌）
332	2025-05-01	Decoding Alzheimer's Disease: Single-Cell Sequencing Uncovers Brain Cell Heterogeneity and Pathogenesis 2025-Apr-30, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-04997-0 PMID:40304967	综述	本文系统总结了单细胞转录组和表观基因组方法在阿尔茨海默病研究中的应用，重点关注细胞类型和亚型特异性转录组变化的表征	利用单细胞测序技术揭示了阿尔茨海默病大脑的细胞和分子异质性，并整合多种组学技术阐明疾病轨迹和细胞通讯网络	NA	增强对阿尔茨海默病发病机制的理解，并为精准医学识别新的治疗靶点和生物标志物	阿尔茨海默病患者大脑中的神经元和胶质细胞亚群	数字病理学	老年病	scRNA-seq, ATAC-seq, 空间转录组学	NA	单细胞测序数据	NA
333	2025-05-01	Integrative Analysis of Lactylation-Associated Features in Abdominal Aortic Aneurysm and Its Immune Microenvironment Utilizing scRNA-seq and Bulk RNA Sequencing 2025-Apr-29, Circulation journal : official journal of the Japanese Circulation Society IF:3.1Q2 DOI:10.1253/circj.CJ-24-0892 PMID:40301103	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究腹部主动脉瘤（AAA）中乳酰化与免疫微环境的关系	首次揭示了乳酰化在不同免疫细胞类型中的异质性及其与免疫反应的关联，并鉴定了8个与乳酰化相关的核心基因	研究结果需要进一步的实验验证，特别是在人类样本中的应用	阐明乳酰化与AAA免疫反应之间的相互关系	腹部主动脉瘤（AAA）患者	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, Bulk RNA测序	机器学习算法（113种组合）	RNA测序数据	NA
334	2025-05-01	Clinical Diagnosis and Treatment System for Neurological Psychological Gastrointestinal Diseases Based on Multimodal Artificial Intelligence and Immunology 2025-Apr-29, Current pharmaceutical biotechnology IF:2.2Q3 DOI:10.2174/0113892010359130250413024112 PMID:40304348	research paper	开发了一种基于多模态人工智能和免疫学的神经系统心理胃肠疾病临床诊疗系统，用于预测和辅助治疗结直肠癌	结合神经免疫基因调控设计人工智能多模态胃肠疾病临床信息系统，利用单细胞测序技术和分子模拟技术深入分析生存预测系统中的特征选择生物机制	未提及具体样本量及模型在更广泛人群中的适用性验证	优化结直肠癌的诊疗策略，满足临床定价机构的需求	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	single-cell sequencing, molecular simulation	AI multimodal system	gene expression levels, immune cell status, living habits data	NA
335	2025-05-01	Autosomal dominant SLURP1 variants cause palmoplantar keratoderma and progressive symmetric erythrokeratoderma 2025-Apr-28, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf049 PMID:39913669	研究论文	该研究通过全外显子测序发现了导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症的SLURP1基因新变异	首次发现常染色体显性遗传的SLURP1变异会导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症，并揭示了其作用机制	研究样本量较小（仅3个无亲缘关系的家系）	鉴定导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症的新遗传变异	表皮分化障碍患者（包括掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症表型）	遗传学	皮肤疾病	全外显子测序、计算机模拟预测、患者角质形成细胞实验、高分辨率空间转录组学、定量细胞因子分析	NA	基因序列数据、细胞实验数据	3个无亲缘关系的家系
336	2025-05-01	LAMA4+ CD90+ eCAFs provide immunosuppressive microenvironment for liver cancer through induction of CD8+ T cell senescence 2025-Apr-28, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02162-7 PMID:40289085	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，鉴定了与肝细胞癌预后不良相关的CD90 eCAFs亚型，并揭示了其通过LAMA4诱导CD8+ T细胞衰老的机制	首次鉴定了LAMA4+ CD90+ eCAFs亚型，揭示了其通过ITGA6受体介导的DNA损伤信号通路诱导CD8+ T细胞衰老的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证不足	探究肝细胞癌中肿瘤微环境与免疫系统的相互作用机制	肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组、siRNA转染、Western blot、流式细胞术	自发小鼠肝细胞癌模型(DEN+CCL4诱导)	单细胞转录组数据、空间转录组数据、流式细胞数据	未明确说明样本数量，包含人类肝细胞癌样本和小鼠模型
337	2025-05-01	Transcriptomic characterization of transitioning cell types in the skin of Atlantic salmon 2025-Apr-28, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02196-w PMID:40289111	research paper	本研究通过单核测序和空间转录组学技术，描述了健康大西洋鲑鱼组织中及伤口愈合过程中间充质基质细胞的转录组特征	首次绘制了伤口愈合过程中潜在分化间充质基质细胞亚群的转录组活性，揭示了不同亚群的空间生态位	研究仅针对大西洋鲑鱼，结果可能不适用于其他物种	探究大西洋鲑鱼皮肤伤口愈合过程中细胞转录组的变化	大西洋鲑鱼的间充质基质细胞（成纤维细胞样成体干细胞）	转录组学	NA	单核测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
338	2025-05-01	InSituCor: exploring spatially correlated genes conditional on the cell type landscape 2025-Apr-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03554-1 PMID:40275395	research paper	介绍了一个名为InSituCor的工具包，用于发现空间转录组数据中与细胞类型景观无关的空间相关基因模块	InSituCor能够识别不受已知因素（如细胞类型分布）影响的空间相关基因，从而揭示更有意义的生物学关系	未明确提及具体的技术限制或数据适用范围	探索空间转录组数据中与细胞类型景观无关的空间相关基因	空间转录组数据中的基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学分析	NA	空间转录组数据	NA
339	2025-05-01	Intratumoral microbiota predicts the response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Apr-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010365 PMID:40280564	research paper	该研究探讨了肿瘤内微生物群在三阴性乳腺癌新辅助化疗免疫治疗反应预测中的作用	首次证实肿瘤内微生物群可作为预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗反应的生物标志物	样本量相对较小(89例患者)，且仅针对早期三阴性乳腺癌患者	探索肿瘤内微生物群在预测三阴性乳腺癌新辅助化疗免疫治疗反应中的作用	89例早期三阴性乳腺癌女性患者	digital pathology	triple-negative breast cancer	16S rDNA sequencing, scRNA-seq	machine-learning models	genomic sequencing data, transcriptome data	89例早期三阴性乳腺癌女性患者
340	2025-05-01	Semaphorin 6A phase separation sustains a histone lactylation-dependent lactate buildup in pathological angiogenesis 2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2423677122 PMID:40244673	研究论文	本文研究了Semaphorin 6A通过相分离机制维持组蛋白乳酸化依赖的乳酸积累在病理性血管生成中的作用	揭示了SEMA6A通过相分离机制招募RHOA和P300，促进P300磷酸化和组蛋白乳酸化循环的新机制	研究主要聚焦于视网膜缺血性疾病中的血管生成，可能不适用于其他类型的血管疾病	探究病理性血管生成中组蛋白乳酸化修饰的调控机制	内皮细胞(ECs)和视网膜病理性血管生成	分子生物学	视网膜缺血性疾病	CUT&Tag, scRNA-seq	NA	基因组数据, 单细胞转录组数据	NA