单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-04-09	Age-dependent glial heterogeneity and traumatic injury responses in a vertebrate brain structure 2025-Apr-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115508 PMID:40198221	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱分析了斑马鱼中脑视顶盖中三种主要胶质细胞在生理和创伤性脑损伤（TBI）条件下的动态变化，揭示了年龄依赖性胶质细胞亚型和状态对TBI的差异响应	首次提供了脊椎动物大脑中TBI诱导的年龄相关胶质动态的分子和细胞框架，并鉴定了dla-notch3和cxcl12a-cxcr4b相互作用在胶质细胞对TBI响应中的关键作用	研究仅针对斑马鱼模型，结果在人类或其他高等脊椎动物中的适用性需要进一步验证	探究年龄如何影响胶质细胞动态及其对创伤性脑损伤的响应	斑马鱼中脑视顶盖中的三种主要胶质细胞	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞转录组测序, CRISPR-Cas9基因编辑	斑马鱼模型	转录组数据	四个胚胎后生命阶段的斑马鱼中脑视顶盖样本
322	2025-04-09	Comparative spatial transcriptomics reveals root dryland adaptation mechanism in rice and HMGB1 as a key regulator 2025-Apr-06, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2025.04.001 PMID:40195115	研究论文	本研究通过比较旱稻和灌溉稻的根系发育，揭示了旱稻适应旱地的分子和发育机制，并发现HMGB1作为关键调控因子	首次生成旱稻和灌溉稻的空间转录组图谱，揭示HMGB1在旱稻根系伸长和增厚中的关键作用	研究仅聚焦于根系发育，未涉及其他可能的旱地适应机制	探究旱稻适应旱地的分子机制并为培育抗旱水稻提供遗传资源	旱稻和灌溉稻的根系	植物分子生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	旱稻和灌溉稻的胚芽鞘节和根尖组织
323	2025-04-09	Multi-omics analysis identifies DLX4 as a novel biomarker for diagnosis, prognosis, and immune infiltration: from pan-cancer to renal cancer 2025-Apr-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02258-z PMID:40186710	研究论文	通过多组学分析，探讨DLX4在泛癌及肾癌中的诊断、预后及免疫浸润作用	首次全面分析DLX4在泛癌中的分子机制，特别是在肾透明细胞癌中的作用，并验证其作为生物标志物的潜力	研究主要基于数据库分析，实验验证部分仅限于肾癌组织	探究DLX4在癌症中的分子机制及其作为生物标志物的潜力	泛癌及肾透明细胞癌（KIRC）	生物信息学	肾癌	多组学分析、Spatial Transcriptomics、RT-PCR、免疫组化	NA	基因表达数据、突变数据、甲基化数据、免疫浸润数据	26种癌症类型的数据及肾癌组织样本
324	2025-04-09	Multi-omics insights into the roles of CCNB1, PLK1, and HPSE in breast cancer progression: implications for prognosis and immunotherapy 2025-Apr-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02282-z PMID:40186712	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌进展中的作用及其对预后和免疫治疗的潜在影响	首次整合转录组学、蛋白质组学、DNA甲基化分析、免疫浸润分析和单细胞RNA测序，全面解析CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌中的功能机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	阐明CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌进展中的分子机制及其临床意义	乳腺癌患者样本及体外培养的乳腺癌细胞	数字病理	乳腺癌	转录组学、蛋白质组学、DNA甲基化分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序、siRNA敲降	NA	基因表达数据、蛋白质数据、甲基化数据、单细胞测序数据	未明确说明样本数量，涉及乳腺癌患者肿瘤样本和体外细胞系
325	2025-04-09	scRNA-seq uncovers the transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages 2025-Apr-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57837-z PMID:40188181	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫及其宿主的转录变化	首次在单细胞水平上揭示了E. intestinalis寄生虫在人类巨噬细胞中的转录动态及其发育轨迹	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境	探究E. intestinalis寄生虫感染人类巨噬细胞时的宿主反应和寄生虫发育过程	Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞	单细胞转录组学	机会性感染疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
326	2025-04-09	Large-scale bulk and single-cell RNA sequencing combined with machine learning reveals glioblastoma-associated neutrophil heterogeneity and establishes a VEGFA+ neutrophil prognostic model 2025-Apr-05, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00640-z PMID:40188324	研究论文	通过大规模单细胞RNA测序和机器学习揭示了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的异质性，并建立了一个VEGFA+中性粒细胞预后模型	首次详细分析了胶质母细胞瘤相关中性粒细胞的亚群，并开发了一个新的风险模型VNRS，其准确性高于现有模型	研究仅基于IDH野生型胶质母细胞瘤样本，可能不适用于其他类型	研究胶质母细胞瘤微环境中中性粒细胞的作用及其亚群特征	胶质母细胞瘤相关中性粒细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq, 机器学习	VNRS模型	RNA测序数据	127个IDH野生型胶质母细胞瘤样本，498,747个细胞，其中5,032个中性粒细胞
327	2025-04-09	Single-cell sequencing exposes mast cell-derived CD52's anti-tumor action in breast cancer through the IL-6/JAK/STAT3 axis 2025-Apr-05, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142879 PMID:40194575	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了肥大细胞来源的CD52通过IL-6/JAK/STAT3轴在乳腺癌中的抗肿瘤作用	发现肥大细胞相关基因（特别是CD52）在三阴性乳腺癌预后中的关键作用，并证实CD52通过调控IL-6/JAK/STAT3信号通路发挥抗肿瘤效应	未明确说明样本量大小及实验设计的潜在局限性	探索三阴性乳腺癌（TNBC）患者对免疫疗法反应不佳的预后因素及潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）患者及乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
328	2025-04-09	Revealing NAPSA's role in ccRCC: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Apr-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149478 PMID:40194687	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示NAPSA在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的表达特征及其潜在作用	首次在单细胞水平分析NAPSA在ccRCC中的表达模式，并发现其下调与不良预后相关	样本量较小(7个肿瘤和2个正常样本)，且需要进一步实验验证NAPSA的具体作用机制	探索NAPSA在ccRCC中的分子特征及其临床意义	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)组织和细胞系	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	7个肿瘤样本和2个正常样本(来自GSE210042数据集)，以及OS-RC-2和Caki-1细胞系
329	2025-04-09	Spatial transcriptomics of the aging mouse brain reveals origins of inflammation in the white matter 2025-Apr-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58466-2 PMID:40185750	研究论文	通过空间转录组学技术研究年轻、中年和老年小鼠大脑的分子变化，揭示了白质纤维束是炎症的焦点	首次在自然衰老的小鼠大脑中，利用空间转录组学技术对三个年龄组和两种性别进行了全面的转录组特征分析，并确定了白质纤维束是炎症的主要发生区域	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	系统理解年龄诱导的分子变化，特别是大脑衰老过程中的炎症反应	年轻、中年和老年小鼠的大脑	空间转录组学	老年疾病	空间转录组学、免疫荧光、定量MRI分析	NA	转录组数据、图像数据	三个年龄组和两种性别的小鼠大脑样本
330	2025-04-09	Partially characterized topology guides reliable anchor-free scRNA-integration 2025-Apr-04, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07988-y PMID:40185996	研究论文	提出了一种名为scCRAFT的自编码器模型，用于可靠的多批次单细胞RNA测序数据整合	scCRAFT通过创新的双分辨率三元组损失来保留批次内的异质性，有效解决了领域适应损失在异质细胞分布中的过校正问题	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决单细胞RNA测序数据批次整合中的可靠性和异质性保留问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	自编码器	基因表达数据	NA
331	2025-04-09	Comparison of Lean, Obese, and Weight-Loss Models Reveals TREM2 Deficiency Attenuates Breast Cancer Growth Uniquely in Lean Mice and Alters Clonal T-cell Populations 2025-Apr-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3511 PMID:39841585	研究论文	本研究通过比较瘦、肥胖和减重小鼠模型，探讨了TREM2缺乏在不同体重历史条件下对绝经后乳腺癌生长的影响	揭示了TREM2缺乏在瘦小鼠中独特地抑制乳腺癌生长，并改变了克隆T细胞群，同时发现体重历史影响TREM2抑制和抗PD-1治疗的效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探讨肥胖与乳腺癌关联的机制以及减重的潜在益处，为治疗策略提供信息	瘦、肥胖和减重小鼠模型中的绝经后乳腺癌	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序、可变-多样-连接测序（VDJ测序）	小鼠模型	RNA测序数据、免疫细胞数据	瘦、肥胖和减重小鼠模型
332	2025-04-09	High-dimensional profiling of immune responses to kidney transplant reveals heterogeneous T helper 1 and B cell effectors associated with rejection 2025-Apr, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.10.009 PMID:39419342	研究论文	通过高维免疫表型分析揭示肾移植后排斥反应中异质性T辅助1和B细胞效应器的关联	首次在单细胞分辨率下描绘了肾移植排斥反应中不同免疫亚群的多样性，并识别了与排斥反应相关的特定T细胞和B细胞亚群	样本量相对较小（76名肾移植受者），且仅针对CD4 T和B细胞进行分析	提高对肾移植排斥反应免疫发病机制的理解，支持开发更特异的免疫抑制疗法	肾移植受者的免疫细胞（CD4 T和B细胞）	免疫学	肾移植排斥反应	单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序、血浆细胞因子分析	NA	单细胞RNA测序数据、血浆细胞因子数据	76名肾移植受者
333	2025-04-09	Graft-derived extracellular vesicles transport miRNAs to modulate macrophage polarization after heart transplantation 2025-Apr, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.11.021 PMID:39586401	research paper	该研究探讨了心脏移植后免疫细胞间的相互作用及细胞外囊泡（EVs）在其中的作用	发现由CD63巨噬细胞衍生的EVs携带的microRNA-363和microRNA-709可通过Fcho2/Notch1信号通路诱导脾脏M1极化	研究基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	解析心脏移植后急性排斥反应中的免疫细胞相互作用机制	小鼠异位心脏移植模型中的CD45免疫细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠异位移植模型	RNA测序数据	NA
334	2025-04-09	Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1070 PMID:39724973	研究论文	本研究通过实验性过敏小鼠模型探讨了食管上皮IKKβ/NF-κB信号在嗜酸性食管炎(EoE)发病机制中的作用	首次在食管上皮细胞条件性敲除Ikkβ的小鼠模型中揭示IKKβ信号缺失加剧EoE发病的机制	研究仅使用小鼠模型，需进一步验证人类EoE患者的类似机制	阐明食管上皮IKKβ/NF-κB信号通路在EoE发病中的作用	条件性敲除Ikkβ的食管上皮细胞小鼠模型	病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明数量的IkkβEEC-KO小鼠
335	2025-04-09	Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082 PMID:39734035	research paper	本文研究了PSMB10基因的杂合变异（G201R）如何导致严重联合免疫缺陷和Omenn综合征，并进行了免疫学和分子特征分析	首次详细描述了PSMB10 G201R变异对免疫蛋白酶体表达的显著影响及其在T细胞发育和选择中的关键作用	研究仅基于单个病例，样本量有限，且缺乏长期随访数据	阐明PSMB10基因变异与严重免疫缺陷疾病的关联机制	携带PSMB10 G201R变异的婴儿患者及其细胞样本	免疫学	严重联合免疫缺陷和Omenn综合征	流式细胞术、免疫印迹、人工胸腺器官培养、单细胞RNA测序	NA	临床样本数据、分子生物学数据、单细胞转录组数据	1例患者及其父母对照，多种细胞类型（PBMCs、EBV转化B细胞、成纤维细胞）
336	2025-04-09	Aspartame increases the risk of liver cancer through CASP1 protein: A comprehensive network analysis insights 2025-Apr-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118089 PMID:40139029	research paper	本研究通过综合网络毒理学、孟德尔随机化、分子动力学和单细胞RNA测序分析，系统探讨了阿斯巴甜对肝脏的潜在致癌风险及其机制	首次将网络毒理学、孟德尔随机化、分子动力学和单细胞RNA测序技术结合，系统研究阿斯巴甜的致癌机制，并发现CASP1蛋白是其关键作用靶点	研究结果需要后续实验验证，且样本来源和数量未明确说明	评估阿斯巴甜的潜在致癌风险并探索其分子机制	阿斯巴甜及其对肝脏的毒性作用	network toxicology	liver cancer	network toxicology, mendelian randomization, molecular dynamics, single-cell RNA sequencing	NA	molecular interaction data, genetic data, single-cell transcriptomics data	NA
337	2025-04-08	Photo-Biomodulation of the Hippocampus Using Near-Infrared Laser to Enhance Cognitive Function in Mice 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417380 PMID:40190133	研究论文	研究探讨了近红外激光对小鼠海马进行光生物调节以增强认知功能的效果	首次展示了近红外激光通过调节海马神经元活动和基因表达来增强认知功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索光生物调节作为认知功能障碍非侵入性治疗方法的潜力	小鼠海马区	神经科学	认知功能障碍	近红外激光照射，单细胞RNA测序	NA	行为学数据，电生理数据，基因表达数据	多组小鼠实验（具体数量未明确说明）
338	2025-04-08	From Invaginating Site to Deep Lesion: Spatial Transcriptomics Unravels Ectopic Endometrial Penetration Features in Adenomyosis 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411752 PMID:40190183	研究论文	利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究腺肌症中子宫内膜异位穿透特征的分子机制	首次绘制了腺肌症从子宫内膜内陷部位到异位病变的空间转录组图谱，并揭示了SFRP5上皮细胞、ESR1平滑肌细胞和CNN1基质成纤维细胞在病理过程中的作用	研究样本量未明确说明，且体外实验的验证可能无法完全模拟体内环境	阐明腺肌症中子宫内膜异位穿透的分子机制	腺肌症患者的子宫内膜内陷部位和异位病变	数字病理学	腺肌症	空间转录组学、单细胞RNA测序、批量RNA测序解卷积、组织学技术	NA	转录组数据、组织学图像	NA
339	2025-04-08	Single-Cell Atlas Reveals Tumorigenic Profiles and Immune Dynamics of Adrenal Incidentalomas 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413493 PMID:40190189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫动态	发现了与肿瘤发生相关的肾上腺皮质细胞亚型，提出了clusterin作为肾上腺皮质腺瘤的潜在生物标志物，并揭示了MYCN阳性簇与较差生存率的相关性	研究依赖于公共数据集整合，可能受限于原始数据的质量和覆盖范围	探究肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫微环境动态	非功能性肾上腺皮质腺瘤、Conn综合征和嗜铬细胞瘤	数字病理学	肾上腺肿瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	302,696个细胞
340	2025-04-08	Tumor-colonizing Pseudoalteromonas elyakovii metabolically reprograms the tumor microenvironment and promotes breast ductal carcinoma 2025-Apr-07, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03873-24 PMID:40192290	研究论文	研究探讨了肿瘤内微生物群与乳腺癌导管癌发展的关系，并揭示了特定微生物代谢产物对肿瘤微环境的调控作用	首次详细描述了Pseudoalteromonas elyakovii在乳腺癌中的定植特征及其代谢产物对肿瘤生长的促进作用	样本量相对较小(102例)，且仅针对乳腺癌导管癌这一亚型进行研究	探究肿瘤内微生物群在乳腺癌发生发展中的作用机制	乳腺癌导管癌患者肿瘤组织及癌旁正常组织	肿瘤微生物组学	乳腺癌	qRT-PCR、双免疫荧光染色、SweAMI探针杂交、scRNA-seq	NA	微生物组数据、基因表达数据、单细胞转录组数据	102例乳腺癌样本