本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-10-07 |
Vitamin A treatment restores vision failures arising from Leber's hereditary optic neuropathy-linked mtDNA mutation
2025-Apr-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.188962
PMID:40036074
|
研究论文 | 本研究通过维生素A治疗成功恢复了由Leber遗传性视神经病变相关mtDNA突变引起的视力缺陷 | 首次揭示LHON相关mtDNA突变导致维生素A代谢异常,并证明维生素A补充能有效改善视网膜功能和线粒体形态 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探究LHON相关mtDNA突变的视网膜细胞特异性机制并开发有效治疗方法 | 携带LHON相关ND6P25L突变的小鼠模型及其视网膜细胞 | 线粒体视网膜病变研究 | Leber遗传性视神经病变 | 单细胞RNA测序,电生理学检测 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据,形态学数据,电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 302 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics delineates potential differences in intestinal phenotypes of cardiac and classical necrotizing enterocolitis
2025-Apr-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112166
PMID:40201118
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学比较了心脏性和经典型坏死性小肠结肠炎(NEC)的肠道表型差异 | 首次在空间转录组水平揭示两种NEC亚型在免疫和上皮细胞区段的通路和网络差异 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 探究心脏性和经典型坏死性小肠结肠炎的分子机制差异 | 坏死性小肠结肠炎患者的回肠组织 | 空间转录组学 | 坏死性小肠结肠炎 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 303 | 2025-10-07 |
Regulatory T Cell Mimicry by a Subset of Mesenchymal GBM Stem Cells Suppresses CD4 and CD8 Cells
2025-04-14, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14080592
PMID:40277917
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法发现胶质母细胞瘤中具有免疫抑制功能的Treg样间充质干细胞亚群及其TGFBR2依赖性机制 | 首次发现间充质胶质瘤干细胞通过模拟调节性T细胞形成免疫抑制状态,并揭示TGFBR2特异性驱动该过程的分子机制 | 研究主要基于患者来源的细胞模型,需要进一步体内验证;TGFBR2靶向治疗的临床转化效果仍需评估 | 阐明胶质母细胞瘤免疫抑制微环境中肿瘤干细胞的分子机制和功能特征 | 胶质母细胞瘤患者来源的胶质瘤干细胞和T细胞 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 生物信息学分析、单细胞测序、分子药理学干预、shRNA基因沉默 | NA | 基因组数据、单细胞测序数据、临床样本数据 | 患者来源的胶质母细胞瘤神经球和临床标本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 304 | 2025-10-07 |
Integration of Transcriptomic and Single-Cell Data to Uncover Senescence- and Ferroptosis-Associated Biomarkers in Sepsis
2025-Apr-11, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13040942
PMID:40299574
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组和单细胞数据,揭示了脓毒症中铁死亡和细胞衰老相关的生物标志物 | 首次系统整合WGCNA和单细胞RNA测序技术,识别脓毒症中铁死亡和衰老相关的关键基因及其在免疫细胞中的特异性表达 | 需要进一步的临床验证和精准医学应用研究 | 探索脓毒症的发病机制并识别诊断和靶向治疗的生物标志物 | 脓毒症患者和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | WGCNA, 差异表达基因分析, ROC分析, 单细胞RNA测序, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自三个公共数据集(GSE57065, GSE65682, GSE26378)的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析 | NA | NA |
| 305 | 2025-10-07 |
Comprehensive Integrated Analysis Reveals the Spatiotemporal Microevolution of Cancer Cells in Patients with Bone-Metastatic Prostate Cancer
2025-Apr-09, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13040909
PMID:40299503
|
研究论文 | 通过整合分析124个样本的单细胞转录组数据,系统揭示了前列腺癌骨转移中癌细胞的异质性和微环境适应机制 | 发现了具有独特分化模式和空间分布特征的新型上皮亚群NEndoCs,并揭示了癌细胞在转移过程中的关键进化轨迹 | 样本主要来自已形成的骨转移灶,对早期转移过程的研究有限 | 系统表征前列腺癌骨转移的异质性和微环境适应机制 | 前列腺癌患者原发肿瘤、骨转移灶和非恶性组织的细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组测序 | 无监督聚类 | 单细胞转录组数据 | 124个样本,602,497个高质量单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 306 | 2025-10-07 |
Immune Regulation and Disulfidptosis in Atherosclerosis Influence Disease Progression and Therapy
2025-Apr-09, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13040926
PMID:40299531
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析揭示了动脉粥样硬化中免疫调节和二硫键死亡的作用机制 | 首次发现平滑肌细胞中二硫键死亡现象,并构建了包含CTSC、TGFBI和GMFG的诊断风险评分模型 | 研究未详细探讨其他细胞类型在二硫键死亡中的作用机制 | 探索动脉粥样硬化的分子机制并开发诊断和治疗策略 | 动脉粥样硬化斑块中的免疫细胞和平滑肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 伪时间轨迹分析, WGCNA, 机器学习 | 诊断风险评分模型, 机器学习模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 307 | 2025-10-07 |
Exploring Immune-Related Ferroptosis Genes in Thyroid Cancer: A Comprehensive Analysis
2025-Apr-08, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13040903
PMID:40299520
|
研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,探索甲状腺癌中免疫相关铁死亡基因,并构建预后风险模型 | 首次在甲状腺癌中系统鉴定免疫相关铁死亡基因,并基于这些基因构建了稳健的预后模型 | 研究样本主要来自TCGA数据库,需要进一步实验验证 | 探索甲状腺癌中免疫相关铁死亡基因,发现新的治疗靶点并改善预后评估 | 甲状腺癌患者样本和正常甲状腺组织 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, qRT-PCR, CIBERSORTx, WGCNA, LASSO Cox回归 | 预后风险评分模型 | 基因表达数据 | TCGA-THCA数据库中的甲状腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 308 | 2025-10-07 |
Integrative bioinformatics analysis reveals mitochondrial-Immune crosstalk in depression and stroke: a multi-omics mechanistic exploration
2025-Apr-02, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111308
PMID:40058518
|
研究论文 | 通过整合生物信息学方法探索线粒体-免疫相互作用在抑郁症和脑卒中中的分子机制 | 首次系统揭示线粒体相关差异表达基因与免疫微环境的复杂互作网络,并识别出10个关键hub-MitoDEGs和10种潜在靶向药物 | 基于生物信息学分析的预测性结果需要实验验证,样本来源和规模可能存在限制 | 阐明线粒体代谢与免疫微环境在抑郁症和脑卒中发病机制中的相互作用 | 抑郁症和脑卒中患者的基因表达数据及线粒体基因数据 | 生物信息学 | 抑郁症,脑卒中 | 基因表达谱分析,单细胞RNA测序,蛋白质相互作用网络分析 | 生物信息学分析流程 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,多组学分析 | NA | NA |
| 309 | 2025-10-07 |
Integrated genetic analysis and single cell-RNA sequencing for brain image-derived phenotypes and Parkinson's disease
2025-Apr-02, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111317
PMID:40081564
|
研究论文 | 通过整合遗传分析和单细胞RNA测序技术,研究脑影像表型与帕金森病之间的遗传关联和生物学机制 | 首次系统性地整合GWAS汇总统计数据和scRNA-seq数据,识别脑影像表型与帕金森病之间的共享遗传结构和细胞类型特异性表达谱 | 基于汇总统计数据而非原始个体数据,无法进行更深入的个体层面分析 | 揭示脑影像表型与帕金森病之间的遗传和生物学联系 | 624个脑影像表型和帕金森病 | 生物信息学 | 帕金森病 | GWAS, scRNA-seq, LDSC, Mendelian randomization, MAGMA, PLACO, FUMA, Metascape | MR, meta-analysis | 遗传汇总统计数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 310 | 2025-10-07 |
Application of bioinformatic tools in cell type classification for single-cell RNA-seq data
2025-Apr, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 比较评估支持向量机四种不同核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能 | 首次系统比较SVM四种核函数在单细胞RNA-seq数据分类中的表现,发现线性和sigmoid核能达到约99%的准确率 | 仅使用了三个标准数据集,未在更大规模或更复杂的数据集上验证 | 开发更有效的单细胞RNA测序数据细胞类型分类方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | SVM | 基因表达数据 | 三个标准scRNA-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 311 | 2025-10-07 |
PcoCas12a: A novel CRISPR enzyme from Prevotella copri enhancing TCR-T-cell tumor suppression
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139740
PMID:39800033
|
研究论文 | 本研究鉴定了一种来自Prevotella copri的新型基因编辑酶PcoCas12a,并证明其在TCR-T细胞中通过敲除DGKα基因增强肿瘤抑制能力 | 发现了一种新型CRISPR酶PcoCas12a,具有更广的编辑位点范围和更高的编辑效率,特别是在T细胞编辑中表现优于AsCas12a | NA | 开发用于免疫细胞编辑的高效基因编辑工具 | TCR-T细胞和DGKα基因 | 基因编辑 | 肿瘤 | CRISPR基因编辑,单细胞测序 | NA | 基因编辑效率数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 312 | 2025-10-07 |
Update on mast cell biology
2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1092
PMID:39800266
|
综述 | 本文回顾了2022-2024年间关于肥大细胞生物学研究的关键进展 | 整合了单细胞RNA测序等新技术对肥大细胞异质性和功能的新认识 | NA | 更新对肥大细胞生物学的理解 | 小鼠和人类肥大细胞 | NA | 过敏炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 313 | 2025-10-07 |
Characterization of NK Cells Using Single-Cell RNA Sequencing in Patients With Acute-On-Chronic Liver Failure
2025-Apr, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.16870
PMID:39800654
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析慢加急性肝衰竭患者外周血中NK细胞亚群的特征及其在疾病进展中的作用 | 首次在ACLF患者中通过单细胞RNA测序系统鉴定NK细胞亚群,并发现炎症性NK细胞与疾病进展的相关性 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证结果 | 探究慢加急性肝衰竭患者外周血中NK细胞亚群的特征及其在炎症反应中的作用 | 慢加急性肝衰竭患者和健康对照者的外周血NK细胞 | 单细胞组学 | 肝衰竭 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 14,751个NK细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 314 | 2025-10-07 |
ODSEI Chip: An Open 3D Microfluidic Platform for Studying Tumor Spheroid-Endothelial Interactions
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410659
PMID:39805002
|
研究论文 | 介绍一种新型开放式3D微流控平台ODSEI芯片,用于研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用 | 开发了能够阵列1000多个肿瘤球体的开放式3D微阵列平台,实现单球体水平的药物耐药性分析 | NA | 研究肿瘤球体与内皮细胞相互作用及其在药物耐药性中的作用 | 乳腺癌肿瘤球体和血管内皮细胞 | 生物医学工程 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,蛋白质阵列 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据 | 超过1000个肿瘤球体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 开放式3D微流控平台ODSEI芯片 |
| 315 | 2025-10-07 |
Unleashing the Power of Multiomics: Unraveling the Molecular Landscape of Peripheral Neuropathy
2025-Apr, Annals of clinical and translational neurology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/acn3.70019
PMID:40126913
|
综述 | 本文回顾了基因组技术在周围神经病变研究中的演变,重点分析了多组学技术在揭示疾病分子机制方面的潜力 | 系统整合了传统基因组技术与新兴多组学技术(包括RNA测序和蛋白质组学),为周围神经病变提供全面病理生理学见解 | 标准化这些技术用于临床仍面临挑战,需要建立更完善的指导方针 | 探索周围神经病变的分子机制,提升诊断准确性和治疗策略 | 周围神经病变患者及其分子特征 | 基因组学与多组学分析 | 周围神经病变 | NGS, 长读长测序, 单细胞测序, RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 全基因组关联研究, 靶向基因panel测序, 全外显子/基因组测序, 单细胞测序 | NA | NA |
| 316 | 2025-10-07 |
Flow-Cytometric Quantification of Urine Kidney Epithelial Cells Specifically Reflects Tubular Damage in Acute Kidney Diseases
2025-Apr, Kidney international reports
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.ekir.2025.01.037
PMID:40303202
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过流式细胞术定量尿液中肾上皮细胞的方法,用于特异性反映急性肾疾病中的肾小管损伤 | 通过CITE-Seq技术将尿液单细胞转录组与TEC表面蛋白对齐,首次建立了流式细胞术定量尿液中近端和远端肾小管上皮细胞的标准化方案 | 样本量相对有限,需要在更广泛的患者群体中进一步验证 | 建立肾小管上皮细胞作为肾小管损伤的临床标志物 | 急性肾损伤患者、COVID-19感染者、ANCA相关性血管炎患者和健康对照者 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞测序, CITE-Seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 表面蛋白表达数据 | 243名患者(包括8个AKI和肾小球疾病患者的测序样本,以及4个队列共235名验证患者) | NA | 单细胞RNA-seq, 表位测序 | NA | NA |
| 317 | 2025-10-07 |
Investigation into the Spatial Heterogeneity of Lung Composite Large-Cell Neuroendocrine Carcinoma Spatial Transcriptomic Analysis of Combined Large-Cell Neuroendocrine Carcinoma
2025-Apr-30, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals
DOI:10.1089/cbr.2025.0043
PMID:40304569
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术分析肺复合性大细胞神经内分泌癌的空间异质性,并鉴定关键基因SMC1A的功能 | 首次应用空间转录组学技术研究CoLCNEC的空间异质性,发现SMC1A基因在肿瘤区域显著上调并促进癌细胞恶性行为 | 仅使用单个患者样本,样本量有限,需要更大规模研究验证 | 探索CoLCNEC的空间转录组表达模式并鉴定关键基因 | 肺复合性大细胞神经内分泌癌患者组织样本及NCI-H661、LTEP-a-2细胞系 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组学,高通量测序,免疫组织化学,RT-qPCR,Western blot,流式细胞术 | 无监督聚类 | 空间基因表达数据,图像数据 | 1例CoLCNEC患者样本,包含LCNEC、腺癌和鳞状细胞癌三种成分 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium福尔马林固定石蜡包埋空间转录组试剂盒 |
| 318 | 2025-10-07 |
Systematic evaluation of the isolated effect of tissue environment on the transcriptome using a single-cell RNA-seq atlas dataset
2025-Apr-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11614-w
PMID:40301713
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为COSER的数据分析框架,用于评估组织环境对单细胞转录组的独立影响 | 提出了COSER框架,首次使用图论方法枚举适当子数据集来解决统计混杂问题,能够评估离散变量在单细胞中的独立效应 | 仅在小鼠单细胞转录组图谱数据上验证,尚未在其他物种或更大规模数据集中测试 | 评估组织环境对基因表达的独立影响,消除细胞类型效应的统计混杂 | 小鼠单细胞转录组数据 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图论算法 | 单细胞转录组数据 | Tabula Muris Senis单细胞转录组图谱数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 319 | 2025-10-07 |
SpaNorm: spatially-aware normalization for spatial transcriptomics data
2025-Apr-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03565-y
PMID:40301877
|
研究论文 | 开发了一种名为SpaNorm的空间转录组学数据标准化方法,能够同时建模文库大小效应和基础生物学信息 | 首个空间感知的标准化方法,能够分离文库大小效应和生物学信息,在去除文库大小效应的同时保留生物信息 | NA | 解决空间转录组学数据标准化中的空间关联问题 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 空间感知标准化模型 | 空间转录组数据 | 来自6个数据集的27个组织样本,涵盖4个技术平台 | NA | 空间转录组学 | NA | 支持多细胞和亚细胞空间转录组学数据,在不同分割方法下表现稳健 |
| 320 | 2025-10-07 |
Clinical Diagnosis and Treatment System for Neurological Psychological Gastrointestinal Diseases Based on Multimodal Artificial Intelligence and Immunology
2025-Apr-29, Current pharmaceutical biotechnology
IF:2.2Q3
|
研究论文 | 基于多模态人工智能和免疫学开发神经心理胃肠疾病临床诊疗系统,用于结直肠癌预测和治疗辅助 | 整合神经免疫基因调控与AI多模态技术,结合单细胞测序和分子模拟技术阐明特征选择的生物学机制 | NA | 设计和开发基于神经免疫基因调控的人工智能多模态胃肠疾病临床信息系统 | 结直肠癌患者 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞测序, 分子模拟技术 | AI多模态模型 | 基因表达数据, 免疫细胞状态数据, 生活习惯数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |