单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 715 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-10-06 |
STopover captures spatial colocalization and interaction in the tumor microenvironment using topological analysis in spatial transcriptomics data
2025-Apr-01, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01457-1
PMID:40170080
|
研究论文 | 提出一种利用空间转录组学数据和拓扑分析研究肿瘤微环境空间共定位和相互作用的新方法STopover | 通过逐步降低特征阈值提取连通组件，基于空间距离和持久性量化空间重叠，并通过转录组谱置换评估统计显著性 | NA | 研究肿瘤微环境的空间配置以阐明肿瘤-免疫相互作用 | 肺癌和乳腺癌的空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 肺癌, 乳腺癌 | 空间转录组学, 拓扑分析 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 302 | 2025-10-06 |
Landscape of T Cells in Tuberculous Pleural Effusion
2025-Apr, The clinical respiratory journal
DOI:10.1111/crj.70066
PMID:40170555
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结核性胸腔积液中T淋巴细胞亚群的分布特征和功能状态 | 首次在单细胞水平揭示结核性胸腔积液中T淋巴细胞亚群的特异性分布模式，发现CD4CD8双阳性T细胞在胸腔积液中的富集现象 | 样本量较小（仅4例患者），需要更大规模研究验证发现 | 探索结核性胸腔积液中T淋巴细胞亚群的表达模式、调控机制和功能特性 | 结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血中的CD3 T细胞 | 单细胞组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序，ELISA，T-SNE投影，基因集变异分析，伪时间分析 | NA | 单细胞转录组数据，细胞因子浓度数据 | 4例结核性胸腔积液患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 303 | 2025-10-06 |
scTrans: Sparse attention powers fast and accurate cell type annotation in single-cell RNA-seq data
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012904
PMID:40184563
|
研究论文 | 开发了一种基于稀疏注意力机制的Transformer模型scTrans，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 采用稀疏注意力机制利用所有非零基因，在降低输入数据维度的同时最小化信息损失 | 未明确说明模型在特定疾病或组织类型上的性能限制 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的速度和准确性 | 小鼠细胞图谱中的31种不同组织 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 接近百万细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 304 | 2025-10-06 |
CD4+CD25- T-Cell-Secreted IFN-γ Promotes Corneal Nerve Degeneration in Diabetic Mice
2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.4.15
PMID:40192636
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研究论文 | 本研究探讨了糖尿病小鼠角膜神经退化与CD4+CD25- T细胞分泌IFN-γ之间的关系 | 首次发现CD4+CD25- T细胞通过分泌IFN-γ介导糖尿病角膜神经退化，而非传统认为的树突状细胞或CD8+ T细胞 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探索糖尿病角膜病变中角膜神经退化与免疫细胞浸润的因果关系 | 糖尿病小鼠的角膜组织、三叉神经节神经元和免疫细胞 | 免疫学 | 糖尿病角膜病变 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 细胞共培养 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 糖尿病和健康对照小鼠的角膜样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 305 | 2025-10-06 |
Circadian Rhythm Disruption in Triple-Negative Breast Cancer: Molecular Insights and Treatment Strategies
2025-Apr, Journal of pineal research
IF:8.3Q1
DOI:10.1111/jpi.70042
PMID:40193174
|
研究论文 | 探讨昼夜节律紊乱对三阴性乳腺癌的影响及其分子机制 | 首次系统分析三阴性乳腺癌中昼夜节律紊乱的分子特征及其与免疫逃逸的关联 | 未明确说明样本量大小，主要依赖生物信息学分析缺乏实验验证 | 研究昼夜节律紊乱对三阴性乳腺癌发生发展的影响机制 | 三阴性乳腺癌患者样本 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA测序，代谢组学分析，生物信息学工具 | CYCLOPS（周期性结构循环排序） | RNA测序数据，代谢组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 306 | 2025-10-06 |
Map3k3 I441M Knock-In Mouse Model of Cerebral Cavernous Malformations
2025-Apr, Stroke
IF:7.8Q1
DOI:10.1161/STROKEAHA.124.049935
PMID:40127145
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研究论文 | 本研究建立了Map3k3 I441M基因敲入小鼠模型，用于研究脑海绵状血管畸形的发病机制 | 首次成功构建了Map3k3 I441M基因敲入小鼠模型，更准确地模拟了临床患者单等位基因突变的情况 | 研究基于小鼠模型，与人类疾病存在物种差异 | 探究Map3k3 I441M突变在脑海绵状血管畸形发病机制中的作用 | 基因工程小鼠模型 | 分子病理学 | 脑海绵状血管畸形 | 基因敲入技术, 单细胞RNA测序, 免疫染色, 磁共振成像 | 基因敲入小鼠模型 | 基因表达数据, 影像数据, 组织染色数据 | 多种基因工程小鼠品系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 307 | 2025-10-06 |
Comprehensive pan-cancer single-cell analysis reveals glycolysis-related signatures as predictive biomarkers for immunotherapy response and their role in bladder cancer
2025-Apr-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114381
PMID:40058104
|
研究论文 | 通过全面的泛癌单细胞分析揭示了糖酵解相关特征作为免疫治疗反应的预测生物标志物及其在膀胱癌中的作用 | 首次在泛癌水平系统研究糖酵解特征与免疫治疗反应的关系，并发现COPB2作为新的治疗靶点 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限 | 探索糖酵解在泛癌特别是膀胱癌中的作用及其与免疫治疗反应的关系 | 34个单细胞RNA测序队列、8个ICI治疗的bulk RNA测序队列和TCGA泛癌RNA测序队列 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 34个scRNA-seq队列、8个ICI治疗队列和TCGA泛癌队列 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 308 | 2025-10-06 |
Multi-transcriptomics reveals niche-specific expression programs and endothelial cells in glioblastoma
2025-Apr-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06185-z
PMID:40234880
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了胶质母细胞瘤中坏死周围假栅栏区和微血管增殖区的空间特异性表达程序及内皮细胞特征 | 首次系统阐明胶质母细胞瘤特定组织病理学特征的空间分子和细胞组成，发现NDRG1和EPAS1在PAN和MVP区域的特异性表达，以及内皮细胞在肿瘤微环境中的分化轨迹 | 样本数量有限，需要更大规模验证；空间分辨率可能不足以捕捉所有细胞亚群 | 解析胶质母细胞瘤特定组织病理区域的空间分子表达和细胞组成特征 | 胶质母细胞瘤患者组织样本 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | bulk RNA测序, 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 单细胞轨迹分析 | RNA测序数据 | 胶质母细胞瘤患者样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 309 | 2025-10-06 |
Revealing tumor microenvironment communication through m6A single-cell analysis and elucidating immunotherapeutic potentials for cutaneous melanoma (CM)
2025-Apr-09, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-025-06176-z
PMID:40205154
|
研究论文 | 通过m6A单细胞分析揭示皮肤黑色素瘤肿瘤微环境通讯并阐明其免疫治疗潜力 | 首次在皮肤黑色素瘤中探索m6A RNA甲基化在肿瘤微环境中的作用，并鉴定出基于m6A的癌症相关成纤维细胞和T细胞亚群 | 仅使用3个公开数据库样本，样本量较小 | 研究m6A RNA甲基化在皮肤黑色素瘤肿瘤微环境中的作用机制 | 皮肤黑色素瘤肿瘤微环境细胞 | 单细胞分析 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序，非负矩阵分解分析 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据 | 3个皮肤黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 310 | 2025-10-06 |
Expression of co-signaling molecules TIM-3/Galectin-9 at the maternal-fetal interface
2025-Apr, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2025.03.002
PMID:40068377
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析母胎界面共信号分子TIM-3/Galectin-9的表达分布与功能 | 首次系统揭示Galectin-9和TIM-3在母胎界面的共表达模式及其与子宫内膜基质细胞蜕膜化的关联 | 未明确验证这些分子在妊娠维持中的具体作用机制 | 探究母胎界面免疫耐受微环境中共信号分子的分布与功能 | 人类母胎界面组织样本和永生化子宫内膜基质细胞 | 生殖免疫学 | 复发性流产 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 多重免疫组织化学 | NA | 转录组数据, 组织图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 311 | 2025-10-06 |
MultiOmics analysis of metabolic dysregulation and immune features in breast cancer
2025-Apr-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114376
PMID:40054322
|
研究论文 | 通过多组学分析构建乳腺癌代谢风险模型，用于预测患者预后和免疫治疗反应 | 首次系统整合代谢通路和免疫特征构建乳腺癌预后预测模型，并利用单细胞测序验证特征基因表达模式 | 样本量相对有限（247例），缺乏外部验证队列 | 开发基于代谢特征的乳腺癌预后预测模型 | 乳腺癌患者样本 | 生物信息学 | 乳腺癌 | GSVA，单细胞测序，机器学习算法 | 代谢风险模型 | 基因表达数据，临床病理数据 | 247例乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 312 | 2025-10-06 |
How fish intestinal cells responded to dietary methylmercury exposure? A single-cell transcriptomic analysis
2025-Apr-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2025.125967
PMID:40043872
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示鱼类肠道细胞对膳食甲基汞暴露的异质性响应 | 首次在单细胞分辨率下系统解析鱼类肠道不同细胞群体对甲基汞的特异性响应机制 | 研究仅针对金头鲷单一物种，未验证其他鱼类或更广泛生物体系的普适性 | 探究膳食甲基汞暴露下鱼类肠道细胞的分子响应机制 | 金头鲷肠道细胞 | 单细胞转录组学 | 重金属毒性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 313 | 2025-10-06 |
Paradoxical Effect of Myosteatosis on the Immune Checkpoint Inhibitor Response in Metastatic Renal Cell Carcinoma
2025-Apr, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
DOI:10.1002/jcsm.13758
PMID:40052383
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研究论文 | 探讨肌脂肪变性对转移性肾细胞癌患者免疫检查点抑制剂疗效的差异性影响 | 首次发现肌脂肪变性在不同免疫治疗方案（PD-1抑制剂+CTLA-4抑制剂 vs PD-1抑制剂+TKI）中对预后的相反效应 | 回顾性研究设计，样本量较小（90例患者），单中心数据 | 评估低骨骼肌质量和肌脂肪变性对mRCC患者一线免疫治疗预后的影响 | 转移性肾细胞癌患者 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 多变量生存分析模型 | 临床数据，单细胞RNA测序数据 | 90例mRCC患者（59例接受PD-1+CTLA-4抑制剂，31例接受PD-1+TKI治疗） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 314 | 2025-10-06 |
Single-Cell Proteomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes
2025-Apr, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2025.100949
PMID:40090465
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研究论文 | 本研究通过单细胞蛋白质组学技术深入表征了前列腺癌耐药细胞的蛋白质组特征及其与形态变化的关联 | 采用优化的高通量数据非依赖性采集方法实现单细胞水平蛋白质组分析，平均每个细胞鉴定超过1300种蛋白质，并发现与细胞大小变化相关的蛋白质亚群 | 研究主要聚焦于PC3细胞系，需要在更广泛的细胞模型和临床样本中验证发现 | 揭示前列腺癌耐药细胞的蛋白质组特征及其分子机制 | 前列腺癌耐药细胞和亲代PC3细胞 | 单细胞蛋白质组学 | 前列腺癌 | 单细胞蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 数据非依赖性采集 | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞蛋白质组学, 单细胞RNA-seq | NA | 高通量数据非依赖性采集方法，通量达每天60个样本 |
| 315 | 2025-10-06 |
Deciphering the role of pyroptosis-related genes and natural killer T cells in sepsis pathogenesis: a comprehensive bioinformatics and Mendelian randomization analysis
2025-Apr, Journal of physiology and pharmacology : an official journal of the Polish Physiological Society
IF:2.0Q3
DOI:10.26402/jpp.2025.2.10
PMID:40350654
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研究论文 | 通过生物信息学和孟德尔随机化分析揭示焦亡相关基因和自然杀伤T细胞在脓毒症发病机制中的作用 | 首次整合多组学数据和孟德尔随机化方法系统分析焦亡相关基因与NKT细胞在脓毒症中的因果关系 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证 | 阐明焦亡相关基因和自然杀伤T细胞在脓毒症发病机制中的具体作用 | 脓毒症患者基因表达数据和免疫细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 孟德尔随机化分析, 机器学习 | 机器学习, ROC分析, 生存分析 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集（GSE57065、GSE95233、GSE65682、GSE167363） | NA | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | NA | NA |
| 316 | 2025-10-06 |
Mycoplasma ovipnuemoniae impairs the immune response of sheep and suppresses neutrophil function by inhibiting S100A9
2025-Apr, Veterinary microbiology
IF:2.4Q1
DOI:10.1016/j.vetmic.2025.110446
PMID:40022823
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序系统分析了绵羊感染绵羊肺炎支原体后肺组织的免疫反应机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统分析绵羊肺炎支原体感染后肺组织11种细胞类型的转录组变化，并发现S100A9通过激活ERK信号通路和活性氧爆发促进中性粒细胞清除病原体的新机制 | 研究仅关注28天感染期，未探讨更长期感染效应；体外实验验证需进一步体内实验证实 | 阐明绵羊肺炎支原体感染对宿主肺部免疫系统的损伤机制 | 感染绵羊肺炎支原体的绵羊肺组织细胞 | 单细胞转录组学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 感染28天的绵羊肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 317 | 2025-05-10 |
Targeting VSIG4+ tissue-resident macrophages enhances T cell cytotoxicity and immunotherapy efficacy in cancer
2025-Apr-29, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.011
PMID:40339578
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研究论文 | 本研究探讨了VSIG4+组织驻留巨噬细胞在癌症中的作用及其对T细胞细胞毒性和免疫治疗效果的增强作用 | 发现VSIG4过表达的TRM衍生TAM亚群在多种癌症中存在，并揭示了VSIG4通过直接或间接方式促进免疫抑制效应的机制，同时鉴定出MEF2C作为维持VSIG4表达的关键转录因子 | 研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探索TRM衍生的TAM亚群在癌症中的作用及其对免疫治疗的影响 | VSIG4+组织驻留巨噬细胞及其衍生的TAM亚群 | 肿瘤免疫学 | 睾丸癌、肝细胞癌、肺癌、胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、谱系追踪 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 318 | 2025-05-10 |
Single-Cell RNA Sequencing Outperforms Single-Nucleus RNA Sequencing in Analyzing Pancreatic Cell Diversity and Gene Expression in Goats
2025-Apr-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26083916
PMID:40332786
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研究论文 | 本研究比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在分析山羊胰腺细胞多样性和基因表达方面的效果 | 首次在山羊胰腺研究中比较了scRNA-seq和snRNA-seq的效果，发现scRNA-seq在检测细胞类型多样性和关键基因表达谱方面更优 | 研究仅使用了3只10日龄健康雌性山羊的胰腺组织，样本量较小 | 比较scRNA-seq和snRNA-seq在山羊胰腺研究中的效果 | 山羊胰腺组织 | 基因组学 | NA | scRNA-seq, snRNA-seq | NA | RNA测序数据 | 3只10日龄健康雌性山羊的胰腺组织 | NA | NA | NA | NA |
| 319 | 2025-05-10 |
Personalized Stem Cell-Based Regeneration in Spinal Cord Injury Care
2025-Apr-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26083874
PMID:40332538
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综述 | 本文探讨了干细胞工程和再生医学在脊髓损伤治疗中的新进展，特别是通过神经干细胞/祖细胞、诱导多能干细胞和间充质干细胞的移植 | 结合患者特异性变异、生物工程创新和转录组学引导的精准医学，定义了脊髓损伤治疗的新前沿 | 患者特异性因素如细胞衰老、遗传和表观遗传变异、损伤微环境和合并症影响干细胞疗法的疗效 | 探索干细胞疗法在脊髓损伤治疗中的临床应用 | 脊髓损伤患者 | 再生医学 | 脊髓损伤 | 单细胞转录组学、CRISPR介导的低免疫原性工程、生物材料递送平台 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 320 | 2025-05-10 |
Identifying Aberrant 1CM-Related Pathways by Multi-Omics Analysis and Validating Tumor Inhibitory Effect of One-Carbon Donor Betaine in Gastric Cancer
2025-Apr-18, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26083841
PMID:40332533
|
研究论文 | 通过多组学分析识别胃癌中异常的1CM相关通路，并验证一碳供体甜菜碱对胃癌的抑制作用 | 首次通过多组学联合分析揭示胃癌中1CM相关通路的异常激活，并发现甜菜碱作为一碳供体对胃癌细胞的抑制作用 | 样本量有限，特别是转录组测序仅使用了6对组织样本，需要更大规模的验证 | 阐明胃癌中代谢重编程的分子机制，特别是1CM相关通路的作用 | 胃癌患者和健康个体的血浆样本、胃癌组织 | 代谢组学 | 胃癌 | 代谢组学分析、转录组测序、单细胞测序、Random Forest分析 | NA | 代谢组数据、转录组数据、单细胞数据 | 334例血浆样本（胃癌患者和健康个体）、6对组织样本 | NA | NA | NA | NA |