单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-04-12	Clustering Mycobacterium tuberculosis-specific CD154+CD4+ T cells for distinguishing tuberculosis disease from infection based on single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, The Journal of infection IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.jinf.2025.106449 PMID:40010539	研究论文	通过单细胞RNA测序分析结核分枝杆菌特异性CD154+CD4+ T细胞的聚类，以区分结核病和感染	首次通过单细胞RNA测序揭示了结核分枝杆菌特异性CD154+CD4+ T细胞的10个不同亚群及其在结核病和感染中的差异	CD154在区分结核病和感染方面的能力仍受限于患者异质性	区分活动性结核病（TBD）和潜伏性结核感染（TBI）	结核分枝杆菌特异性CD154+CD4+ T细胞	单细胞RNA测序	结核病	单细胞RNA测序	随机森林模型	RNA-seq数据	NA
282	2025-04-12	A comprehensive transcriptional profiling of developing gonads reveals the role of TGFβ signaling in female gonadal asymmetry in chickens 2025-Apr, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104932 PMID:40014972	研究论文	通过转录组分析揭示TGFβ信号通路在雌鸡性腺不对称发育中的作用	首次结合bulk RNA-seq和scRNA-seq技术全面分析雌鸡性腺不对称发育的转录组特征，并发现TGFβ信号通路的调控作用	研究仅聚焦于胚胎发育早期阶段(E5-E9.5)，未涵盖整个性腺发育过程	阐明鸡雌性性腺不对称发育的分子机制	雌鸡胚胎左右性腺	发育生物学	NA	bulk RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	E5(HH26)、E6.5(HH30)、E8(HH34)和E9.5(HH36)四个发育阶段的雌鸡性腺样本
283	2025-04-12	Multi-omics joint analysis and identification of candidate genes for the rate of right ovarian degeneration in geese 2025-Apr, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104966 PMID:40056778	研究论文	通过单细胞转录组测序构建鹅右侧卵巢退化的细胞图谱，并鉴定与退化速率相关的候选基因	首次构建了鹅右侧卵巢退化的单细胞转录组图谱，并鉴定出LHX9和ARID5B作为调控退化速率的关键候选基因	研究仅针对鹅这一物种，结果在其他鸟类中的普适性有待验证	探究鸟类右侧卵巢退化的分子机制及其速率差异的遗传基础	鹅的右侧卵巢组织	基因组学	NA	scRNA-seq, 基因组测序	NA	转录组数据, 基因组数据	未明确说明样本数量（鹅右侧卵巢组织）
284	2025-04-12	Spotiphy enables single-cell spatial whole transcriptomics across an entire section 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02622-5 PMID:40074951	research paper	介绍了一种名为Spotiphy的计算工具包，可将基于测序的空间转录组数据转化为单细胞分辨率的全转录组图像	Spotiphy能够在保持全基因组覆盖的同时实现单细胞分辨率，填补了信息空白，并提供了创新的空间分析流程	NA	开发一种能够实现单细胞分辨率空间转录组分析的计算工具	阿尔茨海默病和健康小鼠大脑中的星形胶质细胞和疾病相关小胶质细胞，以及人类乳腺癌空间转录组数据	digital pathology	Alzheimer's disease, breast cancer	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	NA
285	2025-04-12	Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02617-2 PMID:40082609	research paper	本文评估了Xenium In Situ平台在空间转录组学中的性能，并提供了最佳实践和分析建议	首次对Xenium平台进行独立性能分析，并与其它八种空间转录组技术进行比较	研究仅基于25个数据集，可能无法涵盖所有应用场景	评估Xenium In Situ平台的性能并建立分析流程标准	25个Xenium数据集及八种其它空间转录组技术	空间转录组学	NA	空间转录组技术	NA	空间转录组数据	25个来自不同组织和物种的Xenium数据集
286	2025-04-12	Feature selection methods affect the performance of scRNA-seq data integration and querying 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02624-3 PMID:40082610	研究论文	本文评估了单细胞RNA测序数据整合中特征选择方法对性能的影响	首次系统评估了特征选择方法对单细胞RNA测序数据整合和查询性能的影响，并提供了关于特征数量选择、批次感知特征选择等方面的具体指导	未涉及所有可能的特征选择方法，且研究结果可能受特定数据集的影响	评估不同特征选择方法对单细胞RNA测序数据整合性能的影响	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
287	2025-04-12	A computational pipeline for spatial mechano-transcriptomics 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02618-1 PMID:40097810	research paper	开发了一个计算框架，用于联合统计分析空间转录组学中的转录和机械信号	提出了一个能够联合分析转录和机械信号的计算框架，并应用于小鼠胚胎发育数据，识别组织区室边界的机械、形态和基因表达特征	未明确提及具体局限性	探索生物分子和机械信号在组织中的相互作用	小鼠胚胎发育过程中的细胞和组织	computational biology	NA	spatial transcriptomics, geoadditive structural equation modeling	geoadditive structural equation model	spatial transcriptomics data	未明确提及具体样本数量
288	2025-04-12	scNET: learning context-specific gene and cell embeddings by integrating single-cell gene expression data with protein-protein interactions 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02627-0 PMID:40097811	研究论文	提出了一种结合单细胞RNA测序数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络的方法，以解决单细胞数据分析中的挑战	采用基于图神经网络的双视图架构，联合表示基因表达和蛋白质-蛋白质相互作用网络数据，通过注意力机制优化细胞间关系	未提及具体的数据噪声和零膨胀问题的解决程度	提高单细胞RNA测序数据的分析能力，以更好地理解细胞异质性和生物通路变化	单细胞RNA测序数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据和蛋白质-蛋白质相互作用数据	NA
289	2025-04-12	Recursive Clustering of Cellular Diversity in scRNA-Seq Data 2025-Apr, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0625 PMID:40151847	research paper	该研究提出了一种递归聚类方法，用于在单细胞RNA测序数据中发现细胞类型的表型差异	通过递归执行特征提取和聚类，提高了细胞类型检测的准确性和分辨率	方法在特定粒度级别上的效果可能依赖于数据集和聚类参数的选择	改进单细胞RNA测序数据分析中的细胞聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	克罗恩病	scRNA-seq	递归聚类方法	基因表达数据	四个scRNA-seq数据集，包括克罗恩病患者的样本
290	2025-04-12	CD4+CD25- T-Cell-Secreted IFN-γ Promotes Corneal Nerve Degeneration in Diabetic Mice 2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.4.15 PMID:40192636	研究论文	本研究探讨了糖尿病角膜病变中角膜神经退化与树突状细胞（DCs）增多之间的关系	发现CD4+CD25- T细胞通过分泌IFN-γ促进糖尿病小鼠角膜神经退化，而非DCs或CD8+ T细胞	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索糖尿病角膜病变中角膜神经退化的机制	糖尿病小鼠和健康小鼠的角膜组织、三叉神经节神经元	眼科疾病研究	糖尿病角膜病变	单细胞RNA测序、全角膜染色、体外共培养实验	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明具体数量，但涉及糖尿病和健康小鼠的角膜组织
291	2025-04-12	Single-Cell Profiling and Proteomics-Based Insights Into mTORC1-Mediated Angio+TAMs Polarization in Recurrent IDH-Mutant Gliomas 2025-Apr, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70371 PMID:40202138	研究论文	本研究通过蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学和多维转录组学方法，探讨了mTORC1通路和肿瘤相关巨噬细胞在IDH突变胶质瘤复发和进展中的作用	首次结合单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了mTORC1介导的Angio+TAMs极化在IDH突变胶质瘤复发中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和数据库分析，需要进一步临床验证	阐明IDH突变胶质瘤复发和进展的分子机制	IDH突变胶质瘤及其微环境	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、空间转录组学	小鼠模型	组学数据、单细胞数据、空间转录数据	多个胶质瘤相关数据集（包括CGGA数据库）
292	2025-04-12	Bioinformatics Combined With Biological Experiments to Identify the Pathogenetic Link of Type 2 Diabetes for Breast Cancer 2025-Apr, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70759 PMID:40202151	研究论文	通过生物信息学与生物学实验结合，识别2型糖尿病与乳腺癌之间的致病关联	首次发现CCNB2、XRCC2和CENPI作为2型糖尿病与乳腺癌之间的关键致病介质	研究样本来源有限，未涵盖所有乳腺癌亚型	阐明2型糖尿病与乳腺癌共病的分子机制，以改善乳腺癌的诊断和治疗策略	2型糖尿病与乳腺癌的共病患者	生物信息学	乳腺癌	WGCNA、DEG分析、单细胞RNA测序、CCK-8、集落形成、伤口愈合、transwell实验、免疫组化、免疫荧光	机器学习	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA乳腺癌队列及GSE25724、GSE20966数据集
293	2025-04-12	Cell-Type-Specific mRNA N6-Methyladenosine Landscape and Regulatory Mechanisms Underlying Immune Dysregulation of Sleep-Deprived 2025-Apr, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.70046 PMID:40214141	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞转录组学数据集，揭示了睡眠剥夺患者外周血中m6A调节因子的景观和特定机制	首次阐明了m6A调节因子在睡眠剥夺导致的免疫失调中的细胞类型特异性调控机制，特别是ALKBH5在不同免疫细胞中的差异表达及其通过异常细胞间通讯介导获得性免疫失调的作用	研究样本量未明确说明，且机制研究主要在细胞系中进行，需要更多体内实验验证	探究睡眠剥夺导致的免疫失调中m6A RNA修饰的调控机制	睡眠剥夺患者的外周血样本及SH-SY5Y和HT22细胞系	表观遗传学	睡眠障碍	RNA测序、单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明数量的睡眠剥夺患者外周血样本
294	2025-04-11	Spatial transcriptomics delineates potential differences in intestinal phenotypes of cardiac and classical necrotizing enterocolitis 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112166 PMID:40201118	research paper	该研究通过空间转录组学比较了心脏性和经典坏死性小肠结肠炎（NEC）患者的回肠组织，揭示了两种亚型在细胞类型组成和功能上的差异	首次使用空间转录组学技术对心脏性和经典NEC的肠道表型进行系统比较，揭示了两种亚型在代谢和免疫细胞激活方面的功能差异	样本量有限，且仅分析了回肠组织，未涉及其他肠道部位	探究心脏性和经典坏死性小肠结肠炎在分子和细胞水平上的差异	坏死性小肠结肠炎患者的回肠组织	digital pathology	necrotizing enterocolitis	spatial transcriptomics	NA	transcriptomic data	未明确说明样本数量（NEC患者回肠组织）
295	2025-04-11	Regulatory T Cell Infiltration-Driven Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies SAP18 as a Prognostic Marker for Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr-10, Journal of gastrointestinal cancer IF:1.6Q4 DOI:10.1007/s12029-025-01174-3 PMID:40208395	研究论文	通过整合GEO来源的批量RNA测序数据和单细胞转录组数据，开发了一个预后模型，并验证了SAP18作为食管鳞状细胞癌预后标志物的潜力	首次通过单细胞转录组分析揭示了Tregs在食管鳞状细胞癌免疫抑制微环境中的关键作用，并鉴定了SAP18作为新的预后标志物和治疗靶点	研究样本量可能有限，且需要在更大规模的临床队列中进一步验证模型的预测能力	探索Tregs在食管鳞状细胞癌免疫微环境中的作用，并开发预后预测模型	食管鳞状细胞癌患者样本和细胞系	数字病理学	食管鳞状细胞癌	RNA测序、单细胞转录组分析、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、CCK8、Transwell侵袭实验、划痕实验、集落形成实验、免疫荧光	预后预测模型	转录组数据、临床数据	未明确说明具体样本数量，但使用了GEO数据库数据和临床标本
296	2025-04-11	IL-34 promotes the inflammatory role of the IL-1β-producing myeloid cells in pemphigus lesions 2025-Apr-09, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf130 PMID:40203120	research paper	本研究探讨了髓系细胞在天疱疮病变中形成异位淋巴样结构(ELSs)的作用，并发现IL-34通过促进IL-1β产生的髓系细胞在炎症和趋化途径中起关键作用	首次揭示了IL-34通过协同TNF-α增强IL1B_Macro分化，并证实角质形成细胞是天疱疮病变中IL-34升高的主要来源	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，需要进一步的体内实验验证	探究天疱疮病变中髓系细胞在ELSs形成中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	天疱疮患者的皮肤病变组织	免疫学	天疱疮	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术、体外培养实验	NA	RNA测序数据、免疫组化图像、流式细胞数据	未明确说明样本数量（天疱疮患者皮肤组织）
297	2025-04-11	Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq 2025-Apr-09, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01157-5 PMID:40204970	研究论文	本文介绍了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法，该方法具有高细胞保留率和适用于小样本量的特点	该方法整合了索引分选、随机引物和rRNA去除技术，显著提高了细胞保留率（95%），并能在每个细胞中检测到300-600个基因	NA	开发一种高效率和可靠的细菌单细胞转录组测序方法	细菌单细胞转录组	微生物组学	NA	MATQ-seq, scRNA-seq, FACS, rRNA去除	NA	转录组数据	使用Salmonella enterica等模式生物进行验证
298	2025-04-11	A robust diagnostic model for high-risk MASH: integrating clinical parameters and circulating biomarkers through a multi-omics approach 2025-Apr-09, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10792-9 PMID:40205303	研究论文	本研究旨在通过多组学方法开发一个稳健的高风险MASH诊断模型	整合循环生物标志物和临床参数，开发了ABD-LTyG预测模型，并验证其在诊断高风险MASH中的优越性	样本量相对较小，需要进一步扩大验证队列以确认模型的普适性	开发一个用于诊断高风险MASH的稳健模型	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）患者	数字病理学	肝病	蛋白质组学分析、转录组分析、scRNA-seq、免疫荧光双标记、LASSO回归	ABD-LTyG预测模型	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据、临床参数	发现队列144人，验证队列171人
299	2025-04-11	Analysis of the Relationship Between NLRP3 and Alzheimer's Disease in Oligodendrocytes based on Bioinformatics and In Vitro Experiments 2025-Apr-09, Current Alzheimer research IF:1.8Q4 DOI:10.2174/0115672050376534250310061951 PMID:40207815	研究论文	本研究通过生物信息学分析和分子生物学实验，探讨了少突胶质细胞中NLRP3与阿尔茨海默病（AD）的潜在关联	结合生物信息学与分子生物学实验验证NLRP3在AD中的高表达及其与疾病的密切关系，并构建基于五个关键基因的诊断模型	研究主要基于公共数据集和体外实验，缺乏体内实验验证	探索NLRP3在少突胶质细胞中与AD的关联，并构建AD诊断模型	阿尔茨海默病患者和健康对照的基因表达数据及少突胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	生物信息学分析、RT-PCR、免疫荧光、Western blot	LASSO回归、随机森林、SVM	基因表达数据	公共数据集中的AD患者和健康对照样本
300	2025-04-11	HMOX1-LDHB interaction promotes ferroptosis by inducing mitochondrial dysfunction in foamy macrophages during advanced atherosclerosis 2025-Apr-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.011 PMID:39731912	研究论文	本研究揭示了高级动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞铁死亡的细胞和分子机制，并提出了潜在的治疗策略	发现了HMOX1-LDHB相互作用通过诱导线粒体功能障碍促进泡沫巨噬细胞铁死亡的新机制	研究主要基于RNA测序数据，缺乏直接的体内实验验证	探究高级动脉粥样硬化中泡沫巨噬细胞死亡的机制	泡沫巨噬细胞	分子生物学	心血管疾病	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA