单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-07	Global and Current Research Trends of Single-Cell Sequencing in Cancer: A Bibliometric and Visualization Study 2025-Apr-18, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67880 PMID:40323789	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2010年至2023年间单细胞测序在癌症研究中的全球趋势、合作网络和知识传播	首次全面分析了单细胞测序在癌症研究中的全球趋势和合作网络，识别了关键研究领域和未来研究方向	研究仅基于Web of Science数据库，可能未涵盖所有相关文献	阐明单细胞测序在癌症研究中的发展趋势、合作模式和知识传播	单细胞测序在癌症研究中的应用	生物信息学	癌症	单细胞测序	NA	文献数据	5,680篇出版物，涉及34,074位作者、3,129个机构和75个国家
262	2025-05-07	Ephrin-B2 acts as a positive regulator of osteogenesis-angiogenesis coupling 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140555 PMID:39894124	research paper	本研究探讨了Ephrin-B2信号在成骨-血管生成耦合中的作用及其潜在机制，为牙周组织工程提供指导	发现Ephrin-B2信号在牙周炎中成骨细胞系和血管内皮细胞间的信号转导缺陷，并通过构建过表达Ephrin-B2的成骨细胞与HUVECs共培养系统，证实其促进血管生成和牙周骨再生的积极作用	研究主要基于体外共培养系统和动物模型，尚未在临床环境中验证其效果	探索Ephrin-B2信号在成骨-血管生成耦合中的作用及机制，优化牙周组织工程移植策略	牙周组织中的成骨细胞系和血管内皮细胞	组织工程	牙周炎	单细胞转录组测序、细胞共培养	NA	单细胞转录组数据、体外实验数据	公开数据库中的单细胞转录组数据(GSE171213)及构建的过表达Ephrin-B2的成骨细胞与HUVECs共培养系统
263	2025-05-07	The future of cardiology: Integrating single-cell transcriptomics with multi-omics for enhanced cardiac disease insights 2025-Apr, Current problems in cardiology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103005 PMID:39894239	综述	本文探讨了单细胞转录组测序（scRNA-seq）在心血管疾病研究中的应用及其与多组学技术整合的未来发展方向	强调了将空间转录组学和其他组学技术与scRNA-seq整合的重要性，以增强对心脏生物学的理解	当前scRNA-seq应用面临数据整合的挑战，需要更全面的多组学方法来阐明心血管疾病的机制	探索心血管疾病的创新诊断和治疗策略	哺乳动物心脏中的细胞异质性	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
264	2025-05-07	Shining a light on cell biology of the nucleus with single-cell sequencing 2025-Apr, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2025.102468 PMID:39903993	review	本文综述了单细胞测序技术在细胞核生物学中的新进展及其应用	总结了单细胞测序技术在揭示细胞核过程异质性和细胞状态间互作的新理解	NA	探讨单细胞测序技术在细胞核生物学中的应用及其未来机会	细胞核过程及其与细胞状态的互作	单细胞测序	NA	单细胞测序	NA	基因组和转录组数据	NA
265	2025-05-07	Single-cell transcriptional footprint for pseudogene SsCLEC9A is associated with antigen processing and presentation in Sus scrofa 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140629 PMID:39904428	研究论文	研究猪中假基因SsCLEC9A的单细胞转录足迹及其与抗原处理和呈递的关联	首次揭示猪中唯一的CLEC9A（SsCLEC9A）因约29.8-44.7百万年前的三个因果突变而成为假基因，挑战了CLEC9A在哺乳动物免疫交叉呈递中的重要性	研究仅针对猪的SsCLEC9A假基因，未涉及其他物种或更广泛的免疫机制	理解假基因SsCLEC9A的转录适应及其在抗原处理和呈递中的作用	猪的树突状细胞（DCs）和SsCLEC9A假基因	免疫学	NA	荧光激活细胞分选（FACS）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及猪的树突状细胞和FLT3L诱导的骨髓造血细胞
266	2025-05-07	AXL-Mediated Drug Resistance in ALK-Rearranged NSCLC Enhanced by GAS6 From Macrophages and MMP11 Positive Fibroblasts 2025-Apr, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70006 PMID:39904499	research paper	研究AXL介导的ALK重排非小细胞肺癌（NSCLC）耐药机制，特别是由巨噬细胞和MMP11阳性成纤维细胞产生的GAS6增强的耐药性	揭示了AXL表达和GAS6在肿瘤微环境中的增加如何增强ALK-TKI耐药性，并识别了CAFs和TAMs作为GAS6的主要来源	研究主要基于体外和小鼠模型，人类患者样本的验证可能不足	探究ALK重排NSCLC对ALK-TKI耐药的机制	ALK重排NSCLC细胞、小鼠模型、患者样本	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	基因表达数据	患者样本和小鼠模型
267	2025-05-07	Impaired primitive erythropoiesis and defective vascular development in Trim71-KO embryos 2025-Apr, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402956 PMID:39909558	research paper	研究揭示了RNA结合蛋白Trim71在胚胎发育中通过调控转录后基因表达对原始红细胞生成和血管发育的关键作用	首次发现Trim71通过NHL结构域直接抑制Eomes mRNA，建立了这两个重要调控基因之间的功能联系	条件性敲除实验显示内皮细胞及其前体细胞中的Trim71表达对胚胎存活非必需，暗示可能存在其他补偿机制	探究Trim71在胚胎从原肠胚形成到器官发生转变过程中的分子机制	Trim71敲除小鼠胚胎	发育生物学	胚胎发育缺陷	scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	E7.5阶段的全局Trim71敲除胚胎
268	2025-05-06	Construction of a Prognostic Model for Lysosome-dependent Cell Death in Gastric Cancer Based on Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Data 2025-Apr-20, Biomedical and environmental sciences : BES IF:3.0Q2 DOI:10.3967/bes2024.159 PMID:40320925	研究论文	基于单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，构建了胃癌中溶酶体依赖性细胞死亡的预后模型	识别了与胃癌溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因，并建立了具有强大预测能力的风险模型	研究依赖于特定数据集（TCGA和GSE183904），可能限制了结果的普遍适用性	识别与胃癌溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因并构建预测模型	胃癌患者及其相关基因表达数据	数字病理学	胃癌	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, WGCNA, Cox回归分析	风险模型	基因表达数据	TCGA数据集中的胃癌样本及GSE183904单细胞数据集
269	2025-05-06	Practical microenvironment classification in diffuse large B cell lymphoma using digital pathology 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102030 PMID:40112808	research paper	该研究利用数字病理学和免疫组织化学标记对弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的微环境进行分类，提出了一种基于CD3、CD8、CD68、PD-L1和胶原的染色算法	开发了一种基于免疫组织化学标记和数字病理学的DLBCL微环境分类算法，与转录组分类的一致性超过80%，并验证了其与单细胞测序结果的一致性	未明确说明样本的具体数量或来源限制	将DLBCL的微环境分类整合到临床实践中，以指导精准医疗	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）及其微环境	digital pathology	lymphoma	immunohistochemistry, digital pathology, single-cell sequencing	NA	image, sequencing data	NA
270	2025-05-06	A spatially resolved transcriptome landscape during thyroid cancer progression 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102043 PMID:40157360	research paper	本研究整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，绘制了甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境（TME）的空间动态变化图谱	揭示了甲状腺癌进展过程中分子和细胞异质性，鉴定了三个不同的甲状腺细胞元簇，并建立了高置信度的细胞间相互作用	NA	探究甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境的空间动态变化	甲状腺癌组织（包括旁甲状腺组织、乳头状甲状腺癌、局部晚期乳头状甲状腺癌和未分化甲状腺癌）	digital pathology	thyroid cancer	spatial transcriptomics, single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	多种甲状腺癌组织样本（具体数量未提及）
271	2025-05-06	Deconvoluting single-cell transcriptomics reveals cellular programs regulated by cell-cell communication in colorectal cancer 2025-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.09.648030 PMID:40321215	meta-analysis	通过单细胞转录组学解析结直肠癌中细胞间通讯调控的细胞程序	提出了一种新颖的分析框架，利用分层语言模型识别基因表达模块（GEMs），并通过因果发现方法系统地揭示配体-受体信号传导和跨细胞类型通讯调控的GEMs	NA	深入理解结直肠癌中细胞间通讯（CCC）网络的复杂性	153名患者的279个单细胞样本	单细胞转录组学	结直肠癌	单细胞转录组学、空间转录组学	分层语言模型	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	153名患者的279个样本
272	2025-05-06	De novo detection of somatic variants in high-quality long-read single-cell RNA sequencing data 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279281.124 PMID:40107722	研究论文	介绍了一种名为LongSom的计算工作流程，用于从高质量的长读单细胞RNA测序数据中检测体细胞变异	LongSom能够在不需要正常样本的情况下进行从头变异检测，包括线粒体SNVs、拷贝数变异和基因融合，以重建肿瘤克隆异质性	NA	研究癌症进化、克隆异质性和治疗耐药性	人类卵巢癌样本	数字病理学	卵巢癌	长读单细胞RNA测序（LR scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
273	2025-05-06	De novo antibody identification in human blood from full-length single B cell transcriptomics and matching haplotype-resolved germline assemblies 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279392.124 PMID:40118521	研究论文	通过全长单B细胞转录组学和匹配的单倍型解析种系组装，从人类血液中鉴定新抗体	结合种系IG位点的基因组测序和同一供体B细胞的单细胞转录组测序，首次实现了对种系IG单倍型的全面解析及其与表达抗体库的关联分析	研究仅针对MMR疫苗接种后的B细胞，可能无法全面反映其他免疫挑战下的抗体库特征	理解种系IG单倍型如何影响表达的抗体库	人类B细胞及其表达的抗体	免疫组学	麻疹	全长单细胞转录组测序、单倍型解析种系组装	NA	基因组序列、转录组序列	来自同一供体的B细胞（具体数量未明确说明）
274	2025-05-06	Single-cell transcriptome analyses of PBMCs reveal the immunological characteristics of individuals with phlegm-dampness constitution 2025-Apr, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1113-3 PMID:40126771	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示痰湿体质个体的免疫学特征	首次使用单细胞RNA测序技术分析痰湿体质个体的外周血单核细胞，揭示其免疫学特征	样本量较小，仅为初步研究	探索中医体质分类的分子免疫学基础	痰湿体质个体的外周血单核细胞(PBMCs)	单细胞转录组学	代谢性疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	痰湿体质个体的PBMCs样本
275	2025-05-06	SLC27A2 marks lipid peroxidation in nasal epithelial cells driven by type 2 inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Apr, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01440-1 PMID:40195539	研究论文	本文揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)中鼻息肉上皮细胞脂质代谢失调和脂质过氧化增加在疾病发病机制中的作用	首次发现SLC27A2/FATP2在鼻息肉上皮细胞中的上调与脂质过氧化增加相关，并证实FATP2介导的脂质过氧化是CRSwNP上皮功能障碍和炎症的关键驱动因素	研究主要基于体外实验和测序数据分析，缺乏动物模型验证	阐明慢性鼻窦炎伴鼻息肉的发病机制并寻找潜在治疗靶点	鼻息肉上皮细胞	NA	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
276	2025-05-06	Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data identifies BHLHE40 as a key gene in pancreatic cancer progression and gemcitabine resistance 2025-Apr, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152338 PMID:40250076	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别BHLHE40作为胰腺癌进展和吉西他滨耐药的关键基因	首次发现BHLHE40通过调控SAT1和免疫逃逸机制与胰腺癌的恶性和化疗耐药性显著相关	研究主要基于公共数据集，缺乏实验验证	研究胰腺导管腺癌（PDAC）进展和化疗耐药的分子机制，寻找新的治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ChIP-seq	NA	基因表达数据	公共数据集（TCGA和GEO）
277	2025-05-04	Transcriptome associated with single-cell analysis reveal the role of S-palmitoylation in coronary artery disease 2025-Apr-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99648-8 PMID:40307438	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用，并鉴定了关键的棕榈酰化相关基因	首次通过单细胞测序和生物信息学分析揭示了S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的关键作用，并确定了三个核心基因CXCL12、KRTAP4-7和PPP2R2B	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用机制	冠状动脉疾病相关基因和细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、WGCNA、PPI网络分析、CIBERSORT免疫浸润分析	机器学习算法	基因表达数据	GSE113079和GSE121893数据集
278	2025-05-04	Single-cell sequencing unveils the transcriptomic landscape of castration-resistant prostate cancer-associated fibroblasts and their association with prognosis and immunotherapy response 2025-Apr-30, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14212-x PMID:40307786	研究论文	通过单细胞测序揭示了去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的转录组学特征及其与预后和免疫治疗反应的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了CRPC-CAFs与PCa-CAFs的转录组差异，并发现TGF-β信号阻断可增强免疫治疗效果	研究样本量未明确说明，且体外模型可能无法完全模拟人体内复杂环境	探究去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的分子特征及其在肿瘤微环境中的作用	去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞(CRPC-CAFs)	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	皮下PCa模型	RNA测序数据	NA
279	2025-05-04	Multiple-omics analysis of aggrephagy-related cellular patterns and development of an aggrephagy-related signature for hepatocellular carcinoma 2025-Apr-30, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03816-z PMID:40307857	研究论文	通过多组学分析聚集自噬相关细胞模式并开发肝细胞癌的聚集自噬相关特征	首次系统地分析了聚集自噬相关基因（AGGRGs）在肝细胞癌（HCC）中的调控机制和临床意义，并构建了风险预测模型	研究主要基于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索聚集自噬在肝细胞癌中的调控机制及其临床意义	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤微环境中的细胞	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, 组织微阵列	LASSO回归, 单细胞转录组分析	RNA测序数据, 单细胞转录组数据, 组织微阵列数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
280	2025-05-04	High-resolution single-cell RNA-seq data and heterogeneity analysis of human ESCs and ffEPSCs 2025-Apr-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05024-6 PMID:40263373	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术对人类无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)及其亲本人类胚胎干细胞(ESCs)进行了全面的转录组分析，为理解人类早期发育和多能性的细胞异质性提供了新见解	利用Smart-seq2单细胞RNA测序技术比较了ESCs和ffEPSCs的基因表达谱，发现了两种细胞群中的不同亚群，并通过伪时间分析揭示了从ESCs向ffEPSCs转变的关键分子通路	NA	深入理解人类早期多能性和扩展多能状态的分子机制	人类无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)和人类胚胎干细胞(ESCs)	stem cell biology	NA	Smart-seq2-based single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), pseudotime analysis, repeat sequence analysis	NA	single-cell RNA-seq data	NA