单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-05-10	Single-Cell RNA Sequencing of Baseline Immune Profiles After Third Vaccination Associated with Subsequent SARS-CoV-2 Infection in Naïve Individuals 2025-Apr-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083494 PMID:40331973	研究论文	通过单细胞RNA测序分析疫苗接种后基线免疫特征与后续SARS-CoV-2感染的关系	揭示了疫苗接种后长期保护与突破性感染个体基线免疫亚群的分子特征差异	样本来自先前纵向研究，可能受限于原始研究设计	识别与增强SARS-CoV-2保护相关的分子特征	接种ChAdOx1/ChAdOx1/BNT162b2疫苗后未感染和突破性感染个体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 酶联免疫斑点试验(ELISPOT)	NA	基因表达数据	来自先前纵向研究的受试者样本(数量未明确说明)
242	2025-05-10	Macrophages protect against sensory axon loss in peripheral neuropathy 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08535-1 PMID:39939762	research paper	该研究探讨了巨噬细胞在预防周围神经病变中感觉轴突损失中的作用	首次揭示了CCR2巨噬细胞在肥胖前糖尿病小鼠周围神经中的神经保护作用，通过galectin 3延缓感觉轴突退化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	研究炎症在周围神经病变发病机制中的作用	肥胖前糖尿病小鼠模型	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
243	2025-05-10	Divergent PTEN-p53 interaction upon DNA damage in a human thyroid organoid model with germline PTEN mutations 2025-Apr-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2 DOI:10.1530/ERC-24-0216 PMID:39970536	研究论文	研究探讨了在携带不同PTEN基因突变的人类甲状腺类器官模型中，电离辐射如何基于PTEN变异类型改变DNA损伤反应	首次揭示了PTEN基因不同变异类型通过PTEN-p53网络相互作用调控p53通路激活的机制，解释了PTEN M134R变异导致甲状腺癌易感性的分子基础	研究仅针对两种PTEN变异类型（M134R和G132D）进行分析，可能无法涵盖所有临床相关变异	探究PTEN基因不同种系变异在辐射诱导DNA损伤反应中的差异及其与甲状腺癌发生风险的关系	携带野生型和两种杂合PTEN突变（M134R和G132D）的人类诱导多能干细胞衍生的甲状腺类器官	肿瘤生物学	甲状腺癌	CRISPR-Cas9基因编辑技术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	人类甲状腺类器官模型	转录组数据	野生型和两种PTEN突变型（M134R/G132D）的人类诱导多能干细胞系及其衍生的甲状腺类器官
244	2025-05-10	Therapeutic potential of p-coumaric acid in alleviating renal fibrosis through inhibition of M2 macrophage infiltration and cellular communication 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156507 PMID:39978279	研究论文	本研究探讨了对香豆酸（p-CA）在缓解肾纤维化中的治疗潜力及其通过抑制M2巨噬细胞浸润和细胞通讯的机制	首次揭示p-CA通过靶向M2巨噬细胞并破坏其与肾小管上皮细胞的相互作用来减轻肾纤维化的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	评估p-CA在肾纤维化中的治疗潜力并阐明其作用机制	肾纤维化模型中的M2巨噬细胞和肾小管上皮细胞	药理学	肾纤维化	LC-MS, CyTOF, scRNA-seq, 流式细胞术, WB, qRT-PCR, IHC, IF	NA	代谢组学数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据	UUO诱导的肾纤维化模型组织
245	2025-05-10	Single-cell transcriptomics reveals the immune mechanisms by which tonsillectomy improves clinical outcomes of recurrent Immuoglobulin A nephropathy after kidney transplant 2025-Apr, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.02.010 PMID:39985963	研究论文	通过单细胞转录组学揭示扁桃体切除术改善肾移植后复发性免疫球蛋白A肾病临床效果的免疫机制	首次使用单细胞转录组学分析扁桃体切除术对IgANR患者B细胞表型和功能的影响，揭示了IGHA1表达下调、记忆B细胞失活及相关通路改变在降低Gd-IgA1水平中的作用	样本量较小（29例患者），且仅分析了1例扁桃体组织和3例PBMC样本	探究扁桃体切除术治疗IgANR的细胞和分子机制	IgANR患者的扁桃体组织和外周血单个核细胞（PBMCs）	免疫学	免疫球蛋白A肾病	流式细胞术、单细胞mRNA测序	NA	单细胞转录组数据	29例IgANR患者、1例扁桃体组织样本、3例PBMC样本
246	2025-05-10	Dihydromyricetin regulates the miR-155-5p/SIRT1/VDAC1 pathway to promote liver regeneration and improve alcohol-induced liver injury 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156522 PMID:39986231	研究论文	探讨二氢杨梅素通过调节miR-155-5p/SIRT1/VDAC1通路促进肝脏再生并改善酒精性肝损伤的作用机制	首次揭示二氢杨梅素通过调控miR-155-5p/SIRT1/VDAC1正反馈环路改善肝脏炎症和细胞衰老，促进肝脏再生以改善酒精性肝病	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证相对有限	探索二氢杨梅素在酒精性肝病相关肝脏再生障碍中的治疗潜力及分子机制	酒精性肝病小鼠模型及临床样本	肝脏疾病研究	酒精性肝病	血清非靶向代谢组学、肝脏转录组学、单细胞测序、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、免疫荧光	NA	生化指标、组织病理学、多组学数据	小鼠模型及临床样本（具体数量未明确说明）
247	2025-05-09	Skin organoid transplantation promotes tissue repair with scarless in frostbite 2025-Apr-18, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwae055 PMID:39363875	research paper	该研究探讨了皮肤类器官移植在促进冻伤无疤痕组织修复中的应用	首次构建了hiPSC来源的皮肤类器官结合明胶水凝胶用于冻伤治疗，并揭示了其通过调节整合素α5β1-FAK通路减少纤维化及促进生理性ECM重建的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床转化验证	开发冻伤后促进无疤痕愈合的新型治疗方法	冻伤小鼠模型及hiPSC来源的皮肤类器官	再生医学	冻伤	单细胞转录组测序	小鼠冻伤模型	基因表达数据	未明确说明实验动物数量
248	2025-05-09	The transcription factor HHEX maintains glucocorticoid levels and protects adrenals from androgen-induced lipid depletion 2025-Apr-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6248794/v1 PMID:40321776	research paper	该研究揭示了转录因子HHEX在维持肾上腺糖皮质激素水平和保护肾上腺免受雄激素诱导的脂质耗竭中的关键作用	首次发现HHEX是雄激素受体靶基因，通过抑制雌性转录程序维持肾上腺性别二态性，并保护脂滴免受雄激素诱导的脂噬作用	研究主要基于小鼠模型，人类肾上腺中的HHEX功能需要进一步验证	探究维持肾上腺皮质细胞差异响应能力的分子机制	肾上腺皮质糖皮质激素产生细胞	分子生物学	内分泌疾病	scRNA-seq	遗传小鼠模型	转录组数据	NA
249	2025-05-09	Loss of ATG7 in microglia impairs UPR, triggers ferroptosis, and weakens amyloid pathology control 2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230173 PMID:39945772	research paper	研究揭示了在小胶质细胞中缺失ATG7如何影响未折叠蛋白反应(UPR)、触发铁死亡，并削弱对淀粉样病理的控制	首次发现ATG7缺失导致小胶质细胞UPR减少和氧化应激增加，进而引发铁死亡，影响Aβ斑块的控制	研究主要基于AD小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探究ATG7在小胶质细胞中对Aβ斑块控制及细胞死亡机制的影响	AD小鼠模型中的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病(AD)	单细胞RNA测序、生化分析、免疫荧光分析	AD小鼠模型	基因表达数据、生化数据、图像数据	AD小鼠模型中的小胶质细胞
250	2025-05-09	Integrating single-cell sequencing and machine learning to uncover the role of mitophagy in subtyping and prognosis of esophageal cancer 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02061-1 PMID:39948301	研究论文	该研究通过整合单细胞测序和机器学习技术，探讨了线粒体自噬相关基因在食管癌亚型分型和预后中的作用	首次结合单细胞测序和机器学习方法分析食管癌中线粒体自噬相关基因的预后价值，并发现两个核心基因HSPD1和MAP1LC3B	研究结果需要更多独立队列验证，分子机制研究仍需深入	探索线粒体自噬相关基因在食管癌分子分型和预后预测中的作用	食管癌患者及其相关基因表达数据	数字病理学	食管癌	RNA-seq, 单细胞测序	LASSO回归, Random Forest, XGBoost	基因表达数据	TCGA数据库中的食管癌样本及两个外部验证队列
251	2025-05-09	The development and potent antitumor efficacy of CD44/CD133 dual-targeting IL7Rα-armored CAR-T cells against glioblastoma 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217541 PMID:39952598	研究论文	开发了一种针对CD44和CD133的双靶向IL7Rα装甲CAR-T细胞，用于治疗胶质母细胞瘤	首次开发了针对CD44和CD133的双靶向CAR-T细胞，并加入了IL7Rα装甲，增强了抗肿瘤效果	研究仍处于临床前阶段，尚未进行人体试验	开发一种新型CAR-T细胞疗法，以克服胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和免疫抑制微环境	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）、患者样本、颅内异种移植模型、患者来源的异种移植模型和胶质母细胞瘤类器官（GBOs）	免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	CAR-T细胞	测序数据、细胞表型数据	患者来源的GSCs、异种移植模型和GBOs
252	2025-05-09	X-scPAE: An explainable deep learning model for embryonic lineage allocation prediction based on single-cell transcriptomics revealing key genes in embryonic cell development 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109787 PMID:39946788	research paper	介绍了一种基于单细胞转录组学的可解释深度学习模型X-scPAE，用于预测胚胎细胞谱系分配并识别关键基因	结合PCA和注意力机制的自编码器模型，利用CGA算法解释基因表达差异，显著提高了预测准确性	未提及模型在其他物种或更广泛细胞类型中的适用性	理解细胞分化过程并减少人类早期妊娠流产	人类和小鼠的单细胞转录组数据	machine learning	NA	single-cell transcriptomics	PCA-based deep learning attention autoencoder (X-scPAE)	gene expression data	NA
253	2025-05-08	Tumor-infiltrating mast cells as potential chemoimmunotherapy enhancer in triple-negative breast cancer 2025-Apr-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011899 PMID:40306958	research paper	该研究探讨了肿瘤浸润性肥大细胞（TIMCs）在三阴性乳腺癌（TNBC）中的潜在免疫调节作用及其与化疗免疫疗法结合的潜力	揭示了TIMCs在TNBC肿瘤免疫微环境中的关键调节作用，并提出了TIMCs靶向治疗与化疗免疫疗法结合的新策略	研究主要基于小鼠和人类单细胞测序数据，临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	探索TNBC中TIMCs的免疫调节机制及其在化疗免疫疗法中的潜在增强作用	三阴性乳腺癌（TNBC）中的肿瘤浸润性肥大细胞（TIMCs）	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	整合了小鼠和人类的单细胞测序数据（具体样本数量未提及）
254	2025-05-08	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6314842/v1 PMID:40313763	研究论文	该研究通过多模态分析方法识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的空间和分子特征	整合了多种高通量技术（如单细胞RNA测序、空间蛋白质组学等）进行多模态分析，揭示了TIL扩增的基因组和空间决定因素	研究主要针对高级别胶质瘤，结果在其他免疫排斥性癌症中的普适性需要进一步验证	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为基于T细胞的免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq、Xenium转录组学、CODEX空间蛋白质组学	NA	多组学数据（基因组、转录组、蛋白质组）	未明确提及具体样本数量，但涉及高级别胶质瘤的TIL生成与非生成肿瘤对比
255	2025-05-08	Integrative analysis of bulk RNA and single-cell sequencing data reveals a liquid-liquid phase separation signature for clear cell renal cell carcinoma 2025-Apr-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149313 PMID:39921047	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞测序数据，揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的液-液相分离（LLPS）特征，并构建了一个预后和免疫治疗反应预测的签名	首次基于LLPS相关基因构建了ccRCC的预后和免疫治疗反应预测签名，并通过单细胞测序和体外实验验证了签名基因的表达及其对ccRCC细胞恶性生物学行为的影响	研究主要基于TCGA数据，可能需要更多独立数据集进行验证	建立透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的预后和免疫治疗反应预测签名	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者和细胞	数字病理学	肾癌	RNA测序，单细胞测序	Cox回归，LASSO算法	RNA测序数据，单细胞测序数据	TCGA数据集中的ccRCC样本
256	2025-05-08	Individualized patient tumor organoids faithfully preserve human brain tumor ecosystems and predict patient response to therapy 2025-Apr-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.01.002 PMID:39938519	研究论文	开发了一种快速、高效且复杂的培养系统（IPTO），能够准确重现人脑肿瘤的细胞和分子病理学	IPTO模型能够培养多种中枢神经系统肿瘤，包括成人、儿童和转移性脑癌，并能预测患者特异性药物反应	未明确提及具体局限性	开发一种能够准确模拟人脑肿瘤并预测治疗反应的临床前模型	人脑肿瘤，包括成人、儿童和转移性脑癌	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	IPTO（个体化患者肿瘤类器官）	基因组、表观基因组和单细胞RNA测序数据	前瞻性患者队列（具体数量未提及）
257	2025-05-08	Overcoming immunotherapy resistance in hepatocellular carcinoma by targeting myeloid IL-8/CXCR2 signaling 2025-Apr-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.02.002 PMID:39916327	研究论文	本研究探讨了通过靶向髓系IL-8/CXCR2信号通路克服肝细胞癌免疫治疗耐药性的机制	揭示了IL-8/CXCR2通路在免疫检查点阻断(ICB)耐药性中的作用，并提出了AZD5069作为CXCR2拮抗剂的潜在治疗策略	研究样本量有限，且主要基于临床前模型，需要进一步临床试验验证	阐明IL-8/CXCR2通路介导的ICB耐药机制，并探索克服耐药性的治疗策略	肝细胞癌(HCC)患者和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	ICB耐药原位小鼠模型	RNA测序数据	晚期HCC患者的基线及治疗中活检样本
258	2025-05-08	Identification and validation of immune-related biomarkers and polarization types of macrophages in keloid based on bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.burns.2025.107413 PMID:39923303	研究论文	通过bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了瘢痕疙瘩中免疫相关生物标志物及巨噬细胞极化类型	首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq技术，识别了BMP1和IL1R1作为瘢痕疙瘩的新型生物标志物，并揭示了巨噬细胞极化失调的状态	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索瘢痕疙瘩的免疫相关生物标志物及巨噬细胞极化类型，为治疗提供新思路	瘢痕疙瘩组织及正常组织	生物信息学	瘢痕疙瘩	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, LASSO, SVM-RFE, RF, WB, IF	LASSO, SVM-RFE, RF	RNA-seq数据	多个GEO数据集（GSE83286, GSE212954, GSE92566, GSE90051）
259	2025-05-08	Unveiling FKBP7 as an early endoplasmic reticulum sentinel in pancreatic stellate cell activation, collagen remodeling and tumor progression 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217538 PMID:39924075	research paper	该研究揭示了FKBP7作为胰腺星状细胞（PSCs）激活、胶原重塑和肿瘤进展中的早期内质网哨兵的作用	首次将FKBP7鉴定为PSCs的早期激活标志物，并揭示其通过BiP复合物调节特定胶原亚型分泌的机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化潜力尚需进一步验证	探究内质网驻留蛋白在胰腺导管腺癌（PDAC）间质激活中的作用机制	胰腺星状细胞（PSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、功能缺失实验	NA	基因表达数据、组织病理图像	PDAC患者组织样本（数量未明确）
260	2025-05-08	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing data using machine learning identifies oxidative stress-related genes LUM and PCOLCE2 as potential biomarkers for heart failure 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140793 PMID:39929468	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，利用机器学习识别氧化应激相关基因LUM和PCOLCE2作为心力衰竭的潜在生物标志物	首次结合单细胞和批量RNA测序数据，应用多种机器学习算法识别出与心力衰竭相关的氧化应激基因LUM和PCOLCE2，并验证其在诊断中的潜在价值	需要进一步研究验证其临床实用性	探索氧化应激相关基因在心力衰竭中的作用及其作为生物标志物的潜力	心力衰竭患者和小鼠模型	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习算法（AUCell, UCell, singscore, ssgsea, AddModuleScore等）	多种机器学习模型（XGBoost, 随机森林, 支持向量机等）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，包括心力衰竭患者和小鼠模型