单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-05-08	Identification and validation of immune-related biomarkers and polarization types of macrophages in keloid based on bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.burns.2025.107413 PMID:39923303	研究论文	通过bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了瘢痕疙瘩中免疫相关生物标志物及巨噬细胞极化类型	首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq技术，识别了BMP1和IL1R1作为瘢痕疙瘩的新型生物标志物，并揭示了巨噬细胞极化失调的状态	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索瘢痕疙瘩的免疫相关生物标志物及巨噬细胞极化类型，为治疗提供新思路	瘢痕疙瘩组织及正常组织	生物信息学	瘢痕疙瘩	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, LASSO, SVM-RFE, RF, WB, IF	LASSO, SVM-RFE, RF	RNA-seq数据	多个GEO数据集（GSE83286, GSE212954, GSE92566, GSE90051）
222	2025-05-08	Unveiling FKBP7 as an early endoplasmic reticulum sentinel in pancreatic stellate cell activation, collagen remodeling and tumor progression 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217538 PMID:39924075	research paper	该研究揭示了FKBP7作为胰腺星状细胞（PSCs）激活、胶原重塑和肿瘤进展中的早期内质网哨兵的作用	首次将FKBP7鉴定为PSCs的早期激活标志物，并揭示其通过BiP复合物调节特定胶原亚型分泌的机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化潜力尚需进一步验证	探究内质网驻留蛋白在胰腺导管腺癌（PDAC）间质激活中的作用机制	胰腺星状细胞（PSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、功能缺失实验	NA	基因表达数据、组织病理图像	PDAC患者组织样本（数量未明确）
223	2025-05-08	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing data using machine learning identifies oxidative stress-related genes LUM and PCOLCE2 as potential biomarkers for heart failure 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140793 PMID:39929468	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，利用机器学习识别氧化应激相关基因LUM和PCOLCE2作为心力衰竭的潜在生物标志物	首次结合单细胞和批量RNA测序数据，应用多种机器学习算法识别出与心力衰竭相关的氧化应激基因LUM和PCOLCE2，并验证其在诊断中的潜在价值	需要进一步研究验证其临床实用性	探索氧化应激相关基因在心力衰竭中的作用及其作为生物标志物的潜力	心力衰竭患者和小鼠模型	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习算法（AUCell, UCell, singscore, ssgsea, AddModuleScore等）	多种机器学习模型（XGBoost, 随机森林, 支持向量机等）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，包括心力衰竭患者和小鼠模型
224	2025-05-07	Global and Current Research Trends of Single-Cell Sequencing in Cancer: A Bibliometric and Visualization Study 2025-Apr-18, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67880 PMID:40323789	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2010年至2023年间单细胞测序在癌症研究中的全球趋势、合作网络和知识传播	首次全面分析了单细胞测序在癌症研究中的全球趋势和合作网络，识别了关键研究领域和未来研究方向	研究仅基于Web of Science数据库，可能未涵盖所有相关文献	阐明单细胞测序在癌症研究中的发展趋势、合作模式和知识传播	单细胞测序在癌症研究中的应用	生物信息学	癌症	单细胞测序	NA	文献数据	5,680篇出版物，涉及34,074位作者、3,129个机构和75个国家
225	2025-05-07	Ephrin-B2 acts as a positive regulator of osteogenesis-angiogenesis coupling 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140555 PMID:39894124	research paper	本研究探讨了Ephrin-B2信号在成骨-血管生成耦合中的作用及其潜在机制，为牙周组织工程提供指导	发现Ephrin-B2信号在牙周炎中成骨细胞系和血管内皮细胞间的信号转导缺陷，并通过构建过表达Ephrin-B2的成骨细胞与HUVECs共培养系统，证实其促进血管生成和牙周骨再生的积极作用	研究主要基于体外共培养系统和动物模型，尚未在临床环境中验证其效果	探索Ephrin-B2信号在成骨-血管生成耦合中的作用及机制，优化牙周组织工程移植策略	牙周组织中的成骨细胞系和血管内皮细胞	组织工程	牙周炎	单细胞转录组测序、细胞共培养	NA	单细胞转录组数据、体外实验数据	公开数据库中的单细胞转录组数据(GSE171213)及构建的过表达Ephrin-B2的成骨细胞与HUVECs共培养系统
226	2025-05-07	The future of cardiology: Integrating single-cell transcriptomics with multi-omics for enhanced cardiac disease insights 2025-Apr, Current problems in cardiology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103005 PMID:39894239	综述	本文探讨了单细胞转录组测序（scRNA-seq）在心血管疾病研究中的应用及其与多组学技术整合的未来发展方向	强调了将空间转录组学和其他组学技术与scRNA-seq整合的重要性，以增强对心脏生物学的理解	当前scRNA-seq应用面临数据整合的挑战，需要更全面的多组学方法来阐明心血管疾病的机制	探索心血管疾病的创新诊断和治疗策略	哺乳动物心脏中的细胞异质性	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
227	2025-05-07	Shining a light on cell biology of the nucleus with single-cell sequencing 2025-Apr, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2025.102468 PMID:39903993	review	本文综述了单细胞测序技术在细胞核生物学中的新进展及其应用	总结了单细胞测序技术在揭示细胞核过程异质性和细胞状态间互作的新理解	NA	探讨单细胞测序技术在细胞核生物学中的应用及其未来机会	细胞核过程及其与细胞状态的互作	单细胞测序	NA	单细胞测序	NA	基因组和转录组数据	NA
228	2025-05-07	Single-cell transcriptional footprint for pseudogene SsCLEC9A is associated with antigen processing and presentation in Sus scrofa 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140629 PMID:39904428	研究论文	研究猪中假基因SsCLEC9A的单细胞转录足迹及其与抗原处理和呈递的关联	首次揭示猪中唯一的CLEC9A（SsCLEC9A）因约29.8-44.7百万年前的三个因果突变而成为假基因，挑战了CLEC9A在哺乳动物免疫交叉呈递中的重要性	研究仅针对猪的SsCLEC9A假基因，未涉及其他物种或更广泛的免疫机制	理解假基因SsCLEC9A的转录适应及其在抗原处理和呈递中的作用	猪的树突状细胞（DCs）和SsCLEC9A假基因	免疫学	NA	荧光激活细胞分选（FACS）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及猪的树突状细胞和FLT3L诱导的骨髓造血细胞
229	2025-05-07	AXL-Mediated Drug Resistance in ALK-Rearranged NSCLC Enhanced by GAS6 From Macrophages and MMP11 Positive Fibroblasts 2025-Apr, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70006 PMID:39904499	research paper	研究AXL介导的ALK重排非小细胞肺癌（NSCLC）耐药机制，特别是由巨噬细胞和MMP11阳性成纤维细胞产生的GAS6增强的耐药性	揭示了AXL表达和GAS6在肿瘤微环境中的增加如何增强ALK-TKI耐药性，并识别了CAFs和TAMs作为GAS6的主要来源	研究主要基于体外和小鼠模型，人类患者样本的验证可能不足	探究ALK重排NSCLC对ALK-TKI耐药的机制	ALK重排NSCLC细胞、小鼠模型、患者样本	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	基因表达数据	患者样本和小鼠模型
230	2025-05-07	Impaired primitive erythropoiesis and defective vascular development in Trim71-KO embryos 2025-Apr, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402956 PMID:39909558	research paper	研究揭示了RNA结合蛋白Trim71在胚胎发育中通过调控转录后基因表达对原始红细胞生成和血管发育的关键作用	首次发现Trim71通过NHL结构域直接抑制Eomes mRNA，建立了这两个重要调控基因之间的功能联系	条件性敲除实验显示内皮细胞及其前体细胞中的Trim71表达对胚胎存活非必需，暗示可能存在其他补偿机制	探究Trim71在胚胎从原肠胚形成到器官发生转变过程中的分子机制	Trim71敲除小鼠胚胎	发育生物学	胚胎发育缺陷	scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	E7.5阶段的全局Trim71敲除胚胎
231	2025-05-06	Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated with Metastasis Risk in Colorectal Cancer 2025-Apr-23, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.04.22.25326170 PMID:40313260	研究论文	本研究通过基于组织学的虚拟RNA推断技术，识别了与结直肠癌转移风险相关的通路	开发了虚拟RNA推断（VRI）技术，直接从H&E染色组织图像中获取空间转录组水平的分子信息，无需进行空间转录组测序	某些肿瘤相关通路仅通过组织学无法完全捕获	改进结直肠癌的筛查、预后评估、疾病管理和治疗方法	结直肠癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	虚拟RNA推断（VRI），空间转录组学（ST）	UNI, ResNet-50, ViT, VMamba	H&E染色组织图像	45名患者，超过300,000个Visium点
232	2025-05-06	Construction of a Prognostic Model for Lysosome-dependent Cell Death in Gastric Cancer Based on Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Data 2025-Apr-20, Biomedical and environmental sciences : BES IF:3.0Q2 DOI:10.3967/bes2024.159 PMID:40320925	研究论文	基于单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，构建了胃癌中溶酶体依赖性细胞死亡的预后模型	识别了与胃癌溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因，并建立了具有强大预测能力的风险模型	研究依赖于特定数据集（TCGA和GSE183904），可能限制了结果的普遍适用性	识别与胃癌溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因并构建预测模型	胃癌患者及其相关基因表达数据	数字病理学	胃癌	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, WGCNA, Cox回归分析	风险模型	基因表达数据	TCGA数据集中的胃癌样本及GSE183904单细胞数据集
233	2025-05-06	Practical microenvironment classification in diffuse large B cell lymphoma using digital pathology 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102030 PMID:40112808	research paper	该研究利用数字病理学和免疫组织化学标记对弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的微环境进行分类，提出了一种基于CD3、CD8、CD68、PD-L1和胶原的染色算法	开发了一种基于免疫组织化学标记和数字病理学的DLBCL微环境分类算法，与转录组分类的一致性超过80%，并验证了其与单细胞测序结果的一致性	未明确说明样本的具体数量或来源限制	将DLBCL的微环境分类整合到临床实践中，以指导精准医疗	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）及其微环境	digital pathology	lymphoma	immunohistochemistry, digital pathology, single-cell sequencing	NA	image, sequencing data	NA
234	2025-05-06	A spatially resolved transcriptome landscape during thyroid cancer progression 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102043 PMID:40157360	research paper	本研究整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，绘制了甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境（TME）的空间动态变化图谱	揭示了甲状腺癌进展过程中分子和细胞异质性，鉴定了三个不同的甲状腺细胞元簇，并建立了高置信度的细胞间相互作用	NA	探究甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境的空间动态变化	甲状腺癌组织（包括旁甲状腺组织、乳头状甲状腺癌、局部晚期乳头状甲状腺癌和未分化甲状腺癌）	digital pathology	thyroid cancer	spatial transcriptomics, single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	多种甲状腺癌组织样本（具体数量未提及）
235	2025-05-06	Altered baseline immunological state and impaired immune response to SARS-CoV-2 mRNA vaccination in lung transplant recipients 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102050 PMID:40187358	研究论文	研究探讨了肺移植受者在基线状态和接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫状态变化，并与健康对照组进行比较	采用多组学方法揭示了肺移植受者基线免疫状态与严重COVID-19和败血症相似，并发现其疫苗接种后免疫反应受损	研究未涉及其他器官移植受者，且样本量可能有限	评估肺移植受者接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫反应	肺移植受者和健康对照组	免疫学	COVID-19	多组学方法、单细胞RNA测序	NA	免疫学数据、RNA测序数据	肺移植受者和健康对照组
236	2025-05-06	Deconvoluting single-cell transcriptomics reveals cellular programs regulated by cell-cell communication in colorectal cancer 2025-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.09.648030 PMID:40321215	meta-analysis	通过单细胞转录组学解析结直肠癌中细胞间通讯调控的细胞程序	提出了一种新颖的分析框架，利用分层语言模型识别基因表达模块（GEMs），并通过因果发现方法系统地揭示配体-受体信号传导和跨细胞类型通讯调控的GEMs	NA	深入理解结直肠癌中细胞间通讯（CCC）网络的复杂性	153名患者的279个单细胞样本	单细胞转录组学	结直肠癌	单细胞转录组学、空间转录组学	分层语言模型	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	153名患者的279个样本
237	2025-05-06	De novo detection of somatic variants in high-quality long-read single-cell RNA sequencing data 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279281.124 PMID:40107722	研究论文	介绍了一种名为LongSom的计算工作流程，用于从高质量的长读单细胞RNA测序数据中检测体细胞变异	LongSom能够在不需要正常样本的情况下进行从头变异检测，包括线粒体SNVs、拷贝数变异和基因融合，以重建肿瘤克隆异质性	NA	研究癌症进化、克隆异质性和治疗耐药性	人类卵巢癌样本	数字病理学	卵巢癌	长读单细胞RNA测序（LR scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
238	2025-05-06	De novo antibody identification in human blood from full-length single B cell transcriptomics and matching haplotype-resolved germline assemblies 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279392.124 PMID:40118521	研究论文	通过全长单B细胞转录组学和匹配的单倍型解析种系组装，从人类血液中鉴定新抗体	结合种系IG位点的基因组测序和同一供体B细胞的单细胞转录组测序，首次实现了对种系IG单倍型的全面解析及其与表达抗体库的关联分析	研究仅针对MMR疫苗接种后的B细胞，可能无法全面反映其他免疫挑战下的抗体库特征	理解种系IG单倍型如何影响表达的抗体库	人类B细胞及其表达的抗体	免疫组学	麻疹	全长单细胞转录组测序、单倍型解析种系组装	NA	基因组序列、转录组序列	来自同一供体的B细胞（具体数量未明确说明）
239	2025-05-06	Single-cell transcriptome analyses of PBMCs reveal the immunological characteristics of individuals with phlegm-dampness constitution 2025-Apr, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1113-3 PMID:40126771	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示痰湿体质个体的免疫学特征	首次使用单细胞RNA测序技术分析痰湿体质个体的外周血单核细胞，揭示其免疫学特征	样本量较小，仅为初步研究	探索中医体质分类的分子免疫学基础	痰湿体质个体的外周血单核细胞(PBMCs)	单细胞转录组学	代谢性疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	痰湿体质个体的PBMCs样本
240	2025-05-06	SLC27A2 marks lipid peroxidation in nasal epithelial cells driven by type 2 inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Apr, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01440-1 PMID:40195539	研究论文	本文揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)中鼻息肉上皮细胞脂质代谢失调和脂质过氧化增加在疾病发病机制中的作用	首次发现SLC27A2/FATP2在鼻息肉上皮细胞中的上调与脂质过氧化增加相关，并证实FATP2介导的脂质过氧化是CRSwNP上皮功能障碍和炎症的关键驱动因素	研究主要基于体外实验和测序数据分析，缺乏动物模型验证	阐明慢性鼻窦炎伴鼻息肉的发病机制并寻找潜在治疗靶点	鼻息肉上皮细胞	NA	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA