单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-04-13	Single-cell transcriptomic analysis reveals prognosis-related stromal signatures that potentiate stratification of patients with extrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Apr-09, BMC gastroenterology IF:2.5Q2 DOI:10.1186/s12876-025-03829-8 PMID:40205358	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示与预后相关的基质特征，用于肝外胆管癌患者的分类	首次在肝外胆管癌中通过单细胞RNA测序识别预后相关的基质细胞亚群，并基于这些特征对患者进行分层	样本量较小（8例活检样本），且仅基于转录组数据，未进行功能验证	探索肝外胆管癌中与预后相关的基质细胞特征及其临床意义	肝外胆管癌患者的肿瘤组织和配对正常组织	数字病理学	肝外胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bRNA-seq）	NA	转录组数据	8例活检样本（5例肿瘤组织和3例配对正常组织），43例肿瘤组织的批量RNA测序数据
202	2025-04-13	Filtering cells with high mitochondrial content depletes viable metabolically altered malignant cell populations in cancer single-cell studies 2025-Apr-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03559-w PMID:40205439	研究论文	本文探讨了在癌症单细胞研究中过滤高线粒体含量细胞的必要性及其对代谢异常恶性细胞群的影响	挑战了当前肿瘤单细胞RNA-seq分析中的质量控制实践，揭示了高线粒体RNA含量的恶性细胞的功能特性	研究主要基于公开数据集，可能未涵盖所有癌症类型	改善癌症单细胞RNA-seq数据的解释和未来癌症研究的数据分析方法	恶性细胞和非恶性细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	441,445个细胞来自134名患者
203	2025-04-13	Single-cell RNA sequencing reveals the intra-tumoral heterogeneity and immune microenvironment of small cell carcinoma of the ovary, hypercalcemic type 2025-Apr-09, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01649-8 PMID:40205496	research paper	通过单细胞RNA测序揭示了高钙血症型卵巢小细胞癌的肿瘤内异质性和免疫微环境	首次使用单细胞RNA测序技术研究SCCOHT的肿瘤内异质性和免疫微环境，并发现新的潜在治疗靶点	样本量较小（15个样本），且仅对一个原发灶和一个复发灶进行了单细胞RNA测序	探索SCCOHT的基因组突变和肿瘤微环境，以寻找潜在的治疗靶点	高钙血症型卵巢小细胞癌（SCCOHT）患者样本	digital pathology	ovarian cancer	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、全外显子测序、基因panel检测、多重免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	15个SCCOHT样本（包括原发灶和复发灶）
204	2025-04-13	Single-cell and spatial transcriptomic analyses revealing tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant chemoimmunotherapy in non-small cell lung cancer 2025-Apr-09, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02287-w PMID:40205583	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组分析，探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）患者在新辅助化疗免疫治疗后肿瘤微环境的重塑	揭示了CD4+Treg T细胞、mCAFs、CD4+Th17 T细胞、iCAFs以及SELENOP-巨噬细胞在肿瘤微环境中的分布和作用，特别是SELENOP-巨噬细胞与抗原呈递癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤边界上的共定位及其在联合治疗中的协同作用	样本量较小（16个肺癌组织样本，来自12名NSCLC患者），可能影响结果的普遍性	研究新辅助化疗免疫治疗对NSCLC患者肿瘤微环境的影响，并识别与治疗敏感性相关的关键分子、细胞亚群、通讯模式和空间分布	非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、空间转录组测序	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	16个肺癌组织样本（来自12名NSCLC患者）
205	2025-04-13	An atlas of single-cell eQTLs dissects autoimmune disease genes and identifies novel drug classes for treatment 2025-Apr-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100820 PMID:40154479	研究论文	该研究通过联合模型分析单细胞和批量组织的eQTL数据，提高了自身免疫疾病相关基因的识别能力，并开发了药物再利用流程	提出了一种联合模型（JOBS）来整合单细胞和批量组织的eQTL数据，显著提高了eQTL的识别能力，并开发了药物再利用流程	单细胞eQTL数据集规模较小，可能影响模型的全面性	提高自身免疫疾病相关基因的识别能力，并探索新的药物治疗方法	单细胞和批量组织的eQTL数据，以及14种免疫介导的疾病	基因组学	自身免疫疾病	scRNA-seq, GWAS	JOBS	基因表达数据	OneK1K和eQTLGen数据集
206	2025-04-13	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2025-Apr-09, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101260 PMID:40215972	研究论文	利用单细胞测序技术研究CAR信号传导，揭示影响体内持久性的驱动因素	首次系统性地研究了不同细胞内信号域（ICD）结构如何通过单细胞测序技术影响T细胞功能，并发现了一种与特定ICD结构相关的独特持续信号特征	发现的持续信号特征在实体瘤中无效，研究结果可能不适用于所有类型的肿瘤	解码CAR信号传导的设计原则，为优化下一代ICD结构提供依据	表达嵌合抗原受体（CARs）的工程化T细胞	单细胞测序	肿瘤（液体肿瘤）	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
207	2025-04-13	Taurine ameliorates liver fibrosis by repressing Fpr2-regulated macrophage M1 polarization 2025-Apr-09, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177614 PMID:40216178	研究论文	本研究探讨了牛磺酸通过抑制Fpr2调控的巨噬细胞M1极化来改善肝纤维化的机制	揭示了牛磺酸通过SLC6A6和Fpr2/NF-κBp65通路调控巨噬细胞极化以减轻肝纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明牛磺酸在肝纤维化中的作用机制	人类纤维化肝组织样本和两种小鼠肝纤维化模型	肝脏病理学	肝纤维化	氨基酸代谢组学、基因表达微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	SLC6A6野生型和敲除小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	人类纤维化肝组织样本和两种小鼠模型
208	2025-04-13	Putative function and prognostic molecular marker of mast cells in colorectal cancer 2025-Apr-08, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02117-4 PMID:40205370	研究论文	本研究探讨了肥大细胞在结直肠癌(CRC)中的功能及其作为预后分子标志物的潜力	首次系统分析了肥大细胞在CRC发展中的作用及其与恶性细胞的分子通讯，并构建了基于肥大细胞标志物的预后分类模型	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步的体内实验验证	解析肥大细胞在CRC中的功能并开发预后标志物	结直肠癌组织和细胞系	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组测序、qRT-PCR、细胞共培养实验	LASSO回归模型、Cox回归模型	单细胞RNA测序数据、基因表达数据	GSE146771数据集中的10,186个高质量细胞，TCGA-COAD队列数据
209	2025-04-13	Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance 2025-Apr-07, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031 PMID:40215978	研究论文	本研究揭示了放疗通过诱导铜依赖性细胞死亡（铜死亡）来克服肿瘤放射抗性的机制	首次发现放疗诱导铜死亡，并揭示了铜死亡诱导剂与放疗协同作用克服肿瘤放射抗性的新策略	研究主要基于食管癌模型，其他癌症类型的适用性尚需验证	探索放疗诱导铜死亡的机制及克服肿瘤放射抗性的新方法	癌症细胞、患者肿瘤组织、细胞系和患者来源的异种移植模型	肿瘤学	食管癌	RNA-seq、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	包括患者肿瘤组织、细胞系和异种移植模型，具体数量未明确说明
210	2025-04-13	Pan-cancer human brain metastases atlas at single-cell resolution 2025-Apr-07, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.025 PMID:40215980	research paper	通过单细胞RNA测序分析108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本，研究不同癌症谱系和亚群中细胞状态和组成的特征及重塑	揭示了脑转移恶性细胞的染色体不稳定性增加、增殖和血管生成特征显著以及神经样脑转移相关元程序的采用等重复性和富集特征	样本量虽然较以往研究有所增加，但仍可能限制某些罕见亚群的发现	探究脑转移生物学特征及其与癌症类型的关系，寻找潜在的共享依赖性	脑转移样本和原发肿瘤样本	digital pathology	brain metastases	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本
211	2025-04-13	ZEB2 is a master switch controlling the tumor-associated macrophage program 2025-Apr-03, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.021 PMID:40215981	研究论文	该研究通过整合人类肿瘤单细胞RNA测序数据和CRISPR筛选，构建了肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)的调控网络，并识别出ZEB2作为TAM程序的主调控因子	使用深度生成模型构建基因扰动网络，首次确定ZEB2是调控TAM程序的主开关，具有治疗潜力	研究主要基于人类肿瘤样本和体外实验，需要进一步体内验证	探索肿瘤相关巨噬细胞的调控机制并寻找潜在治疗靶点	肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), CRISPR筛选	深度生成模型	RNA测序数据	人类肿瘤样本(具体数量未明确说明)
212	2025-04-13	Transcriptional profile and quantitative proteomics revealed NGF-p75NTR-associated synaptic plasticity and heterogeneity for diabetic encephalopathy and the potential role of CoQ10 for diabetic induced cognitive deficits in mice 2025-Apr-02, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167823 PMID:40185338	研究论文	本研究通过转录组学和定量蛋白质组学揭示了NGF-p75NTR相关的突触可塑性和糖尿病脑病的异质性，并探讨了CoQ10在糖尿病诱导的认知缺陷中的潜在作用	首次研究了DICD相关及CoQ10处理后的蛋白质组变化及其与对照组之间的异质性变化，揭示了NGF-p75NTR信号通路在突触可塑性调控中的重要作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探索CoQ10在糖尿病诱导的认知缺陷中的细胞和分子特征及其潜在作用	糖尿病脑病小鼠模型	神经科学	糖尿病脑病	TMT定量蛋白质组学、scRNA测序、Western blotting	小鼠模型	蛋白质组数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及DICD组、CoQ10处理DICD组和对照组小鼠
213	2025-04-13	Methionine-driven YTHDF1 expression facilitates bladder cancer progression by attenuating RIG-I-modulated immune responses and enhancing the eIF5B-PD-L1 axis 2025-Apr, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01434-y PMID:39672819	研究论文	本研究探讨了甲硫氨酸通过调节YTHDF1表达和eIF5B-PD-L1轴抑制膀胱癌免疫治疗的机制，并提出了一种靶向甲硫氨酸耗竭的治疗策略	揭示了甲硫氨酸通过YTHDF1介导的RIG-I降解和eIF5B-PD-L1轴促进免疫逃逸的双重机制，并开发了局部甲硫氨酸耗竭的治疗方法	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床验证	探究氨基酸代谢对膀胱癌免疫治疗的影响及其分子机制	膀胱癌细胞和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	膀胱癌	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫沉淀、质谱分析、多重免疫荧光检测	MB49小鼠肿瘤模型	RNA测序数据、质谱数据、免疫荧光图像	小鼠模型和膀胱癌免疫治疗患者样本
214	2025-04-13	Age-Dependent Bi-Phasic Dynamics of Ly49+CD8+ Regulatory T Cell Population 2025-Apr, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14461 PMID:39696807	research paper	该研究首次揭示了Ly49+CD8+调节性T细胞群体在衰老过程中的双相动态变化	首次在衰老背景下研究了非冗余的Foxp3-CD8调节性T细胞，并建立了CD8 Tregs与虚拟记忆T细胞的表型区分	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自PBMC的单细胞RNA-seq分析	探究CD8调节性T细胞在衰老过程中的动态变化及其免疫调节作用	小鼠和人类外周血单个核细胞(PBMC)中的CD8调节性T细胞	免疫学	衰老相关免疫疾病	流式细胞术、转录组分析、scRNA-seq	NA	基因表达数据、流式细胞数据	小鼠生命周期样本和人类PBMC scRNA-seq数据集
215	2025-04-13	Nuclear respiratory factor-1 (NRF1) induction as a powerful strategy to deter mitochondrial dysfunction and senescence in mesenchymal stem cells 2025-Apr, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14446 PMID:39720856	研究论文	本研究探讨了核呼吸因子-1（NRF1）过表达对间充质干细胞（MSCs）线粒体功能障碍和衰老的抑制作用	首次提出NRF1过表达可通过增强线粒体功能来延缓MSCs衰老，为基于MSCs的再生疗法提供了新策略	研究主要基于体外实验，尚未在动物模型或临床环境中验证其效果	探索NRF1过表达对MSCs衰老的抑制作用及其潜在机制	间充质干细胞（MSCs）	细胞生物学	衰老相关疾病	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
216	2025-04-13	Therapeutic Black Phosphorus Nanosheets Elicit Neutrophil Response for Enhanced Tumor Suppression 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414779 PMID:39840467	research paper	研究探讨了聚乙二醇功能化的黑磷纳米片（BP-PEG）在乳腺癌模型中的免疫调节作用及其抗肿瘤效果	发现BP-PEG通过重塑肿瘤免疫微环境，特别是通过招募和激活中性粒细胞来抑制肿瘤生长和转移，这一机制此前未被充分探索	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索黑磷纳米片在癌症治疗中的免疫调节作用及其潜在应用	乳腺癌模型（4T1原位BALB/c小鼠和MMTV-PyMT转基因小鼠）	癌症免疫治疗	乳腺癌	质谱流式细胞分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序	小鼠模型	生物分子数据、细胞数据	免疫活性小鼠模型（具体数量未明确说明）
217	2025-04-13	Human Pituitary Organoids: Transcriptional Landscape Deciphered by scRNA-Seq and Stereo-Seq, with Insights into SOX3's Role in Pituitary Development 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414230 PMID:39951008	研究论文	本研究通过优化培养条件和应用scRNA-seq和Stereo-seq技术，揭示了人类垂体类器官的细胞组成、细胞间相互作用和空间分布，并探讨了SOX3基因在垂体发育中的作用	首次在垂体类器官中应用scRNA-seq和Stereo-seq技术，揭示了其转录组景观和空间信息，并发现SOX3基因干扰会影响iPSCs向垂体类器官的分化	该技术仍处于起步阶段，对于垂体类器官的细胞组成和相互作用的理解仍有不确定性	研究人类垂体类器官的细胞组成、细胞间相互作用和空间分布，并探索SOX3基因在垂体发育中的作用	人类垂体类器官	数字病理学	垂体疾病	scRNA-seq, Stereo-seq	3D类器官模型	转录组数据	NA
218	2025-04-13	Elucidating the Role of Trem2 in Lipid Metabolism and Neuroinflammation 2025-Apr, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70338 PMID:40205810	研究论文	本研究探讨了Trem2在阿尔茨海默病（AD）中脂质代谢和神经炎症中的作用	揭示了Trem2通过调节星形胶质细胞的脂质代谢影响神经炎症的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	阐明Trem2在AD中脂质代谢和神经炎症调节中的作用	AD小鼠模型和星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学、高通量代谢组学	AD小鼠模型	基因表达数据、代谢物数据	未明确说明样本数量
219	2025-04-12	Deciphering the complex clonal heterogeneity of polycythemia vera and the response to interferon alfa 2025-Apr-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024012600 PMID:39874500	研究论文	该研究通过整合集落形成实验、单细胞RNA测序和基因分型技术，探讨了干扰素α（IFN-α）在红细胞分化过程中如何靶向治疗真性红细胞增多症（PV）的克隆异质性	揭示了IFN-α通过诱导凋亡或促进分化减少循环突变细胞的长期治疗机制，并强调了核糖体基因和克隆前提在IFN-α治疗机制中的重要性	研究样本可能有限，且未涉及其他MPN亚型的比较	解析PV的克隆异质性及对IFN-α的治疗反应机制	PV患者来源的细胞和健康对照（HCs）	血液病学	真性红细胞增多症	scRNA-seq, 基因分型, 集落形成实验	NA	单细胞RNA测序数据, 基因型数据	PV患者和健康对照的细胞样本
220	2025-04-12	Differential expression of endothelial derived galectins in response to shear stress 2025-Apr-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114521 PMID:40107440	研究论文	研究探讨了剪切应力对内皮细胞中半乳糖凝集素表达的调控作用及其在血管疾病中的潜在治疗意义	首次揭示了剪切应力对内皮细胞半乳糖凝集素表达的调控机制，并发现不同剪切应力环境下半乳糖凝集素表达的变化	研究主要基于体外细胞实验和公开数据集，缺乏更多体内实验验证	探究剪切应力对内皮细胞半乳糖凝集素表达的调控及其在血管疾病中的作用	人脐静脉内皮细胞(HUVEC)和人动脉内皮细胞(HAEC)	血管生物学	心血管疾病	qPCR、免疫荧光成像、ELISA、scRNAseq	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	公开数据集及培养的内皮细胞样本